4K4PA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4pA00
1M43A 1LV1A 1NH0A 3EBZA 2XFIA 3PVKA 5HCOA 1HRNA 3NDTA 3PSUA 5KQFA 2P3DA 1IZDA 4Y51A 2HM1A 2VS2A 1A30A 2ZGAA 1A8KA 3UHLA 5P8EA 5OZSA 2BPVA 4RRNA 4QLHA 5P5LA 2P4JA 5HCTA 3UQUA 1BDQA 3I25A 5P0HA 5P4QA 2ER6E 5OZJA 1K6PA 4YDGA 3GI6A 3D91A 2QI0A 5DQCA 2BKTA 3QROA 4GYEA 4CPTA 5P1DA 5P27A 3KMXA 4MC1A 5E5JA 4R92A 4J1HA 1D4SA 1SBGA 3SPKA 2VJ9A 4Y9WA 5OZDA 3ZL7A 4YOAA 4DJOA 2IGXA 1AIDA 5P08A 3KT2A 3DCRA 1FG8C 4MC2A 5HE4A 2I4WA 3OU1A 4EJ8A 5SY2A 2VIJA 2P83A 3OQ7A 1UH9A 3WB4A 3CYXA 5P1CA 4H1EA 5JFUA 3IAWA 4DJRA 4FSEA 5P24A 3KA2A 3OU4A 4DQEA 3O9AA 5P40A 3FIVA 1UPJA 4JOOA 4Y4UA 1D4KA 3VG1A 3NSHA 3OOTA 3QVCA 2VKMA 2ZJHA 5DQ2A 3SKFA 1G6LA 3HLOA 4FE6A 1HTGA 3KT5A 3OK9A 5P5JA 5P7IA 1GKTA 1BILA 5P1BA 2ZJJA 5P1PA 4EXHA 5P22A 2AZ8A 5P8OA 5P6TA 4FLGA 3INEA 3UCBA 2QI3A 1SP5A 3UQWA 1B6PA 4Y36A 5OZCA 5OZTA 5P0FA 1BV7A 3KDDA 4CP7A 5P2TA 3QVIA 1FQ4A 2UXZA 1IVQA 2PH8A 2R3WA 4GJAA 4Y4WA 5P3TA 3SO9A 4NJUA 4I8WA 4Y54A 3CMSA 1WKRA 2PMAA 2QMDA 5P6QA 1QBTA 2G22A 5KOQA 1C6ZA 3JVYA 4Y37A 5AH6A 1HVHA 5P43A 1MPPA 4Y5LA 3PMUA 5OYTA 5P4BA 5P5HA 3HDKA 2ZDZA 2ZJKA 2BPYA 4DJWA 5P5BA 3LITA 3MXDA 3VF7A 2F3FA 2ER9E 5F00A 5P50A 4YD5A 4Y3TA 5OZBA 1K1UA 3LIYA 5P4PA 2R5QA 3QI1A 4KE0A 3T7PA 1HVCA 2G94A 4ZPEA 5P6VA 3O9GA 4RLDA 4L7JA 3EL1A 3ZPUA 3S8IA 3IGBA 2G1RA 3L59A 3TTPA 5P5AA 4OBJA 1HVKA 4EQJA 3TKGA 3GGAA 2VNNA 2APRA 2P3CA 1EC0A 5P0XA 1BDRA 2WL0A 2B7ZA 3OAGB 3NDWA 5P87A 2O4PA 2AVMA 3I8WA 2G69A 5OZPA 2V13A 5P2LA 4YCTA 1HTRB 5P8FA 1MT9A 1B6MA 1TQFA 1AAQA 1T6EX 5OZ4A 2F81A 2QZKA 3D3TA 2O4SA 3OY4A 5P7LA 7UPJA 2JE4A 2VA6A 4Z50A 3L5BA 1ZPAA 4X7IA 2V16C 1MSMA 1PFZA 5P5EA 1HPOA 5IVRA 5P4YA 4Y5KA 2H6SA 