4OBZB

Structure of cathepsin d with inhibitor 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-n-[n-(4-methylbenzyl)carbamimidoyl]acetamide
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
GVKVERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based optimization of non-peptidic Cathepsin D inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cathepsin D light chain
total genus 45
structure length 240
sequence length 240
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 2014-01-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4obzB00
4ZLSA 3H0BA 5P3PA 3UCBA 3IGBA 5P5DA 3PM4A 3NU3A 4J0TA 2P4JA 1HHPA 1G0VA 3G6ZA 1FG8C 1NSOA 3NWXA 2ZDZA 5DGWA 6FIVA 2PYMA 4J5JA 3I2LA 4CPXA 1FEJC 3BXRA 2FDEA 4WY6A 5P3BA 3EKPA 5P58A 4Y3QA 5P7KA 4AMTA 5P0UA 5IVSA 5P4LA 2J9KA 3HAWA 3DV5A 4XKXA 2AZBA 1TW7A 2HPEA 3OAGB 5P5OA 2WF4A 2HB4A 4JP9A 3NDWA 3UFLA 5P77A 3O9FA 3OADA 2IQGA 3KF0A 2XYEA 5OZAA 3JW2A 3KT5A 5P7ZA 3CIBA 4DFGA 5P7XA 2ZJJA 4M8YA 5P1XA 1MT8A 5P2QA 5P67A 3ECGA 4B1DA 1PPME 1BVGA 2A1EA 5HU0A 4YHQA 1K2CA 1GVVA 3EMYA 5KOSA 3PWMA 1TCXA 2G21A 3QBHA 2I4UA 4LXKA 3CYWA 4YDFA 1MEUA 2FXEA 3NU6A 5HE5A 5BRYA 4NJTA 1ZSFA 4I11A 4AZYA 5DR8A 3EL5A 5DR7A 5AGZA 5P2UA 4Y5MA 1FQ6A 2VIEA 4LBTA 3TPJA 2NXMA 5P2IA 1SIPA 5P1HA 4B78A 1HIVA 5P5YA 3APRE 3KFPA 5P1RA 3URLA 3IA9A 3SAAA 2G26A 3OQAA 2UXZA 1TCWA 2ZHRA 1FKNA 1ODWA 4DJVA 5P5EA 5P1PA 4DQCA 1ENTE 5P16A 3IN3A 3PSGA 5P4BA 4J1CA 2NNPA 4Y3HA 5SXNA 4JECA 4Y5BA 5UPJA 5P15A 5P86A 5CONA 5HD0A 2F3KA 3ER5E 3S54A 1HSGA 1QBTA 4EP2A 2JE4A 2QNQA 5P0NA 3VFBA 5P1BA 2Q55A 2OHTA 5P18A 3BUGA 1PPLE 2I4DA 1LS5A 2XFJA 5P6UA 3WSJA 1BXQA 4J0YA 4ZE6A 5OZMA 2IL2A 2R5PA 3BXSA 2RENA 2BPWA 5P45A 5P3MA 3L5DA 4DV9A 1XE5A 4F76A 3O9HA 5P6RA 1EPOE 1WKRA 2IRZA 4RYCA 1HVIA 5P41A 3UFNA 2QP8A 1HTFA 2I1AA 2IS0A 4Y3SA 2VA6A 4Y3WA 2BPVA 3PVKA 1Z1HA 1RPIA 5P4PA 3LPIA 5P2TA 1BWBA 2QMPA 4DJQA 3D91A 1YTHA 1AJXA 1BVEA 1GVTA 4RVJA 2G1YA 2OHKA 5P8HA 1G2KA 3NXEA 4J55A 5P0TA 4TRWA 3CIDA 3HD8A 2UPJA 4OBZB 5P0YA 3IVHA 