4MC2A

Hiv protease in complex with sa525p
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc2A00
3PLDA 3ZKSA 5P4EA 3ZPTA 3LZYA 4ZPGA 5OZXA 3FNSA 5P3LA 5ISJA 2JXRA 4J1KA 1B6PA 3OUDA 5OYYA 5P4MA 5COKA 2QMGA 1AJXA 5P7QA 1NPVA 1EPOE 4Z2ZA 2OHLA 5OZQA 3PGIA 4D8CA 4Y6MA 4YD7A 3IVIA 5P12A 3D3TA 1W5WA 3UQPA 3LIYA 5DR3A 1K2CA 3RTHA 3PMYA 3T7XA 5P8IA 1FIVA 1MT9A 5P4SA 5T4SA 5P56A 2OHTA 3K4VC 3K4VA 5KQXA 5P11A 5I3WA 4EPJA 4AZYA 1XL5A 5IE1A 1B5FA 2SAMA 1QBSA 4GZFA 4Y5EA 1SMRA 3DUYA 4Y38A 1DAZC 5AHCA 4Y45A 1ODYA 2O4SA 5P1GA 5P00A 1ZAPA 2FNSA 5P2CA 4YCKA 5P1YA 5P26A 5P78A 1IZDA 1HPOA 1NSOA 1B6KA 3T3CA 4CPTA 2PWCA 2G1NA 5P6QA 1MEUA 5JFPA 2OHSA 3UDPA 3U6AA 2G20A 1AJVA 1QBUA 1WKRA 1FGCC 5P76A 1A8GA 5P4QA 3A2OA 5P7ZA 2R8NA 3UDRA 4B78A 3JW2A 2FGUA 1PSAA 3URLA 5P7KA 3IVHA 5P8QA 1ZSFA 2F3FA 4PZWA 5P1BA 5OZ3A 1D4KA 5P0NA 4GJ8A 1K1UA 2VJ6A 3HVGA 3S8IA 4DJWA 1EBWA 3ECGA 5DQ4A 3HBOA 4MC1A 1FMXA 4MC9A 3R0YA 4EP2A 1MUIA 3VSXA 5I3YA 1A9MA 5P0GA 5P74A 4Y47A 4D85A 4IVTA 3INEA 5P07A 1APWE 2PMAA 5OZFA 4FSLA 5P2FA 4DQHA 3U71A 1GVUA 1HPXA 3S7LA 2QHZA 5OZHA 4YD4A 5DR0A 3CKRA 1HPVA 4Y5MA 5KOQA 1TSQA 4RCFA 5DR7A 3SACA 1LYWB 2FIVA 3SA8A 3DCKA 5P2VA 5P69A 3TL9A 2UPJA 4RZ1A 4DFGA 2P3AA 1QS8A 5AH7A 4F75A 5OYTA 5P13A 1ZLFA 2XFJA 5P5ZA 4J54A 5P84A 2BPXA 1UH7A 4RYGA 4Y3NA 4JPCA 4J0VA 2P3DA 3CIBA 5HE7A 4NJSA 5P1EA 5TOLA 3D1XA 1BXQA 3UQUA 3QRMA 1EEDP 2ZJLA 4R95A 2ZJJA 4H3IA 1FMUA 5P8RA 2V0ZC 5E5KA 5HU1A 2QI0A 4FL8A 4I10A 3ST5A 4QJ6A 3PB5A 3SA7A 1SDUA 4ZSMA 5OZNA 3UFLA 4DPIA 3OHFA 4E43A 2H6SA 4XXSA 3LIXA 5P2LA 5JG1A 3T6IA 4HDFA 5P42A 5P4IA 3FV3A 4PHVA 1ER8E 3O99A 3TKWA 5J25A 4GMIA 3UDQA 3BRAA 1SGZA 2O4PA 3VF5A 3OU4A 3PMUA 5P8PA 4FSEA 4ACUA 4Y4AA 1FF0C 3K5FA 