4LAPA

Endothiapepsin in complex with thiophen-based inhibitor sap114
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Endothiapepsin in Complex with Thiophen based Inhibitors
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lapA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lapA01
4TVHA 3UQUA 5DR8A 4YD4A 3OADB 1MUIA 4FRKA 1CZIE 1YX9A 4GJ8A 3UQRA 4Y3JA 4ZPGA 4NPUA 3CIBA 1M4HA 2OAHA 5P6FA 1E82E 5P3GA 5P43A 2HB3A 3ST5A 1AJXA 5SY3A 3OUAA 1NH0A 3EL4A 3PMYA 3AIDA 4HZTA 5P7LA 4DQFA 5OZ4A 4CPXA 5P2IA 4R91A 1FQXA 1ZSRA 3KMYA 2R9BA 3DCKA 3HVGA 5HTZA 1HPSA 2QU2A 4I0FA 1W5VA 1EC1A 4JOOA 4X7IA 2IL2A 4Y4GA 3APPA 2I4WA 5T4SA 2PYMA 1AVFA 5P5KA 3L38A 4IVTA 3OQDA 4RRSA 5P48A 1D4IA 1HWRA 3MXEA 2XFKA 4FGXA 3FV3A 5P6QA 4ZSQA 5P1LA 1FGCC 4Y3XA 4HVPA 3VSWA 1GNNA 4Y9WA 2ZJIA 3ZL7A 5P4XA 2WECA 3RTHA 5P2RA 2V00A 4Z4XA 4DJQA 5P7QA 1LF4A 3BC4A 5P02A 2PYNA 4DV9A 4J1HA 1A9MA 2A4FA 4DPIA 4RRNA 5P0RA 5P66A 5P6NA 4HA5A 1K2CA 4B78A 4UPJA 1MT8A 3HD8A 3QROA 5OYWA 2QHYA 4B00A 5P61A 3L58A 5P69A 3R1GB 3DCRA 3L5EA 3B7VA 1FG6C 4I8ZA 3DOXA 4J0ZA 3FSMA 3UF3A 4BFDA 3OHFA 4DJVA 4I1CA 3URJA 5P47A 4A4QA 3LIXA 4DQCA 3D20A 3Q6YA 3NUJA 2G21A 5P4ZA 4MC2A 4FSLA 3KN0A 2FDEA 5P46A 5P2YA 1TZSA 3QAAA 3OU4A 5KOQA 3RSXA 4I0IA 3KYRA 3KM4A 4J5JA 5P5NA 3OUCA 3IXJA 4A6BA 1KJ4A 4Y3NA 1MSNA 2OHKA 3S43B 4LHHA 4BFBA 4FCOA 3GGVA 5OZRA 2J9KA 1T7IA 3KT2A 5OZ7A 5ISJA 1BWAA 5P65A 4Y5MA 1IVPA 1RQ9A 5P5ZA 1NSOA 4QJ6A 1PPME 3UCBA 1WBMA 3OAGB 5P8LA 5P49A 1ODYA 3PSUA 5HCTA 3D1YA 4COEA 4YDGA 4K8SA 3LNKA 3ZKGA 2B42A 1XS7D 2QNNA 4Y47A 3L5DA 2XYFA 2VNNA 2WF4A 4HDBA 5P3KA 2Q55A 2FMBA 5P1RA 5P4YA 3O9LA 3VYFA 4GIDA 5P84A 1RL8A 3DJKA 2Z4OA 3DV1A 2UY0A 4GJ7A 5P41A 2NNKA 5P68A 5P6RA 2QU3A 4Y38A 5P89A 5OZAA 3HAUA 4J1IA 3WZ6A 