4MC9A

Hiv protease in complex with aa74
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Optimization of Cyclic Sulfonamide based Novel HIV-1 Protease Inhibitors to Pico Molar Affinities guided by X-ray Crystallographic Analysis
doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4mc9A00
3QRSA 3FSMA 2B7FA 1BILA 4XXSA 2AOHA 1YT9A 5P7UA 1GNMA 5P50A 4QLHA 1TSUA 3MSLA 2AOCA 2IDWA 3SM1A 5HTZA 4GJ7A 4ER4E 1EPOE 4Y3HA 5OYYA 5COOA 4EXHA 1DAZC 2G27A 2QHCA 3PSGA 5P39A 5P6AA 2QMPA 4R92A 1PROA 5IS4A 3KMXA 5DR7A 5KQFA 5OZ2A 2AOGA 4Y3GA 2F80A 5P3DA 5P75A 2O4KA 3IA9A 1EC1A 1BDQA 3VYEA 4LXAA 5P4AA 3SA4A 4Y47A 2IKOA 1ODXA 1SH9A 1HXWA 5P6MA 4Q1NA 5P18A 2WECA 4XX3A 3T7QA 3D1XA 1KJGA 2ER6E 1LF4A 1SGUA 1VIJA 2Z54A 3SA6A 2HB2A 3QRMA 1FB7A 3QROA 2PQZA 3D20A 4MC2A 3T11A 4Y35A 4B70A 5P88A 3UCBA 5P16A 5P3NA 4R91A 3HAWA 3ZKGA 5P53A 5P8TA 5AHCA 4MC9A 1GKTA 4YBIA 1RQ9A 1E5OE 4A6CA 4AMTA 4EJKA 3K5CA 4Y9WA 3MSJA 1A8KA 5I3YA 5DR8A 5DR0A 3S43A 5P1YA 2WL0A 1QBRA 2VA5A 3OQKA 4Y4AA 3D91A 4J17A 3NXEA 5P3VA 4CPTA 4HLAA 5P5BA 3NSHA 2B8LA 3UQXA 5P7XA 2G20A 3PWMA 4Y5LA 5P8AA 2O4PA 3VF3A 1UPJA 1KJ7A 2QU3A 7HVPA 5P6XA 3URJA 5P71A 4APEA 4I0FA 5P0OA 5P6QA 5SZ9A 1XN3A 2XYEA 3TPJA 3KMYA 4ZSQA 4BELA 2V0ZC 1CPIA 5P4YA 2AVQA 1ZP8A 1APWE 5P22A 3G6ZA 3RTMA 1GVUA 1HEFE 3VSWA 4FSLA 1J71A 3UDRA 4QJAA 2QU2A 3A2OA 3OU4B 4F73A 1GNNA 5P5DA 2BJUA 3ZPTA 2A4FA 3GGXA 3ST5A 5P57A 3OU3A 3QVIA 1E82E 4DFGA 4CPQA 5P7MA 4DQBA 4YCYA 3BGBA 1ME6A 1B6JA 2IQGA 1MRWA 2Q5KA 3PJ6A 4EWOA 3OXVA 5P7OA 1SDUA 2BQVA 3OADB 1FQXA 1MEUA 2A1EA 5P35A 1T6EX 3RVIA 2IENA 4I10A 5BS4A 2HPFA 2G94A 1GVVA 1K2BA 1PPME 3PI5A 2IEOA 4CPWA 2BPYA 4Y41A 2VS2A 5P0YA 2I4WA 1AJXA 3BC4A 3PCZA 3SABA 2FDPA 2HS2A 4D85A 2Z4OA 3LNKA 3OTSA 5P5JA 1A94A 5P8FA 