4K4RA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease with 1-bromo-2-napthoic acid bound in exosite
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4rA00
2VJ6A 2ZDZA 4EQJA 5P2FA 4GIDA 5P2MA 4Q1NA 5P8LA 4B1EA 2ER7E 1BILA 3ZPTA 3GI5A 1IDBA 3URJA 5P4RA 5OZNA 5P6PA 1ENTE 3HLOA 2QI1A 5P1CA 2ZJKA 1DW6C 4EXGA 3PSUA 5P37A 5P4CA 4Y45A 1HRNA 1E82E 3UDQA 4OBFA 2OF0A 1EBZA 2CEMA 3DCRA 2QD6A 2VJ7A 3PB5A 2J9JA 5P4WA 5OZCA 2P3DA 3UTLA 5P8OA 2VS2A 5F00A 1MTBA 3B80A 4N00A 3UQPA 5P7NA 3RTNA 1B6MA 4COEA 1NPWA 3O9EA 2FNTA 1RV7A 3TOGA 1C70A 2IL2A 3OQKA 5P8BA 2NXDA 3FV3A 1SGUA 2QI7A 5P4IA 2MIPA 5P2QA 4ER1E 4FGXA 3L58A 5OZDA 4RRNA 6FIVA 3TTPA 5KQYA 1MVPA 4CPWA 4GJ7A 2AOIA 2HS2A 2WF3A 4J1HA 5P4SA 2O4KA 3NU5A 3D3TA 5OZ3A 3PM4A 3UDHA 3QRSA 1K6CA 4EWOA 4Y38A 5P23A 4PYVA 4J0ZA 5P5XA 2G1OA 1B11A 5FIVA 3OU1A 5P1YA 2BJUA 5P09A 1HWRA 4OD9A 3R0YA 1RNEA 5HCTA 3EKWA 5P2ZA 1FLHA 1HVHA 5P87A 5P8RA 2PSGA 1T7JA 5P7KA 3QN8A 3LPKA 3INEA 3ZOVA 5P8JA 4GJBA 3O9FA 4I1CA 4K4RA 5P4HA 5P5JA 1VIKA 5KAOA 3VLAA 1HOSA 2J9KA 3OXCA 1TZSA 2VNMA 5P6OA 4DJVA 4CP7A 4Y4ZA 4EJKA 2V0ZC 4Y3QA 5P25A 2ZJNA 2VKMA 1Z8CA 4Y47A 1HVRA 1APVE 1FIVA 5I3YA 3LZYA 3GI4A 4U8WA 4DPIA 5P3DA 2XYFA 2QZLA 3VV6A 5OZ0A 3OUDB 4B0QA 3HZCA 4MC6A 5P8PA 5P02A 5P68A 5P1WA 1HVSA 3INDA 1E80E 1KZKA 3R0WA 4H1EA 5P5YA 3O9BA 4XX3A 4Y50A 5P6IA 1K1TA 5OZSA 3G70A 5DR0A 1MIQA 1SMRA 1LF4A 5DQ5A 4B1DA 5P67A 3BXRA 1SP5A 1YG9A 3K4VA 3FX5A 5P2LA 3QRVA 2IQGA 4J0YA 4Q1WA 4R5NA 2Q5KA 4JPEA 5KQXA 1EAGA 2QNNA 3KDCA 4CPUA 3VEUA 4AUCA 5P0WA 3L5EA 3EKVA 5P30A 2F8GA 2V12C 5P19A 5P75A 1BXQA 3PRSA 1A94A 5B18A 5P8KA 2FMBA 3VLBA 5P7JA 5OZ6A 5OZ4A 5P63A 3NR6A 4DJRA 3LIYA 5OZMA 3OHFA 3L59A 5C9BA 2QD7A 5DQ2A 5P7GA 4FM6A 4J54A 5P7RA 5P17A 