3KA2A 5P7MA 4LXMA 5P0EA 2F81A 1VIKA 1IZIA 2JYSA 1ENTE 5P85A 4I12A 3S7MA 4EP2A 3BUGA 5P5EA 4DJUA 1WKRA 5P0VA 4QJ2A 5P1JA 3OWNA 4JP9A 2V16C 2WHHA 5OZMA 2AVMA 1FMBA 3FNSA 3TKGA 5CONA 4L6BA 4EXGA 1EPPE 1E5OE 4NKKA 5P5XA 4GJ9A 3SA7A 2QMDA 2Q64A 3OQAA 1TCWA 4YCTA 2OHUA 5P8NA 1EBWA 1BDLA 3INDA 1MERA 3IN4A 5C9DA 2B60A 3T7QA 3AUPA 4LAPA 5P3XA 3IVHA 3K1WA 1YTIA 2VA5A 5P6AA 2NMZA 1DMPA 1BWBA 1IZHA 4Y50A 5DR1A 1QS8A 3TOGA 5P8PA 5P8DA 4B70A 4ZLSA 1CPIA 2WEBA 1LZQA 3PRSA 3VG1A 5E5JA 4F76A 5EZZA 5IVRA 1IBQA 1ZJ7A 1ZTZA 2PWCA 3OU3A 4Y4XA 4L7JA 4QJ7A 3VV7A 4Y56A 2I4QA 3I25A 4ZSMA 4J54A 5OZXA 1FF0C 1WBKA 5P24A 5P6JA 4HE9A 5P1XA 3EM6A 5P26A 3S7LA 4Y39A 2ZHRA 3UDQA 1LYBA 2FXDA 1MRXA 6UPJA 1HTRB 5P3EA 5P1AA 3TH9A 5P1VA 1QBUA 3S85A 4RGHA 1SIPA 3URLA 4RVIA 3K5CA 3UDJA 2I4XA 1GNOA 3VFBA 4YE3A 2VJ7A 3I8WA 5P1UA 3EM4A 2F3KA 2I4UA 2Q63A 3CKPA 3QBFA 2NR6A 3EL5A 1FQ7A 4L1AB 5SZ9A 2AOEA 1ZSFA 5P86A 5HE4A 1EPRE 3NDXA 3BUHA 5P1HA 4J0TA 5ENMA 4RYCA 2IENA 5P4IA 1HXWA 1AM5A 1FEJC 5KR1A 2G1YA 4QLHA 4FLGA 5P70A 2H6TA 3TNEA 2IGXA 1HVKA 2B8LA 5P3QA 4ZEAA 3PM4A 3G6ZA 5P60A 5P6IA 4Y3YA 1BXOA 3SABA 3SA8A 1K1TA 2EWYA 5P5VA 4ER1E 2QNPA 5P7KA 4CPUA 2I4VA 5P8JA 3N4LA 1RNEA 3H5BA 1JLDA 3ZOVA 4OBKA 1LF2A 2JXRA 5P4GA 4EYRA 2G22A 4BELA 3R2FA 1YT9A 5P8HA 3OHHA 1F34A 5KQFA 4I8WA 5P2JA 3SO9A 4Y58A 1HPXA 4J1EA 1DW6C 4QJ9A 5P74A 5SY2A 5P8OA 1B6MA 5ENKA 3PBZA 5BWYA 5OZ1A 7UPJA 5P75A 2ZJNA 1B6LA 4L7HA 4Q1WA 5P0HA 5P04A 1BXQA 4PZWA 3BRAA 1J71A 1C6ZA 5P2TA 3SA9A 5P3DA 3SM2A 5PEPA 5DR4A 3LIZA 3OXXA 5P7OA 5P1QA 2ZJHA 1PFZA 2AZBA 4TRZA 4ACXA 4Y6MA 2QHCA 4YD3A 1KJFA 5P7DA 2FS4A 2OHLA 5OYZA 3QVIA 5P1DA 4B77A 4Y5GA 2P3BA 3I2LA 1HVRA 5P64A 3RU1A 3PBDA 1UH8A 2ZHVA 3BVBA 4XX4A 3EKPA 4EHCA 2OHSA 1XE6A 5P30A 5P67A 5P6ZA 5OYSA 