4K4PA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4pA00
2NMZA 1TSQA 4RROA 4Y45A 3VYDA 5P3YA 1HIVA 3K5GA 1HSIA 2QHYA 5P07A 4I0IA 3R2FA 4AA8A 4I1CA 3PI0A 3C9XA 5P1WA 4FLGA 5P3MA 3H0BA 1UH8A 1B5FB 5OZNA 3QN8A 5AH8A 4A6CA 5P3OA 1C70A 4Y4UA 2XYEA 1HTFA 3K5DA 5P0QA 4Y5NA 5P2YA 3S85A 1HPSA 5OYRA 5DR4A 3IXOA 4D88A 5P3QA 3AUPA 1BWBA 5KR0A 2Q55A 5P31A 1TZSA 3RTMA 1W51A 5P60A 3G72A 4GJDA 5P7VA 1K2CA 5OZMA 2P83A 5ER2E 4GJ6A 5P6UA 5P3LA 2FS4A 5P66A 1FMUA 5P3CA 3ZKSA 2I4XA 5P38A 2PC0A 4YCTA 3F9QA 1LYWB 1BXOA 5P7AA 5P2NA 3R0WA 5P5XA 4EYRA 3R1GB 3QRVA 4DJQA 3ER3E 4KE1A 4RRNA 2IRZA 2FNSA 1HVKA 1SDTA 3EKPA 3PMYA 4F74A 3S2OA 5P6RA 3VF5A 2VNNA 5P01A 2I4WA 4ZLSA 3D1YA 2PK6A 5P52A 1KZKA 4UPJA 2P4JA 3ZPSA 5P3GA 1EC3A 1JLDA 4ZPFA 5P4GA 3UQUA 1K6PA 1NPVA 1W5YA 4Y4DA 1MTRA 2OHNA 4I0DA 3QRSA 5P6BA 4WY1A 5P5HA 5OYSA 5P17A 5OZDA 1Z8CA 2G1OA 3Q6YA 2VJ9A 4GZFA 3OOZA 4CPWA 4YD7A 2H6TA 4YCKA 2BPVA 4I10A 1XE5A 3DM6A 4RVXA 5P0OA 2ASIA 4J5JA 3OXCA 1LEEA 4DJOA 4GJAA 4DJUA 2Z54A 3LPIA 2P3AA 1MT9A 7UPJA 1HVRA 1YG9A 4YD4A 3VG1A 2IENA 1C6ZA 5P0VA 1BDQA 3IGBA 2UXZA 4H3IA 3K5CA 3SM1A 3PHVA 4LXKA 5P1OA 4DQEA 5P2SA 5P74A 2Q3KA 2V0ZC 2VJ6A 5P7SA 3TL9A 1E82E 3U71A 3OU1B 3O9IA 4FSLA 4Y4BA 3HBOA 3L5BA 5DR0A 2PWCA 2VIJA 4J1KA 5P6QA 2WEBA 3KDBA 4R93A 1NSOA 4Y3EA 2NMYA 2QD6A 3BXRA 4YBIA 5P4BA 3SACA 4ZPEA 3SA4A 5P39A 1ZSFA 5P67A 3S45A 4ACXA 3OUDA 5OZRA 1BDRA 5E5KA 4IVSA 5P2CA 4Y4EA 3NU5A 4DI2A 4FCOA 5SZ9A 5P1IA 5P2GA 3MWSA 1B6JA 3BUFA 4ZSQA 4TRZA 1PSAA 4DQFA 3S54A 3NUJA 2ZJJA 5P16A 5DQ2A 4Y5AA 3HAWA 5P34A 3EKWA 3TKGA 5C9FA 4YBFA 5P7NA 1D4LA 4OBKA 2F8GA 3RTHA 4GIDA 4Y47A 2UPJA 5P1CA 1RNEA 5P5OA 4BFDA 1Q9PA 3NXEA 1MESA 3GI6A 5P3SA 4FIVA 2P8HA 5P72A 2V12C 