1KJGA 5P6BA 1LYAB 3MSLA 3ZPUA 4H3FA 5P0RA 4R95A 2WHHA 3TH9A 4R92A 2NPHA 5HCOA 3GI0A 1W6IA 2BJUA 2BQVA 3NDXA 5P1AA 4Y3NA 5P0JA 4I0JA 4DQHA 5P2KA 3GI6A 3OK9A 4TRZA 3I7EA 4OBHA 4YOBA 4MC2A 3OQFA 4HDPA 3NUOA 5P40A 1E80E 4K9HA 4Y4GA 3MSJA 1WBKA 4ZSPA 1LF2A 4FSEA 4JPCA 2APRA 5P5AA 5P0BA 1W5WA 1AJVA 5P5LA 4Y3AA 2ANLA 4Y5NA 2QU3A 2BPZA 4IVSA 3VV8A 4FCOA 1T7JA 4YD6A 3VF3A 2ZE1A 2CENA 2NR6A 5P1CA 5P1GA 1BDQA 2PH6A 2QD8A 2WJOA 3WB5A 2JJJA 3EL1A 5P8QA 2IKUA 2XYFA 4FRJA 4U7QA 3OWNA 2NMZA 4RCDA 4Y3YA 2Q5KA 1D4KA 5OZHA 5HDVA 3IXKA 4EQ0A 1K6PA 1FQ8A 1HSHA 3GI4A 5P2CA 3VCMA 5P2HA 4LXMA 5P1UA 3U71A 5SZ9A 1GVXA 3LINA 1HRNA 5P8BA 3SA9A 3R4BA 3EKWA 5P84A 4HEGA 5P7VA 2BKTA 5P5RA 5P44A 3TNEA 2PK6A 2VJ9A 3BRAA 5P7DA 5P7SA 2ZJKA 3FV3A 5P0EA 5C9BA 4Q1WA 5P7PA 2FIVA 5OZTA 1DAZC 2QNNA 2OF0A 5P3QA 1HWRA 4DQBA 3LNKA 3OUBA 4J1KA 3EM4A 1LYWA 2I0DA 5P30A 1MIQA 5OYTA 4ZEAA 1SMRA 1NPWA 5E5KA 3T7PA 1BDLA 5COOA 5P85A 4KB9A 4I0ZA 5P4IA 3VF5A 1W6HA 1UPJA 4FM8A 5P3ZA 5P4CA 5P1JA 5P28A 3TKGA 3PBDA 2WF1A 5P7JA 3OTSA 4CPQA 2QCIA 4KUPA 2IKOA 4H3GA 1KZKA 4Y3LA 5OZUA 4EYRA 4Y4JA 2AIDA 1HEFE 1MERA 3QIHA 5BWYA 4Y43A 5P3JA 5P49A 3K1WA 1RNEA 4ACUA 1B6LA 5P3IA 5P0CA 3ZOVA 4GJ7A 4YCTA 1EBKC 5OZJA 2HAHA 5P6KA 2NXLA 3PRSA 2BBBA 5P07A 5C9FA 5P2JA 2QI3A 3OU4B 2FS4A 4KE0A 5P4EA 2QZLA 3OUDA 3PGIA 2QHYA 1UH7A 5P3CA 2Q54A 5P81A 3LZYA 5P8UA 4I0DA 5P6XA 3PEPA 5ER2E 3D20A 3SFCA 2QMDA 5P7YA 3ZL7A 4U8WA 5P4UA 3HLOA 5KQZA 5P8NA 5P4QA 3KYRA 3T7XA 3EKQA 2QI0A 4YD7A 1META 3FKTA 4FL8A 3UDNA 1GKTA 2PQZA 4YDGA 4ACXA 5P7IA 2R5QA 3UQRA 5B18A 4Y5AA 2OHLA 3O9IA 1NPAA 4J17A 3D3TA 3TPPA 4YD4A 5P5HA 3T7QA 5P5CA 2Q64A 3U6AA 1APUE 1FQ4A 4QGIA 5P8OA 5OZIA 1QS8A 5P0LA 2NMYA 1RV7A 3TOHA 4GJCA 1LYWB 5P89A 3ZKNA 4BEKA 1M0BA 3IXOA 3HW1A 1C6YA 1T7KA 5OZYA 3PMYA 3BUHA 1LF4A 3S43B 3NUJA 1MSNA 2PH8A 5OZ7A 4J1FA 5P8GA 1CMSA 5P8CA 5OZRA 5P79A 3GGAA 5COPA 5P4FA 2ZHSA 4ZPFA 5AH8A 2FGUA 3VLAA 4FAEA 5P0OA 4Y48A 4FAFA 4DJPA 5OZ9A 1GNOA 1FF0C 5P19A 4R8YA 5KR2A 5P8KA 4HDBA 5DR0A 5P4GA 3LIVA 3O9AA 5AHCA 3SQFA 