4K9HA

Bace-1 inhibitor complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydroxyethylamine-based inhibitors of BACE1: P1-P3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 370
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k9hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k9hA02
5DGWA 5P60A 5P56A 3KDBA 3OADA 2CEJA 4LXKA 3UDRA 1IZIA 5OZFA 1RPIA 5DR0A 4GYEA 2HPFA 2HM1A 1APWE 1YT9A 4RROA 3QPJA 3EKQA 5P4WA 4Y3RA 5P6ZA 2P3DA 5P3IA 3OAGB 4NKKA 3RTMA 3I2LA 5P78A 3LPKA 2AOFA 2FDPA 3L5BA 4DH6A 1AXAA 3QRMA 1LYBB 4CKUA 3ECGA 4WTUA 4AA8A 5P2RA 4J0VA 2ZJLA 2H6TA 4CPSA 3O9DA 4OD9B 4PHVA 3SLZA 1IIQA 2QD7A 5P4YA 1BV7A 5OZ1A 5P7CA 2B8LA 5OZMA 3LIZA 2G26A 5P8NA 3KFSA 5P5SA 3UCBA 5DR4A 2IL2A 3GI4A 3ZKIA 1CPIA 4DJOA 4FSEA 2RSPA 2IS0A 5P64A 3LZYA 3IN4A 5OZ7A 1EPLE 3UDJA 5P4LA 1FFIC 4QJ6A 3OQKA 1TZSA 2ZE1A 4Q1WA 3LIQA 1MSMA 6FIVA 1A30A 5AH8A 3BUFA 3UFNA 3D91A 2QI5A 5P5ZA 4Y50A 3S53A 5P12A 5P1NA 1G0VA 1LF2A 3NWXA 1IZEA 4FSLA 1MSNA 3TL9A 4D89A 4YD6A 3VFBA 1M43A 3N4LA 3S7MA 3UQWA 5ENKA 3KFNA 5HE7A 1QBUA 2HPEA 1HBVA 5OYSA 2QU2A 2F3KA 2I0DA 3PSYA 3OUDA 4GIDA 5P32A 5B18A 3OWNA 5P0KA 5P0QA 1ZPKA 4RGHA 5AH9A 1TSQA 1GVVA 4HLAA 4Y3WA 5P2NA 3L5FA 5P8DA 2QNNA 4H3IA 1XE6A 4H3JA 5P6JA 5P67A 2P3BA 5P4MA 4A6CA 1BVGA 3QRVA 5P0XA 4ZPEA 3S56A 1E5OE 4LL3A 5P41A 2NXDA 1HXBA 1PPKE 1HPVA 2BJUA 5P66A 1Q9PA 3UHLA 3LZVA 3FV3A 4ZPFA 5P6DA 3PI5A 3BGBA 3NDXA 4Y5LA 1ZTZA 1HVKA 1N49A 3ER5E 4Y9WA 5P4IA 5P3AA 5P77A 1J71A 3EM4A 5P3KA 3O9EA 2IEOA 3T7QA 5P59A 5P1QA 3VLAA 3VF3A 5P3GA 5P7AA 5COKA 3SA9A 5I3YA 3FX5A 3JW2A 5P16A 5P6AA 6UPJA 3EM3A 2VNMA 3ZPUA 3O9GA 1G2KA 1PSOE 5P5VA 4OBZB 1XDHA 5P25A 5P1XA 1K6PA 4H3FA 5P1ZA 4D88A 5P3CA 3SQFA 5P4KA 4Y5MA 5P1AA 4KE1A 5P7BA 3HAWA 5EZZA 3PJ6A 1WBKA 