4M8XA

Gs-8374, a novel phosphonate-containing inhibitor of hiv-1 protease, effectively inhibits hiv pr mutants with amino acid insertions
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPFVTVKIAGQLMEALLDTGADDTILEEMSLPGRWTPKVVGGIGGFMKVRQYDQILVEICGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title GS-8374, a prototype phosphonate-containing inhibitor of HIV-1 protease, effectively inhibits protease mutants with amino acid insertions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2013-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4m8xA00
4K9HA 2I1AA 4KE0A 5P5OA 5P5WA 3K4VA 5HDXA 3MWSA 3DV5A 2G20A 5P6YA 4OBDA 5EZZA 1HPVA 5P14A 5P56A 3ZKNA 4N00A 1UPJA 1B6LA 4B72A 5OYWA 5OZ8A 5P7MA 1VIKA 4I0DA 4J0PA 2PSVA 5P4SA 2BJUA 1D4LA 5P28A 3CYWA 4YCKA 5P8HA 3OU4A 2PK6A 1HPXA 4D8CA 2HS1A 5P8JA 4J17A 5HDZA 5P4AA 4ZSRA 3PJ6A 1ER8E 4DJQA 2P83A 4CPRA 4H3GA 5P63A 5P75A 2FLEA 2Z54A 5P4GA 1KJHA 2FDEA 4RCDA 1BWAA 3EKWA 2PC0A 5P3BA 5DQ2A 2O4SA 4MC6A 3VF5A 3APPA 3NXEA 1AZ5A 5P5GA 4CKUA 3UDQA 3MSKA 5COKA 1ENTE 3UDHA 2P3CA 1E82E 5P5HA 1W5VA 4K4PA 5OZYA 2QK5A 4FM6A 1TQFA 2QD8A 1HIIA 1FMXA 1QBRA 1PPKE 5P66A 3DOXA 4DFGA 3NU3A 3MXEA 2ZJLA 3CKPA 5P55A 5P44A 2WECA 4A4QA 1ODWA 3OU1A 1SIVA 2FDDA 1IZHA 3KDBA 4I0JA 3CICA 1HXWA 4R92A 4X2LA 4Y4AA 2A4FA 5C9FA 4I0IA 5P4ZA 3GGUA 3EM6A 5OZUA 1SGZA 1PSOE 5P3HA 3TOHA 5P5QA 3OOTA 4YD7A 4R91A 3VEUA 5P07A 2UXZA 3EL4A 3OU3A 5P2HA 4LC7A 5P4EA 5P4WA 3BXRA 5P2DA 3INFA 4K8SA 3UF3A 1FFFC 2HB3A 3SKFA 4DJUA 3OHFA 3VCMA 4D83A 1HVCA 2F8GA 3EKQA 3UHLA 3S45A 1BDLA 3S43B 5P45A 3O9CA 5P5CA 4Y5EA 2I4WA 3BGBA 5OZ3A 1FQ6A 1YT9A 2AOFA 3ZKQA 3SA5A 5P0RA 1WBMA 2FS4A 5P05A 4ZLSA 4YCTA 2H6SA 3O9DA 3PLLA 5P6JA 1LV1A 3OHHA 4YBFA 2I4VA 2OHPA 5OZ4A 5P48A 2XFKA 2JYSA 1DMPA 5P20A 3OUBA 3FSMA 1LYAB 3IA9A 2P3AA 