4JPCA

Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (bace1) inhibitors
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spirocyclic beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: from hit to lowering of cerebrospinal fluid (CSF) amyloid beta in a higher species.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 105
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpcA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4jpcA02
4K8SA 5HD0A 5P5OA 1NPVA 2Q55A 2RKFA 5OZ6A 2BPVA 2P8HA 5P82A 5I70A 5P39A 1W5VA 2FDEA 5P0PA 5P3UA 3GGVA 4J54A 1B5FA 3PI0A 3Q70A 3DUYA 5P87A 4PHVA 5JFUA 4B1EA 3Q6YA 5P7LA 4CPTA 3K5CA 5P67A 2OHRA 3S7LA 3ZKNA 1QBTA 4ZPEA 2QI5A 4DQEA 5E5KA 4Y4TA 3OU3A 5P7CA 2O4KA 5EZZA 5OZPA 3KA2A 4YD3A 5P2LA 2NPHA 2BQVA 5HDVA 2AZCA 4QGIA 3UCBA 1HIHA 1W6HA 5KR1A 3ZKXA 2I4XA 2QP8A 3OADB 4L1AA 1HTEA 5P5KA 1PROA 1Z1RA 4DVFA 1MUIA 1ER8E 5AHCA 1T7JA 5P1XA 5AH8A 4H3IA 3H0BA 2AZBA 1FEJC 1HSIA 5P1QA 1EPQE 4CPXA 5P0AA 2G1YA 4LC7A 5P7PA 2V12C 3KMXA 5P64A 1APWE 3NR6A 5KQYA 5P6VA 3LIYA 1HPOA 3CICA 1ENTE 1ME6A 1PSOE 3HBOA 4Y3LA 3ECGA 3TNEA 2ZJJA 3OXCA 2AQUA 3OQAA 4KUPA 4Y45A 3OGPA 3QRSA 2WEDA 3BRAA 4OBGA 2F3FA 3VEUA 1GKTA 2R3WA 5P24A 1SH9A 4Y57A 3DK1A 4Y4EA 3TPLA 2WL0A 2B42A 5P19A 4YD5A 4L7HA 4Y5GA 5KR2A 5OZNA 3TH9A 2QZWA 5P0EA 3ZMGA 2UPJA 5P6KA 3LIQA 2QNNA 4ZPFA 2MIPA 1G2KA 5OZDA 1D4JA 5IVTA 5P32A 3PCZA 1TCXA 1D4KA 4AMTA 5P5FA 1LYWB 3HAWA 1HSGA 5P3CA 3VF5A 1HTRB 3OADA 2IDWA 3NDTA 5I3VA 4Y53A 2HS2A 3EKVA 1BDLA 5P62A 3QVIA 3SA9A 1FMBA 5P6UA 3Q5HA 1FMXA 1HVJA 2FXEA 2ZJNA 1UH7A 3TKWA 3TOGA 1IDAA 1BXQA 3EKPA 2OHQA 2I1AA 3OQ7A 5C9BA 1HVSA 4DPIA 5IVQA 3PWMA 4J0VA 5P5AA 3OU4B 3INHA 1YT9A 5P2CA 3VV6A 1IZIA 3G6ZA 5P23A 2WF2A 5P16A 5P6BA 1BXOA 1DP5A 2IQGA 5P4WA 4Y5BA 2QI6A 4D89A 2QZKA 