5P5YA 5KQFA 2PH6A 4RRSA 1IDBA 5P51A 5I70A 3IXJA 1BBSA 3GGAA 4Y9WA 5P2XA 1DP5A 3ZKGA 2FDPA 5P2VA 3SA9A 1GVXA 4AMTA 3NDXA 4YA8A 5P1SA 3EXOA 1RL8A 5P1FA 3DCRA 1HPVA 4Y54A 5P8FA 2FGVA 4DJPA 4FM7A 1QDMA 3OTYA 3INFA 5P5RA 4A4QA 1APUE 2PYNA 4XX3A 3UQRA 4EXHA 5OZVA 1FMXA 2BPZA 5P42A 2O4NA 2B8LA 3LIXA 5P5EA 5P7UA 3EKTA 3WZ7A 3OUBA 4LBTA 5P7PA 4ZSMA 4Y37A 3UDRA 1TCXA 5P81A 2QI4A 5P44A 3NSHA 2V16C 5JFPA 5P0JA 2HPEA 3ZPTA 5P2DA 4TRWA 4D89A 5P6TA 5P4WA 1MPPA 4Y5MA 3S7MA 5P75A 2IKOA 1FFFC 5OYUA 1EEDP 5DR1A 5ISKA 4L7HA 3BUHA 3T7PA 1FG6C 3HVGA 3TLHA 5P6AA 3OY4A 5P0NA 5HU1A 3CKTA 2AOHA 2PSGA 5P71A 3HVPA 2J9JA 1E81E 4CP7A 5P03A 5P0AA 4Y3PA 3H5BA 2PWRA 1VIKA 1DPJA 4Y5PA 4FM6A 4HA5A 5OYVA 1MRWA 1W5VA 5OZIA 1M4HA 5P3WA 3VV6A 1FMBA 2IGXA 2VS2A 4FAEA 3IN3A 1ER8E 2B42A 3EC0A 5P11A 1HVLA 5OZCA 5P56A 1CPIA 5P1PA 1T7JA 4Q1WA 2XYFA 1YM2A 2F3FA 1LF4A 2FXEA 4DQHA 1ODYA 1MEUA 5P49A 1SDVA 5P26A 3LZYA 3GI4A 4J0PA 1XN2A 5P4RA 3ZL7A 3L38A 3Q3TA 4Y41A 2F80A 4QJ7A 5P50A 5P6MA 3O9LA 2QMGA 4M8XA 4GJ9A 3EBZA 2P3CA 4X7IA 5P23A 4TVGA 4QJ6A 4J55A 5P7LA 5P1XA 1APTE 3KFSA 1UH7A 7HVPA 5P4NA 5P6WA 2VA5A 5P8HA 2CEJA 4L6BA 2OHTA 1XE6A 2O4PA 1Z1HA 5P2LA 5OZKA 1EPME 5P3FA 5P4EA 2OHLA 4J54A 3DV5A 3L5FA 2Q64A 3BRAA 1FGCC 5P09A 3T3CA 5HCTA 1DAZC 2WEDA 2P3BA 4DQBA 4Y48A 3OTSA 5CLMA 4F76A 5IS4A 2QMFA 1N49A 3R4BA 3UDMA 5P7OA 2AQUA 1KJHA 1ZPAA 3ECGA 3WB5A 2VA7A 2WF4A 2ZHVA 3PLDA 1T6GA 5P46A 5P6SA 5P7WA 1C6XA 5P8OA 3S56A 4Y3RA 3WZ8A 1F7AA 5P7FA 1QRPE 2BJUA 3JW2A 4K4PA 3B7VA 4QJ8A 4ZPGA 3N4LA 1FB7A 2IGYA 1K2BA 2ER6E 5OZHA 5KOSA 5P6KA 2I1AA 1HEGE 3WB4A 3JVYA 1IZEA 5P78A 1RV7A 1MERA 3KT2A 4YD6A 4MC1A 3KT5A 3QVCA 3INEA 1W50A 2WEZA 3KDCA 1FQ7A 1K6TA 5PEPA 3ZLQA 1G6LA 1HXBA 