4JPEA 2FGVA 5AH6A 4DQBA 5P0BA 1LV1A 2AOCA 5P0HA 4Y4WA 2HB2A 4JP9A 3PVKA 2QNNA 2ZHUA 5P2SA 4OBFA 1AM5A 2NXDA 4Y50A 2G94A 2F80A 2QMPA 1BV7A 1PPLE 3KMXA 5P3CA 3QIHA 4QGIA 3IA9A 5P63A 4Y43A 3VYEA 1T3RA 3O9GA 4OBJA 2VS2A 3VFAA 6FIVA 2QMDA 1EBZA 1LS5A 5P4AA 4OBKA 3VF3A 3HD8A 1LYBB 5OZSA 4Y5PA 5P0KA 5P8TA 1ZBGA 4FRKA 5SY2A 1EPRE 3I25A 1G0VA 2B42A 3QI1A 1SIVA 3UDNA 1F7AA 5P1TA 2PH6A 5P85A 2IKOA 4Y3GA 1HEFE 2V00A 3NU9A 1SGUA 4K4PA 3RTNA 5AHAA 1D4SA 1APTE 4Z22A 4APRE 2WF0A 4R5NA 5P7DA 5ER2E 4I12A 3EL4A 3SA9A 4GJ5A 5OZGA 5P8EA 4ZIPA 3NLSA 3DM6A 5P8NA 5KQFA 4EQ0A 4PYVA 5P3VA 2HC0A 5P0UA 5PEPA 5OZZA 1SH9A 5P34A 5P3RA 5P1DA 1HVRA 3KDDA 3TKGA 1NPWA 4LAPA 4RYCA 3FIVA 3KT2A 3APPA 1FQ7A 3URJA 1OD1A 1FG8C 3BHEA 3ZL7A 5HE4A 2RKGA 1FB7A 4YD5A 2VIEA 1SMEA 4Y5CA 2QCIA 5P2TA 5P1CA 2HPFA 2ZHVA 5P49A 1HHPA 2Q5KA 1MRWA 3ER5E 4J1EA 2QNQA 4RROA 2IQGA 4DJVA 3EL5A 4JOOA 4Y57A 5P7WA 5BS4A 1XS7D 5P03A 3D1YA 3OOZA 4RVXA 4LXAA 4I11A 3NWXA 3EM3A 3QRVA 3B80A 1FQ5A 5P5PA 2OHUA 1C6XA 5ENMA 4EQJA 4YCTA 5P7YA 5P15A 1CPIA 1HVLA 2NNKA 5HTZA 2IL2A 2WF2A 2JE4A 3WSJA 3SO9A 5P4OA 4EHCA 2QU2A 5P2IA 1CMSA 2IRZA 4Y3ZA 4AUCA 5IVSA 3PI0A 3RSVA 3O9DA 5P7IA 2R38A 1HSHA 2VIJA 2QD8A 5OZ7A 3L5EA 5P3IA 5P06A 3KYRA 4HVPA 5P35A 2Q55A 5P2YA 5P8FA 1DW6C 4Y3SA 5OZMA 3SAAA 5SY3A 5P6EA 2V13A 5P0SA 5OZTA 4CPQA 4GJAA 2QHCA 3FX5A 3LZVA 1ODXA 1LYWA 1HBVA 1AVFA 2R5PA 4H3FA 1FQXA 5P7BA 1IDBA 1BDRA 5P2DA 5DQ5A 5P3DA 5P71A 4Y3JA 3VLBA 5CLMA 3RSXA 3UTLA 1HRNA 3R4BA 4IVSA 5P4UA 2JYSA 1M0BA 5OZAA 3PRSA 4CP7A 3QN8A 2VA7A 1YT9A 3GI0A 1BXOA 5OYUA 5P55A 5P28A 1HIIA 3PWWA 1IZEA 2AIDA 4L7HA 4K4QA 3VCMA 4LXMA 1BDQA 3OUCA 5P89A 4H3JA 4GJ7A 1MTRA 1W6HA 5P16A 4EWOA 3PEPA 1E80E 4Y3RA 4Y44A 1FMBA 5COOA 2P4JA 