4LP9A

Endothiapepsin complexed with phe-reduced-tyr peptide.
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of endothiapepsin complexed with a Phe-Tyr reduced-bond inhibitor at 1.35 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A01
3ER5E 4ZSQA 4YD6A 3LHGA 3CIDA 5P47A 2NXMA 5P3RA 2NR6A 5P4TA 3KMYA 1QS8A 1T7JA 4Y41A 5P6CA 4FRJA 3VYDA 3D1ZA 2QI1A 2APRA 2QZKA 2UPJA 2O40A 5EZXA 4R95A 5P1QA 5HU0A 1F34A 4LHHA 2PWCA 1NH0A 2AOIA 2BKTA 1BWBA 5P8QA 1YTIA 3OQKA 5P8KA 2QMPA 5P3SA 1ZSFA 5HVPA 2NMZA 4OBFA 4FE6A 1N49A 2QHYA 1WKRA 1LYAA 1SGZA 4AUCA 1BXOA 1ZPAA 3NXEA 3DCKA 2I4VA 2ZJJA 1HXWA 1AXAA 5P10A 4YHQA 1JLDA 3D3TA 2IKUA 2NXLA 4U7VA 3QRSA 3IAWA 1IZIA 4Y9WA 4Y3NA 1RV7A 1IZDA 3VF3A 5AH9A 5I3WA 3L3AA 3NXNA 5P4CA 3S43B 5P0SA 1DMPA 5AGZA 3S8IA 5JFPA 4RLDA 3EC0A 1MIQA 1IIQA 4OBGA 1IVQA 5AH7A 3LIVA 1FQ8A 4Y43A 5P3OA 3O9LA 5P1TA 3F9QA 2PQZA 5P0WA 5P4RA 3PWWA 5OZPA 2IL2A 3HZCA 5DGUA 1GVUA 1HVRA 2AOEA 2WJOA 5P0GA 1C70A 4OBKA 4X7IA 1B5FB 5P7SA 1CPIA 4XX3A 5OZ3A 2OHSA 3DV1A 3K5CA 5OZIA 5AHBA 5P4AA 5P2YA 4CP7A 5P02A 3EKTA 3DJKA 4Y35A 5P7LA 3FKTA 5ER1E 1U8GA 5P5UA 4FLGA 3GI6A 3BGCA 5P70A 2WL0A 4EXGA 2R3WA 1QDMA 3OXWA 2B7ZA 3QRMA 5P0NA 1BDLA 4GJDA 4AA9A 4I12A 1DP5A 2BJUA 5P1ZA 5SXNA 3VUCA 5P07A 4X2LA 4QJAA 4I0IA 4JPEA 3ZOVA 3NSHA 1T6GA 5P6AA 4D83A 3SA7A 5OZFA 5IVRA 5P0HA 4EPJA 3ZKXA 4B72A 3S45A 3OGQA 1OHRA 5P8PA 4Y3SA 1YM4A 2HPEA 4F76A 1LV1A 5KR0A 1MPPA 4GJ9A 3O9EA 2ZGAA 3PSUA 4J1EA 3PEPA 5P83A 3PBDA 3PM4A 3UDYA 4Y48A 1LF2A 4DPIA 5OZUA 4NJUA 2QZXA 1GVVA 5P7KA 1E5OE 4OD9B 2AVMA 4B70A 1AM5A 5P6OA 3QS1A 5P11A 3S43A 3QVCA 1K2BA 5P3JA 5P7XA 1HSIA 5SY3A 2Q64A 4Y58A 4EP2A 2I4WA 1MTRA 3KDBA 1MVPA 4FL8A 3DK1A 4B1EA 5P2FA 4ACXA 1T6EX 3OHFA 5P2WA 2P3AA 3QVIA 2O4PA 4WTUA 