4OBDA

Crystal structure of nelfinavir-resistant, inactive hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with the p1-p6 substrate variant (l449f/s451n)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obdA00
1FEJC 5DR0A 1FF0C 3OQAA 3HZCA 4B1EA 4ZPEA 5P70A 3OHHA 1MPPA 5P8PA 3EC0A 4LXKA 2H6TA 3QPJA 3F9QA 2NTRA 3PWWA 4HLAA 5BWYA 2AVVA 3OQ7A 2VKMA 2XFKA 4CPSA 5DR1A 3NYGA 4JPEA 1HEGE 4DPFA 1EAGA 1B11A 3EL0A 3LPJA 5P1SA 4LP9A 1NPAA 3IVHA 2O4KA 1EBZA 3OY4A 3VLBA 4Y5PA 4EP3A 5P15A 4RZ1A 4YA8A 1PPLE 3CIDA 4EYRA 5JG1A 5P1NA 2QNNA 3O9AA 1GVVA 3L59A 3NUJA 2ANLA 2VJ6A 2VNNA 1SMRA 3QN8A 1OHRA 1BWAA 2PWCA 4Y4TA 1DW6C 2AVOA 3PCZA 3QRMA 5OZHA 1GVWA 5OZ9A 1XE5A 4EXHA 2B8VA 5P1JA 1IZHA 5P6GA 2ZHTA 1EEDP 1MTBA 5P23A 5P4QA 2WJOA 3CIBA 3UHLA 1ZBGA 5P5EA 3OTSA 4Y4BA 3OU1A 5P2JA 5OZRA 4HDPA 4Z50A 1META 1KJ4A 1YTGA 4KB9A 3D1YA 4PYVA 5P4GA 4L1AB 4Y3LA 5P00A 2AQUA 4M8XA 4RYCA 4FRJA 3INEA 3MSLA 2NMYA 3PHVA 5HCTA 5P6YA 3SA7A 3WZ8A 3HAWA 5P5AA 1PROA 1T7IA 1RL8A 4KE0A 5OZKA 5P2QA 5P0YA 5DQCA 4NPTA 1EBWA 4GIDA 1YM4A 5P0PA 4HDBA 5P5XA 4FCOA 3EL9A 3IVIA 2HPFA 3HVGA 3Q70A 5P5UA 4HVPA 3EM3A 5P6PA 4DQFA 3UDMA 4OBFA 1MTRA 5OZLA 1YTIA 5P04A 1B5FA 5C9DA 4KUPA 5P76A 3ZKNA 2OHQA 3QBFA 4EJ8A 3UDJA 5KR1A 5P1TA 5P08A 2Q3KA 1HPOA 2ZJLA 5OZTA 1ZTZA 5P89A 1CZIE 4EP2A 1QRPE 3BVAA 2AIDA 4YHQA 5P03A 5P5MA 5P7OA 5P61A 3JVWA 1SIPA 1TCXA 3IN4A 3UQXA 2RMPA 1HHPA 5OZUA 2B7ZA 1EPME 1HIVA 5P5YA 1HEFE 5OZ0A 5EZZA 2R5QA 2FDPA 2ZE1A 2HB4A 4LBTA 4OBGA 2QU3A 1HVHA 1W5YA 4FM6A 4PZWA 1E82E 5ISKA 3OU4A 5P4LA 5P7QA 3GGAA 1WKRA 5AHBA 5P1RA 3LZYA 1KJGA 2FXEA 1TQFA 5P5QA 5P3KA 1CPIA 1B6KA 5P63A 5P6MA 4LC7A 4RLDA 5P2IA 5AGZA 2AVMA 4EHCA 2PYMA 2PH8A 4DJPA 4TRYA 4Y48A 5ER2E 3VUCA 3BHEA 2AZCA 2F80A 5P48A 2AOCA 1FMXA 1Z8CA 2IEOA 1T6GA 1ZSFA 3VSWA 2AODA 4ZSMA 3UDYA 2OHSA 3Q4BA 1IZIA 5I70A 2VS2A 3SA5A 3VV6A 5OZQA 1U8GA 3K1WA 5P4NA 3DUYA 4FIVA 3T7PA 4Y4XA 3A2OA 5P0XA 5KQXA 4ZPFA 1XE6A 5OYXA 4DQHA 5P3GA 