4NPUA

Crystal structure of hiv-1 protease multiple mutant p51
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKVGGQLREALINTGADDTIFEEISLPGRWKPKLIGGIGGFMKVRQYDQIPIEIAGHQAIGTVLVGPTPINVIGRNMLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of darunavir-resistant HIV-1 protease mutant reveal atypical binding of darunavir to wide open flaps.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4npuA00
1K6CA 1ZBGA 3CICA 5KAOA 5P66A 1K6VA 1RV7A 3ZL7A 3KFPA 5P0RA 5P6JA 4MC1A 3VLAA 5P0DA 4EP3A 3RVIA 4ZE6A 1LYBA 3EM4A 3SO9A 4B70A 1D4YA 1MSMA 2ZHSA 5P6DA 5P7GA 3UDNA 2ZHUA 4DJOA 5P45A 3G70A 5P6ZA 2PWRA 1YM2A 3IXKA 2QD6A 3L38A 4LXMA 3TPJA 5AHBA 5P3VA 2QZLA 3UDQA 4ZPFA 5P3JA 2P3BA 3HAUA 4MC6A 4YHQA 3R1GB 1A30A 1TSUA 2WF4A 3VUCA 1FFIC 5P4AA 3KF0A 2RKFA 4XKXA 2B7FA 1MVPA 3ZPSA 2OHTA 5P4FA 1MT9A 4Y3ZA 1HTGA 4ZIPA 5P5WA 3EKXA 2VKMA 4OBDA 3JW2A 4OBKA 3QI1A 4YE3A 5P3QA 2HS2A 5OZ7A 3VFAA 4B1CA 4Y4BA 3VYDA 4GJCA 5OZPA 5P13A 3SQFA 2P3AA 2FMBA 3KFSA 5JG1A 5P72A 2QZKA 1B6LA 5P2MA 1C70A 1EBKC 3D1ZA 1A9MA 5P20A 2ZJIA 5P3XA 1OD1A 4L6BA 2AOEA 5P03A 5P31A 3SABA 5HCTA 3MXEA 1TCXA 2P3CA 2P8HA 5P0OA 5COPA 2PSVA 3APPA 2ZJJA 3FKTA 5DGWA 2WF1A 3SM2A 5OZ2A 3IXOA 5P7TA 3PVKA 4Y36A 3EBZA 4H3IA 4ZEAA 2G27A 4IVSA 5P53A 3FX5A 5P7PA 3MSLA 1EC3A 5DR3A 4EP2A 2PWCA 3B7VA 2BPXA 5KQFA 5P8OA 3SA9A 4DUSA 4Y5LA 5OZZA 3MXDA 3K5GA 1KJ7A 1T7IA 1NPVA 3TPRA 3ER5E 5OZSA 2ZJMA 3O9HA 5OYTA 1META 2QNQA 5HVPA 4I0IA 3QN8A 3O9LB 2R43A 1MRWA 4R91A 2P3DA 4APEA 3OAGB 5P0PA 4FRKA 2ZJNA 1TZSA 5P71A 3TL9A 1AM5A 2WHHA 4MC9A 5P8LA 4PYVA 4AA9A 2VJ9A 2I4XA 4Y41A 3QROA 5IE1A 4I0GA 4ER1E 4B05A 3CIDA 5P0TA 3L5EA 5P1KA 1F34A 3URJA 5E5JA 1DP5A 3LIQA 4L7GA 3PWMA 5OYQA 2WEZA 1IZIA 3HVGA 3Q5HA 5JFPA 5P3GA 3L5DA 3KT5A 3ZKNA 2FS4A 5P5XA 2OHQA 3TNEA 2AZCA 