4KUPA

Endothiapepsin in complex with 20mm acylhydrazone inhibitor
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based design of inhibitors of the aspartic protease endothiapepsin by exploiting dynamic combinatorial chemistry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 90
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4kupA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4kupA01
5ER1E 5P3WA 5P6DA 5P2QA 5P8JA 5E5KA 5P0ZA 1A8GA 2QZLA 5P2LA 1ENTE 2Q3KA 4Y3EA 5OZVA 1BVGA 1LYWB 4BEKA 1U8GA 5P0OA 3EXOA 3EL1A 3U71A 3T11A 2R38A 3EC0A 4FM7A 2IS0A 3KN0A 3NR6A 1QBSA 5OZEA 2Q54A 4YD5A 2BPYA 2G69A 3K5GA 3KFRA 3LPKA 3OK9A 1YTHA 5HCTA 2BB9A 5P4TA 2OHNA 5P4BA 5P8OA 1EAGA 2QMGA 3NDXA 5JG1A 4HVPA 4X2LA 5P86A 3QRMA 2HB3A 5P0DA 4BELA 5P5FA 5P2OA 3LIQA 3EM6A 3OXXA 5P4EA 4HDBA 5P44A 4I0DA 1PSAA 1TCWA 4GB2A 2IDWA 1AVFA 3IXKA 5P1NA 5P0BA 3NUOA 5P6RA 3MWSA 2IGXA 4H3JA 2QU3A 2G1RA 2ZHTA 2VIZA 1FQ7A 5P43A 4DJUA 4NJSA 4IVSA 4QJ8A 2AZ9A 5OZ7A 3S43B 5P4NA 2CENA 4Y35A 5OZXA 4GYEA 5HU1A 2WKZA 5P3LA 2QD7A 1K2CA 5P1JA 1D4SA 3EKQA 4NJUA 1LZQA 1SDTA 1ODXA 4BFBA 4EJDA 5P3OA 1SIPA 4Y4JA 1GVTA 3PJ6A 1AIDA 5COOA 5P53A 5P7QA 4L6BA 3RSXA 1BDRA 1SDVA 3S54A 5P3HA 5OZZA 4M8YA 4ZSPA 2QAKA 5KQYA 5P8FA 5P0SA 4RVJA 5P8SA 5P8PA 5P8UA 1F34A 5P24A 1META 1B6MA 3HAUA 2P4JA 1FFIC 1UH7A 3QP0A 1BXOA 3INDA 4EQJA 3OADB 5P2HA 5P2DA 1B6JA 1GVWA 5P3RA 3SAAA 3TL9A 4EHCA 5P79A 2PYNA 2P3CA 5EZXA 2H6SA 3GI0A 5P3ZA 4CPWA 3R2FA 1D4JA 4CKUA 4YD4A 3D91A 5P2SA 5HDVA 5OYUA 2O4LA 4M8XA 4Y5AA 2F3EA 3IXJA 5P2XA 1KJHA 5AHCA 2NXLA 5P04A 2BKSA 2H6TA 3OUAA 4KB9A 4DQFA 5I70A 4R95A 4WY1A 1Z1RA 1YTIA 4F73A 3VFBA 5P73A 4Q5MA 3APPA 3FNSA 2AVQA 2B8LA 3IN3A 1AZ5A 4YE3A 3O9HA 3UDNA 5P4UA 3QS1A 5F01A 5P3BA 3DCKA 4YCKA 3KDDA 1AM5A 3PSYA 