1W5XA 1BBSA 4Y53A 5P79A 2VIYA 1W51A 4DJUA 1HVKA 4HZTA 3PB5A 5P1EA 1GVXA 3OAGB 2QMDA 3R2FA 3OUBA 2BB9A 5AH7A 5P69A 2OF0A 2G1RA 4OC6A 2PC0A 4I8WA 3NWXA 3Q5HA 5P3XA 4J17A 5P0DA 3QP0A 5HE7A 1HOSA 5P0MA 2AOIA 2QHYA 2QI6A 3PLLA 1PSNA 3TOGA 4Y3NA 4L7GA 3IAWA 2G1NA 4H1EA 1EPPE 3UDQA 3OGQA 5P8FA 5P3HA 4R93A 4J5JA 5P42A 1M4HA 5I3XA 5P3OA 1QBRA 5T4SA 1FIVA 5P55A 2JJJA 1FLHA 3ER5E 5P49A 3RTHA 7UPJA 3UDRA 2FLEA 5P4JA 3SA6A 5B18A 5OYQA 3DV5A 2G20A 2HS2A 1D4IA 3NXNA 5P7DA 2V11C 1SH9A 4ER1E 2HB2A 5P2HA 5DR4A 2G27A 4OBHA 3I7EA 1SGZA 4XX4A 4Y4DA 4ER2E 1G0VA 3KM4A 4YOBA 3SO9A 5P37A 5P1GA 3S8IA 4QJ7A 1YT9A 4YE3A 4EWOA 3URLA 4TRZA 3SA4A 3EM4A 1HTFA 3OXXA 4I0IA 4OD9B 1D4YA 2B7FA 2VJ9A 3LZSA 1M43A 3PM4A 1SBGA 1FQ7A 2ER6E 5COPA 3VLAA 5CONA 3NU3A 4NJVA 5P8VA 3RSXA 1XN2A 3NDWA 3H5BA 4HE9A 5P7WA 4CPQA 4A6BA 2FNTA 2ZHVA 3UDPA 5HCOA 4BEKA 5DR7A 4U8WA 5APRE 3DV1A 1YM2A 4Y5CA 5P6OA 3DJKA 4Q5MA 3IXKA 5UPJA 5OZCA 1E81E 1LYBB 2HPEA 2BPXA 3N3IA 4Y38A 5P5IA 4DQCA 1HVJA 4ZLSA 1DAZC 4BELA 4B1CA 4YBIA 4D88A 1IVQA 1YTJA 3L3AA 3VV8A 4Y3XA 4I8ZA 4Y5BA 1UPJA 5P3BA 4K4PA 3INHA 1APWE 4GJCA 4Y50A 1MEUA 5DQ1A 1W5VA 1APVE 5P7HA 1HPSA 1HXBA 2ZDZA 4Y4EA 5SXNA 3TL9A 3SM2A 3TOFA 1AJXA 1T7KA 2B60A 3SA9A 3R0WA 3K5FA 2VA6A 4Y3TA 4GB2A 5KOQA 1QBTA 4COEA 1EPLE 2PK6A 5P58A 3QIHA 2P83A 1UH9A 5P6WA 3EL1A 4J1EA 2PSUA 4Y3ZA 1J71A 1BV7A 5DGUA 4I0DA 5HU0A 1IZEA 4Y6MA 5P7PA 2V13A 2OHUA 3MWSA 5AH9A 3T6IA 1ODYA 4D85A 1C6XA 3NWQA 3OWNA 4Y3WA 3VF7A 4BFBA 3LZUA 3LIYA 5P8QA 5P6FA 3UTLA 2VA5A 2IS0A 1HRNA 4APEA 3CYWA 5P8UA 5HE4A 1ZP8A 4H3IA 3IN3A 1B6LA 5P36A 4GJAA 3H0BA 2BPVA 2BKSA 3GGVA 5P4RA 3SPKA 2PYNA 5P5WA 3OXCA 4QJ2A 2P3DA 1YX9A 5P4HA 5P7ZA 8HVPA 5OZAA 2AOEA 3OUDA 2Q55A 2FDEA 4Y56A 5P8DA 3LIQA 3LHGA 4Y4JA 2CEMA 1MRXA 5P2WA 5P0FA 5AHCA 1LV1A 3DK1A 4B05A 3LIZA 5P0NA 5BS4A 5P06A 4QGIA 4Y4UA 5C9BA 5P0RA 3UPJA 5P0WA 2G1YA 1LZQA 5OZZA 1T3RA 4FRIA 3K4VC 3FNSA 4R92A 4LXMA 4ZPGA 2J9JB 4U7VA 4ACUA 1G6LA 5OZFA 5P4UA 