4MC9A

Hiv protease in complex with aa74
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc9A00
1SMEA 4FCOA 4OBFA 5OZGA 1LF2A 5P33A 5P4JA 3S45A 5SXNA 1FMUA 3NU4A 1BDRA 3PI0A 2BPWA 3PWRA 1CMSA 1HVSA 5P0CA 5P1UA 5IVRA 4ZEAA 3T6IA 4Q1WA 5P72A 4YCKA 4R93A 2QMFA 4OD9B 2V0ZC 3ER5E 4Y57A 5HVPA 2O4KA 1EBKC 3KN0A 5P7YA 3OU4B 4DJUA 5JFPA 2Q64A 5P2WA 3IXKA 3OXVA 4Z2ZA 5DGUA 2ZJHA 5P4IA 4Y51A 3QBHA 3R0YA 3SABA 3S7LA 1ZLFA 4FSEA 4LXMA 2G94A 5P3DA 1ZBGA 3T11A 3BVBA 5P2UA 4OBZA 2HAHA 3I6OA 3O9DA 3PHVA 1A9MA 5OYXA 5P4QA 3EMYA 1KJ4A 5P15A 3OQFA 3K4VC 5AGZA 1ME6A 5P3FA 4N00A 5P45A 1KJHA 1Z8CA 3BC4A 2I1AA 5P7XA 2VA7A 2HB4A 1K6TA 3HVGA 5P1ZA 1FKNA 4Y36A 1EPRE 5C9DA 1E82E 3R2FA 2WL0A 4PEPA 1TQFA 3KFPA 1G6LA 3FNSA 3PJ6A 4Y48A 4FL8A 5OZLA 5P0SA 4D83A 4YCYA 3FIVA 5HDUA 3EKYA 3OADA 1HIHA 2NNKA 5P01A 2O4NA 3QRMA 4BFDA 1LS5A 1W6IA 3HAUA 4J1EA 1XN2A 2QI0A 2Z54A 3RSVA 1GNNA 4PYVA 3BVAA 5P1LA 4J0VA 5OZVA 5P27A 5P8SA 4QJ2A 4X2LA 3PMYA 5E5KA 3UQWA 1W51A 5P3SA 1BXOA 1EBWA 5OZTA 4DQFA 3PLDA 3K1WA 5P1KA 1YTIA 3PBZA 4RRSA 5P5AA 3EKTA 5P8UA 5P1RA 2WEDA 1UPJA 3FKTA 2PQZA 3GGXA 3EC0A 4HDFA 2OHRA 2EWYA 1HPVA 2IGYA 3H0BA 4FM7A 4YD4A 5P4MA 4X7IA 2BPXA 2HM1A 3VV6A 4KUPA 5KQXA 1HEFE 2G21A 1T6GA 5P6XA 4QGIA 3NDWA 5P3CA 3PWWA 1LYBA 1SDVA 5P5UA 2P3BA 5P5MA 2QI4A 4TVGA 1T7KA 4CPRA 2MIPA 3PLLA 1MT7A 5P73A 2V10C 5P1HA 4Y4XA 1FQ5A 3RTHA 5P7OA 2G24A 1TCWA 3HVPA 3ZOVA 2IRZA 3L5EA 3R1GB 2WEBA 1F34A 4DJQA 5P56A 3SACA 3HW1A 1LYWB 1LYAA 2ZJIA 4GJ5A 3BHEA 4J55A 1MESA 2ER9E 5AH8A 1PPME 5P5RA 3UQPA 2FXDA 1Q9PA 2B60A 3PVKA 4EWOA 1FLHA 5P8OA 4R95A 2QD6A 5P3LA 2QI1A 1MVPA 1TCXA 2G69A 2JJIA 5SZ9A 2BPVA 4OC6B 3K5DA 4Y4ZA 1CZIE 5P4UA 5P1VA 1DMPA 5P5NA 5P0EA 4XXSA 5P3HA 5P6YA 4COEA 