5OZ6A 2SAMA 1ODXA 4J1KA 1APVE 1FFFC 1AVFA 2AOIA 3LIYA 1EBKC 5P8JA 2P3BB 4ACUA 3NDWA 2HAHA 4RLDA 1BILA 2NTRA 5P6YA 5OZAA 3VYFA 4APRE 5OZWA 5P7OA 5P7PA 4BEKA 3SA8A 4XKXA 2R5QA 1BBSA 5P02A 1A94A 1EPQE 4B0QA 2G1NA 5P71A 5OZPA 1BDRA 1HWRA 2PMAA 4APEA 3N3IA 2ZJKA 1FEJC 3PHVA 4FIVA 4NJUA 5P2XA 2J9KA 2VIZA 4GZFA 5P2LA 5P8IA 3VSWA 1SIVA 1K6CA 5P4TA 2VNNA 4I0DA 3EXOA 5P48A 5KOSA 1K6TA 1TQFA 1C6YA 3OU4B 1MERA 3TKWA 3IAWA 5P6SA 5IS4A 1QS8A 3S54A 3Q5HA 2Z4OA 5OZ4A 5P2EA 4EWOA 2V00A 3LPIA 4AZYA 3CMSA 5OZVA 4ZIPA 3BC4A 5P33A 3VYDA 4GJCA 3ZMGA 3D1ZA 2R5PA 5P1OA 1EAGA 5AGZA 2IGXA 2QI1A 2FXEA 2HIZA 5P7JA 3VUCA 2BPVA 2AZCA 3PWRA 3ZOVA 3NLSA 3UQXA 5AHCA 4DI2A 1DPJA 5I3XA 5DPZA 5P4SA 4EJKA 3LIVA 2P83A 2Q11A 4DQCA 1KJ4A 5P0NA 2V11C 1LYWA 5P84A 2UXZA 3GI6A 7HVPA 5OYQA 5P28A 5P73A 4S1GA 5OYXA 5P03A 1YX9A 1MIQA 3UDMA 5KR0A 5C9DA 1HTRB 4GB2A 3C9XA 7UPJA 4Y4JA 4Y3PA 5P40A 3BXRA 2AODA 2ZJHA 2AOHA 1FLHA 4Y4TA 5P4VA 5T4SA 4ZEAA 3TKGA 5P5JA 4YCKA 3QIHA 3INHA 5P3HA 3URJA 3PI0A 4RRSA 4Q1XA 4TRWA 1M4HA 1FKNA 5HCOA 5P1IA 1WBMA 2B8VA 5P2DA 2F80A 4F74A 2WF4A 4QLHA 3F9QA 5HDXA 5OZHA 5P35A 5DQCA 5KQZA 5P47A 1ZP8A 5P87A 3VFAA 5P3DA 2R43A 4ZSPA 2JXRA 2CEMA 5IVRA 1HVSA 3KN0A 3R0YA 4R8YA 5ER1E 1NPAA 3TH9A 3MSKA 3PLLA 4YOBA 3U6AA 2I4QA 4OC6A 5P79A 5C9BA 5P3PA 5P3EA 1C6XA 3NYGA 1EBWA 4JOOA 1XL2A 3GGVA 4J0ZA 1IDAA 4Y5BA 4Y4GA 5P8RA 4CMSA 2FDEA 2QI7A 5P4HA 5I3WA 4MC6A 4ZSMA 3PM4A 5P2AA 3KFRA 1HOSA 3L5DA 4R91A 4WY1A 5P5HA 2G1RA 2F3FA 2WECA 4HA5A 3D20A 3S45A 1DAZC 4HZTA 3ZL7A 4Y4XA 3PSUA 1PSAA 5P8CA 1ODWA 1EC3A 5KR8A 1AM5A 1ER8E 4CP7A 4I0HA 1FIVA 2WEDA 3OUCA 1HVCA 3BUGA 3NR6A 1FQXA 1TCXA 2VA5A 1BV9A 5P2IA 3IVIA 1MRWA 3PBDA 1MEUA 5P5DA 5P6TA 2PSGA 2Q54A 2G22A 4Y3EA 3QVIA 4FM7A 2G27A 2PK6A 3EKPA 5P00A 3URIA 