4OC6A

Structure of cathepsin d with inhibitor 2-bromo-n-[(2s,3s)-4-{[2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl][3-(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2h-isoindol-2-yl)propanoyl]amino}-3-hydroxy-1-(3-phenoxyphenyl)butan-2-yl]-4,5-dimethoxybenzamide
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
98
structure length
98
Chain Sequence
GPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based optimization of non-peptidic Cathepsin D inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cathepsin D light chain
total genus 14
structure length 98
sequence length 98
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 2014-01-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4oc6A00
3NDTA 2BPXA 5P4XA 3O9CA 2PK5A 3K5GA 5P7GA 5OZSA 2HB2A 5P5YA 4COEA 3NXNA 2ZHRA 4RVJA 3URJA 1B6JA 5P4AA 5P5PA 4NKKA 1XE5A 3QBFA 3T7XA 5ER2E 5IVRA 4J54A 2FDEA 5P06A 3LIQA 3KYRA 2XFIA 5P53A 3O9IA 4AZYA 2QMGA 3BVBA 5P5IA 4R93A 2WF4A 3BXSA 1EBWA 2G1RA 2ZJHA 5OZKA 5P18A 2OHSA 4RROA 5P8IA 1K2CA 4TVHA 4Y4EA 2IKUA 3SA5A 5P7MA 5P8LA 3OOTA 2NTRA 1W6IA 4S1GA 5P3KA 3SO9A 1LF3A 4DJXA 2RKFA 5P57A 2Q64A 5P6NA 4DQGA 2FMBA 2B7ZA 3S2OA 3ZOVA 4QLHA 4DQCA 2I4XA 4XKXA 3UDQA 5P1WA 5P6YA 5P46A 3KM4A 4U7QA 2JJIA 3ER5E 3T7QA 3EC0A 3VUCA 1MPPA 1KJHA 1FFIC 3AIDA 1SH9A 3PSUA 5P65A 3URIA 2QP8A 4RCFA 3KFPA 4Y39A 5P0UA 4DPFA 5OZUA 1MESA 1G2KA 3PBZA 5P0WA 2NR6A 5P3XA 5CONA 5P5JA 3LINA 4I10A 3OQ7A 2PQZA 4L1AB 2BJUA 5IVSA 4WY6A 5P6TA 5KQZA 4I0HA 3LZVA 3MSKA 4J1FA 4Y3SA 4BFBA 2RMPA 5OZ3A 2AQUA 3NU6A 4Y3YA 5P03A 2O4LA 1FIVA 5OYYA 4ZSQA 1ME6A 1SDVA 1IIQA 2APRA 4PEPA 4EJLA 2HS2A 5EZXA 3SA3A 2JXRA 1LF2A 5DQ5A 3D1YA 4NJUA 3HDKA 5P0XA 3NXEA 5P6MA 1NPVA 4RRNA 2MIPA 5P5OA 2AOEA 1BDLA 5OZQA 5P28A 5P2VA 5P5MA 3UQUA 2P4JA 5P83A 3KT2A 2FDDA 1M0BA 1T3RA 5P2OA 2FGUA 4AA9A 2OHTA 4FRJA 3L5CA 1OEWA 2ASIA 2V00A 1XL5A 3IA9A 5P1TA 3BVAA 3VF5A 3PJ6A 4FL8A 1HSGA 2OHQA 5P3HA 5OZTA 4PZXA 4D83A 1LZQA 4YA8A 4APEA 4Y36A 5P26A 