1XL5A 5P5LA 1EPQE 1CZIE 4Y3YA 2HPFA 3OUDB 2I0AA 2OHKA 5P85A 3O99A 3L5DA 2WF2A 3OK9A 1G35A 5JG1A 3BC4A 3BXSA 4EJDA 4HDBA 4DPIA 2VA6A 5P13A 2G26A 3OXVA 2HS2A 4I8ZA 1MUIA 3FIVA 5P0TA 3IXKA 4FRIA 4CPUA 3UQXA 1G2KA 2CENA 5P05A 1LS5A 4D83A 5P5UA 5P47A 5OZSA 2SAMA 2QHZA 5P1QA 1B11A 5P6PA 3VUCA 4Y35A 2V11C 1SDUA 3CYXA 2QU3A 2RKFA 5OZ8A 1TQFA 4Y3WA 4Y3ZA 5OYWA 3VF3A 1GNOA 5P8QA 3TPJA 3OHFA 5BS4A 5P8CA 4H1EA 1BDLA 3ZKNA 4F75A 5OZZA 3EKVA 3KFRA 4Y5BA 2G1SA 2OAHA 2QMPA 1EC0A 5P6HA 5AH9A 4K4QA 4Y5EA 4Y3JA 3O9GA 5P8IA 2ZJIA 4CPXA 4KB9A 3NUOA 2AZCA 5P4UA 2FMBA 3CIDA 5SXNA 3DCKA 2AVQA 4RCEA 5P8SA 5AH6A 5OZGA 2R3TA 5P20A 1EPRE 1DIFA 3HZCA 1BILA 1FLHA 3IAWA 1FF0C 3O9HA 3NU6A 2Z4OA 5P1MA 5P4ZA 3NDUA 4KUPA 4FS4A 3OOTA 4DJYA 4U8WA 5OYTA 1PSOE 4DJRA 4JP9A 3PMUA 3TH9A 5ENMA 5P58A 5P0MA 2VIEA 1EBYA 5P83A 5OYZA 3IVHA 2AZBA 1HVCA 4EHCA 3O9DA 1SGZA 2OHPA 5F01A 2F3KA 5IVSA 4RVIA 1BVGA 4Y4AA 5P33A 4FE6A 4Y38A 5UPJA 1OEWA 5P8MA 5P0HA 5P3UA 1NPWA 3UFNA 2AVMA 2WL0A 2EWYA 3N3IA 3BGBA 3KFPA 4M8YA 2R38A 3FV3A 3OU4A 3PM4A 3ER5E 5AHAA 4CKUA 2NXMA 3PBDA 3VSXA 4LAPA 2ZJMA 5EZZA 1OD1A 4Y5GA 2J9JB 3T11A 3FKTA 5DR8A 2ZJNA 2NR6A 5P8UA 5P4AA 5P8KA 1QBTA 1QBRA 5P7IA 4Q1NA 4H3GA 3LZUA 5P3AA 4MC6A 1YTGA 5P4CA 1K6CA 2HB2A 3ZKQA 5I3VA 5OZWA 3PSUA 4HVPA 5P7XA 5P25A 5P1YA 3PWWA 1SIVA 1EBZA 1MSNA 4NPUA 4DFGA 2ER9E 4OBDA 5DQ5A 3KMXA 3LIYA 3LIZA 4B05A 2AODA 1W6HA 4DQCA 2HIZA 5P88A 3UDKA 3B80A 2R8NA 5OZFA 1BVEA 4R92A 4CPTA 1IZDA 3EKQA 2R5QA 1ZPKA 1AXAA 1EPNE 5P2IA 8HVPA 4YE3A 5P69A 4Y4TA 3O9LB 5P2OA 1ENTE 5P6NA 4D85A 4H3FA 1HTRB 2IQGA 3TPPA 3NU9A 5P1NA 2XFJA 4I0ZA 4EXGA 5P8AA 3ZOVA 5P0WA 4Q5MA 5HE5A 4Y4WA 1META 2B8VA 4LC7A 4ZSPA 4YDFA 4I0JA 1XL2A 4QJAA 4I11A 2PH8A 5DQCA 