4Y3TA 4PZXA 2QI7A 3OQFA 5OYUA 9HVPA 3ZKNA 1BVEA 5P3OA 2P83A 5DR7A 5P8EA 3GGXA 1D4JA 4J1KA 3L3AA 5DQ1A 4EJ8A 5OZ5A 1EAGA 2AZCA 5P6OA 3VYEA 1K6CA 1HIVA 4Y57A 4OD9B 3VV8A 1M43A 2ZJMA 3D3TA 1QBRA 2G20A 4FE6A 1BIMA 5OZGA 1FMUA 1LF3A 1IIQA 5P08A 3U6AA 5P6HA 3BUFA 5P6XA 1FIVA 1BBSA 3EL1A 4EWOA 2PSGA 5P2BA 3DUYA 4FIVA 4Y5NA 3I7EA 5P1WA 2FLEA 1HTGA 4Y3QA 3SM1A 3ZKXA 3TPRA 3OXCA 4F73A 5P8MA 4YCYA 2B7FA 5P29A 4QJ8A 2G94A 4I0EA 1B5FB 4FAFA 4Q1XA 5OZFA 2MIPA 1Q9PA 5P1FA 5P5MA 5P8RA 3O9DA 4RZ1A 5HDVA 4Y5EA 1EPQE 4LBTA 5BS4A 3GI5A 3LIVA 3TPJA 3NU5A 5P4KA 5P3SA 1D4HA 5P0KA 4CPQA 5HU1A 2AODA 5P2NA 2AOCA 1BDRA 2HM1A 2IRZA 3INEA 3U71A 3ZPUA 1HVSA 3K5FA 5P56A 3UHLA 3RTNA 3BXSA 4H3GA 1EEDP 2ZYEA 4CKUA 5P4LA 1D4SA 1HEGE 4DJWA 5P6DA 3O9BA 2QMFA 3O9HA 5P2LA 5P2OA 3NXEA 2QD7A 4H1EA 4Y4ZA 2CEMA 2BQVA 2OHPA 5P3AA 4YCKA 3IN3A 5TOLA 5P4HA 3NSHA 3LPIA 5P5WA 5COPA 5P5FA 4Y41A 5OZ8A 3NXNA 4DI2A 2HB4A 5P5BA 1SIVA 2BPWA 5P2UA 3PCWA 2HS2A 1K6VA 3OTSA 3CKRA 1EBYA 1MTBA 1T6EX 3JW2A 3GI4A 1ODXA 3TPPA 5DQ5A 1HXBA 5P2VA 5P13A 4J0YA 2OF0A 5P5CA 5P0SA 3LZYA 5P5TA 2QI3A 5P32A 3GGUA 3TL9A 1T7JA 3S54A 3ZKIA 5HD0A 1QBTA 5P7TA 5P7WA 4EQJA 1W6HA 4Y51A 3OOTA 4FSEA 3IXOA 5P4SA 3OQ7A 3SFCA 3UDKA 3KDBA 3PSYA 4EJKA 2NXMA 5AH6A 5P6TA 3ZPSA 5KQYA 5JODA 5P5UA 5P25A 3ER5E 3I6OA 1HVLA 2O4NA 4DQHA 1APTE 4Y3MA 3TOHA 4KUPA 2V0ZC 5P2CA 5BRYA 5P5HA 5P7FA 1META 2QI6A 3OU4B 5OZ3A 5P23A 5P4WA 3QPJA 4R92A 3T3CA 3RTMA 3ER3E 3O9IA 4D88A 2VIZA 5P2XA 3PGIA 4R93A 4B1CA 1QRPE 2CEJA 5P3JA 1E80E 5P4NA 4ZIPA 2QD6A 4GJAA 5APRE 3MWSA 2OHRA 1XN3A 5P8IA 2ZDZA 5P2DA 5P27A 4ER4E 5P7GA 5P0JA 3RVIA 3NYGA 5P7RA 3LIYA 2I0AA 3OGPA 5P4AA 5OZCA 1AXAA 4HDFA 5P1GA 3OXVA 4D89A 1B6PA 4DVFA 3IGBA 2JJIA 3LPJA 5DR0A 2G27A 3VFAA 1IVQA 4J17A 3O9LB 4D83A 