4NJVA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with ritonavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGFTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A Conserved Hydrogen-Bonding Network of P2 bis-Tetrahydrofuran-Containing HIV-1 Protease Inhibitors (PIs) with a Protease Active-Site Amino Acid Backbone Aids in Their Activity against PI-Resistant HIV.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4njvA00
4CKUA 4OBHA 2PSGA 3NU3A 2VA6A 2NPHA 5P0ZA 4NKKA 4MC6A 1B6MA 5OZ1A 3O9IA 5P3KA 1EPOE 2ZHVA 4COEA 2CEMA 1XE6A 3DUYA 3MXEA 4J1FA 2AVVA 5I3YA 3NWQA 5P5BA 5P8UA 3SFCA 3ZOVA 4RGHA 2ZYEA 5P4RA 4QJAA 3PLDA 3WZ7A 4JPCA 5P25A 5P41A 4LHHA 4QJ9A 5P07A 1QS8A 5P6KA 5P0YA 3TPJA 5P0CA 3NXNA 5P2RA 5P4UA 3BVAA 2IQGA 4Y58A 3VG1A 4RYGA 5IE1A 3FNUA 5F00A 5P8RA 1HSIA 4ZSMA 4DJOA 2ER9E 3UQPA 4TVHA 2G26A 5P7HA 4RRSA 5SY2A 2FLEA 2OHUA 4J17A 4GJ9A 3RTMA 3SKFA 1A8KA 3QPJA 2NXDA 3OU3A 4PEPA 2G94A 4I0JA 6UPJA 4Y5NA 3I7EA 1MSNA 1LYAB 5P5MA 4CMSA 1IZEA 4FM8A 5OYZA 5P2GA 2B7FA 5P6VA 5C9DA 4NJTA 5P5DA 3RTNA 5OZYA 3UDYA 2Q64A 4APRE 2R9BA 3OXVA 4H3GA 5COPA 4ZIPA 1HPVA 1HVLA 3EM6A 1SDVA 5P17A 3ER5E 1MUIA 2G1OA 5P34A 1AAQA 1GKTA 2NR6A 4Y56A 3GI5A 1B6JA 1BBSA 3TKWA 5P8DA 4NPTA 4FM6A 2OAHA 3OADA 3TNEA 3OUAA 5P4GA 3EM4A 4PZWA 2QMFA 4RYCA 3JVYA 1MT9A 4Y35A 2AOEA 4Y57A 4ZLSA 5P1TA 5KAOA 4H3FA 4B72A 2FIVA 2HB2A 2O4PA 3DV1A 3R4BA 3FX5A 2PQZA 5DGWA 3NLSA 4Y39A 1FB7A 1NPVA 4OBJA 4J1IA 4OBZB 3PMYA 3PWWA 3VYEA 1YT9A 2O4SA 4FRSA 5P8MA 3UQXA 2IKUA 7UPJA 4TRZA 5C9BA 1PSNA 4I0GA 1SBGA 3DCKA 1YX9A 2PWRA 5SZ9A 1WBKA 5P7ZA 1Z1HA 5P15A 1YG9A 1G35A 5P0UA 5P83A 1TCXA 5OZZA 4OBDA 5P56A 2WF2A 3INFA 5P7NA 1EPNE 3ZKXA 4EYRA 5P52A 5OZ8A 2P8HA 2VA5A 2AOIA 3ZKMA 4NJSA 1G2KA 4Q1YA 4YBIA 3ZPUA 1UPJA 3GGXA 1OHRA 2FMBA 