4OBFA

Crystal structure of nelfinavir-resistant, inactive hiv-1 protease variant (d30n/n88d) in complex with the p1-p6 substrate variant (s451n)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obfA00
1FG8C 1LYBA 1EC2A 5P6TA 3ER5E 1SDTA 3PHVA 4I0FA 5P7JA 4L7JA 2BQVA 1BVGA 3LZVA 2I4XA 1APWE 5P1FA 3SKGA 3OU4B 4FM7A 3KYRA 4CPRA 1ER8E 5P1RA 3EL9A 3WB5A 4F74A 3QBFA 4YBIA 5OZ9A 2B7ZA 3IGBA 3BGBA 1FB7A 5AHCA 1EC3A 5P2SA 5P5PA 2BB9A 4I0ZA 5P0KA 3NDXA 3URLA 5DR0A 2VIYA 5P2CA 5ENMA 2VKMA 2ZGAA 4LL3A 1APVE 5HE5A 4XXSA 3KFNA 4BFBA 2PK6A 4FRKA 3JVYA 3URIA 3M9FA 2ER6E 3PMUA 1HIVA 5P8EA 4RVIA 3SA7A 4Y3QA 2OAHA 5P4QA 5DQ5A 1HVLA 5P1LA 5P1PA 2V12C 4JOOA 1BWAA 1E82E 2B7FA 4OC6B 2B8LA 3LZYA 3PI5A 3EKQA 4Y4XA 5P1ZA 3QRMA 5P2ZA 3I7EA 5DR3A 1YG9A 5P4XA 4OBHA 3NU3A 3BGCA 5UPJA 5KR8A 5P6FA 4ZPFA 2ZHTA 5P2VA 1KJFA 4YCYA 2QI0A 2IS0A 5SY2A 2P83A 2WF2A 4Y4TA 4B70A 3OQFA 3VYEA 3UQRA 1XS7D 2FDDA 4J54A 4ER2E 5F01A 5P3IA 5P6AA 2H6SA 1F7AA 4YOAA 1FQ7A 4YA8A 1HVRA 2ANLA 3TPRA 4PHVA 1AJVA 1HHPA 5P4NA 4DV9A 4QJ6A 4Y4ZA 4MC9A 4Y48A 1RNEA 5P3SA 1HEFE 5AH6A 4TVHA 2V16C 2NMYA 3S43A 3JW2A 4PZWA 3SLZA 3O9HA 3LNKA 3NUJA 5OZIA 2ZDZA 5P5VA 3UQWA 2V10C 4Y50A 5P1UA 4B0QA 5P2KA 2QD6A 4Y5NA 3D91A 2QP8A 5T4SA 4Y3HA 3VG1A 2ZHSA 3EKVA 1C6YA 1Z8CA 5P7LA 1IBQA 4B77A 3NDWA 4I0JA 2Q15A 1MRXA 5ISKA 4A6CA 5P7ZA 1HOSA 1SMEA 4DJUA 4OBKA 2A4FA 4WY6A 3K4VC 1LYAA 1DW6C 4EYRA 5P1EA 1HVJA 4RLDA 3GGUA 4Y4AA 3RTMA 5P78A 1PSNA 5OZWA 4APEA 5COOA 3UHLA 5OZEA 1WBMA 1A30A 5P4HA 5P6PA 4RRNA 3KMYA 5OYQA 5P3FA 5P14A 5P5UA 3GW5A 5P76A 5HDUA 1XL5A 5P4LA 5OZQA 4YCKA 4AMTA 4ZSPA 1EPPE 1TCXA 3T11A 3UCBA 5AHBA 5P0IA 4X2LA 3PGIA 5P3ZA 4ZEAA 5ENKA 3FNSA 4GJBA 4DJQA 2FS4A 2VA7A 2I4WA 3KF0A 3UQUA 5KQFA 3G70A 2RKFA 3OAGA 