4JECA

Joint neutron and x-ray structure of per-deuterated hiv-1 protease in complex with clinical inhibitor amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Joint X-ray/Neutron Crystallographic Study of HIV-1 Protease with Clinical Inhibitor Amprenavir: Insights for Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jecA00
5P16A 5P0SA 2UPJA 2ASIA 5P1TA 1JLDA 4OC6B 3MXDA 3RTNA 4HVPA 5OZZA 2JE4A 3IXJA 3OU4B 2I4VA 5SZ9A 1A8GA 5P5LA 4PEPA 1SH9A 5P5CA 4RVIA 5P7IA 2NXLA 4WY1A 2JYSA 2I0AA 1TSUA 4RLDA 3U7SA 1FMXA 3SO9A 3LNKA 1KJFA 4A6BA 5P0BA 2NNPA 5P2TA 3EM4A 3MSKA 4ER4E 5P4ZA 5P2YA 1HVRA 5KR2A 3DUYA 5P74A 2B7FA 5OZBA 5IVTA 5ISJA 4FL8A 5HDZA 2OHQA 2ZHUA 3OQDA 4CPRA 3EL4A 3SA3A 3EL5A 1T7JA 2XYEA 1B5FA 1VIKA 3GGUA 1Q9PA 2BKTA 3EM3A 4X2LA 4Y5BA 5IE1A 3B7VA 3QP0A 5P0CA 1HWRA 4Y36A 4LP9A 2ZE1A 3PLDA 4I1CA 3PWMA 4YA8A 4Y5MA 3ZKGA 5P2UA 3CKPA 3GI6A 5P84A 5P4RA 1SMRA 5I3YA 3EKWA 3UFNA 3MSLA 2Q55A 4J0YA 4AA8A 3SLZA 1U8GA 4FRIA 5P23A 3VFAA 1FMBA 5P33A 2VIEA 4DFGA 5P4QA 3LPIA 4GJ9A 2V12C 1AIDA 5COPA 3SA5A 2PWRA 3ZOVA 5P5VA 4DQHA 4Y4TA 5P7BA 3VYDA 4GJDA 4YHQA 5P8DA 5P10A 5P5EA 2B60A 3NSHA 5P32A 5P6SA 2ZGAA 4YDFA 3SA6A 5P6WA 1WBMA 3C9XA 4YCTA 1HVLA 5COOA 4RCDA 4HDBA 3UDJA 4TVGA 4Y5NA 5P0LA 3EKQA 2UXZA 3WZ8A 1ZPKA 4H3FA 2IRZA 4Y4AA 4Q1NA 3UDRA 1BXOA 4MC6A 2ZJIA 2HM1A 3QVIA 2QI1A 3EL1A 1FFFC 5P0ZA 2VIZA 1EC0A 4K4QA 5P12A 5P82A 5AHCA 3IGBA 3OUCA 4H3GA 2OHMA 2NXMA 3O9CA 4FM7A 1T3RA 5C9BA 3VF7A 3OXCA 1HPSA 1WBKA 2PK5A 3EL0A 3OQFA 3L5DA 4JPCA 3DCKA 3DV1A 4H3JA 5OZDA 3OAGB 9HVPA 3NWQA 5P5ZA 2SAMA 5P4UA 5P1JA 4DJUA 5OZEA 2FIVA 2ER7E 5DR8A 4Y3SA 1IIQA 2VJ6A 5P17A 4RCFA 3INEA 5P4CA 1MESA 2BQVA 1W51A 5P7JA 4JECA 4GZFA 4GJCA 5DR3A 1MSNA 4N00A 3L58A 5OZAA 1FQ7A 4FRKA 1ZP8A 5P7RA 1HTFA 5P5IA 4ACUA 2QNNA 4Y3DA 2WF0A 5ENKA 5P4IA 3SACA 5P1HA 4RVXA 2J9KA 