4OBHA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with the p1-p6 substrate variant (l449f)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obhA00
1HBVA 1HOSA 5P5XA 1HPVA 1BVEA 1BAIA 3SA9A 3OQKA 3NWQA 4GZFA 5P8PA 1MSMA 4NJUA 5TOLA 5JODA 1BDLA 1OEWA 5CONA 5P1CA 1HPXA 4S1GA 4Y47A 3OQAA 1YTHA 5AHAA 1DIFA 3D1YA 5P79A 1E82E 4OBDA 1AJXA 4Y3GA 5P6HA 2NXMA 4HE9A 1AXAA 5P7AA 4A6BA 4PEPA 5P51A 3ZPUA 1TW7A 1TCWA 1XL2A 1IZHA 2FDDA 5KQFA 1Z1RA 4DJQA 4MC1A 2VNNA 1FQ8A 3PHVA 3NUOA 5C9FA 1EPNE 5OYSA 2QP8A 3PSGA 3I8WA 4GJ9A 4ZSPA 3WZ6A 4K4RA 4APRE 2OHSA 1BWBA 4DJVA 5P1HA 2FGVA 1HWRA 3NXEA 5OZXA 3NWXA 3KFSA 5IVTA 3L5EA 1YT9A 1META 2OHUA 3I25A 5P6VA 2I1AA 3OUBA 5OZ1A 5P7WA 5P8RA 3U71A 3FSMA 4DPIA 4Y3YA 3HZCA 3GI0A 5P1AA 5P1DA 1XE5A 5HDZA 1HXBA 4I0GA 4RYGA 5P0CA 1NPVA 5P2OA 3ZKQA 4Z2ZA 3SLZA 4AA9A 2QZXA 5P20A 4PHVA 5P7XA 4EQ0A 3BVBA 1RV7A 2P3CA 4YBFA 4CPUA 1BDQA 4J1EA 4ER1E 4N00A 3EKVA 5DQ1A 1DW6C 1D4LA 5P8AA 5P1WA 3DJKA 3RVIA 4YD5A 3PRSA 4TRWA 5P7OA 5P8SA 4DUSA 1HPOA 4ZIPA 5P7VA 3I7EA 1W51A 3QN8A 4Y3WA 3T7PA 5IVRA 4QLHA 5JFUA 2QMFA 5EZXA 5P3EA 2V00A 3HAUA 5P7LA 1HHPA 4Y39A 3OAGB 3H5BA 5P82A 1PFZA 4IVSA 4L1AA 3ZKIA 1HEFE 4K9HA 5E5KA 1BDRA 5P2EA 1GNMA 3ER3E 3PEPA 5P49A 4Y5MA 5P5HA 4ZLSA 3SA6A 1EAGA 5OZYA 2NXDA 5HTZA 2QNPA 1T6GA 1UH8A 3IXKA 1MT7A 1ME6A 5APRE 3S53A 5OZVA 1D4JA 2P83A 2FMBA 5P7DA 2R3TA 4CPSA 1GVTA 5P6RA 5DQCA 1TZSA 2RMPA 3SA4A 5P8JA 5P7EA 9HVPA 3B80A 5OZNA 2JJIA 4I0JA 3KT2A 3LIQA 3F9QA 1FFIC 2OHRA 2WEBA 2RSPA 2P3AA 5OYZA 4BFBA 4XX3A 4J0YA 4ER4E 2WHHA 5P0IA 2R8NA 3KDDA 2FNTA 3HVGA 5AGZA 3TOFA 5P3HA 3PSYA 5P7FA 3BUGA 4Y5NA 1K1UA 1KJGA 2ASIA 3OQFA 5P2IA 5I3YA 2XFIA 4J1FA 2HIZA 2O4LA 5P6ZA 3U7SA 5P07A 3UQRA 3AIDA 4NKKA 5P2XA 5IE1A 3PBZA 5OZ4A 5P37A 5DR0A 3ZOVA 5P3BA 4FLGA 1T7IA 4DI2A 1LYAA 1G2KA 5HDUA 1B6LA 