1K1UA 5P3EA 2XFJA 3T7PA 4OBFA 3BVAA 3HVGA 3FNTA 5P5FA 4DFGA 1TZSA 2PQZA 2QHZA 4HEGA 5P4ZA 3CICA 5P29A 5P70A 5OYZA 5P5GA 3VV7A 3CKTA 1TQFA 1UH8A 1GVWA 2JE4A 4GZFA 3OXCA 5SZ9A 2FLEA 2I0AA 4OD9A 4Q5MA 1ZSRA 2VJ9A 5P2BA 3NSHA 3JVWA 3ZKGA 3SPKA 3HBOA 1LF3A 5OZ0A 5P2IA 4YHQA 5P8IA 4TRZA 2PC0A 2WL0A 5P1HA 5P8FA 6FIVA 2Q3KA 5P5OA 1IVPA 4B1EA 5P0JA 5JFPA 3T7QA 2V13A 1D4SA 2ZJJA 3BVBA 5P2FA 4YD4A 3LITA 5P3KA 4HDPA 5P02A 5P1XA 5DR7A 2G22A 2IEOA 3DK1A 2QMPA 4RCFA 1T6EX 3OAGB 3NDUA 1GNOA 1HTGA 1LF2A 2HC0A 2JXRA 3HW1A 3SFCA 1NH0A 3ZKQA 4K9HA 1M4HA 5P2MA 2XFKA 1AXAA 4J0TA 3SABA 4GJ7A 1D4HA 5P0HA 2ZJLA 1K2CA 1FQ8A 1K6PA 3K5FA 2F81A 5DR1A 5P8BA 3INEA 2RMPA 3RU1A 2QAKA 3SACA 4OBZB 5P5XA 2HS1A 5P0VA 1GVXA 4KB9A 3Q4BA 5P18A 1LEEA 4Y58A 1AIDA 3SA8A 3O9GA 5HVPA 4RRSA 5P79A 5P1WA 1FFIC 4J55A 1SIVA 5KAOA 3EKPA 3ZPUA 5P7MA 5OZOA 2JJIA 5P3VA 4Y6MA 4DJOA 2QCIA 3OXWA 5P48A 5P8CA 1SMRA 2BPYA 3EL0A 3L5CA 3OADB 3TKGA 5P2HA 4ZSQA 4X7IA 2R5PA 1FG6C 3OQKA 3HZCA 4I8ZA 5P46A 5P57A 2ZJMA 3NYGA 2CEMA 2ZJIA 5P6MA 5HDVA 5P6YA 1WBKA 3LIYA 5P1SA 5P41A 4YOBA 3HAUA 2R9BA 2HB4A 3KM4A 4NJVA 4Y3LA 5P3TA 4L6BA 5OYYA 1Q9PA 5P5KA 3PSGA 4LXKA 4RYCA 5OZKA 1GKTA 4NPUA 3HVPA 3R4BA 5P7VA 3NWQA 1RPIA 5P2OA 2FNTA 3OU1A 3KT2A 4LXAA 8HVPA 5C9FA 3NDTA 4B1DA 5P09A 3K5GA 2UY0A 3HLOA 4Q1XA 5P8TA 5JG1A 2R3TA 5P2RA 4YDFA 3QPJA 5OZVA 4WY1A 5P0QA 1HVSA 5HU0A 2HPEA 4Y57A 4Y39A 5P69A 2FMBA 3VCMA 5DQ4A 5P3RA 3UFNA 5OYWA 2R38A 3OOTA 3L5DA 2AQUA 1UH7A 2AOJA 1XN3A 3VFBA 1DIFA 1BWBA 1EPLE 3OUDA 4NPTA 5P19A 3KA2A 2ZHVA 4GJ8A 5P67A 1APTE 3B7VA 5P01A 3MSLA 5P35A 5P16A 1HVCA 3IXJA 4D89A 1SGUA 3PRSA 4Y3SA 1EPNE 2ZYEA 3IAWA 1PROA 3PB5A 4FGXA 3D20A 2QHYA 1J71A 1YTJA 3LPJA 1ZAPA 1YT9A 5P7YA 4XX4A 1LS5A 4GYEA 3VEUA 3OUCA 