5I3XA 2WEZA 4Y3ZA 5P1UA 3BGCA 4RYCA 4QJ2A 3ZKSA 2OAHA 1EPRE 3VUCA 4RZ1A 5P0CA 5P0FA 5OZJA 5P5HA 5HE4A 3ZLQA 3TOFA 2RENA 4GJ9A 5P2GA 3GI5A 1MVPA 1W51A 2UPJA 3QROA 3MXDA 2ZJIA 2PWCA 3QBFA 2ER0E 1T6GA 2V12C 5AH8A 4H1EA 1NPAA 2QI6A 5P1RA 1BBSA 4YBIA 4LXAA 1HVLA 4HDPA 5C9BA 2QU2A 5P7XA 2VIEA 2QHYA 3MSLA 1EPLE 4OBJA 4JECA 3ZPTA 2G1NA 3BRAA 5P1EA 1SH9A 1E80E 5P6UA 3G72A 3PGIA 4I0FA 2PSUA 1BV7A 1JLDA 5P7LA 2NXDA 5P5LA 2OHTA 4ZE6A 2I0AA 5P36A 4CMSA 4FAFA 4Y4XA 2PK5A 5E5JA 5P58A 4OBZB 1EC3A 4D8CA 1ZSFA 5OZCA 4K8SA 3KMXA 5P16A 3VF3A 1FFFC 2QI0A 5OZ9A 5P40A 4MC9A 5P85A 3LINA 4PEPA 5P0EA 4I0ZA 5P5NA 4DQBA 3OQFA 3QAAA 3OQAA 5OZ8A 3VSWA 7UPJA 2AOIA 4EQ0A 3TPLA 5KR8A 4FAEA 5P37A 3TOGA 4FSLA 3S8IA 4D83A 2WF3A 5P23A 4Y58A 3NYGA 1NSOA 3KT5A 4YD3A 5P07A 3UF3A 5DR0A 2XYEA 4J1HA 2I4UA 5P00A 3VYFA 2FS4A 5P6KA 5UPJA 1TSQA 5OZ5A 1GVVA 4RVXA 5P5BA 5AH6A 3EL4A 5P3YA 3EKPA 5P0LA 3DV5A 1B6KA 2AVMA 1A94A 4TVHA 5OZ3A 5P0JA 3QRSA 4GMIA 4JP9A 4Y57A 2SAMA 1B11A 1EC2A 3I25A 2R3TA 1T7JA 4DJWA 3SA3A 5P2AA 5P49A 3OAGB 3B80A 3UQPA 2G27A 4RLDA 4I0HA 4Y54A 5P3KA 5P4GA 3A2OA 4J1IA 2BPWA 3LIXA 6APRE 3IA9A 2BKTA 3EKTA 5P7KA 4FS4A 4EYRA 3NUJA 5ISKA 1HVJA 2G20A 5P3FA 4OBKA 5P3VA 4MC1A 5DQ4A 5OZNA 3BGBA 3VLBA 2PH6A 1F7AA 4FLGA 5DR1A 1XN2A 1HXWA 1OHRA 2PSGA 1SGZA 3NWQA 4GJ6A 5P8HA 3KYRA 3EKXA 5P0MA 4Q1XA 3U7SA 4A6BA 2NMZA 2ZHRA 5OZTA 5ENMA 5P78A 3UFNA 2G26A 5OZMA 2FLEA 3Q5HA 1BXQA 3S7LA 5OZUA 1XE6A 1W6IA 5P46A 4B1CA 5AHAA 2Z54A 3OOZA 1XS7D 1T7KA 4CPXA 1DIFA 3EBZA 4OC6A 5HE7A 9HVPA 1LYAB 3KFSA 6UPJA 3LIYA 4Y47A 3NWXA 5OYWA 5P18A 5JODA 1EBYA 1KZKA 5IVRA 3UTLA 2JYSA 1IZIA 5P47A 3D1YA 3EKVA 3H5BA 1GNOA 1ZLFA 2RMPA 2ZJLA 3JW2A 5P05A 2G94A 2ZJNA 4R91A 2B60A 1BDLA 4I0EA 3OUDA 5P4CA 1MIQA 3FKTA 5P2TA 5P08A 5P2YA 1ODWA 3IN4A 2VIJA 2CEJA 