4RZ1A 4FCOA 1XL2A 1XL5A 2A4FA 5C9DA 5P3WA 4GJBA 5AHBA 4FM7A 3LIXA 3EM6A 1IBQA 1IDBA 4J0TA 5P8PA 5P3KA 1M4HA 2QK5A 1BVEA 1YTIA 5P0NA 3MSJA 4QJ6A 1BWAA 5P7BA 4DUSA 4OD9A 4ZSRA 3O9IA 3VEUA 1NPWA 3OWNA 3INHA 3NDUA 5P7JA 5P09A 3HVPA 2VIZA 5P7OA 2V00A 4Y3GA 4Z2ZA 5OZHA 2Q63A 5P6EA 4Y58A 4I8ZA 4EJDA 2RKFA 4RROA 5P00A 5P7ZA 5OZFA 4YBIA 1ZBGA 2IKOA 4GJ5A 3SFCA 2QHYA 5KR2A 4EXGA 3C9XA 3HBOA 4J0YA 5P5RA 4Y3PA 1B5FA 3U6AA 4Y3HA 1TSQA 1XN2A 3HAWA 2B7FA 5P0LA 5P7UA 5P2NA 1TZSA 1BAIA 5E5KA 4PZXA 3TLHA 4LL3A 2WEDA 2OHRA 5P3AA 3N3IA 5HE5A 4DJYA 5P6OA 3R4BA 1APTE 3D1XA 5P15A 5P2YA 4OC6B 3QRSA 3ZMGA 1GVXA 1MESA 2PH6A 3BGBA 4XXSA 1BXOA 5P7DA 3L38A 5P72A 3SM2A 4FM6A 4Y48A 4H3JA 3H5BA 5P5VA 1EPOE 3PSGA 2NNKA 2IS0A 4M8XA 2F8GA 4IVTA 4QJ7A 3O9LB 5P39A 4CPUA 1IZEA 5OZQA 4A4QA 5P6UA 5OZ8A 5P5GA 2PYMA 3AIDA 3UDMA 5OZWA 5P4NA 4FRKA 2F3EA 1W5WA 3PB5A 2R5PA 4RVXA 5P0YA 3I6OA 5P2QA 5P55A 3SA6A 4DJPA 4PPHA 3EKXA 3LIQA 5OZ3A 1Q9PA 4CPQA 5P6XA 5P3QA 1FB7A 3NUOA 5P6PA 5COPA 3T7QA 3ECGA 5OYWA 2QU3A 4OBDA 2IL2A 1IZHA 5OZ5A 2JXRA 5P80A 4J54A 4PZWA 5P3JA 5P5UA 1HPSA 2OHNA 5JG1A 4TRYA 5P11A 1EC2A 2QZLA 5P1VA 1W51A 4Q1XA 2VA7A 2FGVA 5P1IA 3FV3A 2VJ6A 5P7TA 3APPA 1EPNE 3GI4A 5P82A 8HVPA 1LYWB 4FRSA 4FS4A 5P1TA 2AZBA 2ZJMA 4I0ZA 1IVPA 2HPFA 3ZOVA 3ST5A 3NR6A 2AOIA 3URJA 2ZHVA 4ACXA 4YE3A 3OQKA 3KDBA 4Y3YA 2XFKA 2NNPA 5P3VA 2QI6A 3PMYA 2Q11A 1KJ7A 5P48A 1C70A 5P5IA 2J9JA 3SKGA 2AZ9A 4K4PA 1F34A 5I3VA 3O9FA 4HDBA 4ER1E 3BUGA 5OZ2A 4OBFA 6UPJA 3KFNA 5P52A 5P4KA 1FQ8A 1APWE 5P5MA 3EC0A 3LINA 1FQ6A 2FNSA 5OZUA 4FRJA 1IZIA 5OYSA 1ZP8A 5OZEA 3UQRA 1EPLE 3HZCA 3NU3A 5AH8A 1W6IA 5P67A 1FF0C 3K5FA 2G1OA 5DPZA 2ZYEA 1XE5A 1ODYA 5DQ5A 4LHHA 3WZ6A 2P3BB 7HVPA 5DR4A 2AZCA 