3KN0A 4B77A 2BPXA 3ZLQA 3EKYA 7UPJA 1HVRA 5P6JA 3BHEA 1FGCC 5I3WA 4CPWA 4XX4A 1Q9PA 5P6TA 3KMYA 5P08A 5I70A 5P2DA 5P05A 1YTGA 2RMPA 5P2VA 3L3AA 3TOGA 2B7ZA 2ER0E 3UHLA 3OXVA 3KM4A 4YCKA 3OUDB 3IAWA 4QJ7A 7HVPA 4Y3GA 5P75A 4Y4AA 2V10C 2VA5A 4J1EA 5P27A 3SLZA 4CMSA 2AZ9A 9HVPA 3OQ7A 5P0IA 4Y3ZA 5P8SA 5P62A 5FIVA 5P64A 3G70A 2HS2A 3BGCA 3KDCA 5P5QA 5P3XA 1HIIA 5P32A 4QLHA 4Y56A 5P7NA 3B80A 4RROA 3DM6A 2V13A 3BC4A 4RVXA 4Z22A 1SBGA 4DJOA 5P4SA 2WECA 5HDUA 1B6JA 4RVIA 2AOGA 5OZVA 3UDMA 4NJSA 3UQUA 3K4VA 4Y4WA 2IENA 5P25A 2ER7E 1HOSA 5AH9A 1XL5A 5P35A 5P00A 5P43A 5OZDA 1T6GA 2A4FA 2R38A 1FG6C 3T11A 2VIJA 5DQ5A 3KFRA 5DQCA 2ZGAA 4Y5GA 4Y3RA 4L1AA 5P1OA 1Z8CA 3SPKA 5KQFA 4A6CA 5P54A 1FMXA 1A30A 2QZWA 1OEXA 4CPRA 2JXRA 5OYZA 2VJ6A 2VIZA 1A8KA 1B11A 4B70A 3JVWA 6UPJA 5HCTA 1IZIA 5P5JA 4OBJA 3L5CA 3INDA 5P3SA 5P76A 3HVPA 3DOXA 4B1CA 2PSUA 1APVE 4EHCA 4ER2E 1G6LA 1AIDA 2FNTA 2P3AA 1IBQA 1B5FA 4Y57A 4A4QA 3O9DA 2R9BA 4OD9A 1KJHA 5HDZA 2G22A 4R5NA 3BUFA 4TRYA 5P1TA 2G1OA 1W50A 4PYVA 3ZKIA 3PCWA 1BILA 3ZKGA 4I0HA 5P1WA 5OZSA 1A9MA 4GJAA 5P5MA 3JVYA 3TKWA 3ZKMA 1SDTA 5P7CA 1C70A 3TLHA 2WF3A 2OHUA 2OHRA 3K5FA 1ZP8A 5P5IA 3LZVA 5OYRA 5P7QA 2WEDA 4B1EA 4Y36A 2QMGA 1EC0A 4B00A 5P8DA 4XX3A 1EC2A 2FGVA 2FDDA 1TQFA 3T3CA 1DP5A 5OYWA 1ZTZA 3G72A 1PSNA 4B05A 5P5SA 4J1HA 4FLGA 2BB9A 1QBRA 1OHRA 3KA2A 3PLLA 2FDPA 3WZ7A 3L5BA 1FMUA 1J71A 5P5BA 3SO9A 1U8GA 3KFSA 4OBFA 5JFUA 3KMXA 1ZJ7A 1B6PA 3CKTA 3WZ8A 2I4WA 2RKFA 2P8HA 3LZSA 4EWOA 3VSWA 5P57A 2NXDA 4CPUA 5P6DA 4EJ8A 5F00A 4Y54A 5P73A 2P3CA 3PHVA 3RVIA 1ZPAA 3K5DA 2QI4A 1LYBA 5KQYA 3DV1A 1D4LA 5P26A 5P7GA 3QVCA 3PJ6A 3RSXA 2ZJLA 3O9CA 3HVGA 4E43A 4COEA 3OOZA 5I3VA 4ZIPA 3U7SA 4EJDA 2ASIA 1K6CA 3NDTA 3KT2A 4K4RA 5P1KA 3OADB 3OGPA 3Q70A 1B6KA 1F7AA 3I8WA 4L7JA 4RGHA 5P2BA 2PYNA 3EXOA 1B5FB 3EL9A 3QRVA 1YTIA 4TVGA 1SGZA 3QAAA 5P0KA 3FIVA 4Y3MA 5P48A 1IZDA 5JFPA 3MXEA 1K1UA 3ZKXA 4FRSA 3VYDA 4QJ9A 3VYEA 4S1GA 3L59A 4RRNA 3PI0A 2QZXA 1SIVA 4I8ZA 5P6YA 2B7FA 1AVFA 3QPJA 5P6WA 2P3DA 3R0YA 