3GGAA 3PSYA 1EC1A 5P0RA 3EKQA 3PHVA 5P05A 5P8LA 3HAWA 5OZIA 4M8XA 3T7QA 3HDKA 1SBGA 5HU0A 3MSJA 4HA5A 2I4QA 3Q4BA 4J0ZA 3EKPA 4DJUA 5P4JA 1E81E 5HCTA 5KR1A 4F74A 5HVPA 3INHA 5P1MA 5P70A 2I0AA 3Q3TA 1HIVA 2XYEA 3NUJA 1PPKE 1M43A 5P6UA 3O9IA 1MPPA 3ZKIA 4EXGA 2RKFA 3NU6A 2H6TA 3L38A 4Y5LA 5E5JA 1LF3A 2O40A 2QD6A 5P1WA 4CMSA 5P0PA 5OZRA 1APUE 4EJDA 3KFNA 1AZ5A 3WZ6A 3UDYA 4DH6A 4FRSA 5P4NA 1LYBA 1W6IA 1DPJA 5OYZA 3ZOVA 2BPYA 2RENA 5P29A 1VIJA 5AGZA 2FXEA 3UDJA 1XL2A 4I0IA 3KMYA 2CENA 3UHLA 2QD7A 5P0LA 1GVWA 5P5GA 5P7RA 1G6LA 3HW1A 5P0ZA 2QP8A 5APRE 1NH0A 1XE5A 1XE6A 5P73A 2AVOA 5P4YA 2NPHA 3DV1A 5P7LA 2XYFA 1MVPA 5P3GA 5P5MA 4L7GA 2OHPA 5P5UA 2P83A 1A94A 3O9CA 2BQVA 4Y37A 5OZPA 3VV8A 5IVQA 4FAFA 2WEAA 5P6BA 4HDBA 5P4LA 2Z54A 5P7MA 4NJVA 4Y4EA 1QRPE 3PSGA 4S1GA 4QLHA 4Y4BA 5P53A 5P1NA 1Z8CA 5P7HA 1KJGA 5OZBA 2VNMA 1HOSA 3EKXA 5P30A 4Z50A 2Q54A 1ZPAA 2IENA 2P3CA 4Y56A 2QI6A 5P3BA 5P4BA 4Y3AA 4DJYA 2UY0A 5P6NA 2NMZA 1RL8A 2PSVA 1ENTE 5P65A 4KB9A 5P2WA 4GJDA 4RGHA 3VYFA 1APVE 1MERA 4J5JA 4Y3YA 5P5LA 3R0WA 2G1SA 3GGUA 3ZPSA 3ZKMA 4RRSA 4Y4DA 5P66A 5P5DA 2RSPA 2AOGA 1IBQA 3IN4A 4RRNA 1KJHA 1UPJA 5P01A 3T11A 3EL9A 3O9LB 4DQGA 5SZ9A 2ZJIA 4Y3LA 3SPKA 2R5QA 4FM7A 2I4WA 2WEDA 3WZ7A 2BPZA 3NDXA 3QVIA 5P5NA 1QBTA 3ZKNA 2G1YA 1EBKC 5P50A 1AXAA 3CMSA 5EZZA 7HVPA 3OAGB 5KQYA 3Q5HA 5P7OA 4XX4A 1B6MA 5P3UA 1J71A 2OHRA 2BKSA 5P27A 3QBHA 1FQ8A 1EAGA 1ZJ7A 2AQUA 2QK5A 2HB4A 2QU3A 5P4PA 2AOJA 2I0DA 4BELA 4Y3PA 5OZEA 5P3OA 2WJOA 5P1AA 5P6RA 3OQ7A 2FLEA 3PSUA 4BEKA 1GNOA 3DK1A 2PQZA 4ZPFA 3NU3A 3EKTA 5P40A 3VF7A 4N00A 4RCEA 4A6CA 3L5DA 4XX3A 5P6GA 5DGWA 5P47A 4DJXA 5P5OA 2G27A 1WBMA 2IGXA 5P2BA 2IKUA 1EPQE 2ZJHA 4FRIA 2BJUA 4Y41A 5P3TA 3SA4A 