3D1ZA 2G21A 1E5OE 4Y4TA 1AIDA 5P8AA 4QGIA 2I0DA 3ZKXA 3QVCA 5P6NA 2OHPA 4K4QA 3IVHA 4HEGA 3TOHA 3I6OA 2IKUA 5P8SA 2WKZA 1APWE 1FMBA 5IS4A 5P11A 5P4KA 1UH8A 3UQRA 2SAMA 4B77A 3SABA 3GI6A 4Y4UA 5DQ1A 4Y48A 2NNKA 2BB9A 2AZCA 3JW2A 1OHRA 1IZDA 1ZJ7A 2R38A 4S1GA 2VA5A 4Y4GA 4DJWA 5P1HA 2WEBA 5P3NA 2G1SA 3LZVA 5P69A 1LF3A 4A6CA 5P6WA 1HSIA 2AOGA 3UFLA 3BUGA 5OYVA 3KDDA 5P3UA 1MT9A 3O9CA 5P3ZA 3TKWA 4APEA 2QMGA 2PQZA 5P3FA 3NUOA 1MUIA 1BDLA 4TRYA 5KQFA 5I3WA 1EPME 4FRJA 5P4EA 1DIFA 3OXVA 3PI5A 1HXBA 3K5DA 1HEGE 1QS8A 5P7FA 2AOCA 2R8NA 5P4NA 5P2KA 2G69A 1QBSA 3NUJA 5HDVA 3KN0A 3Q4BA 5P52A 1FKNA 1EPOE 1HEFE 4QLHA 1PROA 4YCTA 5OZOA 3UFNA 5OZPA 4Y4BA 1QRPE 5P76A 4F75A 4B78A 2UXZA 5P4PA 5P8CA 3ZPSA 3OXXA 4LC7A 1YT9A 5P6CA 3S43B 4PEPA 4RVIA 2Q55A 5P1TA 5P4GA 2P3BA 5P2JA 1IVQA 2VJ9A 1B6LA 5P7HA 2JJJA 3EL9A 1BXOA 3NXEA 5P6LA 4Y3DA 4HE9A 5P4UA 1WBMA 5P8EA 1BBSA 1D4IA 5P0HA 3CMSA 3OQ7A 5P29A 3U7SA 5P2NA 3G6ZA 2NTRA 4J0TA 5HE5A 2RKFA 4RRSA 2BPVA 3APPA 1GKTA 5KR8A 5OYSA 5P1ZA 3CKPA 4PPHA 2PSVA 1HBVA 2WL0A 1FQXA 2ER9E 3R4BA 2OHLA 3NXNA 5P60A 5J25A 4DQFA 3T7XA 5E5JA 3EKYA 5P0UA 5P7WA 2FGUA 3TL9A 3QROA 3DV1A 5P4JA 2QI6A 2AVOA 2I0AA 1HVJA 4I0ZA 1F34A 3HDKA 4H3FA 2R43A 1HVCA 1ER8E 4LL3A 2ZHVA 2P83A 3QI1A 2OHTA 3VF3A 1LEEA 1GVVA 5P3LA 4LXMA 4OBHA 2PC0A 3T7PA 3TKGA 3GGUA 3H5BA 4J0PA 1WKRA 1AXAA 1D4HA 1HTRB 5P2VA 1LYWA 4OC6B 1PPME 2OHMA 5P5KA 4ZIPA 1AJVA 5P1NA 5P38A 4DQGA 4DJXA 4DQCA 3S56A 4NJTA 2IGYA 1B5FB 4FE6A 2JJIA 4TVHA 5P1PA 4CPRA 1FQ5A 1QBUA 3OGPA 5OYZA 3BHEA 3HVPA 1LZQA 1MTRA 1EPRE 3M9FA 1XE5A 4YD3A 3UDPA 5P84A 1W51A 3O9HA 1HIHA 4Y39A 2A4FA 3UCBA 3PSGA 5PEPA 3PEPA 1U8GA 4OBJA 5AH9A 2V00A 5P55A 5P8UA 3NWXA 5AHCA 2AZ9A 4J1FA 3IN4A 2O4PA 2B60A 3I7EA 