4OBJA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with the p1-p6 substrate variant (s451n)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title HIV-1 protease-substrate coevolution in nelfinavir resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4objA00
1W5WA 4DJXA 5P51A 5P6FA 5P15A 3U6AA 2ZHTA 4DUSA 2IEOA 5E5JA 2IENA 1BWBA 1MEUA 5IVSA 4YBFA 3LIQA 5OZWA 1JLDA 1VIKA 1WBMA 4Y3QA 3OGPA 1FIVA 1NPWA 5I3VA 3KT5A 5P0LA 4OC6B 2QNQA 3OOTA 3EKWA 3UQUA 3UQXA 2B60A 2NMZA 4JECA 5COOA 3T7XA 2J9JA 3BVAA 3LZYA 1QRPE 5P36A 1AZ5A 5KR0A 2IQGA 5HDVA 2ZE1A 4DJUA 4Q1NA 1HPSA 5P3NA 3CYWA 4QLHA 3D1ZA 4AA9A 1C6ZA 3UDRA 3Q6YA 2QHCA 4FSLA 2WEZA 1BDQA 5P3WA 1BDLA 4PZWA 5KQFA 3S56A 1K6VA 2NXLA 3KDDA 2ER0E 1ZP8A 5P06A 4MC2A 4D8CA 1MT9A 4OBGA 5P6QA 3CKTA 3GI5A 2BPXA 2IKOA 5P6CA 2AOHA 5OZFA 5P4EA 3ZKSA 5P4WA 5HDXA 4ZSPA 5P6HA 4Y4WA 3UQWA 3O9AA 2PK5A 3VSXA 5P6NA 1HIIA 5P84A 4ZSMA 1IDBA 1APUE 3B80A 5P4YA 3SO9A 5P63A 3OAGA 2NXDA 5P59A 3B7VA 4OBZB 1HPVA 3QN8A 1MVPA 5P2GA 4FRKA 4Y4DA 2AOCA 5P3IA 4L6BA 3CIDA 3GGAA 5P0UA 1HEGE 2QZLA 3Q70A 4HVPA 5F00A 1ER8E 3TPLA 1BDRA 4Z50A 1J71A 3CYXA 3PWMA 4B77A 2G1SA 3EC0A 3NU5A 3OK9A 5P5VA 1FMBA 2FDEA 2R3TA 4YDGA 4K4RA 4YDFA 2NNKA 3VYDA 4FS4A 4CPUA 1G6LA 4D88A 1XL5A 5DGWA 1ZSFA 2OHLA 5JFUA 5OZZA 3GW5A 5P8EA 4PHVA 5P6DA 1IIQA 4XX4A 1RPIA 5P5XA 3PBZA 1UPJA 4FIVA 1FG8C 4Y51A 4J1HA 2WHHA 2QI0A 4I0IA 5I3YA 1MSMA 1HXBA 5P4JA 1TSQA 5ER2E 1E81E 3ZPUA 5OZSA 4H3IA 5P83A 2OHRA 4FRJA 2QI6A 4EP2A 4J0YA 3CKPA 2RENA 4I0GA 5P2DA 3T11A 5P5NA 1SH9A 3EKPA 4I0JA 5OYRA 5P71A 3OUDB 4BFBA 5KOQA 3K5GA 2BQVA 1ZPAA 2AOGA 3PSUA 3LITA 4Y44A 4GJ8A 4RCEA 4QJ8A 3SA8A 1MRXA 3O9BA 1RQ9A 2ER6E 4RVIA 3O9LB 1A94A 2QI7A 3Q3TA 1T6GA 5AHBA 2AVQA 4Y3YA 4GMIA 4FRSA 3TPJA 4DJVA 1E80E 3DOXA 4Y3RA 1MERA 4CP7A 2F3EA 1BVEA 3INEA 5P38A 5P8KA 5P03A 4EP3A 