4LXKA

Crystal structure of human beta secretase in complex with compound 11d
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of cyclic sulfoxide hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxkA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lxkA02
5P5XA 1HTRB 4L6BA 4F74A 1BDLA 1T7JA 1ODYA 1ZP8A 3OUDA 1PROA 3L5EA 1HVRA 5P19A 5P22A 3UQUA 3RTNA 2F3KA 5P87A 2HS2A 2HB2A 2NTRA 2NMYA 3S8IA 3LNKA 5COPA 4Y3GA 4GJ5A 5P37A 3AIDA 2V00A 5P36A 5P65A 3S43A 4LXMA 3UPJA 3S85A 4Y4ZA 4YD5A 5P5EA 3NDXA 2VNNA 3VLAA 3TOGA 5P3MA 3OUAA 3VV7A 5P7XA 5P1JA 3NDTA 3URJA 1LF3A 3LINA 5P81A 3VYEA 4ZSRA 3EL1A 3PM4A 2FGVA 4EQ0A 5P24A 3PB5A 4Z2ZA 5OZRA 5P0RA 5TOLA 3OAGA 2AVQA 2NNPA 1A8KA 4XX4A 2Z4OA 5P02A 3FNSA 1XS7D 4LP9A 4IVSA 3PHVA 1HHPA 3L59A 4XX3A 1CMSA 1GNMA 4J0PA 1B6JA 3CKTA 5P7DA 1TCXA 3PRSA 4TVHA 3O9LA 5P01A 3HVGA 4RZ1A 5P74A 3EBZA 1FMUA 4Y4DA 5P1SA 3Q6YA 5P6SA 2I4VA 3D1YA 1Z1HA 2QZWA 2R8NA 4I0EA 1QBRA 4Y4EA 1GNNA 3KMYA 3WSJA 5OZ7A 2WEAA 1IDBA 5P7WA 2AIDA 5P32A 3URLA 4APRE 3A2OA 5P6HA 3GI6A 5P0LA 4L7JA 1NPAA 2WJOA 5P52A 2R9BA 1LS5A 2NXMA 1G0VA 2QHCA 4Y4AA 3S7MA 4YBFA 4HLAA 1ENTE 4FIVA 1IZIA 4E43A 2OHLA 4Y53A 4GMIA 2WEDA 5P7ZA 4RCEA 4YDGA 3U7SA 5P0YA 3FKTA 1MT9A 2AVMA 3VYDA 5P20A 5P6OA 4ACUA 4FRJA 2IL2A 5P0UA 1UH9A 3CYXA 5IVSA 4GJ9A 2VIJA 5P3UA 4EPJA 2BPZA 1W6HA 4H3IA 3R1GB 1QBUA 3WB5A 5KR1A 5P45A 5P2WA 3KDDA 4Y3HA 4Y3DA 5P1OA 4FS4A 5P0SA 5OZNA 5P0MA 3T7PA 2I0AA 4QLHA 4PZWA 5P2YA 4CPQA 3MXEA 4ZPEA 1U8GA 3K5CA 2QI3A 3UDKA 2FMBA 3GGVA 3O9HA 3KN0A 2G26A 2IKUA 3K4VC 4NJVA 1WKRA 2FLEA 4ER4E 3ZLQA 4ZE6A 2V12C 3BVBA 3WZ6A 1E81E 5P4UA 5OZQA 5P5DA 3OUDB 3EL4A 5P7JA 1HOSA 5OZ9A 4DPFA 2G24A 5P5WA 3R0WA 5P28A 3EKVA 3INDA 1MRWA 5P6GA 2HPFA 1PPKE 3QRVA 4DVFA 3VFBA 5P58A 5P2DA 1NH0A 3S43B 4ZIPA 5P8CA 3T7XA 4I11A 4FSEA 2ZJLA 3Q4BA 2IDWA 3BVAA 4TRWA 5HU1A 1AJVA 5P34A 1HSGA 9HVPA 3NU6A 4K4PA 2IQGA 2VIZA 4J1HA 5P6BA 2XFIA 5P1NA 5SZ9A 5P07A 1ZSRA 4Y50A 4U7QA 3OAGB 5P23A 5ISKA 