5P7SA 2ZHVA 2IS0A 4F76A 1YTGA 3PSUA 5P7XA 1HVRA 2WEZA 4I0HA 4BFDA 5P5PA 2QAKA 4MC6A 5P3MA 5P4RA 2FGVA 2QI3A 3ZKMA 5P04A 2WEBA 1APTE 2BKTA 4F75A 4RGHA 1J71A 5P2HA 2I4WA 3EKYA 5P8LA 2QHZA 5P1EA 1HPSA 4Y4BA 1LYWA 4R5NA 2HAHA 1XDHA 3KM4A 5P2VA 5P5UA 2O4PA 4J0ZA 4L7JA 1NSOA 5P3GA 5P4ZA 4F73A 1GVUA 5P08A 2QNQA 5P1IA 5P4DA 1PPME 5P6LA 2G1NA 3MSLA 5P8PA 3F9QA 4ZE6A 2B8LA 1KJ4A 4Y39A 3L5FA 2V13A 5OZKA 1DW6C 4I0GA 2IENA 3L5CA 4GJ7A 5P3ZA 1BILA 1EAGA 2AVQA 4DQFA 5PEPA 3OU4A 2O4NA 1YTIA 4UPJA 3ZKIA 2O40A 1HSHA 4HZTA 5P2KA 5OZ7A 3BVAA 5P5TA 5P7JA 1HOSA 4B1DA 5KQFA 4I8ZA 3SA6A 2AVOA 4HVPA 1AJVA 1FIVA 5P0GA 3NWXA 4DJPA 1HIVA 3KDCA 5P7QA 3PRSA 4Z50A 1G0VA 2IKUA 1XE6A 5P6JA 5P7HA 5P35A 1MSMA 5HDXA 5AHAA 3LIXA 3O9LB 4R91A 2CEMA 1KJGA 5P8SA 4QJ6A 2P3BB 5P7IA 1EC1A 5OZRA 3SM1A 4BELA 1IZHA 3WB4A 4ZEAA 2H6SA 1TSUA 3BHEA 3PEPA 5P02A 5P61A 1FQ7A 3OTYA 1MRXA 1MVPA 1EC3A 3MXDA 4FE6A 5P2OA 2HPFA 4FRIA 4Y3AA 1W5YA 1RPIA 2R8NA 3I6OA 5P2MA 3PMYA 5P42A 3VF3A 3TPRA 3NU3A 4EWOA 4XX4A 2AOCA 3EMYA 1E80E 5T4SA 1PPLE 2G1RA 1QBSA 3OQDA 1BV7A 3OXWA 3S2OA 1B6JA 4H3GA 1B6LA 2P3CA 3D3TA 4YDGA 6UPJA 4AUCA 2AVVA 3SQFA 4Y3FA 2VA5A 4Y3TA 1WBMA 2APRA 1C70A 4DV9A 5P8KA 5OZOA 5ENKA 4PZWA 2PMAA 1LYAB 1IZEA 5OYQA 1APVE 3DCKA 1VIKA 3OK9A 2ZJMA 2ER9E 4ZSQA 3G72A 3O9IA 4CKUA 2I0DA 5P0RA 1UPJA 5IS4A 5I3XA 4DI2A 1A8KA 5P6XA 5P7YA 1MT7A 3O9LA 1XN3A 1HHPA 5P1WA 5OZBA 5P2TA 2PWCA 2P3BA 4YDFA 3NU4A 5OYUA 2IGYA 5P7DA 3INEA 5P1HA 5SXNA 2FLEA 3OUBA 2BPZA 1META 2XFKA 4Y3HA 5HE7A 4OBKA 5OZ1A 5OYTA 1MEUA 4YE3A 4DQCA 4RLDA 1MT8A 1FLHA 1K6CA 3BGBA 5P20A 2XYFA 4LL3A 2VJ6A 5P3BA 5P6CA 2PSVA 1NPAA 2HB3A 5FIVA 5P2UA 2NNKA 3GGXA 5P6FA 5P69A 1M43A 4NPUA 4B78A 5KR8A 2QMPA 3VFAA 1FB7A 1BWBA 3R1GB 5P1OA 5P78A 3PGIA 3FKTA 5P4XA 5P72A 1HXBA 3DJKA 3PCWA 4H3JA 5P15A 