1GKTA 4A4QA 2WF1A 4Y3WA 5P49A 3VV7A 3ZL7A 5P05A 4APRE 4Y41A 4DJPA 4YDGA 1GNNA 3LIVA 5I70A 3PI0A 5P8OA 3OUBA 2Z4OA 2XYEA 4Y4DA 4FAEA 5P1QA 2Q15A 4YD4A 5P2AA 1YTIA 1C70A 5AH9A 3T6IA 4J17A 3OU1B 5P6BA 5P55A 3OXXA 5P1YA 4I0EA 5OZRA 3PWWA 2ZYEA 3L58A 1LYAA 5DGUA 1HHPA 4H3IA 5P3AA 4CPXA 3DCRA 5P2ZA 3VYEA 3IN3A 3O9FA 4EQ0A 5DR8A 5OZJA 3FX5A 4JOOA 2ZJIA 4Y58A 3CYXA 5IS4A 3D91A 2PC0A 3JVWA 5P6HA 3O9HA 3QROA 4Y3AA 3MXDA 3OHHA 4GJAA 5OZBA 3INDA 4EP3A 1UH8A 3SA9A 3QAAA 4Z50A 1FKNA 4L7GA 2OHNA 4Y4AA 3MWSA 1SGUA 4H1EA 3LNKA 3QIHA 1AZ5A 5P7JA 4ACXA 3LITA 5C9DA 1AVFA 5OZVA 5P7HA 3I25A 2QNNA 3KA2A 1NPWA 4Q1WA 2B60A 4Y3GA 4DQBA 1HPSA 1IZEA 1XL2A 5P0SA 3N4LA 4I11A 3RVIA 5P29A 1E80E 3SACA 1BV9A 5OYZA 4XX4A 2VJ6A 3OQFA 1PPME 5KQXA 5OZ5A 1YT9A 4R91A 4FRIA 5P6SA 3UHLA 5HCTA 1HPVA 1FEJC 4Y5EA 4I8WA 5P4SA 1TSUA 4YD5A 4ZLSA 1K6CA 4Y5MA 5P3MA 1DPJA 5I3YA 1E81E 4Y4ZA 3PSYA 1BWBA 5P4HA 2QD7A 1SGZA 4DQHA 3PM4A 5AH7A 5P4EA 5P8CA 5HCOA 5P0JA 4EP2A 2WECA 5P1LA 1BWAA 3D3TA 4KUPA 5HTZA 4OD9A 4Z22A 4FAFA 3PEPA 4NJTA 3GGAA 4M8XA 5P27A 1AM5A 3RTHA 1GVVA 1HTRB 3UTLA 3DCKA 3EL9A 1TCXA 4J0ZA 2ZDZA 3Q3TA 2J9KA 3FSMA 4F75A 1SMRA 4K9HA 5OZIA 5P20A 2BB9A 5COKA 1FG6C 3OGQA 3ZKIA 3IGBA 3TPRA 2ZHUA 5P1XA 3SAAA 2I4DA 4QJAA 5HVPA 5P2DA 1UPJA 1MUIA 1B5FA 5OZEA 1HWRA 2VA6A 2PWRA 5OYWA 3NWQA 1HSIA 4HVPA 4X2LA 5HDZA 1CPIA 2AOFA 4RLDA 1EAGA 5P2CA 4Y37A 3OAGB 4H3FA 3UQRA 5P2RA 5E5JA 1YG9A 1EBYA 5P4PA 5FIVA 2IL2A 3PWMA 5BS4A 2AVVA 2XFKA 5P36A 2O4NA 2UXZA 3OOZA 4Y35A 2ZJLA 2PWCA 3TPLA 4I8ZA 5P3PA 4GJ8A 4YOBA 3HAUA 5P64A 3S43B 5P7OA 2AOGA 1U8GA 2BBBA 5OZZA 1A9MA 5P0MA 4QJ2A 1FLHA 4Y3MA 1LS5A 5P1PA 5F00A 4Y3EA 5KR8A 1T7JA 4Y3NA 5P2YA 5P50A 2JJJA 3B80A 3APPA 2B8LA 5P72A 5P82A 4I1CA 4RCEA 3OUDA 5DQ2A 4NPTA 5P84A 4R95A 3SQFA 4DQFA 3T3CA 5P1GA 1M4HA 5OZ8A 1K6TA 4J0TA 2QI7A 1W5YA 4LL3A 3PMYA 1EC1A 1E82E 5KAOA 5F01A 3KMYA 4WY1A 1W50A 4Y3PA 1ZJ7A 2F3FA 4OBZA 4Y3HA 2QU2A 1W5XA 3NU3A 5P7XA 1APVE 2R8NA 3OGPA 2QI0A 4OBJA 4Q1XA 1YTHA 3ZPUA 3OTYA 2J9JB 2I0DA 