2PWCA 5JODA 4EP2A 5ER2E 3LNKA 2PYMA 1QBTA 2B7FA 1FMBA 4Y3YA 1HSIA 1RNEA 3SACA 3AIDA 5HTZA 4GJ8A 5P46A 3B7VA 5ENMA 1B11A 4NJVA 5P1VA 2B42A 3CIDA 4Y41A 5HE5A 1ZSRA 1MUIA 5P70A 2NPHA 1IBQA 1APTE 5P43A 5P4DA 4I11A 5P2BA 5HD0A 4TVGA 2RKGA 4B1CA 4JPCA 4U8WA 2A1EA 5P15A 5P8SA 5SY3A 4FL8A 1MPPA 3S43A 4DJXA 2Q64A 3ZKGA 4Z22A 5P5OA 5P2QA 1T3RA 4I0ZA 4ZSRA 1W5YA 4YDGA 2NNPA 4FM6A 1AAQA 1K1UA 5AH6A 2R3TA 4L7HA 5HVPA 5P65A 3OK9A 4Y58A 3URLA 4KB9A 4DQEA 3IXKA 3VV8A 5P1TA 2I1AA 2V13A 4J0PA 2ASIA 2AZ9A 4L7GA 5P0FA 5P54A 4J0TA 1HPSA 3A2OA 3JVYA 4D83A 4OBJA 2OHNA 3UDHA 5HCTA 2OAHA 3O9LA 4ACXA 3K4VC 5P2TA 3Q3TA 4WY6A 5DQ4A 1LS5A 3RU1A 4YD3A 3SO9A 5P5FA 1HIHA 2OHSA 5P3LA 4YCTA 5P5AA 4NJTA 3NUOA 3IA9A 4FAEA 3ZKNA 4Z4XA 5P3QA 2O4SA 4Y5KA 5AH7A 5P5LA 3L59A 5KQYA 2BPZA 3QBFA 5P5RA 4QJ8A 4JPEA 4JP9A 5P31A 5P62A 4Y3SA 5P20A 1ZBGA 4CPTA 3VV7A 4F76A 5ISKA 4CPXA 6APRE 2AOGA 2PC0A 5P6OA 2QMGA 1SGZA 5P39A 4Y53A 1BDLA 4K4PA 2QMFA 5BRYA 2Q15A 5P53A 3GI0A 3FIVA 5P3SA 2WL0A 3OXXA 5P6HA 5P8KA 2OHQA 5P3FA 3WB5A 4NPUA 3UTLA 5P1BA 5P3TA 5P17A 5DR7A 3CYWA 3PCWA 5P50A 5P7TA 2WHHA 3FSMA 1ODYA 5P81A 3IXOA 2VJ7A 2IKUA 5P4AA 5F00A 1UH8A 3I7EA 3MWSA 1HSHA 3VCMA 1AJVA 1NPVA 5P4OA 4BFBA 3O9LB 3VG1A 4Y3HA 3SPKA 4AMTA 3M9FA 2OHKA 5P0DA 4YHQA 4I8ZA 5DGUA 3OADB 4X7IA 2QI6A 5P0TA 1VIKA 3VF5A 4KUPA 2AOEA 1B6LA 2XFIA 3O9HA 1U8GA 4HE9A 3NUJA 3LZSA 4LXAA 4FRKA 4KE0A 1AIDA 3SA7A 4GJ7A 1A9MA 3L58A 2IRZA 5OYVA 2RMPA 1GVXA 1XS7D 4R95A 4DJPA 5APRE 4B77A 2O4NA 1PROA 5P88A 1F7AA 4YOAA 1MESA 1DIFA 1APUE 3SA6A 1OEWA 2WF1A 2CENA 4EQJA 5KR1A 4Y3AA 2QZXA 3MXDA 3KT2A 1SDUA 2QI0A 1YTHA 5P5UA 4I0IA 3IN3A 4DJWA 2AOCA 2AVQA 2I4VA 3EM6A 2ZGAA 4B00A 3HVGA 5P01A 5P6GA 4Y51A 3K5FA 3KDDA 1EC1A 1G35A 4Y3GA 4M8YA 4Y57A 2QZKA 1HPOA 1OD1A 2NXMA 