2BPZA 5DGWA 3PMUA 2QZXA 3OU1A 4XXSA 1SDTA 1HEFE 5OYXA 5AHBA 5P0NA 2F3FA 3O9CA 5ISKA 3DV5A 1TCXA 4Y37A 4J0PA 3HZCA 1ZAPA 3QS1A 4Y3ZA 3UDNA 2ZHUA 3GI0A 5P58A 1XN2A 4DFGA 1TQFA 2QZLA 1HVIA 4ZSRA 5P3PA 4B0QA 2FNTA 5HE5A 3SLZA 2G24A 2R3TA 4MC1A 4YD5A 3WZ7A 2BKTA 4H3IA 3NUOA 4AA9A 5P28A 1K1UA 5OZJA 3SQFA 1QBSA 3UQXA 5DQ2A 3UFNA 2JE4A 1DP5A 4Y4UA 5P57A 2I4DA 5P4MA 4Y3LA 3LZUA 4R5NA 4EJDA 1DAZC 3K4VC 5P3LA 3HW1A 2J9JA 2IGYA 5P87A 3LZSA 3SKGA 5P6GA 5P3VA 3NLSA 3UDPA 3KFSA 5OZOA 5OZDA 2AOIA 5P0PA 5P3NA 2WJOA 5DR3A 5P6LA 1AAQA 5P8FA 3PVKA 5CLMA 1PSAA 5E5KA 2VJ6A 1EC0A 5P81A 5FIVA 5F01A 5OZWA 5I70A 1PSOE 4OBDA 1VIJA 2WL0A 2WF3A 3IA9A 5P2SA 1FQ5A 5P3ZA 3S56A 5COKA 2BPVA 4ZPFA 3UFLA 4Y5LA 4QJAA 5P15A 5P0DA 3EL0A 1LYBB 2FGUA 4NPTA 1T7KA 5JFUA 1G35A 3B80A 3D1ZA 5HDXA 5P2EA 4OBFA 5AGZA 3GW5A 5OZTA 3OUDB 4Y4JA 3HBOA 1SH9A 4DJRA 2ANLA 2BBBA 4RCFA 4OBGA 4PPHA 3EMYA 2P3DA 2Z54A 1PPLE 6APRE 1YG9A 1D4KA 3OUDA 5OYQA 2Q15A 1ZPAA 4K4PA 3FIVA 1A8GA 3F9QA 2AVVA 2P3CA 2PH8A 4Y3GA 5P4QA 3ZLQA 3L5BA 4KE1A 5AH7A 5P79A 2BJUA 2G1NA 2BKSA 2RENA 5P06A 5SXNA 3ECGA 4Q1NA 4CP7A 1A8KA 2HPFA 4U8WA 5OYYA 1UPJA 3TKWA 4EPJA 5KQZA 3EM3A 5P05A 5P12A 3A2OA 3KFRA 5P5SA 2WEAA 2Q3KA 1D4LA 3IAWA 2F3EA 1BVGA 4Y3EA 5P52A 4U7QA 4Y5CA 3SA3A 5OYRA 3BGCA 4CPTA 2AOHA 3PSGA 5P2MA 4YHQA 3SACA 1HIHA 3PLLA 3ZPTA 5P09A 3OK9A 2Q11A 5P3CA 1PPKE 2R5QA 4YBFA 2G1SA 4EP3A 3NU3A 4I0JA 1ZPKA 2VKMA 5P4UA 5DGUA 2VIYA 3VLBA 1LYAB 3ZMGA 1ME6A 1LYWA 1IDBA 2FDDA 5P3BA 5P8GA 5OZSA 3NWXA 3QP0A 2O40A 2R5PA 3QRMA 5P03A 5P1ZA 5P3TA 4GJBA 5P7HA 5P7AA 1YTHA 4OBZA 5P7PA 1LYAA 5P7VA 1BAIA 3NU9A 2B8VA 2ZGAA 4JECA 1GKTA 3NR6A 5P4EA 3CIDA 1YTGA 2PMAA 2I0DA 4H3FA 5P0TA 1SGUA 3OTYA 4AZYA 1AJVA 4Y3WA 2P3BB 1G6LA 2F80A 5P2KA 5P77A 5P0UA 4D85A 1EPNE 