4YBFA 5KR0A 5P81A 3K4VC 5P83A 3SKGA 1LEEA 1FQ5A 1LYAA 5AH9A 5P57A 4A4QA 5COPA 4Y9WA 5P74A 5BRYA 1E5OE 1QS8A 2PWRA 3NSHA 5P85A 1LF2A 3OHFA 4GJCA 1HVHA 5P1MA 1FFIC 2F3EA 4AA8A 4R93A 2CEJA 3EM4A 3FX5A 5P1VA 5OZIA 3OGQA 5P13A 1DMPA 5C9FA 5P6TA 5P30A 5HCOA 4K4PA 3UQWA 5P8TA 1SP5A 2A1EA 1AM5A 1QBRA 5P4JA 5P7ZA 3KYRA 5HVPA 5P8DA 1WBKA 3NU5A 5P7TA 5P0SA 3R2FA 4A6CA 2WHHA 3CKRA 2Q5KA 5P6MA 4LXAA 4FAEA 5P0VA 5P0OA 4FCOA 5P79A 5P3SA 2XYEA 5P5RA 3PLLA 1F34A 2OHMA 2PSUA 5OZ0A 5P43A 4EJLA 3MWSA 5P80A 4Y6MA 4RVJA 1LS5A 5P3XA 1AAQA 3O9CA 5OZ9A 5OZEA 4J17A 3UPJA 3FSMA 1W6IA 3EKQA 5ISKA 1EPOE 2QCIA 4GB2A 1GVXA 3M9FA 4R95A 3EL5A 1YG9A 4WY1A 4TVGA 1GVVA 4Y51A 1EBZA 2EWYA 3CKPA 3SA3A 5P4VA 4ACXA 4J0TA 3SFCA 4CP7A 4L7GA 1PFZA 3O9AA 1C6XA 3FV3A 5P75A 5P6PA 5BWYA 4EPJA 5DR4A 1OEWA 2WKZA 3K1WA 2Q15A 4OBFA 3OXVA 4RZ1A 5P60A 3IGBA 4Y5KA 5P1JA 4CPQA 4Q5MA 5BS4A 3UTLA 5IVRA 1D4HA 5P66A 1KJHA 2I4QA 3PBDA 2ZHTA 3HAUA 5P6SA 5P1BA 5P0CA 1W5WA 3CKTA 4RCEA 4E43A 2AOGA 1BAIA 1CZIE 4R8YA 5P6RA 3LNKA 1NH0A 4A6BA 1A94A 4OBHA 2PK6A 3TL9A 3ZKSA 4Q1NA 1K1UA 3NLSA 5P5IA 5DR0A 5P6OA 4DH6A 5AHBA 5OYRA 1HPXA 4B1CA 5P3NA 5P0MA 5OZXA 4DJVA 3JW2A 3FNTA 5P7AA 1VIJA 5P4NA 1HEFE 5P5NA 4TRYA 4YOAA 3PWRA 3K5DA 3U7SA 2BPYA 2QMGA 5P0KA 1RQ9A 2PYMA 5HTZA 2NMYA 2WF0A 5P3KA 4EQJA 5HU1A 4Y3MA 5AGZA 5SY2A 1IVQA 3I8WA 5OZ2A 5DQ2A 4FM8A 1MTBA 2J9JB 4LHHA 4Y5CA 4DJOA 2JJJA 4ER4E 4LXMA 5P3FA 5P76A 4NJUA 3OUAA 1BDQA 5OZQA 3RU1A 3SABA 1HVKA 3O9HA 4GMIA 5I3WA 3QRMA 2AOJA 4WTUA 3PVKA 1HTGA 4Y37A 4TVHA 5P7WA 3B80A 1FGCC 1QRPE 5I3YA 3QBHA 4Z22A 2ZJHA 1EBKC 4TRZA 5P49A 3CIBA 1HEGE 3VUCA 5P4OA 3INDA 5OZ4A 4Y4WA 5TOLA 5P2IA 3KMYA 5P46A 1EC2A 5P8UA 1ZAPA 2VIEA 4I0JA 4U8WA 5OZGA 4YD6A 5P3AA 5P8RA 1SMEA 3EBZA 1GVWA 3DOXA 4XXSA 2IGXA 3EKTA 5P4KA 5P6EA 2OF0A 3SAAA 