4RROA 5OZ8A 4DH6A 2V11C 4R93A 4F74A 4YDFA 4HVPA 5KOSA 5OYWA 3AUPA 4Y5MA 1IZHA 2QI5A 1G0VA 2O4LA 2QP8A 4WY6A 2HC0A 5OZYA 1PSOE 4OBGA 5P2EA 5P2UA 3OOTA 4TVGA 5P3JA 2F3EA 3GGXA 2AZ8A 2ZJMA 1BVEA 2ZHSA 3IVIA 3IAWA 3VFBA 2I4XA 3K4VC 2VIJA 2WF0A 4ZPEA 3JVWA 3IXKA 3PCZA 4DQEA 2PH8A 5P12A 3OY4A 1HPSA 3PHVA 1SMEA 2HAHA 3GGVA 2FLEA 4ZLSA 4YHQA 4NJSA 3ST5A 5HDXA 4ZEAA 4FM7A 5OZ1A 4R8YA 3IA9A 4I10A 4D89A 5I70A 2IRZA 2NXMA 5P83A 1C6XA 3OHHA 3OUCA 3BVBA 5IE1A 2OHNA 4HDBA 3WZ7A 4X7IA 1A30A 3L5FA 1PSNA 3VV7A 1EC0A 1NSOA 2FNSA 4Y4JA 4YOAA 4OBKA 5P8TA 3O9GA 5P0JA 5P2TA 2ZHUA 3SA9A 1YTGA 1AZ5A 3TPJA 5P3PA 4ER2E 4FL8A 3VYEA 4EJ8A 2G26A 5OZJA 3TLHA 1HIVA 3LZUA 4OBZA 4K8SA 3UQXA 2J9JB 3BXSA 3ZMGA 2NNPA 5P7SA 5P51A 5P1QA 4ACUA 5AHBA 3SM2A 1UH9A 2B42A 5P6MA 5DGWA 4QJ9A 5P00A 4CPQA 2AOFA 3T11A 3KMXA 5SY2A 3C9XA 3OU4A 2OHRA 3I8WA 4J17A 3LPIA 5P4QA 4EP2A 3PMUA 1IVPA 2I4QA 1EPQE 2Q63A 5P7EA 5P0IA 1HPOA 5P57A 4Z50A 4Z2ZA 2G24A 2ER0E 1K2CA 4B05A 1MRWA 5JODA 5P0DA 1W5WA 5P0NA 1MSMA 5P0GA 4QJAA 2PWRA 4YCYA 3T6IA 1MT7A 2UPJA 3OU1B 4HA5A 4OD9B 1MPPA 3GGAA 1A9MA 1G35A 2HM1A 5P2WA 5OZEA 5P2GA 5P58A 4APRE 1FB7A 3EM3A 4KE1A 5P0PA 2JYSA 4Y3FA 2CEJA 4X2LA 3CYWA 1FQ7A 2QMDA 3I25A 1WBKA 2QU3A 5DR7A 5P1DA 3NDUA 5P73A 4MC2A 1NPVA 5P5OA 4Y6MA 1NPAA 5P01A 4DUSA 3ZKQA 5P78A 2FGVA 3VF5A 5SZ9A 5DQ4A 3S8IA 1BV7A 5P65A 3BVAA 2P8HA 5COKA 5OYTA 5P20A 3PJ6A 4QJ8A 5P49A 5P18A 5P2HA 5OYQA 5P89A 2V13A 4LXAA 1RQ9A 2XFKA 5P3SA 4Y4EA 2ZYEA 5C9FA 4LXKA 5P1RA 5P7YA 5P7XA 5JFPA 5P7OA 2AOEA 4D88A 5OZ5A 6APRE 5P33A 3RVIA 3BUHA 5P7PA 5P82A 1SGZA 5P5ZA 3UPJA 3INFA 1UPJA 4JOOA 1HVKA 2QZKA 1G6LA 4Y5NA 2WECA 3QVIA 5KR1A 4F73A 3EBZA 5P64A 4FRSA 2F80A 1K6TA 4Y3GA 1FF0C 3KM4A 1T3RA 2HPFA 5P8QA 3NSHA 5P0BA 