4OBFA

Crystal structure of nelfinavir-resistant, inactive hiv-1 protease variant (d30n/n88d) in complex with the p1-p6 substrate variant (s451n)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obfA00
5P4EA 3ZMGA 3LPJA 5P33A 5P2EA 2OHMA 1W5WA 3I6OA 5P26A 2PQZA 2ZHSA 1GNOA 3B7VA 1AM5A 1ZAPA 2ZYEA 1HPOA 2A1EA 3HD8A 4OBZA 5P1NA 2IDWA 5P79A 2WEDA 5OZMA 3I7EA 2V16C 4TRWA 4FCOA 2VNNA 5P72A 1GNNA 2WEAA 2QHCA 3UDYA 4B00A 4YE3A 2ZJJA 4FSLA 4F75A 5P3AA 5HVPA 5P3TA 5AH8A 4NJUA 5P1MA 3QVCA 1KJFA 5P5ZA 3OTYA 2QD8A 2QHYA 5DGUA 1OHRA 4OD9A 1CPIA 3WZ8A 2P3CA 3H0BA 2WECA 1D4KA 1G35A 3O99A 3BRAA 5P6TA 5P1TA 3D20A 3U6AA 5P2OA 5DR1A 3PCWA 5P7GA 4RYGA 3S43A 3L58A 5SY2A 5IVSA 5OZPA 2JXRA 3OY4A 3KDCA 5P40A 5P2DA 4HDBA 2Q15A 3GGVA 7HVPA 4Y3FA 3BUGA 5P22A 3S53A 5P34A 3MXDA 3DV5A 4J1EA 3ZKXA 1TZSA 4Y53A 4K4QA 4PPHA 5P87A 1EC2A 4DJVA 3ECGA 4I0JA 5HU1A 4HVPA 3EM3A 5SXNA 1DMPA 5P11A 1K6PA 4Y44A 4PHVA 5P0ZA 2QI6A 5P70A 2I0AA 4Y3SA 5P5HA 5P12A 4BEKA 5P5QA 4HDFA 2VIJA 4DQBA 5P1JA 5AH7A 5AH6A 5P4TA 4Y50A 3ST5A 3FSMA 3ZPUA 3EKVA 2J9JB 5P37A 3QRVA 1MT7A 3NU4A 4GMIA 4DJXA 3L5BA 4Y3WA 3NDXA 4RROA 4Y4BA 1BILA 5P5CA 3TPJA 3HZCA 4JPCA 1IZIA 5P4NA 5P68A 3PGIA 3VEUA 1RV7A 2IGYA 2VJ7A 5P49A 1XDHA 3AUPA 3KMYA 1Q9PA 1PSOE 4E43A 5P24A 5P1YA 5P18A 4Y3ZA 4CP7A 3I8WA 1FF0C 1QBUA 3EKYA 5P5LA 1YG9A 3DCKA 4LP9A 4R95A 3EL4A 3A2OA 5P64A 5IVRA 2O4KA 5P03A 5P6YA 1LYBB 1K6VA 5P5PA 3HDKA 4K4RA 3LIVA 2PWRA 4NKKA 4WY6A 2R5PA 1EC1A 1FMUA 4FSEA 4EQJA 2PSUA 1CZIE 4DVFA 2VKMA 3R0WA 5P7VA 4GJ8A 5B18A 5OZGA 2R38A 1APWE 5P5EA 1PROA 3CIBA 5P7RA 5P1LA 5P3VA 4B70A 5P35A 1W51A 4Y3TA 1G0VA 3L5FA 3O9CA 2G22A 5OYYA 4L6BA 5P5WA 4Y36A 1QDMA 1D4YA 1SP5A 1ZPKA 1SGUA 3PI0A 5HDXA 1W5XA 5P3IA 3MXEA 3PSUA 1K6CA 3IVHA 