4JP9A

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 105
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jp9A02
4M8YA 1MPPA 4Y4ZA 2HPEA 1MERA 2PWRA 4CPSA 4RCEA 4Y5EA 4CPTA 3ZKQA 3OTYA 1C6YA 4L1AA 5P8BA 1TCWA 4IVTA 5P1XA 5OYQA 5P1IA 5P1YA 4TRYA 5OZVA 1BDRA 4Y44A 2F3KA 5P5YA 3SO9A 2R9BA 5P48A 3T6IA 5P1NA 3LIYA 1EC0A 5P59A 5P2FA 4YBIA 5P3XA 1W6IA 4LXKA 5P4VA 1HOSA 5P8VA 2IKOA 3IXJA 5OYRA 5P2KA 5P60A 4CPUA 2OHRA 3INHA 1YTHA 2WF3A 2ZGAA 3R4BA 3RTNA 3SACA 3KMYA 4ZIPA 2Q3KA 5P8TA 5P0WA 3JVWA 1AXAA 2BPXA 1TQFA 5P73A 3RSXA 2FXEA 5HDUA 2Q64A 3BUGA 4ACUA 4ZEAA 5P0NA 1K1UA 2VS2A 5KR2A 5P4NA 3NDXA 1GNMA 4J55A 4Y3JA 3HW1A 1IDAA 5P40A 3L5CA 2V10C 3ZPSA 4R5NA 2G1OA 4DJPA 2FMBA 1BDQA 4J17A 3OK9A 2AOGA 2QHYA 5P0CA 3UQPA 2V0ZC 2I4XA 1FMBA 4Y3ZA 1M4HA 1AJVA 5P2IA 5P0ZA 5P5MA 3UDJA 2AZBA 4Y48A 5P0UA 4FRKA 3L5EA 3QIHA 4CPXA 3AUPA 4GJAA 3LZUA 4GZFA 4NJVA 5P4FA 4IVSA 3NR6A 5P8OA 2QD6A 2O4PA 4RROA 3PI5A 5I3XA 3LZVA 3OQKA 1W5VA 1CPIA 1WKRA 3QRVA 3TTPA 4Y4TA 5TOLA 4DJWA 3VFAA 1XL5A 1HVKA 1A30A 2ZJLA 4R91A 3PSUA 1FLHA 2WECA 3GGAA 4GJ9A 1KZKA 5ENMA 5P4CA 5P81A 3LPKA 5P4JA 1HSHA 5OZNA 3NXNA 5OZKA 5P8KA 1SP5A 5P7GA 3PVKA 1XS7D 3D20A 5OZUA 4H3IA 1HEFE 2G21A 5P37A 5P0TA 4J54A 3CKPA 4D8CA 5P6JA 2G1NA 2B60A 4OD9B 1W5YA 3UQUA 2QAKA 5AHCA 3JW2A 5P6NA 1MRWA 5P3FA 5P0FA 5P84A 3KDCA 3INEA 5SZ9A 4J1HA 4RRNA 4DJUA 1ODYA 3H5BA 4HEGA 4Z2ZA 1BVEA 4PPHA 4Y4UA 3TOGA 5ISKA 1ODXA 4Y9WA 4EQJA 5OZZA 1E80E 3T3CA 2WEAA 5HDVA 3PMUA 3S7MA 3PHVA 2ZHSA 5OZLA 3GW5A 5P62A 4F76A 1SMRA 3KN0A 4R93A 5KOQA 3OQFA 5P2TA 2NR6A 4GJBA 5P7XA 2I4QA 2RKFA 1QBUA 4Y3AA 3ZKNA 1B5FA 5P6IA 2VNMA 1META 4APRE 5P54A 2ZHVA 5UPJA 4Y3PA 4Y4GA 3NU4A 1ZLFA 2FLEA 3FKTA 4YCTA 2IQGA 1RPIA 1IVQA 