4K4RA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease with 1-bromo-2-napthoic acid bound in exosite
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4rA00
1HTEA 5OYRA 5P0HA 3UDHA 4L7HA 5P1EA 3UFLA 5P51A 2HC0A 3EM3A 4OBZA 4DUSA 1XN2A 3PM4A 5P2WA 2Q11A 4I0JA 2F3KA 1FKNA 3PMYA 3D1YA 4LAPA 4DH6A 3PRSA 4PYVA 2O40A 3K5GA 3CIDA 1B6MA 4ZPEA 5P6OA 5P64A 4YCKA 4Y3DA 3OOTA 3Q5HA 5P1RA 3TH9A 3QBHA 3S54A 4GJ9A 3OU1B 2Z54A 1BXQA 3LIVA 4Y3RA 1G6LA 4Y3AA 4J1HA 4Q1WA 3KMXA 5P0QA 3WZ6A 2JJIA 4FRJA 4Y4WA 3CYWA 1HIIA 5P7HA 4FRSA 5F01A 3OADA 3G6ZA 5KQYA 5P68A 1TCXA 4Y54A 5DQ1A 1DMPA 2F81A 2ZHSA 3S56A 3D20A 5P59A 5P6UA 3GI6A 3O9AA 5OZTA 2ASIA 5P73A 5P7GA 2QI7A 4B1CA 1QS8A 1K1TA 5P36A 5P0LA 3NDXA 4BELA 5P6QA 1HVRA 5P5AA 4WY6A 4FAFA 1EPME 3NYGA 5KAOA 4Q1NA 1FF0C 2Q15A 2G94A 5OYSA 5P6SA 3HBOA 3WZ8A 2A4FA 3R0WA 1SGZA 3PWRA 3FX5A 4GJ5A 2VIYA 1SIPA 4Y53A 3AIDA 4Y4ZA 4DQEA 3KYRA 4HEGA 4K8SA 5P3ZA 1EC3A 1D4IA 2Z4OA 3QP0A 5P2FA 5P0KA 2QNNA 4R8YA 5P6EA 3DK1A 1VIJA 1FB7A 4CPWA 1QDMA 1HPXA 3ZKNA 3RSVA 1XN3A 4EP3A 1F34A 5P20A 1ER8E 3OK9A 4F74A 3SA6A 2G22A 4J1CA 5DR7A 2G1NA 5P7FA 3HZCA 5P6TA 3L5BA 5P3CA 3LIYA 3K5DA 3LPIA 3OUBA 1ZTZA 5DQ5A 5P12A 5P53A 2UY0A 3QVIA 5P4NA 2G69A 5KR8A 3PGIA 5P1JA 1YT9A 4Y5CA 2AQUA 4YOAA 1ZPKA 3G72A 1EPRE 5P57A 5P48A 1IIQA 3SACA 1EPNE 4HDFA 5P05A 1HHPA 1XL5A 1HBVA 4BFDA 1FLHA 2Q63A 4NKKA 4FM8A 4D88A 2OHRA 5P8GA 3NU9A 4QJAA 2ZE1A 5P4TA 3CIBA 1FFFC 5P1QA 2F3FA 4LXAA 5P75A 2BBBA 3QRSA 3INEA 5I3XA 2AVVA 5P6FA 5SZ9A 3SKFA 1FMUA 3EC0A 3QS1A 1FQXA 3L5DA 1ZJ7A 4K4QA 3FNUA 5P4CA 2XYEA 2ZHRA 1FG6C 1BXOA 3PB5A 3UDMA 4I0DA 5P15A 3NDTA 4L1AA 4R92A 3OHFA 3TPLA 1UPJA 5P1LA 3TPRA 1MTRA 4NPTA 4J0ZA 3OOZA 5P6KA 2Q3KA 5P6RA 2FLEA 4Y35A 4RYGA 5P4MA 4NJVA 3MWSA 2BB9A 5P7WA 2P3BB 1KJGA 3HD8A 1APVE 3O9BA 4EHCA 5OZ5A 4PPHA 1YM4A 3GI5A 3S85A 3SM1A 1IZHA 4Y5GA 4B77A 1IDAA 2VIZA 2A1EA 2VJ6A 3PI0A 5P7DA 2BPVA 4LXKA 3OUDB 4Y4DA 6FIVA 2O4PA 2ZJJA 5P4RA 