4OBJA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with the p1-p6 substrate variant (s451n)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4objA00
4FM6A 1HVHA 4Y4BA 2ZJKA 3NDTA 3WZ8A 3QBHA 5P01A 1M0BA 2NNKA 3SA5A 2R9BA 5P1IA 2NXMA 5DQCA 4J0ZA 1MPPA 5P6HA 3A2OA 3OU4B 5OZZA 1D4IA 5P38A 2XYEA 3DJKA 4ZSRA 3BXRA 4LXKA 1KZKA 4J1HA 5P7LA 2AODA 4H3GA 5P24A 4Y45A 5P4YA 3O9AA 4IVSA 2VIYA 5P8IA 5P33A 4Y41A 2PH6A 1SIPA 1LYWB 2IGXA 2ZJJA 3UQUA 1B6MA 5P0RA 4Y3NA 5P72A 5P6YA 1EPPE 1AIDA 4J1FA 2G1RA 4DQCA 4YE3A 5P29A 5OYYA 5OYTA 5P5FA 1K2CA 5P64A 5P0UA 5AH6A 2G94A 4JP9A 4RZ1A 4Z4XA 4FLGA 1G6LA 3OUDA 3EXOA 3LZYA 3MSJA 5PEPA 3OY4A 3INDA 1M43A 5P5WA 5P8EA 1EEDP 3NXEA 5P4JA 3QVCA 1ZLFA 4Z22A 2IRZA 1FFIC 5P7XA 2H6SA 4FM7A 4DUSA 3RVIA 4Z50A 1AAQA 3N3IA 7HVPA 5P7EA 1QDMA 5P5IA 5P2VA 2QZWA 3APPA 1IVQA 3QRVA 3T7QA 5P15A 8HVPA 4FL8A 4TVGA 3OADB 5P66A 5BRYA 2JJIA 2AOCA 5DQ1A 2QAKA 3QVIA 1W5WA 4BFBA 2QU2A 4EJDA 5P1XA 3LINA 5P0FA 1G2KA 3LHGA 4YCYA 4TRYA 5P7JA 4FSLA 3QAAA 5P3AA 2F8GA 5P6JA 1SH9A 5P07A 4A4QA 5KOQA 4YA8A 1QBSA 5P16A 5P4WA 2QZKA 5OZEA 5DR7A 3BHEA 1WKRA 3KDDA 5P8CA 3VLBA 4HLAA 4B77A 3C9XA 4XX4A 5P1CA 1EC3A 5P3IA 5P52A 5P3ZA 3URIA 5EZZA 5P1GA 5P5OA 5P0MA 5P1AA 5P2FA 5HDXA 5P54A 4DJOA 5P4AA 3OU3A 3R4BA 2QHCA 5P70A 1B6PA 3S54A 2JYSA 1GVTA 4F75A 1W6IA 3QI1A 5P27A 2XFIA 1QRPE 4Q5MA 2CENA 5P8BA 5OZKA 1NPAA 4Y3XA 3LIXA 3BUGA 4JECA 2P4JA 2P3BA 1HSIA 3HBOA 3BVAA 2G26A 5P3MA 5HE4A 4Y3LA 2J9JB 3KFPA 1G35A 1TCWA 3RU1A 3SLZA 3QP0A 5P34A 4YOBA 4PPHA 2PSUA 1EPME 4Y54A 3DV1A 4EPJA 3OOZA 5P7QA 2WECA 4OC6A 4Y4GA 5OZPA 2O40A 4YBIA 2V00A 3EL9A 5P8VA 1UPJA 2F3EA 5CONA 4R95A 4RRNA 1ODWA 5P45A 1LV1A 2G22A 4LC7A 4XX3A 1GNNA 3IVHA 5KR1A 3D20A 1B5FB 4XKXA 4Q1NA 