3T7XA 5P3CA 1BILA 4CPTA 2BPYA 4GJ6A 4Y3WA 5P4DA 4DQGA 4CPSA 3ZLQA 2QD8A 5OZLA 1QDMA 3BGBA 5P6LA 2B42A 5P5ZA 5P27A 4NJSA 4YD4A 3GI0A 5P22A 1KJFA 5P54A 5P3SA 4AZYA 2XYEA 3UDMA 5OYVA 2AQUA 5P79A 2Q15A 5DGUA 1T7KA 3NUJA 4FM6A 1B6JA 4Y3NA 5P5UA 1FG8C 4DV9A 5P2BA 1EBWA 4DQCA 1FEJC 2QI4A 1HPOA 3I25A 5P7MA 3T11A 1NSOA 2QD7A 1HEFE 2V11C 5P06A 2QI6A 3O9CA 4YCKA 5HE5A 1SIVA 4X7IA 1HBVA 5OZEA 3CKTA 5P18A 2G94A 1UH7A 2BPVA 5P08A 3FNSA 1FIVA 3PB5A 4DJWA 1LF4A 4R8YA 1W6IA 3UQUA 1IBQA 4Y4DA 3EXOA 4Y4JA 3ZMGA 1M4HA 4OBGA 5P3AA 5P24A 2VIZA 3R4BA 5P5AA 5P65A 5P85A 5P39A 4M8XA 5P7DA 1BV9A 1UH8A 1FQ8A 4HZTA 1ZP8A 5HDUA 2Q63A 1D4LA 3UFLA 5P6TA 2WEDA 1APTE 4K4PA 4Z22A 3ZKMA 3DM6A 4XXSA 5P5DA 5P3YA 2Q11A 4J0VA 4Y39A 2WKZA 5P7JA 3IVHA 2A4FA 5P8KA 5P2YA 1B11A 8HVPA 5P8MA 1TQFA 4H3JA 3R0YA 1HVJA 2NR6A 1LYWA 4EQ0A 3NU6A 2HB3A 1SGUA 5P40A 4YOBA 4Y4TA 3DV1A 5DR4A 1FGCC 4I0JA 4J55A 2QMPA 3HAWA 4ER2E 4OC6B 1BDQA 3GGAA 5OZKA 1D4HA 4Q1XA 5P07A 3URLA 5P5FA 5JODA 4ER4E 3QRSA 3SA4A 2ER0E 5P3ZA 2FNTA 5P3PA 4GJDA 3BXSA 5P4VA 5HU1A 2AOFA 1GVWA 1HPSA 1DMPA 4CKUA 1MT8A 3R0WA 2QMFA 4JP9A 1SH9A 2FNSA 2IL2A 4D83A 2G1RA 3HLOA 2BPWA 2J9KA 2PYNA 5DQCA 2PK5A 1RL8A 3OXCA 2IENA 4Y3SA 1RPIA 2FGUA 1GNMA 3NLSA 4J1EA 1YM4A 3OXWA 3OU1A 4QJ6A 4EXGA 2NXMA 1YTHA 2QI1A 1FKNA 1ODYA 5P2VA 1EC0A 4K9HA 3EKTA 5P02A 3UDYA 2I0AA 3UTLA 4FM8A 5P0MA 4ACXA 1Q9PA 3K4VC 5OZRA 3VYFA 4R93A 4Y3TA 2VA7A 5P3WA 5P7KA 4QGIA 5OZOA 4GMIA 5P04A 4I0ZA 5P5VA 5OZNA 1TW7A 3PBZA 2ANLA 3LIXA 3S45A 5OZJA 5P4QA 4UPJA 3EMYA 5DR7A 3NU9A 2F3EA 1T6EX 4OBZA 4Y5EA 1BVEA 1EPNE 2CENA 4RCDA 4FLGA 4QLHA 4AA8A 4Y57A 1ODWA 5P7EA 1QBUA 3QPJA 4Y3AA 3OGQA 4Q5MA 4K8SA 5P1SA 2IDWA 3TOFA 6FIVA 5P5GA 4AMTA 5P88A 3EL0A 5P8HA 5P6AA 2R5PA 1HTRB 2PYMA 2V13A 1PPME 2HB2A 1LF3A 3PJ6A 3O9GA 