4LL3A

Structure of wild-type hiv protease in complex with darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural analysis of HIV protease resistance to darunavir - analysis of heavily mutated patient-derived HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ll3A00
2QNQA 1YTHA 1FQ8A 3TPPA 5P1IA 5P3DA 4CPUA 2ZJIA 5P5FA 1B5FB 2FDPA 4YD4A 2WF2A 3VYDA 5OZ0A 4Y50A 3UDQA 1MTBA 3SPKA 3LITA 5DR0A 3UDNA 3DV1A 5P0KA 4Y53A 5P35A 1LYWB 2ZJHA 4GJ6A 2AOIA 3G70A 2NTRA 4ZIPA 5P8MA 4YOAA 2BPWA 1D4JA 5P40A 1G35A 5P5MA 5P1QA 4FS4A 4ACUA 4NJUA 4EPJA 4Y43A 5P50A 3S43B 3HBOA 1F7AA 5P7WA 1MPPA 2G20A 5P4QA 5F01A 5P4RA 3EKPA 5OZ2A 4RLDA 3RTNA 5P1PA 5IVQA 3Q3TA 5OZ5A 4Z2ZA 5KAOA 3K5CA 4FM6A 1EPOE 2QHZA 4J0PA 3QBHA 4OD9A 3CIDA 5TOLA 3OADA 1B11A 3PCZA 2WF1A 4RRSA 2OHPA 4YA8A 5DR8A 3T7PA 2V13A 3BUFA 2FDEA 5P8OA 4LL3A 1W6IA 5P1LA 5P7KA 3O9HA 2R9BA 4Y3LA 4B0QA 5P2QA 1HEFE 4HEGA 4GYEA 1MT9A 5P17A 1OHRA 1KJHA 3M9FA 2IKUA 5OYTA 5P58A 3UDMA 3CYXA 4Y36A 1NSOA 5P6LA 5P03A 5P4PA 3ZMGA 5P31A 5P18A 3D3TA 3LIZA 4HZTA 4JP9A 1A8KA 4FRSA 2O4PA 2VA7A 3INFA 3NLSA 3UQXA 2P83A 2Q64A 2NR6A 1EEDP 2BQVA 1IZHA 2ASIA 4YCTA 2JE4A 4Y4EA 3GI4A 3OY4A 3AUPA 5OZOA 5P22A 3FV3A 5KQXA 4OBZA 5P2RA 3NXNA 3PLLA 1W51A 4B1CA 5P34A 3HAUA 1APTE 5P1CA 3RVIA 5P3SA 5P0RA 3UDHA 2HC0A 3BC4A 3KFNA 3KDDA 2IS0A 1LF4A 4ZPFA 2ZHSA 3N4LA 4F73A 5P3BA 3OXXA 4AA9A 3S56A 4TVHA 2QD6A 4PZXA 1KJGA 1BDQA 1D4LA 4DUSA 4L1AB 1LF2A 5P7QA 5P1SA 1FFIC 1M43A 5OYZA 5P88A 4F76A 5P4TA 2QHCA 3KT2A 4YBIA 5ER2E 5OZ6A 5P2HA 4Y48A 3TH9A 3BHEA 4Y4BA 3OXWA 2HIZA 3PBDA 4R93A 1HTEA 5P2XA 1B5FA 2H6TA 5E5JA 1XDHA 5OZAA 3EM6A 4NPUA 5P3NA 1EBYA 3PLDA 5P4IA 2F3EA 4QJ2A 4Y4WA 3OXCA 1J71A 2QD8A 1BV9A 5P2GA 3APRE 4CPWA 1B6JA 2VJ9A 3A2OA 5P3KA 5I3VA 4Y47A 2VIYA 1TSQA 2AOGA 3LIVA 5HE7A 3EKVA 2FS4A 1AXAA 3KF0A 4LXKA 3GI6A 4Y3PA 3PHVA 5P54A 2G1SA 1ZP8A 1APUE 5P53A 1W6HA 3S43A 4QJ9A 5P4JA 2CEJA 5HCTA 1YG9A 4LBTA 3T3CA 5P81A 3O9DA 4LHHA 1BVEA 3PB5A 2VA5A 2WEBA 