4LP9A

Endothiapepsin complexed with phe-reduced-tyr peptide.
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of endothiapepsin complexed with a Phe-Tyr reduced-bond inhibitor at 1.35 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2013-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lp9A01
3D1YA 5P02A 5P18A 4I0JA 5P4UA 3I2LA 5P0SA 1ZPKA 3D91A 4J1CA 5KQYA 1SIVA 1YTGA 5P6OA 2B8VA 1LYWA 4FSEA 3EBZA 2V13A 3KN0A 3T7QA 4LHHA 4TRYA 5OZBA 3DCKA 1D4JA 1MTRA 3S85A 4I8WA 3LIVA 3L38A 5P0TA 3LPIA 3IA9A 3QS1A 3OGPA 4D8CA 2IKUA 5P4JA 3QAAA 4I0ZA 4LC7A 5P2RA 5P0PA 1IDBA 4Y47A 3R1GB 1GVWA 5DQ2A 1LV1A 4X7IA 5ISJA 5FIVA 4OBHA 5DR7A 1FMUA 2I4VA 2VJ6A 5OZ3A 1EAGA 1EBYA 5P8SA 3HVGA 1ODXA 3EM3A 1B11A 5OZPA 1HPVA 2P3BA 5P14A 1BXQA 3HAUA 1HWRA 5OZSA 1UPJA 2AOJA 3JW2A 4FM6A 4XKXA 5KR8A 3HAWA 3CKPA 5COKA 2AVVA 4FM7A 4Y3AA 3LIZA 2NNPA 1OD1A 5P4ZA 1W5YA 4Y6MA 3OQDA 2O40A 5P16A 5P5MA 5P5XA 1Z1RA 4FRKA 5P50A 3CIDA 2P3CA 4XX3A 5P5GA 1LEEA 5P07A 5AHCA 3GGXA 1SDVA 3NDTA 4UPJA 3Q3TA 5OZNA 1NPWA 2AOCA 3NSHA 3KMXA 5P1OA 3M9FA 3ST5A 4CPUA 2QI5A 4AUCA 2XFKA 4CPRA 3BVBA 2WHHA 4IVSA 3UFLA 4Y5KA 1NH0A 1MT8A 3GGAA 1K6TA 5P75A 5P4GA 4RRNA 4JPCA 3PB5A 5COOA 5P5LA 4CP7A 4FAEA 4Y4AA 3PBZA 3MSJA 5P4TA 5P7IA 3O99A 3KF0A 2FLEA 5P0NA 5SY3A 4Y4BA 5SZ9A 1MT7A 4D85A 3B80A 5P88A 3TKWA 2QMDA 2ZJMA 3DUYA 5P0EA 5P4PA 4AZYA 1MEUA 2OHKA 5P42A 5P4KA 5P6ZA 5OYZA 3H5BA 2G1YA 1BIMA 5P7RA 4RVIA 1AIDA 4MC6A 4CMSA 4CPSA 1ME6A 5P72A 5P55A 3ZPSA 1SIPA 4Y5MA 1FEJC 4RROA 4OC6B 4GJ9A 4D88A 4TRWA 1EPQE 4ZSPA 2QI6A 4QJAA 5P4FA 4S1GA 1HSGA 4FRIA 1LF2A 2HPFA 2WF2A 4Y50A 1FIVA 3KFSA 3PCWA 5P12A 4RVXA 5P8TA 5P7UA 5P5AA 4BFBA 3O9BA 4DQBA 3KFNA 3OADB 4Z50A 3UQWA 1APWE 2VNNA 4Y4WA 1J71A 1T7IA 1ER8E 3CYXA 1HTRB 4DPIA 1MERA 1C6XA 3L59A 4EQJA 2OHQA 2ER0E 2UY0A 3K5GA 4Y3DA 5P54A 1YT9A 3OU4A 4Z2ZA 3EL9A 1MVPA 3NUJA 4ZPEA 1MTBA 4YCTA 2AOGA 5P6GA 4FAFA 3I8WA 3OXWA 4Y5PA 2BPYA 5P17A 1D4YA 5P48A 4H3FA 4OBDA 5OZ5A 4B0QA 2HPEA 5P4LA 