1FG6C 1F34A 4YA8A 1EBYA 3DCRA 5P7RA 4OC6B 3G72A 3R0WA 5P0CA 3B7VA 5P5LA 3O9BA 2J9JA 1A9MA 1ZAPA 5P00A 4Y3NA 2F3FA 3OADB 2NXDA 4L1AA 4ER2E 1BIMA 5P3XA 4RRSA 3D1ZA 4GB2A 5BS4A 4L6BA 2ZHTA 1QBSA 2PYNA 3K5FA 3KM4A 2BB9A 4LXKA 4B78A 1A8GA 1JLDA 2R43A 5P3NA 4APRE 5P30A 2PH6A 5P2RA 3ZMGA 5P7FA 4Y5AA 1NSOA 3B80A 2QNPA 3TL9A 1SDUA 3IXKA 5KQXA 3UCBA 2QZKA 5P6UA 2WEDA 2B8VA 1FIVA 5SXNA 3OOZA 5P16A 2QMPA 4L7HA 3QS1A 5P3CA 3UDJA 4J0YA 5P12A 2Q3KA 4DQBA 4NJTA 4RVJA 1PPME 5OZPA 4CPUA 4BFBA 3T11A 3LPJA 4Y4XA 5P6VA 1LYBB 3D20A 2NMZA 4Y48A 2PSGA 5I70A 2AZ9A 5P1GA 4Y4BA 5AHCA 4CP7A 5P3ZA 5P08A 4KUPA 5P0EA 5F00A 5P8DA 6APRE 4KB9A 4J1HA 4FAFA 1UH8A 4QJ2A 2O4NA 2WF3A 5P35A 5P79A 1MUIA 2QP8A 5P5PA 5DPZA 3KN0A 3EL1A 5P6LA 2P3BB 5KQFA 2FNTA 1BBSA 6FIVA 3O9AA 1IZIA 3CIBA 4OBFA 2VA5A 3I7EA 4ACUA 4J0TA 1LYWA 1OEWA 4OBZB 3RSVA 3PI5A 3PCZA 3Q6YA 3VV6A 1W51A 5AH6A 3OAGB 5P37A 4Y57A 1CMSA 4DQGA 4H1EA 2PK5A 4Y3YA 4MC2A 5P89A 5P82A 5P7NA 3Q70A 3QBFA 1TZSA 2G21A 5P7JA 5P3AA 1SP5A 2FGUA 5P0TA 2WEZA 1MPPA 5P40A 4OBGA 5P1TA 5P8CA 4FL8A 2IKOA 4DH6A 2FNSA 9HVPA 5P49A 2ZHUA 3QP0A 1HEGE 1IVQA 1OHRA 4APEA 4DQCA 1HSIA 3IN4A 2IL2A 4MC1A 2Q5KA 4IVSA 4BELA 2IENA 3NU5A 3R2FA 4EQ0A 1APTE 1BDQA 4H3FA 1MTBA 1YM2A 3PSUA 3FNUA 4PHVA 3PB5A 2R3TA 5P3MA 5KQYA 3O9LB 4OD9B 5P5UA 5OZ0A 2O4PA 2AOCA 2QMFA 2IKUA 2O4LA 5P5VA 4U7QA 1APWE 4TVHA 1HVSA 2AVQA 5APRE 5P1QA 5OYRA 3H0BA 2AVSA 1SBGA 3ST5A 5P0HA 5P8NA 3GW5A 3KFNA 3H5BA 2FMBA 3S7MA 5P5IA 3UQPA 4HDPA 2HPEA 5PEPA 5P6DA 5P2BA 3HDKA 4YD3A 2BPVA 4B1CA 4GJ5A 4GJ6A 1B6JA 1UH9A 5P8VA 2QAKA 1ODXA 4HDBA 5OZEA 3K1WA 3OGPA 2QZXA 3OQFA 5P3WA 4Y5NA 2ZDZA 1C6YA 4EP2A 3OWNA 2WKZA 5C9DA 3VFBA 1EC3A 2P3DA 5HVPA 1KJ7A 1RV7A 2IDWA 3EXOA 3NUOA 5P06A 3SABA 4ACXA 5P22A 3INDA 1ZSRA 2HS2A 5P2EA 2QI7A 3PSGA 3NWQA 3PMUA 1BVEA 3BXSA 3GI5A 5P5AA 