4KB9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with novel tricyclic p2-ligands grl-0739a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Highly Potent HIV-1 Protease Inhibitors with Novel Tricyclic P2 Ligands: Design, Synthesis, and Protein-Ligand X-ray Studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4kb9A00
3EL5A 2PC0A 5P4QA 5P0MA 3HD8A 3TOFA 3OU4B 1SIVA 5P5QA 3NU5A 4B72A 5HCOA 4AUCA 1EPME 4Y47A 3VV6A 5P55A 3UFLA 5P7SA 2G21A 5HDZA 2QD8A 2RSPA 3MSJA 4M8XA 1HVHA 4ZPEA 2PH8A 3O9AA 2PK6A 5P0PA 4RGHA 5P60A 3BC4A 5P0QA 2VNMA 3H0BA 5OZFA 2G1SA 5P07A 4CPRA 1BV7A 3LINA 5JFUA 3K5CA 4Y3PA 5FIVA 4RVIA 1YM2A 5P5HA 5P8RA 2F8GA 5J25A 3DOXA 5IVRA 3OQAA 3I7EA 5P64A 4DJOA 3OXVA 2WF2A 5E5KA 3HBOA 2NR6A 5P16A 5P6MA 5HU0A 1RNEA 2V16C 5P8UA 1NPAA 5P1GA 4L7HA 1M43A 5P8TA 4FCOA 5HCTA 2QMPA 2RENA 4GJ5A 3QBHA 4LXAA 1K6CA 5P1QA 2VA7A 4Y3HA 2WF3A 1A30A 4EWOA 5P0DA 4Y6MA 4LBTA 3BUGA 5OZAA 5P7GA 3LPIA 5P1IA 5P38A 2QU2A 1YM4A 3ZKIA 5P7AA 5P8NA 4Y45A 2I4QA 5OYXA 2G1RA 3QBFA 4I1CA 2RKGA 3SM2A 5AHCA 3WZ7A 3SAAA 4RLDA 4I0JA 1Z8CA 2F80A 5ISKA 2QZKA 4DI2A 2QZWA 2AVMA 5P6RA 1WBMA 2QD6A 3UDPA 4WY6A 5P15A 5P4SA 2AOEA 2FXDA 5P1XA 3VSXA 4PHVA 5HVPA 3NU3A 4TVHA 2FDDA 4R95A 2QMFA 5BS4A 1HWRA 2I4DA 3N4LA 4Y3RA 5ENKA 3Q5HA 5HD0A 3Q4BA 2QI6A 1PSOE 2AIDA 1T6GA 2B42A 5P7XA 3EL0A 2WF0A 1RV7A 4Y4EA 5AH7A 4A4QA 2R5QA 3NSHA 1F34A 5P1JA 5P4DA 3HAUA 3S53A 1EEDP 5P5EA 3F9QA 3O9GA 3RTMA 1SDUA 3PMUA 3LHGA 4DFGA 3UDNA 3NDXA 5HDXA 1ME6A 3LIQA 5P76A 4Q1WA 1EBWA 1CMSA 5DQ2A 2G26A 3GGUA 5P2OA 1FG8C 1HVSA 1PSAA 2O4SA 4Y3TA 4EJDA 4D8CA 5OYRA 5P0EA 1EPPE 2V13A 2HB3A 2QNPA 3PSGA 2WF4A 3QP0A 3PCWA 5P3RA 5P1ZA 4D89A 2ZJMA 5P20A 1BVEA 1EPOE 1HRNA 3FNTA 5OYWA 5P5MA 3VF7A 4IVSA 5P08A 5P7IA 3BVBA 1OEXA 1FB7A 1QBRA 