4QJ7A 4Y5BA 4YBFA 5P52A 3FNUA 5P00A 4WTUA 5P2JA 5AH9A 3SFCA 5P6EA 4GZFA 5P7BA 5IVTA 1BIMA 4EXHA 5SXNA 2PK6A 5P7LA 3PMUA 3UDPA 3UQPA 4Y4EA 5P6YA 1EPLE 3PLLA 1LS5A 5F01A 5DQ4A 4Y5KA 3S43B 1ZJ7A 2IGXA 5P23A 3KN0A 4DJUA 1BBSA 3NWXA 2ASIA 5P4UA 6UPJA 5P17A 2B60A 1UPJA 5P7VA 5EZXA 1EBYA 3TKWA 4DQHA 1QBRA 3M9FA 5P5RA 2AODA 3UDJA 1YX9A 4Y45A 4RLDA 4B00A 1ZSFA 3LINA 5P0WA 1Z1HA 2V12C 1DPJA 3CKPA 2PC0A 3RSXA 3OUBA 5HTZA 4YCTA 2QI7A 1TSQA 4LAPA 1XN3A 1HIHA 3KA2A 5CLMA 2AVVA 5P6GA 5OZ0A 2G1YA 2MIPA 2QI5A 1TCWA 3WSJA 4YCYA 3OXVA 1LYAA 2WEBA 3OQFA 3INDA 1FMBA 5P7ZA 5P32A 3IN4A 2JJIA 2OAHA 5P8CA 3K1WA 4YD5A 2IKUA 5C9DA 4WY1A 5SZ9A 4OD9B 1W5XA 1Z8CA 5P57A 4J1CA 1PROA 3I8WA 4YA8A 5P1RA 1G0VA 5OZAA 4Y5CA 2NXLA 1CMSA 2XYFA 4RYCA 2BJUA 2SAMA 4CPWA 5P7UA 4F73A 1HSGA 4Y3QA 1IZHA 5P5SA 2R3WA 5P50A 3INFA 4NPUA 5P49A 5OZQA 5P0SA 3LHGA 3L5FA 4J5JA 5DQ1A 2A1EA 5P2WA 3L58A 4R92A 4ACUA 4L1AA 2QHCA 4Y4XA 3OOZA 5SY2A 3KYRA 3TOHA 5AGZA 3INEA 5P73A 3U6AA 4CPXA 2VS2A 5P29A 5AH8A 3OOTA 3UCBA 1NPAA 4B1EA 2G22A 4U7QA 5P3NA 2NNPA 4Y5AA 5P7QA 3OGPA 2WECA 1QS8A 5P82A 1WBMA 1VIJA 3SA6A 5P74A 3OWNA 5P8NA 1D4KA 4FAEA 2XFIA 3O9FA 5KQXA 3I6OA 5P0YA 3DJKA 3IGBA 1PFZA 1PPKE 5P28A 4DJXA 2J9JB 5P6XA 1ZTZA 4K4RA 3PI0A 2G1OA 4RRNA 5ENMA 5P3DA 4PEPA 2ZE1A 4FS4A 3SA7A 1CZIE 2VA5A 4Y5PA 2IKOA 1N49A 2FXEA 2XFJA 2VNMA 2V16C 2APRA 5P2SA 1KJ4A 5P2OA 3PLDA 3OUDA 2VNNA 2I4WA 1MT7A 3WZ7A 4BFDA 2OHMA 4DFGA 1LEEA 2BKSA 5P41A 4B72A 4J1IA 4EJKA 5P51A 4FRJA 1BDRA 5P4LA 5P62A 1D4JA 4YBIA 2WF0A 1YTGA 3GGXA 4Z4XA 4FL8A 5P3TA 5P38A 2ZHTA 3TOGA 4HEGA 3BUGA 3HD8A 4J0PA 1F7AA 3NDWA 5P42A 2Q54A 1LYBB 5P7OA 5P5PA 5P37A 5P2DA 3LPJA 5OZYA 3PHVA 4Y51A 5P6IA 5AHAA 5P3LA 2I0DA 1FQXA 2G20A 3Q70A 5EZZA 1U8GA 5P2HA 1A94A 2P3BB 3O9AA 4DJQA 4DQFA 4Q1NA 3VF5A 3ZPUA 