3L3AA 4J0VA 4B78A 5EZXA 3IXOA 5IE1A 4HE9A 1FGCC 5P7RA 1KJ7A 1SGUA 5P7CA 3OQ7A 4QJ7A 5I3YA 1IDAA 4I1CA 1IVPA 3VLBA 2OHTA 4B77A 2G26A 3URJA 3QVIA 5P3LA 3U71A 3OTYA 4I0ZA 2VA6A 4J0TA 3S85A 1ZTZA 2B8VA 4I0IA 5P7SA 3QP0A 5P1RA 2QK5A 3EC0A 5P5ZA 4JOOA 2F8GA 2I1AA 2AODA 3SFCA 3ER5E 5P45A 1YTJA 2P3AA 4Y6MA 1DP5A 1E81E 5P4LA 3QAAA 1K2CA 3OUDB 1ZJ7A 3ZPTA 5P8VA 2PQZA 4L7GA 3DOXA 5P6GA 2VS2A 3NUJA 1GNMA 4K8SA 1SP5A 4YD7A 5EZZA 4EJLA 4WY6A 4H3FA 3EM4A 3PWRA 5ENKA 2ZJMA 2QP8A 5P6TA 1GNNA 5P2MA 4NKKA 5P60A 1SIVA 5HU1A 3NYGA 5OZQA 3UDRA 1ER8E 4GMIA 4I0FA 4RCFA 4Y3JA 3OXVA 2FNSA 5P5HA 2QD7A 5OZYA 2AOFA 5OZFA 2G27A 4Y5EA 4A6BA 1MT7A 4QGIA 3ZKMA 5P1YA 1PSOE 3EL9A 4Y3XA 5OYRA 5P7BA 4AA8A 5P6SA 1AIDA 1HSGA 4L7HA 4I8ZA 4NJVA 3TL9A 2WL0A 3CIBA 4L1AA 4DH6A 5P6WA 4K9HA 1TQFA 3O9CA 2NMYA 2VNNA 4Y57A 4RGHA 5P20A 3RSVA 5IVSA 5FIVA 4J1CA 4I0HA 3VUCA 5P2EA 1XS7D 2PMAA 1CZIE 4YBFA 1JLDA 3D91A 4L6BA 2I4UA 2HB3A 3UF3A 2R8NA 3NUOA 1B6MA 5HDZA 4APEA 5P0JA 5P25A 5P7OA 5OZGA 4YD3A 3KMXA 5B18A 2BPZA 2NXDA 2QZWA 5P19A 1XL2A 5P73A 3D1YA 3LHGA 2NPHA 4DJRA 3INDA 4I11A 2J9KA 2WF0A 2A1EA 3UFLA 5COOA 4EQ0A 2IDWA 3I6OA 3S45A 4CPQA 5JG1A 2PYNA 2HPFA 4PZWA 2P3DA 4QLHA 2HS1A 1C6XA 4F74A 2BPXA 1SIPA 4Y58A 3OOTA 2I4DA 1FLHA 1HVSA 2HB2A 5OZ1A 3ZOVA 3NDUA 2PWCA 3CKTA 1T7JA 3PSGA 2QI4A 4UPJA 3MXDA 1YX9A 3OUCA 3GI0A 4RVIA 4GIDA 1G2KA 1PPLE 5P68A 3K1WA 1IIQA 5P3OA 2IRZA 5P5DA 5P87A 1HXBA 5P36A 4ZPGA 5KQFA 4PEPA 5OZEA 3C9XA 4Y5AA 4U7VA 4Y3WA 3SA6A 2WJOA 4GJ8A 2CEMA 4OBKA 5P5LA 3LNKA 2ER7E 3Q4BA 3SA7A 1OD1A 3S8IA 2ZYEA 5DR4A 8HVPA 2IL2A 3FNTA 3OUDA 2XYFA 4ZEAA 1GVTA 4RYCA 5P8TA 4J1HA 1C6YA 2PH6A 5BRYA 4AUCA 2G24A 3QRSA 4D85A 5P6OA 2Q5KA 5P8HA 4XKXA 3GGAA 5P32A 3EXOA 3ZKNA 3OU4A 4NPTA 3VG1A 5P2CA 5P7VA 1FQ5A 3PJ6A 5P4GA 4DV9A 3I7EA 4XXSA 3VF5A 1KJFA 2R38A 2V16C 5P69A 5P89A 3MWSA 3B80A 2QHYA 1PFZA 4FSLA 3N3IA 5T4SA 1A9MA 3VV7A 4J5JA 5P15A 3KN0A 3OUBA 4OBGA 1BV7A 2Q15A 1OEWA 2A4FA 1D4YA 1LV1A 5P7XA 3K5FA 3SA5A 