1KZKA 5P7KA 4AA9A 1LYWB 2G20A 2B60A 5P73A 1HIIA 2IGXA 3EL5A 5P2VA 3SPKA 3T6IA 3WZ6A 4Y57A 5OYWA 4J17A 3VF3A 2ZHTA 5P5BA 1YM4A 5JFUA 3PM4A 5HE5A 1TSUA 2ZJKA 1PPLE 1PPKE 2QHZA 5P7GA 3CICA 3FKTA 3PEPA 5P61A 3UCBA 3FNSA 5P2UA 2RENA 3APRE 3OTSA 5P1KA 1ZTZA 3PJ6A 3ZMGA 2WKZA 1XN2A 2HAHA 1A94A 3OHHA 3GI0A 5P71A 1VIKA 1D4SA 5P3GA 3K1WA 4EP2A 3JVYA 2HB2A 2NMZA 4GJDA 3EKPA 1W6IA 4YOBA 4Y53A 5P0HA 3RTMA 1XE6A 4L6BA 1YX9A 3O9CA 1QBSA 2RMPA 4EXGA 5P6QA 3UQPA 5OZ4A 5P5FA 4ZLSA 1EPPE 2VIJA 5P3NA 3I25A 5P6DA 5P1UA 1MRXA 4Y5BA 1LF4A 4OBZA 4CPTA 1SGUA 4YD3A 3OWNA 3VUCA 2F80A 4IVTA 5P53A 4Y3RA 5OZTA 2P83A 1TW7A 2VIEA 1FG8C 2IEOA 2CEMA 1DPJA 3L5BA 3ZKNA 4OD9A 3PMUA 1K1UA 5P3HA 3S2OA 4Q1XA 1A30A 1YTJA 2FXDA 3UQUA 2PQZA 4NPUA 3DK1A 5P13A 2ER6E 4QJ2A 1QBRA 4EP3A 4Y3PA 1M43A 3BUGA 4Y5NA 4YOAA 2CEJA 3KM4A 4Y4ZA 4FLGA 4N00A 3VYFA 5HDZA 3PLLA 3SABA 4ER4E 3OGQA 5OZRA 5KR1A 4YHQA 1Z1HA 1HSIA 1LYBB 3EM6A 5BWYA 1B6JA 5SXNA 3LIQA 1B6PA 5OYVA 5P1TA 2QI1A 3INFA 1HPSA 4DJXA 3SKGA 1QDMA 3TPJA 5P2WA 4DQHA 4R91A 5P8QA 4KE0A 1HVCA 5P6HA 2NXLA 2RSPA 5P5QA 3VCMA 4ZSMA 3UDKA 3SAAA 3FNTA 5P3OA 1ENTE 3LHGA 5P1JA 5P1EA 5IS4A 5P35A 2NXMA 5P4XA 1BAIA 3DJKA 3MSKA 5P7XA 4XX4A 5P10A 3UDRA 4EQ0A 2IGYA 5P56A 5DR8A 4HA5A 5HDUA 4J0TA 2AVOA 2BBBA 3O9AA 5P58A 5OYQA 3KMYA 4DQCA 3B7VA 5P8IA 1E81E 2H6SA 3O9FA 4I0EA 3PI0A 1D4HA 2NXDA 5P76A 5P8MA 5OYUA 3ZL7A 5P3XA 1APVE 5P7TA 1FG6C 1DW6C 3IVHA 4J0PA 5P41A 5OZ2A 5OZZA 5P7BA 5KOSA 1PFZA 4TRZA 4OBFA 4DV9A 2QI0A 1K6CA 3INEA 1QBUA 4J1KA 3EKTA 5P6YA 2BPVA 3QPJA 5P3IA 2JE4A 7UPJA 2PWCA 5P65A 5P22A 3QI1A 2ZHVA 2B42A 2R43A 2PSVA 5P7MA 5P7SA 4Y5EA 3S7MA 2HC0A 3K5FA 2A1EA 4CPXA 2VA5A 1XL5A 3NXNA 3ZPUA 4YDFA 5P6EA 1TCXA 1MSNA 3BC4A 4Y37A 3APPA 5OZQA 2ZHUA 3ER3E 5P0UA 4QJ6A 4A6CA 1KJGA 3ZKQA 1ZAPA 3HW1A 4YBIA 3KFPA 4PEPA 5UPJA 4Y3QA 4FL8A 1AM5A 3EKVA 5P80A 4MC2A 3BUFA 3NU4A 4BELA 5DQCA 4K9HA 2VNMA 4Y3ZA 1EPLE 3QVCA 5OZJA 3PVKA 4OBZB 3EKWA 4GB2A 5P1SA 5C9FA 4Y3EA 2QNPA 5P79A 5DR0A 