4Y4XA 3S45A 2H6SA 3PSGA 4QJ8A 1ZBGA 1VIJA 1KZKA 1SMRA 3Q5HA 1BWAA 1F7AA 4LAPA 4Y47A 4K8SA 3IGBA 3EBZA 3EXOA 4J54A 3ZL7A 4Y5PA 2AZCA 3PLDA 4DJPA 5P2MA 1FQ7A 3UTLA 5P2NA 1QRPE 1APTE 2WF1A 1B5FA 1ODYA 5P36A 3UQPA 3VYEA 2B42A 4B0QA 4TVHA 5P0UA 2G21A 1CMSA 3VCMA 3O9LA 2PSGA 2BJUA 2AVVA 1HEFE 3LINA 3PBDA 5I3WA 5P2JA 4Y51A 5P7DA 4A4QA 2AVSA 1LF4A 5ER1E 1SH9A 1OEWA 4FM7A 5KQFA 4HE9A 1T6EX 4BELA 4ZE6A 5BWYA 1ZTZA 2FGUA 5P2BA 3S7LA 5P5YA 3KN0A 1ER8E 1LYWB 4Y6MA 2ZJNA 4YD7A 2R3WA 3VF3A 4HZTA 2HB2A 4GIDA 4ER4E 2AOJA 5P4SA 2WKZA 4GJ7A 3PJ6A 5HCTA 4Q1YA 1WKRA 4CMSA 2WJOA 4OBZB 2G20A 5P05A 7UPJA 3R4BA 3URLA 2Q55A 1EBYA 5P5OA 3PLLA 3FV3A 3LITA 3DJKA 5DPZA 2PK5A 3EKTA 5P41A 2R9BA 4FLGA 5P8EA 1T7KA 4NPTA 4RVJA 1LYWA 2QNPA 3RTMA 1ENTE 3DV1A 5P7SA 5E5KA 5HDUA 5P7ZA 4J55A 3U71A 3HVGA 5DQ1A 3OXCA 1EPNE 4Y3QA 4Y5KA 5P1DA 2HC0A 2IKUA 1DIFA 5EZZA 5P8PA 4CPSA 4I10A 3VLBA 5P10A 5OZ5A 3S43B 2B8VA 3BXSA 3G70A 3PWRA 2AVQA 1XS7D 4Y3YA 2NNPA 3QRMA 3O9DA 3IVIA 5P5RA 2G94A 1HXBA 4RRNA 1BBSA 3T3CA 1MT9A 5OYWA 3OQAA 2G24A 3EKPA 2F3FA 1MPPA 4EP3A 4YOBA 1LS5A 5P8NA 3EMYA 6UPJA 1OEXA 3O9AA 4I0IA 5DR0A 3D1XA 5OZAA 4OBGA 5P4UA 5OZEA 4LXAA 4FAEA 1C6XA 3PCZA 3URIA 5P0PA 5P0AA 1APUE 2QI5A 4Y4WA 3EL0A 3QS1A 3IAWA 4EJDA 3L5CA 5P1HA 5P86A 5HCOA 3SO9A 1T7JA 2CEMA 5P5FA 4XX4A 1AZ5A 5P7OA 3ZLQA 4M8XA 3ZKQA 2WEZA 4Y3GA 1BAIA 2OHLA 1T6GA 4APRE 3VFAA 5OYUA 2BPZA 5P3KA 3ZKGA 5P14A 5OZ1A 2HS1A 5P5DA 3CKTA 5IVQA 3UDJA 2UPJA 5PEPA 4JP9A 5I3YA 1MRXA 4JPEA 1A30A 5P7FA 2G1YA 5P3RA 5JFPA 3S56A 2XYEA 2Q11A 5P3PA 5P3QA 2APRA 4FGXA 4OC6B 3S7MA 1KJ4A 4EJLA 2VJ6A 2AZBA 5P2VA 3EL5A 1MSMA 2WF2A 3SKGA 1ZLFA 3OU1B 2QI4A 5P6IA 5P7AA 3OU4A 1IVPA 4EXGA 4I0DA 5P50A 4YA8A 2FDPA 3C9XA 3OQKA 2AOHA 4L7GA 2PH8A 