4FSEA 3L5BA 4J55A 5P01A 1VIJA 5P1HA 1YM4A 4FRIA 4I0ZA 2ZJJA 3U6AA 5P8OA 1ZJ7A 5OZQA 5P54A 2G1YA 5P1PA 5P87A 1YTGA 4Y53A 3UQRA 3INEA 5P7TA 4DJYA 5OZMA 5P7BA 1OEXA 3K5GA 5P5DA 1IZEA 3KFRA 3AIDA 5P7KA 3GI4A 4J1CA 3G70A 3LPKA 5P4RA 5OZJA 3NU6A 4FLGA 4J0ZA 3OK9A 5HU1A 1KZKA 1F7AA 1M4HA 3PWRA 5P2TA 5HTZA 3VSWA 3VYFA 2NPHA 2UY0A 3WB5A 4FGXA 1FQ8A 1YG9A 3TPPA 5P0IA 2IGYA 4M8YA 4AMTA 5HCTA 5P8FA 4CPSA 4HEGA 5OYSA 1T3RA 2NXLA 4Y45A 4Y9WA 2UPJA 2OHUA 3CMSA 5P46A 5OZRA 3UQXA 5P8SA 2SAMA 1B11A 3EM3A 2VNMA 5P8QA 3OXVA 3PRSA 3LPIA 4NKKA 5SY2A 4YE3A 5P2IA 1A30A 1G35A 1K6TA 3ZPSA 1WBKA 3PMYA 4Y58A 4GYEA 3ZKXA 2RENA 3S54A 1FF0C 5OZ6A 5P4XA 1NPAA 3CIDA 4Y3DA 4DV9A 5DQ4A 2FGVA 2G94A 5P4OA 3QBHA 3ZPUA 5P4NA 4DVFA 3UFNA 3CYXA 1C6ZA 3K5DA 1NPWA 3L3AA 5KOQA 2B42A 5P4TA 1IIQA 3QRMA 1LZQA 2NNKA 3VF7A 2QZWA 3WZ8A 3JVYA 2ZHRA 5P1YA 1MT9A 2VJ7A 2ER0E 2ZGAA 5OYXA 5P52A 3L5FA 4RVIA 5P11A 2WHHA 3O9FA 3OUDA 3I8WA 5ENKA 3S53A 2AQUA 5P4FA 5P0DA 4I0GA 3VSXA 4EXHA 3LZYA 5P1LA 5P86A 5OZFA 1LF4A 3UDKA 1KJ4A 4PEPA 3T7XA 1PROA 4HVPA 4I11A 1J71A 1GVTA 3ZLQA 2AODA 3SA4A 4GJ7A 2QHCA 4FSLA 2R5QA 4YDFA 2AZCA 5P1UA 1SH9A 5P2MA 4FRSA 4XX3A 4ZSMA 3S7LA 5ISKA 3BUHA 3UDPA 5P2XA 4Y5GA 4LP9A 3LHGA 1FQ4A 5AH8A 5C9BA 1EBKC 4DQFA 5I3VA 4RZ1A 4DJVA 1HEFE 4K4RA 5P23A 5P78A 3OXCA 5E5KA 1B5FB 1LF2A 4BFDA 4OBKA 5P32A 4F76A 1ZBGA 5P85A 3ZKMA 3JW2A 1T6EX 5P8TA 1EPME 3PM4A 3VF3A 4FIVA 3TKGA 1YX9A 4DQEA 2QI1A 2G1SA 3N3IA 2BPXA 5P3UA 4LL3A 4NJSA 5FIVA 3EMYA 2ZE1A 4R5NA 3EC0A 4R93A 2AVVA 4ER4E 5OZOA 1RL8A 3I2LA 3OY4A 5P39A 1HPOA 3EKPA 2P4JA 3BVAA 2BBBA 3KT5A 5P1BA 1EC1A 2ER9E 5P1MA 2XYFA 5OZZA 5P4CA 5P6BA 5P2QA 2VIYA 2V10C 5ER1E 2Z4OA 4ZSQA 5P1ZA 5SZ9A 4DQHA 5P3TA 1CZIE 5OZ9A 3RTMA 2HAHA 2OHTA 1EBZA 5P1XA 3PGIA 3ZL7A 4YD6A 2ZJMA 5P7QA 4CPWA 1EC2A 3VV7A 2BPYA 1META 3RVIA 3EBZA 