5P6ZA 2F81A 5P0KA 4ZEAA 3I7EA 3UTLA 5OZ5A 4LP9A 4NJTA 5P19A 1NH0A 2P3BB 3TNEA 5E5JA 3QIHA 4APRE 4Y3LA 5P4SA 3S53A 3PBZA 5CONA 3ZKIA 3KM4A 5P80A 5P3ZA 1IBQA 1EBKC 4DVFA 4MC9A 2G1NA 3OQFA 1EAGA 4OC6A 4Y39A 1HIHA 5P43A 4YCYA 2I4UA 4ACUA 5SY2A 1T7KA 3D20A 5P4MA 5KOQA 3PI5A 1A8GA 1SIPA 4LHHA 4OD9A 3QS1A 4Y5CA 1OHRA 3Q70A 5P86A 1D4YA 5P0GA 2G1YA 2PQZA 4DJXA 5B18A 5P00A 2AVOA 4FSEA 1U8GA 5P5BA 4DH6A 1T7IA 5P82A 3LNKA 4F73A 5P0PA 3LHGA 5P8DA 4Y50A 1SP5A 3SA6A 4L7JA 4ER1E 1W5XA 3OUAA 4NKKA 5P7ZA 1EPPE 4Z2ZA 4B1EA 2J9KA 3JVWA 5P4OA 3FSMA 5P1LA 1ZAPA 4GJ5A 5COOA 4B1CA 5P3PA 4R5NA 5P6IA 3TTPA 2Q11A 3UDYA 4B00A 3D1XA 2VJ7A 3O9BA 2ZHUA 3SPKA 4ZSRA 3IN4A 1B6MA 4YDGA 2QI5A 5IVRA 4Y3FA 2CEMA 5P7TA 3UHLA 4DQGA 4B0QA 2ER7E 3ST5A 4Y4ZA 3PGIA 2WEAA 9HVPA 5P7BA 1HSHA 2XFKA 1FKNA 3VFBA 4AA9A 2AZ9A 2R9BA 4ER2E 2O4KA 1DMPA 2ZHSA 3K4VA 4K9HA 3EL1A 3SM2A 1DW6C 1B6PA 5P64A 5JODA 3S8IA 4QJ2A 1HTEA 4J1HA 4EJKA 2ZGAA 4Y56A 5P0YA 5P2AA 1PPME 1MTBA 5P2BA 1D4JA 3QROA 2QZLA 5OZYA 3DV1A 2AIDA 1IIQA 2IDWA 2RKGA 4AUCA 2QK5A 5OZ4A 5IVQA 4Y4JA 5P3NA 2G20A 4YOBA 5P8TA 5P36A 4Y3XA 4L7GA 1OEXA 3Q4BA 3HLOA 4I12A 4Y44A 4DV9A 4L1AA 2FGUA 2O40A 2QNPA 2WHHA 3KMYA 5P7QA 1SMEA 1YX9A 3NU4A 3QPJA 3CICA 3OQAA 5P5FA 5HD0A 1MSMA 5P2RA 4YOAA 4Y51A 4FRJA 5P27A 3KDDA 3TPRA 3L59A 5P8LA 2QMDA 3EM3A 5P6OA 5P14A 4PZXA 3VYEA 3LITA 3KA2A 2HS1A 1C6YA 2R5PA 5P2QA 4TRYA 1WKRA 1FQXA 3URJA 3OU4B 5P87A 5P5QA 5OZ9A 5OZPA 5HDZA 1GNNA 2JJJA 4Y57A 3VCMA 2R43A 2O4SA 3KF0A 4RZ1A 3CIBA 4Y6MA 5P76A 4Y3GA 2OHRA 3KFNA 2I0DA 5P5NA 5P7CA 5P5MA 1TCWA 2VKMA 5OZXA 2AOGA 5P2MA 5P7YA 2HAHA 4JPCA 3SFCA 1AIDA 1E80E 1ZBGA 5P1EA 5P0BA 2OHQA 5P62A 2V00A 3HD8A 1PPKE 3I2LA 2NPHA 4Z4XA 1HIIA 2NXDA 5P0IA 