4K4QA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease with 3-bromo-2,6-dimethoxybenzoic acid bound in flap site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4qA00
4Y4WA 5P09A 3LIXA 1EPQE 5P7QA 5P3VA 3HAUA 4FM8A 5ER1E 5APRE 4RZ1A 5P2ZA 1BBSA 3OQ7A 3OU4A 2R9BA 4Y5GA 3PWRA 1WKRA 5JFPA 3ZOVA 5IVRA 2WF4A 1HTEA 1CPIA 4R95A 1W50A 2ER6E 1HPSA 5P45A 5P3JA 6UPJA 1ODXA 1BDRA 5P3MA 1A8KA 5OZGA 1AVFA 2QZWA 3ZKQA 4GB2A 5OYSA 3UDMA 3K5FA 4I0HA 4I11A 2PMAA 3U6AA 1K6CA 4RYCA 5OZRA 1T7JA 3LZUA 3LNKA 5DQ5A 5P3CA 3LPIA 3OU3A 5P3NA 5P4SA 3BRAA 5P70A 4DQBA 5P17A 5P1TA 5BRYA 3OTYA 2BKTA 1B6LA 3S7LA 3O9HA 5P50A 3VV6A 3U71A 5P25A 5P64A 3BUHA 5P8CA 1DP5A 1HWRA 3VF3A 5SY3A 1ENTE 2R5QA 5P0CA 5AHBA 1HIHA 4D89A 3K5CA 4R91A 1E5OE 1MT9A 2QP8A 1W5YA 2JXRA 2F8GA 5P26A 3SA4A 2QD6A 1YTIA 5OZ3A 4Y5NA 3IGBA 1META 1EPRE 5P69A 4EP3A 5P2GA 4HEGA 5P16A 1WBKA 5P4LA 3O9FA 3NU6A 5P73A 3DCKA 3UDQA 5P7HA 5P7LA 2HS2A 2WEAA 4NJSA 5P1SA 3EM3A 1MERA 4Y36A 3OHHA 1MTBA 2R3TA 1D4KA 3L5CA 4I0IA 2P3DA 3EKYA 3OUAA 3NUJA 5CONA 4GJDA 4F75A 4R92A 1IIQA 4H1EA 3QVIA 2ZE1A 4BFDA 4FRIA 4RVXA 4B05A 1APTE 1HRNA 5P3PA 3TOFA 1EBZA 5AH8A 2PYMA 1YTJA 5OZHA 5P76A 5P2WA 4HZTA 1DAZC 5IVTA 2Q5KA 3T11A 1MRWA 5OZWA 3NU3A 2AOHA 3OUCA 2OHTA 2PWCA 3HVPA 3OOTA 2R43A 5OYQA 1B6MA 3WZ7A 4HE9A 1HIVA 3LPKA 1E82E 3SM1A 4Y4ZA 5P7JA 1IVPA 2WEDA 3SKFA 3KFPA 5P8VA 5ISJA 4L1AB 1EC1A 4OBHA 3K5GA 2Q15A 5P3IA 3JW2A 4Y58A 5P7OA 3NU9A 4XXSA 5P35A 1BXOA 4DUSA 2QI4A 2NXLA 1A8GA 5P85A 5P8AA 4QJ2A 4MC2A 5P6QA 2NXMA 5P5OA 3IN3A 2BKSA 5OZ7A 2FDEA 4I0DA 5P57A 2BPXA 4RVJA 1EBYA 4J0VA 1SBGA 5OZOA 2F3EA 1T3RA 5P32A 4F76A 4Y3HA 3FNSA 5P81A 1SDVA 5OZPA 3OU1B 4Y38A 1XDHA 1A30A 5OYXA 4B72A 5P56A 3OAGB 3UTLA 5ISKA 5P01A 2I0AA 