3ZKGA 5JODA 4L1AA 5PEPA 4RCFA 5KR8A 1QDMA 3EMYA 3TOHA 5BWYA 3K5DA 4CPSA 4J0VA 2AOGA 3PJ6A 5P84A 1EC1A 5P8QA 2V0ZC 1VIKA 5P2DA 5AH9A 1K6TA 1C6XA 2AOEA 5AH7A 4Y5GA 1LF3A 5P6NA 2VIEA 2R8NA 5P6MA 5P75A 3I7EA 1KJFA 3INDA 2OHPA 3GW5A 4Q1WA 4Y39A 2WHHA 1SIPA 3KFSA 3PGIA 4B78A 5ISKA 3R0YA 4J1KA 3UDJA 4DI2A 4AA9A 2I4DA 2WF3A 3DV5A 3QN8A 2A1EA 3Q4BA 5DGWA 4YD3A 2ANLA 1RPIA 1FEJC 5EZZA 3L5DA 4GMIA 2PQZA 2OHTA 1PSOE 5OZ6A 1MVPA 5P58A 2HS1A 1TW7A 3PCZA 1G0VA 3EKTA 1MRXA 3PI5A 3CKRA 4I10A 4DPFA 2PWCA 5P7NA 4DJVA 4GJ7A 5P8CA 5P2JA 5P8VA 2O4KA 4Y3FA 5P2UA 4KUPA 5P7KA 3K4VC 4TVHA 5HDVA 1EPME 2WF4A 2WEBA 3DCKA 3OHFA 3VF5A 5P0TA 3FSMA 5P30A 5P13A 2SAMA 5OZ0A 1K2BA 3OXXA 5BRYA 3RSXA 2HC0A 1AM5A 1BIMA 5P3UA 1MT8A 3PSYA 3HAUA 3PWMA 2B42A 4Y3SA 2HPEA 1G35A 5P1SA 2XYFA 4A6CA 5P4EA 5P5QA 1HVRA 4BFDA 4B77A 2I1AA 4Y4AA 3APRE 4HLAA 5P4FA 5KQXA 4TRZA 1FKNA 1T3RA 4Y4JA 2IRZA 1APUE 5P4UA 5KQYA 3EL0A 5EZXA 2QD7A 3NXNA 5P2VA 5KR0A 2QP8A 4F74A 3B80A 5P4JA 3S85A 4GIDA 3QS1A 5P1HA 1Z1HA 3IVIA 4J0PA 3M9FA 5P2EA 5P0JA 1BWBA 1T7JA 4GZFA 2Q15A 3FNUA 4J1FA 3EL9A 4J1IA 2G26A 2G27A 1CPIA 3TH9A 4OBGA 3S43A 5P35A 5FIVA 3O9LA 5P29A 1XE6A 2FS4A 1MERA 3S56A 4WTUA 2QD8A 2UPJA 4EJKA 2FXEA 5P0SA 3UDQA 3D1YA 4KE1A 2AQUA 4LXKA 4QJAA 4EJLA 4QJ9A 3PRSA 2G21A 4X2LA 5DQ1A 6FIVA 2PSVA 1DMPA 4NJVA 2ZJNA 4RVIA 3TPLA 4HVPA 2FXDA 3OUDB 2CENA 5P3HA 1M0BA 5P1GA 2NXDA 1HVSA 4OBZB 5P53A 1YM2A 5P0OA 1MTRA 1YTGA 3OU3A 1AJVA 1E81E 3INFA 3DV1A 4UPJA 4BELA 4DQGA 3QPJA 1XDHA 3FNTA 3IVHA 5KAOA 5P4ZA 1FQXA 3RU1A 4ZEAA 1OHRA 5P7SA 4AMTA 1IIQA 1QBUA 3N4LA 5P1NA 4R8YA 1D4IA 3OADB 2CEJA 1CMSA 4I0IA 2QMFA 3IN4A 5P8KA 2BKSA 1DP5A 3NU6A 3BXSA 4Q5MA 5HU0A 1LF4A 2QI1A 2QCIA 4Y43A 1SGZA 5P8NA 