3TH9A 5P4LA 5P79A 4ZE6A 5P6HA 3NXNA 3HW1A 4NJVA 4FAFA 4EQ0A 5P8JA 5OZIA 1EBZA 3FIVA 3OHFA 3LPKA 3LIYA 1HVCA 2QI3A 1BV9A 2Q5KA 3EBZA 5DQ1A 5P3KA 5AHAA 2F3FA 5P4PA 1A30A 4DJRA 4EPJA 6UPJA 5P62A 5HCOA 3NDTA 5P66A 4B00A 3CIBA 2ZHVA 2QCIA 5P5KA 4J5JA 1B6JA 4Q1WA 4Y3LA 3LHGA 5P6EA 5P71A 3S54A 5P1VA 1EC2A 5COKA 1PROA 1FQ5A 5OZPA 3Q70A 5P06A 4U7QA 1AM5A 3QRSA 3UF3A 5P8VA 2CENA 5P8AA 3S53A 1KZKA 5OZKA 3BVAA 2FGVA 4R8YA 3TPPA 1AJVA 1GKTA 3O9LA 3VF5A 1MERA 2MIPA 5P0YA 4LAPA 3M9FA 4GJ7A 3NU5A 4A6CA 2AOFA 2PYMA 3IVHA 3LIQA 3G70A 3PB5A 1GVXA 4K4RA 1EPRE 3KMYA 1BIMA 3FNSA 1G2KA 3OOTA 3EMYA 5P3GA 5P2AA 3ST5A 4APRE 5P3OA 2G94A 5P2RA 4OBZB 3N3IA 3S45A 5KAOA 2R38A 2PSGA 1BWAA 2PK6A 1FGCC 3MXEA 5ER2E 2G1RA 2B42A 1D4KA 5P1PA 4GJ5A 3NU9A 2J9JB 4Y3JA 2VNNA 4DQEA 5KQXA 5P58A 2PH8A 5P04A 3KFPA 5DGUA 5KQFA 2FDDA 2APRA 5P0AA 1SMEA 4NJTA 2HB2A 4J0ZA 5P6JA 4ZEAA 4DQGA 2R3TA 1LF2A 3BUFA 1KJ4A 2WKZA 4DJYA 2JXRA 4I12A 4QJAA 5P44A 3KN0A 5P8BA 3L5BA 4Y3QA 1HOSA 2QD6A 3OADB 1LYBB 4U7VA 2HPEA 3DM6A 4EJKA 1FQ6A 1GVTA 3U6AA 2VA5A 3S7MA 4QLHA 2G20A 1J71A 1TSQA 3WB5A 1HVIA 5P7ZA 2PSUA 3O99A 5P6XA 4OBHA 5P3HA 1T6EX 5P3TA 4DI2A 1FF0C 3T6IA 3KMXA 3IA9A 4K9HA 2OHKA 5OYRA 1IZDA 5P6PA 5P5TA 1DMPA 1Z1RA 2ZYEA 4J17A 4J0VA 3TNEA 5P3MA 1A8KA 3VLBA 4CPUA 1M4HA 5KR0A 2HS2A 5P6YA 5P67A 2QI4A 1Z1HA 5ENMA 3FX5A 3VV7A 4OBKA 2JJJA 3LIVA 5P5WA 5P5PA 3BVBA 1LYWA 3CMSA 3OGPA 5P36A 3OQ7A 3U71A 5OZ6A 2QI7A 5P2JA 4ZPGA 1E80E 5P81A 5P7QA 1B5FB 1W5YA 5P70A 3QPJA 4Y5AA 2XFKA 1YX9A 3ZPSA 1BV7A 4GJ8A 5P2GA 5P45A 3HAUA 3TPRA 5FIVA 1K6CA 5P0PA 3Q3TA 4Y5EA 2G26A 5OZ5A 5OZJA 3UQPA 4Y57A 4FRSA 2BPWA 5P5HA 1BVEA 3BUGA 4JPEA 4Q1YA 5JODA 4B05A 1RNEA 2V11C 4X7IA 4XX4A 3BGCA 5JFUA 4Y4UA 2IKUA 3PSUA 3QBFA 5P25A 3S2OA 3SM1A 4AA9A 5P4GA 3K5FA 2AQUA 1AAQA 5P30A 4BFBA 3SFCA 5P19A 1QRPE 5P41A 4B70A 4YD5A 