4QJ8A 5P5JA 4K8SA 4L7JA 3OQKA 4FSLA 2V11C 2Q54A 5P85A 4R5NA 1BVEA 2NPHA 5P67A 4YCTA 1T6EX 1U8GA 3GGUA 5P47A 2WF1A 3D91A 2HPEA 5P25A 9HVPA 3QRVA 1YM2A 5DPZA 4LP9A 1ZPAA 4Y47A 5ISKA 1GNOA 3EXOA 2Q55A 4M8YA 5P3YA 5B18A 2FDDA 3D1XA 3OXWA 3MSLA 1EC3A 5P4OA 3LPJA 2VIJA 1PSNA 2Q3KA 4FLGA 2G1OA 1D4HA 2QP8A 2J9JA 4I11A 4LHHA 5P29A 5UPJA 5J25A 5OZHA 2IDWA 1E5OE 3Q70A 5P0DA 5P4ZA 4ER2E 2VIEA 5OZUA 5P6VA 3TKGA 1ZP8A 4H3IA 3L5BA 3PSUA 5C9BA 5P2GA 3HD8A 1RPIA 2I4QA 1BDQA 2IEOA 3DOXA 5P34A 3PB5A 3UF3A 4Y38A 3EL5A 3IGBA 2G26A 5P5VA 4MC9A 4BFBA 4TVHA 3FX5A 5P5DA 3QPJA 4RCDA 3BRAA 5IVSA 4Y5LA 4I10A 2WJOA 5P4AA 5P1PA 5P03A 4B0QA 5P60A 1BV7A 1LEEA 1HVJA 3O9CA 1BILA 4RYCA 5P2EA 5P2LA 1IDBA 5OZDA 1PSOE 1UH7A 5P8KA 4ER4E 1SP5A 1OEXA 3VF5A 5AH6A 1XL2A 4FRJA 2UXZA 5P20A 3UFLA 5P7RA 1GNMA 4H3JA 5P6AA 4DJWA 2AZ8A 2V12C 4GIDA 3OUDA 4QJAA 3IA9A 4I8ZA 4YBFA 4KB9A 2XYEA 1G2KA 3PSGA 2BPYA 3ZKIA 4DQCA 2IGXA 5P7JA 3L59A 4MC6A 2RKFA 3ECGA 4Y5MA 3VYFA 5P46A 4ACUA 4A6CA 5HCOA 4OBZB 2R43A 5P0FA 1VIKA 4GJBA 5P7BA 2NMYA 3G6ZA 3MSJA 5P0WA 2HB2A 3OK9A 3S85A 5HDVA 5P32A 2NXMA 3UDQA 5ISJA 5P52A 5P00A 1EBZA 3UDKA 5SY2A 1QRPE 1FG6C 2OHMA 4HA5A 4D88A 3OOTA 5P07A 3KDBA 4Y4DA 1K6PA 5OYVA 2QHCA 5P7PA 5OZPA 3WSJA 3DM6A 4Y58A 2FDPA 3NSHA 1E80E 2IENA 3NUOA 5P40A 5P44A 4A4QA 2FGVA 1UH9A 4APRE 5P66A 3I7EA 5P17A 5F01A 4LXAA 1HHPA 5T4SA 4CPUA 5OZ8A 1QBUA 1HSGA 5P0UA 3I2LA 4J0ZA 4ZLSA 1D4SA 2R9BA 5OZAA 3OOZA 3KM4A 4Y3WA 1HRNA 1SIPA 3ZPTA 5P89A 1HXWA 1SH9A 4KE1A 5P7HA 3KT2A 5P0JA 3S7MA 2WF0A 3VSXA 2ZJJA 1ZPKA 5P1QA 5P05A 5P6CA 4DUSA 2ZJNA 4HVPA 1EPOE 3LNKA 3CKTA 2AZCA 3ZKQA 1XN3A 3CKPA 4Y5KA 2BB9A 4U7VA 5P2JA 4DI2A 4RROA 2NTRA 5P6JA 1HIVA 5P39A 3ZKNA 3INHA 2QI7A 5P3ZA 1LYBB 