3WSJA 1BV9A 2PWRA 1DPJA 1T3RA 2JJJA 5OZBA 3OQKA 4Y5BA 3UDMA 3VEUA 4YA8A 3QN8A 4OD9A 3ZKGA 1BILA 3FIVA 5P55A 3S56A 4D85A 1KJGA 1ME6A 3TPJA 4J17A 3HBOA 4FSEA 3EM4A 5KQFA 5P6YA 5P0PA 5JFUA 4PZWA 3NDUA 5P29A 5P0AA 4Y5GA 5KR0A 5P69A 3UFLA 4DFGA 3OHFA 3SM2A 1Q9PA 4I8ZA 1BWBA 5TOLA 4Y4WA 3PRSA 4R93A 4A4QA 3K4VC 4Y44A 5P35A 3HLOA 4RRNA 3BUGA 4DJXA 3QBHA 3UDRA 2ZJHA 4Y39A 3Q6YA 1EPPE 2HC0A 2ZYEA 3UDHA 4LBTA 1AAQA 5P7DA 3NDWA 5P1VA 1CZIE 5AH7A 4DJVA 1TZSA 1LS5A 3UDQA 1QRPE 3ER3E 5P1MA 3G6ZA 1YT9A 2V11C 1K6TA 5P0UA 5P26A 4Z22A 2PH8A 5P09A 2AOFA 2F81A 5P70A 5P8QA 3URLA 4Y53A 3R0WA 4Y5EA 5P7SA 4ZSQA 4ZEAA 1G35A 5P1IA 4ZIPA 1EC1A 4FCOA 1FB7A 5HDXA 5P3PA 3TTPA 3UQUA 5T4SA 4OBFA 5P8VA 5OZ0A 1MUIA 5P3NA 4Y3HA 3ER5E 5P7OA 5I3VA 1HSIA 3BUFA 3TKGA 5P5MA 3PWRA 1W6HA 2VNMA 5OYVA 2J9KA 1B5FA 2AOEA 5P6NA 1XDHA 5P59A 4WTUA 5ISJA 5P87A 3OHHA 4YCTA 3HD8A 2I4DA 4EJ8A 1M0BA 1SMEA 2XYFA 4DJPA 1FF0C 4I12A 5P82A 1SIVA 4DV9A 4AA9A 3EL9A 4ZLSA 3S53A 1W5XA 3GGVA 2AOHA 3QVIA 3OTYA 2IL2A 1OEWA 5P50A 5P5PA 4EXHA 1FLHA 1EBKC 1GVXA 2QI5A 4NKKA 5P5YA 5P06A 3UDYA 4LHHA 5HCOA 5P12A 3OUCA 2CEMA 1EBWA 4F75A 3DK1A 3ECGA 4L7HA 1APUE 5HE5A 1LF2A 4Z4XA 4I8WA 5CONA 3DCRA 4K9HA 3I6OA 1MEUA 4JOOA 3OGQA 3LPIA 5P38A 1EPME 1WBMA 3OU1A 5P6GA 4ER2E 2RKGA 5P45A 3KDBA 3BC4A 5P1TA 3NU5A 1ZSRA 2FGUA 4DI2A 4PZXA 4Q1WA 1NPWA 3KM4A 3IVIA 2V00A 1QBRA 5P17A 1KJ4A 4L1AB 4GJBA 2QI1A 1ER8E 3OU3A 1HEFE 5IE1A 5P7HA 3OWNA 5P54A 2BPXA 5OZGA 2R3WA 5P1OA 5P8LA 4J5JA 4Y4UA 1ODYA 3O9FA 2WEAA 3GI6A 3ZKMA 4EXGA 2AZBA 2AVVA 2VS2A 5P57A 4B1DA 3HDKA 2P3AA 1MRXA 5AH9A 3GGXA 4Y5LA 5OZPA 5P2MA 4COEA 4Y4TA 3Q70A 2IKOA 4WY6A 1SMRA 3NU4A 4KUPA 3VCMA 3O9LA 4I0JA 3DUYA 4GIDA 5P8IA 2O4KA 2NNKA 7HVPA 4U8WA 1EPQE 5P80A 5P51A 3O9GA 2VJ7A 4QJ6A 1C6XA 5P1AA 2WECA 4YD7A 