3TOFA 5P8UA 3HBOA 4Y3ZA 4RCEA 5P88A 2QMPA 5P80A 3AUPA 5P2EA 4Y4BA 4J1IA 5JG1A 2NMYA 3PMYA 1IDAA 1PPME 3L38A 4ZPFA 5P0DA 3RU1A 3QN8A 2FLEA 4J1KA 4YD4A 4DQFA 5P1DA 5P1ZA 4CPSA 3GGVA 5P4JA 4Y3NA 5BWYA 1AVFA 2QAKA 3DOXA 4I0IA 3PCZA 2Q11A 1W5WA 5P7XA 5I3VA 1W50A 5P8FA 3GI0A 4L1AA 3TTPA 3INFA 2XYFA 5P1EA 3UDPA 5P4VA 5P5FA 1NPWA 4Y45A 2HC0A 3O9BA 1FQ8A 5CONA 1DW6C 4Y4XA 2F81A 4Y4JA 1OEXA 3OUDB 4Y44A 4I0ZA 1XE5A 1ER8E 3BXRA 5P2FA 3S43A 5P1IA 1W5XA 4DPFA 3BRAA 5P8HA 2FNSA 3CKTA 5E5JA 4RROA 1LEEA 3L59A 5EZZA 1PPLE 2CEMA 5P7EA 1IZHA 1EAGA 5P20A 2PWCA 4Y3MA 3PWWA 3UQWA 3K1WA 5P73A 2P4JA 3SKGA 2BJUA 1W6IA 3O9IA 3QVCA 5P1UA 3BHEA 5P2LA 5HDUA 5P2NA 1C70A 2QNQA 2B8LA 4S1GA 3CYWA 5DR7A 2OHRA 3R1GB 1MUIA 4EJLA 1T6GA 3I25A 3LINA 4DJPA 3RTHA 5IVSA 2P3BB 3OUBA 2VJ9A 2VKMA 4OBJA 1ZSRA 5OZ9A 5P4HA 4Y3PA 4FSLA 4B78A 1HEGE 2AOEA 5P7DA 3FV3A 1YM4A 3MWSA 1G6LA 2AZBA 3R4BA 5P2SA 3K5CA 3MSJA 5OYYA 5KQYA 5P38A 2BPYA 4FS4A 3PSGA 3UDNA 5P89A 4J0TA 3IN4A 3PWRA 4BEKA 5C9FA 4CKUA 3JVYA 3SA4A 4QJ6A 5P56A 4B77A 3RTMA 5HU0A 5P03A 4FE6A 2FDEA 5BRYA 1IZEA 3SM2A 4DPIA 2R5QA 3IVIA 5P7OA 2WF3A 5P7PA 2QMFA 3I7EA 2QI0A 3URLA 1APVE 4Y48A 2JJIA 5AGZA 3NDUA 2PC0A 3OWNA 4GJBA 3D1ZA 5P5YA 1CMSA 3HAWA 2AVOA 3KT5A 3G72A 2F3KA 5P7NA 1T7KA 1N49A 3L5CA 5AH7A 1BILA 4I11A 3VSXA 1HTEA 3NR6A 5P0JA 4H1EA 3OXXA 1QDMA 3T7PA 4Y5GA 4NJUA 2ZJKA 2VS2A 3KDBA 3T7XA 4HE9A 4QJ9A 3WZ7A 4I0EA 1LYAB 4R5NA 2WECA 4AZYA 2V10C 2IDWA 3AIDA 4NJSA 4CP7A 5AHBA 5OZ8A 4E43A 1DPJA 3NU3A 4M8YA 2B7ZA 5DQCA 2ER6E 5AH6A 4DJXA 4Y3WA 2G24A 4DJOA 4Y54A 2G1OA 3NXEA 2OAHA 3TKGA 3URJA 5P4AA 2QD7A 4B0QA 5P0NA 3R0WA 3FNUA 1WKRA 1BXQA 4Y6MA 1TW7A 4LBTA 1PSNA 4CPWA 4L6BA 2ER0E 5KOQA 6APRE 3KFRA 5I3WA 4Y3GA 3QS1A 1MTBA 1C6ZA 5TOLA 3NDWA 2HAHA 5OZMA 4OD9A 1XL5A 1FLHA 2OHUA 2R8NA 5P0FA 4OC6A 5OZRA 1HIIA 3KA2A 3Q4BA 3VYEA 4APEA 