5P0DA 1EPPE 2ER6E 3VYEA 5P1FA 5P7GA 5AH7A 4Y3PA 3NDUA 4Y38A 2BB9A 3A2OA 5P2BA 5P44A 2J9JA 3S43B 3RTHA 1QBUA 2AODA 5P2NA 5P50A 3OWNA 5P5CA 2UXZA 4RCDA 5P0WA 5HE5A 4F74A 3LPKA 5P5WA 4EQ0A 5OZWA 3FNSA 2FDPA 4PPHA 1AJXA 1ZPAA 1DPJA 3KDBA 1LYBB 2QD8A 5P6AA 4Y47A 5P8JA 1DIFA 2A4FA 1EPNE 5P0NA 5P2FA 4DJUA 5P2RA 2OHUA 2P3DA 5P07A 5P3TA 5OZUA 3OUDB 1CMSA 2ZHRA 1HWRA 1OEXA 5P5QA 4HLAA 4U7VA 4APRE 4AZYA 2G21A 3OUCA 3IXOA 1E81E 1AZ5A 2PQZA 2ZJIA 1SBGA 3MSKA 5HCTA 4AA9A 3NUJA 4D85A 1TSQA 4Y58A 3RVIA 2R5QA 1Q9PA 3IN4A 4J1IA 2JJIA 4LAPA 5P65A 5P51A 2VJ7A 3ZKQA 5P4EA 4DJWA 5P1GA 5P0QA 3S43A 5HU0A 4BEKA 2G26A 5P3QA 3GGAA 2PK5A 5P6QA 2B7FA 2WF3A 5P1KA 5ER2E 1ODXA 2IEOA 4LBTA 1FKNA 1LYBA 4FS4A 1AIDA 3L5DA 3T11A 2QI4A 3OXXA 1OD1A 4Y4JA 1EC0A 5JODA 2AOFA 4Y4AA 5P2AA 5P09A 3HLOA 2QNPA 5P7NA 4J5JA 4R92A 5OZYA 5P0IA 3PJ6A 2WF4A 1UH9A 2AZ9A 4NJSA 1MSNA 3OUDA 3WZ6A 1PSAA 1U8GA 2Q3KA 3U71A 5DR3A 3D20A 4Y4DA 4S1GA 3SM2A 5P0UA 5KOSA 1YTHA 3T7PA 5P2YA 2VA7A 5P6ZA 3PWWA 4RRNA 3QVCA 5DQCA 4FIVA 2VKMA 3PLDA 5P4SA 2AVMA 2NTRA 3VCMA 5P37A 3EKXA 2AOHA 1T6EX 2OHLA 5P53A 5UPJA 2RKGA 3PSYA 4I8WA 1LF3A 3EM3A 3EC0A 3OQFA 3HVGA 5P17A 3GI6A 4FLGA 3UQXA 2QZXA 3EL0A 2G69A 3BVBA 2QZLA 5OZFA 3OU1B 3UFNA 1EBYA 4FGXA 1W5XA 3GW5A 5P6YA 1SGZA 4N00A 5DR8A 3FIVA 1FG8C 5P1ZA 3APRE 1NPWA 2HC0A 3HZCA 2B7ZA 2VJ9A 2HB2A 5P77A 1D4IA 3VFBA 4EHCA 3WZ8A 2Q11A 3NDWA 4FSLA 3VLBA 1RV7A 3O9BA 1XE5A 5IE1A 4COEA 3UQRA 1TCWA 5OZ5A 1W50A 4KB9A 2NXDA 5P05A 4RVXA 1FF0C 4YCYA 3OOTA 1EEDP 5P1NA 1TW7A 5OZSA 5P4PA 4Z2ZA 1SDVA 3UDYA 5P0LA 4DPFA 5P4UA 4B77A 5P2EA 4Y4UA 2P3AA 3QBFA 1FQ8A 2PSGA 5OZTA 5P18A 1RNEA 3BXRA 5P38A 5P7EA 3UFLA 4I0EA 4QJ8A 4EJDA 2QMFA 3UDPA 2V16C 4PEPA 3OU1A 3URIA 2BJUA 5P7RA 1K2CA 1ZP8A 1ZTZA 3UQUA 2Q54A 4RCFA 4Y50A 2G1SA 4GZFA 5JG1A 5KAOA 3I2LA 