4CMSA 5P1VA 3ZLQA 1OD1A 3TOHA 4KE1A 4FGXA 3JVWA 1AJVA 2Z4OA 3UDMA 2IS0A 5P2MA 4DV9A 3PVKA 4LXKA 3T3CA 2I4UA 3GI5A 4Z22A 3C9XA 4L1AB 3TKGA 3OOZA 3HD8A 3URLA 3BVAA 4HDFA 5P1UA 4JP9A 4R91A 5P22A 3L38A 5AH6A 5DQ5A 4R95A 4U7QA 1QDMA 5P1MA 4Y5GA 4DJWA 4DJRA 4FS4A 2PC0A 5HE5A 3L5FA 2QNNA 5P4BA 3QROA 5P1XA 5COKA 3SABA 2VKMA 2P4JA 2JXRA 2PH6A 3I6OA 4FM7A 2ZJLA 1HSHA 4JPEA 1HVIA 2AOEA 1DPJA 3DM6A 2CENA 4Y3RA 5HD0A 5P0EA 2VIZA 3IN3A 2HC0A 5DR4A 1B11A 2FDPA 3LZUA 3D1XA 3UQUA 2FXEA 3GI4A 2NMYA 5OZUA 1TSQA 1LF4A 5OZEA 5P3TA 5P1EA 3QRSA 4H3JA 3R0WA 1XL5A 1MTBA 5P3UA 3QRMA 1QBUA 4B05A 3OK9A 1HVCA 2WJOA 5P8QA 5P55A 2HB3A 5P44A 3PJ6A 3EM6A 2AZ9A 5P1RA 4M8XA 4RRNA 2ER7E 1GKTA 3EL0A 5P4QA 3APPA 3INHA 4K4QA 5P8HA 1TQFA 5P5EA 4GJCA 2UXZA 1LYAB 5P1QA 1BV7A 5P3JA 5P6SA 2ER9E 4WY6A 3VCMA 5P66A 3KMYA 2R9BA 4COEA 3K5FA 3VLAA 5P5GA 2G27A 5P0MA 1D4HA 1FEJC 5HE4A 1PPLE 2AOFA 1IZEA 5P5AA 4D88A 4Y4EA 4Y50A 5P4NA 4GMIA 2IKOA 5P4SA 3QBFA 3SO9A 1ZAPA 5P3KA 2OHMA 4NJSA 4OD9A 4GJ7A 3PI0A 3APRE 2B8LA 3OU4A 3KA2A 4PZXA 2V0ZC 5ISKA 3S56A 3LHGA 1HVSA 4KE0A 3UDRA 2AOHA 2PYNA 4KUPA 2ZHRA 3SQFA 5KQXA 1EC2A 5P3PA 3O9AA 5P24A 5OZQA 2Q3KA 5OZ2A 2WKZA 1M4HA 2Q55A 3ZKNA 2O4PA 3UDHA 1SDTA 2G1RA 5DGWA 5P4UA 5KQYA 2ZGAA 4YCKA 5P7ZA 1C6XA 4QJ7A 5P7RA 5P6BA 5P4CA 3M9FA 2WF2A 5HU1A 2PSUA 1ENTE 2ER0E 2F80A 2VJ9A 3K4VC 3R1GB 5P60A 1JLDA 3NU5A 1XDHA 5P5TA 1QRPE 4M8YA 1FIVA 1FLHA 5P48A 1SP5A 1QBSA 2XYFA 1ZBGA 5P52A 5HCTA 5P3AA 3U6AA 4HVPA 5P7JA 1D4YA 4Q1WA 4YD4A 5P4ZA 4FAEA 6FIVA 5P1NA 2WEDA 2ZJIA 2AVOA 1K6TA 1KJHA 2QI3A 3KDBA 5OYUA 1K2BA 4EJLA 2G24A 2OF0A 3G70A 2F81A 3PGIA 4GJ6A 5DR1A 5P8MA 3JW2A 4L7GA 1BILA 1RNEA 1EBYA 3OY4A 3UTLA 2QMGA 2PWRA 3IVHA 4Y53A 5P2SA 3LIVA 5OZTA 3INFA 4HDPA 4J0ZA 2VA6A 3QPJA 3MXEA 4I0EA 1EPME 5P11A 2ZE1A 5P0NA 1HVLA 4CPXA 1DMPA 1ZSFA 