1UH9A 2ER6E 4GJAA 4H3IA 4Y38A 5OYSA 5P72A 3SKFA 3L5EA 2WF4A 5P0AA 5P7TA 2NNKA 5OZ4A 5OZLA 1BIMA 2O4SA 4M8XA 3R0YA 5P2NA 4OC6B 1C6ZA 4Y5PA 4Y5MA 4Y37A 5KR0A 3DK1A 1RV7A 1B6PA 5P14A 5P5SA 3SA9A 5P4AA 5DR3A 5AHAA 2WECA 2SAMA 2XFJA 3GGVA 2OHKA 5P2JA 3SO9A 1APWE 3VEUA 1T6EX 2PH8A 4ZSRA 5P5VA 2I0AA 2UXZA 3KA2A 1HOSA 5P52A 5P8RA 1TZSA 4R95A 2HS2A 3ZKXA 5OZ8A 5HE5A 3FX5A 5P43A 3DCRA 3G72A 5OYQA 1KJ4A 1ZLFA 3L58A 5P0YA 3VCMA 1NPVA 4I0JA 1WBKA 5AHBA 5P2AA 2UY0A 5P26A 1HVHA 2B8LA 4ER1E 5SY3A 3JW2A 3RU1A 4F75A 4CPRA 9HVPA 5P06A 2ZHVA 1K2BA 3B7VA 5HDUA 5P6QA 3EKXA 5DR1A 1HTFA 1IZDA 5P1JA 3K5GA 2ZGAA 4ER2E 5P07A 4J1IA 3GGUA 1LYBA 4QJ8A 3PCWA 5P12A 3OU1B 4Y5KA 5P5YA 4GJ9A 1SMRA 5OZBA 5P04A 3TLHA 2VIJA 4D83A 3TNEA 2VJ7A 1Q9PA 2IGYA 1PSNA 3UQRA 1W5YA 2AZ8A 1HTRB 1NPAA 2ER0E 2F3FA 1M4HA 3K5DA 4OBDA 2XFIA 1HBVA 1G0VA 2PSUA 1HIVA 3R0WA 3OK9A 3PRSA 1GVXA 1RNEA 2G94A 2RSPA 5P3TA 4JPEA 1IBQA 4OBJA 5P6BA 1BBSA 3O9FA 4COEA 5HD0A 2F81A 5OZDA 5P84A 3T11A 4YCKA 5UPJA 3OHFA 4TRZA 1CPIA 3O9LB 3MXEA 4RZ1A 2BKTA 5P4FA 3ZKGA 5P09A 4FE6A 5P2OA 3VYEA 1IZEA 5P6YA 5IS4A 5OZHA 1HVLA 4Q1NA 3WB4A 5P2TA 3OOZA 4RVXA 1BILA 2ZJKA 5P0EA 1ZAPA 3FNUA 1WBMA 5C9FA 3TPLA 5OZMA 4R8YA 5P16A 4E43A 5DQ5A 5P1VA 2MIPA 5P3MA 4OBHA 1K1UA 5P70A 3KFSA 5KOSA 2ZJLA 5P05A 5HU0A 5P5GA 2QCIA 3APPA 3PSUA 3BVAA 2BPYA 2O4LA 2ZJJA 4DQFA 1FF0C 3JVYA 3RSXA 5P6UA 4D8CA 3LPJA 4OC6A 4ZSQA 3LZVA 5P0FA 2OHQA 2B42A 5DGWA 1MT8A 5P0WA 3CKPA 2QI0A 5F00A 1F34A 5P5TA 1MVPA 2AVSA 3FKTA 5P3RA 5AH9A 4FM8A 1QBRA 5C9BA 3WB5A 1G6LA 5P63A 4Y3FA 5P8CA 1MESA 4Z50A 2NNPA 5P4VA 5KR2A 5SY2A 1DW6C 3ER3E 5P2ZA 4FLGA 2V00A 3R1GB 3I8WA 1QBUA 1FMBA 3D1XA 5P6PA 2XFKA 3KFRA 1ODWA 1LYWA 4M8YA 3OTSA 4MC6A 5P1OA 2V10C 4Y3NA 2Q54A 4I0DA 3GGXA 1FMXA 1QBTA 2XYEA 3DJKA 3PWMA 2G1RA 5COPA 3TPRA 4AMTA 1HVKA 1XN3A 4R91A 2QU3A 3MSLA 5P67A 4APRE 4B72A 5SXNA 1BDRA 5P59A 3VFAA 3WZ8A 2NMZA 1FMUA 3IGBA 4XX3A 4LP9A 3KT5A 1HRNA 3OU1A 4XX4A 2AOCA 4B00A 2HB4A 4FRKA 