1C6XA 2QK5A 3OU1B 1ZSFA 5E5JA 2SAMA 1ME6A 4Z50A 1FIVA 5P7BA 5OZ2A 5TOLA 4DPIA 5OZNA 5HE7A 1AJXA 3CIBA 2IRZA 2CENA 2Q5KA 1OEWA 5P0GA 1FKNA 1TCWA 1YTGA 3UDHA 4RGHA 5P5AA 4LAPA 1IVQA 5HTZA 5P34A 4Y3TA 5P6VA 2AOFA 3BUHA 2FDEA 5OZJA 5P89A 1PPME 3TOGA 1YX9A 3RSXA 4EJDA 3OXVA 3QN8A 2QI6A 5P28A 3U71A 1ZTZA 3KN0A 2QZXA 5I3XA 4GJDA 2WJOA 5P4MA 3ZMGA 1FFFC 5P11A 3QROA 1A8GA 3S2OA 5P8QA 2OHNA 4J0PA 5P4CA 2PSUA 2WHHA 1HXBA 4EXGA 3FX5A 4RYGA 4EP3A 3KDDA 2PSVA 2QNQA 5P63A 4E43A 2QMDA 2PWCA 5P2LA 3O9BA 5EZZA 2H6TA 5P75A 4OBGA 5OZZA 3O9EA 1XE5A 5P6UA 4QLHA 5OZAA 5DR4A 5KR1A 3WZ8A 1D4JA 5P6GA 5P7KA 2P8HA 4LBTA 1ZJ7A 4L7HA 3K5DA 3OK9A 4BEKA 2Q64A 3PJ6A 4ZIPA 1META 2VA6A 4R92A 3IVIA 1RQ9A 1EBWA 5AH7A 1MT9A 1ZBGA 4RCDA 4YD7A 3S53A 5P4TA 1UH9A 2QI5A 3NU5A 4OC6A 1LV1A 4B78A 1K2BA 4GB2A 2OHQA 3SA9A 1HPVA 4Y4BA 4FCOA 1U8GA 4Y36A 1SIPA 4FE6A 4DJPA 5P3XA 3CIDA 1HPOA 5P0RA 2G1RA 4Y4WA 5DR8A 1K6CA 4R5NA 2I4QA 1BDLA 2J9JB 4AUCA 3C9XA 3UDKA 3IN4A 1FF0C 5J25A 3SQFA 2QI4A 4Y5KA 2R5QA 3O9FA 4DJRA 2QD8A 2AOHA 4Q1WA 1EC1A 4EJLA 1QBUA 5P0ZA 1MPPA 2QI3A 3KFRA 5P4IA 1HIHA 3OQAA 1XL2A 3TPJA 5P43A 5P1NA 1HRNA 2AZ8A 5P3MA 5P3UA 4ER1E 1KJ7A 3CYXA 5P54A 5OZBA 3G72A 3RVIA 4J1CA 3H5BA 1TSQA 1MT7A 1CZIE 2P4JA 2BJUA 5P5WA 3B80A 5P07A 5P1DA 5P23A 4Y3ZA 5P88A 2ZE1A 4J1KA 4Y3PA 3L5BA 3ZPTA 5KQYA 3GGVA 4GJ6A 2OF0A 2V0ZC 1IIQA 4H3GA 4L1AB 4GJCA 3PBZA 4YE3A 2NMZA 1EAGA 5P7IA 1D4LA 4QJ7A 4I0GA 4OBDA 1VIJA 4DJWA 3VF5A 1AVFA 5E5KA 5IS4A 3PSUA 4XX3A 1MVPA 5P77A 3MSJA 1G6LA 5P60A 5P6WA 1PSOE 3CKPA 4J1FA 3ZKXA 5P2DA 1EPME 3EKWA 5P3WA 3KFPA 4RCEA 5P1YA 2F80A 5P47A 2FXEA 1HPXA 2ER9E 3QVCA 5OZMA 5OYUA 4R8YA 3UDJA 1JLDA 2QI7A 2QI1A 5P26A 5P8RA 1G2KA 6APRE 3SA5A 5P8LA 2FGUA 4Q1NA 1KJHA 3LIXA 1W5XA 5P6RA 