4RGHA 3EKPA 4OD9B 3UDPA 3OU4B 3SM1A 1Z8CA 2WEZA 5P3OA 1BV9A 5P02A 5P23A 5P0XA 5AHCA 5P69A 4MC6A 2O40A 5P5LA 3VYFA 2FIVA 3VYEA 2QAKA 5C9DA 3MWSA 3OUAA 5P2RA 2ZHVA 1D4SA 5P4KA 5P5IA 1EEDP 3PWWA 4I0ZA 5P7TA 1GVUA 3UFNA 3RU1A 1YTGA 3PM4A 1CMSA 4RCDA 3QS1A 4Y4TA 5P5OA 2I0AA 1EPRE 5P4EA 1M0BA 2F8GA 3AUPA 5OYVA 3ZKMA 2BKTA 2QZWA 5P36A 5P3NA 2PWCA 1EC1A 5P57A 2O4SA 3IGBA 5P2QA 5P5MA 5P04A 4CPRA 1B6PA 3T6IA 3OAGA 4FIVA 4Y5KA 3GGAA 4YCYA 3LITA 3LINA 2FS4A 5P2ZA 1B5FA 4K4PA 3NR6A 1WBMA 5OZPA 5P53A 5P0HA 5P34A 2Q64A 3QVCA 5P2GA 5ENMA 5P1YA 1K6PA 1MRWA 5P2WA 3QI1A 1HSIA 3OQDA 1QBTA 5I70A 4OBFA 2IKUA 2ZHSA 3SAAA 1EPOE 3MSJA 4FRIA 5KR0A 5P75A 5IS4A 1TSUA 3SKFA 5P0OA 4EYRA 4YA8A 4DJXA 2Z54A 2BPZA 5P5YA 3FX5A 1FGCC 3WSJA 3MXDA 2V13A 5P74A 5P1IA 4Y3HA 3EKTA 3KYRA 4Y54A 2B42A 5P8LA 1Z1HA 3PB5A 1LZQA 3DOXA 3I2LA 5P5SA 3IXOA 4FCOA 5SY2A 2I0DA 2RKGA 3O9CA 1SMRA 2QD8A 1IDBA 4I0DA 8HVPA 1Q9PA 2ZHUA 3KMXA 5OZBA 5DPZA 2ZJJA 1ZTZA 5P14A 5COPA 5DR7A 1HPSA 4ZPFA 3VFBA 4PZWA 3S8IA 5KOSA 2SAMA 2UPJA 3UDNA 4BFDA 1SMEA 5P2DA 3Q4BA 3VUCA 4Y3EA 4EXHA 3CKTA 1LYBB 4FE6A 5ISJA 1MIQA 5P6QA 2V16C 5P1KA 2G21A 4I8ZA 2QZLA 2G1YA 3L5BA 3UPJA 5P0UA 4Y4DA 1XS7D 3KF0A 4RVJA 1HVRA 5P28A 1VIJA 2R5PA 3BRAA 3L58A 2QI5A 3TTPA 4Y45A 5DQ2A 3KT5A 4OBJA 4J1IA 5P8KA 5P32A 5OZAA 4EHCA 3IAWA 1B5FB 1IDAA 4Y9WA 2BBBA 4FAFA 3OXXA 4Y4ZA 5P2TA 1SGUA 1HTEA 5P7GA 5KAOA 2HPFA 5P54A 5ENKA 1BIMA 5P5KA 5P1OA 4L6BA 1ZPAA 4Y5EA 1W5VA 4B70A 1A9MA 4B1CA 3MSLA 5B18A 3NDWA 2OHPA 3CKPA 3O9HA 4B78A 5P5FA 2PYMA 3FNTA 5P12A 2OHQA 5P7YA 1KJFA 3RSXA 2IL2A 5KR8A 2H6TA 5P81A 5E5JA 5SXNA 4NPUA 2ZDZA 2PMAA 5P5VA 2AODA 5P0LA 4K8SA 2VIJA 5P3SA 5IVQA 3UHLA 1BXOA 2G22A 5P50A 4FSEA 1MEUA 3NU4A 5P3QA 2J9JA 3QP0A 1EC3A 4D89A 3LZSA 3PMUA 4LXMA 3R0YA 4Y4JA 5P6MA 5P0QA 3WZ8A 3UQWA 2QI4A 3ZPTA 3G6ZA 