4TRZA 1BV9A 3NWQA 5P5IA 5P53A 5P2EA 1PPME 3RVIA 5P2UA 5P37A 4APRE 1LYBB 5P1IA 1B6PA 4XX3A 2RMPA 3GI6A 5P7SA 5P7ZA 5T4SA 3TKGA 5P4FA 3TNEA 3TKWA 3WZ6A 5P1EA 1D4JA 4PYVA 2I0AA 1U8GA 1RNEA 3L5FA 5P2CA 4YCYA 5P1BA 1BILA 3LPKA 3FV3A 3OTYA 2ZJIA 4FM8A 5P5TA 5HDUA 3QRMA 4Y4JA 1SIPA 3OU3A 2QP8A 1NSOA 1MRWA 3NU6A 1WBKA 4MC6A 3LINA 5P6VA 5P4CA 5HU1A 2AQUA 1APVE 4J0ZA 3VV7A 5DQ2A 3KYRA 1MIQA 5P2RA 5P52A 3DV5A 3HVPA 1EPRE 3ZLQA 3INFA 5P27A 2Q54A 1PSAA 2AOIA 4Y3LA 1YTJA 3OADA 5P14A 1HBVA 5SZ9A 2FLEA 5P7FA 2Z54A 1MPPA 5IVRA 3NLSA 5P0GA 4FSEA 4I8WA 3IAWA 5P89A 3PI5A 1EPPE 4ZPEA 3S7LA 4QJ9A 4Y5NA 5AH9A 5P46A 2QHYA 4OBKA 4FLGA 4B72A 2PYMA 4X2LA 3IN3A 3K1WA 5P3ZA 3ZMGA 1F7AA 2R43A 2B42A 1EBZA 4I1CA 3PVKA 5P1DA 5P13A 2P3AA 5JODA 3KM4A 4K4PA 3SACA 6FIVA 1W50A 1FKNA 3PI0A 3FNTA 3SLZA 1DIFA 5JG1A 1IVPA 4J1EA 4Y3PA 1HTFA 5P8OA 5P2HA 4H3JA 4B78A 4Y5PA 3CKRA 1HVJA 5P1KA 3OUCA 4DQHA 4FM6A 5P3BA 3L59A 2BPVA 4FAFA 5CLMA 3UDNA 3VEUA 3T3CA 5P4VA 5COPA 5SY2A 5P23A 3DM6A 3PWWA 2IDWA 2QCIA 5P2VA 4Y3SA 3EKTA 3CICA 5P62A 3UDHA 1LF3A 5OZVA 5BWYA 2JJIA 1NPAA 3D1YA 5C9FA 2O4PA 1ENTE 4Y5KA 5DR4A 4DVFA 2HPFA 3LIZA 5P1JA 3SAAA 3QVCA 5P7CA 4A6BA 4DJPA 3R0YA 5DR3A 1XS7D 5HVPA 5P5HA 4TRYA 4Y3XA 5KQXA 4RCDA 5ER1E 3U71A 1BV7A 5P8LA 5OZ9A 5C9BA 4CPXA 3L5DA 3TH9A 5P0AA 2V11C 2AVSA 4S1GA 2FXEA 4EJLA 4EQJA 1C70A 5P7KA 3RTNA 5P5YA 5DQ1A 2P4JA 4RRSA 2FMBA 5IVTA 5P76A 5P8SA 1W6HA 5OZXA 1HRNA 4FCOA 3UDJA 5TOLA 9HVPA 4YA8A 3MSLA 4QJAA 4ZSRA 4HE9A 5OZKA 4YD4A 3NYGA 3N4LA 3QAAA 5P07A 3I6OA 3WZ8A 3OQDA 3TPPA 1SP5A 5OZCA 3URJA 5P2IA 3VYEA 2B7ZA 1YM4A 2I4XA 3ER5E 5P4XA 3VLAA 1Q9PA 5OZ1A 2R5QA 4RYGA 3FSMA 4B05A 5P1ZA 5P5LA 5P80A 5ISKA 4MC1A 2QAKA 2WF4A 3FNSA 5OZDA 4I0FA 1B6MA 2VA6A 5P72A 5OYUA 3K5DA 4BELA 5OYQA 2HM1A 3EM6A 4WTUA 4JPEA 4E43A 2WL0A 4DI2A 3H0BA 3SM1A 4YHQA 1A30A 5P5WA 