2JE4A 4Z2ZA 5P7PA 2OHMA 5P0TA 2HB2A 3UHLA 2ER6E 4KUPA 1WKRA 5P5IA 4B1EA 1HTGA 4OC6B 4Y3HA 5P3HA 3TPPA 2G1YA 1KJ7A 5P2BA 5P0OA 5P8CA 2G26A 2R5PA 2R3TA 4PZWA 4HDPA 3O9FA 2CEMA 3EKQA 3QRVA 4Y3MA 2BKSA 3PLDA 5P3WA 3VV7A 4FSLA 4M8YA 1A30A 5P2ZA 5P43A 3L3AA 1ME6A 5P2NA 4Y5AA 2WJOA 5P4BA 4IVSA 3UDNA 3RTNA 2WEBA 1MUIA 4APEA 4EJLA 1LF4A 5P6DA 4CKUA 2IKUA 4I8ZA 3UTLA 5F00A 5P7XA 2VKMA 5AH9A 3I7EA 4EJDA 1LEEA 5OZHA 5P7OA 2QK5A 5P3SA 1XL2A 5P1YA 1META 5OYYA 4H3FA 1BIMA 4HLAA 5P02A 5P8TA 4EXHA 1EBKC 5OZCA 1FMBA 2FDEA 3WZ7A 4I0FA 5P8VA 5IVTA 1M0BA 4MC2A 3NSHA 5ENMA 4YOBA 4FS4A 4YE3A 3UDYA 1FQ5A 3SA9A 5OYUA 5P5BA 2OHNA 5P7BA 2WKZA 5HDXA 5HTZA 3TLHA 5P71A 5P7ZA 4EYRA 3TOGA 3EL9A 3UPJA 3NDUA 3FNTA 5OZ7A 1MEUA 2PQZA 5DPZA 5DR1A 5P5YA 5OZSA 2SAMA 1IDBA 5P11A 1AJVA 5P2KA 5P5LA 1ODWA 2NMZA 5ER1E 2AZBA 5P8QA 4FSEA 5EZXA 1CPIA 4RGHA 1FQ8A 1LYWB 5OZKA 4LC7A 4KB9A 1FIVA 1PSNA 2VA7A 3UDQA 3UF3A 7UPJA 1LYBB 5OZBA 4XKXA 5P3TA 1E82E 2HB4A 2WF3A 5OZVA 5JFPA 4Y5EA 2BPYA 4DQHA 5P40A 1HVIA 1LV1A 2OHKA 1LF3A 2CEJA 3UDKA 2ER0E 5P04A 3EL5A 1DP5A 2VJ7A 2AVQA 4DJYA 3KFPA 1D4HA 4Y3PA 3N4LA 5HCTA 5P6CA 1HTRB 3RU1A 2QP8A 3DJKA 3MSJA 2FNSA 5P8AA 3PWMA 5P6NA 5P8SA 2AOCA 4FM6A 2P83A 1AZ5A 3O9IA 4CP7A 3VYDA 4Y4UA 4DV9A 5P3PA 5P1KA 3HAWA 4U7VA 3A2OA 3D1ZA 4LBTA 4PHVA 2FS4A 2OAHA 5P8PA 3NUJA 3VV6A 3IN3A 3OAGB 4XX4A 5P41A 1G35A 5OYXA 5P3AA 4Y3XA 5P2YA 5P46A 3INHA 1B5FB 3NDWA 3URIA 1K6VA 3OUCA 2PH6A 4UPJA 2V13A 1WBKA 2FIVA 4PZXA 4I0EA 5DGWA 4A6CA 2I4DA 1W5WA 3LPJA 2AOIA 4Y3TA 1LYAB 2QHYA 5P1FA 5P7MA 1JLDA 2ZYEA 5P08A 3PMUA 3ZL7A 5P6WA 4QJ2A 1HEFE 4EWOA 5P6HA 5P6PA 4F76A 1MRWA 4Y37A 5P4VA 5P2EA 3O9LA 4FRIA 2OF0A 4X2LA 5P6YA 4RYCA 4YDFA 3TTPA 5P24A 3EKXA 1QBRA 5P33A 5I3YA 4QJ6A 5HVPA 3SA4A 3TOHA 5P2TA 4Y4EA 1ODXA 3BUGA 5P4KA 1AIDA 5P0XA 5P0NA 5P1ZA 3LITA 1E5OE 5IS4A 6UPJA 1YTJA 3EBZA 2I4XA 4GJCA 3ECGA 1UH7A 3PVKA 3TPJA 4Y57A 5IVQA 5P61A 2ZJNA 3S8IA 5P1DA 1FEJC 5P0SA 5P2IA 1RQ9A 