5OZYA 4Y3JA 4RVJA 2FGVA 3TNEA 5OZRA 1HVLA 5P2RA 2HS2A 1EC1A 4CPSA 1HPSA 5P8RA 1W5XA 5P6FA 3S8IA 5P0JA 2HAHA 2OHMA 4R92A 3K4VA 5HD0A 4EXHA 3NDXA 4GMIA 3KT2A 4YDGA 5P28A 1TSUA 1EPNE 3RTNA 4B78A 3G70A 5P4OA 3TOGA 2I1AA 5P57A 5P04A 5HU0A 1LYBA 3CYWA 1HWRA 3PSUA 3NSHA 4DH6A 3D3TA 5P1QA 2Q54A 2OHSA 5P09A 1UH9A 4M8XA 4Y4UA 2BPWA 2ER7E 2HPEA 1XN3A 4J0VA 2JE4A 3CIBA 3PBDA 4A6CA 4AUCA 4Y5PA 5OYSA 4GYEA 3IXKA 2Z54A 4LBTA 2OHLA 4ZEAA 2OHNA 2FXEA 1BDRA 5P4LA 4L6BA 1HIVA 4I0IA 5HVPA 1ER8E 3LIYA 2NXLA 5I70A 3KDBA 1ZTZA 5KR2A 4FAFA 5P7NA 3GGAA 2APRA 4EQ0A 1XN2A 3S56A 1BBSA 2R3TA 4CPQA 5HDVA 4Q1WA 4OBZA 3UHLA 3SA3A 3UDMA 1TQFA 5P58A 4Y4DA 5BWYA 5P4IA 3UDYA 5P0IA 1HOSA 5KQFA 2OHUA 2PMAA 3O9DA 2Q11A 5HCTA 5P4NA 3GI5A 5OZSA 5P4FA 3AUPA 1Z1RA 2VA5A 2VIZA 1EPLE 2FGUA 3VG1A 3B80A 4GB2A 4FRIA 3L5CA 2UPJA 5P6EA 2BPVA 5P6KA 3LNKA 3OAGA 3DUYA 2FNTA 5P2XA 4B1CA 5OYQA 1LEEA 5P3CA 2WL0A 3ZKNA 3GI4A 2AZCA 2PWRA 5F01A 1FIVA 1HIHA 1LYAA 4Y3SA 3OUDB 1KJ7A 3VF7A 1IZHA 5OZNA 5P5AA 5P6XA 5AH9A 3BGBA 1FB7A 1EC2A 3GGXA 3HLOA 5DQ4A 4M8YA 4B1EA 1YX9A 4FCOA 5P10A 5P5VA 1ZBGA 1CMSA 5P4QA 4NKKA 4OBHA 1W5YA 3OQAA 1T7IA 2IDWA 4ZPFA 3OUCA 5P5XA 2VA6A 1HBVA 3HAWA 3SPKA 3UFNA 3L59A 5IE1A 3OTYA 1XE5A 3FSMA 3UF3A 2R43A 4FM8A 3APRE 5P8HA 4CPXA 5BS4A 4KB9A 1A9MA 2BQVA 4U7VA 1LS5A 5COOA 3UDRA 1EPRE 4B0QA 5P4EA 1MTBA 1KJHA 5P43A 4YD6A 4Y3HA 5P1TA 5OZCA 5P3UA 5P3RA 2P3AA 4Y3MA 3SA8A 5P1SA 5P7TA 3KM4A 3OGPA 3FX5A 1A8KA 5P25A 2P3CA 4ER1E 4Y5KA 5P3KA 5P2WA 3VFAA 3DM6A 3INHA 3GGVA 1AVFA 2FXDA 2ANLA 2G21A 3KYRA 5P32A 1EPOE 4DJWA 5P03A 5P1MA 1DP5A 2JXRA 4J17A 3R0YA 3OXVA 1Q9PA 2G1OA 4F74A 5P5PA 2I4XA 3QBFA 3O9LA 3INEA 2HB3A 2NNPA 3I8WA 5DR3A 5OZ0A 1UH7A 3LITA 4J0YA 5DQ5A 3UDKA 4I10A 2QZLA 