3FIVA 5P1EA 5P74A 4D83A 4U7QA 2V12C 1M43A 5P6CA 4ER1E 5DR7A 4AA9A 1XL5A 5P6EA 1HTRB 1LEEA 3NDTA 4PZXA 4B1EA 3UDHA 3OQ7A 3GGAA 4BFDA 2HIZA 1B5FB 4U8WA 3QROA 3NYGA 5P2GA 4FRKA 4Y4TA 5OZYA 3BUFA 3NDWA 1Z8CA 3TLHA 4I0FA 5P0KA 4LHHA 5P77A 1HXWA 1K2CA 5P6ZA 4J0YA 1PSAA 5HU0A 5P4BA 5P3JA 3PM4A 3OWNA 3O9LB 1MUIA 2VIEA 1SIVA 2V11C 5P1SA 1XE5A 2B8LA 4B1DA 3NUJA 4OBDA 2JJJA 3CYXA 3PWWA 4EJKA 3OOTA 5ISKA 1M0BA 5P0TA 3UFNA 5P51A 3S2OA 3DK1A 5J25A 1W5VA 3NU6A 1NSOA 4DFGA 5C9FA 3OUBA 1QBSA 5P32A 5HD0A 5P1OA 1DW6C 5IS4A 2ZJIA 3QIHA 4Y37A 4J0TA 3OXXA 5P4QA 4YOAA 5P6HA 3N4LA 3EKWA 1T3RA 2ZHTA 4HA5A 5P8TA 5F00A 5OYRA 3R2FA 4Q1XA 2Q54A 5P25A 5P5KA 4TRZA 2Z54A 5FIVA 1RQ9A 1UH9A 1ZP8A 5P89A 3CKRA 1HVIA 4D85A 3PHVA 4LXMA 3KDDA 5P23A 3TKGA 1YX9A 5P5SA 1BDQA 3OADA 5P29A 4H3IA 2BPYA 5P65A 4I0HA 4EYRA 5P48A 3MSKA 2PMAA 2G26A 5P0IA 4DQGA 3NU9A 3GI0A 3APPA 5P6KA 4U7VA 3QVIA 1AXAA 5P57A 1YTHA 5UPJA 2VNMA 1LF3A 1EPOE 5P59A 1F34A 4Y3MA 3SM2A 3K5CA 5P75A 5P1GA 2VJ9A 5KQYA 2FIVA 5P16A 9HVPA 5P31A 1LV1A 3NWXA 5P5UA 5P3NA 3DCRA 2HPFA 4ZSQA 4OBHA 5HDVA 3T6IA 5P1IA 2G1NA 5P0LA 5P2QA 2PH6A 4L1AA 5P5MA 2ZHUA 4GJ6A 1IVQA 5P7BA 5P5GA 1T7IA 1B6KA 1E81E 1D4SA 5P6SA 3VYDA 1MTRA 3G72A 1NH0A 3GI5A 5P7YA 3SACA 5P4VA 1OD1A 5P6LA 3OHFA 1ZSRA 4FRIA 5OYVA 5COKA 5OZOA 5COOA 4DQFA 4OBJA 4Y38A 2P3DA 5P5BA 3LPKA 5KR2A 4Y48A 2HB4A 1APVE 5P27A 5P43A 2QMDA 4D8CA 2OHQA 4M8YA 1META 4Y35A 4I8ZA 2QK5A 5E5JA 4CPRA 2HM1A 2WF3A 3SPKA 1AIDA 2QZKA 5P8QA 3UF3A 2WEBA 3T7PA 3QBHA 5P0JA 4DJQA 4DJOA 2O4SA 5OYTA 3IN4A 5AHAA 3KFPA 3LNKA 4LC7A 2OHKA 3OHHA 5P67A 2OHNA 4CPUA 5IE1A 5P7MA 1AAQA 4AUCA 4Y45A 4GJCA 1YTJA 1M4HA 4OC6A 1HRNA 3B80A 3HLOA 1TCXA 5P0SA 3RSVA 3S54A 3AIDA 5P2UA 5P07A 4NJSA 5P58A 4Y58A 4I0EA 5HE7A 