4XKXA 3L5EA 5P71A 4DFGA 5P4PA 5P5NA 1G2KA 4ZEAA 3RSVA 5F00A 3UF3A 4EQ0A 3NLSA 3ZKSA 1A94A 2QMPA 1B6MA 2P3CA 5P6BA 4GJ8A 4J0PA 5P2TA 5P67A 3IXJA 2RKFA 5P6IA 5OYZA 3TTPA 5ER1E 1HPXA 4DQBA 5P8OA 1EC1A 2FNSA 5P4EA 4QJ9A 5HD0A 3URJA 3BUHA 4TVGA 5P5TA 1FB7A 1QS8A 5P1UA 1NPVA 4TRWA 1KZKA 5HDXA 3EKVA 3K5DA 1UH7A 4FSEA 5DQ4A 5JFPA 1AXAA 2PSGA 5OZDA 4Y35A 5P6JA 4B00A 3OXWA 1N49A 1XL5A 3NXEA 1TCWA 5FIVA 3UQWA 3QS1A 4RVIA 1ZLFA 5P8GA 1FQXA 2V12C 5P1DA 1C70A 5P3RA 1KJ7A 3GI6A 2ZHRA 5P7YA 1DMPA 2VA7A 1DIFA 2QCIA 3O9FA 5P0TA 1EBYA 4J1KA 5EZXA 2QZXA 3MXEA 3O9LB 2QHZA 2WEBA 3BXRA 3D20A 4FRSA 4J0VA 5P44A 5P0QA 3OADB 5P8SA 1HVSA 2QAKA 1HIHA 3TPRA 3TKWA 2P3BB 1W6HA 2I4XA 4NKKA 5OZ6A 2PMAA 2OHTA 1MSMA 5P2ZA 5P6CA 5OZ2A 5P5KA 2P4JA 2I4QA 5OZ4A 3UQRA 4Y37A 3LITA 1HTEA 1F34A 2P8HA 3L5DA 1PSOE 2PSVA 2WHHA 4Y5KA 2Z4OA 4R5NA 5P29A 3TOHA 4Z4XA 3D1XA 3URIA 5P33A 1FFFC 1HBVA 2BPYA 3K5GA 4MC9A 4K9HA 5BRYA 3INFA 5KQYA 5P1AA 6APRE 2UPJA 4OBDA 4I0GA 4D83A 1ZPKA 4J55A 4DJVA 4L1AA 5P28A 1Z1HA 4QJ6A 5P65A 4M8YA 2R43A 2OAHA 5KQFA 5P0VA 4NJTA 1AAQA 2FXDA 5OZSA 2A1EA 5P27A 5P8HA 1DP5A 3IA9A 5P7UA 4LHHA 3TLHA 5ISJA 5P1HA 1GNMA 2ER9E 2UXZA 4Y43A 1SP5A 2XFIA 4DJQA 4R91A 2ER0E 3R1GB 4RCFA 2B42A 1ZAPA 2NNKA 5P3EA 2ZJJA 2Q63A 1BIMA 5P2BA 4GYEA 1BAIA 4Y51A 4N00A 5OYSA 4ER4E 2I4VA 2QI5A 2G1OA 4RROA 2FGVA 2Q64A 3BUGA 3INDA 3R0YA 4YD7A 4NPUA 4Y5EA 5P51A 2IQGA 5IS4A 5KQZA 5P6SA 5P16A 5P60A 5P6XA 3EKYA 4EPJA 3BXSA 2V16C 5P4OA 5OZ3A 2QHCA 4Q1WA 2WEAA 1EPNE 3FNUA 5I3VA 5P8IA 1HVRA 3L5BA 2BKTA 3S43B 5ENMA 4DI2A 3O99A 4Y3HA 4H3FA 2AVSA 3DOXA 3BUFA 2QI1A 5ENKA 5P80A 1LYWB 1E80E 5P12A 2O40A 3S85A 4OBJA 3IGBA 5P8BA 3VV7A 1WBKA 5P4TA 5DR3A 5P2NA 3DM6A 5IVQA 3UDHA 4OBZB 4H3GA 1ENTE 4MC1A 3ZLQA 3EL5A 3VCMA 4GJ6A 4GJ9A 3KFPA 2AVQA 5P41A 2FMBA 3WB5A 5P09A 3KN0A 3B80A 2CEJA 2R38A 1OEXA 3EMYA 4F75A 2HIZA 1TSUA 5KR0A 1AIDA 1UH8A 5P8MA 5P4VA 5DPZA 5P45A 1MESA 2ZJHA 2HS1A 1HPVA 5OZ8A 5OZPA 2QD7A 5P66A 5P1OA 