5COOA 5P51A 3WB4A 5HD0A 5P19A 3OGPA 4RVXA 1AVFA 1AM5A 1Z1HA 2OAHA 5P7QA 3PRSA 1HWRA 5P0HA 5P3IA 4GJ7A 5P4WA 3PWMA 1HPSA 4ZIPA 1FIVA 5P1MA 5P88A 5P36A 5P37A 5P8PA 3K4VA 5OZ6A 5HTZA 3URJA 5P3OA 3O9AA 5P5LA 1EPME 2WKZA 2RSPA 1XS7D 2R3WA 5P1BA 2WHHA 5P18A 1MRXA 4J1IA 1M0BA 5P11A 4EJDA 3TKWA 4ZSQA 5P7AA 2QZLA 3ZLQA 5P4FA 5P55A 4Q1XA 5P8CA 1MSNA 1HPXA 2PWRA 5P6MA 4AUCA 5P0VA 1MPPA 5P79A 5APRE 4B00A 4I0JA 5P0KA 4IVTA 1G35A 5IVQA 5P8NA 1LZQA 2QNNA 2F3KA 2RMPA 1HSHA 5AH7A 5P2CA 5P69A 4EXHA 4Y41A 1IZIA 3LZUA 5P5WA 1RL8A 4H3FA 4F75A 2FNTA 7HVPA 5P61A 5OZ1A 5P2IA 4B78A 1B5FB 3GI0A 3UDPA 5P4VA 4B1EA 5DQ5A 3TTPA 5OYTA 4Y4JA 4GJ8A 1B6KA 5P7IA 3EKWA 1PPKE 1B6LA 2WECA 4APEA 1AJVA 2WEAA 2OHUA 4EQJA 3O9FA 1GVUA 5P6KA 5HU0A 3DUYA 2Q15A 6UPJA 3O9LB 1F7AA 2B7FA 2OHQA 3WZ7A 4GMIA 4Y37A 2PK5A 5I3WA 5DQCA 3QP0A 2R5PA 5P4BA 3D1YA 3BGBA 4FAEA 5P62A 4DJYA 4J1FA 2QCIA 4ZE6A 1KZKA 3UQRA 2J9JB 5P0GA 2PSUA 5P3BA 5OZWA 2B8VA 4D8CA 5P5XA 3VF7A 5P3JA 2R8NA 3DV1A 5P5GA 4FRIA 3UDNA 3ZPSA 5P8GA 5P7TA 4QLHA 3GGVA 5P6FA 2BKTA 4ZSMA 5OZRA 2I0DA 3OY4A 3JW2A 5P1CA 2H6TA 4XX3A 3OUBA 4NJUA 4Y4AA 3S43A 1APTE 4EHCA 3NU5A 5P1OA 5P82A 4B77A 5E5JA 1XL5A 2VNNA 4ZSRA 5P8MA 3SLZA 2ZHRA 1J71A 4HE9A 1DW6C 5P2KA 5F00A 3B80A 2PC0A 4YD7A 4Y3DA 1A30A 5AHBA 5OZYA 5P6WA 5DR7A 1JLDA 2BJUA 1T7IA 5HE7A 1WKRA 1FQXA 5JFUA 1HSIA 1FQ7A 2F80A 3OAGA 2ZGAA 1MIQA 5P5BA 3K5FA 5P2NA 5P6NA 1MUIA 3VFBA 2ZHVA 1MEUA 4Y5AA 3EM3A 1BBSA 5COPA 1QBTA 4Y3RA 3S54A 3PCZA 5P3QA 1C6ZA 5P87A 5AHAA 4PHVA 1FEJC 3NYGA 2AOGA 3B7VA 3APRE 1K1UA 5P38A 3A2OA 1EEDP 5P8JA 1QS8A 1HTFA 3H5BA 3VFAA 2AZ9A 2QD7A 1W5WA 2G1NA 3C9XA 1HTGA 3L38A 5P2RA 2ZYEA 5P7KA 3TNEA 2JXRA 5IS4A 4F73A 3S53A 5P4KA 2ZJMA 5P4SA 3QS1A 5KOSA 