4EPJA 5P3EA 5P4KA 2G1SA 3NLSA 4IVTA 3SPKA 3URJA 5P7RA 2F80A 1FG8C 2WJOA 4ZPFA 1LYBA 2PQZA 4OBHA 3OU4B 5P56A 3INHA 5P8GA 2ZHVA 1PPME 5P7BA 4HA5A 4Y51A 4QJAA 4AMTA 1HTEA 5P1HA 5P74A 2I4WA 4RYGA 2QNQA 5P5UA 3QI1A 5OZYA 5P2WA 3WZ6A 2QZKA 3VYEA 4I10A 4Y4AA 2AVOA 5P2NA 1HSGA 2WF2A 4APEA 2G1OA 5P3GA 3NU6A 5P5JA 1A30A 3MXEA 1HPOA 2B7FA 5OZ6A 1PFZA 1D4IA 1MTRA 5P62A 2HPEA 4DPIA 5SXNA 1K6PA 1LYWA 4DQGA 4Y3FA 3S2OA 1SGUA 2FIVA 3UQXA 1Z1HA 4YCYA 2I1AA 3SA8A 1IZEA 3PCZA 5HVPA 3WZ7A 4FM6A 4J0ZA 5P5DA 2NPHA 1FMBA 4NPUA 1MT7A 3R4BA 5P1LA 4Y3GA 5F00A 3PVKA 4H3FA 1BDQA 1TW7A 4Y5KA 3VV6A 3SO9A 1PSNA 1W5WA 4OC6B 5P2UA 1EPNE 2EWYA 2QNPA 5P8MA 1PPLE 4PPHA 3SKFA 4YOAA 3SA5A 4PYVA 5P4XA 1N49A 3VV8A 2G21A 4H3IA 1NPVA 5P3IA 5P6TA 1ZTZA 1AJXA 5P3UA 2XFJA 4B70A 3RU1A 2UXZA 1QDMA 5OZ1A 3WB5A 4RVIA 5DQ2A 5APRE 1PPKE 2MIPA 3FV3A 2FNSA 4TVGA 2G24A 4Y50A 5P60A 4YOBA 5P1DA 2F3KA 4Y3NA 4Y3MA 5P30A 2ZJJA 5KR2A 4HEGA 3S43A 2HS2A 1BAIA 1HPVA 1YM2A 3Q4BA 3ZKQA 3EKYA 5OYXA 2PC0A 5P5WA 3O9DA 2O4PA 3APRE 5P4QA 1QBUA 2HS1A 2I4VA 3HW1A 3SA9A 5P39A 5P5XA 1FQ6A 1GNMA 2G22A 5OYRA 5P6JA 1HIHA 1DP5A 5OZLA 5P52A 2FDEA 5P5ZA 3F9QA 1GNNA 1HHPA 2QP8A 3PM4A 5HDUA 3LZYA 3PI5A 3L5DA 3LHGA 5P6QA 4B00A 5IVSA 5P6EA 4FRKA 4Y3YA 1HTRB 5P31A 4EP3A 2VIYA 3OADA 4NPTA 4DH6A 1G2KA 1LV1A 4LC7A 5P5KA 1MESA 5P02A 3S7MA 1MSMA 4I0GA 3KA2A 3L5FA 4ER1E 4DQCA 3SQFA 5P1XA 4FIVA 5I3YA 3GGUA 5BS4A 1APWE 2OF0A 4GJCA 4QGIA 5P4IA 5P4MA 5P3AA 4Z2ZA 4KE1A 5P5TA 2P3BB 4DQHA 5SY3A 5P8RA 1RQ9A 2ZJMA 5OYZA 1YTJA 1YG9A 3CMSA 5P5VA 4Y3LA 5P32A 2VA6A 4Y45A 3LITA 3SKGA 5P3SA 5P6BA 3TKWA 2B7ZA 1KJFA 3LZUA 1APVE 2O40A 3K4VA 4LAPA 3OQDA 5OZDA 4Y37A 4NJTA 4Y4DA 1EBZA 4QJ7A 3GI4A 5P03A 3NDTA 1IDBA 5P77A 5OZHA 2VA5A 5P0NA 3SA4A 4DPFA 5P2BA 1W5YA 1B6PA 4Y48A 5P5SA 1FQ5A 4GJ7A 