5P0BA 2P3BB 4Y4UA 5P84A 3RSVA 5OZKA 4Q1NA 5P4OA 3OHFA 5P5CA 4UPJA 5F00A 3OGPA 1HTFA 1AIDA 5P3DA 1GNNA 4HLAA 5EZZA 2HB4A 4DQCA 2R3WA 5P6NA 3EKWA 3A2OA 1CPIA 5OZRA 5P1BA 5P3VA 4EJ8A 4H1EA 5P3XA 1RQ9A 5P5WA 5P0RA 1B6KA 4RRSA 1D4KA 5P2LA 5P56A 5T4SA 5I3XA 3EL1A 3PWRA 1IZIA 5P77A 5PEPA 5OZ5A 5P01A 4MC9A 1MUIA 4B1DA 5P1FA 3OWNA 1RL8A 5P27A 2F3FA 4H3FA 1F34A 3L3AA 4FRJA 2AVQA 5OYQA 5P0ZA 2VJ6A 2Q63A 1AZ5A 4EXGA 5BS4A 4TRYA 3OGQA 4DJPA 2FXDA 3SACA 3HLOA 3EBZA 5P0FA 4E43A 3D91A 5P5ZA 1WBKA 2OAHA 3R4BA 4J0VA 3HAWA 4I0IA 2JYSA 3VF5A 2I4VA 3IXJA 5P89A 1MT9A 5P6AA 1ODYA 3VSXA 1ODWA 4I1CA 4OBHA 3O9GA 2AVVA 2NXLA 2WF0A 3EM3A 1MTRA 2AQUA 3IA9A 2J9JB 5HU0A 4D83A 2Q54A 5P8FA 1W50A 4J0TA 4QJAA 4YDGA 2F3KA 4R8YA 3O9EA 3KFNA 3ZPSA 5OZMA 1T3RA 4B0QA 5P6LA 1FFFC 2NMZA 2B7FA 3JVYA 2PSVA 1FB7A 4DJUA 3H0BA 5P1LA 3SA7A 3BXSA 1K2CA 4Y58A 1FF0C 1NH0A 4JOOA 1T6EX 1GVXA 6APRE 1BBSA 4Y5PA 3LPIA 4R5NA 2QNQA 5P08A 5P1GA 1PPKE 2R38A 4MC2A 5P0VA 5P1PA 4A4QA 3EL9A 5JFPA 1LYWA 2QK5A 1OHRA 4EJDA 3INEA 3Q6YA 4GJ8A 5P4TA 5OYRA 3TPRA 2UY0A 4YHQA 2G69A 1HIIA 3ZKGA 5P5NA 1F7AA 1IBQA 1KJ7A 1HTGA 3LPKA 3ST5A 2Q5KA 3QBHA 4GIDA 5P35A 3CICA 4RCFA 5P3YA 4GYEA 3PLLA 4Y3PA 5BRYA 2BB9A 5P40A 2ZJHA 1YM2A 2A4FA 1ZP8A 4QJ8A 3UCBA 1EPPE 4I0HA 5OZ8A 2APRA 4LHHA 4J1CA 3UDKA 3EKYA 2I4XA 2QZKA 2V12C 4FRKA 3SKGA 4EPJA 2R5QA 3UF3A 4F74A 4DJYA 2NR6A 2NPHA 4CPWA 1E80E 3VF3A 2O4NA 3TPLA 4GJ5A 2WF4A 5P8EA 4RYCA 5P85A 4RLDA 3D3TA 3OUDA 4ZSQA 5P0YA 5P8IA 1AM5A 4EWOA 5P0DA 5P4YA 4GJAA 5P62A 1AAQA 1G0VA 2QMPA 4LL3A 3Q70A 1RPIA 3O9IA 4ACUA 3OADA 4ZSMA 1LF3A 4YD3A 5JG1A 1MPPA 5P5PA 4J54A 5P6WA 1NPWA 4IVTA 4Y6MA 4ZPEA 5P2AA 4J17A 2ZYEA 4TVGA 5P2UA 1APTE 1EBWA 1FQXA 3L59A 4ZPGA 5P7KA 1APVE 1EBZA 3KN0A 4LBTA 5P0AA 3OTYA 2QU2A 3NDXA 2WF3A 4YD6A 1LYWB 2G1NA 4Y36A 5OZIA 5P16A 3HDKA 