2V11C 4Y3YA 5OYTA 1K6VA 1ODWA 1OEXA 3EL4A 3PCWA 4Y41A 2OHTA 4H1EA 1BXOA 4YDGA 4ACXA 2HAHA 3ZKIA 3O9DA 5P5JA 5P2QA 2G24A 1W6HA 2MIPA 5BRYA 3WB4A 3VLBA 3PLDA 5P5RA 5ER1E 3RTNA 5P27A 2G94A 3S54A 1MSMA 3ECGA 5P7EA 3KDBA 3QVIA 3EKYA 4I11A 3OXXA 1QBRA 4K4PA 4U8WA 4D8CA 1GNMA 1APUE 4EP2A 5P50A 3EKXA 5OZDA 6UPJA 5APRE 1EC0A 4Z22A 5COKA 5P6EA 1QRPE 4DJYA 2BPWA 2RSPA 3AIDA 5HCOA 3L5FA 4FLGA 3GI0A 5P4DA 2UPJA 5P8DA 5P6SA 3UFLA 1DAZC 4Z2ZA 5OZRA 5P1MA 4K4RA 3GI5A 1LF4A 2AZCA 1NPAA 2VIJA 5P0CA 5OZHA 4B72A 1E81E 3VF3A 4WTUA 1BDQA 1MSNA 1W5WA 2F3KA 4R95A 5IVQA 4OBZA 3NLSA 4F76A 1E80E 5P5SA 1SDUA 5P6XA 4GIDA 4Y3DA 1N49A 5P8AA 4EWOA 4J0VA 4DPFA 1HEGE 5OZCA 1G0VA 4HZTA 3WZ7A 2HB3A 3L58A 1BDRA 4RROA 2F8GA 4Y3GA 1FGCC 3OGPA 3PWWA 3OADA 1HIIA 4I0IA 4B05A 4DQEA 5P0EA 4FIVA 3RTHA 4NJTA 3D1YA 3LPIA 3LINA 3SM2A 3OY4A 3IA9A 3URJA 1T6GA 1AM5A 2WF3A 2O4PA 2AOCA 1KJGA 4Y4DA 5OZ1A 5P1QA 4D83A 4GJ9A 5P66A 4I8WA 4F73A 5P40A 5AHAA 3IVHA 3R0WA 2WEBA 1UPJA 1Z1HA 3O99A 5P3QA 3L3AA 5P6CA 5BS4A 5P5MA 5DGUA 1DPJA 2QD7A 4DJXA 5P0TA 5P8VA 2QNNA 2B8VA 1SGZA 2BBBA 4GMIA 5CLMA 5P31A 5P6IA 3PWMA 5JODA 5P4RA 5OZ8A 2VJ6A 5P6JA 1DP5A 4EQ0A 3UDPA 2ER7E 3L5EA 5P4FA 3F9QA 5FIVA 1BVEA 4KE0A 5P6ZA 2AVVA 5P5ZA 3Q70A 4I0EA 3QRVA 1F34A 2PH8A 1SH9A 2A1EA 5P30A 3SAAA 1YM4A 3BXRA 2HPFA 3QBHA 3D3TA 1ZLFA 4I1CA 2XYFA 5P5CA 4FAEA 5P0OA 2O4LA 1T7JA 3DOXA 5OZTA 1FEJC 5ISJA 5OZSA 5P3BA 3QS1A 1FQ5A 5OZLA 5JFUA 2P3DA 1B6JA 4J0ZA 1EPQE 2PSGA 5P4JA 1Z1RA 5P8OA 1HTFA 5P5BA 4U7VA 5P6BA 2Z54A 5DQ2A 1B6LA 2OHRA 3OU3A 1LYWB 4J1HA 5OZXA 1DMPA 2AVMA 2BPZA 3SA3A 3OUBA 1FLHA 3MSKA 1HXWA 3MXDA 4Y3JA 2ER0E 5P7AA 4FL8A 5P0XA 3VF7A 4YD5A 4FAFA 5P42A 2NXLA 5IVSA 4Y5LA 3QI1A 5P3DA 5P32A 4LHHA 5P7HA 2VS2A 4GJAA 1EBKC 4Y3MA 