3HBOA 3N4LA 1GVTA 3K5GA 5P59A 4F74A 5P6QA 5P14A 2R3TA 1C6YA 3O9IA 3OHHA 3BUGA 5OZXA 3CIDA 5P28A 1IBQA 3EL9A 4I12A 2QHYA 3OQAA 4RVIA 3RU1A 5P2SA 4GYEA 2F81A 1W5YA 2IS0A 5P1NA 3UDYA 2R38A 4Z50A 1W6HA 2QK5A 4Y3ZA 5OZFA 3HLOA 1TZSA 3VYDA 3RTNA 5P5IA 3S2OA 2AOIA 2HB3A 3ZKXA 3L5CA 5P1DA 2F3EA 5P65A 3L5FA 8HVPA 4Y9WA 1MRWA 3NLSA 2O40A 2VS2A 2UY0A 5P70A 5P7WA 4B72A 3TPRA 3TOFA 1XE5A 2WF2A 4LXKA 1WBMA 3BXSA 1PFZA 5P4HA 1TW7A 3OGQA 2QAKA 4DQHA 2CEJA 5OZBA 1LF3A 4YOBA 4RVJA 4XX4A 4EXGA 3PGIA 4EP3A 1FQ4A 5P6DA 5P6IA 4U8WA 4A6BA 5C9FA 3KFRA 3Q5HA 2PSVA 2I4DA 4J1HA 5PEPA 4L1AB 5P57A 4B1CA 2QZKA 4FRKA 1TSUA 3T3CA 2CEMA 4TRYA 3UPJA 4PPHA 3UHLA 5OZZA 5OZJA 2ASIA 4Y3XA 4Y4BA 4J0PA 3NWQA 4EJLA 1LV1A 5P0MA 4JECA 5P2ZA 2PMAA 5OZ3A 1YT9A 5P58A 4CPSA 1BV9A 5P0LA 5P81A 1BWAA 1HVHA 3TH9A 5P7ZA 2NNPA 2QD8A 4ZPFA 5HE4A 1AIDA 5P1FA 3D1ZA 4NPUA 3KA2A 4DPIA 2I4VA 3G70A 3HDKA 1ZAPA 2HS2A 4BEKA 5P3AA 2Z4OA 3OUCA 3ER3E 4JP9A 1D4KA 3MWSA 3JVYA 3L5DA 3OU4A 1BDLA 5P06A 3ZKSA 2ZDZA 1ZSRA 2ZHTA 4YBIA 5OZ2A 3TPJA 5P0QA 2SAMA 5OZKA 2ZHUA 5P3KA 4EYRA 4J0YA 5P2DA 5P4XA 3KMXA 1HVKA 4Y6MA 5P71A 2FGUA 5P7MA 3NR6A 5P83A 5P0BA 5P1IA 1M4HA 3KT5A 6APRE 1B11A 4MC1A 3OU3A 5P0AA 5P68A 4I0HA 4GZFA 1CPIA 4Q1NA 3Q4BA 1C70A 2F3FA 2Q5KA 3O9GA 5P0ZA 3TPPA 3R4BA 2AOCA 3GGAA 1D4LA 3OQDA 5P5YA 2JJJA 1IVPA 3LIVA 1HTRB 2OHLA 5P4YA 2OF0A 5OZIA 4FE6A 3CKRA 3LZSA 2ZJLA 5JODA 1K1TA 1W5XA 5P3PA 3BGCA 4Y5EA 1FMBA 4K4PA 3UDHA 4Y45A 1WBKA 3KF0A 5DR1A 6FIVA 4YD5A 1QBRA 1MERA 4CPQA 3LPIA 2QNQA 5P8IA 5P1GA 3T7XA 2O4LA 5OZ7A 5DQ4A 4OBHA 4TRWA 5IE1A 3UDMA 4HEGA 5OYYA 3VLBA 2FIVA 1PROA 3QROA 2CENA 1FG8C 2RKGA 5P2FA 3S43B 4R91A 4J5JA 3SA7A 1YX9A 3QIHA 4B1DA 1A8KA 4WY6A 4Y3GA 5KR1A 2G1SA 1BVGA 2OHKA 