5IS4A 4D89A 5P1QA 5P8AA 1BXQA 4ZPGA 1KZKA 5HD0A 1LYAA 5DR7A 4APEA 3G70A 2AIDA 2RSPA 5P1WA 5P4DA 4HDFA 4H3IA 1HIVA 3UDNA 2ZJIA 4JPEA 2I4UA 3G72A 5P4HA 3IXOA 2IKUA 4DH6A 4I12A 5HDUA 1C6YA 1GVTA 3EKQA 5P7MA 3NYGA 5P02A 1HTFA 3TPJA 3SLZA 3EKPA 5SXNA 3LHGA 1K1TA 4YHQA 5I70A 1FIVA 2RENA 2HB3A 4D85A 2V10C 3ZPSA 4DQCA 5I3YA 1LYBB 3TOGA 5P45A 1BVGA 5P0IA 5I3WA 3PM4A 1MT7A 3BHEA 1FG6C 4FIVA 5P6CA 4YD6A 5P7FA 5P32A 5C9FA 3DUYA 3PBDA 2WF0A 2QNNA 5P5KA 3UDRA 3OGQA 5OZIA 5OZOA 4ZPFA 5P28A 1KJ4A 5P37A 4Y3RA 5P60A 3SM1A 5P1UA 5P5PA 2ZE1A 3OUCA 2QD6A 4XX4A 4Y53A 2WECA 3UDKA 4CKUA 2BB9A 5DR3A 4HDPA 5P3EA 5HVPA 5P6JA 3S7MA 4EPJA 3VLBA 5P10A 1OEWA 5OZRA 5P2BA 5P3IA 5OZNA 1UH7A 4FAFA 3UPJA 3TKWA 3H0BA 4ZSQA 3EKWA 4NPUA 4J5JA 3S45A 4FSLA 3BVAA 5P0ZA 5P8LA 2V11C 5BS4A 6APRE 4U8WA 4PYVA 4U7VA 5P23A 3U71A 3HVGA 5P49A 4S1GA 4ACUA 1AXAA 3O9EA 1RL8A 1FGCC 1META 2BPWA 1HSGA 1MRWA 5P3CA 4B0QA 3CIBA 4D83A 3MXEA 4Y3WA 1HIIA 3NWXA 4N00A 3UDPA 5P0KA 3BUHA 2QI7A 5P01A 3LZSA 1EC3A 1ZPKA 5P8RA 2NR6A 4GJDA 4B72A 3GI5A 2R38A 3Q6YA 5P20A 1DPJA 2FLEA 5OYYA 4I0GA 5P2AA 4E43A 3VUCA 4JP9A 3QRMA 5ER2E 3SA3A 5P3SA 5AHAA 2Q64A 4DJXA 1MEUA 5P0PA 1HVJA 1ENTE 3CYWA 3EL5A 3T3CA 3PHVA 3KN0A 2UY0A 3NWQA 5P46A 2VNMA 5OYZA 2FDDA 1DW6C 4YOBA 5OZYA 5P61A 3UFNA 1B11A 1PSAA 4COEA 1W5XA 4K8SA 3NDXA 2H6TA 5P12A 3LPKA 3KFRA 4F76A 3OQFA 3QRVA 4EYRA 4Y5CA 3KF0A 3OU4B 5P42A 5P3FA 5AHCA 5ENMA 3PLLA 5P36A 4RYGA 5APRE 3VYDA 3IXJA 4YCKA 5P4RA 3UFLA 4YA8A 4J55A 4H3FA 5P51A 2OF0A 3R2FA 2BPZA 5OZXA 4ER4E 1ER8E 5P3YA 2O40A 2QNQA 3Q70A 4I1CA 1A94A 2NPHA 1A9MA 1ODWA 4FAEA 5P3LA 3SABA 2CEMA 5P6KA 5P73A 2OHLA 5P7RA 2MIPA 5P4MA 3EM4A 1J71A 4R5NA 4H3GA 4YBFA 4F75A 3FKTA 3L5CA 2Q55A 3O9CA 