2R5PA 5IVSA 3IXJA 5P0TA 4F76A 5P6VA 2WF3A 4EXGA 3ZL7A 4EJ8A 3OOZA 4PEPA 5FIVA 4K9HA 3DK1A 3HVPA 3SPKA 1EBWA 5P2JA 2WF4A 1D4YA 2QZLA 5P0AA 3O9EA 4ZSMA 5P5QA 4Y3JA 4N00A 4GJBA 5OYUA 5P0RA 3UTLA 3KDDA 2R8NA 1BBSA 3OAGB 4YOAA 5OYWA 1B6LA 1JLDA 3NUJA 4Y4ZA 3SA9A 2PSUA 3URLA 4ZLSA 9HVPA 1IZDA 1BAIA 5P2TA 3HDKA 2ZJIA 3NLSA 3TL9A 1WBMA 4HVPA 4Y3RA 1NPWA 3SACA 2UXZA 5P0FA 2IS0A 5OYZA 5P8VA 2Q63A 5P4VA 3ZKNA 5J25A 4ACXA 5P5UA 1ZSFA 1EPQE 5P81A 3APRE 2AOEA 2Q15A 3O9IA 4OBGA 3PVKA 5I70A 1T7IA 5AH6A 1PSAA 5P4WA 5P10A 4YD4A 3QRVA 3HD8A 3S85A 1EAGA 3OXXA 3EC0A 4I0IA 5P7TA 4Y4BA 1RV7A 4YDFA 1C6YA 1SBGA 4GJ5A 5P33A 5P6UA 4D89A 1HSGA 4I8ZA 5P73A 1HPOA 5F01A 3L5FA 3QPJA 3GI0A 3T3CA 2QD6A 5P46A 3PEPA 1ZPAA 4I0EA 2QMDA 5I3VA 4L7JA 1FQ6A 1APVE 5P1DA 4DH6A 5P3LA 5P6NA 2P3AA 2QHZA 3C9XA 5P6PA 4YE3A 5P36A 3OQ7A 5P3SA 4J0PA 5P1FA 4NPUA 5P0GA 1OEWA 5JFPA 2V13A 2G1YA 3DV1A 2G1SA 3RU1A 1HPSA 5P3KA 3NDUA 2Q55A 3K1WA 3LIXA 5P3XA 1D4IA 3N4LA 5BRYA 4Y3WA 2BKTA 3GI6A 5OZHA 5HVPA 5OZCA 3OUDA 4FS4A 1TCWA 8HVPA 5P0HA 4Y37A 2O4NA 5P3EA 3Q70A 4HEGA 5P3RA 2P3DA 4L6BA 4Y3FA 2ZHUA 3OU1A 4Z4XA 2ZJNA 5P49A 2FNTA 4KE1A 5P4FA 4I8WA 3KFNA 4Y5CA 5B18A 1K6PA 1FQ7A 1AZ5A 5OZNA 1B6KA 5P6ZA 1DMPA 1G0VA 3NYGA 5P4SA 2CEJA 4Y5EA 2APRA 3I8WA 5P4GA 2AVVA 5HU1A 4M8YA 4WTUA 1FF0C 5P6TA 3KFRA 5OZPA 3G70A 4JECA 2PMAA 4DJQA 5P4KA 5ISJA 3OWNA 4B1DA 2ER0E 3EM3A 2G26A 3KFPA 4E43A 1FKNA 3NU9A 4GJ9A 4H3GA 5P43A 3FX5A 5P7KA 4Y54A 3QVCA 4I0DA 3RSXA 4DUSA 5OZDA 1MVPA 3AUPA 2QD7A 3UDMA 2V16C 5IVRA 5OZ9A 1FFIC 5HE5A 4Y3MA 4Y58A 3LIVA 4Y5MA 5P62A 1NH0A 1HTFA 2ZJLA 5OZYA 3O9FA 1ZBGA 4H1EA 1LZQA 4EP2A 5P6SA 2PK5A 2QP8A 1EPME 3CYXA 5P4ZA 3PMYA 4RROA 1QS8A 3U71A 1EBZA 4Y51A 4M8XA 2OHMA 2B42A 5P6HA 3VV8A 1GVWA 5P0KA 4EJLA 1W6IA 3LZUA 