2P3BB 2G24A 1YTHA 4QLHA 5P1DA 4L7GA 1ZPKA 3B7VA 2F80A 3LIQA 2VJ6A 4ZPEA 1MT8A 3AIDA 2QI3A 5P36A 3VV6A 3EMYA 3SKFA 5P6IA 5APRE 5P3BA 2HPFA 4OC6B 1QBRA 5P1OA 4I0GA 1FQ4A 4R5NA 5P8JA 5HU1A 3O99A 3U71A 2QI1A 4L1AA 1EC0A 3PWRA 2PYNA 5B18A 2P83A 5P75A 2R8NA 5P81A 2OHKA 2SAMA 5OZOA 5P00A 5P8OA 4B70A 1A8GA 3LPJA 1FMBA 4RROA 4NJSA 4RYCA 5P2YA 1RNEA 2I4UA 3CIDA 1HTRB 4DJRA 1TW7A 5P51A 1MVPA 3BUFA 3CYXA 4FSEA 4Y5MA 4HDFA 4QJ9A 1VIJA 4Y47A 4OD9B 4Y37A 4CKUA 5P0NA 4HZTA 4NPUA 5P2CA 1FFFC 5P8AA 4GJAA 3SM1A 2I4VA 1SDTA 6FIVA 5P5ZA 5P3JA 3EM4A 2QP8A 2QMFA 5OZAA 3O9GA 2ASIA 3L5DA 5P8SA 2VS2A 4L7HA 3TTPA 3OGQA 3CICA 5IVTA 1RQ9A 5OZQA 4HDPA 5P5HA 4OBGA 3NDWA 3H5BA 2ZHRA 1ODYA 4ZIPA 3PRSA 2G1NA 2AVOA 2R5QA 4K4RA 2CEJA 4Y39A 5P7FA 5P5NA 4B1DA 3OQ7A 5I3VA 1ZPAA 4YDFA 1TSQA 3IAWA 5DR4A 4OBZB 3DK1A 3UDJA 4CPRA 5P46A 1BXOA 4DV9A 3VSWA 2O4NA 2Q64A 3UPJA 4J0PA 4YBFA 5P3XA 1PSOE 5P0LA 5TOLA 5P26A 4H3IA 5P5YA 3Q4BA 3S2OA 3CKPA 2AOHA 3NUJA 3HVGA 5OZIA 3PVKA 3OAGB 5OYXA 5P2ZA 2ZHTA 4Y58A 5P6TA 5HE5A 1IZIA 1LYAB 5OYVA 3BGCA 1Z1HA 5P1JA 5OZGA 4QGIA 3IN3A 4LXMA 5OYZA 2VJ9A 3NWXA 1KJFA 4HEGA 4MC9A 2ZDZA 1D4SA 3PEPA 1EBWA 1K6CA 2WEDA 1SMRA 3G72A 3OUBA 4Y5BA 3EL4A 4Y3TA 5IS4A 3EKPA 1GNMA 3BC4A 5KQYA 5P7GA 1C70A 5P5UA 2PSGA 2RSPA 4J1IA 5P2OA 1MT7A 2NPHA 4J55A 5HDUA 3GGUA 4YD7A 1ZJ7A 3QS1A 5P2UA 5OZXA 5P80A 3O9IA 5P11A 1IDAA 2V12C 5P2GA 1SBGA 5P2LA 2NMZA 1XDHA 1LF2A 5P0AA 2A1EA 3ECGA 5I3WA 3PSYA 3LZVA 3NU9A 1BAIA 5DQ2A 5OZ5A 3TH9A 3RTMA 5P7YA 5AH8A 3UDQA 5KOSA 5P0KA 3SQFA 5P2EA 1A94A 2PH8A 3VV7A 2ZGAA 2AVVA 5P7OA 4EQJA 4Y4AA 2A4FA 4BFDA 1W51A 5P7KA 2G1SA 2V16C 2V13A 3CKRA 1HVSA 5P7PA 4DJXA 2R5PA 4Y3PA 4GZFA 5P76A 3R0WA 1W50A 4J1CA 1K6VA 3O9BA 3Q5HA 4WTUA 4HDBA 3NXNA 