1AVFA 3PMUA 1MRXA 1FQ4A 4EJ8A 5P6VA 1HPVA 5P5AA 4Y5BA 5P56A 3IN3A 5P5XA 3UHLA 3G6ZA 1MSMA 2Z4OA 3PM4A 4FIVA 2AZ9A 3OAGB 5OZTA 2J9JB 3L5DA 3O9GA 5P2BA 5P41A 3OGQA 4EXGA 5P8BA 2JXRA 2F80A 1DMPA 4X2LA 3UCBA 5BWYA 1IVQA 3IXKA 4Z4XA 5P8FA 3GW5A 5P6AA 2RMPA 4KE1A 1N49A 3KDCA 1ZSFA 5P0GA 5P4OA 5P85A 3L38A 2BKSA 4Y3GA 3SA3A 1QBSA 4Y3RA 4DQCA 3T6IA 2FXDA 5P3JA 4DPIA 1W5XA 3L5BA 4DPFA 5P4EA 5P62A 3PGIA 3S54A 1UH7A 4Y39A 3L5FA 3EKWA 1GVWA 1D4SA 3BXRA 5P5KA 4FCOA 5P46A 5P1AA 4DFGA 4YOBA 3PSYA 4J1FA 3LPKA 5P6ZA 5J25A 5JFUA 4Q1YA 4Y4UA 5P0HA 1YTGA 5P6XA 4WTUA 5JFPA 3D20A 4GJ5A 3KMYA 5P00A 4Y4GA 1GVUA 1HVIA 4Y4TA 5OYWA 5P7EA 1YTIA 5OYVA 5P75A 1AJVA 4DJUA 2ZHUA 4DJPA 2P3BB 2IENA 5P48A 1FQXA 3T7QA 2OHSA 1FG6C 3NDWA 4B1DA 5P4SA 1SMEA 3WSJA 1VIJA 1ZPKA 3LIYA 4I0EA 5P4KA 4H3GA 4NJSA 1Z1RA 4S1GA 1MIQA 3NU3A 1YM4A 2R43A 3QIHA 4IVTA 5P77A 1FB7A 5P8QA 5P30A 3FIVA 1WKRA 2JJJA 2I4XA 4WY1A 4EJDA 4MC1A 3VYFA 4FGXA 4EYRA 3NU6A 5AH6A 1EBZA 5PEPA 2QAKA 5CLMA 5P8AA 5P7ZA 4Y3SA 4Q1WA 4J1KA 4Y44A 5P7AA 2H6SA 4EJKA 5P5QA 4DQGA 5P7FA 1DPJA 2R5QA 3R2FA 1RQ9A 5OZVA 3QROA 4FAEA 4KUPA 4Y4JA 3SA4A 2AOHA 5KR8A 4EP2A 5P49A 3DCKA 3LZSA 1Z1HA 2Q3KA 3H5BA 2HM1A 5P37A 5P33A 2QZXA 3EKTA 2G1NA 2ZJNA 5P8LA 5P3CA 1TW7A 5P3ZA 1C70A 1LS5A 3EL1A 4L7JA 5P8SA 3LPIA 5OZZA 5P3XA 7HVPA 1HXWA 3IAWA 3R4BA 3PMYA 3OAGA 2PSVA 4U7QA 2J9JA 3PVKA 5ENMA 1E82E 3UFNA 5OZNA 1EPLE 1UH8A 1W50A 5DQ1A 7UPJA 5P1HA 1RPIA 4MC9A 1D4IA 3BGBA 4ER4E 5P5OA 5P47A 2FGUA 5P6FA 5P0ZA 5APRE 3BUGA 3EL4A 3RTHA 4EWOA 2QMPA 4B05A 2BJUA 1GVVA 3TKWA 1SGZA 4ZSPA 3TKGA 3O9AA 3OUAA 4D88A 5OZIA 1EC2A 2WEDA 4TRYA 1XL5A 1BVGA 1W5WA 4A6CA 5DGUA 5P02A 3SACA 4HVPA 5P4XA 4RVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QNQ A;  1YTH A;  1FQ8 A;  3TPP A;  5P1I A;  5P3D A;  4CPU A;  2ZJI A;  5P5F A;  1B5F B;  2FDP A;  4YD4 A;  2WF2 A;  3VYD A;  5OZ0 A;  4Y50 A;  3UDQ A;  1MTB A;  3SPK A;  3LIT A;  5DR0 A;  3UDN A;  3DV1 A;  5P0K A;  4Y53 A;  5P35 A;  