3KDDA 5P13A 1IZEA 2PSVA 5P7OA 1MVPA 2ZJIA 2CEJA 5P37A 1LF3A 2PWCA 3VV6A 3Q4BA 3QROA 3UTLA 2PWRA 5P0DA 5P46A 2P3BA 3EL4A 1WBMA 3EBZA 4YA8A 1MUIA 2VJ7A 3I25A 5OZGA 1FLHA 1EPNE 4Y5CA 5P5VA 3CKRA 1BIMA 3T6IA 4OBKA 1D4SA 1NH0A 2AVVA 4RCFA 4EP3A 3HAUA 4GYEA 5P2RA 3VV7A 1AZ5A 1HVCA 2I4QA 5P88A 4D8CA 4Y3TA 4Z4XA 5P8PA 4F74A 4R91A 5OYSA 1HVHA 5P0XA 2QAKA 5P8JA 1EBYA 1N49A 3LITA 4I10A 3OU1A 1QBUA 4BFBA 1JLDA 2VIYA 3NU9A 4OBDA 5P36A 4GJ5A 3UDHA 4H3JA 4APRE 3NU4A 3TPRA 5KAOA 3L5FA 5P72A 3L58A 5P6GA 3PB5A 3MSKA 4Y5PA 5OYVA 3EKXA 4LHHA 4GZFA 5IS4A 4DQFA 1FFIC 4A6BA 1T3RA 5BS4A 5TOLA 1SDUA 3H5BA 4I1CA 4H3IA 4Y41A 4KE1A 3FNTA 4PZXA 1AXAA 5HU1A 1KJ4A 4DQGA 1A94A 1HIHA 2CEMA 3CKPA 3VSXA 3HBOA 2JYSA 4Y3FA 5DGUA 1HSIA 3FSMA 1M4HA 3TPLA 2ER6E 2RSPA 5T4SA 2XFKA 3PLDA 1Z1RA 1ZAPA 4HZTA 1E5OE 3ZKQA 5P87A 3SA3A 1XL2A 1QDMA 5P66A 4EJKA 1C6XA 4Y50A 4B0QA 5P7UA 2ZJHA 4CPTA 4D83A 2WEBA 3K4VC 1ZPKA 1ZLFA 4DVFA 5P1DA 4X2LA 5P2AA 5OZBA 3SA4A 3S53A 5OYYA 3O9BA 3OU3A 5P6EA 1K6TA 3UDJA 4Y4UA 2QI5A 2O4LA 4DJWA 5P47A 2AOEA 1OD1A 4EQJA 4Y44A 5P3OA 5P6MA 3O9LA 3BVBA 5P0ZA 4Y3XA 5P1IA 3ST5A 5P6FA 4FRKA 2HS1A 1LV1A 4QJ6A 5DPZA 5HDXA 5P3EA 5P78A 2G1SA 2NNKA 5P7FA 4CPSA 1EBWA 4OC6A 5OZZA 4DUSA 3B7VA 5KR8A 5OZQA 4Y35A 2QI6A 2WF2A 4Y4EA 2F81A 5P8TA 2Q3KA 2AVQA 5P5GA 2OHQA 4EJLA 5P59A 5P4HA 3OU1B 3OXWA 5ISKA 5P3NA 1GVUA 5KR1A 5P4XA 4ER1E 4DJYA 3SM1A 3UDKA 4I0GA 5ER1E 3OXXA 3GGUA 2WKZA 3EL0A 2AVSA 3S56A 5P52A 1PFZA 4YBIA 4DI2A 4LL3A 1EPPE 4ZPGA 5P5TA 1VIJA 2QHZA 5P5NA 1XDHA 5DR4A 3QBFA 5P0FA 2HC0A 5P55A 4Y5EA 3O9EA 4Q5MA 4LXAA 3ZKSA 2QMFA 5JODA 1FQXA 2G1RA 1HXWA 4DJRA 1ODYA 4U7VA 1BWAA 1PSAA 2OHMA 5P33A 4J1IA 1IVQA 3S7MA 4Z2ZA 3UDQA 2FLEA 5P1YA 4I12A 5P3WA 1EPRE 5P6NA 2ZHUA 1RL8A 4YCYA 4YE3A 5P50A 4HE9A 2VS2A 2I4XA 1EPME 3FNSA 4Q1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZLS A;  3H0B A;  5P3P A;  3UCB A;  3IGB A;  5P5D A;  3PM4 A;  3NU3 A;  4J0T A;  2P4J A;  1HHP A;  1G0V A;  3G6Z A;  1FG8 C;  1NSO A;  3NWX A;  2ZDZ A;  5DGW A;  6FIV A;  2PYM