5CLMA 1HTFA 4HDBA 5P05A 3TNEA 3KF0A 3PSYA 5P1VA 2R5QA 1E5OE 5P12A 2VKMA 4APEA 2I4UA 3OK9A 3LPJA 3L38A 2G20A 3MXDA 4Y3QA 5DR4A 1IZEA 4Y39A 3O9LB 1RPIA 3FV3A 3EKQA 1GVTA 5P8RA 4DQBA 1Z8CA 3OXXA 3O9GA 5P00A 2PMAA 5AHAA 5P5TA 3SQFA 1TQFA 2JE4A 4F75A 5P1DA 6APRE 5P3IA 5P8KA 5OZSA 4RYGA 3CICA 5HU0A 3BUFA 1KJ7A 4H3GA 4Y4TA 1DW6C 4I12A 3OWNA 1W5WA 5P5FA 5SXNA 1DIFA 5P86A 5P6EA 4Y4JA 1FFIC 5HVPA 4Y5LA 3OQAA 2OHUA 5P6NA 2V0ZC 1ZPKA 3UTLA 5P4KA 2HM1A 1WBKA 5OZEA 2WECA 4K4RA 5P6XA 2Q54A 1RL8A 3QI1A 1GKTA 3UFLA 1BILA 3D1XA 3PBDA 4DJXA 4YD7A 3TKGA 3UHLA 2J9JA 2UPJA 2BQVA 4U7VA 5P4MA 5P6RA 2PSUA 3OQFA 5OZ4A 5P83A 2XYEA 5P2IA 4Q5MA 3WZ7A 4L7HA 3QRMA 4BFDA 2QMGA 1HIIA 5P5LA 1LYWA 1YG9A 3PSGA 3ZOVA 1W5YA 4RCDA 5OYRA 4D8CA 3VCMA 1B6MA 2O4SA 4Y58A 4Y4WA 4J1FA 5P4OA 2NXDA 1XDHA 5P8AA 5P5GA 3OHHA 1HPOA 4DH6A 3O9EA 3FX5A 3INHA 1SGUA 5OYZA 4GJ6A 5P0AA 3SA5A 1DAZC 1FKNA 5P78A 1FB7A 3OQKA 5OZKA 2IENA 3TOFA 1B6KA 2PK6A 3VUCA 5P7VA 4MC2A 2FXDA 4R95A 2QMFA 1WBMA 5P7YA 2NXLA 1EPRE 1QBSA 4LXAA 1AM5A 5P56A 5P5ZA 3GI4A 4ZSMA 4ZSQA 5P6QA 5P0HA 1EC3A 5P3ZA 2QZKA 1DPJA 2UY0A 5P3VA 5P6JA 2ZDZA 3DM6A 3ZKXA 3O99A 3N4LA 4EXHA 4FAFA 3Q5HA 3DOXA 5ER1E 1C6XA 2OHMA 4Z50A 5P31A 1FQ4A 4Q1WA 1SGZA 1SBGA 4I0JA 3EMYA 5P3FA 2WEZA 2QK5A 3SACA 4I8WA 1T7IA 3RSXA 3SA6A 4JP9A 3DCRA 3SA3A 3LHGA 1G35A 5JFPA 7HVPA 5P62A 5P0KA 1BXQA 5P3EA 1IZHA 2VJ6A 5P7MA 3VV8A 3OTSA 3I6OA 5DR3A 5P2HA 3OTYA 5P7QA 1D4LA 5OZ0A 4Y5BA 2CENA 1SMRA 3GI0A 5UPJA 4GJ7A 5P1FA 3QIHA 5OYWA 2AOFA 5P8NA 2NNKA 5FIVA 2PWCA 3D20A 4J5JA 5KQYA 1M0BA 4HZTA 4J55A 1FG6C 3LIQA 2FXEA 3BC4A 5OZ1A 1T3RA 1IZDA 2QZLA 3O9BA 1C70A 5P7BA 3CIBA 3VSXA 5P3OA 4Y3PA 4DQFA 1IBQA 2FGUA 2QNQA 2ER6E 3DJKA 4Y38A 2UXZA 5P3DA 4RRNA 1META 1FQXA 4RVJA 3OU1A 1W51A 5P63A 3EL0A 2ZJKA 5OYXA 5P4TA 2G21A 5P70A 1KJHA 5KQZA 1MUIA 5P1EA 2AZ9A 3T3CA 2QHYA 3KDBA 4R8YA 5P76A 2O4LA 5AH7A 1SDUA 5P06A 1ZPAA 2J9JB 1KZKA 2ER9E 3SA7A 1EAGA 4K8SA 5P8DA 2F3FA 3R0YA 4YOBA 5P5QA 2B7ZA 