1SMRA 1LS5A 3KN0A 1EC0A 1HPSA 1QBSA 4HLAA 3T11A 1AXAA 1ODYA 1HSGA 1XE6A 5P37A 5P26A 4DPIA 5I3VA 5P54A 3HLOA 3L5EA 4NJSA 1YTIA 3VFAA 5AH6A 4A6BA 1DP5A 4B1EA 3AUPA 4F75A 2V10C 5P3JA 5P4ZA 5P6LA 3WZ8A 6FIVA 3OTYA 5KAOA 3KT5A 5P42A 3MXDA 4X7IA 4YDFA 5P4YA 4YCYA 3OQDA 4JPCA 4Y35A 4KUPA 2H6SA 4JECA 5P3UA 2A1EA 5P2ZA 3KFNA 2AOFA 3T7PA 1MTBA 3C9XA 5P4UA 1RQ9A 5P75A 5OZQA 3MWSA 4TRYA 4D88A 4M8YA 3UDHA 1RPIA 4I0DA 2VS2A 3D20A 1YG9A 1SDTA 2JJJA 2AVQA 3ER5E 3QRMA 3PVKA 4RVXA 2PSUA 1EC1A 5KR8A 3T7QA 1HIHA 2ASIA 5UPJA 2VJ6A 2WEAA 1CZIE 5OZDA 3VLBA 3UQPA 5P1LA 3A2OA 4FGXA 5P2JA 5P8HA 2VA5A 4FRIA 4Y4XA 3BUHA 3O9LA 1META 3INEA 5P8GA 3EKPA 4J17A 1FF0C 1LV1A 2QHYA 3QI1A 4GZFA 3SABA 2AZ9A 4ZEAA 1MTRA 4ZSPA 5P47A 1LYWA 5OZWA 3APRE 5P7RA 5DR1A 3LITA 2HPEA 5P61A 3QPJA 1GNNA 4B77A 3UDJA 9HVPA 3EL4A 4JOOA 3ZKMA 1YTGA 1HVIA 4YA8A 3IGBA 3SFCA 2ZDZA 2HS2A 4GJ9A 4R5NA 2J9JB 2G94A 4K4RA 2Q55A 2ZJLA 5P7TA 5P6NA 2OF0A 1AM5A 3TPPA 4B78A 4YDGA 5OYTA 1XL5A 2ZHUA 4PZWA 5P84A 4GMIA 3WSJA 4EQ0A 2P3DA 4QJ2A 4F74A 4S1GA 1ENTE 1NPVA 1HTRB 1TCWA 4Y5GA 5P2FA 3PWRA 4K9HA 5KQXA 1SGUA 5P5SA 3S2OA 3K5FA 2QU3A 2PYMA 4J1HA 3K4VC 2ER9E 5ER1E 2HAHA 3SKFA 4BEKA 5AGZA 1YTHA 4Y3SA 4B1DA 5P0TA 7UPJA 4K8SA 3QROA 3GI5A 1FFFC 4OBGA 4QJ6A 1GVXA 3SA3A 3AIDA 3U6AA 5P5OA 3OHFA 1XDHA 1BIMA 3EM6A 2ZJIA 4DJWA 2Q63A 3IXJA 5P14A 2QI3A 2PQZA 3IXOA 3NDTA 4NKKA 5P69A 3OGQA 4Y36A 3UDMA 3O9LB 4I8ZA 5P0IA 5P1KA 1B6LA 2QD7A 4RCFA 3BXRA 5P6JA 4QJAA 4R91A 4YHQA 4Y5KA 3TKWA 5E5JA 4OC6B 1MESA 1LYWB 5OYQA 5P62A 4ZPFA 3R1GB 3IVHA 5P5AA 5P32A 3R0WA 4XX4A 3UQXA 5P8CA 1BBSA 5HDVA 4NJVA 4YD7A 5P83A 5P5KA 5P3ZA 2P3AA 3O9HA 2FLEA 2FMBA 2NMYA 5F01A 3OU4A 3ZPTA 3S56A 5P31A 4QLHA 4GB2A 4Y44A 2AOJA 2AODA 5P6IA 1ZLFA 2FDPA 4BELA 3ZKQA 4MC2A 5F00A 1ZTZA 