3EMYA 5OZSA 3R0WA 1HVJA 5P8IA 1A30A 2R5QA 2NNKA 1E81E 5P67A 5OZ4A 2QI5A 3VEUA 5P4CA 5P23A 5P8HA 2ZGAA 4RLDA 1YM2A 1VIKA 3VSXA 5P0CA 2QI3A 3NUOA 4Y38A 4U7VA 4RYGA 4J1FA 5HCTA 2QNNA 4Q1WA 3TOFA 1K1UA 4BFBA 3ZKIA 4XX4A 5P08A 1MIQA 2NMZA 2QZKA 3T6IA 5P6GA 4NJVA 2FXEA 1ZTZA 1OD1A 5P06A 4R5NA 5P1AA 5OYSA 4CPRA 4UPJA 3UDJA 2OHRA 2PYNA 1D4LA 4DQCA 1XL2A 5P4TA 3VLBA 2FXDA 2P8HA 4J0YA 5SY2A 4XKXA 4DQGA 3UQPA 2OHKA 4NJUA 3OU4A 3HW1A 3LZSA 4ZPEA 5P0WA 2O4SA 5P3FA 4QJ2A 5HD0A 5P55A 1HHPA 2OHQA 5OZ3A 2FLEA 2VIZA 3OUDB 5P58A 5P2MA 5P13A 4AA8A 1Q9PA 1RNEA 1F7AA 3OADA 5P2OA 3LITA 2B7ZA 3PI0A 3PLDA 5OZ5A 5P0ZA 5AHAA 5AHBA 3DJKA 3OU1B 4DQFA 1SIPA 3PBZA 5OZGA 1FGCC 1ODWA 5P2LA 3GGAA 3UQWA 5P6OA 5P8MA 1EBYA 3IXOA 3O9HA 3LPKA 2AVOA 3KM4A 4Y5KA 5P2AA 2BPZA 3S45A 4Z2ZA 4GMIA 4GJAA 4I0ZA 4RYCA 5E5KA 2BKSA 1K6VA 5P2HA 4F74A 3QAAA 5P5MA 3PB5A 3CIDA 5P4UA 5SY3A 2ZJHA 1LS5A 5P7SA 5P4HA 4K4QA 1PSNA 3BGCA 1OEXA 3UPJA 3IGBA 3SA8A 2ZHSA 3EL5A 3SA3A 1SMEA 5P00A 5P5LA 3D1YA 3EL9A 5P3ZA 1AXAA 3OAGA 1GNOA 4J0TA 3GI4A 3KT5A 4OBKA 1LYWB 5OZTA 4R95A 2WHHA 3TPRA 5P8NA 3O99A 5OZQA 3UF3A 3OGQA 5P7ZA 2AZCA 5P4QA 6APRE 3TLHA 4I11A 4FLGA 4KUPA 2RKGA 4YA8A 2AVSA 3NWQA 4Y5GA 5P8OA 4J54A 4FSEA 1C6ZA 3ZOVA 3PM4A 1FMBA 3WZ6A 3HAUA 1RL8A 4YBFA 5KQZA 3QN8A 2H6SA 1K2CA 2CENA 4LP9A 1WBKA 3PBDA 5DQ2A 3NU3A 3SAAA 5OZRA 2AZBA 3O9DA 2P3CA 1QDMA 1FIVA 4EJDA 5P5EA 5P86A 1ZLFA 5P6CA 1BWBA 5P3AA 2NXMA 2ER7E 4Q1YA 3SA7A 4B0QA 2ER9E 2QAKA 2WKZA 5P5HA 2NR6A 5AGZA 4ZPGA 3NU4A 3O9AA 5HE4A 3BXRA 5EZXA 5P3PA 5P28A 5EZZA 4MC6A 2P3BB 1QRPE 5OZ1A 4FCOA 5P83A 5OZIA 3VF7A 5P1PA 3VYFA 1EC0A 1Z1RA 5P4JA 5P01A 2AVMA 4PZXA 1HVIA 2XYFA 2WEAA 5APRE 1BDRA 2QI0A 4Y53A 2PH8A 3L5DA 1SP5A 4DJVA 5KR8A 4LHHA 4DJWA 5P7GA 1NPVA 5P1XA 3O9GA 4Y3EA 