5DQCA 4Y3LA 4Z50A 5JFUA 3LIXA 1BBSA 2HB2A 4DQFA 1DP5A 5P0IA 1IIQA 2QI4A 1B11A 3OUBA 4FE6A 3PLLA 5P8QA 3K1WA 4FL8A 5OYWA 5OZ3A 2VA6A 1FQ8A 5P04A 4AZYA 2VJ7A 4YDGA 4I0GA 5P44A 5E5KA 2NPHA 3HAUA 5P0LA 2FGVA 2PH6A 4H1EA 4APEA 4YBFA 2BQVA 3EKQA 4AMTA 4I1CA 2SAMA 1BV9A 5OZ5A 5P2VA 3EKYA 1OHRA 3OADB 1B6PA 2G20A 5P63A 1AZ5A 3DCRA 1YX9A 4LP9A 5KR8A 4RYCA 1G2KA 5COOA 3CICA 4YD4A 3EM6A 2NNPA 4Q5MA 5OZCA 5P82A 1HXBA 1WBMA 1MSNA 3LIVA 3D1ZA 4TRWA 5P11A 1HVCA 5P39A 3PCWA 1APUE 1A8GA 5P32A 4COEA 2VA5A 2IKUA 4FSLA 2PH8A 4LBTA 5JFPA 4H3JA 5P7OA 2WJOA 3G6ZA 3I7EA 3HAWA 3O99A 1NPWA 1ZTZA 4OBKA 3BRAA 5P4ZA 1GVXA 3UDKA 5P6PA 4KB9A 4CPQA 2O4NA 4Y38A 4TRZA 1SDUA 5OZWA 1BWBA 3NDUA 5P2OA 5P4AA 3OWNA 4FGXA 5P4QA 5HE4A 1MESA 5P2MA 5P7YA 4D83A 1YTGA 4EP3A 1LS5A 2QU3A 5P3EA 5P3BA 2XFKA 4B05A 3DM6A 5HU1A 2WEZA 4DJYA 7UPJA 5P1CA 4DJRA 3DUYA 4S1GA 4FCOA 5P4TA 1K1TA 2ZJMA 1PSNA 5P4IA 2F8GA 2ER9E 5CLMA 5P33A 2WEBA 2QI6A 3SFCA 4Z4XA 2WF0A 1SH9A 4DVFA 4XX3A 3LHGA 4Y4BA 1T7JA 2OHPA 5P0SA 4MC6A 2Q5KA 4YD7A 5P4XA 2BPYA 1EBKC 4Y43A 3DV5A 4JPCA 4DPIA 5OZ2A 1D4KA 5IVRA 1LEEA 4B1EA 4MC1A 3L3AA 5P4UA 2QNNA 1Z1RA 4K9HA 5P5JA 2RSPA 5KR0A 5ER1E 4CMSA 6FIVA 5JG1A 2Q54A 1DW6C 4BFDA 4DFGA 1FG8C 4X2LA 5P5XA 5KOSA 2R3WA 4QJAA 4Y4JA 1EC3A 4OBJA 5P0RA 5I3YA 2CEJA 2F3EA 1TSQA 3BGBA 5P8NA 4DJVA 3OU4A 4J0YA 5P4LA 1AIDA 1W5XA 5P8CA 5P58A 3PSGA 3ZKGA 2J9JB 2JYSA 3TPRA 1WBKA 3MXDA 3SA3A 3KT5A 1E5OE 5P1GA 6APRE 3QROA 1ODWA 5P14A 5B18A 3S56A 5P5DA 4HA5A 5P6FA 2O4LA 4YD5A 5OYTA 4NKKA 2O40A 5P10A 2ZHRA 5P4EA 3PGIA 3SPKA 4B70A 1KJ7A 5KQFA 3UTLA 3URIA 2NXMA 3ZOVA 5P3VA 2QK5A 4DUSA 4YCKA 5P0BA 4U8WA 2PWCA 2IRZA 4I0FA 5OYSA 5P5ZA 4R95A 3VUCA 5P2YA 1T7KA 2I0DA 4PEPA 5OZBA 5P8JA 3BVAA 3BUFA 2IGXA 