4LBTA 1GVWA 5F01A 1SGUA 2Q5KA 2JJJA 5P0MA 5P6SA 5P8JA 4FL8A 1DAZC 3LZYA 3ZKIA 5P5CA 5P6YA 5ER1E 5P8GA 4GJCA 5P4AA 3R0WA 3JW2A 5P6BA 5P3BA 1NPVA 2VIYA 1B6KA 2ER0E 1D4JA 1E80E 5P7QA 3VV7A 2QMGA 3K5CA 1QBRA 4K9HA 2NXMA 3VYFA 3OADA 1ZSRA 5P0AA 1F7AA 1FMUA 1MIQA 5P1AA 3MSLA 3VFAA 1HVIA 5P7AA 4Y41A 1YM4A 5HU1A 2QU2A 3NLSA 5KR1A 4DQHA 1D4LA 3PWWA 4I0JA 1VIJA 1PSNA 1YT9A 3VYEA 5DR0A 2QI4A 4R95A 5P0DA 5P7WA 3O9DA 5P6HA 3WB5A 5P57A 1HXWA 3LZVA 3NUJA 2B8VA 5P7HA 2ASIA 4EQ0A 2RMPA 3PCWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M43 A;  1LV1 A;  1NH0 A;  3EBZ A;  2XFI A;  3PVK A;  5HCO A;  1HRN A;  3NDT A;  3PSU A;  5KQF A;  2P3D A;  1IZD A;  4Y51 A;  2HM1 A;  2VS2 A;  1A30 A;  2ZGA A;  1A8K A;  3UHL A;  5P8E A;  5OZS A;  2BPV A;  4RRN A;  4QLH A;  5P5L A;  2P4J A;  5HCT A;  3UQU A;  1BDQ A;  3I25 A;  5P0H A;  5P4Q A;  2ER6 E;  5OZJ A;  1K6P A;  4YDG A;  3GI6 A;  3D91 A;  2QI0 A;  5DQC A;  2BKT A;  3QRO A;  4GYE A;  4CPT A;  5P1D A;  5P27 A;  3KMX A;  4MC1 A;  5E5J A;  4R92 A;  4J1H A;  1D4S A;  1SBG A;  3SPK A;  2VJ9 A;  4Y9W A;  5OZD A;  3ZL7 A;  4YOA A;  4DJO A;  2IGX A;  1AID A;  5P08 A;  3KT2 A;  3DCR A;  1FG8 C;  4MC2 A;  5HE4 A;  2I4W A;  3OU1 A;  4EJ8 A;  5SY2 A;  2VIJ A;  2P83 A;  3OQ7 A;  1UH9 A;  3WB4 A;  3CYX A;  5P1C A;  4H1E A;  5JFU A;  3IAW A;  4DJR A;  4FSE A;  5P24 A;  3KA2 A;  3OU4 A;  4DQE A;  3O9A A;  5P40 A;  3FIV A;  1UPJ A;  4JOO A;  4Y4U A;  1D4K A;  3VG1 A;  3NSH A;  3OOT A;  3QVC A;  2VKM A;  2ZJH A;  5DQ2 A;  3SKF A;  1G6L A;  3HLO A;  4FE6 A;  1HTG A;  3KT5 A;  3OK9 A;  5P5J A;  5P7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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