4R92A 3PBDA 4I8WA 4Y3ZA 2IDWA 2Z54A 5HU1A 3VYDA 5P1GA 3ZLQA 4TRWA 3FIVA 3G70A 1AZ5A 4EJDA 5HDXA 1RPIA 3VF3A 3S85A 1PPME 3UQUA 4HEGA 4PHVA 3APRE 3GI0A 5P6HA 3D1YA 3O9BA 1D4YA 1FMUA 3QIHA 5P47A 5P2HA 4QJ2A 1MEUA 5P4PA 2I4WA 1FMBA 2O4LA 3UDKA 5DQ1A 4L6BA 4DUSA 5P0OA 2R8NA 3U7SA 5P5PA 4LC7A 4YD4A 3D91A 2F8GA 3ZKSA 5P3NA 3TPLA 3NDWA 5P0BA 2AVMA 4J54A 4Y43A 5P3RA 5P6CA 4RVIA 5COOA 5P0PA 5HDZA 1E82E 1QBUA 5OZCA 3FNTA 1TW7A 3UFLA 3L59A 5P12A 5OYWA 4DQFA 5P5AA 3OXWA 2WHHA 4Y5BA 4Y3EA 2OHRA 2QD8A 5P81A 3K1WA 5P6PA 3GI4A 4APEA 3GI6A 5P1YA 4DH6A 3NXEA 1XN3A 1K6VA 2UY0A 2FS4A 4UPJA 2ZHRA 1APWE 4YA8A 5P2AA 3GGVA 4Y4UA 3O9DA 2B8LA 3L38A 1FEJC 4MC2A 5P4ZA 2I0DA 2WEZA 4BFBA 3LPJA 3ST5A 4DJXA 1IDBA 3OAGA 4Y47A 4GJDA 3SM2A 1B6KA 1YTIA 2HIZA 4RCEA 2ZHTA 3UQRA 5KR1A 4KE1A 2WF4A 5P4JA 2JYSA 3CMSA 3EXOA 3LPIA 3TOGA 3OQDA 2QMPA 5KOQA 4YD6A 3S56A 3UDQA 3EKPA 4B05A 5HD0A 4RVJA 4I0IA 4FIVA 3VUCA 3S7MA 4GB2A 3O9EA 2QI7A 5P5FA 3IN4A 2QZWA 5P1MA 4ZPGA 5P5OA 3OK9A 4YD3A 3F9QA 3HBOA 1AJXA 2IGXA 5DR4A 4A4QA 3TLHA 3QROA 4L7GA 4Y4ZA 5P5LA 3OUDA 3SA8A 5DR3A 4Y3GA 1XL2A 3LIVA 1SMRA 3TPPA 1MT7A 1OEXA 3S53A 2VIZA 2A1EA 1EAGA 1XN2A 2AODA 1EBYA 4XX3A 2IL2A 5DR8A 5HCOA 1SP5A 5P3QA 5P6LA 4CPWA 4ZE6A 4RCDA 5SY3A 5P2YA 1NPAA 5P8GA 4AA8A 2FGVA 3WB4A 5P1ZA 4CPUA 3PJ6A 5KR8A 2VS2A 2WEAA 1AVFA 5P3JA 5P3PA 4DV9A 5P18A 5AH6A 5OZWA 4Y3RA 5P86A 1FQ7A 1OD1A 1Q9PA 8HVPA 3OUBA 2EWYA 3UDNA 4EP3A 4K9HA 3LIQA 1FQXA 1M0BA 2F3KA 3OU1A 1FG8C 2PYNA 3ER3E 2J9JA 2HM1A 4Y3XA 1EPRE 4DQHA 3I6OA 3NWXA 4FS4A 2RSPA 5P7YA 4DPFA 2V12C 5BS4A 5P5UA 1K6PA 1FKNA 3LINA 1F7AA 4U7VA 1GNNA 2OHKA 3DCRA 4I0ZA 5OZGA 5P2EA 5P2NA 5P7OA 2NNKA 5P6NA 2P4JA 5DR0A 4YBFA 3NR6A 3VLBA 3A2OA 4DJUA 5P6ZA 5P6WA 4BELA 5P43A 5ISJA 5OYTA 1W51A 5P11A 5P5WA 4B1EA 5P7AA 1HHPA 5P77A 2F3FA 