4MC1A

Hiv protease in complex with sa526p
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc1A00
4Q1XA 1MSNA 2G1SA 1EC1A 4Y5AA 3KYRA 5DQ1A 3PWMA 1FMBA 3S53A 5P69A 3QS1A 1YTIA 5DQ5A 3UQUA 2WL0A 3VUCA 5DPZA 5OZRA 4APRE 3NWXA 5P71A 1FGCC 1DMPA 2BQVA 5P5QA 3L38A 1HVSA 5P0IA 5P80A 3S2OA 3VFBA 5P2VA 5P3TA 1EEDP 3FKTA 3VFAA 3Q6YA 4LHHA 3RU1A 5P7NA 5ENKA 3INFA 2MIPA 1MRXA 3WZ7A 5P6OA 3NLSA 1W51A 3H5BA 3GGUA 1XL2A 4DQFA 4RGHA 5P6ZA 2IL2A 2OHQA 2J9JB 3QBHA 3S43A 4HDPA 5P7HA 5F00A 5I3WA 4ZPFA 4UPJA 4Y4GA 5P2MA 4TRWA 1MSMA 5P0SA 4EP3A 4Y53A 5OZAA 4DI2A 4D8CA 2JE4A 4Y57A 3T7PA 4ZSMA 5OZ0A 5P2DA 3IAWA 3PMUA 3DM6A 5P3MA 4Y37A 5OYQA 5P0PA 4Z2ZA 5P0XA 5HCTA 5ISKA 1EPQE 2UXZA 5P40A 3OUDB 1ZLFA 1K2CA 5P8QA 3RTNA 4RYGA 3OQDA 4EQ0A 3CKPA 3OK9A 5P62A 3QRMA 1AJVA 5OZSA 5P4SA 4OBJA 4A4QA 1QDMA 5P1PA 3LIYA 1MERA 4OBZB 2QU2A 4ZSPA 1MTBA 5P4RA 5SY3A 2F3EA 1MPPA 5P5AA 2Q63A 5P3PA 5P1YA 4FRIA 4FAEA 3NXEA 4EJ8A 2AOGA 5KOQA 1GVXA 5P4AA 2QD7A 3IA9A 5P5JA 3SLZA 5P1EA 3UFLA 1LYAA 2PSVA 5P32A 2Q5KA 3ZPSA 5OZ5A 3B7VA 1YT9A 3QN8A 1NH0A 5AH9A 4EJDA 1HEFE 2QD6A 2ZJHA 1MTRA 5P2QA 3HW1A 3OADA 2JYSA 4YD5A 5P84A 3PLDA 1F7AA 5P1NA 2VIJA 4Y5LA 3SPKA 5P8LA 3CYXA 5P4YA 4OD9B 2ZE1A 5P2BA 2OHUA 5P6HA 1HVIA 2WEAA 5HDUA 1XDHA 4GJ8A 5P7TA 2NXMA 3O99A 5DR1A 5F01A 3DV1A 3INEA 3WB5A 2IRZA 4OBHA 3URLA 3SM1A 1W5VA 5OZMA 1IZEA 5P8EA 2ZHRA 3CKTA 5P7SA 4Y3SA 1AM5A 3AIDA 5HDZA 2NXDA 5E5JA 1YM4A 3OQFA 5P39A 2BKSA 4XXSA 1HBVA 3MXEA 3SABA 5OZNA 5P47A 3EM4A 1MT8A 3PBDA 2IEOA 3PHVA 2F81A 3KFNA 3OU4A 2BPYA 4D85A 3UDKA 5P3NA 3QBFA 2BJUA 1EBKC 3S56A 3T7QA 5DGWA 5P3IA 5P81A 4B78A 4MC6A 1G35A 3F9QA 3QRVA 2IQGA 5P6KA 3L5BA 1QRPE 1B6KA 4AA8A 1C70A 1TW7A 2FNSA 1GKTA 2RSPA 1ENTE 3NU9A 