5P08A 5P5IA 5ER2E 5P2ZA 5P18A 1NPVA 1SMEA 2J9JA 5P5SA 4KE0A 3O9HA 3OOZA 1IZDA 5HDZA 1APTE 4J1EA 1UH9A 3OY4A 2HS2A 4LHHA 4OBHA 3LNKA 1HVSA 2UY0A 1XE6A 5P28A 1B6MA 3T7PA 5P8DA 2WF2A 9HVPA 1OEXA 1RV7A 4L6BA 4ZSMA 4I0ZA 5P4BA 1AVFA 3UHLA 4QGIA 4KE1A 2HM1A 4LL3A 1HXWA 4YHQA 1HPVA 2AOEA 3OAGB 4Q1XA 5P0VA 3KDDA 4DQCA 3RVIA 3DV1A 2FDEA 2J9KA 5HVPA 5IS4A 4U7QA 5P8MA 2QI7A 4OBDA 3TPLA 1LYBA 2AQUA 3S85A 1ZPKA 4Y4WA 2ASIA 5P01A 1MUIA 1D4HA 1HVJA 3SA4A 1QBTA 1MEUA 5P64A 5P51A 1HVRA 4Y3MA 5P0JA 4GJCA 1D4IA 5P4KA 3WSJA 5COPA 4YDFA 5P34A 5P7HA 5P77A 1T7IA 3O9GA 2NTRA 5HDXA 2PK6A 3VF7A 4RCFA 4HDFA 3R2FA 5P5VA 1HPXA 4FAEA 5P0PA 4OBZB 3F9QA 1G6LA 1ER8E 2FGUA 1ME6A 4DQHA 1MRXA 1RL8A 2QHZA 1QBSA 3OAGA 3LINA 4HLAA 2P3AA 3OTSA 2OHQA 2QU2A 5P0KA 4K4QA 4I0DA 1ZSRA 4J1IA 3OU1A 4U7VA 1FKNA 1SGUA 5P7BA 1W51A 3O9BA 3OU3A 4Y3TA 4LXAA 1HRNA 5OZ7A 4J1CA 5OZOA 5P5CA 2JXRA 5P65A 4Y3RA 3EKPA 1PPKE 1D4JA 2VA7A 1Q9PA 5P3TA 2UXZA 5P88A 2A1EA 3B7VA 5P5QA 4Y3NA 4JP9A 4RLDA 3UFNA 4MC2A 5P1EA 5C9BA 2AOJA 2IEOA 2EWYA 3HZCA 2Q55A 5OZ9A 1HVIA 5P0XA 5P23A 3KFSA 4OBZA 2R38A 5P36A 3OQ7A 1GNOA 4I10A 1LF3A 2ANLA 3APRE 5P3DA 4FLGA 3M9FA 1RNEA 2P83A 2QI1A 5P6UA 3IXOA 5P2GA 4TVGA 2R5PA 4PYVA 2HB3A 5P7EA 2I4DA 1T6EX 1ZPAA 3BHEA 4YOBA 2PSVA 4MC9A 5P17A 1A94A 1IBQA 2BJUA 3OUDA 1YT9A 4CPRA 5P1UA 4ZE6A 3QS1A 5HE7A 2G22A 4I12A 2I4UA 4I8WA 3OXVA 2WHHA 4RVIA 1HBVA 3ER3E 1EPME 5P0GA 5P5FA 4FRIA 5P7NA 2Z4OA 5P02A 3DK1A 5I3VA 5P3AA 5P30A 5KQXA 5P6WA 3RTMA 5ISJA 2HB4A 3BXSA 5P8GA 2ZJKA 5DR1A 3L5BA 5FIVA 4DJOA 3FNSA 3UDYA 4J0VA 3EC0A 4GYEA 5P1SA 2PSGA 1HIHA 4Y5NA 3ZLQA 3RU1A 3TL9A 5P87A 4YD6A 2QI0A 2I1AA 3UDQA 1CMSA 5P1VA 1Z1HA 1BDLA 5OZ8A 1ZBGA 4DI2A 3UF3A 1B5FB 5P0QA 4Y6MA 1FQ6A 5P49A 