3CKTA 5P8BA 2IEOA 3TNEA 4Y58A 4I8WA 5OZPA 3GGAA 2PSVA 1OHRA 1RPIA 2XFJA 2PMAA 3IXKA 4GIDA 5P3FA 3OADB 3VLAA 4FL8A 5P6BA 2AOEA 3UQXA 1FQ7A 3L59A 1ZAPA 1HIVA 5P63A 4D85A 5P22A 4TRZA 5KR0A 3OHHA 4GMIA 2OHSA 3ZKMA 2I4QA 5P4AA 3M9FA 4DQBA 5P19A 2AIDA 2J9JA 1APUE 5P28A 5P0CA 5JG1A 4YD6A 2I1AA 3OGPA 1XE6A 5P7UA 1BDRA 1G0VA 2AOGA 2WEAA 4HVPA 3OQKA 4J1KA 5P42A 3SO9A 1EPQE 4EQ0A 2QI4A 3PSUA 5P4OA 4Y39A 5P7RA 5P88A 5P01A 5P35A 2QD8A 2HIZA 1W51A 3ZPSA 2WF1A 5P7LA 5P5MA 5P72A 3GGXA 2PSUA 5P2VA 5E5JA 4CPTA 1W5VA 2RMPA 1MESA 2VIEA 3PBDA 4YCTA 5HDUA 5P1HA 2EWYA 1HWRA 5OZDA 5P1GA 5P5CA 2AODA 3URJA 2QMDA 3TOFA 5BS4A 5P5QA 4RVXA 4ACUA 5P67A 2QZWA 1BILA 3IXJA 5PEPA 2UPJA 2IDWA 5P0YA 2NXMA 1LZQA 4ZSQA 5P81A 5P0WA 1HXBA 2QCIA 4B05A 3S43A 2G20A 3OQAA 3BHEA 3SPKA 3DM6A 4Y3WA 3PJ6A 1J71A 1QBSA 4DJQA 1PFZA 4DI2A 3FSMA 2WHHA 2F8GA 3BGCA 2NNPA 1A8GA 2PK6A 5P7JA 3H0BA 3ZKGA 4Y4XA 1ZP8A 5P39A 2R5QA 4B72A 3DUYA 5P5PA 4S1GA 3LZSA 2B8LA 5P0DA 5SY2A 3PCZA 3DV5A 5P7VA 5OZIA 5B18A 1CZIE 4J0PA 5OZXA 4DQCA 4Y3QA 5OZ3A 3ZPTA 3VV8A 4YCYA 5P2OA 5DR8A 1EBYA 4M8XA 5C9FA 1ZLFA 3BVBA 3EKYA 3KDCA 3NU3A 5P4QA 4Y3ZA 4MC6A 3LIXA 5OZ0A 3C9XA 4DJWA 2B60A 4L1AB 3LINA 1HVCA 1EC2A 1FMXA 5P10A 1SP5A 4N00A 2G1OA 5I3WA 1TSQA 4ER2E 2AVMA 3HLOA 5P4WA 4Z50A 4K4PA 4Y9WA 1HRNA 5P77A 1K6TA 5P6MA 5OZ1A 2FDDA 5P4EA 4Y4JA 1HXWA 5P3DA 5P3GA 1EPOE 3BXRA 4AMTA 4Y5BA 2QZLA 5P1CA 3INDA 4TRYA 5P0PA 5P7EA 2VNMA 2FXEA 3OQDA 3OTYA 4Y47A 4AA8A 2G24A 1APTE 3KMYA 2CENA 3MXDA 5P8MA 3VF7A 5P6ZA 1W5XA 5P1XA 5P5OA 3RSXA 4NJTA 3PSYA 1BBSA 3ER5E 4JPCA 4ZSRA 5P4SA 3OQFA 3PI5A 1GVUA 2ZJIA 1G2KA 4MC9A 1YG9A 4XX3A 5P2MA 4Y5NA 3CYXA 2B7ZA 4YBIA 5P1SA 3FV3A 3K5CA 4Y50A 1RL8A 5OZ4A 1RV7A 4EQJA 5DQCA 3DCRA 4Y3NA 2FMBA 5OZGA 4QGIA 4K4RA 5BRYA 5P6GA 1T7IA 2QD6A 4HDBA 5P3RA 1WBMA 4ZEAA 5P8UA 3QAAA 3EL4A 3Q70A 4FM7A 5P3EA 3L5EA 5P26A 3BRAA 5P7AA 4BFBA 3SFCA 3EM4A 3NLSA 5P37A 5P0FA 5P3NA 3EKVA 1MPPA 1NSOA 5KQXA 1HPSA 1PSAA 2VA5A 