3LINA 5DQ1A 5P2KA 3OQ7A 4Y47A 5P62A 1FG8C 1MT8A 3ZKIA 1IBQA 4B00A 3M9FA 4I8WA 5JFUA 4YD5A 5OZNA 1W50A 4Y5CA 3URLA 4EHCA 1YTJA 2BPZA 3U7SA 3VUCA 1W6IA 3FKTA 3UDNA 4GJAA 1AAQA 1E5OE 2FIVA 5OZXA 4J5JA 4Y39A 4Z50A 2IQGA 5P4PA 1G6LA 1HTGA 2I4XA 5P5KA 5J25A 4Y3RA 1TW7A 1FKNA 1KJFA 5OZDA 1G0VA 4Y38A 5P8KA 5P15A 5P6TA 3IXOA 4YOBA 1XE5A 2QI5A 1HRNA 5P74A 2Q64A 4GIDA 5ENMA 1MVPA 3MXDA 3TOGA 1MEUA 3QVCA 2HPFA 1HWRA 1XS7D 4BEKA 5P6ZA 1XDHA 5P17A 3VFAA 5P29A 5P7XA 4I10A 4B1EA 5P7IA 1EPQE 3ZKGA 4LXAA 3VLBA 1UH7A 2AVMA 2WF1A 5P88A 3FIVA 4EXGA 1AVFA 1EPRE 3NLSA 2QU2A 5P2LA 1GNNA 2AOEA 5P0ZA 2VJ9A 5P5SA 4DJRA 5P2OA 3D1XA 5P6EA 5HE5A 2QD6A 3KA2A 5P3DA 4DJPA 1A8KA 2EWYA 3SLZA 2OF0A 2QNNA 3ECGA 5OZGA 5P0LA 4EPJA 3URJA 5P1RA 5P0SA 5P2SA 1FQXA 4Y41A 1HVRA 3EKVA 4K4QA 5T4SA 1PPLE 3PI0A 4R8YA 5P1EA 1W6HA 4EJLA 4TVGA 3PHVA 1QBTA 3S85A 2F80A 4YHQA 2AZBA 5OYYA 2ER7E 4R95A 1FFIC 1DP5A 4OBHA 1EPLE 3EKYA 5CONA 3VYEA 3R1GB 5DR7A 3KMXA 3OTSA 3QAAA 5P8GA 3DV1A 2Q15A 2G69A 3OQAA 3PBDA 4LXMA 1C70A 2I4DA 1HBVA 2G1RA 2OHSA 3HVPA 2PSUA 3NSHA 3SO9A 3S43A 5P8IA 5P3KA 3QIHA 1GVXA 4JOOA 1E81E 3GI0A 5P1AA 1RNEA 3SQFA 5KR0A 3D3TA 3VYDA 2APRA 3PLDA 2V11C 4RLDA 3GGXA 5DQ5A 1TSUA 3T3CA 4NJVA 5OYVA 2WF0A 1LYAA 5P70A 3SACA 3SA9A 2AZ8A 3FNTA 5P1DA 3BUGA 5DR8A 3QN8A 5P7AA 5P6NA 2HM1A 2I0DA 4OC6A 4FS4A 4Y3TA 1QS8A 1NH0A 3HAWA 5P7PA 4CPXA 5P5ZA 5ISJA 5JFPA 1MRXA 2VIZA 3KF0A 3OADA 5P4VA 1K6CA 5P80A 2XFJA 5P57A 2QNQA 2QI6A 4B77A 1XN2A 3ER3E 5P8UA 5KQZA 5P7WA 2NXMA 5P0PA 3UTLA 5P0WA 4Y5LA 2AIDA 2IS0A 3GI6A 1LF3A 2BPWA 5P0QA 5HU0A 5P2VA 3TKWA 4Y3WA 4DPFA 5P3IA 1FB7A 2R3WA 4GJDA 5P76A 4L7JA 3O9HA 4A6BA 1AJXA 4D85A 5UPJA 1E80E 3O9GA 4PYVA 3LZUA 1XL5A 5P4UA 1MERA 3NUJA 4GJ9A 5P84A 5P3RA 2RMPA 4CMSA 4Y3GA 5P0AA 5P33A 5P6HA 5EZXA 4QJAA 3HVGA 4Y3EA 2BQVA 5DGUA 3LITA 4DJXA 