5P7EA 1TW7A 4DQHA 1TZSA 3UTLA 5OZIA 1K6VA 2APRA 3OOZA 1LF3A 4RROA 4Y3EA 5P44A 3Q3TA 2R9BA 5P0UA 4H1EA 2NXMA 1SMEA 4Y3GA 5EZXA 5OZ2A 8HVPA 3KA2A 2WKZA 5P2DA 5P6OA 2H6TA 3MXEA 1EPNE 3CKTA 5P7NA 4H3FA 3NR6A 5OZ3A 4FRKA 5P6VA 5P3VA 4GJAA 1EPRE 5SZ9A 5P4PA 5P46A 1T7JA 4Y39A 5P4CA 4AA9A 2PH6A 3PBDA 4XKXA 2P3CA 5OYUA 1PSNA 2ZJJA 2IKOA 3UCBA 1LEEA 5JODA 2R8NA 1PPLE 2OHLA 5DQ1A 5OZ0A 1HPVA 2G1NA 5C9BA 5P39A 5P5GA 1HIIA 4APRE 1BVGA 3D1XA 1HVLA 5DQ4A 3IN3A 2BPYA 2ER0E 5P2UA 1FG6C 1SGZA 3NDWA 3O9EA 5P5ZA 1JLDA 5P4WA 1FFIC 1B11A 2QI7A 2ZJHA 3CKRA 2OHNA 1EPQE 4I0EA 4Y3JA 1IZHA 5P6SA 5P7JA 4H3IA 3L5FA 1Z1HA 4OBHA 1FMUA 3G6ZA 1APUE 5OZJA 1AIDA 3L58A 1KJHA 4J0PA 3PCZA 1QBTA 3DV1A 4J0ZA 3TL9A 3JW2A 4L7JA 4FAEA 5CLMA 4RYCA 5OZKA 2F81A 1DMPA 5P1YA 3NUJA 3UDKA 2NMZA 5KR2A 5DR0A 1K6PA 5P27A 5P7WA 1ZBGA 3D1ZA 3KF0A 1T7IA 3PWMA 4DJYA 4KE0A 5P6HA 3FX5A 4RCDA 5OZ7A 5P48A 5P8EA 2G69A 3INHA 1MVPA 4Y4WA 3OY4A 4HZTA 1IZDA 2WEBA 4IVTA 3UHLA 2UPJA 5OZ9A 3LPJA 1OHRA 1FQ6A 1G0VA 2QMGA 5P6CA 4QJ8A 4RRNA 1BXOA 5P4TA 2B7FA 1AAQA 4CMSA 5IVSA 5P3GA 3L5CA 3ER3E 1D4IA 3I8WA 5DPZA 1W51A 5P0NA 1A9MA 4BFBA 2P83A 5P8SA 3FIVA 4KB9A 3LPKA 4NPUA 3UF3A 5P5WA 2ZHVA 5P5RA 3Q70A 5P67A 2AQUA 5OZLA 1MRWA 5KOSA 1CPIA 2WHHA 5PEPA 4Y4BA 3O9FA 1BXQA 4FM6A 1HSHA 5P4XA 2HIZA 1G35A 5P6UA 5P1EA 3QS1A 2SAMA 3GW5A 1AZ5A 3L59A 4LXMA 4OBZA 5COPA 2AVVA 5P4NA 3L5BA 1BV9A 3DV5A 1EPLE 1APWE 3TKGA 4QJ9A 4CPSA 5P1HA 5OZSA 3HDKA 5P03A 5P82A 4MC6A 1G6LA 5P7LA 3IXKA 4B0QA 3VF5A 5P1TA 2IGYA 1NH0A 5HDUA 5OZGA 5IS4A 2CEJA 2IS0A 3TPRA 5P6GA 5P59A 1G2KA 3S43A 4Z2ZA 2QI5A 3SKGA 5P1PA 3R4BA 2P3BB 5KQYA 4Y3MA 5P0OA 5P1WA 3BRAA 1KZKA 1IZEA 5P4EA 3LZYA 1HTGA 3PWWA 1MPPA 2ZJNA 3O9IA 3RSXA 2QHZA 1FGCC 4PYVA 4K4PA 5P63A 4E43A 1E80E 5P40A 1FQ4A 1QDMA 