5P5QA 3D3TA 5P2QA 5P31A 3OU1B 5P69A 3OU4A 4DQBA 4Y9WA 1HBVA 3OQKA 5OZQA 4PZXA 3L5FA 4K8SA 1ODYA 4Y3TA 1IDBA 1D4YA 5P1XA 4Q1XA 2FNTA 5P7VA 3NUOA 2VJ7A 4RRSA 1D4IA 5P24A 4NKKA 5P4KA 5P5SA 3NLSA 2AOHA 2PMAA 1MVPA 1A94A 1HVKA 3O9HA 1C6XA 3LIZA 4J0PA 3APPA 4Y5PA 2QI5A 2V0ZC 3EKTA 1LV1A 5P28A 2F80A 1YM2A 3S85A 3HDKA 5SY2A 1IBQA 1PFZA 4ZSPA 1YG9A 1FQ4A 1LYWB 1F34A 2ANLA 3KF0A 4LHHA 1YT9A 5P5GA 5P6OA 2I4DA 2VA7A 4L7GA 4M8XA 2G27A 5I70A 1DP5A 1CZIE 5P7KA 3SQFA 2FDPA 3K4VA 5P4YA 5P57A 1SDUA 5P5JA 1HHPA 4EWOA 3I2LA 2AOIA 3BC4A 4YD6A 2OHNA 5P6VA 3RVIA 1NPAA 1HTRB 2IENA 5P43A 4J1CA 5JFPA 3OOZA 5P4BA 4CMSA 5P8NA 3ZPUA 4FSEA 2XFIA 5DGWA 3O9EA 3INHA 4GJAA 5P7HA 1EBKC 5DQ5A 2BPVA 5P0MA 2UY0A 4MC9A 1MPPA 5OZ4A 3HVGA 3HVPA 2AODA 3LZVA 2AVQA 4EYRA 4BFDA 5P53A 4Y4GA 5P47A 5P54A 5HCTA 2QZXA 5E5KA 2RENA 4GJ6A 5P39A 5P4NA 3O9GA 4ZSRA 5P01A 4DV9A 2FS4A 4GMIA 4AUCA 4D8CA 2ZDZA 3ZKSA 2H6TA 3Q5HA 1EPLE 5P7UA 2VIYA 4LXKA 2I4XA 5P3NA 4R95A 1ENTE 2O40A 1NH0A 1KJGA 5P6AA 5P1YA 3CYXA 5P6MA 1OEWA 3H5BA 3EXOA 4R92A 2QMGA 5OYXA 5P65A 3GW5A 2BPXA 4KE1A 2G22A 2RSPA 5KOSA 3OGQA 2Q63A 5P3RA 5BS4A 1MT8A 1QBRA 2BKSA 3VG1A 1HRNA 3OAGA 5P3IA 3G6ZA 4EP2A 1B11A 2ZHTA 4A4QA 4TVHA 5P6QA 3KFNA 4I0DA 3CKRA 4Y37A 3LPJA 4HDFA 1M0BA 5P8KA 2G1YA 5P4DA 3TOGA 4RZ1A 4Y39A 3BGBA 1B6LA 5P3LA 1A9MA 5OYUA 2IL2A 5OZSA 1E5OE 4ACXA 5P7WA 5OZ1A 5P37A 3SPKA 3CIDA 4CPQA 4FAEA 5P2OA 5P1KA 5P8EA 3OU3A 5OZGA 5HD0A 4Y3YA 1GVWA 3TL9A 1AJXA 4LC7A 2P3AA 7UPJA 4CPXA 2G1SA 1MRWA 4MC1A 1SDTA 5P2MA 4Z4XA 5HU1A 2ZHRA 1D4SA 1FEJC 3NU6A 1D4JA 3VEUA 1ZAPA 5HE5A 1HVSA 1OD1A 2IKOA 2RKFA 2OHTA 4RYGA 2WJOA 5KR8A 4Y47A 1NPVA 1BVGA 4YCKA 3OTSA 4Y4DA 3EKPA 3UCBA 3GI4A 4Y4EA 4HEGA 5P0EA 1PSAA 5P05A 1XN3A 2OHLA 7HVPA 6FIVA 5P4XA 5P5UA 1APTE 4Z2ZA 3CICA 1PPKE 4Y56A 3OQAA 3RSXA 3OY4A 4PPHA 5P1LA 1FG8C 4EJDA 1BDQA 