6FIVA 2G1NA 3EM6A 5DQCA 5P2JA 3FV3A 5P72A 5P8MA 5OYVA 2OAHA 3G6ZA 3QP0A 2V00A 5P8DA 5P7PA 4LC7A 5BRYA 2OHTA 1EPLE 5P6GA 2BPZA 2IS0A 1BAIA 5DGUA 5HE5A 5P5PA 4J17A 1WBMA 4COEA 3OOZA 5IVSA 1KJ4A 3URJA 2PH8A 3S43B 5P5BA 2VA6A 4FL8A 4K4QA 4OBFA 3OGPA 4YCTA 5P6TA 4KB9A 5P7CA 4Y4AA 3EL4A 1Z8CA 4DJVA 4FRKA 3GW5A 2XYFA 1HVLA 2WF1A 1FQ4A 4I8ZA 3HAWA 3OXXA 5P7RA 1SMEA 3PCWA 3O9FA 3PM4A 2AZCA 4OC6A 4X7IA 3OU1A 5P60A 1LF2A 5P82A 1IVPA 1HTRB 1HIVA 2P83A 4GZFA 2G1OA 1SIPA 5OZ4A 2B8LA 2QMFA 1C6YA 5P3DA 4KUPA 5P86A 5HCOA 4OBKA 8HVPA 1IZDA 5P8RA 5P24A 1T6GA 5P2GA 5DR4A 3BVBA 5OZBA 1BV9A 3EL0A 5P6SA 4Y41A 3JVWA 1MEUA 3QAAA 5P38A 4U7VA 4J1CA 3N3IA 4Y51A 4Y4UA 2AOIA 1LYAB 2VNNA 4Y44A 5OZKA 4EYRA 3M9FA 4Y3ZA 2F8GA 3WZ8A 1FB7A 3ER5E 1PSOE 5P3HA 5P5NA 5P85A 5P14A 3I7EA 3OGQA 1FMUA 2QD8A 3FNTA 1M43A 3OADB 5P09A 5P5YA 3AUPA 3OQKA 4CMSA 1QBTA 5P1DA 4Y5BA 2O4KA 4R93A 3CMSA 1HWRA 5P3RA 2BPVA 4Y3PA 5OYTA 3R0YA 4ZSRA 3ZPTA 2R8NA 2OHLA 3SFCA 2I4VA 2ZJIA 5P5UA 4DQGA 2AZBA 3IVIA 4B70A 5P3VA 2BPWA 5DR8A 4I0EA 4DJOA 5ISJA 4LL3A 1D4IA 4AA9A 4QLHA 2O40A 4FSEA 1HIIA 1OD1A 5HVPA 2R9BA 4NJUA 2O4PA 4DJXA 2R5QA 4NPUA 4B1EA 3KFPA 3NSHA 5ER2E 5KQYA 1IZHA 5JFPA 1TZSA 3OU4B 4WY6A 2I4XA 4B00A 2HPFA 3NWQA 1B6JA 5P15A 3TL9A 1ZTZA 2NMZA 5P6NA 3OUBA 2APRA 4RCDA 3TKWA 3Q4BA 4FM8A 4HZTA 1Z1HA 5P7UA 4FS4A 3KN0A 5ER1E 3QI1A 2ZJMA 4CPXA 4L7JA 3S7MA 4U8WA 3NXNA 2B7ZA 5P01A 4Y5KA 3PWWA 1YTGA 2QAKA 4LXAA 1PFZA 1HHPA 2I4QA 4Y3MA 4I1CA 2I1AA 1RL8A 5OZ9A 3PMYA 1YX9A 3L5CA 3BGCA 3SA6A 1T7IA 1FKNA 3TOGA 1TSUA 2JJJA 2VA7A 4Y3NA 1TCXA 1WKRA 5P5DA 2P3BA 4ZEAA 4S1GA 1HVCA 2FDDA 2P4JA 1F34A 1PSAA 1HOSA 3IXOA 5P0YA 2FDPA 5P11A 4Y9WA 3KMYA 1D4HA 3S85A 2FGUA 4Y45A 1ZPKA 3O9AA 4E43A 5P4ZA 3QRSA 