5P57A 3NDUA 3OAGB 5P7WA 4OD9A 5OZ4A 2QHZA 1C6XA 2ANLA 5I70A 5P16A 5P8DA 3PSGA 4Y3ZA 5P31A 4L7GA 4FGXA 3HBOA 3PWRA 2R8NA 3ST5A 1SDTA 2F3FA 2HS1A 5P3OA 1AIDA 3VUCA 1FQ7A 5P6JA 3OY4A 5OZGA 3EXOA 2V0ZC 1SMRA 5P01A 1HSIA 4AUCA 2QU3A 1UH7A 5P3AA 4X7IA 2FIVA 4LHHA 5DGUA 4HZTA 5P6LA 4HDFA 3NU3A 5P3SA 1T7KA 3DUYA 1YM2A 3EMYA 4OBFA 1FB7A 3OHFA 3KT2A 1HSHA 4Q1WA 3K4VC 3LZSA 5DQ4A 5OZPA 4B0QA 1TQFA 3OU1A 3C9XA 3ZKXA 3K5CA 1HXWA 4NPTA 2VIZA 2BBBA 5P0WA 3EKQA 4L1AA 2APRA 2Z4OA 5P6WA 5P7HA 5P0MA 5P7QA 3QPJA 4J1KA 5P1GA 4U7VA 3JW2A 4YE3A 3QP0A 3L3AA 3QVIA 3M9FA 1A9MA 3OXVA 3S7MA 1TCXA 7HVPA 3NUOA 1D4IA 2O4SA 2VIEA 3K4VA 5OZJA 4Y5AA 3UFLA 2ZGAA 3SFCA 1T3RA 5P0HA 4KB9A 5P85A 5P8CA 3VYFA 4Y39A 5P5KA 2EWYA 3D3TA 4GJDA 5P2OA 1OEXA 4Y43A 4CKUA 1CPIA 5OYVA 3OQKA 5P7OA 5P0BA 3KMYA 5P17A 5P18A 2AVOA 3N3IA 5P8VA 3LIXA 3QIHA 1D4KA 1HTEA 2H6TA 5P7RA 4EQ0A 4PPHA 3O9HA 5P6OA 5P6YA 2O4NA 3BC4A 3OXXA 5P3CA 5P32A 4J0TA 3KMXA 3PM4A 1D4LA 5P50A 4J1CA 1GVUA 1TCWA 1FQXA 2PC0A 5P04A 5P5SA 1MT7A 4Y4UA 4J17A 3PLLA 3UTLA 5P2MA 1G0VA 2AZCA 3EL5A 5P47A 1ZLFA 3ZKMA 3HVGA 2O40A 5P0CA 3VV6A 4TVHA 3G72A 3OU4A 5P3LA 1GKTA 3SA3A 2PSUA 4EJKA 3UDPA 5P1TA 2ZJLA 3PMYA 5OZOA 5P2ZA 7UPJA 3BUFA 2ZYEA 3OADB 1SIVA 5P2FA 1D4SA 2WF0A 2VNNA 3HD8A 2AZ8A 4JOOA 4Y4AA 4GJ7A 3O99A 2G21A 3HAUA 4RVJA 3R1GB 1A8KA 1KJ7A 5DR0A 4DQCA 5P6XA 1FQ6A 4LL3A 2P83A 3PRSA 5P8FA 4Y4TA 5OYSA 3WB4A 1MT8A 2AVMA 2WF2A 1QS8A 3EKVA 3LPIA 4B1EA 1K1UA 2HC0A 2P3DA 2V16C 1LZQA 2ZHVA 3TTPA 2Q64A 3PEPA 5OZ5A 4RRNA 4Y38A 4Y3NA 2QZXA 4RYCA 3IXOA 3RTHA 4BFDA 2AOFA 4I0DA 5OZNA 4RCFA 3AUPA 4NPUA 5OZ7A 2I4WA 1SMEA 1GNMA 2F3KA 1E82E 5P73A 3VLBA 3DCRA 3SABA 3HDKA 4I0ZA 2AIDA 5P3KA 3I25A 5P58A 1IBQA 8HVPA 4Y41A 1W5XA 2OHPA 5P2JA 4DJRA 2JYSA 5EZZA 5OYWA 4Y3FA 5P2AA 4DQFA 5P7PA 1QBUA 3IXJA 4QJ2A 5P0PA 3QRVA 5P3PA 5P3FA 2G1NA 