2ER6E 4NJSA 3MXEA 3CYWA 1SGUA 4RCEA 4GJAA 5P0OA 5ENMA 4RCFA 4Y53A 3OADB 4I8WA 5P7DA 5P84A 4Y3FA 2XFKA 2AVVA 5KR8A 3OTSA 5AH9A 5P7EA 3OAGB 2VA6A 1SDUA 5P80A 5P04A 3SO9A 5P8HA 3VF3A 2NXLA 1Z1RA 4Z4XA 3LIQA 5KQFA 2UPJA 2QI6A 4Y5CA 2Q63A 5P43A 3EM6A 5HE5A 3SPKA 2QHZA 3M9FA 4D85A 2PK6A 2B7ZA 4Q5MA 4Y3TA 3NUJA 1QBSA 3ZL7A 2WF3A 1W50A 2P8HA 5P5QA 2O4SA 3EKVA 3PI5A 4I0DA 1B6MA 3APPA 5KR2A 4YD3A 5P30A 5P5PA 1GVWA 3OU1A 3EKQA 4Y54A 5FIVA 4U7QA 3EL4A 3QBFA 2I4XA 2ZE1A 4ZPEA 4Y3QA 2OHTA 5P5SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SME A;  4FCO A;  4OBF A;  5OZG A;  1LF2 A;  5P33 A;  5P4J A;  3S45 A;  5SXN A;  1FMU A;  3NU4 A;  1BDR A;  3PI0 A;  2BPW A;  3PWR A;  1CMS A;  1HVS A;  5P0C A;  5P1U A;  5IVR A;  4ZEA A;  3T6I A;  4Q1W A;  5P72 A;  4YCK A;  4R93 A;  2QMF A;  4OD9 B;  2V0Z C;  3ER5 E;  4Y57 A;  5HVP A;  2O4K A;  1EBK C;  3KN0 A;  5P7Y A;  3OU4 B;  4DJU A;  5JFP A;  2Q64 A;  5P2W A;  3IXK A;  3OXV A;  4Z2Z A;  5DGU A;  2ZJH A;  5P4I A;  4Y51 A;  3QBH A;  3R0Y A;  3SAB A;  3S7L A;  1ZLF A;  4FSE A;  4LXM A;  2G94 A;  5P3D A;  1ZBG A;  3T11 A;  3BVB A;  5P2U A;  4OBZ A;  2HAH A;  3I6O A;  3O9D A;  3PHV A;  1A9M A;  5OYX A;  5P4Q A;  3EMY A;  1KJ4 A;  5P15 A;  3OQF A;  3K4V C;  5AGZ A;  1ME6 A;  5P3F A;  4N00 A;  5P45 A;  1KJH A;  1Z8C A;  3BC4 A;  2I1A A;  5P7X A;  2VA7 A;  2HB4 A;  1K6T A;  3HVG A;  5P1Z A;  1FKN A;  4Y36 A;  1EPR E;  5C9D A;  1E82 E;  3R2F A;  2WL0 A;  4PEP A;  1TQF A;  3KFP A;  1G6L A;  3FNS A;  3PJ6 A;  4Y48 A;  4FL8 A;  5OZL A;  5P0S A;  4D83 A;  4YCY A;  3FIV A;  5HDU A;  3EKY A;  3OAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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