2AZ9A 5P5TA 1EPOE 1SH9A 3BUHA 4Y51A 1FF0C 1EBYA 5OZ2A 4UPJA 4Y4XA 5P03A 2F81A 5P6BA 1M43A 3OHHA 5P86A 4Y4EA 1BILA 5P5GA 3SO9A 1F7AA 1SIVA 5P8TA 2ZJMA 5OYRA 4LBTA 3UQPA 5OZVA 5P08A 2VS2A 1FFIC 1B5FA 3H0BA 3MSKA 1ER8E 1KJFA 5P19A 5OZ1A 2G26A 4FSLA 3OQ7A 2I1AA 5P1PA 5BWYA 1W6HA 3GI5A 2O4KA 2G1OA 4Y3TA 1G6LA 4A4QA 2QD6A 2H6SA 5P01A 1EAGA 4MC9A 4RYCA 4I0DA 5P5SA 3OXCA 2Z4OA 5P7VA 1EBZA 3K5DA 2QHZA 3WB5A 3HVPA 2WKZA 5AHAA 4Y4AA 1NPWA 4QLHA 5P6EA 4JP9A 4L7HA 4DH6A 5P0VA 3OU1A 5P6RA 2J9KA 2FDEA 1DPJA 2MIPA 2OHPA 4B1CA 2PC0A 5HE4A 5P3BA 4HLAA 4Y4UA 2XFKA 3IN4A 5P49A 4XXSA 1GNOA 1RQ9A 3L38A 2QI5A 5P8GA 5P6FA 5C9FA 3BC4A 4K9HA 5P6IA 2ZE1A 4J0VA 4Y4JA 5P1WA 1IVPA 2ZDZA 5P3TA 3GGUA 3BUGA 4I8ZA 1FGCC 4OD9A 1AZ5A 5P36A 2FNTA 4JOOA 2G1NA 2VNNA 3DCRA 3LNKA 3LPIA 2NTRA 5P4MA 5OZHA 3FNUA 4Y5AA 3KN0A 5P7RA 1HEGE 5P7BA 4DUSA 5P04A 4GJ8A 3ZKSA 4J1HA 4HE9A 4TVGA 1D4HA 1Q9PA 5KQXA 5PEPA 2QZWA 3EKQA 4YBFA 2F8GA 4Y3MA 2I4UA 4ACUA 4Y3YA 1HWRA 3U71A 1A9MA 4LXAA 3B80A 1BV9A 1G0VA 3L5CA 3H5BA 1HTFA 3PB5A 5P13A 3PHVA 3EXOA 5P3HA 2NXDA 4KE1A 1MUIA 3UDJA 1META 1FKNA 1EPLE 3KFSA 4R92A 3LIXA 3VG1A 2VA7A 4HEGA 2HB2A 4AA8A 1NPVA 3LPJA 4OC6B 3OAGB 5P06A 4DJRA 5P6TA 2QMGA 1BWAA 5P5MA 2WF2A 5P5LA 4ZIPA 5P24A 5P1MA 5P50A 1NPAA 5HCOA 3LPKA 3QPJA 1KJHA 5P8BA 1ZBGA 5OZJA 4MC1A 2Q15A 3PSYA 1DAZC 4KB9A 1C6XA 4YE3A 1QBUA 5KR8A 3SA9A 1C6YA 4K8SA 4Y5BA 1UPJA 1YTHA 2VJ7A 5P7OA 2VJ6A 3QAAA 5P8SA 4CPWA 1MRXA 5P60A 2AIDA 4FIVA 1SDVA 3VYEA 4TRZA 3Q6YA 2CEMA 3SABA 2P8HA 1APTE 5P76A 5DQCA 5P7CA 3S7LA 4F75A 3NLSA 5DQ2A 5P58A 5P5OA 2PK5A 2RSPA 5P2HA 4LXMA 3T7PA 4DQEA 1PPME 5P3CA 3OTSA 5P6ZA 2QP8A 3OOZA 1XE6A 1ODXA 5I3VA 3PJ6A 5OZLA 5P7FA 4TVHA 4WY6A 2P3BB 2BKSA 4APEA 3EL5A 5P5PA 3IN3A 3PLDA 4AMTA 1EPNE 