4QJ8A 1M43A 5P58A 5OZPA 2PYNA 2P3BA 4I10A 5P7FA 3I2LA 1KJ4A 5P13A 1BIMA 3SA4A 2QMFA 5P17A 4FSLA 5P49A 2FIVA 1YM2A 3H0BA 3SO9A 4HVPA 3TOFA 2G1OA 3EM6A 5P03A 2ZJHA 4DQHA 3D1XA 5P12A 3LHGA 3MWSA 2AVQA 4Y51A 4Y5EA 5P7CA 5IVRA 1MRWA 5P8KA 3ZLQA 3CYWA 5P55A 4YBFA 5F00A 3PEPA 5P22A 2WEDA 5P0WA 2OHPA 1MEUA 4I12A 5P24A 3VSWA 4CPTA 2Z4OA 3I25A 3IXKA 4ZPEA 3T7XA 3UPJA 3UDNA 3NU9A 1HWRA 2G27A 5P0UA 3NWXA 1G35A 3ZKSA 5P0LA 4B1CA 2Q11A 1IZHA 3LZUA 2WF4A 5KOQA 4YD6A 1W51A 5P5EA 1FMBA 2P3BB 2G21A 5EZXA 1A94A 2AODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FG8 C;  1LYB A;  1EC2 A;  5P6T A;  3ER5 E;  1SDT A;  3PHV A;  4I0F A;  5P7J A;  4L7J A;  2BQV A;  1BVG A;  3LZV A;  2I4X A;  1APW E;  5P1F A;  3SKG A;  3OU4 B;  4FM7 A;  3KYR A;  4CPR A;  1ER8 E;  5P1R A;  3EL9 A;  3WB5 A;  4F74 A;  3QBF A;  4YBI A;  5OZ9 A;  2B7Z A;  3IGB A;  3BGB A;  1FB7 A;  5AHC A;  1EC3 A;  5P2S A;  5P5P A;  2BB9 A;  4I0Z A;  5P0K A;  3NDX A;  3URL A;  5DR0 A;  2VIY A;  5P2C A;  5ENM A;  2VKM A;  2ZGA A;  4LL3 A;  1APV E;  5HE5 A;  4XXS A;  3KFN A;  4BFB A;  2PK6 A;  4FRK A;  3JVY A;  3URI A;  3M9F A;  2ER6 E;  3PMU A;  1HIV A;  5P8E A;  4RVI A;  3SA7 A;  4Y3Q A;  2OAH A;  5P4Q A;  5DQ5 A;  1HVL A;  5P1L A;  5P1P A;  2V12 C;  4JOO A;  1BWA A;  1E82 E;  2B7F A;  4OC6 B;  2B8L A;  3LZY A;  3PI5 A;  3EKQ A;  4Y4X A;  5P1Z A;  3QRM A;  5P2Z A;  3I7E A;  5DR3 A;  1YG9 A;  5P4X A;  4OBH A;  3NU3 A;  3BGC A;  5UPJ A;  5KR8 A;  5P6F A;  4ZPF A;  2ZHT A;  5P2V A;  1KJF A;  4YCY A;  2QI0 A;  2IS0 A;  5SY2 A;  2P83 A;  2WF2 A;  4Y4T A;  4B70 A;  3OQF A;  3VYE A;  3UQR A;  1XS7 D; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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