4OC6A 1DP5A 1GVWA 1AXAA 5P28A 3SPKA 5P87A 4RGHA 1W5YA 5IS4A 5KOSA 5P8IA 5P0QA 5ENMA 5P7AA 2R3WA 2ZJJA 5OYTA 5P09A 3NXEA 3PBDA 2NMYA 2OHNA 3UHLA 5P1LA 3KA2A 5P8RA 2JXRA 4Y9WA 5P5AA 1ODXA 5P1PA 3S85A 3EM3A 1ZSRA 1BXQA 5P8QA 5P19A 3BGBA 4RROA 2NPHA 3PB5A 2P3BA 3OXCA 5P1XA 5OYXA 1B6JA 2FS4A 3NSHA 1K1TA 3FIVA 3OQ7A 4NJSA 4Y4XA 4I12A 3QI1A 4NJTA 2PYNA 1D4YA 2ER9E 5SY3A 5P7GA 4B1DA 5OZ6A 2O4KA 1ZPKA 4GZFA 4LP9A 5P2SA 1Z1RA 4R95A 1ZTZA 5HE4A 4EWOA 3INHA 2IGYA 1WKRA 5P5FA 5PEPA 4DJQA 1EBWA 2QI1A 3MXDA 1M0BA 2PMAA 4R92A 2V10C 3UDQA 5P0YA 4Y58A 1ODYA 5P0DA 1B5FB 4FL8A 4OBJA 3F9QA 5AHCA 5P4AA 5P2YA 5P4KA 5P4UA 5P0VA 2HS2A 4R93A 1LEEA 3LHGA 5P88A 5HTZA 5P4DA 2NXMA 4AA8A 4EYRA 3NDTA 3T6IA 4YD5A 4Y4ZA 4Z2ZA 5KQYA 1KZKA 4KUPA 3SA6A 2FGUA 4HLAA 4L7JA 2A1EA 5P0XA 1OEWA 4J0PA 3QRSA 2A4FA 5I3XA 3OHHA 5P8TA 3S43A 4CPQA 4Y5BA 5P43A 1KJHA 1HPOA 3OOZA 4DFGA 5P7VA 5APRE 4Y57A 1AM5A 5P0TA 1FQ8A 4DH6A 5ISJA 4IVTA 1QBSA 4JP9A 4Y5CA 4RLDA 4U7QA 5P7MA 4R5NA 4YD7A 2RKGA 5P3MA 1EAGA 4DQBA 4H1EA 2AZ9A 4OD9B 4U8WA 5P8PA 3OUBA 3HZCA 2BJUA 5P1QA 3UQRA 3EKYA 5P1WA 5P5JA 5P6IA 3O9EA 4F73A 4Y53A 3IVIA 2G94A 4ER4E 1MSNA 3VSWA 5P4IA 5P5MA 3IA9A 1LYAA 4DPFA 2G26A 4ACUA 4EPJA 1NPVA 3WSJA 4J1IA 1XDHA 2ZJKA 3OTSA 5P3JA 2PWRA 3TOHA 4CPSA 5J25A 5OYZA 3KFNA 2ZHRA 2XYEA 5P0SA 3UFNA 2CENA 3I2LA 1SBGA 4Y5MA 1UH9A 4TVGA 1AVFA 3D20A 4D83A 4LAPA 5P1RA 1DW6C 3ZPTA 2F81A 3OU1B 3UCBA 4Y3DA 5P0OA 1FFIC 1PPLE 5P1AA 3JVYA 4L1AB 1KJ4A 4GYEA 4LXMA 4ZE6A 2JE4A 5HU0A 4R8YA 1META 5P1MA 2CEJA 2V13A 3FKTA 5P6GA 3GI0A 2I4VA 5P8NA 1GVVA 5HE5A 5HE7A 3ECGA 5P0ZA 2ZJNA 3O9CA 1QBTA 5OYYA 4Y3HA 1HVHA 2J9JB 4GJAA 1ODWA 5ENKA 1GNOA 5P00A 4PEPA 4Y35A 2WJOA 3VCMA 5HDZA 3SA5A 4GJCA 2VA7A 2Q5KA 2HB3A 4NJVA 5IE1A 2OF0A 4Y47A 1DAZC 1EPQE 1YTIA 5KR1A 4EJDA 3KFSA 4K8SA 4EJ8A 1T6EX 3G6ZA 1HVLA 1HVKA 5P3XA 