5P2KA 1SDVA 3SACA 4R91A 4Y4ZA 4RLDA 1MT9A 5P30A 5P26A 4K4PA 3T3CA 5P1VA 5P2TA 4A6CA 4B1DA 3NUOA 4D89A 5AHAA 6UPJA 2VJ9A 5OYZA 2G1RA 4OC6B 3OOTA 5P00A 5P7IA 3OU1B 1PPME 3OAGA 3MSJA 4Q1YA 1IDAA 4I0GA 2G21A 4QJ9A 5OYRA 1MRWA 5OZJA 2AVQA 3H0BA 5P0QA 3VG1A 3VV8A 2ZHSA 4Y56A 4DV9A 5P6FA 3EKYA 1HVHA 3WB4A 2R43A 5OZOA 5P68A 5P8AA 3EL9A 3KF0A 1B6MA 4I10A 2VIYA 2FGVA 3C9XA 5P1TA 4Q5MA 3LIQA 5P7YA 3TH9A 2IKUA 5OZZA 5C9FA 5P0LA 3RVIA 1UH9A 3HDKA 5P0HA 5P6XA 5P19A 4XX3A 1E80E 5P3ZA 3ZLQA 5P79A 2NNKA 3CICA 3D1YA 3Q70A 4GJ9A 5CLMA 3BUFA 5P0CA 5HTZA 4Y43A 3SA7A 5I3VA 1HVKA 2FIVA 5P64A 3EKPA 5P0OA 2QU3A 5P7JA 4Y5MA 5P2EA 2QNQA 5P8FA 2HPEA 5IS4A 1DW6C 3RTMA 4YD7A 3T11A 5P4XA 2WEBA 5P23A 5KOSA 3VLAA 1Z1RA 5COOA 4GJDA 3D1XA 4RRSA 5P4BA 3UDJA 4DQEA 2PWRA 5KR8A 1KZKA 2OF0A 1FQ8A 4RRNA 4H3IA 4Y4DA 5P1BA 1T3RA 2XFKA 3EKWA 1MESA 4IVTA 4J1FA 4I0HA 1NPAA 2QMGA 2WEDA 4M8XA 5OZWA 1GVWA 5AH7A 1T7JA 2OHKA 5AH6A 3EKXA 5P28A 5AGZA 1BWBA 1CMSA 1LF3A 5P7VA 5P5VA 3VV7A 4Y48A 3PB5A 5P1QA 5P2ZA 3R2FA 3BRAA 1A8KA 4Y38A 2PYNA 3UQPA 1AXAA 5P7MA 4PZWA 1RNEA 2H6SA 5P5WA 5P18A 1FLHA 3O9LA 5P0BA 5JODA 3SO9A 4CPRA 2ZJKA 2V12C 2VKMA 2FDEA 2HB3A 4Y4BA 5P2RA 3O9DA 4Q1NA 3UHLA 6APRE 4J0ZA 4U7QA 2H6TA 2NR6A 2OHNA 5P3CA 5P61A 2NNPA 2B42A 2G69A 1E5OE 2OHPA 3G72A 5P6WA 4EP2A 1BVEA 2AVVA 4DPFA 1RPIA 5P36A 2ZHUA 3NDXA 2RKGA 3I8WA 5P49A 3OY4A 3DK1A 1DPJA 5HDXA 1ZBGA 5OYYA 5P77A 1K1UA 4Y54A 5P4GA 2AOCA 4YHQA 4J0TA 2AOEA 5DR7A 1ODWA 3DCRA 4RZ1A 2P3BB 3KMXA 2PQZA 1JLDA 5P56A 3S8IA 4Y3WA 5OZ3A 1HSGA 3NR6A 5P27A 2B60A 4EPJA 1OHRA 2O4SA 4I12A 1EBZA 1RV7A 4GIDA 1GNOA 5P7AA 1META 5P04A 1AIDA 2HM1A 4Y47A 5P67A 4PPHA 1VIKA 5P8BA 3DJKA 5P06A 1APTE 3MSLA 4B1CA 1NSOA 4ER1E 2FS4A 3I25A 