2QCIA 3RTHA 3EBZA 1EC3A 2QU2A 5P1SA 1MT8A 5P4CA 1HRNA 4Y3JA 5OZQA 5P4XA 5OZHA 3OWNA 1HXWA 5P8PA 2AZ9A 3HAWA 1HVJA 1PFZA 5P76A 4EJKA 5P7TA 5P8LA 5P78A 2BKTA 4Q5MA 3SQFA 2FXEA 1E80E 4I11A 2ZJLA 1KJ7A 3S8IA 3KF0A 1GVUA 1DPJA 3EMYA 5P0QA 5P0WA 3LNKA 5P5NA 1YTJA 3ECGA 5P3TA 2HPEA 5P50A 4DJWA 4Y4AA 4Y3MA 5FIVA 2QZXA 3K5FA 3NUOA 4LBTA 4FL8A 1Z8CA 5P71A 3NU9A 5P5RA 1FMXA 5P54A 2Q15A 7HVPA 5P2LA 4DVFA 4LXAA 5OZMA 3PB5A 4Y4GA 5P8AA 2Q3KA 4HDFA 4IVTA 4ZSQA 5P70A 2HS2A 5P6AA 4D88A 2FDDA 2AVOA 1A94A 4TVGA 3JVWA 1Z1RA 3L5CA 3K4VA 3TOHA 3S2OA 1ODXA 4J1KA 5P87A 3SA7A 3EKXA 5P1EA 4I0HA 4QJ7A 2VJ9A 1IBQA 5P8EA 5J25A 5HCTA 5P2CA 3KFSA 4Y6MA 1UH9A 5P60A 3VV7A 3CIBA 3NDTA 2B8VA 3VCMA 4AZYA 4Y4WA 1UH8A 2QI4A 4EJLA 2G20A 1HTEA 5P26A 4XXSA 1J71A 2XFKA 3HD8A 2ER6E 3N3IA 3T11A 3UTLA 5P0EA 3EKVA 3BC4A 5P59A 5P6RA 5P8IA 3UFNA 2P3AA 2RKFA 5OZ2A 1KJ4A 3URJA 3QBFA 1HVHA 1MRWA 3OQFA 4I0DA 5JG1A 1HIHA 5P06A 1HBVA 4OBZA 3VV6A 4J5JA 4Y3DA 5P3YA 2QMDA 3OXCA 5HE5A 2I4QA 1T7JA 3PLLA 3R1GB 3BRAA 3GGAA 5P39A 5P3VA 5P7VA 5P3GA 5P1NA 1PSAA 2AOJA 4DQBA 5P23A 3WSJA 2QI3A 2ZJJA 3QRMA 1N49A 3ZPTA 5E5KA 2P3BB 3SACA 5P2DA 5P27A 1RV7A 3Q3TA 2OHNA 2NXLA 2PSUA 5KOSA 5CONA 5I70A 4RCFA 4J0ZA 2IKOA 1GVWA 5OZDA 4ER4E 4Y54A 1JLDA 5P6IA 5HU0A 4RLDA 5P30A 3VV8A 5P3OA 5P5HA 5P7JA 3EL1A 1HTGA 3K5CA 5JODA 4Y5MA 1EEDP 1ENTE 2QHZA 1EBWA 3PCZA 4DJPA 2QNPA 3EKQA 4D83A 3SA5A 4YHQA 4GJ7A 3IGBA 5P6FA 3TPRA 2OHQA 4FGXA 1XS7D 2AZCA 1SIVA 2QI1A 1RL8A 1FLHA 5P6XA 5EZZA 3HLOA 2IS0A 4YCYA 5HVPA 4GYEA 5DQCA 4Y5PA 5IVQA 4LXKA 1ZAPA 5P5YA 3NDXA 5ENKA 5AHBA 4ACUA 1APUE 5P0MA 1C6ZA 4B0QA 5P16A 2G27A 5OYUA 3QRVA 4FAEA 3ZKIA 5P09A 2ZDZA 5P61A 4GJCA 5P33A 5AHCA 4Y9WA 3SA9A 3LPKA 4GJAA 1W5YA 4RRNA 4GJ8A 4Y5AA 1MVPA 3H0BA 5P2ZA 3MSLA 3Q5HA 5P73A 3QP0A 4JPEA 1GVTA 4KE0A 