5P1QA 1Q9PA 2PQZA 5P4ZA 2BBBA 3UQPA 2ASIA 5P8KA 3ST5A 5HTZA 3GI4A 5P2DA 1ER8E 3C9XA 5P0ZA 4DVFA 1AVFA 5OYRA 3T7XA 5P3IA 1MIQA 4DUSA 3TKGA 3PSUA 1C6ZA 3L5FA 3ZKMA 1LS5A 1BILA 3FIVA 3OAGA 3QRVA 1KJFA 3G72A 1BDRA 4I10A 2MIPA 1FQ4A 4Y5MA 2VNMA 5P64A 5P1LA 2ZJMA 2I1AA 2ZHSA 3ZOVA 3SACA 3O9GA 5HVPA 1D4JA 3LPIA 4J0YA 1A8GA 5P5PA 1LYAA 1FQ6A 5IE1A 5I3YA 5P5GA 3N4LA 1BV9A 5P53A 1IVPA 3OTYA 3S7LA 2WEDA 3K4VA 6UPJA 4QLHA 5P3FA 5OZWA 3BGCA 5P4KA 5P6LA 3T7QA 4B70A 3O9DA 2QU2A 5P4XA 3VF5A 5P0LA 2OHNA 3SKGA 4DJXA 5P7AA 2NR6A 1K2CA 2ZHUA 3RVIA 3BGBA 1GVUA 4IVTA 4Y45A 5P88A 4I1CA 3PGIA 4DPIA 4YDGA 1SGUA 4JPCA 4ZIPA 3UDKA 1KJHA 4PEPA 4CPUA 2AOFA 4DJYA 3VYDA 5P46A 1RPIA 5HDUA 1YTHA 2QK5A 4I0EA 3HD8A 2XFJA 3EXOA 4I0JA 2VIZA 3EKPA 4IVSA 2G69A 5P8EA 4OD9A 4GZFA 3VFAA 4F74A 4AA8A 4Q1XA 1HTGA 3QVCA 5P3ZA 5P43A 1PPKE 3TH9A 4E43A 5P7SA 5P2AA 5P3JA 5P2VA 1SIVA 4GJDA 1LF3A 3QROA 5P8LA 4Y5NA 4RCDA 5OZOA 2R3TA 3UFLA 4I0ZA 3VG1A 4YBFA 5OZ7A 1EC2A 5P0KA 3SLZA 4DH6A 2AOGA 3ZKQA 1MT9A 2OHRA 4FSLA 5AHAA 5P1XA 3SA3A 1ZSRA 2RENA 3SQFA 5AH6A 1W6IA 1LYBA 5P05A 3KA2A 3OQDA 5P30A 5P4WA 1PFZA 1ZPAA 3VF3A 2AZBA 5P3NA 1TW7A 3K5CA 5JODA 4TVHA 4Y3AA 5HE5A 4AMTA 2BPWA 1BVEA 5P3PA 4LL3A 5P4IA 2NNPA 2R9BA 4L6BA 5P2RA 3O9CA 4B78A 3KFNA 3PMUA 3IXOA 5P72A 1BXQA 3D1ZA 1CMSA 5P1FA 3NDTA 1LEEA 4FS4A 1W50A 1BXOA 4Y3DA 4L7HA 2WF1A 4YCTA 1EPQE 3BRAA 3KT2A 5P4FA 5P1VA 2Q54A 5P19A 1XN3A 4Y4AA 1ODXA 2WF3A 4Q1YA 2RKGA 3NU5A 1FMBA 2F3KA 3HLOA 4FAFA 2AZ9A 4EJKA 1IIQA 3I2LA 4DQEA 5P18A 4LAPA 4J1FA 1HXWA 5IVRA 3NUOA 4ZSQA 3ZPTA 5P75A 5P3CA 3S45A 5E5KA 2UY0A 1IDAA 3QI1A 4FRKA 5P6NA 2IKOA 3ER3E 4DJOA 2Z54A 4Y58A 5P0HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FEJ C;  5DR0 A;  1FF0 C;  3OQA A;  3HZC A;  4B1E A;  4ZPE A;  5P70 A;  3OHH A;  1MPP A;  5P8P A;  3EC0 A;  4LXK A;  2H6T A;  3QPJ A;  3F9Q A;  2NTR A;  3PWW A;  4HLA A;  5BWY A;  2AVV A;  3OQ7 A;  2VKM A;  2XFK A;  4CPS A;  5DR1 A;  3NYG A;  