2QI3A 2JXRA 5P69A 3OU4A 5OZ1A 5P5BA 1B5FA 4I12A 2NPHA 4LBTA 2HM1A 5P76A 4Y35A 1AIDA 2I4VA 2QMGA 5P5OA 4U7VA 5P2RA 2PQZA 4DQBA 5P6CA 3TPLA 3RTHA 2OHRA 5P3EA 1HVIA 3CMSA 2AZ8A 4GJ5A 3LZUA 4EJLA 5P1JA 3NU4A 4ZSPA 3S8IA 4YD7A 4B77A 4Y3HA 2O4LA 2V10C 3EC0A 3VSXA 2R3TA 3U7SA 4BFBA 3G6ZA 1D4IA 3OK9A 1HSHA 3RTNA 3D91A 3EKYA 3KDBA 5P6BA 4RYGA 4Y3LA 3SACA 1XN2A 5P0ZA 3NWQA 4ZPGA 2ZYEA 5P4EA 1W5YA 4I1CA 5P56A 5P0XA 5FIVA 1EEDP 5P4TA 1EPME 1T7JA 5KQYA 4FIVA 5OYYA 3BGCA 4DPIA 1AAQA 2OHUA 3PWWA 2FDEA 5COOA 5P4RA 3JVYA 5P16A 3KDDA 1WBKA 5P63A 4OBJA 2FDPA 5OZTA 4Y4AA 5P2TA 4FCOA 3HVPA 1K1UA 3CYWA 3BRAA 1ENTE 4DQEA 4J1FA 5P4KA 1OEXA 5P0JA 1APWE 1BDLA 5P3RA 5P1FA 2G69A 4Y38A 1SGZA 3QBHA 4Y3PA 3RSVA 3O9EA 2R38A 3SA5A 3OTYA 5I3XA 4YD3A 5P47A 2VIYA 1AZ5A 3OADA 4Y56A 5P6OA 5OZVA 5P1QA 1RQ9A 5KR2A 2AZ9A 4DJPA 4MC2A 5HE4A 4GIDA 5P7HA 5HCOA 5P8BA 5IVSA 3ER3E 5P0KA 1W5WA 2OHSA 1B6KA 3HZCA 2BBBA 3H0BA 3OUAA 4TRWA 2QU2A 5P6KA 4F74A 1QRPE 3FNTA 2QK5A 4DJYA 2ZJKA 3INHA 4RRSA 3PRSA 3NYGA 5P7SA 4NKKA 3S53A 4KE0A 4Y4WA 1GVUA 5P7XA 1VIKA 5AH7A 1ODXA 1K2CA 5OZUA 4GB2A 4H1EA 1FQ5A 1HEGE 5P75A 2VIEA 4K4QA 3EM3A 5DQ5A 3ZKQA 1DAZC 1XL2A 5IVRA 3VV8A 2BKTA 3NU3A 3QAAA 1IVPA 1EC2A 3QIHA 5E5KA 5BRYA 5BWYA 5P1EA 5P5EA 1MUIA 5P1TA 2I1AA 7HVPA 3SKGA 3EM6A 4RZ1A 2PMAA 1Z1RA 2PSUA 3SA8A 2QU3A 1FB7A 4Y3DA 2QCIA 5ER2E 3KT2A 5DR8A 2VA6A 4R5NA 1QBTA 4J0YA 5P34A 2HPFA 1HVKA 2ER9E 1A8GA 1EAGA 5J25A 5P87A 4XX4A 3WB5A 5P4YA 1FFFC 2IQGA 2FGVA 5OYXA 5P4MA 3S85A 2BB9A 5P0QA 4ZSMA 5APRE 4Y3RA 5OYSA 5P1DA 3UF3A 4FRSA 5P8QA 3TH9A 3KMXA 1APVE 4EJDA 3IXJA 2WF3A 5P2NA 5P1LA 4Y3JA 4L7JA 5P7CA 1SDVA 3VCMA 2F80A 3EKWA 2QHZA 2OF0A 1SMEA 4I0HA 3T7QA 3H5BA 2NNKA 1LYWB 4KB9A 3I7EA 5P2KA 1G35A 1HVHA 4PZXA 4Y50A 4LHHA 1K6TA 3O9DA 3SM1A 5P81A 1MIQA 