2EWYA 4XKXA 5P6LA 4FM8A 5P68A 5P0TA 2V13A 1ZBGA 1HPXA 5P0KA 4Y3RA 2H6SA 4I0GA 3OUAA 4YD3A 2OHSA 1EPNE 3LZUA 3QBHA 2I0DA 2Q64A 2AOCA 5P34A 3PJ6A 5P6NA 4LXMA 4FRJA 3VV8A 5OYTA 4EQJA 3T7QA 4IVSA 5UPJA 3QRVA 2QD8A 1RV7A 1G35A 1SDVA 2ZJMA 2QU3A 4DVFA 4I10A 1ZPAA 5P3XA 3D1XA 3PCWA 2O4PA 4GB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P16 A;  5P0S A;  2UPJ A;  2ASI A;  5P1T A;  1JLD A;  4OC6 B;  3MXD A;  3RTN A;  4HVP A;  5OZZ A;  2JE4 A;  3IXJ A;  3OU4 B;  2I4V A;  5SZ9 A;  1A8G A;  5P5L A;  4PEP A;  1SH9 A;  5P5C A;  4RVI A;  5P7I A;  2NXL A;  4WY1 A;  2JYS A;  2I0A A;  1TSU A;  4RLD A;  3U7S A;  1FMX A;  3SO9 A;  3LNK A;  1KJF A;  4A6B A;  5P0B A;  2NNP A;  5P2T A;  3EM4 A;  3MSK A;  4ER4 E;  5P4Z A;  5P2Y A;  1HVR A;  5KR2 A;  3DUY A;  5P74 A;  2B7F A;  5OZB A;  5IVT A;  5ISJ A;  4FL8 A;  5HDZ A;  2OHQ A;  2ZHU A;  3OQD A;  4CPR A;  3EL4 A;  3SA3 A;  3EL5 A;  1T7J A;  2XYE A;  1B5F A;  1VIK A;  3GGU A;  1Q9P A;  2BKT A;  3EM3 A;  4X2L A;  4Y5B A;  5IE1 A;  3B7V A;  3QP0 A;  5P0C A;  1HWR A;  4Y36 A;  4LP9 A;  2ZE1 A;  3PLD A;  4I1C A;  3PWM A;  4YA8 A;  4Y5M A;  3ZKG A;  5P2U A;  3CKP A;  3GI6 A;  5P84 A;  5P4R A;  1SMR A;  5I3Y A;  3EKW A;  3UFN A;  3MSL A;  2Q55 A;  4J0Y A;  4AA8 A;  3SLZ A;  1U8G A;  4FRI A;  5P23 A;  3VFA A;  1FMB A;  5P33 A;  2VIE A;  4DFG A;  5P4Q A;  3LPI A;  4GJ9 A;  2V12 C;  1AID A;  5COP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KDC A;  3O9A A;  3OK9 A;  3TLH A;  2BPZ A;  1EPP E;  3FKT A;  3LIX A;  4Y5K A;  5P5N A;  5P0H A;  5P6K A;  4QGI A;  2QHZ A;  2R43 A;  1FKN A;  3UDK A;  5B18 A;  5P3C A;  5OYZ A;  5DPZ A;  5T4S A;  2A1E A;  2AVS A;  1HTG A;  3SA7 A;  5SY3 A;  3PI0 A;  5OYV A;  5P08 A;  5P0V A;  1LYA A;  4RRN A;  2BB9 A;  4L1A B;  5P4E A;  2AOG A;  4KE0 A;  1SGU A;  1TCX A;  