3VV8A 4RGHA 1LZQA 1IVPA 5C9DA 4Q1YA 5OYQA 3MXEA 3EM6A 4HE9A 4Y3HA 2MIPA 3PSGA 1HTGA 1J71A 2PK5A 3GW5A 1HVSA 3O9FA 2APRA 2QI0A 4QGIA 5OYXA 1K1UA 3HW1A 5COKA 1BIMA 3PJ6A 2G21A 4Y43A 3QRMA 1HSGA 3UPJA 2AVSA 3URLA 4EJ8A 2F3EA 5P18A 4TVHA 5P7DA 5P5JA 3LZSA 5P89A 1WBMA 1XN3A 3VYFA 3D3TA 2QI1A 3LPKA 4PHVA 3QI1A 2Q63A 5P8JA 3NU3A 5P63A 4QJ9A 1EPLE 3LZVA 4DJVA 2QNNA 1M0BA 3QAAA 3VLBA 4QLHA 2BKSA 1CMSA 2G24A 2OHUA 5P1JA 1FQ8A 5P35A 2JE4A 4RVJA 5P7RA 3RU1A 1ZJ7A 3EMYA 4OC6B 1HEFE 4A6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMZ A;  1TSQ A;  4RRO A;  4Y45 A;  3VYD A;  5P3Y A;  1HIV A;  3K5G A;  1HSI A;  2QHY A;  5P07 A;  4I0I A;  3R2F A;  4AA8 A;  4I1C A;  3PI0 A;  3C9X A;  5P1W A;  4FLG A;  5P3M A;  3H0B A;  1UH8 A;  1B5F B;  5OZN A;  3QN8 A;  5AH8 A;  4A6C A;  5P3O A;  1C70 A;  4Y4U A;  2XYE A;  1HTF A;  3K5D A;  5P0Q A;  4Y5N A;  5P2Y A;  3S85 A;  1HPS A;  5OYR A;  5DR4 A;  3IXO A;  4D88 A;  5P3Q A;  3AUP A;  1BWB A;  5KR0 A;  2Q55 A;  5P31 A;  1TZS A;  3RTM A;  1W51 A;  5P60 A;  3G72 A;  4GJD A;  5P7V A;  1K2C A;  5OZM A;  2P83 A;  5ER2 E;  4GJ6 A;  5P6U A;  5P3L A;  2FS4 A;  5P66 A;  1FMU A;  5P3C A;  3ZKS A;  2I4X A;  5P38 A;  2PC0 A;  4YCT A;  3F9Q A;  1LYW B;  1BXO A;  5P7A A;  5P2N A;  3R0W A;  5P5X A;  4EYR A;  3R1G B;  3QRV A;  4DJQ A;  3ER3 E;  4KE1 A;  4RRN A;  2IRZ A;  2FNS A;  1HVK A;  1SDT A;  3EKP A;  3PMY A;  4F74 A;  3S2O A;  5P6R A;  3VF5 A;  2VNN A;  5P01 A;  2I4W A;  4ZLS A;  3D1Y A;  2PK6 A;  5P52 A;  1KZK A;  4UPJ A;  2P4J A;  3ZPS A;  5P3G A;  1EC3 A;  1JLD A;  4ZPF A;  5P4G A;  3UQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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