3NDUA 5P0MA 1SGUA 3RSVA 4B1DA 5P2KA 5P8UA 1MT7A 9HVPA 2Q63A 3QRSA 1C70A 5P7YA 4GJDA 2B60A 4LAPA 4Y3QA 4Y56A 3NXNA 5P0VA 5OZSA 3QAAA 3UF3A 2O40A 3KT5A 3IGBA 5P4GA 3PB5A 1HHPA 2I0AA 4Y4AA 3HLOA 3OXWA 5IVSA 5P07A 3EKXA 1PPME 5P7ZA 3QS1A 2G1SA 1SH9A 4AA9A 3DCRA 5P2FA 3OUDB 5P76A 1GVUA 2ZHVA 4I0GA 5P83A 2NXLA 1EBZA 3BGCA 4QJ2A 1W5VA 4Y47A 1FGCC 5P0HA 4QJ9A 4U7QA 1HSGA 1Z1HA 1HPXA 4Y5PA 5P6CA 4Y54A 3SAAA 3EKTA 5P5EA 3ZKMA 5P2SA 5OZKA 5CONA 1B6JA 5P51A 3DCKA 3Q4BA 4HDFA 4N00A 1QRPE 5P8GA 2AZ8A 5DR3A 5OYUA 4OBKA 1B6KA 5OZRA 2FDDA 5BS4A 2VJ6A 1E80E 2XFKA 3MSLA 3WZ8A 3PCZA 3VSXA 1FMUA 5P80A 2VIEA 3LINA 2A4FA 3QI1A 4Y4ZA 3D1YA 1GNMA 1YTJA 1FG8C 4EJDA 2IGYA 2OHTA 3PBZA 4YA8A 3OHHA 4Y39A 2QAKA 2AVSA 4R92A 4PEPA 3CKPA 5P7NA 3OTYA 1HIVA 1K6VA 2QD6A 4PPHA 5AHAA 1B5FA 4MC9A 4H1EA 3CKRA 2OHMA 4LXMA 3UPJA 4DPFA 4LP9A 4ZSQA 5P1RA 2HB3A 3HZCA 3PWWA 5P5PA 2ZHUA 3T6IA 1ENTE 5P0CA 4R93A 3KYRA 4YDFA 5P6VA 1D4SA 3RTNA 2WEBA 3PLDA 3RSXA 4Z2ZA 5C9FA 1HEFE 3HDKA 1FQ4A 5KOQA 1B6PA 5P8OA 1MVPA 2ZJJA 3UQUA 2VKMA 2AZBA 3KDCA 3L5CA 1C6ZA 2V12C 4Q5MA 2PK5A 3G72A 3NU6A 5JFPA 4Y5EA 5P7KA 5HDUA 5P3ZA 2BPXA 4PZWA 3LHGA 4RCEA 4I0FA 4GJ9A 5P04A 5IE1A 4GMIA 3D3TA 3EL9A 5P3JA 3EL1A 1LZQA 1MTRA 5SY2A 3VYEA 4K9HA 2XYEA 5HDZA 1SMRA 5BWYA 4EP3A 3BUHA 4OBGA 4Y6MA 2OHLA 5P2UA 3O99A 3DV1A 1IVQA 4XX4A 4DPIA 5P6FA 3NU3A 3EC0A 5FIVA 3NU4A 4AUCA 5P3VA 4H3GA 5P11A 3EKVA 3HW1A 4B1EA 4ZE6A 2J9JA 2BPYA 1BAIA 3QVCA 4I12A 3WZ7A 5P8HA 3VEUA 5P05A 5KQFA 4J1HA 1HVRA 3I6OA 5P58A 4HEGA 4NJSA 5P4RA 5P4UA 2ZJIA 3T7XA 4RCDA 2FIVA 3WZ6A 4J54A 3CIBA 4Y3TA 1D4JA 2IDWA 2QNPA 3K5DA 4DQGA 3OU3A 1LYWB 2QCIA 5P4EA 4D8CA 2I4DA 1LF4A 4OBDA 2QI3A 2QI4A 5P55A 1KJHA 4PZXA 1ZAPA 1D4LA 4I0EA 1IZDA 3KMXA 1ZPAA 1SDTA 3K4VA 2BBBA 5P52A 1HVJA 