A;  4J5J A;  3I2L A;  4CPX A;  1FEJ C;  3BXR A;  2FDE A;  4WY6 A;  5P3B A;  3EKP A;  5P58 A;  4Y3Q A;  5P7K A;  4AMT A;  5P0U A;  5IVS A;  5P4L A;  2J9K A;  3HAW A;  3DV5 A;  4XKX A;  2AZB A;  1TW7 A;  2HPE A;  3OAG B;  5P5O A;  2WF4 A;  2HB4 A;  4JP9 A;  3NDW A;  3UFL A;  5P77 A;  3O9F A;  3OAD A;  2IQG A;  3KF0 A;  2XYE A;  5OZA A;  3JW2 A;  3KT5 A;  5P7Z A;  3CIB A;  4DFG A;  5P7X A;  2ZJJ A;  4M8Y A;  5P1X A;  1MT8 A;  5P2Q A;  5P67 A;  3ECG A;  4B1D A;  1PPM E;  1BVG A;  2A1E A;  5HU0 A;  4YHQ A;  1K2C A;  1GVV A;  3EMY A;  5KOS A;  3PWM A;  1TCX A;  2G21 A;  3QBH A;  2I4U A;  4LXK A;  3CYW A;  4YDF A;  1MEU A;  2FXE A;  3NU6 A;  5HE5 A;  5BRY A;  4NJT A;  1ZSF A;  4I11 A;  4AZY A;  5DR8 A;  3EL5 A;  5DR7 A;  5AGZ A;  5P2U A;  4Y5M A;  1FQ6 A;  2VIE A;  4LBT A;  3TPJ A;  2NXM A;  5P2I A;  1SIP A;  5P1H A;  4B78 A;  1HIV A;  5P5Y A;  3APR E;  3KFP A;  5P1R A;  3URL A;  3IA9 A;  3SAA A;  2G26 A;  3OQA A;  2UXZ A;  1TCW A;  2ZHR A;  1FKN A;  1ODW A;  4DJV A;  5P5E A;  5P1P A;  4DQC A;  1ENT E;  5P16 A;  3IN3 A;  3PSG A;  5P4B A;  4J1C A;  2NNP A;  4Y3H A;  5SXN A;  4JEC A;  4Y5B A;  5UPJ A;  5P15 A;  5P86 A;  5CON A;  5HD0 A;  2F3K A;  3ER5 E;  3S54 A;  1HSG A;  1QBT A;  4EP2 A;  2JE4 A;  2QNQ A;  5P0N A;  3VFB A;  5P1B A;  2Q55 A;  2OHT A;  5P18 A;  3BUG A;  1PPL E;  2I4D A;  1LS5 A;  2XFJ A;  5P6U A;  3WSJ A;  1BXQ A;  4J0Y A;  4ZE6 A;  5OZM A;  2IL2 A;  2R5P A;  3BXS A;  2REN A;  2BPW A;  5P45 A;  5P3M A;  3L5D A;  4DV9 A;  1XE5 A;  4F76 A;  3O9H A;  5P6R A;  1EPO E;  1WKR A;  2IRZ A;  4RYC A;  1HVI A;  5P41 A;  3UFN A;  2QP8 A;  1HTF A;  2I1A A;  2IS0 A;  4Y3S A;  2VA6 A;  4Y3W A;  2BPV A;  3PVK A;  1Z1H A;  1RPI A;  5P4P A;  3LPI A;  5P2T A;  1BWB A;  2QMP A;  4DJQ A;  3D91 A;  1YTH A;  1AJX A;  1BVE A;  1GVT A;  4RVJ A;  2G1Y A;  2OHK A;  5P8H A;  1G2K A;  3NXE A;  4J55 A;  5P0T A;  4TRW A;  3CID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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