2ZHTA 4ZSPA 7HVPA 3JVYA 2QZWA 4Q5MA 1D4YA 5F00A 2HS1A 5OZPA 1FMXA 4CPRA 1K2BA 5P51A 3KFNA 4LXKA 1EPOE 3IXKA 5P2AA 2FIVA 4QGIA 5P20A 1HPOA 3K4VA 1IDAA 4RCEA 3NDWA 1W5XA 5HVPA 3NDTA 2V10C 4OC6A 4D8CA 4DJOA 4DQGA 1DIFA 4GJ6A 4I0GA 2ZJKA 3PI5A 2OHQA 5P7UA 1HBVA 3T6IA 4NJSA 3R4BA 5P37A 1IZEA 3FNUA 4ACUA 2PSVA 3OUBA 3TOFA 5P5IA 4J1FA 2QNQA 5P4PA 1CMSA 5P22A 1QDMA 1XL5A 1YM2A 1M0BA 1NPWA 4E43A 5P7SA 2QAKA 3S8IA 4CMSA 1SDUA 3EL9A 4Y3PA 2AZ9A 5P8VA 3HVPA 1MPPA 3TTPA 4EJLA 4FL8A 1W6IA 2PQZA 3EBZA 3LHGA 2QI5A 5P42A 3VLAA 4RROA 5P7NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TVH A;  3UQU A;  5DR8 A;  4YD4 A;  3OAD B;  1MUI A;  4FRK A;  1CZI E;  1YX9 A;  4GJ8 A;  3UQR A;  4Y3J A;  4ZPG A;  4NPU A;  3CIB A;  1M4H A;  2OAH A;  5P6F A;  1E82 E;  5P3G A;  5P43 A;  2HB3 A;  3ST5 A;  1AJX A;  5SY3 A;  3OUA A;  1NH0 A;  3EL4 A;  3PMY A;  3AID A;  4HZT A;  5P7L A;  4DQF A;  5OZ4 A;  4CPX A;  5P2I A;  4R91 A;  1FQX A;  1ZSR A;  3KMY A;  2R9B A;  3DCK A;  3HVG A;  5HTZ A;  1HPS A;  2QU2 A;  4I0F A;  1W5V A;  1EC1 A;  4JOO A;  4X7I A;  2IL2 A;  4Y4G A;  3APP A;  2I4W A;  5T4S A;  2PYM A;  1AVF A;  5P5K A;  3L38 A;  4IVT A;  3OQD A;  4RRS A;  5P48 A;  1D4I A;  1HWR A;  3MXE A;  2XFK A;  4FGX A;  3FV3 A;  5P6Q A;  4ZSQ A;  5P1L A;  1FGC C;  4Y3X A;  4HVP A;  3VSW A;  1GNN A;  4Y9W A;  2ZJI A;  3ZL7 A;  5P4X A;  2WEC A;  3RTH A;  5P2R A;  2V00 A;  4Z4X A;  4DJQ A;  5P7Q A;  1LF4 A;  3BC4 A;  5P02 A;  2PYN A;  4DV9 A;  4J1H A;  1A9M A;  2A4F A;  4DPI A;  4RRN A;  5P0R A;  5P66 A;  5P6N A;  4HA5 A;  1K2C A;  4B78 A;  4UPJ A;  1MT8 A;  3HD8 A;  3QRO A;  5OYW A;  2QHY A;  4B00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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