3UQWA 3O9LA 1FGCC 1IDBA 3L38A 5OYVA 2HIZA 1MIQA 4HDPA 5P16A 2P4JA 1TW7A 2AIDA 3SABA 1MSMA 3CMSA 1IZEA 4HE9A 1MT8A 5P1OA 5AH6A 3DOXA 4QJ8A 5P15A 3S43A 3Q6YA 3HLOA 3PMYA 5P4WA 2QMDA 5P0AA 1LYWB 1MTRA 5P24A 2VNNA 4RCDA 4J1FA 2HS1A 5P5PA 5P57A 1YM4A 3O9CA 1JLDA 3WZ6A 1NPAA 1M0BA 3SA7A 4A4QA 2B8VA 5OZAA 4J0ZA 4Y3YA 2OHMA 4FIVA 3OXWA 5P6QA 2NNKA 5P5EA 2ZDZA 1SGZA 3MSLA 5P7RA 4NPTA 4J5JA 4Y3GA 2QP8A 5E5JA 5P7QA 3O9DA 5P86A 4Y5AA 2Q11A 3TH9A 3BVBA 3DCKA 4EYRA 1BVGA 3CYWA 5P3GA 1MT9A 3NU6A 3FV3A 4F73A 5P5LA 2QNPA 4ZSPA 4Y4EA 5P6LA 5P38A 5P70A 1BAIA 1LYWA 5OZSA 5OZ4A 4B77A 3HD8A 3S8IA 1AAQA 1E81E 2ER7E 4FM6A 1FQ4A 4ZPEA 5P0MA 5P79A 4B78A 4ER2E 1FFFC 3OQDA 2A4FA 3IAWA 4YE3A 1KJGA 3PB5A 1HIVA 2G27A 3INDA 1XN3A 4B72A 5P5WA 1BWAA 2AOFA 3MXEA 5AH7A 4ACXA 5BS4A 5P7FA 3S54A 5P47A 5P7LA 5P46A 5P22A 3PWRA 3TKWA 3FX5A 3O9EA 1EEDP 3HVGA 4FS4A 2R5QA 3FNUA 3EKWA 4Y39A 4Y37A 2P3BA 2VIJA 3K4VC 3LPIA 4K4RA 1PROA 3VV7A 4Y53A 1TSUA 1EC1A 4Q1YA 4OBFA 3KFPA 5DPZA 4NJSA 5T4SA 4EQ0A 4FM7A 4Y5MA 5C9DA 1EPQE 3ZKSA 3EBZA 2FNSA 3PM4A 3HVPA 4E43A 2AVSA 1DAZC 2O4SA 1W50A 5OZQA 2Q15A 3NSHA 2HC0A 5AH8A 4D85A 2FXDA 4L7HA 1GNNA 5P19A 2V00A 3VLBA 3URLA 2B7FA 4D88A 2F3FA 2RKGA 5EZXA 5P6HA 5P6OA 5P4MA 4FRJA 1MVPA 2PYNA 5KAOA 3VYEA 3QBHA 2BPVA 4Y3XA 5P5OA 3TKGA 3APPA 4I0HA 5P43A 2OHNA 1IZIA 4ER1E 2VIZA 4QJ2A 3OU4B 3IXKA 3NWQA 5P78A 2I4WA 5P7MA 3ZPTA 4Y4AA 2ER0E 3D1XA 5APRE 4YD3A 3QN8A 4I11A 5P7UA 5P85A 4RYGA 3L59A 5OZXA 3LZSA 2AODA 1J71A 5P2CA 2PYMA 1KJFA 4Y5CA 4EXHA 3IA9A 2R3TA 5P7ZA 5P1PA 1AM5A 5DQ2A 3D1YA 2BKSA 1APWE 4ZPFA 5P13A 3O9IA 3LZYA 2WF1A 2PK5A 3VSXA 5P0EA 1EPLE 5P45A 5P7TA 4YA8A 2G1RA 4Y5BA 1K6TA 5P25A 4Y47A 5OZHA 4M8XA 4QJ6A 5P2NA 5P3RA 4NJTA 5P1HA 3GGUA 