3EL4A 5P5BA 3URJA 3K4VA 4KB9A 5P4FA 3B7VA 3O9BA 5P2CA 4WY1A 3O9LB 5P6OA 5OZLA 5P1TA 5P59A 4NPTA 4I11A 1HEGE 3NU6A 3KM4A 5P68A 4RROA 2G20A 3GGVA 3OUCA 2IEOA 4Y3XA 5P7BA 5P4WA 1YG9A 3VSWA 1M43A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HBV A;  1HOS A;  5P5X A;  1HPV A;  1BVE A;  1BAI A;  3SA9 A;  3OQK A;  3NWQ A;  4GZF A;  5P8P A;  1MSM A;  4NJU A;  5TOL A;  5JOD A;  1BDL A;  1OEW A;  5CON A;  5P1C A;  1HPX A;  4S1G A;  4Y47 A;  3OQA A;  1YTH A;  5AHA A;  1DIF A;  3D1Y A;  5P79 A;  1E82 E;  4OBD A;  1AJX A;  4Y3G A;  5P6H A;  2NXM A;  4HE9 A;  1AXA A;  5P7A A;  4A6B A;  4PEP A;  5P51 A;  3ZPU A;  1TW7 A;  1TCW A;  1XL2 A;  1IZH A;  2FDD A;  5KQF A;  1Z1R A;  4DJQ A;  4MC1 A;  2VNN A;  1FQ8 A;  3PHV A;  3NUO A;  5C9F A;  1EPN E;  5OYS A;  2QP8 A;  3PSG A;  3I8W A;  4GJ9 A;  4ZSP A;  3WZ6 A;  4K4R A;  4APR E;  2OHS A;  1BWB A;  4DJV A;  5P1H A;  2FGV A;  1HWR A;  3NXE A;  5OZX A;  3NWX A;  3KFS A;  5IVT A;  3L5E A;  1YT9 A;  1MET A;  2OHU A;  3I25 A;  5P6V A;  2I1A A;  3OUB A;  5OZ1 A;  5P7W A;  5P8R A;  3U71 A;  3FSM A;  4DPI A;  4Y3Y A;  3HZC A;  3GI0 A;  5P1A A;  5P1D A;  1XE5 A;  5HDZ A;  1HXB A;  4I0G A;  4RYG A;  5P0C A;  1NPV A;  5P2O A;  3ZKQ A;  4Z2Z A;  3SLZ A;  4AA9 A;  2QZX A;  5P20 A;  4PHV A;  5P7X A;  4EQ0 A; 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 3HVG A;  5AGZ A;  3TOF A;  5P3H A;  3PSY A;  5P7F A;  3BUG A;  4Y5N A;  1K1U A;  1KJG A;  2ASI A;  3OQF A;  5P2I A;  5I3Y A;  2XFI A;  4J1F A;  2HIZ A;  2O4L A;  5P6Z A;  3U7S A;  5P07 A;  3UQR A;  3AID A;  4NKK A;  5P2X A;  5IE1 A;  3PBZ A;  5OZ4 A;  5P37 A;  5DR0 A;  3ZOV A;  5P3B A;  4FLG A;  1T7I A;  4DI2 A;  1LYA A;  1G2K A;  5HDU A;  1B6L A;  4CMS A;  5P1V A;  3ZLQ A;  1OD1 A;  3TOH A;  4KE1 A;  4FGX A;  3JVW A;  1AJV A;  