5P07A 4HE9A 5P3KA 3APPA 4RCFA 3B7VA 5OZQA 4DPFA 3NWQA 1T3RA 5P5ZA 4DJPA 5P65A 2F80A 1K6CA 1HVLA 4RVIA 3S45A 2FDPA 2F3EA 2PH8A 2I4VA 5ER2E 2HS2A 1Z1HA 3PLLA 2WECA 2RENA 4Y36A 5P5HA 3BUFA 5P4DA 5P0IA 2PSGA 4J1EA 1OEXA 4JOOA 5P18A 5OZ2A 5P5RA 5P34A 3EXOA 3I2LA 5AH7A 5P84A 5P1AA 1ZSRA 5OZ8A 2XYFA 2NPHA 3LZYA 1SDUA 5E5KA 5P3XA 2OHPA 3HAUA 4OBKA 1PPLE 1LS5A 2WEZA 3MSKA 5HE5A 5P2SA 4EXGA 5P4XA 3PCWA 4TVGA 5CONA 4Y56A 1GNNA 1ZBGA 2AZCA 3NXEA 5P79A 4GZFA 4GJAA 2P4JA 4R91A 5P38A 4DQFA 4QJ9A 5P0EA 1EEDP 4QJ7A 5P76A 5P4GA 7HVPA 4PEPA 5COOA 2ER7E 3PBZA 1T7KA 1SDVA 4JP9A 4RVJA 4WY1A 5P62A 5P1OA 4AA9A 2ZDZA 5P80A 2R9BA 4IVTA 4Y48A 1CMSA 5P06A 3KFNA 1M4HA 1IZEA 5HDZA 5P70A 4CPQA 3PEPA 3ZKIA 1B6LA 4OD9A 2G1SA 2Q64A 5P78A 1AAQA 3OY4A 1YTGA 3QN8A 5P83A 1YTIA 3TKGA 5OZ9A 1HTFA 3EM6A 1FQ6A 5P8JA 1W50A 3D3TA 3PWWA 3G70A 1BDLA 5P2CA 2VNNA 1GVVA 2HPEA 1C6ZA 2OHLA 5P0JA 1AVFA 2Q54A 4LP9A 2NNKA 5P2UA 1F7AA 1UH8A 2JXRA 3B80A 3LPKA 4R95A 3VCMA 4I10A 1RNEA 3T7QA 3CMSA 1BAIA 3WB4A 5KQZA 2QNPA 5ISJA 2QU3A 5HU1A 3K5FA 3SAAA 4LXMA 5P4PA 1C6XA 1K1UA 5P00A 3U71A 5P3UA 6APRE 4WTUA 5OZRA 1SMRA 3O9LB 3ZKQA 4JECA 5DQ2A 2RKFA 3ZPUA 4D8CA 4YD4A 3LHGA 3URLA 1BWAA 2HAHA 4H1EA 1HVKA 4Y41A 3EL1A 4OBHA 1KJFA 4D89A 5P23A 2RKGA 2Q5KA 2ZJKA 1QRPE 3H5BA 3S7MA 1IZDA 4YBFA 3IVIA 2JJJA 3R2FA 1W6HA 5OZ6A 1M43A 3GI4A 5P0MA 3R4BA 5P3YA 4U7QA 5TOLA 3BC4A 4ACXA 3LIZA 4RZ1A 2AVSA 5P5JA 3VEUA 3TL9A 5P5GA 4Y4BA 1N49A 5P1MA 3IA9A 4H3IA 4ZSMA 4FGXA 3OTSA 2V11C 1DAZC 1AJXA 4YD7A 1YTHA 3KFSA 1B6KA 5P03A 4OBGA 4YDGA 2NTRA 3ZKXA 3I25A 5P5FA 5P4LA 4RRNA 5OYWA 4OBZB 1FG8C 5OZMA 3DV1A 4I12A 5P27A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HTE A;  5OYR A;  5P0H A;  3UDH A;  4L7H A;  5P1E A;  3UFL A;  5P51 A;  2HC0 A;  3EM3 A;  4OBZ A;  4DUS A;  1XN2 A;  3PM4 A;  5P2W A;  2Q11 A;  4I0J A;  2F3K A;  1FKN A;  3PMY A;  3D1Y A;  4LAP A;  4DH6 A;  3PRS A;  4PYV A;  2O40 A;  3K5G A;  3CID A;  1B6M