5P74A 5IVRA 3PCWA 5P8VA 4IVTA 1ZBGA 2NMYA 5P4YA 1FMXA 4I12A 5AH7A 4A4QA 4HDPA 3B7VA 5P3YA 1N49A 1OEXA 1B6KA 3WZ8A 3ZPUA 2FXEA 5P0OA 5P8GA 5P8NA 1GVTA 4NJVA 3SO9A 2F81A 4J0VA 1T6EX 3CICA 4Y3SA 1DP5A 4Y4XA 5HE7A 5P6UA 2AIDA 5P80A 1FMUA 3OADA 2ZHTA 3BC4A 4PHVA 1EPPE 2ZJLA 4EP3A 1SDVA 5P54A 4CPTA 4L7GA 5P3MA 1EC2A 3CIBA 1LYBA 1C6YA 4RGHA 4CMSA 2O4NA 4L7JA 2AVSA 5OZWA 2B8LA 4GZFA 1XN3A 3EKTA 2QI3A 2IKOA 3CIDA 3WB5A 3KFRA 2QK5A 1Z1RA 5P39A 5P0AA 1BVGA 2H6TA 5P08A 3KT2A 1MERA 5P26A 3IN3A 5OZLA 2P3CA 4RCEA 1TW7A 3BUFA 3GW5A 5HDZA 5P24A 1BDRA 5P5FA 4HDFA 4ACXA 3SACA 1GNNA 4ER4E 5P5WA 2G27A 4DPFA 3HAUA 5OZGA 5P3EA 4RZ1A 1AJXA 5KR0A 1Z1HA 2RKGA 2PSUA 1HIIA 4H3IA 2QZXA 3QS1A 4GMIA 4LBTA 2HPEA 1HTEA 3EM6A 3UHLA 2BPWA 5P1SA 4YBFA 5P4XA 3GI0A 3LITA 3TOFA 5P4MA 3Q3TA 4WTUA 3HW1A 4LP9A 3D20A 3NDWA 5P6FA 5UPJA 1SDTA 4RLDA 4B72A 3U6AA 3R2FA 2QZWA 3OOZA 3PLDA 4YDGA 2I1AA 2I4UA 2QD8A 3SA6A 3LIQA 5AGZA 5P7CA 3SA3A 3EKXA 2ZJJA 1ODXA 2UY0A 1DAZC 3KFNA 3S7LA 3EL4A 2OHKA 2Q64A 3QRMA 5P0CA 1LS5A 3OU3A 1FQ4A 4XX4A 3PGIA 5OYXA 5P41A 5P6RA 3VSXA 5EZXA 4GJ6A 4FAEA 2WF4A 3NU4A 5P8DA 2VA6A 4EHCA 3PLLA 1XE6A 4R91A 4JPCA 5P1XA 2ZE1A 4Y3JA 5P4TA 3NU6A 5P1OA 2P3BB 5HTZA 3Q6YA 2Q54A 4Y3TA 5OZKA 4FIVA 2IS0A 4ZPFA 3PWWA 4KUPA 1EBKC 5P56A 4DFGA 5DGUA 5P2RA 2B8VA 4Y3YA 4DQHA 1J71A 5P34A 5CONA 5ER1E 2V16C 4YD6A 4EXHA 3U71A 1EBYA 2EWYA 2VIEA 2NPHA 2I4VA 5JFUA 3HD8A 5OYRA 5P6DA 1ZLFA 4FRIA 1TCXA 5P0SA 4DJPA 4BFDA 4EYRA 2V10C 5SY3A 4CPXA 1LV1A 4I0IA 3RU1A 5IVTA 3I2LA 5P6KA 4D85A 3OAGA 4QJ2A 5P5MA 4FLGA 1BIMA 4LAPA 4YOBA 5P4ZA 1LF2A 5P48A 4EJDA 4GYEA 3L5BA 4QJ6A 3L3AA 1W5XA 2VIYA 4J1EA 5P7AA 4FAFA 3OTYA 5TOLA 4AMTA 4J5JA 3NLSA 2PYNA 1FQ8A 3VV8A 1ZSRA 1LYAA 1MSNA 4Y54A 4Y5CA 