2PC0A 5P4CA 2ZJHA 4A4QA 1M4HA 3CMSA 2QI4A 4EJDA 4OD9B 2I4XA 4I12A 1HRNA 1M0BA 5P4BA 4HDFA 4Y3NA 5P1IA 2ER9E 4NKKA 2XFIA 3OADA 2OHMA 5P0FA 3IN3A 5OZLA 5P4VA 1IBQA 5P09A 2R9BA 4DUSA 3N3IA 2PYMA 3R0YA 5HDXA 4DJVA 3O9IA 3ZKSA 2ZGAA 1F34A 1DAZC 5P0OA 2WEAA 5P0VA 1AAQA 3UDJA 3HVPA 2G1SA 2OHSA 5P2XA 1T7KA 3OUDB 5P1BA 1W50A 5P7NA 5HU0A 2BPXA 3EKYA 5AHBA 5P2KA 5P19A 3RSVA 5P1ZA 1BWAA 4LAPA 5P84A 2WL0A 2ZHRA 5P4HA 8HVPA 5P1NA 4RGHA 2O4SA 5P0XA 3HDKA 3VEUA 1FQ5A 1AJVA 4LXKA 2VJ9A 1ODYA 3VYDA 3PGIA 3PRSA 5P2SA 4KB9A 5P11A 3LIYA 1YTHA 2OHRA 4BEKA 3UDNA 4GMIA 2HB3A 5ENMA 5P4DA 2WEZA 3LIXA 5BS4A 5P4WA 5P4QA 5P08A 4J54A 2G22A 5P20A 5I3XA 3SFCA 2Q3KA 5P51A 5AHAA 4EJLA 1HPXA 2OHNA 5CLMA 3Q4BA 5P2EA 2HB4A 5P89A 3S45A 4Y3HA 4EYRA 1UH7A 3TOFA 1SBGA 4I8ZA 2QI7A 4M8YA 2BPZA 3UDPA 5P37A 2G21A 2NMYA 2I4QA 3OOTA 5P4MA 3PMYA 9HVPA 5P49A 2G69A 3UTLA 2OHLA 4H3JA 3LNKA 3OU3A 5P70A 2IKOA 3NR6A 4FIVA 3VG1A 1ZLFA 3DCRA 5P62A 3WZ8A 1FQ4A 5OZOA 2Q64A 4Y54A 1PPME 1AXAA 3QBHA 5P28A 5P5UA 4NJUA 2JYSA 5P8KA 5P0CA 3G70A 2FDEA 5P0GA 2OAHA 5OZ6A 3QRSA 5P5TA 3TPRA 1MSMA 5OZDA 5ER2E 3DV5A 4I0DA 5P6AA 1EBKC 4FGXA 5P1AA 3OAGA 1TSQA 3SA6A 4A6BA 3UDQA 4GJ8A 2O4PA 4Y45A 1IZDA 3QN8A 4GZFA 1BVGA 1AVFA 1LYBA 3O9DA 3QRMA 2V11C 1YTIA 2HIZA 1EC0A 5P2IA 2I1AA 3KA2A 3T11A 3BRAA 2P4JA 2G26A 4JECA 3HLOA 5KOQA 2FGVA 3S53A 3NYGA 3TPPA 3EL1A 5P2CA 3VSXA 4RCDA 3URJA 3D1XA 1BDRA 5P6MA 1UH8A 3NU5A 4WTUA 5P36A 5HE7A 3O9LB 5P2YA 4I10A 2AZBA 3TLHA 3NXEA 2BJUA 1AJXA 3VFAA 5OYRA 4Y3TA 3OQ7A 5P3WA 4HDBA 4L7HA 1ODWA 5P7ZA 3C9XA 5OZMA 3VV8A 1Z8CA 4TVGA 4GJBA 3CKRA 3NU6A 3L5CA 5P59A 1IIQA 5P78A 3L5EA 5P0QA 5DQ5A 2ZJJA 2QD8A 3Q6YA 3GGUA 5P8RA 5P1GA 4DJRA 3SQFA 1T6EX 5P1XA 3SA7A 5OZ7A 4Q1WA 1HBVA 1OHRA 2B7FA 2MIPA 1K2BA 1ZPAA 5IVRA 5P4OA 5P2TA 5P67A 4YE3A 2Q54A 4Y3JA 4B77A 1B6LA 1WBKA 4OBGA 4QLHA 5P7PA 1HSHA 4U7QA 3NDUA 1APUE 2QAKA 5OYYA 5P43A 5AH8A 5P8CA 5P4YA 3LZSA 2AZCA 4J0ZA 4Y3MA 4HDPA 2IENA 5SY2A 1C6ZA 1VIJA 1FLHA 3EKQA 