2Z4O A;  3UDM A;  2IS0 A;  5P2M A;  4DV9 A;  3PVK A;  4LXK A;  3T3C A;  2I4U A;  3GI5 A;  4Z22 A;  3C9X A;  4L1A B;  3TKG A;  3OOZ A;  3HD8 A;  3URL A;  3BVA A;  4HDF A;  5P1U A;  4JP9 A;  4R91 A;  5P22 A;  3L38 A;  5AH6 A;  5DQ5 A;  4R95 A;  4U7Q A;  1QDM A;  5P1M A;  4Y5G A;  4DJW A;  4DJR A;  4FS4 A;  2PC0 A;  5HE5 A;  3L5F A;  2QNN A;  5P4B A;  3QRO A;  5P1X A;  5COK A;  3SAB A;  2VKM A;  2P4J A;  2JXR A;  2PH6 A;  3I6O A;  4FM7 A;  2ZJL A;  1HSH A;  4JPE A;  1HVI A;  2AOE A;  1DPJ A;  3DM6 A;  2CEN A;  4Y3R A;  5HD0 A;  5P0E A;  2VIZ A;  3IN3 A;  2HC0 A;  5DR4 A; 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 5OZ2 A;  2WKZ A;  1M4H A;  2Q55 A;  3ZKN A;  2O4P A;  3UDH A;  1SDT A;  2G1R A;  5DGW A;  5P4U A;  5KQY A;  2ZGA A;  4YCK A;  5P7Z A;  1C6X A;  4QJ7 A;  5P7R A;  5P6B A;  5P4C A;  3M9F A;  2WF2 A;  5HU1 A;  2PSU A;  1ENT E;  2ER0 E;  2F80 A;  2VJ9 A;  3K4V C;  3R1G B;  5P60 A;  1JLD A;  3NU5 A;  1XDH A;  5P5T A;  1QRP E;  4M8Y A;  1FIV A;  1FLH A;  5P48 A;  1SP5 A;  1QBS A;  2XYF A;  1ZBG A;  5P52 A;  5HCT A;  5P3A A;  3U6A A;  4HVP A;  5P7J A;  1D4Y A;  4Q1W A;  4YD4 A;  5P4Z A;  4FAE A;  6FIV A;  5P1N A;  2WED A;  2ZJI A;  2AVO A;  1K6T A;  1KJH A;  2QI3 A;  3KDB A;  5OYU A;  1K2B A;  4EJL A;  2G24 A;  2OF0 A;  3G70 A;  2F81 A;  3PGI A;  4GJ6 A;  5DR1 A;  5P8M A;  3JW2 A;  4L7G A;  1BIL A;  1RNE A;  1EBY A;  3OY4 A;  3UTL A;  2QMG A;  2PWR A;  3IVH A;  4Y53 A;  5P2S A;  3LIV A;  5OZT A;  3INF A;  4HDP A;  4J0Z A;  2VA6 A;  3QPJ A;  3MXE A;  4I0E A;  1EPM E;  5P11 A;  2ZE1 A;  5P0N A;  1HVL A;  4CPX A;  1DMP A;  1ZSF A;  4RGH A;  3EKP A;  4OD9 B;  3UDP A;  3OU4 B;  3SM1 A;  1Z8C A;  2WEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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