4Y5EA 3TLHA 4LBTA 4I0HA 3MXEA 2BPYA 2NTRA 2IGXA 5P1NA 4HEGA 4OBHA 1UH8A 1HEFE 2RKFA 2AOEA 4Y4EA 5P0IA 5P4LA 4CPRA 4Y4GA 1YT9A 2I1AA 5P77A 1ZBGA 4Y3AA 5P3VA 5P5GA 1EC3A 5P7UA 2BPZA 4ZIPA 2QU2A 2HAHA 3FNUA 2HB2A 5OZYA 5P7LA 5P5QA 3PJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5W A;  4DJX A;  5P51 A;  5P6F A;  5P15 A;  3U6A A;  2ZHT A;  4DUS A;  2IEO A;  5E5J A;  2IEN A;  1BWB A;  1MEU A;  5IVS A;  4YBF A;  3LIQ A;  5OZW A;  1JLD A;  1VIK A;  1WBM A;  4Y3Q A;  3OGP A;  1FIV A;  1NPW A;  5I3V A;  3KT5 A;  5P0L A;  4OC6 B;  2QNQ A;  3OOT A;  3EKW A;  3UQU A;  3UQX A;  2B60 A;  2NMZ A;  4JEC A;  5COO A;  3T7X A;  2J9J A;  3BVA A;  3LZY A;  1QRP E;  5P36 A;  1AZ5 A;  5KR0 A;  2IQG A;  5HDV A;  2ZE1 A;  4DJU A;  4Q1N A;  1HPS A;  5P3N A;  3CYW A;  4QLH A;  3D1Z A;  4AA9 A;  1C6Z A;  3UDR A;  3Q6Y A;  2QHC A;  4FSL A;  2WEZ A;  1BDQ A;  5P3W A;  1BDL A;  4PZW A;  5KQF A;  3S56 A;  1K6V A;  2NXL A;  3KDD A;  2ER0 E;  1ZP8 A;  5P06 A;  4MC2 A;  4D8C A;  1MT9 A;  4OBG A;  5P6Q A;  3CKT A;  3GI5 A;  2BPX A;  2IKO A;  5P6C A;  2AOH A;  5OZF A;  5P4E A;  3ZKS A;  5P4W A;  5HDX A;  4ZSP A;  5P6H A;  4Y4W A;  3UQW A;  3O9A A;  2PK5 A;  3VSX A;  5P6N A;  1HII A;  5P84 A;  4ZSM A;  1IDB A;  1APU E;  3B80 A;  5P4Y A;  3SO9 A;  5P63 A;  3OAG A;  2NXD A;  5P59 A;  3B7V A;  4OBZ B; 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 1ZPK A;  4GZF A;  4LP9 A;  5P2S A;  1Z1R A;  4R95 A;  1ZTZ A;  5HE4 A;  4EWO A;  3INH A;  2IGY A;  1WKR A;  5P5F A;  5PEP A;  4DJQ A;  1EBW A;  2QI1 A;  3MXD A;  1M0B A;  2PMA A;  4R92 A;  2V10 C;  3UDQ A;  5P0Y A;  4Y58 A;  1ODY A;  5P0D A;  1B5F B;  4FL8 A;  4OBJ A;  3F9Q A;  5AHC A;  5P4A A;  5P2Y A;  5P4K A;  5P4U A;  5P0V A;  2HS2 A;  4R93 A;  1LEE A;  3LHG A;  5P88 A;  5HTZ A;  5P4D A;  2NXM A;  4AA8 