4JPEA 4AMTA 2F8GA 4B05A 3K4VC 1HTGA 3IVIA 5P23A 1W6HA 1HEGE 3HZCA 6FIVA 4Y36A 2Q5KA 5P33A 3VLAA 4RYGA 4DJWA 5OZ8A 5P3LA 3S56A 3GI5A 1KJ4A 3EL0A 5P5KA 2FS4A 2G1NA 1HVLA 1E82E 1T7JA 4DFGA 5P4SA 3LITA 3OXCA 1B6MA 1A9MA 3SACA 5P15A 4EHCA 3BUHA 1CZIE 3UQXA 5P3KA 4HLAA 2NNKA 3G72A 1EPNE 1DIFA 1DP5A 2OHPA 3PSYA 5P86A 3K5DA 4OBJA 4J1EA 2AVQA 4RVJA 3GW5A 5F01A 4HZTA 3IXKA 4D89A 5AH7A 4J5JA 1RPIA 1LZQA 3FIVA 5P8BA 4YD4A 5P2ZA 5P69A 4E43A 1PSOE 3UHLA 3QBFA 2AZ8A 1HXBA 4FRJA 2JJJA 4LL3A 3H0BA 5P0IA 2G1OA 4PZXA 2QU2A 1GKTA 5HD0A 1G0VA 5KQXA 2P3AA 4EXHA 5P24A 2WF0A 1IZIA 3OAGB 5P0ZA 2ASIA 3U7SA 1HHPA 5I3YA 4CPWA 3KDCA 5HTZA 4R8YA 5P82A 1B6KA 4Y4XA 5DQ4A 3OUDA 5HCTA 4HEGA 3OUCA 5DR3A 4RCFA 4Y5AA 5P3CA 1B5FA 1SDTA 4DJOA 1EEDP 4L7JA 5F00A 5P26A 3IAWA 5P5IA 2V00A 3K5CA 1NSOA 4Y9WA 3A2OA 5P4IA 5P3ZA 5P5YA 3MXEA 3ZKIA 3I6OA 5OZEA 2QI3A 3FX5A 2G27A 3ZKXA 5DQ1A 4FM8A 1LYAA 5P8NA 4B00A 3DOXA 3WZ7A 2OF0A 4H3IA 4L1AA 3SA3A 4R5NA 1RQ9A 2IS0A 1ZSFA 3NU9A 3UDHA 5P0BA 5P6VA 5P6RA 4F76A 5P6JA 4YBFA 3SA8A 1K6PA 2QZWA 5P0WA 4FSLA 5ER1E 5P5DA 4PZWA 5P2GA 2PH8A 5P6SA 4YD7A 3L5FA 5JODA 2SAMA 1HVRA 4DI2A 5AH9A 3VF7A 5P8HA 1MRWA 3TOHA 3TTPA 2J9JA 4Y35A 3URIA 5P5SA 1IZHA 3BGCA 2ZYEA 4GJ5A 1GNNA 3JVWA 1GVUA 5P30A 2QHYA 2JXRA 4B1DA 4EJ8A 1DMPA 2R5QA 5P2HA 5P2BA 4ZPGA 1BBSA 3NWXA 2VA6A 3O9EA 5P39A 1U8GA 1FQ8A 3EM4A 3QRVA 2I4UA 5P1PA 4EPJA 4X2LA 3BHEA 2QZKA 5P8PA 4B1CA 1MUIA 3N4LA 4FCOA 2XYFA 3OOZA 5OZVA 3VFBA 4J0YA 5P5ZA 5OZCA 4M8XA 2QD7A 1MT9A 5DR4A 4Q1NA 2G24A 4MC9A 3RSXA 4GJAA 1K6VA 3PLDA 3LZUA 1EC3A 1PSAA 1N49A 2OHTA 4YCYA 2Q15A 1WBMA 5HVPA 4EJKA 5P3YA 5EZXA 4DQFA 3LPKA 2NR6A 3OHFA 4U7VA 3LZYA 1SGZA 3BXRA 5P4NA 1HEFE 5OYXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D1Y A;  5P02 A;  5P18 A;  4I0J A;  5P4U A;  3I2L A;  5P0S A;  1ZPK A;  3D91 A;  4J1C A;  5KQY A;  1SIV A;  1YTG A;  5P6O A;  2B8V A;  1LYW A;  4FSE A;  3EBZ A;  2V13 A;  3KN0 A;  3T7Q A;  4LHH A;  4TRY A;  5OZB A;  3DCK A;  1D4J