3KYRA 3CIDA 3LIXA 5HDVA 1PPKE 3PWMA 5P1DA 1LF3A 5P04A 2AOFA 1W50A 3UDJA 3PVKA 4I8ZA 2BPZA 5P5CA 5OZTA 4EQ0A 2ANLA 2QI0A 1G0VA 5OYVA 5P2FA 1TSQA 2AQUA 3OXXA 4Y36A 5P4HA 2OHPA 3FNSA 1G6LA 5DGUA 5IVRA 3PSUA 5AGZA 5P1BA 4YD7A 1ZPAA 1APVE 3O9LA 5OZOA 1BVEA 4NJVA 3HVGA 1LYBB 5P22A 4Y38A 4ZPEA 3AUPA 4H1EA 2FXDA 5P3XA 4Y3FA 2QD6A 5P74A 2V0ZC 1HIVA 4EQJA 3LITA 3IAWA 5OZ0A 4Y48A 4DPIA 1BV9A 4Y4DA 1AIDA 2FDEA 3L3AA 3AIDA 5P1KA 3FSMA 3BXSA 3CKPA 3KFPA 5P7IA 2V13A 1FIVA 3BUGA 5P6TA 2HB3A 4Z22A 5P3CA 3RVIA 1META 5P1RA 5OZRA 2AZBA 2VIJA 5P3ZA 5P5QA 1SDUA 4F74A 4FLGA 5P4WA 5P88A 5OYQA 5P5KA 3Q4BA 4Y4TA 4Y50A 4B78A 3BGCA 3L5BA 4K4QA 3VSWA 4I0FA 4A6CA 2I1AA 3T7PA 1ZP8A 5P0KA 5P0RA 2ZE1A 2I4DA 5P6UA 4Y3HA 3BUFA 3EM3A 5P72A 3VF7A 5P80A 1SIPA 5P1FA 4HLAA 4I0EA 2F80A 3Q6YA 2FDPA 5P1VA 2JJIA 4ZPFA 2BPYA 3U6AA 4R91A 2ZJIA 1HEGE 1T7KA 4S1GA 4R95A 2OHTA 1M4HA 2WECA 4OBFA 4L1AB 5P31A 3OU4A 2WL0A 3LZYA 5P0NA 1ZJ7A 1HVCA 3O9HA 2HC0A 1B6LA 3UCBA 5DR7A 1QBSA 4GZFA 3UPJA 4EHCA 6APRE 1YTGA 2XFIA 3O9LB 2O40A 4DFGA 4AMTA 3HZCA 5BWYA 5P5XA 4Y3NA 1HVRA 3QVIA 4D89A 1BAIA 4D85A 4EPJA 3EL5A 2HS1A 5P05A 4LXMA 5OZUA 4QJ8A 5P46A 3S54A 3GGUA 3ZMGA 2ZHSA 5C9FA 3HAUA 3ZL7A 5KR0A 5P7MA 2FGUA 2QI5A 3D20A 4F75A 5OYRA 2V16C 2F3EA 1GNMA 5HE4A 2VIEA 2QD7A 5E5JA 2WF1A 1HIIA 2AVQA 4D8CA 1T6EX 1GVVA 1MSMA 4Y4JA 1A8GA 3N4LA 2QI6A 5OZLA 5P13A 4ACXA 2BBBA 2ZJNA 3R0YA 4GJ5A 3INHA 5P4OA 3PGIA 1MESA 3MWSA 5P7XA 2G1NA 4Y3PA 4FE6A 4H3JA 3OOTA 3DOXA 2ZJHA 4I12A 1TZSA 3OHFA 4Z2ZA 2RENA 1K1UA 3VEUA 1D4IA 5P8BA 2FNTA 5OZEA 3NU6A 4K8SA 3VSXA 5P1AA 4IVSA 5P00A 2NMYA 2CEJA 3PHVA 1CMSA 3OU4B 3SAAA 1EC0A 1KJFA 4YOBA 4CP7A 1BV7A 2P3DA 5IS4A 4KB9A 5P5EA 3ZKNA 4N00A 2G1SA 2BPWA 1FQ6A 2RKGA 1LEEA 3SA4A 5P0XA 5P5IA 3UDPA 2XFJA 3R2FA 5P1JA 5P7PA 1K1TA 3OHHA 4FRKA 