4N00A 2VIEA 1XE6A 3R2FA 3NU3A 2JJIA 4NKKA 5OZTA 4ER2E 1LYWB 5P33A 5I70A 5KQFA 5P8LA 4FM6A 4H1EA 2XYFA 4DJVA 3S56A 3ZPUA 2HIZA 4AZYA 1MVPA 3UDYA 3TLHA 4RGHA 1EC1A 5P1TA 3OXCA 5DR8A 5P5IA 1SMEA 5P4EA 4LL3A 1BVEA 3OOZA 4TRZA 3F9QA 1E82E 1QDMA 3LIVA 3PBZA 1T6GA 2HAHA 3L5DA 5OZOA 5P54A 2B60A 3URIA 1BV7A 4Y4XA 5P3SA 3UDQA 5BWYA 1EBWA 5P04A 5P8HA 1YTGA 5P2VA 1HEGE 5DR1A 4GJ8A 4KUPA 2QAKA 1TSQA 1EC2A 5F00A 2RMPA 4M8XA 1IDAA 1BBSA 4AUCA 3D1ZA 5P7NA 1CPIA 1HVJA 1QS8A 1W50A 2NPHA 3EKYA 5P49A 3UDPA 4NPTA 5P3GA 2FDDA 5P3RA 5P60A 5HE4A 5P1XA 2FS4A 1KJGA 1BAIA 5AHBA 2AQUA 2PSGA 3ZL7A 1B5FA 4DQCA 2HB4A 5P3XA 2BBBA 5P1YA 1ZBGA 3G72A 5P57A 4OBKA 3G6ZA 2QU3A 3KYRA 2Q15A 5DR0A 5OZ3A 3EL9A 4D89A 5P25A 1UPJA 3PVKA 4Y5GA 5DGWA 1HPSA 2G1RA 3DUYA 5KR2A 4Y3FA 5OYUA 2AODA 5IVQA 1YTIA 3BXRA 4JPEA 4YD4A 4Y9WA 2P3DA 3NWXA 1APTE 5HDUA 5P4GA 1HVKA 1PPME 3NXNA 3HDKA 2G1YA 4Y35A 5HE5A 4J0YA 3GGAA 5I3XA 5IE1A 4EJLA 1HSHA 4Y4BA 1ZTZA 4FSLA 3IVHA 1HBVA 4AA8A 4CPUA 1LV1A 5OZUA 2HS1A 4PEPA 4YCTA 4YCYA 2WF0A 4TRYA 1HPVA 1FGCC 5HTZA 2QP8A 5P1RA 3OU1B 5OZIA 3HZCA 1XN2A 3MSJA 5P5KA 3NDWA 5P44A 4I10A 2FDEA 2ZGAA 2ZJJA 5KR8A 2P3CA 5P8QA 4QJ8A 2QI5A 3QRSA 3IXOA 3VEUA 4U8WA 5P53A 2QI6A 2V16C 1EC0A 5P2AA 3ZKQA 3NYGA 5P6ZA 3U6AA 3LZUA 2BPXA 2G69A 2OHKA 1AVFA 3QROA 3RTMA 3SKGA 2QNPA 3PI5A 1HPXA 7UPJA 1JLDA 5P2UA 2IGXA 5E5JA 3UCBA 1MT7A 2AZ8A 4Y5KA 2AZCA 1BXOA 4Y3RA 5P47A 3Q3TA 2VA5A 3VG1A 4F73A 4J1KA 2VA6A 3PSUA 2BKSA 2HC0A 4YHQA 3VFAA 1PSNA 5P8SA 1LEEA 4Y5NA 5P13A 1A9MA 3B80A 2WF4A 3KM4A 4Y45A 1C6YA 4XKXA 5OZMA 1GVUA 3PWWA 3M9FA 3GI5A 1HIHA 1Z1RA 4EJ8A 1VIKA 1YX9A 3PEPA 2B8VA 1GVWA 5P1BA 5P4DA 5AGZA 2AOIA 3ER5E 3QP0A 3U71A 3UDRA 5P09A 4I0FA 2EWYA 4Y3LA 4I0IA 5P6WA 3S53A 1T6EX 1HRNA 3S2OA 1HEFE 5JG1A 5P1GA 5P0DA 3QPJA 4ZPFA 2MIPA 5OYQA 3UQWA 2ZJHA 3ECGA 5P8GA 1FLHA 2OHSA 5P7AA 3HVPA 5HDXA 4B72A 5P2MA 4R93A 1KJFA 5P2TA 1FF0C 5COOA 1BWAA 5P5NA 2BPWA 5HDVA 5P64A 2IS0A 4RROA 4QJ2A 4TVGA 2Z54A 5P1UA 3MSKA 