4A6BA 1B6MA 2UY0A 4RRNA 3D1XA 5OZCA 2VA6A 4RZ1A 3ZKSA 4XXSA 2PQZA 4MC1A 3LZUA 1T6EX 5P7UA 4NPTA 4FRSA 3UQRA 4L6BA 5P5WA 4Z50A 3SA3A 5P7VA 5P37A 3TLHA 3QP0A 5OZBA 4CPUA 3OXCA 5P6RA 2J9JB 3INFA 1G6LA 5HDVA 3NU5A 4Y4EA 1W5WA 4MC2A 5P1WA 4DQHA 4DQBA 5OYYA 1ME6A 5P2HA 2WKZA 2G21A 4YE3A 5P6WA 4L1AA 1EC2A 3L3AA 5P2MA 5P1YA 3QBHA 4Y4DA 3L38A 1RQ9A 1KJGA 3NSHA 1WKRA 5P49A 2PH8A 5P27A 4OC6B 5P14A 1DP5A 5OZ8A 3GGAA 3TNEA 4HVPA 5P7GA 2VIJA 5P6KA 5P1CA 5ISJA 1A8GA 5P24A 3K5GA 3PMYA 4GJ6A 3EMYA 4B70A 3JVWA 3TPPA 5P5KA 5OZ3A 4EXGA 3PMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DGW A;  5P60 A;  5P56 A;  3KDB A;  3OAD A;  2CEJ A;  4LXK A;  3UDR A;  1IZI A;  5OZF A;  1RPI A;  5DR0 A;  4GYE A;  2HPF A;  2HM1 A;  1APW E;  1YT9 A;  4RRO A;  3QPJ A;  3EKQ A;  5P4W A;  4Y3R A;  5P6Z A;  2P3D A;  5P3I A;  3OAG B;  4NKK A;  3RTM A;  3I2L A;  5P78 A;  3LPK A;  2AOF A;  2FDP A;  3L5B A;  4DH6 A;  1AXA A;  3QRM A;  1LYB B;  4CKU A;  3ECG A;  4WTU A;  4AA8 A;  5P2R A;  4J0V A;  2ZJL A;  2H6T A;  4CPS A;  3O9D A;  4OD9 B;  4PHV A;  3SLZ A;  1IIQ A;  2QD7 A;  5P4Y A;  1BV7 A;  5OZ1 A;  5P7C A;  2B8L A;  5OZM A;  3LIZ A;  2G26 A;  5P8N A;  3KFS A;  5P5S A;  3UCB A;  5DR4 A;  2IL2 A;  3GI4 A;  3ZKI A;  1CPI A;  4DJO A;  4FSE A;  2RSP A;  2IS0 A;  5P64 A;  3LZY A;  3IN4 A;  5OZ7 A;  1EPL E;  3UDJ A;  5P4L A;  1FFI C;  4QJ6 A;  3OQK A;  1TZS A;  2ZE1 A;  4Q1W A;  3LIQ A;  1MSM A;  6FIV A;  1A30 A;  5AH8 A;  3BUF A;  3UFN A;  3D91 A;  2QI5 A;  5P5Z A;  4Y50 A;  3S53 A;  5P12 A;  5P1N A;  1G0V A;  1LF2 A;  3NWX A;  1IZE A;  4FSL A;  1MSN A;  3TL9 A;  4D89 A;  4YD6 A;  3VFB A;  1M43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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