1LYW B;  2ZJH A;  4GJ6 A;  2AOI A;  3G70 A;  2NTR A;  4ZIP A;  5P8M A;  4YOA A;  2BPW A;  1D4J A;  5P40 A;  1G35 A;  5P5M A;  5P1Q A;  4FS4 A;  4ACU A;  4NJU A;  4EPJ A;  4Y43 A;  5P50 A;  3S43 B;  3HBO A;  1F7A A;  5P7W A;  1MPP A;  2G20 A;  5P4Q A;  5F01 A;  5P4R A;  3EKP A;  5OZ2 A;  4RLD A;  3RTN A;  5P1P A;  5IVQ A;  3Q3T A;  5OZ5 A;  4Z2Z A;  5KAO A;  3K5C A;  4FM6 A;  1EPO E;  2QHZ A;  4J0P A;  3QBH A;  4OD9 A;  3CID A;  5TOL A;  3OAD A;  1B11 A;  3PCZ A;  2WF1 A;  4RRS A;  2OHP A;  4YA8 A;  5DR8 A;  3T7P A;  2V13 A;  3BUF A;  2FDE A;  5P8O A;  4LL3 A;  1W6I A;  5P1L A;  5P7K A;  3O9H A;  2R9B A;  4Y3L A;  4B0Q A;  5P2Q A;  1HEF E;  4HEG A;  4GYE A;  1MT9 A;  5P17 A;  1OHR A;  1KJH A;  3M9F A;  2IKU A;  5OYT A;  5P58 A;  3UDM A;  3CYX A;  4Y36 A;  1NSO A;  5P6L A;  5P03 A;  5P4P A;  3ZMG A;  5P31 A;  5P18 A;  3D3T A;  3LIZ A;  4HZT A;  4JP9 A;  1A8K A;  4FRS A;  2O4P A;  2VA7 A;  3INF A;  3NLS A;  3UQX A;  2P83 A;  2Q64 A;  2NR6 A;  1EED P;  2BQV A;  1IZH A;  2ASI A;  4YCT A;  2JE4 A;  4Y4E A;  3GI4 A;  3OY4 A;  3AUP A;  5OZO A;  5P22 A;  3FV3 A;  5KQX A;  4OBZ A;  5P2R A;  3NXN A;  3PLL A;  1W51 A;  4B1C A;  5P34 A;  3HAU A;  1APT E;  5P1C A;  3RVI A;  5P3S A;  5P0R A;  3UDH A;  2HC0 A;  3BC4 A;  3KFN A;  3KDD A;  2IS0 A;  1LF4 A;  4ZPF A;  2ZHS A;  3N4L A;  4F73 A;  5P3B A;  3OXX A;  4AA9 A;  3S56 A;  4TVH A;  2QD6 A;  4PZX A;  1KJG A;  1BDQ A;  1D4L A;  4DUS A;  4L1A B;  1LF2 A;  5P7Q A;  5P1S A;  1FFI C;  1M43 A;  5OYZ A;  5P88 A;  4F76 A;  5P4T A;  2QHC A;  3KT2 A;  4YBI A;  5ER2 E;  5OZ6 A;  5P2H A;  4Y48 A;  3TH9 A;  3BHE A;  4Y4B A;  3OXW A;  2HIZ A;  3PBD A;  4R93 A;  1HTE A;  5P2X A;  1B5F A;  2H6T A;  5E5J A;  1XDH A;  5OZA A;  3EM6 A;  4NPU A;  5P3N A;  1EBY A;  3PLD A;  5P4I A;  2F3E A;  4QJ2 A;  4Y4W A;  3OXC A;  1J71 A;  2QD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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