4IVSA 5P0FA 5P30A 1MSMA 3NDWA 5P4BA 5P62A 4DV9A 2AOFA 3QN8A 1IZEA 1RQ9A 1OEWA 3EKQA 4Y39A 4EXGA 3HD8A 1B6JA 4I0FA 1PSNA 3OADB 2G69A 1EPOE 3G6ZA 4Y9WA 3INHA 1Q9PA 3TH9A 3EL1A 1J71A 5P1OA 5P0QA 4XX3A 1NSOA 2QI0A 4FGXA 5P6JA 1KJ4A 3DUYA 1GNOA 1B6KA 3LIVA 5E5KA 1ZLFA 4K8SA 4Y57A 4XX4A 2OHPA 3GI0A 5P82A 4FRJA 2WF1A 1SMEA 4ZE6A 1FMBA 5DQ1A 5P5GA 4J1KA 5OYYA 3CICA 1FQXA 3O9EA 1LYBB 5P53A 2A1EA 1YTGA 3N4LA 1B11A 4I0JA 4QLHA 2O40A 5P3KA 4RRNA 3S2OA 5HU1A 1A94A 3PVKA 4ZLSA 3BGBA 5P8MA 3VF7A 2WF2A 1IZHA 4YHQA 1HPXA 2ER7E 3R1GB 2B7ZA 1VIKA 3APPA 5OYUA 3KDCA 4Y4AA 3NSHA 2QZXA 3PJ6A 4PZXA 2WHHA 2PQZA 5P0GA 5P1PA 3K4VA 3VSXA 3PCZA 4D88A 5HU0A 5P3ZA 3OOZA 3FX5A 4CPSA 2V12C 5P2BA 4OBZB 3O9LA 3KFNA 2Q63A 2BB9A 3VFBA 3EM4A 4JPCA 5P4NA 4Y37A 4I8ZA 5P12A 3SM2A 1EPNE 2QZLA 1PSOE 2R3WA 2XFJA 5P79A 2G24A 1AJVA 3LIYA 4CPQA 3T7PA 4JPEA 3BHEA 4XKXA 1BWBA 3AIDA 3DM6A 4D85A 4F73A 4FM7A 4JOOA 4EWOA 3S54A 4I0GA 3JVWA 3PSUA 4YA8A 5HCOA 5P1GA 3WB5A 3PB5A 1OD1A 5OZ8A 1W6IA 3FKTA 3ER3E 5P1EA 5P7XA 4YBIA 4Y48A 4FL8A 5P1RA 2I4XA 3DV5A 4TVHA 4Y3GA 4DQHA 1SH9A 3EKTA 4J17A 4QJ8A 1E81E 1SIPA 5DR4A 1PPME 2F80A 3URJA 1GVTA 3BUFA 4YBFA 4RCFA 4S1GA 4J1IA 3S7MA 3ZKNA 4OC6A 1XE6A 4LL3A 5OYWA 3O9IA 2OHQA 4GIDA 3EMYA 5P3UA 2I4VA 1B5FA 1HHPA 3DCRA 5DGWA 3OU4B 4HDBA 1Z8CA 4I0EA 3BUGA 2QNNA 5OZVA 5KR2A 5P3GA 5P0PA 1NPWA 1N49A 2Q54A 5P5JA 2WF0A 5P00A 5P1AA 5OZAA 1MT8A 1YTHA 5P4WA 3L5BA 5P6NA 5P6ZA 5P8QA 2ER9E 4NJTA 5P1MA 5P0KA 3RTNA 3CMSA 3OWNA 2HAHA 4D83A 1T6GA 5P11A 1LS5A 4OBGA 3L58A 4FSLA 1UH9A 3RSVA 1EC2A 4Y50A 5P8OA 5P8LA 2WKZA 3SACA 5HDUA 1T6EX 2ZJLA 2RMPA 2BBBA 1NPVA 2AODA 5P39A 2ZHUA 1IBQA 5P84A 3NWXA 1GVXA 3CKRA 4A4QA 4YOAA 3LIZA 5P3SA 2PC0A 3QRSA 2H6SA 5IS4A 2P83A 4Y3JA 5P4QA 