1AJVA 1HHPA 5P0QA 3OU1A 2VA7A 5OZDA 4KUPA 5P0NA 3CMSA 3TPPA 1D4JA 3VSXA 5P2ZA 3OU4B 5P2WA 5P2KA 4RCFA 2I4WA 5P83A 5HE5A 5P7HA 3KYRA 3T7QA 1VIKA 3UDPA 5OZVA 3GW5A 4DJWA 5KOSA 5P1PA 4ZLSA 3URJA 5OZ7A 1D4LA 1BWBA 1XN3A 2JE4A 1EBZA 4CKUA 2OHPA 4EHCA 5OZNA 5CLMA 3CKPA 5P5NA 3INHA 5DGWA 5P5AA 3FNTA 4J1FA 5P2CA 1TSUA 1C70A 1PPME 3GI4A 3ZKMA 5P0HA 2BPVA 4DUSA 4ZSMA 3TOGA 3BXRA 5P2HA 5P0GA 3IN3A 3L5EA 3WSJA 3PI5A 4QJAA 4B1CA 1PFZA 2OF0A 3LHGA 5P3FA 6FIVA 4J0ZA 3IXKA 3OQFA 5P4CA 3SA4A 5P3BA 2I4UA 4FM6A 3EM6A 2H6TA 1BDLA 3VUCA 4GB2A 5P0MA 5P0YA 4DPFA 5P28A 4H3FA 1IZDA 1E82E 4HLAA 5P52A 5KR8A 5OZ6A 5P0RA 2Q64A 5P8SA 4I1CA 4J1HA 5P6AA 4Z4XA 5C9DA 2R43A 4L7JA 1A9MA 3SKFA 1NPVA 4GYEA 3TPRA 5P3GA 3QP0A 4HEGA 5OZIA 2SAMA 5P0BA 4Y4UA 2P3BA 2PYMA 3TOFA 5P4OA 3PB5A 5P6XA 5AGZA 1EAGA 1FMXA 3HAWA 5P8AA 1XE6A 3RVIA 3O9HA 5OZHA 3NUOA 5P80A 3O9IA 5P3YA 1FFFC 5P0XA 2Q5KA 5P6UA 2BB9A 3TH9A 3FKTA 4BFBA 1HTGA 3DM6A 5C9BA 1TQFA 2QNQA 1HTEA 5OZ4A 4Y5NA 5P44A 3ZKIA 4F73A 2QU3A 2FXDA 5P3UA 1FG8C 1SDVA 5BRYA 4D89A 5OZJA 3OADB 3LIYA 2NXDA 1HVCA 1B6MA 4ACXA 3VYFA 1LZQA 5P3XA 2QI1A 5KOQA 3UQRA 3OXWA 5P4IA 4GJDA 1YTGA 4FL8A 3IA9A 2IKOA 2HAHA 4NPUA 2AODA 2AVMA 4YD5A 2UXZA 5I3VA 5P71A 2PC0A 4L7HA 5P7XA 3LIXA 5SZ9A 3NWQA 4XXSA 1HSIA 1TCWA 3OTSA 1UPJA 3H5BA 3KFRA 2XFKA 4ER2E 2BBBA 5HDZA 4YD6A 3CICA 4ZIPA 3EL1A 4Y3LA 2XFJA 1C6YA 3LZSA 4NJTA 2NMZA 2V00A 1B6JA 3S8IA 5OYQA 3BVBA 5P4LA 4L1AB 3KF0A 3M9FA 2RKFA 2I4XA 3OOZA 5P0OA 2VIYA 1FMBA 4PEPA 5P6JA 1K6TA 3I2LA 4RLDA 3SA5A 2FNSA 3LZUA 1EPME 3LPIA 4KB9A 1DP5A 2ZGAA 4QGIA 5P7CA 3PEPA 1AVFA 3NLSA 1GNMA 5P4WA 1KJHA 3KFNA 1FG6C 3BHEA 3INDA 5OZTA 4QLHA 1BXOA 4QJ6A 1HIHA 1D4IA 3SLZA 3APRE 3K4VC 2F80A 5P6VA 4JOOA 5P1FA 5OYXA 4YD4A 2NPHA 2ZHRA 