3NU5A 4Y48A 1A30A 2Z4OA 4H3JA 3OXXA 4TVHA 4CPTA 5C9DA 2HB4A 5P4BA 5P37A 3NR6A 5P6RA 4QJ2A 3HAUA 3LZUA 2O4PA 2VNNA 2JJJA 4Q1XA 4YCTA 2QHZA 5P5DA 3OQFA 4A6BA 5P4PA 5P3FA 3WB4A 1OEXA 3PMYA 4K8SA 1MUIA 5KR0A 3SKGA 3KFRA 2PK5A 3ZKXA 4APEA 3VSXA 3QIHA 5P65A 4RCDA 4Y5EA 5P02A 5P7ZA 4I0JA 2RMPA 3K5FA 4J1KA 1K1UA 5P8PA 5AHBA 5HTZA 4L1AB 1HSHA 3FKTA 4DQBA 4YD3A 3L38A 1NH0A 4Y5AA 5IVQA 3FNSA 1HTFA 3IGBA 3T3CA 4ZE6A 1D4LA 1CZIE 5P2TA 3KT5A 2AOIA 4HVPA 5P7SA 2AOGA 3QPJA 4YOAA 1BWAA 4Y9WA 4OBFA 1RV7A 4DQHA 3EKYA 1FQ6A 4OBKA 3L5BA 4APRE 3KF0A 3MXDA 3EKQA 5P77A 5OZFA 3L3AA 4I1CA 4ZSQA 5P3SA 1NPWA 2AZBA 2F3FA 3FV3A 3UQRA 5P61A 5P44A 1MERA 4EXGA 3SA7A 4Y53A 3T7PA 3RSVA 3UCBA 4COEA 2FMBA 5KR8A 4L7JA 3UQPA 5P1EA 5C9BA 5P0CA 2WEAA 2WEZA 2RKFA 5P2IA 5ISJA 1HPVA 2WJOA 3SM2A 5OZ9A 1T6GA 3TL9A 1YTIA 2PQZA 5P7WA 5KQXA 4AA9A 3PGIA 3PCZA 4JPEA 1HVJA 4Y3GA 3I7EA 1APUE 4RLDA 1XS7D 5AHAA 5P20A 5P68A 1HVCA 3QN8A 5P6ZA 3LPKA 4FAEA 4DPIA 4QJ8A 1HXBA 2UXZA 3F9QA 1LYWA 1YM4A 1EBZA 2BJUA 4FGXA 5P6DA 5P53A 5OZ3A 3SACA 4Y56A 3TPLA 5P69A 4CPWA 5DGUA 4GJ5A 2F3KA 2BKSA 5EZXA 1KJGA 3IXJA 4DVFA 5KAOA 3TPJA 5P63A 1NSOA 4GIDA 2IEOA 2AQUA 3H0BA 5P3EA 4EJ8A 1ENTE 2V10C 2HIZA 1OEWA 3CKTA 1B6JA 1YM2A 1PSNA 4MC2A 3ZPTA 3URLA 4D89A 5P5JA 4IVTA 3ZKQA 3SAAA 3O9CA 2NR6A 1E81E 5P1FA 5P6LA 5P0HA 1IZEA 4FRJA 2RKGA 3PHVA 4Y50A 5JFUA 5P8UA 1U8GA 5ER2E 5P08A 5P1HA 1EAGA 5OYRA 5P2BA 3S43A 3NU6A 4H3FA 5P8TA 4RRSA 4DJUA 3VYFA 4R91A 2QNQA 2EWYA 5P84A 5P60A 5P1KA 5DPZA 2ZE1A 2IKUA 1EBYA 3PJ6A 2OHPA 4I0DA 2Q15A 1BXQA 3TKGA 1XL5A 4DJVA 4ZPGA 3SA9A 4I0EA 3D1YA 5P4RA 2QCIA 1PPME 1HVKA 2HB2A 1TZSA 2XYFA 2CEMA 5ENKA 4DFGA 5P8FA 3FIVA 1BVEA 3GW5A 3UDPA 5P4ZA 1OD1A 2VA7A 4FRKA 4OBJA 5P1BA 1FMUA 2B42A 1BVGA 