2AOIA 5P4EA 5P27A 1NPAA 5OZXA 5P7IA 4BFDA 1FMXA 1ZSRA 5P0MA 2RSPA 4LBTA 3NDWA 3B80A 4DPFA 5OZJA 1META 1SMRA 1U8GA 3MXEA 5P2IA 2B8VA 6UPJA 2I4DA 1ENTE 2OHUA 4Y36A 3INDA 5P79A 4LL3A 4Y4GA 4GJ8A 5DQ5A 1EBKC 2VJ6A 2BBBA 5PEPA 5P4IA 4DJUA 1M0BA 1G6LA 5P3HA 4GZFA 3S7MA 3UDYA 5P5PA 3EBZA 1UH9A 2VNMA 5P8JA 5P5ZA 2ANLA 2XFIA 5P0NA 4CKUA 3CIBA 1CZIE 3SQFA 4J1KA 5P4RA 1T6GA 5P59A 5P4MA 1N49A 2G1RA 3FKTA 2VIYA 5P51A 3HZCA 1HVCA 3HLOA 4LXMA 5OZUA 3MWSA 3L58A 4Q5MA 1HIVA 2VNNA 2R38A 4Q1XA 4HDPA 3UFNA 2QI4A 3D3TA 5UPJA 1C70A 4DJRA 5P3WA 1A8GA 1B5FB 5P74A 5ER2E 5OZ6A 3BUFA 5DQ1A 3GGVA 4FRSA 3G72A 4CPUA 1SDTA 1BV7A 1BV9A 3U6AA 5JODA 2FGVA 2R43A 6FIVA 5P64A 3PWRA 4ER1E 5P8EA 3PCWA 1W51A 5P45A 5E5JA 5OZFA 3EKWA 5P1EA 5P89A 5P8DA 4L7GA 5P30A 3DM6A 3F9QA 3S56A 3D1ZA 5P5FA 4RZ1A 1C6XA 3LIYA 3B7VA 5P11A 5OZLA 2R3WA 3Q6YA 2I4VA 4DJYA 2J9JA 3KT2A 3R0YA 2IL2A 3R1GB 3BVAA 3NU5A 1HWRA 4H3FA 3I6OA 1EPRE 3UDQA 3MXDA 5P8RA 1ER8E 3BUGA 1DW6C 2WEZA 2FGUA 3IN4A 4Y3AA 5P44A 5P8LA 3ER3E 5P0SA 1IZEA 3OTYA 5P29A 2BB9A 4K8SA 5P2BA 4Y6MA 3TOHA 4DJPA 5P40A 1IBQA 3I25A 1FQ8A 3PSUA 4MC1A 4QJ8A 4KB9A 4PYVA 2NXLA 4J55A 1XE5A 1DIFA 1HRNA 1IVQA 5COKA 3TKGA 1YTGA 2ASIA 5JG1A 2PC0A 4Y3TA 2AZ9A 4FAFA 4ZSRA 4EYRA 4J0VA 2Q11A 5P5OA 3URIA 3VCMA 4YDGA 5P0JA 1NSOA 5P07A 2JYSA 5P1WA 3ZPSA 4TVGA 2ZJMA 4B1CA 5HE7A 4NJSA 2HAHA 4FM8A 3FV3A 5P4OA 1QBUA 5P3JA 2OAHA 1W5WA 4J1IA 5P09A 5P85A 3TPPA 2FNSA 5P7QA 5P0BA 1E80E 5KR2A 5DGUA 2I0AA 3UQRA 3EKXA 1XDHA 3PRSA 2I4QA 1HSHA 4Y4EA 1LF2A 3OQAA 4I12A 4DI2A 5P2NA 5KR0A 4OD9B 1TCXA 5P15A 5BWYA 2NPHA 5KOQA 4Y48A 5AH9A 2NTRA 4OBZB 2OF0A 4Y44A 2I4XA 1IDAA 4PHVA 4FRKA 4Y3QA 4ZSPA 5P05A 4YHQA 5DQCA 3SKFA 5OZWA 4NPTA 3CICA 1D4HA 4QJ7A 4Y5BA 2QI6A 1LYWA 2PK6A 1EC2A 1YTIA 1HXBA 2VIEA 