3UCBA 2AODA 5KOSA 2AOIA 4L6BA 1W50A 5P3AA 4PEPA 1XN3A 3O9FA 1YTHA 3S43B 4Y5BA 5DPZA 2ZJKA 4FGXA 1PFZA 3HAUA 5P17A 3TPLA 3ZLQA 5DQCA 5DQ1A 3H0BA 5CONA 4YDFA 5P7XA 1EPPE 4Y4UA 3SKGA 2Q15A 3EC0A 1XN2A 3BUFA 3CKTA 5P5TA 5F01A 4ZE6A 3EL1A 5P39A 5P7UA 5OYQA 5P08A 4Y53A 2B7ZA 4RVJA 4DQCA 4NPUA 4OD9B 1BWBA 4B77A 4I0GA 4TRYA 4TRZA 3LZUA 3OOTA 5P68A 5P32A 2ZHSA 4A4QA 1Q9PA 2EWYA 4CPWA 5P0EA 2PSGA 5DR4A 4Y54A 3IAWA 4L7JA 1T7KA 2ER9E 2HS1A 5P2QA 3QROA 3NDTA 3WZ8A 5P1XA 1DMPA 3LINA 1C6YA 3K1WA 3UDKA 2VJ7A 4Y3FA 1AIDA 3WB5A 5P7FA 3BXSA 4Y58A 1JLDA 1D4JA 4I0JA 1D4HA 2J9JB 5P4HA 2FXDA 4L1AB 5P0FA 3OQFA 3NWQA 2ZGAA 3HZCA 4J1FA 5P77A 1W5YA 2PSUA 5OZ4A 2QI5A 1TCXA 3Q6YA 2PYNA 2VNNA 4K9HA 3RVIA 4TRWA 5P1VA 1FQ4A 5JFUA 3GI5A 2B60A 5KR8A 4TVHA 3PM4A 3MXDA 5P8VA 3M9FA 3OK9A 5P6SA 2QZKA 1W5VA 5P48A 3S54A 4Y4GA 2I4DA 4CPXA 5P0YA 1BVGA 1FFIC 1MRXA 4X2LA 3SABA 5SXNA 1QDMA 2ZE1A 1BBSA 3ZKGA 3O9BA 4Q1YA 2IS0A 3PWRA 3I2LA 5P19A 5P4GA 5P5KA 4QJ2A 1C70A 3PLLA 3PCZA 1PROA 5OZKA 5P6XA 3SFCA 2NXLA 4Y5KA 4CPRA 3L5FA 4MC2A 2V11C 3VYDA 3KM4A 2OAHA 1DP5A 5EZXA 2QZXA 1EC2A 3TH9A 3SLZA 3DCRA 4U7VA 3OADB 5P04A 2G21A 3CKPA 5KR0A 4Y3EA 3VV7A 1B5FB 2P8HA 3S53A 2P3BB 1K6PA 2ZJNA 3TPRA 1M4HA 1SDTA 2ZHTA 4OBDA 5P6DA 2BB9A 2ER0E 3BC4A 2F3EA 3IXKA 5P3XA 3HVPA 2ZDZA 2OHNA 1UH8A 5AHBA 3SM2A 3O9LA 5P72A 4YE3A 4R91A 3S7MA 3OWNA 1YTJA 5HDZA 3WB4A 5P2MA 3G70A 3FSMA 1HPSA 1EC0A 2O4KA 5P38A 4FIVA 5P6CA 3SA6A 3LITA 4J1HA 5P46A 3OAGA 5P8AA 4LXKA 4ZEAA 4K8SA 5P5AA 1GVVA 1MSMA 3L59A 4CPUA 1A30A 4QJ8A 3FKTA 5P80A 2V10C 5OZYA 2QHYA 1Z1RA 5P3YA 2ZYEA 2AOHA 3L5CA 2AZ9A 1HVJA 1PSOE 5P02A 5P8HA 5P4RA 4LL3A 3I6OA 3GW5A 3VEUA 3EMYA 5DGUA 5P20A 4I8ZA 3KDBA 2ZHRA 1VIKA 2CEMA 3H5BA 5P58A 