4RVIA 1B5FB 1A94A 5P85A 1ZSFA 1MIQA 4CKUA 5P4FA 5P3PA 3BGBA 2AOCA 5P4NA 5OZ2A 4FL8A 5P16A 5P03A 1AXAA 5P0FA 4DJQA 4I0HA 3K1WA 3OXVA 4L1AA 3AUPA 2QHZA 3CYWA 3KFNA 5HE7A 4DI2A 4HDPA 2I4DA 4B1DA 3EM6A 5P1LA 4FRKA 1YM4A 5P7SA 5IS4A 4RYCA 2ZJNA 3GW5A 5P7KA 3O9CA 5AH8A 2QI1A 4DPIA 3G70A 2FDPA 5P8PA 5KOSA 5P2LA 2ANLA 4BEKA 2G22A 1K6TA 2P3BB 3OU3A 2F80A 3JVWA 3O9FA 5P40A 1MSNA 1QBTA 4X2LA 2BKTA 3FNUA 2VIYA 1OEWA 5P0VA 3OU4A 3PGIA 2NR6A 1FMXA 5P6LA 4BELA 1QRPE 2A4FA 5P0BA 3LITA 1KJ4A 3UF3A 4X7IA 4Q1YA 4CP7A 4ZPGA 5JODA 5P43A 1TW7A 4XXSA 4L7GA 5OZXA 2G1OA 3UDHA 2WF3A 4PYVA 5EZXA 1PSOE 3NDUA 1AAQA 4I1CA 4K4QA 3EXOA 3QVIA 3RTHA 4EJDA 5KR0A 5P2FA 3PWRA 4DJYA 3O9DA 4Y5CA 4PPHA 5C9FA 1Q9PA 4Y3JA 2O4PA 4Y51A 1BV9A 1J71A 3NU9A 2ZHRA 4HVPA 5P15A 2HPEA 2F81A 4OBDA 1BDRA 3PWMA 3PMUA 5P6KA 2J9KA 3EKTA 1BWBA 5BRYA 1FQ7A 5P6MA 5P3YA 3RU1A 3EKPA 3CKPA 5DQ1A 5P2BA 5P1QA 5P7RA 2ER0E 5CONA 5P42A 2JJJA 4MC1A 5P2CA 1APVE 3EM4A 5OZVA 5P08A 1LZQA 1MT8A 5OZ6A 1ME6A 4QJAA 5P2OA 1PFZA 3D91A 1OHRA 5P72A 5C9DA 4J17A 3S45A 1HVLA 2B8LA 5P5RA 4I8ZA 2QCIA 1E80E 5P8TA 3SABA 5HD0A 4B70A 1HSIA 1OEXA 1K2BA 2OHTA 5P0OA 2RKFA 4GJBA 4EP3A 4LC7A 5OZWA 4OBFA 5P1PA 3TH9A 1LYBA 5P4QA 5P26A 4DJRA 1NPVA 1SP5A 2AOEA 2QMPA 3C9XA 2Q63A 5P27A 3OY4A 5P3TA 5P3NA 1MSMA 5DPZA 2G94A 5P6UA 5P7UA 3KFPA 1SDTA 1FQ6A 2ZE1A 4BFBA 5P5VA 4Y37A 4KE0A 3OUCA 2G1SA 1HWRA 3OUBA 3KT5A 4AA9A 2CEJA 3VSWA 3UQRA 3T7QA 4FCOA 4GJAA 4K9HA 5P3QA 4NJUA 4S1GA 3JVYA 2Q5KA 4J54A 5P2QA 4RRSA 5OZDA 1XE5A 5P18A 5AH9A 4Y3AA 5P1ZA 5P3WA 1FMBA 4CPWA 5KQXA 2Q64A 1XN3A 3LIZA 4L1AB 5IVRA 2ZHTA 5OZLA 4MC9A 4I0GA 5P6AA 2IKOA 4NPUA 2FNTA 3LIYA 5P2JA 5OZFA 5P4ZA 2VJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5X A;  1HTR B;  4L6B A;  4F74 A;  1BDL A;  1T7J A;  1ODY A;  1ZP8 A;  3OUD A;  1PRO A;  3L5E A;  1HVR A;  5P19 A;  5P22 A;  3UQU A;  3RTN A;  2F3K A;  5P87 A;  2HS2 A;  2HB2 A;  2NTR A;  2NMY A;  3S8I A;  3LNK A;  5COP A;  4Y3G A;  