4QJ6A 4TRYA 5P0FA 5P36A 3G6ZA 5ER1E 5P2UA 1IDAA 3NSHA 1F34A 2AIDA 1TQFA 5P28A 3UDHA 1VIJA 4J1CA 4Y3TA 3TH9A 5OZPA 5P4IA 5P48A 2VJ7A 1PPLE 3SO9A 1LF4A 3O9CA 4H3IA 1ZLFA 3D1XA 1BILA 5HDUA 3CYWA 4CPRA 4R8YA 4DI2A 2AVSA 3O9AA 3T7QA 2WF0A 3OUCA 3SPKA 3LIZA 4GJBA 4U7QA 3TOFA 3B7VA 5P3AA 5P4YA 2NMZA 3H5BA 4EXGA 5P3FA 4AA9A 4PYVA 3QN8A 2OF0A 1FFFC 4ZSRA 1IVQA 1IZDA 1FG6C 3D1ZA 4L7JA 5P7QA 1MPPA 2V00A 5KQZA 5P58A 5P6QA 5P4TA 3PBZA 2P3BA 5P8VA 2UXZA 2VA7A 3C9XA 3EL4A 4OD9B 3IN3A 4U8WA 1CZIE 3SKGA 4FAFA 4Y3WA 5P0TA 5P8SA 5OZ5A 6FIVA 1B11A 5P0JA 3KN0A 3NYGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CKU A;  4OBH A;  2PSG A;  3NU3 A;  2VA6 A;  2NPH A;  5P0Z A;  4NKK A;  4MC6 A;  1B6M A;  5OZ1 A;  3O9I A;  5P3K A;  1EPO E;  2ZHV A;  4COE A;  2CEM A;  1XE6 A;  3DUY A;  3MXE A;  4J1F A;  2AVV A;  5I3Y A;  3NWQ A;  5P5B A;  5P8U A;  3SFC A;  3ZOV A;  4RGH A;  2ZYE A;  5P4R A;  4QJA A;  3PLD A;  3WZ7 A;  4JPC A;  5P25 A;  5P41 A;  4LHH A;  4QJ9 A;  5P07 A;  1QS8 A;  5P6K A;  5P0Y A;  3TPJ A;  5P0C A;  3NXN A;  5P2R A;  5P4U A;  3BVA A;  2IQG A;  4Y58 A;  3VG1 A;  4RYG A;  5IE1 A;  3FNU A;  5F00 A;  5P8R A;  1HSI A;  4ZSM A;  4DJO A;  2ER9 E;  3UQP A;  4TVH A;  2G26 A;  5P7H A;  4RRS A;  5SY2 A;  2FLE A;  2OHU A;  4J17 A;  4GJ9 A;  3RTM A;  3SKF A;  1A8K A;  3QPJ A;  2NXD A;  3OU3 A;  4PEP A;  2G94 A;  4I0J A;  6UPJ A;  4Y5N A;  3I7E A;  1MSN A;  1LYA B;  5P5M A;  4CMS A;  1IZE A;  4FM8 A;  5OYZ A;  5P2G A;  2B7F A;  5P6V A;  5C9D A;  4NJT A;  5P5D A;  3RTN A;  5OZY A;  3UDY A;  2Q64 A;  4APR E;  2R9B A;  3OXV A;  4H3G A;  5COP A;  4ZIP A;  1HPV A;  1HVL A;  3EM6 A;  1SDV A;  5P17 A;  3ER5 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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