5P4JA 3R2FA 2QI1A 5P1MA 5EZZA 4FE6A 2XFKA 4GJBA 5P0SA 3GI6A 1D4LA 3QAAA 5P3CA 4Q1YA 4I0ZA 3OK9A 1GVVA 5P1SA 2XFJA 5P11A 3T6IA 2IEOA 2O4PA 5B18A 5P0KA 5P41A 4Y5EA 5P3DA 5P6PA 1FQ8A 5DGUA 5P0AA 2J9KA 2Q5KA 4ACXA 3OXCA 5P4HA 4LAPA 2O4LA 2I1AA 4Y4DA 2AVOA 1IDBA 3SPKA 4Y5BA 5P0HA 1TQFA 5P2AA 1NPWA 1HVRA 3D1YA 2J9JA 3VSWA 5I3YA 4GJ6A 3OUDA 4OBZB 4Y4UA 5AH8A 2ZGAA 4FRSA 4WY1A 5P2GA 2ZE1A 1EBZA 3KMXA 5DR7A 4Y3XA 1QS8A 3LNKA 4Y56A 1LF2A 3NUOA 4HDFA 3NLSA 1KJ7A 4Y9WA 3ZPUA 4H3GA 5JG1A 5OYZA 4TRZA 3NYGA 2ZJKA 5P4KA 1FQ5A 1HEFE 5OZCA 3DCKA 5SY2A 5P0WA 4HDPA 4PZXA 3FKTA 3S43B 3ZLQA 3PSUA 3SQFA 3DJKA 3Q6YA 3CMSA 3QN8A 1A8GA 4H3JA 4J0YA 5P3MA 5P8QA 5COKA 3OQFA 5OZTA 3TPLA 2HB2A 5P12A 1K1UA 3PB5A 4B70A 1C70A 1KJGA 2FDEA 2JE4A 3SA4A 1EBKC 3DM6A 3RSVA 3RVIA 4AA8A 1D4HA 5P5TA 5P70A 5P3LA 2V11C 3VCMA 3K1WA 3WB5A 3VYDA 5P1DA 5P2CA 3EBZA 4KE1A 5AHBA 4DQFA 1HOSA 2XYFA 2G27A 2BKTA 4OC6A 5P1CA 4LP9A 4I0GA 1UH8A 2Q3KA 4LL3A 2R43A 5OZVA 5P6WA 4YOBA 2WEZA 3OU1B 3UDYA 1BILA 5P2QA 3NWXA 3BUFA 1MUIA 2OHUA 6APRE 2HB4A 3PBZA 1LYAB 2VNNA 2FGVA 5P4VA 5P3HA 2WF1A 4EXHA 2R5PA 4OBFA 5P77A 3SM1A 2O40A 2Z4OA 1MRXA 3OUDB 2AVSA 5P5VA 5P8OA 1IBQA 4Z22A 3PHVA 4R8YA 4NPTA 3T3CA 1K1TA 6UPJA 5KQZA 4ZE6A 1N49A 2QI0A 3EL9A 5CONA 5BWYA 3OQKA 2O4NA 5P4MA 3L38A 1UPJA 5P1RA 3UQWA 1HIVA 4Y3WA 5BRYA 5AHAA 4GJ7A 4HVPA 1U8GA 2FNSA 4Y3NA 2BPZA 3GI4A 3VLAA 2AZ8A 4Y5AA 5IVTA 3DCRA 2VIEA 3JVYA 2Q54A 2IDWA 4FS4A 4U7QA 3I2LA 5OZBA 5OYYA 3H5BA 1FQXA 1IIQA 1DW6C 3PM4A 5P3IA 3TH9A 3LIZA 5P1UA 5OYVA 1TSQA 5P89A 2ZHSA 1VIJA 7HVPA 4I0FA 5P53A 4YD4A 3GGXA 1GVWA 1D4KA 5P7HA 3CIDA 3OUBA 2QZLA 3OADB 3OAGA 3R0YA 2EWYA 4X2LA 3CYWA 2XYEA 3TTPA 1HTFA 4JPEA 1GNOA 2P8HA 1EC3A 4FM8A 5P0ZA 4LHHA 3NWQA 5P86A 2VKMA 2I4WA 1LF4A 2QP8A 2AOHA 5P33A 