3FV3A 2QNQA 2RKFA 3DOXA 5P4CA 3BGCA 1TCWA 5P2VA 4EPJA 3ZKIA 5P66A 4HA5A 2J9KA 4YCKA 5P4IA 4YD3A 3SA8A 3O9CA 2QI1A 3INFA 1MEUA 4Y4BA 1EPLE 3EXOA 1T7KA 3PGIA 1A9MA 1W5XA 1LV1A 1CMSA 3QVCA 1HVJA 2P4JA 2R5PA 2FIVA 5P88A 5P8HA 2G20A 5KR0A 3JVYA 4LXMA 4LAPA 3K4VC 1MT7A 4EQ0A 3SQFA 4L7HA 2OHLA 4FAEA 5P8UA 2G1YA 4QGIA 4B78A 2OF0A 5COPA 5P2AA 1HVSA 1ZTZA 4DQFA 1MRXA 4RGHA 5JG1A 4Y3DA 4J0PA 5P4JA 1GNNA 2FDDA 3ST5A 2OHNA 4HVPA 5P3RA 5P2IA 5P05A 5AH7A 3TOGA 1G0VA 5P24A 3R2FA 5OZKA 5P47A 4ER2E 5P8GA 1ME6A 2ZGAA 4ER1E 3UHLA 4LBTA 2AOIA 2IL2A 2UPJA 4I0ZA 4R5NA 5P5BA 3HBOA 5P5NA 4EHCA 3SO9A 1T7IA 5KQYA 4EQJA 5P7DA 4I8WA 5P1IA 3G70A 1EEDP 3VYEA 3NU5A 4GZFA 5P4YA 4DI2A 1HVHA 5ENKA 4GJCA 5P06A 3SA6A 5P7WA 5T4SA 5P5UA 4GJ5A 3VG1A 4ZSPA 1PFZA 1SGUA 3S53A 4NKKA 3KN0A 5P2EA 5P6LA 1PSAA 2BQVA 2WF3A 4TRYA 2NMZA 4DJPA 2ASIA 5I3YA 2F81A 1D4LA 5P2TA 1APVE 4DJRA 1EC3A 3SABA 4Y6MA 3OHFA 4A6BA 2HS1A 2IEOA 3QRMA 5P3XA 4AZYA 3ZKMA 5OYVA 1IZIA 5P7MA 3OTSA 3D1ZA 3UPJA 3QS1A 1FQ8A 5P0OA 4Y4UA 3NDUA 5P75A 5P7PA 1FQ7A 5HVPA 3QIHA 4ZIPA 2XFIA 1FQ5A 1PPKE 5P5RA 5DR3A 3BVAA 1LZQA 5P7CA 2BPVA 4MC1A 1PPLE 5P5ZA 5OZDA 4BELA 2FS4A 2WJOA 1D4JA 5OZCA 5KR8A 4J1FA 4CPWA 2B7FA 3NWQA 5P0ZA 5P1DA 4YD5A 4DQEA 7HVPA 5P0IA 5P0XA 5P3FA 5P4RA 3VYFA 1DIFA 5E5JA 5HE5A 5P1FA 1YM4A 5P7EA 2WEBA 5P2YA 1JLDA 6FIVA 3UQRA 1HVRA 1W51A 4TRWA 1LF3A 4FRSA 3OXCA 1SP5A 1PROA 4Y5LA 1EBWA 1GVWA 2CENA 1HXWA 2IRZA 5P2CA 1ZP8A 5P0HA 3TLHA 5P5PA 4FCOA 5P6FA 3Q5HA 4ACUA 2OHMA 5P2MA 2G1RA 3PLLA 5P5YA 2G1OA 4I12A 3C9XA 5P6XA 2WECA 1HVLA 3O9LB 2Q3KA 3VV7A 2VIJA 2VIZA 1XE5A 1XN2A 5P8BA 3UDYA 2VNNA 5P8IA 5P6PA 2ANLA 3QI1A 3UFLA 3WSJA 2UXZA 5P6VA 1UPJA 5P8NA 3O9DA 2QCIA 4YD6A 2FMBA 2ZJHA 5P0NA 2JJJA 5P29A 5P3LA 1M43A 