4GJ5 A;  5P37 A;  3AID A;  2V00 A;  5P36 A;  5P65 A;  3S43 A;  4LXM A;  3UPJ A;  3S85 A;  4Y4Z A;  4YD5 A;  5P5E A;  3NDX A;  2VNN A;  3VLA A;  3TOG A;  5P3M A;  3OUA A;  3VV7 A;  5P7X A;  5P1J A;  3NDT A;  3URJ A;  1LF3 A;  3LIN A;  5P81 A;  3VYE A;  4ZSR A;  3EL1 A;  3PM4 A;  2FGV A;  4EQ0 A;  5P24 A;  3PB5 A;  4Z2Z A;  5OZR A;  5P0R A;  5TOL A;  3OAG A;  2AVQ A;  2NNP A;  1A8K A;  4XX4 A;  2Z4O A;  5P02 A;  3FNS A;  1XS7 D;  4LP9 A;  4IVS A;  3PHV A;  1HHP A;  3L59 A;  4XX3 A;  1CMS A;  1GNM A;  4J0P A;  1B6J A;  3CKT A;  5P7D A;  1TCX A;  3PRS A;  4TVH A;  3O9L A;  5P01 A;  3HVG A;  4RZ1 A;  5P74 A;  3EBZ A;  1FMU A;  4Y4D A;  5P1S A;  3Q6Y A;  5P6S A;  2I4V A;  3D1Y A;  1Z1H A;  2QZW A;  2R8N A;  4I0E A;  1QBR A;  4Y4E A;  1GNN A;  3KMY A;  3WSJ A;  5OZ7 A;  2WEA A;  1IDB A;  5P7W A;  2AID A;  5P32 A;  3URL A;  4APR E;  3A2O A;  5P6H A;  3GI6 A;  5P0L A;  4L7J A;  1NPA A;  2WJO A;  5P52 A;  2R9B A;  1LS5 A;  2NXM A;  1G0V A;  2QHC A;  4Y4A A;  3S7M A;  4YBF A;  4HLA A;  1ENT E;  4FIV A;  1IZI A;  4E43 A;  2OHL A;  4Y53 A;  4GMI A;  2WED A;  5P7Z A;  4RCE A;  4YDG A;  3U7S A;  5P0Y A;  3FKT A;  1MT9 A;  2AVM A;  3VYD A;  5P20 A;  5P6O A;  4ACU A;  4FRJ A;  2IL2 A;  5P0U A;  1UH9 A;  3CYX A;  5IVS A;  4GJ9 A;  2VIJ A;  5P3U A;  4EPJ A;  2BPZ A;  1W6H A;  4H3I A;  3R1G B;  1QBU A;  3WB5 A;  5KR1 A;  5P45 A;  5P2W A;  3KDD A;  4Y3H A;  4Y3D A;  5P1O A;  4FS4 A;  5P0S A;  5OZN A;  5P0M A;  3T7P A;  2I0A A;  4QLH A;  4PZW A;  5P2Y A;  4CPQ A;  3MXE A;  4ZPE A;  1U8G A;  3K5C A;  2QI3 A;  3UDK A;  2FMB A;  3GGV A;  3O9H A;  3KN0 A;  2G26 A;  2IKU A;  3K4V C;  4NJV A;  1WKR A;  2FLE A;  4ER4 E;  3ZLQ A;  4ZE6 A;  2V12 C;  3BVB A;  3WZ6 A;  1E81 E;  5P4U A;  5OZQ A;  5P5D A;  3OUD B;  3EL4 A;  5P7J A;  1HOS A;  5OZ9 A;  4DPF A;  2G24 A;  5P5W A;  3R0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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