5P4PA 1C6XA 2PSGA 2WL0A 5KR0A 5P6FA 5P68A 5OZ8A 5IS4A 4H3FA 5P2FA 4HLAA 3BC4A 4J0TA 4Y4UA 1HXWA 3FSMA 5P7RA 5P4GA 5P8VA 3NDXA 5OZBA 2FLEA 5P0LA 2I4UA 5HDZA 1B6PA 3DUYA 5P70A 3K5DA 3F9QA 5P5HA 3Q4BA 4CPQA 1ZAPA 2OHNA 4FE6A 3UQWA 3BUFA 3MSJA 4I0FA 3O99A 4N00A 5KQZA 5OZFA 4KE1A 5P44A 3UDRA 5P19A 4Y5MA 2ZDZA 5P6QA 4QJAA 2OHKA 5P09A 3MWSA 3EL1A 4R95A 4B78A 1OHRA 1W51A 3U71A 5B18A 3OU1B 2VJ6A 3APRE 4D89A 5P4XA 5P3MA 2O4SA 3SPKA 3VSWA 3QRVA 4D8CA 3R2FA 2QZWA 5P6PA 5P7YA 5CONA 2ZJLA 2AVMA 5P83A 2FIVA 1E5OE 5OZ6A 5SY3A 1GKTA 2Z4OA 1UH9A 3L59A 1EPRE 4Y9WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K6C A;  1ZBG A;  3CIC A;  5KAO A;  5P66 A;  1K6V A;  1RV7 A;  3ZL7 A;  3KFP A;  5P0R A;  5P6J A;  4MC1 A;  3VLA A;  5P0D A;  4EP3 A;  3RVI A;  4ZE6 A;  1LYB A;  3EM4 A;  3SO9 A;  4B70 A;  1D4Y A;  1MSM A;  2ZHS A;  5P6D A;  5P7G A;  3UDN A;  2ZHU A;  4DJO A;  5P45 A;  3G70 A;  5P6Z A;  2PWR A;  1YM2 A;  3IXK A;  2QD6 A;  3L38 A;  4LXM A;  3TPJ A;  5AHB A;  5P3V A;  2QZL A;  3UDQ A;  4ZPF A;  5P3J A;  2P3B A;  3HAU A;  4MC6 A;  4YHQ A;  3R1G B;  1A30 A;  1TSU A;  2WF4 A;  3VUC A;  1FFI C;  5P4A A;  3KF0 A;  2RKF A;  4XKX A;  2B7F A;  1MVP A;  3ZPS A;  2OHT A;  5P4F A;  1MT9 A;  4Y3Z A;  1HTG A;  4ZIP A;  5P5W A;  3EKX A;  2VKM A;  4OBD A;  3JW2 A;  4OBK A;  3QI1 A;  4YE3 A;  5P3Q A;  2HS2 A;  5OZ7 A;  3VFA A;  4B1C A;  4Y4B A;  3VYD A;  4GJC A;  5OZP A;  5P13 A;  3SQF A;  2P3A A;  2FMB A;  3KFS A;  5JG1 A;  5P72 A;  2QZK A;  1B6L A;  5P2M A;  1C70 A;  1EBK C;  3D1Z A;  1A9M A;  5P20 A;  2ZJI A;  5P3X A;  1OD1 A;  4L6B A;  2AOE A;  5P03 A;  5P31 A;  3SAB A;  5HCT A;  3MXE A;  1TCX A;  2P3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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