4JPE A;  1HEG E;  4DPF A;  1EAG A;  1B11 A;  3EL0 A;  3LPJ A;  5P1S A;  4LP9 A;  1NPA A;  3IVH A;  2O4K A;  1EBZ A;  3OY4 A;  3VLB A;  4Y5P A;  4EP3 A;  5P15 A;  4RZ1 A;  4YA8 A;  1PPL E;  3CID A;  4EYR A;  5JG1 A;  5P1N A;  2QNN A;  3O9A A;  1GVV A;  3L59 A;  3NUJ A;  2ANL A;  2VJ6 A;  2VNN A;  1SMR A;  3QN8 A;  1OHR A;  1BWA A;  2PWC A;  4Y4T A;  1DW6 C;  2AVO A;  3PCZ A;  3QRM A;  5OZH A;  1GVW A;  5OZ9 A;  1XE5 A;  4EXH A;  2B8V A;  5P1J A;  1IZH A;  5P6G A;  2ZHT A;  1EED P;  1MTB A;  5P23 A;  5P4Q A;  2WJO A;  3CIB A;  3UHL A;  1ZBG A;  5P5E A;  3OTS A;  4Y4B A;  3OU1 A;  5P2J A;  5OZR A;  4HDP A;  4Z50 A;  1MET A;  1KJ4 A;  1YTG A;  4KB9 A;  3D1Y A;  4PYV A;  5P4G A;  4L1A B;  4Y3L A;  5P00 A;  2AQU A;  4M8X A;  4RYC A;  4FRJ A;  3INE A;  3MSL A;  2NMY A;  3PHV A;  5HCT A;  5P6Y A;  3SA7 A;  3WZ8 A;  3HAW A;  5P5A A;  1PRO A;  1T7I A;  1RL8 A;  4KE0 A;  5OZK A;  5P2Q A;  5P0Y A;  5DQC A;  4NPT A;  1EBW A;  4GID A;  1YM4 A;  5P0P A;  4HDB A;  5P5X A;  4FCO A;  3EL9 A;  3IVI A;  2HPF A;  3HVG A;  3Q70 A;  5P5U A;  4HVP A;  3EM3 A;  5P6P A;  4DQF A;  3UDM A;  4OBF A;  1MTR A;  5OZL A;  1YTI A;  5P04 A;  1B5F A;  5C9D A;  4KUP A;  5P76 A;  3ZKN A;  2OHQ A;  3QBF A;  4EJ8 A;  3UDJ A;  5KR1 A;  5P1T A;  5P08 A;  2Q3K A;  1HPO A;  2ZJL A;  5OZT A;  1ZTZ A;  5P89 A;  1CZI E;  4EP2 A;  1QRP E;  3BVA A;  2AID A;  4YHQ A;  5P03 A;  5P5M A;  5P7O A;  5P61 A;  3JVW A;  1SIP A;  1TCX A;  3IN4 A;  3UQX A;  2RMP A;  1HHP A;  5OZU A;  2B7Z A;  1EPM E;  1HIV A;  5P5Y A;  1HEF E;  5OZ0 A;  5EZZ A;  2R5Q A;  2FDP A;  2ZE1 A;  2HB4 A;  4LBT A;  4OBG A;  2QU3 A;  1HVH A;  1W5Y A;  4FM6 A;  4PZW A;  1E82 E;  5ISK A;  3OU4 A;  5P4L A;  5P7Q A;  3GGA A;  1WKR A;  5AHB A;  5P1R A;  3LZY A;  1KJG A;  2FXE A;  1TQF A;  5P5Q A;  5P3K A;  1CPI A;  1B6K A;  5P63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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