2WJOA 5P6YA 5P5HA 3DUYA 9HVPA 1YM4A 5P7DA 1IDAA 1BWBA 5P7VA 1LYWB 5P13A 3NU9A 3S2OA 3VYFA 1EPLE 3ZKSA 4HLAA 2RMPA 4L1AA 3EC0A 2R9BA 1CZIE 3UDRA 1XS7D 3EL0A 5I3VA 5P44A 3PVKA 3KYRA 1M0BA 4AA8A 4B70A 5P5EA 4TRZA 2CENA 5P28A 4I11A 5P5IA 3DJKA 4RVXA 4Q5MA 5APRE 3SFCA 1D4YA 4RCDA 2BKSA 4Y3WA 3PBDA 5P16A 3NDXA 3KT5A 3KFSA 5I3XA 4Y35A 3N3IA 2HB3A 4PZXA 5HU1A 1CMSA 4I0HA 2O4SA 5P14A 3FNUA 2G22A 5P6EA 3FNTA 2PK5A 5BS4A 2Q11A 5P6BA 1ZTZA 3Q5HA 4BFBA 5BRYA 1SDUA 2BQVA 4CPSA 3S54A 5P3QA 5P2CA 3LNKA 2WEAA 3OQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VJ6 A;  2ZDZ A;  4EQJ A;  5P2F A;  4GID A;  5P2M A;  4Q1N A;  5P8L A;  4B1E A;  2ER7 E;  1BIL A;  3ZPT A;  3GI5 A;  1IDB A;  3URJ A;  5P4R A;  5OZN A;  5P6P A;  1ENT E;  3HLO A;  2QI1 A;  5P1C A;  2ZJK A;  1DW6 C;  4EXG A;  3PSU A;  5P37 A;  5P4C A;  4Y45 A;  1HRN A;  1E82 E;  3UDQ A;  4OBF A;  2OF0 A;  1EBZ A;  2CEM A;  3DCR A;  2QD6 A;  2VJ7 A;  3PB5 A;  2J9J A;  5P4W A;  5OZC A;  2P3D A;  3UTL A;  5P8O A;  2VS2 A;  5F00 A;  1MTB A;  3B80 A;  4N00 A;  3UQP A;  5P7N A;  3RTN A;  1B6M A;  4COE A;  1NPW A;  3O9E A;  2FNT A;  1RV7 A;  3TOG A;  1C70 A;  2IL2 A;  3OQK A;  5P8B A;  2NXD A;  3FV3 A;  1SGU A;  2QI7 A;  5P4I A;  2MIP A;  5P2Q A;  4ER1 E;  4FGX A;  3L58 A;  5OZD A;  4RRN A;  6FIV A;  3TTP A;  5KQY A;  1MVP A;  4CPW A;  4GJ7 A;  2AOI A;  2HS2 A;  2WF3 A;  4J1H A;  5P4S A;  2O4K A;  3NU5 A;  3D3T A;  5OZ3 A;  3PM4 A;  3UDH A;  3QRS A;  1K6C A;  4EWO A;  4Y38 A;  5P23 A;  4PYV A;  4J0Z A;  5P5X A;  2G1O A;  1B11 A;  5FIV A;  3OU1 A;  5P1Y A;  2BJU A;  5P09 A;  1HWR A;  4OD9 A;  3R0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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