2R38A 5ENMA 5P16A 2PK6A 5P03A 5P3WA 5TOLA 5P4FA 4Y5NA 5P5IA 3UDNA 1SH9A 5P87A 3CIBA 5P0WA 5SXNA 2ANLA 5P5KA 4DJPA 3APPA 4HDFA 3OAGB 4J54A 5P6AA 2CENA 5P4MA 2QK5A 2UY0A 5P5HA 3RTHA 2QI0A 3R0WA 2G26A 4ACUA 4GYEA 3HVGA 1CZIE 1MIQA 5P1ZA 2Z4OA 3LZVA 3L5EA 2IGXA 2WF4A 1KJFA 2RMPA 5P0UA 3L5DA 5P43A 1AJXA 3OWNA 4NJTA 1SDUA 5P46A 1LS5A 2I0DA 1XN2A 1LYWA 3EXOA 5P5GA 5P3OA 5P1OA 5IVRA 5P0DA 1D4KA 5P51A 2G20A 5J25A 1NPWA 1MT7A 3VLBA 3UDPA 2JJIA 2NTRA 4GJ5A 3OHHA 3EKVA 2ZJJA 1TCWA 3KDCA 4Y4WA 1HTGA 4FAFA 5HU1A 4YDFA 5P8UA 4Y4JA 5P6MA 4I0ZA 5P6LA 3FNSA 4OBDA 1BDLA 5P4JA 5P5MA 5P8NA 3ZL7A 5OZ8A 5OZ6A 1M0BA 3NDUA 3L59A 3OXWA 2FXEA 3CYWA 1BDQA 3RSVA 4JOOA 1HPOA 2V11C 4FSLA 4YOAA 1HTFA 5P5CA 3K5GA 3WZ6A 1EC2A 3ZPUA 1A94A 1UH7A 4J0PA 2QZLA 4PHVA 4HEGA 3OHFA 2HAHA 7UPJA 2VNMA 4NJSA 2Q11A 1MUIA 4GJ7A 5P7FA 5P10A 3UDHA 5I3XA 4YE3A 5P0MA 5P74A 3KT2A 4Y35A 5P1FA 4ER4E 1B6LA 5UPJA 1EPPE 3EMYA 2QHYA 3PCZA 4CPTA 3SAAA 4YOBA 5P45A 5P7ZA 5P3YA 3TOHA 2FMBA 1D4YA 5P7GA 4Y58A 3PSGA 5OZGA 4ER2E 2QHCA 2AODA 2HB2A 2QI3A 3O9LB 4GMIA 2XFIA 3EM3A 3U71A 3IN3A 4TVHA 3IXKA 3ZKIA 5P31A 3MSKA 1EBWA 4PZXA 1AZ5A 1AAQA 5P54A 5OZFA 1GVVA 1DIFA 3K5DA 1XE6A 5P1XA 2AIDA 4L7GA 2G1YA 4KE1A 1KJHA 2G27A 3QIHA 5P8SA 3IGBA 3SKGA 1FG6C 2BBBA 1BXOA 2NPHA 5P42A 4HLAA 4X2LA 1MVPA 3T6IA 1KJ7A 4IVSA 4ACXA 2WECA 5OZVA 5P3LA 2P3CA 5P0EA 3VF7A 2FNTA 3NUJA 5OYWA 5P55A 3N4LA 2PC0A 1EBYA 5P7EA 4DJQA 3LPJA 2QI1A 5P02A 2I4DA 3LPKA 5P6PA 2ZHTA 4PEPA 1K6CA 1ER8E 5JG1A 1ODXA 5P8IA 4A6BA 3SA9A 4EWOA 4QJAA 3LZUA 1APVE 3GGVA 4ZIPA 1U8GA 2ZHVA 3Q3TA 2I0AA 3GI0A 2OHSA 5P37A 5P59A 1OEXA 5FIVA 3TPLA 1NPVA 3OUCA 5P75A 1E82E 5P89A 1ZAPA 5P0VA 5P1HA 2R3TA 4GJBA 3UDMA 1ZJ7A 4RROA 9HVPA 1PSNA 2FLEA 2XYEA 