1EPOE 1F34A 2ZYEA 2QI5A 3G70A 5P29A 3ZKMA 1C6XA 5OZEA 3LPJA 3KM4A 4B0QA 3SM1A 3R1GB 3UDHA 3IN4A 5P8LA 1BV7A 1T3RA 4RGHA 2QI3A 1XL2A 1HSIA 3FSMA 3MSJA 3MSKA 2IL2A 5P42A 2V12C 2ZHUA 3N4LA 4QJ9A 4B1DA 2BPWA 3SA6A 3EXOA 4OC6B 1EBYA 1EPNE 5OZYA 1A8KA 4DPFA 3ECGA 5P3JA 3FIVA 2FNTA 5P53A 5P89A 3VYFA 2PC0A 2MIPA 1G0VA 2Z54A 1LYBB 5P8FA 3Q5HA 3SKGA 2WL0A 3ST5A 5P5GA 2JJJA 1M43A 3TLHA 3IVIA 2CEMA 3JVYA 1FMUA 3GGXA 5P2HA 4EWOA 3GI4A 4ZSQA 5HCOA 1HVHA 4J0PA 4Y3WA 3S7LA 4RZ1A 4JPEA 3PBDA 1HTEA 5P1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M8Y A;  1MPP A;  4Y4Z A;  2HPE A;  1MER A;  2PWR A;  4CPS A;  4RCE A;  4Y5E A;  4CPT A;  3ZKQ A;  3OTY A;  1C6Y A;  4L1A A;  5P8B A;  1TCW A;  4IVT A;  5P1X A;  5OYQ A;  5P1I A;  5P1Y A;  4TRY A;  5OZV A;  1BDR A;  4Y44 A;  2F3K A;  5P5Y A;  3SO9 A;  2R9B A;  5P48 A;  3T6I A;  5P1N A;  3LIY A;  1EC0 A;  5P59 A;  5P2F A;  4YBI A;  5P3X A;  1W6I A;  4LXK A;  5P4V A;  1HOS A;  5P8V A;  2IKO A;  3IXJ A;  5OYR A;  5P2K A;  5P60 A;  4CPU A;  2OHR A;  3INH A;  1YTH A;  2WF3 A;  2ZGA A;  3R4B A;  3RTN A;  3SAC A;  3KMY A;  4ZIP A;  2Q3K A;  5P8T A;  5P0W A;  3JVW A;  1AXA A;  2BPX A;  1TQF A;  5P73 A;  3RSX A;  2FXE A;  5HDU A;  2Q64 A;  3BUG A;  4ACU A;  4ZEA A;  5P0N A;  1K1U A;  2VS2 A;  5KR2 A;  5P4N A;  3NDX A;  1GNM A;  4J55 A;  4Y3J A;  3HW1 A;  1IDA A;  5P40 A;  3L5C A;  2V10 C;  3ZPS A;  4R5N A;  2G1O A;  4DJP A;  2FMB A;  1BDQ A;  4J17 A;  3OK9 A;  2AOG A;  2QHY A;  5P0C A;  3UQP A;  2V0Z C;  2I4X A;  1FMB A;  4Y3Z A;  1M4H A;  1AJV A;  5P2I A;  5P0Z A;  5P5M A;  3UDJ A;  2AZB A;  4Y48 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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