5OZSA 1IZDA 2ZHVA 1TW7A 1BV7A 5P0MA 2VJ9A 5P2LA 3PRSA 1ZBGA 3KT5A 1FKNA 2VA5A 4D8CA 3PMUA 5P1YA 2AOGA 4Z2ZA 5P54A 5P4UA 2QNPA 4B0QA 3OGPA 4OC6B 2Q55A 4Y4GA 5P4MA 5P8FA 3UDNA 4J1EA 2AVQA 5P6MA 3L3AA 5P65A 1B5FB 2APRA 4DFGA 5P7IA 3ZKSA 5P4OA 1K2BA 5P78A 4RROA 5P1LA 1KZKA 3PCWA 5P59A 1FQ4A 5P8PA 4E43A 5OZNA 2NTRA 3UCBA 3WZ6A 4Q1WA 3S43A 3EL4A 5AH6A 5P6RA 4J1CA 1DW6C 8HVPA 3O9AA 5C9BA 4Z4XA 3KM4A 2AZ9A 2O4LA 5AHAA 3O99A 4EJLA 4DJYA 5P3HA 2QHYA 1XN3A 3S45A 5P58A 4M8XA 5P4ZA 2HIZA 4QJ7A 3I7EA 2VKMA 1YG9A 1YM2A 2IGYA 2HPEA 3LINA 5OZYA 3O9BA 1TQFA 3SPKA 2BPZA 5P3BA 5P4FA 4Y45A 5HDVA 5DQCA 3UF3A 5I70A 2O4NA 5P5VA 3EKWA 3PEPA 3OXVA 5HCTA 2OHSA 4MC9A 2QHCA 2G22A 3SA7A 4Y4JA 5P0RA 4M8YA 5P0AA 4U8WA 3Q3TA 3OQKA 3UDPA 5P7KA 1BILA 5P5DA 1SDTA 2PWRA 5FIVA 5DQ4A 4FAFA 5P22A 5P86A 3R4BA 6APRE 5CLMA 1FG8C 4Y3RA 5P89A 3OK9A 4H3GA 1HSHA 4OBFA 3NR6A 1C6ZA 1FMUA 1ER8E 2G21A 5P5WA 5P8TA 3NDTA 5P6HA 5P55A 4Y4DA 3UFNA 1K2CA 3PHVA 2HB4A 2Q64A 1RPIA 5P1HA 2NNKA 2ZYEA 2QI3A 5P33A 4B1EA 1MVPA 4Y47A 4FE6A 3QPJA 4LXAA 3KDDA 2QI5A 4Y41A 4Y3NA 1D4SA 5P1ZA 4OBDA 2H6TA 4Y3WA 5OZ9A 3MSKA 1YT9A 5F01A 3GGXA 3IA9A 2I4DA 1EPPE 4Y3MA 4Y3FA 5P7GA 4CPRA 1HEFE 5P83A 1W5VA 5OZ6A 2FGUA 3AUPA 5P2FA 5KQZA 4Y3EA 3FIVA 3LZVA 5P02A 2FDPA 1W6HA 3SA3A 3EKVA 3FNTA 5P2SA 2O4SA 5PEPA 1NH0A 4EYRA 5KQXA 3Q4BA 4Y5MA 4Y5AA 2ZJKA 4YD4A 1AAQA 3I25A 4F74A 2ZJJA 2VA7A 4EJDA 5P37A 3T3CA 1LF2A 5HTZA 2J9JA 3FSMA 1D4HA 1ZPKA 3TOHA 4Y4EA 4R8YA 4B77A 1APWE 4CPXA 1D4IA 4ZEAA 3IVIA 3RU1A 5P5CA 3TKWA 1M4HA 2VIEA 1HTRB 3L5FA 2WEZA 1MSNA 4PYVA 5P6YA 2XYFA 4OBKA 4K9HA 5OZ2A 5P6WA 1LF4A 1HVIA 1FFFC 3SFCA 3GI4A 5P7SA 2RENA 4TRZA 4PHVA 1FLHA 4KE1A 4B1CA 4Y3XA 2AOCA 3PM4A 5P14A 4DJWA 5P38A 5KOQA 5P13A 3GI5A 3NDXA 