5P30A 3B80A 4QGIA 5P2EA 4Y5MA 4CKUA 5P28A 4B00A 5P4GA 3KYRA 4EQJA 3PLDA 1D4YA 3T7XA 3IN4A 4K4QA 5OZ8A 5IE1A 1HXWA 3IVIA 3VYEA 5P7FA 3EM3A 1XN3A 1LYBB 2HS1A 4GJDA 4U8WA 3L3AA 3RU1A 4FRJA 2I0AA 4NJTA 2G24A 4FL8A 3TLHA 4I8WA 1W5XA 3KT2A 5P02A 2Q15A 4R92A 5I70A 5P0YA 3IAWA 5P5XA 5P0JA 2QK5A 2ER6E 3ZKXA 4CP7A 4FAFA 1W5YA 1AVFA 4ACUA 3INFA 2WJOA 4YCKA 5P1BA 3EKQA 1LZQA 4YCTA 3OXXA 1MT9A 3IA9A 4AZYA 2F3KA 5P3SA 5P4FA 1FIVA 5P1VA 2JJIA 3URIA 4EJKA 2Q11A 4DQGA 1T3RA 4YD5A 1HSIA 3OUAA 3FV3A 2BPVA 2BBBA 3VEUA 5P8LA 4FLGA 2HC0A 5P6FA 1B6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EL5 A;  2PC0 A;  5P4Q A;  5P0M A;  3HD8 A;  3TOF A;  3OU4 B;  1SIV A;  5P5Q A;  3NU5 A;  4B72 A;  5HCO A;  4AUC A;  1EPM E;  4Y47 A;  3VV6 A;  5P55 A;  3UFL A;  5P7S A;  2G21 A;  5HDZ A;  2QD8 A;  2RSP A;  3MSJ A;  4M8X A;  1HVH A;  4ZPE A;  2PH8 A;  3O9A A;  2PK6 A;  5P0P A;  4RGH A;  5P60 A;  3BC4 A;  5P0Q A;  2VNM A;  3H0B A;  5OZF A;  2G1S A;  5P07 A;  4CPR A;  1BV7 A;  3LIN A;  5JFU A;  3K5C A;  4Y3P A;  5FIV A;  4RVI A;  1YM2 A;  5P5H A;  5P8R A;  2F8G A;  5J25 A;  3DOX A;  5IVR A;  3OQA A;  3I7E A;  5P64 A;  4DJO A;  3OXV A;  2WF2 A;  5E5K A;  3HBO A;  2NR6 A;  5P16 A;  5P6M A;  5HU0 A;  1RNE A;  2V16 C;  5P8U A;  1NPA A;  5P1G A;  4L7H A;  1M43 A;  5P8T A;  4FCO A;  5HCT A;  2QMP A;  2REN A;  4GJ5 A;  3QBH A;  4LXA A;  1K6C A;  5P1Q A;  2VA7 A;  4Y3H A;  2WF3 A;  1A30 A;  4EWO A;  5P0D A;  4Y6M A;  4LBT A;  3BUG A;  5OZA A;  5P7G A;  3LPI A;  5P1I A;  5P38 A;  2QU2 A;  1YM4 A;  3ZKI A;  5P7A A;  5P8N A;  4Y45 A;  2I4Q A;  5OYX A;  2G1R A;  3QBF A;  4I1C A;  2RKG A;  3SM2 A;  5AHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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