5HE4A 3MSJA 2RENA 2F3KA 1EBWA 3SA8A 5P55A 4YDFA 5P5VA 5P00A 4RRSA 4F74A 5P3LA 1TW7A 2IENA 3L3AA 2AIDA 5P0FA 2I4QA 3Q70A 5P8UA 1DAZC 3PRSA 2I4DA 2XFIA 4WY1A 2BKSA 3OUAA 2ANLA 3D91A 2XYFA 5P7LA 5P0DA 3WB4A 5P38A 1FIVA 4CPTA 3LZYA 5P3DA 1FQ6A 2RKGA 4GJ9A 3BVAA 3OQDA 3UDKA 3KMXA 4YCKA 2R8NA 2ZHVA 2WHHA 1BV9A 3OUDB 1U8GA 1HOSA 5P4KA 5P02A 4ZSPA 1WBMA 4FIVA 5P0CA 5P63A 1GVXA 4YCYA 4Y54A 4QJ7A 3UHLA 1YM2A 1KJ7A 5P7KA 3UQUA 1BVEA 1FQ4A 1SDTA 4B72A 4APEA 1BIMA 2QZWA 3TPLA 2QHZA 1GKTA 3Q4BA 3VFBA 1LYAB 5P15A 1UH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4E A;  3ZMG A;  3LPJ A;  5P33 A;  5P2E A;  2OHM A;  1W5W A;  3I6O A;  5P26 A;  2PQZ A;  2ZHS A;  1GNO A;  3B7V A;  1AM5 A;  1ZAP A;  2ZYE A;  1HPO A;  2A1E A;  3HD8 A;  4OBZ A;  5P1N A;  2IDW A;  5P79 A;  2WED A;  5OZM A;  3I7E A;  2V16 C;  4TRW A;  4FCO A;  2VNN A;  5P72 A;  1GNN A;  2WEA A;  2QHC A;  3UDY A;  4B00 A;  4YE3 A;  2ZJJ A;  4FSL A;  4F75 A;  5P3A A;  5HVP A;  5P3T A;  5AH8 A;  4NJU A;  5P1M A;  3QVC A;  1KJF A;  5P5Z A;  3OTY A;  2QD8 A;  2QHY A;  5DGU A;  1OHR A;  4OD9 A;  1CPI A;  3WZ8 A;  2P3C A;  3H0B A;  2WEC A;  1D4K A;  1G35 A;  3O99 A;  3BRA A;  5P6T A;  5P1T A;  3D20 A;  3U6A A;  5P2O A;  5DR1 A;  3PCW A;  5P7G A;  4RYG A;  3S43 A;  3L58 A;  5SY2 A;  5IVS A;  5OZP A;  2JXR A;  3OY4 A;  3KDC A;  5P40 A;  5P2D A;  4HDB A;  2Q15 A;  3GGV A;  7HVP A;  4Y3F A;  3BUG A;  5P22 A;  3S53 A;  5P34 A;  3MXD A;  3DV5 A;  4J1E A;  3ZKX A;  1TZS A;  4Y53 A;  4K4Q A;  4PPH A;  5P87 A;  1EC2 A;  4DJV A;  3ECG A;  4I0J A;  5HU1 A;  4HVP A;  3EM3 A;  5SXN A;  1DMP A;  5P11 A;  1K6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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