4LHHA 2ZHRA 3KFSA 2HB2A 1QBRA 4RVIA 2Q11A 4DJQA 3LZYA 5P7FA 3VYDA 3EL5A 3OQAA 4ZPGA 3OXWA 3D1XA 2B42A 5P1JA 4DPIA 2AVMA 3NXNA 2Z54A 2QK5A 4GJAA 4Y51A 4Y4XA 1EPME 1TZSA 3LHGA 4DH6A 2VJ7A 3KDBA 5P27A 1F34A 1Z1HA 4Y35A 2QZKA 3SA9A 3ZPSA 4B70A 4I10A 3MXEA 1TSUA 5OZQA 4A6CA 3PWWA 5P49A 5SY2A 4K4QA 5P7UA 2AOJA 5P18A 4EJ8A 2F3KA 5P28A 3CKTA 5P6CA 5AHCA 4UPJA 2G1SA 5P46A 1C6YA 4B00A 5P68A 3EBZA 3ZLQA 5OZIA 1MPPA 5P87A 5P71A 3T7XA 3IAWA 4B1DA 5OZXA 5OZZA 1RV7A 2XFKA 2V11C 4GJ8A 1HXBA 3TPRA 5P8SA 1B6PA 2EWYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4W A;  5P09 A;  3LIX A;  1EPQ E;  5P7Q A;  5P3V A;  3HAU A;  4FM8 A;  5ER1 E;  5APR E;  4RZ1 A;  5P2Z A;  1BBS A;  3OQ7 A;  3OU4 A;  2R9B A;  4Y5G A;  3PWR A;  1WKR A;  5JFP A;  3ZOV A;  5IVR A;  2WF4 A;  1HTE A;  1CPI A;  4R95 A;  1W50 A;  2ER6 E;  1HPS A;  5P45 A;  5P3J A;  6UPJ A;  1ODX A;  1BDR A;  5P3M A;  1A8K A;  5OZG A;  1AVF A;  2QZW A;  3ZKQ A;  4GB2 A;  5OYS A;  3UDM A;  3K5F A;  4I0H A;  4I11 A;  2PMA A;  3U6A A;  1K6C A;  4RYC A;  5OZR A;  1T7J A;  3LZU A;  3LNK A;  5DQ5 A;  5P3C A;  3LPI A;  3OU3 A;  5P3N A;  5P4S A;  3BRA A;  5P70 A;  4DQB A;  5P17 A;  5P1T A;  5BRY A;  3OTY A;  2BKT A;  1B6L A;  3S7L A;  3O9H A;  5P50 A;  3VV6 A;  3U71 A;  5P25 A;  5P64 A;  3BUH A;  5P8C A;  1DP5 A;  1HWR A;  3VF3 A;  5SY3 A;  1ENT E;  2R5Q A;  5P0C A;  5AHB A;  1HIH A;  4D89 A;  3K5C A;  4R91 A;  1E5O E;  1MT9 A;  2QP8 A;  1W5Y A;  2JXR A;  2F8G A;  5P26 A;  3SA4 A;  2QD6 A;  1YTI A;  5OZ3 A;  4Y5N A;  3IGB A;  1MET A;  1EPR E;  5P69 A;  4EP3 A;  5P2G A;  4HEG A;  5P16 A;  1WBK A;  5P4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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