1D4YA 4U8WA 2PYMA 5P8MA 3BRAA 4QGIA 3G6ZA 3OXWA 2WEBA 4KE1A 1LS5A 3I25A 1LYBA 5P18A 5P4BA 5CLMA 5P2CA 3Q3TA 2VS2A 1FLHA 2OHLA 4EWOA 4I1CA 4U7VA 4NJUA 5P7HA 4WY1A 3OXXA 5P5YA 4Z2ZA 5COPA 4ZPEA 1ZPAA 4FRKA 5P59A 4PZWA 3UQWA 5BWYA 1BXQA 5P2FA 3R4BA 3EM4A 1DIFA 1K2BA 4FCOA 1XN3A 1GVVA 5OYUA 3VG1A 2P3BA 2P8HA 2NMYA 4Y3MA 4JPEA 5F01A 1BXOA 2F3EA 5IE1A 3DK1A 5IVTA 2QMDA 8HVPA 4OBZA 3BHEA 5TOLA 5P03A 3L38A 2F81A 1FMBA 3KDDA 5P0UA 4XKXA 4WTUA 1EEDP 1GNMA 2V13A 3OAGA 2QZLA 2AOJA 5P7YA 4RYGA 2B7ZA 4RCFA 1ODYA 4EJ8A 2OHRA 2H6TA 2QI3A 5DQCA 4ZSPA 3VLAA 1MSMA 2VNNA 1FQ5A 4J0VA 4LAPA 3OQKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K9H A;  2I1A A;  4KE0 A;  5P5O A;  5P5W A;  3K4V A;  5HDX A;  3MWS A;  3DV5 A;  2G20 A;  5P6Y A;  4OBD A;  5EZZ A;  1HPV A;  5P14 A;  5P56 A;  3ZKN A;  4N00 A;  1UPJ A;  1B6L A;  4B72 A;  5OYW A;  5OZ8 A;  5P7M A;  1VIK A;  4I0D A;  4J0P A;  2PSV A;  5P4S A;  2BJU A;  1D4L A;  5P28 A;  3CYW A;  4YCK A;  5P8H A;  3OU4 A;  2PK6 A;  1HPX A;  4D8C A;  2HS1 A;  5P8J A;  4J17 A;  5HDZ A;  5P4A A;  4ZSR A;  3PJ6 A;  1ER8 E;  4DJQ A;  2P83 A;  4CPR A;  4H3G A;  5P63 A;  5P75 A;  2FLE A;  2Z54 A;  5P4G A;  1KJH A;  2FDE A;  4RCD A;  1BWA A;  3EKW A;  2PC0 A;  5P3B A;  5DQ2 A;  2O4S A;  4MC6 A;  3VF5 A;  3APP A;  3NXE A;  1AZ5 A;  5P5G A;  4CKU A;  3UDQ A;  3MSK A;  5COK A;  1ENT E;  3UDH A;  2P3C A;  1E82 E;  5P5H A;  1W5V A;  4K4P A;  5OZY A;  2QK5 A;  4FM6 A;  1TQF A;  2QD8 A;  1HII A;  1FMX A;  1QBR A;  1PPK E;  5P66 A;  3DOX A;  4DFG A;  3NU3 A;  3MXE A;  2ZJL A;  3CKP A;  5P55 A;  5P44 A;  2WEC A;  4A4Q A;  1ODW A;  3OU1 A;  1SIV A;  2FDD A;  1IZH A;  3KDB A;  4I0J A;  3CIC A;  1HXW A;  4R92 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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