2QU3A 2XFKA 2PSVA 2QNNA 2ZJMA 1HRNA 2XFJA 2VIJA 3BXSA 3KMYA 1YTJA 1ZSFA 3DOXA 1C6XA 1M4HA 5P3TA 4NPTA 4GJDA 4GJCA 4YD5A 4KUPA 3VEUA 5P56A 5P0ZA 5P41A 1FKNA 1HEFE 3UQXA 4Y4EA 1YT9A 3VYEA 2QI4A 5P7DA 2Q55A 5P4XA 5JG1A 5P4TA 3VF3A 3TOFA 2O4LA 3S53A 5COKA 1SIVA 2VIEA 2QMPA 4NJVA 5COPA 4Y3RA 1DW6C 1SGZA 3JW2A 3ER5E 2BBBA 1KJ4A 3HDKA 3OK9A 5IVSA 5I3XA 5T4SA 2WEBA 3LPIA 5AH7A 4RVXA 1IZDA 5P2KA 3SO9A 4BEKA 4QJ6A 4I0ZA 5P8GA 1N49A 5P6GA 2QD6A 3OUAA 1IDBA 5P6VA 4K4PA 1J71A 3O9EA 2OHQA 5P47A 2WF2A 2MIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FM6 A;  1HVH A;  4Y4B A;  2ZJK A;  3NDT A;  3WZ8 A;  3QBH A;  5P01 A;  1M0B A;  2NNK A;  3SA5 A;  2R9B A;  5P1I A;  2NXM A;  5DQC A;  4J0Z A;  1MPP A;  5P6H A;  3A2O A;  3OU4 B;  5OZZ A;  1D4I A;  5P38 A;  2XYE A;  3DJK A;  4ZSR A;  3BXR A;  4LXK A;  1KZK A;  4J1H A;  5P7L A;  2AOD A;  4H3G A;  5P24 A;  4Y45 A;  5P4Y A;  3O9A A;  4IVS A;  2VIY A;  5P8I A;  5P33 A;  4Y41 A;  2PH6 A;  1SIP A;  1LYW B;  2IGX A;  2ZJJ A;  3UQU A;  1B6M A;  5P0R A;  4Y3N A;  5P72 A;  5P6Y A;  1EPP E;  1AID A;  4J1F A;  2G1R A;  4DQC A;  4YE3 A;  5P29 A;  5OYY A;  5OYT A;  5P5F A;  1K2C A;  5P64 A;  5P0U A;  5AH6 A;  2G94 A;  4JP9 A;  4RZ1 A;  4Z4X A;  4FLG A;  1G6L A;  3OUD A;  3EXO A;  3LZY A;  3MSJ A;  5PEP A;  3OY4 A;  3IND A;  1M43 A;  5P5W A;  5P8E A;  1EED P;  3NXE A;  5P4J A;  3QVC A;  1ZLF A;  4Z22 A;  2IRZ A;  1FFI C;  5P7X A;  2H6S A;  4FM7 A;  4DUS A;  3RVI A;  4Z50 A;  1AAQ A;  3N3I A;  7HVP A;  5P7E A;  1QDM A;  5P5I A;  5P2V A;  2QZW A;  3APP A;  1IVQ A;  3QRV A;  3T7Q A;  5P15 A;  8HVP A;  4FL8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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