5P00A 1MESA 5IVQA 5P69A 5E5KA 1LYBB 2HB4A 2WF3A 3NDWA 3OQAA 2V10C 5P4YA 3ZMGA 5OZKA 2QNPA 2R9BA 5P3LA 2PH8A 3NWQA 5P6YA 2V11C 2FLEA 4AZYA 4YBIA 5P1DA 2UXZA 1PPKE 5OYTA 1TCXA 3BUFA 5ISJA 2G21A 1M4HA 2ZHVA 2CEJA 4I0EA 5P0BA 2HPFA 2QK5A 5AH6A 3K4VA 3GW5A 2IKOA 5P34A 3JVYA 5P8JA 5P5FA 1K1UA 5KOQA 1TSUA 3KT2A 4GJ5A 3WZ8A 4J1KA 5P6QA 2VNMA 4OC6A 3GI4A 3OAGA 1Z1RA 3K5FA 4QJ8A 3N4LA 4DJVA 3SA6A 5P6PA 4ER1E 1MEUA 3IXKA 4Y3PA 4Z50A 3UDRA 2BBBA 3NYGA 5COPA 4J0PA 3LZSA 1E82E 1MT8A 4NJVA 3TH9A 5P4LA 2HB3A 3DUYA 1APVE 4I1CA 2F80A 1XL5A 2ANLA 1WBMA 5P71A 3VFBA 5E5JA 5P87A 2OHQA 1B11A 4Y5KA 1RPIA 3O99A 3PMUA 4Y3WA 1IDBA 3GGVA 4Y3ZA 5OZRA 5KQYA 2I4XA 1SDUA 4PZXA 5OZ6A 2NNKA 4Y38A 4Y39A 3IVHA 5P7QA 4I0ZA 3LZYA 1AJVA 4J1IA 1FG8C 2AVSA 3NDUA 4Y53A 3S2OA 4I0JA 5DR1A 5P5KA 1YTGA 5P75A 4GYEA 5P52A 4DQGA 5P6GA 1KJ7A 5OYVA 2QI0A 1T7IA 2WEAA 3I7EA 5P5RA 1XN2A 2P3BA 4BFDA 4Y6MA 5HD0A 2PSUA 4ZSPA 2Q5KA 2RKGA 3OTYA 1SMRA 3OQDA 1QBTA 1XE5A 4ZPGA 3ST5A 2VA6A 3SKGA 3UDPA 2VA5A 1W5WA 3SFCA 5P7UA 1HVHA 1LYBA 4NPTA 4PPHA 1HEFE 5P77A 5KAOA 2ZJHA 2G94A 1QRPE 2BB9A 2BPZA 3OU4A 5B18A 1SMEA 3O9GA 4BELA 5SZ9A 6FIVA 4R91A 3L58A 2XYEA 5FIVA 1Z1HA 3JVWA 4R5NA 4EJLA 1IBQA 3OUAA 4Y5EA 4QGIA 3QBFA 1MT7A 3S53A 3NU4A 4I8WA 5JFUA 5KR1A 5P7TA 1LYWB 4QJ9A 4J0ZA 4Y3DA 5DR3A 1KJ4A 3BVAA 5P4XA 4L7JA 2PH6A 1AAQA 5P4FA 2V12C 2IGXA 3QROA 3NU3A 1ZP8A 4J55A 4DI2A 5P2LA 5P0JA 3NDXA 4DJPA 4Y5PA 1IDAA 3SA3A 4EJKA 1ZPKA 5P2AA 4RRSA 5P8CA 2IQGA 3OU1B 4F74A 5P09A 2AVOA 3KFPA 1OD1A 4JPCA 2V00A 3HLOA 5P59A 5P4DA 1W5YA 1QBRA 2IENA 5P5NA 4J0TA 2WEZA 5P3KA 5P84A 3FV3A 1FEJC 3EM4A 4NJSA 5P26A 3VV8A 5P88A 2B8LA 3SACA 2V0ZC 4D85A 3NUJA 3PCZA 5P1LA 5P68A 1D4JA 3VCMA 4IVSA 2RENA 2PWRA 3ZKIA 1HIVA 1Z8CA 5P3ZA 5P8AA 4EQ0A 3EBZA 