5DQ4 A;  3UFL A;  4D85 A;  3K4V C;  5P00 A;  3WSJ A;  1UH8 A;  4WTU A;  3PHV A;  5OZT A;  3ZLQ A;  1ZLF A;  5P72 A;  4D83 A;  4Y38 A;  5P22 A;  5KR1 A;  4ZIP A;  1NSO A;  3KYR A;  3S43 B;  3DV5 A;  5P6Z A;  5OZC A;  2FXE A;  5P7C A;  3OTY A;  4FLG A;  3KT2 A;  1QBU A;  1ODX A;  4J54 A;  4COE A;  4QJ2 A;  3EL9 A;  5P5O A;  1GVV A;  3BXS A;  4Q5M A;  4KUP A;  3PSY A;  5P3Y A;  3VV6 A;  5P6G A;  5P18 A;  1BDL A;  4F73 A;  5ISK A;  3I8W A;  4Y3X A;  5P4M A;  3SKF A;  1LF3 A;  5P3J A;  3OU1 A;  5P1S A;  1HSH A;  2QZK A;  5P4W A;  4Y5C A;  1SIP A;  3APR E;  3VYF A;  1EC1 A;  5APR E;  5P51 A;  4UPJ A;  5P6U A;  4CPT A;  5P7G A;  1EBY A;  3HLO A;  4HA5 A;  4YOB A;  1K6T A;  5P48 A;  1BBS A;  4RYC A;  5P1O A;  5P3Q A;  2FXD A;  3LZS A;  5P63 A;  3UDQ A;  5P3E A;  1GNM A;  4BEL A;  2QK5 A;  3QAA A;  3RSV A;  3ECG A;  4DJV A;  5OZ3 A;  4YBI A;  2VA6 A;  4J1E A;  1D4H A;  3UPJ A;  1EBW A;  5P42 A;  5P15 A;  3QI1 A;  2I4U A;  5P8Q A;  5P2D A;  4DJW A;  3HD8 A;  3EKV A;  2PYN A;  3TPJ A;  3L3A A;  3URI A;  3R2F A;  5OZF A;  5P3U A;  1SP5 A;  1MIQ A;  5DR4 A;  3EKX A;  5P8C A;  4F76 A;  2NR6 A;  1HPO A;  3UDH A;  1YTI A;  5CLM A;  5P0R A;  2CEJ A;  1B6M A;  3NUJ A;  4KB9 A;  5P1R A;  4HDP A;  5P8S A;  5HTZ A;  5IS4 A;  4B1D A;  1HSI A;  2WF1 A;  5P3B A;  5P4T A;  5DR0 A;  3JW2 A;  2O4K A;  8HVP A;  2NNK A;  5P6D A;  4LXA A;  5P26 A;  3GGX A;  4Z50 A;  5P7A A;  2NPH A;  4OBG A;  4HLA A;  2NMZ A;  4XXS A;  1HVH A;  2G69 A;  5OZU A;  2O4S A;  4Y4W A;  5P7S A;  4XX3 A;  1D4L A;  2IS0 A;  3VLA A;  5P5R A;  4DH6 A;  5P5X A;  2QHY A;  5OZH A;  4YDG A;  2HPF A;  2HS1 A;  2Z54 A;  2ZJN A;  2XFJ A;  2G21 A;  5HVP A;  2QNP A;  3EKY A;  5OZN A;  4OBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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