2I0DA 2AODA 5IVTA 3HVPA 5P6ZA 4MC6A 5P4PA 1C6ZA 5ENKA 4B72A 4CPSA 5P2JA 5P1ZA 2PK6A 4TRWA 1GKTA 4D88A 4Y41A 3INEA 1YM4A 4K4PA 5P65A 4ZSMA 5P7NA 3PWWA 4EJLA 1GVUA 2AQUA 3D1XA 4EP2A 3R0YA 1HXBA 4CPUA 4HE9A 3CKTA 3PSUA 3T7PA 4Y3WA 3SM1A 3MSJA 4B0QA 1UPJA 5HD0A 1HBVA 3EL5A 5P3CA 1VIJA 3QPJA 4AUCA 1MERA 5P1CA 3D3TA 3IVHA 4J0VA 2QK5A 5P6CA 5OZIA 5P10A 4YBFA 4YHQA 4CPTA 2VKMA 3CKRA 1IVPA 2AOCA 5P8AA 1HPSA 2FXDA 1LEEA 5P0XA 1B6LA 2BPVA 4OBZA 2V0ZC 5P5AA 3DV1A 3KFNA 4I1CA 3OXCA 2F3FA 4Y3QA 3L3AA 2RSPA 4RCFA 5P4HA 3NSHA 1NH0A 2R9BA 1MPPA 1OEXA 3SABA 4GJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ER1 E;  5P3W A;  5P6D A;  5P2Q A;  5P8J A;  5E5K A;  5P0Z A;  1A8G A;  2QZL A;  5P2L A;  1ENT E;  2Q3K A;  4Y3E A;  5OZV A;  1BVG A;  1LYW B;  4BEK A;  1U8G A;  5P0O A;  3EXO A;  3EL1 A;  3U71 A;  3T11 A;  2R38 A;  3EC0 A;  4FM7 A;  2IS0 A;  3KN0 A;  3NR6 A;  1QBS A;  5OZE A;  2Q54 A;  4YD5 A;  2BPY A;  2G69 A;  3K5G A;  3KFR A;  3LPK A;  3OK9 A;  1YTH A;  5HCT A;  2BB9 A;  5P4T A;  2OHN A;  5P4B A;  5P8O A;  1EAG A;  2QMG A;  3NDX A;  5JG1 A;  4HVP A;  4X2L A;  5P86 A;  3QRM A;  2HB3 A;  5P0D A;  4BEL A;  5P5F A;  5P2O A;  3LIQ A;  3EM6 A;  3OXX A;  5P4E A;  4HDB A;  5P44 A;  4I0D A;  1PSA A;  1TCW A;  4GB2 A;  2IDW A;  1AVF A;  3IXK A;  5P1N A;  5P0B A;  3NUO A;  5P6R A;  3MWS A;  2IGX A;  4H3J A;  2QU3 A;  2G1R A;  2ZHT A;  2VIZ A;  1FQ7 A;  5P43 A;  4DJU A;  4NJS A;  4IVS A;  4QJ8 A;  2AZ9 A;  5OZ7 A;  3S43 B;  5P4N A;  2CEN A;  4Y35 A;  5OZX A;  4GYE A;  5HU1 A;  2WKZ A;  5P3L A;  2QD7 A;  1K2C A;  5P1J A;  1D4S A;  3EKQ A;  4NJU A;  1LZQ A;  1SDT A;  1ODX A;  4BFB A;  4EJD A;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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