1EC2A 5P4SA 5HE5A 5F00A 3UDNA 3OUDB 4B00A 4ER4E 1TW7A 3EM6A 2QHCA 5P1XA 5P0PA 2VKMA 1GNNA 2WECA 2FMBA 4XKXA 1HIHA 4BFBA 1FMXA 5OZQA 5OZ4A 3TKWA 2FS4A 3WB4A 1W50A 4H3FA 4Y5CA 5P43A 3FX5A 2F3EA 4RCFA 5P6NA 1BVEA 3RSXA 2QU3A 3B7VA 3Q4BA 5P5YA 1LYWA 5P1FA 3BHEA 4DQFA 4DJYA 1B6MA 2JYSA 3KM4A 5P53A 3O9IA 1HVKA 1OEXA 5P0FA 5P2MA 5ISKA 3QIHA 5KQZA 1HVCA 5ENMA 2QCIA 5DQ1A 5DPZA 5P8VA 2VIZA 1K6PA 5SY2A 5P3NA 2WF0A 4Y3EA 2ASIA 5BS4A 5P1OA 4EQJA 5OZ9A 5P0CA 4GJBA 4CPQA 1EC1A 2R38A 3LITA 1HPSA 4B05A 5P8UA 3R1GB 3SKFA 3VSXA 4GJAA 5P17A 5OYUA 3HDKA 4DV9A 4ZE6A 3UQUA 2CENA 2R43A 3PVKA 4EXHA 1BXQA 1LF4A 5P37A 5P29A 5P1HA 6UPJA 3RTNA 3WSJA 5P23A 4RRNA 1LF3A 4RYGA 5OZGA 2FDDA 2G1RA 4KUPA 1BDRA 5P2RA 4Y3RA 2QD8A 5P7NA 1AVFA 4WY1A 3I8WA 3PCWA 2QU2A 3UDHA 3VF5A 5P18A 3ZLQA 1EBWA 1GKTA 1MTBA 3DV5A 3A2OA 4CKUA 2QMFA 3TNEA 2SAMA 5P0TA 5P7JA 2JE4A 2QNNA 3HBOA 2R8NA 5P3WA 4S1GA 3VV6A 1J71A 4L1AB 3PWMA 4QJ2A 4Z2ZA 3NDTA 5P4EA 5P35A 2OHRA 4CPXA 5HU1A 5OZZA 4R93A 3RVIA 2QZLA 3OUDA 3KYRA 2BPXA 5P7YA 5P15A 1K6CA 9HVPA 2F3FA 3ZPTA 2VIYA 3KF0A 5OZMA 5P0IA 3NU6A 5P4VA 1KJGA 3RTMA 3RU1A 5P78A 3PRSA 5P8HA 1T7KA 3TPPA 2Q55A 1XL2A 4DQHA 4Y3LA 1E81E 5P5JA 1LZQA 1M0BA 3TOFA 5P0UA 4Q1WA 4B1DA 5P8IA 1APUE 2A4FA 3OOTA 3UCBA 5P5XA 5DR7A 2AOCA 4YOAA 1CZIE 4R8YA 4NKKA 3EKWA 3D1YA 1SIPA 1IZEA 2AVVA 1HIIA 1ME6A 5P5EA 1GVTA 5P6MA 5P7PA 3TPRA 4GMIA 1YG9A 1C6ZA 5P42A 4EJDA 5P5ZA 3O9CA 5P1UA 1CMSA 3G72A 5P2JA 5P4BA 2J9JB 3SA4A 3MWSA 4DJXA 5P5HA 3GI0A 5P0YA 3HAWA 4NJTA 5CONA 5P3XA 2F3KA 3L59A 5P0QA 3EMYA 5P8MA 1DIFA 1HSHA 2A1EA 5P65A 5P4OA 5P8EA 1FQ4A 4YD4A 3SA8A 4M8YA 3WZ6A 4QJ6A 1EPQE 4DQBA 1MERA 3OK9A 4LC7A 3D20A 3U6AA 1A8GA 5P38A 1T3RA 2R5QA 4Y54A 3GGAA 1B6JA 1K2CA 3APPA 3I25A 1EC0A 3UDQA 5P4KA 