A;  1MTR A;  3S85 A;  4I8W A;  3LIV A;  3L38 A;  5P0T A;  3LPI A;  3IA9 A;  3QS1 A;  3OGP A;  4D8C A;  2IKU A;  5P4J A;  3QAA A;  4I0Z A;  4LC7 A;  5P2R A;  5P0P A;  1IDB A;  4Y47 A;  3R1G B;  1GVW A;  5DQ2 A;  1LV1 A;  4X7I A;  5ISJ A;  5FIV A;  4OBH A;  5DR7 A;  1FMU A;  2I4V A;  2VJ6 A;  5OZ3 A;  1EAG A;  1EBY A;  5P8S A;  3HVG A;  1ODX A;  3EM3 A;  1B11 A;  5OZP A;  1HPV A;  2P3B A;  5P14 A;  1BXQ A;  3HAU A;  1HWR A;  5OZS A;  1UPJ A;  2AOJ A;  3JW2 A;  4FM6 A;  4XKX A;  5KR8 A;  3HAW A;  3CKP A;  5COK A;  2AVV A;  4FM7 A;  4Y3A A;  3LIZ A;  2NNP A;  1OD1 A;  5P4Z A;  1W5Y A;  4Y6M A;  3OQD A;  2O40 A;  5P16 A;  5P5M A;  5P5X A;  1Z1R A;  4FRK A;  5P50 A;  3CID A;  2P3C A;  4XX3 A;  5P5G A;  1LEE A;  5P07 A;  5AHC A;  3GGX A;  1SDV A;  3NDT A;  4UPJ A;  3Q3T A;  5OZN A;  1NPW A;  2AOC A;  3NSH A;  3KMX A;  5P1O A;  3M9F A;  3ST5 A;  4CPU A;  2QI5 A;  4AUC A;  2XFK A;  4CPR A;  3BVB A;  2WHH A;  4IVS A;  3UFL A;  4Y5K A;  1NH0 A;  1MT8 A;  3GGA A;  1K6T A;  5P75 A;  5P4G A;  4RRN A;  4JPC A;  3PB5 A;  5COO A;  5P5L A;  4CP7 A;  4FAE A;  4Y4A A;  3PBZ A;  3MSJ A;  5P4T A;  5P7I A;  3O99 A;  3KF0 A;  2FLE A;  5P0N A;  5SY3 A;  4Y4B A;  5SZ9 A;  1MT7 A;  4D85 A;  3B80 A;  5P88 A;  3TKW A;  2QMD A;  2ZJM A;  3DUY A;  5P0E A;  5P4P A;  4AZY A;  1MEU A;  2OHK A;  5P42 A;  5P4K A;  5P6Z A;  5OYZ A;  3H5B A;  2G1Y A;  1BIM A;  5P7R A;  4RVI A;  1AID A;  4MC6 A;  4CMS A;  4CPS A;  1ME6 A;  5P72 A;  5P55 A;  3ZPS A;  1SIP A;  4Y5M A;  1FEJ C;  4RRO A;  4OC6 B;  4GJ9 A;  4D88 A;  4TRW A;  1EPQ E;  4ZSP A;  2QI6 A;  4QJA A;  5P4F A;  4S1G A;  1HSG A;  4FRI A;  1LF2 A;  2HPF A;  2WF2 A;  4Y50 A;  1FIV A;  3KFS A;  3PCW A;  5P12 A;  4RVX A;  5P8T A;  5P7U A;  5P5A A;  4BFB A;  3O9B A;  4DQB A;  3KFN A;  3OAD B;  4Z50 A;  3UQW A;  1APW E;  2VNN A;  4Y4W A;  1J71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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