3BC4A 5OZXA 2QP8A 2OHMA 3INHA 3PI0A 2G22A 2P8HA 5P73A 5KQFA 5P5FA 1M4HA 1TSQA 3MXDA 5P1WA 5P5ZA 3K5FA 5CONA 3O9GA 3DV5A 4Y3RA 4K8SA 5AHCA 5P34A 5P8PA 5P1UA 3O9BA 1LYWB 5P0RA 3K4VC 4EXHA 2G94A 1E81E 4B05A 1HXBA 4YDGA 2RKFA 5P50A 4WY1A 1XS7D 4GJ6A 5P3SA 3HAUA 3KFRA 3GGXA 5SZ9A 2F80A 3K4VA 4YCYA 3BXRA 4DQBA 3SKFA 4YBFA 4KE0A 3HZCA 1YTJA 1GVUA 1FFIC 3HLOA 3OXVA 1OEWA 4I0FA 4Y5EA 1QBSA 3BUGA 3JVYA 2WJOA 5P07A 4EQJA 3PSUA 2F3FA 4FE6A 1YG9A 4B0QA 4QJ2A 5P2IA 2WEZA 5KQZA 5HE7A 4QJ8A 5P6IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1X A;  1MSN A;  2G1S A;  1EC1 A;  4Y5A A;  3KYR A;  5DQ1 A;  3PWM A;  1FMB A;  3S53 A;  5P69 A;  3QS1 A;  1YTI A;  5DQ5 A;  3UQU A;  2WL0 A;  3VUC A;  5DPZ A;  5OZR A;  4APR E;  3NWX A;  5P71 A;  1FGC C;  1DMP A;  2BQV A;  5P5Q A;  3L38 A;  1HVS A;  5P0I A;  5P80 A;  3S2O A;  3VFB A;  5P2V A;  5P3T A;  1EED P;  3FKT A;  3VFA A;  3Q6Y A;  4LHH A;  3RU1 A;  5P7N A;  5ENK A;  3INF A;  2MIP A;  1MRX A;  3WZ7 A;  5P6O A;  3NLS A;  1W51 A;  3H5B A;  3GGU A;  1XL2 A;  4DQF A;  4RGH A;  5P6Z A;  2IL2 A;  2OHQ A;  2J9J B;  3QBH A;  3S43 A;  4HDP A;  5P7H A;  5F00 A;  5I3W A;  4ZPF A;  4UPJ A;  4Y4G A;  5P2M A;  4TRW A;  1MSM A;  5P0S A;  4EP3 A;  4Y53 A;  5OZA A;  4DI2 A;  4D8C A;  2JE4 A;  4Y57 A;  3T7P A;  4ZSM A;  5OZ0 A;  5P2D A;  3IAW A;  3PMU A;  3DM6 A;  5P3M A;  4Y37 A;  5OYQ A;  5P0P A;  4Z2Z A;  5P0X A;  5HCT A;  5ISK A;  1EPQ E;  2UXZ A;  5P40 A;  3OUD B;  1ZLF A;  1K2C A;  5P8Q A;  3RTN A;  4RYG A;  3OQD A;  4EQ0 A;  3CKP A;  3OK9 A;  5P62 A;  3QRM A;  1AJV A;  5OZS A;  5P4S A;  4OBJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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