4K4RA 5P54A 1UH8A 2PMAA 5P63A 3O9FA 5P6DA 5P2XA 5P2EA 5I70A 4Y3AA 5P12A 2ER6E 4ZPFA 2JJIA 4Y45A 5OZEA 5P2ZA 3FNSA 5ER2E 1YM2A 2AZCA 4Y44A 4F73A 4DFGA 5P0AA 5P46A 2OAHA 2B42A 1QBSA 2AOJA 3OXVA 1VIKA 4L1AA 7UPJA 3MSJA 5OYXA 4H3IA 1K1TA 3HW1A 1PSOE 5P44A 2AQUA 5P05A 5DGWA 3HVGA 1HRNA 4FRKA 5P85A 3PMYA 2VIEA 3UHLA 1MRWA 5P20A 3INFA 4LXKA 3FSMA 3PI5A 1D4IA 2OHTA 5P6VA 1HTEA 3OU4B 2ZJLA 1TQFA 2QMDA 3G6ZA 1XS7D 3VLBA 1PROA 4TRWA 3S56A 5P5QA 2HC0A 1NSOA 5DQ4A 4ZSRA 4DJOA 3MXDA 1E80E 1BDQA 3LINA 5P5VA 5CLMA 5DQ5A 4COEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ER5 E;  4ZSQ A;  4YD6 A;  3LHG A;  3CID A;  5P47 A;  2NXM A;  5P3R A;  2NR6 A;  5P4T A;  3KMY A;  1QS8 A;  1T7J A;  4Y41 A;  5P6C A;  4FRJ A;  3VYD A;  3D1Z A;  2QI1 A;  2APR A;  2QZK A;  2UPJ A;  2O40 A;  5EZX A;  4R95 A;  5P1Q A;  5HU0 A;  1F34 A;  4LHH A;  2PWC A;  1NH0 A;  2AOI A;  2BKT A;  1BWB A;  5P8Q A;  1YTI A;  3OQK A;  5P8K A;  2QMP A;  5P3S A;  1ZSF A;  5HVP A;  2NMZ A;  4OBF A;  4FE6 A;  1N49 A;  2QHY A;  1WKR A;  1LYA A;  1SGZ A;  4AUC A;  1BXO A;  1ZPA A;  3NXE A;  3DCK A;  2I4V A;  2ZJJ A;  1HXW A;  1AXA A;  5P10 A;  4YHQ A;  1JLD A;  3D3T A;  2IKU A;  2NXL A;  4U7V A;  3QRS A;  3IAW A;  1IZI A;  4Y9W A;  4Y3N A;  1RV7 A;  1IZD A;  3VF3 A;  5AH9 A;  5I3W A;  3L3A A;  3NXN A;  5P4C A;  3S43 B;  5P0S A;  1DMP A;  5AGZ A;  3S8I A;  5JFP A;  4RLD A;  3EC0 A;  1MIQ A;  1IIQ A;  4OBG A;  1IVQ A;  5AH7 A;  3LIV A;  1FQ8 A;  4Y43 A;  5P3O A;  3O9L A;  5P1T A;  3F9Q A;  2PQZ A;  5P0W A;  5P4R A;  3PWW A;  5OZP A;  2IL2 A;  3HZC A;  5DGU A;  1GVU A;  1HVR A;  2AOE A;  2WJO A;  5P0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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