5P52A 1QBRA 4QJ7A 4WTUA 5P0OA 5P6TA 4R92A 4NJTA 3QBFA 5P1JA 3TNEA 4YA8A 1HEGE 5OZOA 5IS4A 3EL0A 1WBKA 5P3JA 4B05A 3OXWA 5P3PA 2WF4A 1K1TA 3S43A 3UQRA 5P4XA 4I1CA 3PBDA 3AUPA 1HVSA 2Q11A 3O9EA 4RCDA 3BUGA 3OU1B 5P2RA 3S2OA 4I0HA 3NXNA 4J17A 5OZCA 1FLHA 4NPTA 3T7PA 1SDVA 5P4VA 4PZXA 2FDEA 2G69A 3UQWA 5P67A 3L5BA 4K4RA 3KT5A 3LZSA 2OF0A 4OD9A 4BFDA 3NXEA 2VKMA 4Y3MA 2QAKA 1HXWA 2J9KA 1HTRB 4J1IA 5P5JA 1ZTZA 3KN0A 3EKYA 3G72A 2BPVA 3OXVA 1LEEA 5P83A 5P1SA 1B6LA 3INFA 5P6IA 5I70A 2QMFA 4FE6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLD A;  3ZKS A;  5P4E A;  3ZPT A;  3LZY A;  4ZPG A;  5OZX A;  3FNS A;  5P3L A;  5ISJ A;  2JXR A;  4J1K A;  1B6P A;  3OUD A;  5OYY A;  5P4M A;  5COK A;  2QMG A;  1AJX A;  5P7Q A;  1NPV A;  1EPO E;  4Z2Z A;  2OHL A;  5OZQ A;  3PGI A;  4D8C A;  4Y6M A;  4YD7 A;  3IVI A;  5P12 A;  3D3T A;  1W5W A;  3UQP A;  3LIY A;  5DR3 A;  1K2C A;  3RTH A;  3PMY A;  3T7X A;  5P8I A;  1FIV A;  1MT9 A;  5P4S A;  5T4S A;  5P56 A;  2OHT A;  3K4V C;  3K4V A;  5KQX A;  5P11 A;  5I3W A;  4EPJ A;  4AZY A;  1XL5 A;  5IE1 A;  1B5F A;  2SAM A;  1QBS A;  4GZF A;  4Y5E A;  1SMR A;  3DUY A;  4Y38 A;  1DAZ C;  5AHC A;  4Y45 A;  1ODY A;  2O4S A;  5P1G A;  5P00 A;  1ZAP A;  2FNS A;  5P2C A;  4YCK A;  5P1Y A;  5P26 A;  5P78 A;  1IZD A;  1HPO A;  1NSO A;  1B6K A;  3T3C A;  4CPT A;  2PWC A;  2G1N A;  5P6Q A;  1MEU A;  5JFP A;  2OHS A;  3UDP A;  3U6A A;  2G20 A;  1AJV A;  1QBU A;  1WKR A;  1FGC C;  5P76 A;  1A8G A;  5P4Q A;  3A2O A;  5P7Z A;  2R8N A;  3UDR A;  4B78 A;  3JW2 A;  2FGU A;  1PSA A;  3URL A;  5P7K A;  3IVH A;  5P8Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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