7UPJA 5P1SA 3ER3E 3O9EA 4QJAA 1BWAA 4J55A 4OBZA 3WSJA 2IL2A 2H6TA 3NXEA 4Y48A 3NU9A 3IXJA 5P8QA 4LXKA 4Y36A 4Y4ZA 3GI4A 3T3CA 2G24A 5P11A 4ZLSA 3MSJA 1BVGA 2ER0E 2OHKA 5P58A 3QRVA 6FIVA 5P1TA 3URLA 5P1CA 3ZPTA 4Y3NA 4B70A 2V00A 5P6GA 2O4SA 3JVYA 4Y3GA 5P5EA 3VSXA 1A30A 4APEA 3GGUA 4ER2E 1KJFA 3PB5A 4ZPGA 1GNOA 3PMUA 2HIZA 1F7AA 1ZSFA 5P7MA 2WF1A 5P4TA 2R3TA 5P26A 5P5VA 5P4HA 1EPME 2VNNA 4FRJA 4I0FA 1SGUA 1AXAA 1LF4A 2PYNA 1MPPA 4NJTA 4Q1XA 6APRE 4DUSA 4J1KA 5P8AA 4J0PA 5P89A 1LV1A 3ST5A 1GNMA 3TPPA 3S85A 2Z54A 3HD8A 1IBQA 3EL1A 4DQGA 3Q3TA 2ANLA 3UQPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K8S A;  5HD0 A;  5P5O A;  1NPV A;  2Q55 A;  2RKF A;  5OZ6 A;  2BPV A;  2P8H A;  5P82 A;  5I70 A;  5P39 A;  1W5V A;  2FDE A;  5P0P A;  5P3U A;  3GGV A;  4J54 A;  1B5F A;  3PI0 A;  3Q70 A;  3DUY A;  5P87 A;  4PHV A;  5JFU A;  4B1E A;  3Q6Y A;  5P7L A;  4CPT A;  3K5C A;  5P67 A;  2OHR A;  3S7L A;  3ZKN A;  1QBT A;  4ZPE A;  2QI5 A;  4DQE A;  5E5K A;  4Y4T A;  3OU3 A;  5P7C A;  2O4K A;  5EZZ A;  5OZP A;  3KA2 A;  4YD3 A;  5P2L A;  2NPH A;  2BQV A;  5HDV A;  2AZC A;  4QGI A;  3UCB A;  1HIH A;  1W6H A;  5KR1 A;  3ZKX A;  2I4X A;  2QP8 A;  3OAD B;  4L1A A;  1HTE A;  5P5K A;  1PRO A;  1Z1R A;  4DVF A;  1MUI A;  1ER8 E;  5AHC A;  1T7J A;  5P1X A;  5AH8 A;  4H3I A;  3H0B A;  2AZB A;  1FEJ C;  1HSI A;  5P1Q A;  1EPQ E;  4CPX A;  5P0A A;  2G1Y A;  4LC7 A;  5P7P A;  2V12 C;  3KMX A;  5P64 A;  1APW E;  3NR6 A;  5KQY A;  5P6V A;  3LIY A;  1HPO A;  3CIC A;  1ENT E;  1ME6 A;  1PSO E;  3HBO A;  4Y3L A;  3ECG A;  3TNE A;  2ZJJ A;  3OXC A;  2AQU A;  3OQA A;  4KUP A;  4Y45 A;  3OGP A;  3QRS A;  2WED A;  3BRA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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