3JW2A 3UDHA 1ZAPA 5P5IA 2UPJA 3DUYA 5P8QA 3L5BA 5P1UA 4B00A 1MTRA 3KF0A 2MIPA 4U8WA 5P0XA 3LIQA 3EKQA 2SAMA 2VKMA 5P2KA 5P5RA 4D8CA 2VA7A 4GIDA 3LZVA 1ZJ7A 4FGXA 3INHA 3INFA 5P04A 1M4HA 3O9CA 5P7PA 3SA5A 2PSGA 3OXCA 4AUCA 1B6MA 1PFZA 1SDVA 5HDZA 4OBJA 4YD5A 5P82A 5P1QA 3VV6A 1IDBA 1G35A 4JPEA 5P4PA 5P2YA 1HTRB 1IZIA 5DQ4A 2AQUA 5ISKA 4B77A 1D4SA 4RCDA 4EPJA 4A4QA 3QI1A 4Y3LA 2HPEA 5P3YA 3BVBA 4DVFA 1W5VA 3OHFA 2WJOA 2H6TA 5C9BA 4ACUA 3TNEA 1K6CA 4Y45A 3UDNA 2EWYA 5P6BA 4WY6A 1SIVA 1TW7A 3VYDA 4QJ9A 4X7IA 2P3BA 4Y56A 3UQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QRS A;  3FSM A;  2B7F A;  1BIL A;  4XXS A;  2AOH A;  1YT9 A;  5P7U A;  1GNM A;  5P50 A;  4QLH A;  1TSU A;  3MSL A;  2AOC A;  2IDW A;  3SM1 A;  5HTZ A;  4GJ7 A;  4ER4 E;  1EPO E;  4Y3H A;  5OYY A;  5COO A;  4EXH A;  1DAZ C;  2G27 A;  2QHC A;  3PSG A;  5P39 A;  5P6A A;  2QMP A;  4R92 A;  1PRO A;  5IS4 A;  3KMX A;  5DR7 A;  5KQF A;  5OZ2 A;  2AOG A;  4Y3G A;  2F80 A;  5P3D A;  5P75 A;  2O4K A;  3IA9 A;  1EC1 A;  1BDQ A;  3VYE A;  4LXA A;  5P4A A;  3SA4 A;  4Y47 A;  2IKO A;  1ODX A;  1SH9 A;  1HXW A;  5P6M A;  4Q1N A;  5P18 A;  2WEC A;  4XX3 A;  3T7Q A;  3D1X A;  1KJG A;  2ER6 E;  1LF4 A;  1SGU A;  1VIJ A;  2Z54 A;  3SA6 A;  2HB2 A;  3QRM A;  1FB7 A;  3QRO A;  2PQZ A;  3D20 A;  4MC2 A;  3T11 A;  4Y35 A;  4B70 A;  5P88 A;  3UCB A;  5P16 A;  5P3N A;  4R91 A;  3HAW A;  3ZKG A;  5P53 A;  5P8T A;  5AHC A;  4MC9 A;  1GKT A;  4YBI A;  1RQ9 A;  1E5O E;  4A6C A;  4AMT A;  4EJK A;  3K5C A;  4Y9W A;  3MSJ A;  1A8K A;  5I3Y A;  5DR8 A;  5DR0 A;  3S43 A;  5P1Y A;  2WL0 A;  1QBR A;  2VA5 A;  3OQK A;  4Y4A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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