A;  4EYR A;  3NDT A;  3T6I A;  4YD5 A;  4Y4Z A;  4Z2Z A;  5KQY A;  1KZK A;  4KUP A;  3SA6 A;  2FGU A;  4HLA A;  4L7J A;  2A1E A;  5P0X A;  1OEW A;  4J0P A;  3QRS A;  2A4F A;  5I3X A;  3OHH A;  5P8T A;  3S43 A;  4CPQ A;  4Y5B A;  5P43 A;  1KJH A;  1HPO A;  3OOZ A;  4DFG A;  5P7V A;  5APR E;  4Y57 A;  1AM5 A;  5P0T A;  1FQ8 A;  4DH6 A;  5ISJ A;  4IVT A;  1QBS A;  4JP9 A;  4Y5C A;  4RLD A;  4U7Q A;  5P7M A;  4R5N A;  4YD7 A;  2RKG A;  5P3M A;  1EAG A;  4DQB A;  4H1E A;  2AZ9 A;  4OD9 B;  4U8W A;  5P8P A;  3OUB A;  3HZC A;  2BJU A;  5P1Q A;  3UQR A;  3EKY A;  5P1W A;  5P5J A;  5P6I A;  3O9E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HVL A;  1HVK A;  5P3X A;  4Y5E A;  3TLH A;  4LBT A;  4I0H A;  3MXE A;  2BPY A;  2NTR A;  2IGX A;  5P1N A;  4HEG A;  4OBH A;  1UH8 A;  1HEF E;  2RKF A;  2AOE A;  4Y4E A;  5P0I A;  5P4L A;  4CPR A;  4Y4G A;  1YT9 A;  2I1A A;  5P77 A;  1ZBG A;  4Y3A A;  5P3V A;  5P5G A;  1EC3 A;  5P7U A;  2BPZ A;  4ZIP A;  2QU2 A;  2HAH A;  3FNU A;  2HB2 A;  5OZY A;  5P7L A;  5P5Q A;  3PJ6 A;  5P7I A;  1LF2 A;  5P5D A;  4GJB A;  3LZV A;  4A4Q A;  1RL8 A;  3ZKI A;  1HTG A;  2R9B A;  5P69 A;  4H3F A;  1K6P A;  4DJY A;  1XN2 A;  5OZB A;  3OU4 B;  3CIB A;  4Y3M A;  5P68 A;  3UDK A;  1HWR A;  1XE5 A;  5P6B A;  3L38 A;  3UF3 A;  5P86 A;  3AID A;  5P3U A;  3R0W A;  5CON A;  2ASI A;  5P7E A;  3PSY A;  1GVX A;  2I4U A;  2QNP A;  3SM2 A;  3QS1 A;  3DCK A;  1PSN A;  3KDC A;  5P6U A;  2WEC A;  3SKF A;  1HVC A;  3IND A;  5P40 A;  4Q1X A;  1SDU A;  2IS0 A;  4Y4B A;  4PZX A;  4AZY A;  1LYW A;  4QGI A;  5P33 A;  2MIP A;  1TW7 A;  5P7Y A;  3LIY A;  3OUA A;  1ME6 A;  2JJJ A;  5AH6 A;  4HDP A;  5P1Y A;  3SA7 A;  5P4H A;  2FNS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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