A;  4ZPE A;  5P6O A;  5P64 A;  4YCK A;  4Y3D A;  3OOT A;  3Q5H A;  5P1R A;  3TH9 A;  3QBH A;  3S54 A;  4GJ9 A;  3OU1 B;  2Z54 A;  1BXQ A;  3LIV A;  4Y3R A;  1G6L A;  4Y3A A;  4J1H A;  4Q1W A;  3KMX A;  5P0Q A;  3WZ6 A;  2JJI A;  4FRJ A;  4Y4W A;  3CYW A;  1HII A;  5P7H A;  4FRS A;  5F01 A;  3OAD A;  3G6Z A;  5KQY A;  5P68 A;  1TCX A;  4Y54 A;  5DQ1 A;  1DMP A;  2F81 A;  2ZHS A;  3S56 A;  3D20 A;  5P59 A;  5P6U A;  3GI6 A;  3O9A A;  5OZT A;  2ASI A;  5P73 A;  5P7G A;  2QI7 A;  4B1C A;  1QS8 A;  1K1T A;  5P36 A;  5P0L A;  3NDX A;  4BEL A;  5P6Q A;  1HVR A;  5P5A A;  4WY6 A;  4FAF A;  1EPM E;  3NYG A;  5KAO A;  4Q1N A;  1FF0 C;  2Q15 A;  2G94 A;  5OYS A;  5P6S A;  3HBO A;  3WZ8 A;  2A4F A;  3R0W A;  1SGZ A;  3PWR A;  3FX5 A;  4GJ5 A;  2VIY A;  1SIP A;  4Y53 A;  3AID A;  4Y4Z A;  4DQE A;  3KYR A;  4HEG A;  4K8S A;  5P3Z A;  1EC3 A;  1D4I A;  2Z4O A;  3QP0 A;  5P2F A;  5P0K A;  2QNN A;  4R8Y A;  5P6E A;  3DK1 A;  1VIJ A;  1FB7 A;  4CPW A;  1QDM A;  1HPX A;  3ZKN A;  3RSV A;  1XN3 A;  4EP3 A;  1F34 A;  5P20 A;  1ER8 E;  3OK9 A;  4F74 A;  3SA6 A;  2G22 A;  4J1C A;  5DR7 A;  2G1N A;  5P7F A;  3HZC A;  5P6T A;  3L5B A;  5P3C A;  3LIY A;  3K5D A;  3LPI A;  3OUB A;  1ZTZ A;  5DQ5 A;  5P12 A;  5P53 A;  2UY0 A;  3QVI A;  5P4N A;  2G69 A;  5KR8 A;  3PGI A;  5P1J A;  1YT9 A;  4Y5C A;  2AQU A;  4YOA A;  1ZPK A;  3G72 A;  1EPR E;  5P57 A;  5P48 A;  1IIQ A;  3SAC A;  1EPN E;  4HDF A;  5P05 A;  1HHP A;  1XL5 A;  1HBV A;  4BFD A;  1FLH A;  2Q63 A;  4NKK A;  4FM8 A;  4D88 A;  2OHR A;  5P8G A;  3NU9 A;  4QJA A;  2ZE1 A;  5P4T A;  3CIB A;  1FFF C;  5P1Q A;  2F3F A;  4LXA A;  5P75 A;  2BBB A;  3QRS A;  3INE A;  5I3X A;  2AVV A;  5P6F A;  5SZ9 A;  3SKF A;  1FMU A;  3EC0 A;  3QS1 A;  1FQX A;  3L5D A;  1ZJ7 A;  4K4Q A;  3FNU A;  5P4C A;  2XYE A;  2ZHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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