4HZTA 1EEDP 5P5TA 5BRYA 5P4RA 4Y5BA 4GJCA 1YTGA 4Q1NA 3Q5HA 4J1EA 2R38A 1JLDA 3VCMA 1PFZA 7HVPA 3OU4A 4J1CA 3BUFA 2FDPA 1B6MA 5P0LA 3KFNA 5OZNA 1ER8E 5P7ZA 4E43A 5P6LA 1EPOE 1B6KA 1MIQA 5P6PA 2B7FA 5AHCA 4RCDA 2QI1A 7UPJA 4CPRA 3O9DA 5OZFA 5P7DA 5P4UA 3L5EA 4PPHA 3UPJA 5P3RA 3NU9A 4HEGA 3ZPTA 5P2QA 1EPNE 4DJVA 2VNNA 5P15A 4Y54A 1A30A 5P5AA 3S7MA 3SA6A 3OHFA 1ODWA 1F7AA 1BV7A 4FLGA 4I0IA 5JFUA 4Y3QA 1F34A 3WSJA 5P4GA 3SKGA 4DJOA 3TL9A 5P4WA 3SA8A 2PYMA 5OYSA 5P5BA 4PYVA 1QRPE 3SM2A 4A6CA 3QS1A 3PMUA 2ZJJA 3SLZA 2ER0E 5I3XA 2FIVA 3OK9A 3U71A 4JECA 3S8IA 1LYWA 4OC6B 3SPKA 3NSHA 1WBMA 4B0QA 4J1IA 5P77A 5TOLA 4WTUA 2HIZA 5DQ1A 2QD6A 4DPIA 3EMYA 3TOHA 1A94A 4DV9A 2XYFA 5P0OA 3QPJA 4ZIPA 3EL0A 5PEPA 5P24A 3QRVA 5P78A 3URLA 5AHBA 2VA7A 4R8YA 5P2JA 3ZKMA 3U7SA 5P7KA 5COPA 5P1UA 5P1KA 5P8GA 4GJDA 2P8HA 3GI6A 2WEBA 5DPZA 3UDMA 5DR3A 3HZCA 4H3GA 2NNKA 4FIVA 5P42A 5OYUA 1GVWA 2QK5A 3PGIA 2HM1A 3M9FA 1ODXA 4FSEA 5ISKA 3OUAA 2IENA 4EJ8A 1W51A 5DR0A 5HDXA 5P58A 5P7AA 6FIVA 3EL1A 1HIIA 2PSGA 3GGXA 5P47A 5KOQA 5P8FA 2AVQA 5HU0A 2IRZA 5OYRA 4JPCA 2QI5A 5C9FA 2NNPA 3Q6YA 3K5CA 1KJ7A 2NXMA 5P7UA 1EC3A 4BEKA 1FQXA 1E5OE 5P7RA 1ZTZA 3SA7A 2VS2A 2G26A 1MTBA 5P1ZA 5OZDA 1C6YA 2QZKA 4Y4WA 5JG1A 1FG8C 1HVKA 1A8KA 3CKTA 3NR6A 2VKMA 5P35A 3LZYA 1T6EX 1EPME 4EJDA 5P6XA 5P5SA 5P1NA 5P7TA 3GW5A 5P4VA 4QGIA 2QAKA 4Y5KA 5P5WA 5UPJA 3WZ8A 4I0ZA 5P0KA 2AZ8A 5P8KA 2OHRA 2A1EA 5P0NA 2RKGA 5P31A 2ER9E 5P4QA 1GVXA 1IZHA 2ER7E 5OYVA 4HDFA 3EKXA 4Y5GA 5P4OA 2BKTA 2IS0A 2UY0A 3EKYA 3MSLA 1GNMA 3Q70A 5OZ7A 4DJYA 2EWYA 1K2BA 1Z8CA 1T7IA 3TOGA 3IXOA 3RSXA 4FGXA 2OHUA 5P6KA 3S85A 5P8AA 1PSNA 2BPWA 3UDNA 3EL4A 4RVXA 1HVCA 3UDRA 4ACUA 2NXDA 5P4MA 2QI3A 4Y50A 1MVPA 5P40A 3R2FA 2R5PA 4IVTA 1QBUA 5P2TA 1HRNA 3D1XA 2P3BA 4I0JA 3QI1A 3HVPA 3PLDA 5HE5A 3RSVA 3OADA 4CP7A 4FSLA 5P5DA 2QZLA 3EL5A 6APRE 4Z2ZA 1ODYA 1C6ZA 2NMYA 2WF3A 3WZ6A 3I7EA 3I8WA 5P5FA 1RL8A 3GI5A 3K4VC 5P5CA 2WF0A 4K8SA 4B78A 1APWE 4NJVA 1IZDA 3BGBA 3CYWA 1PROA 2AZ9A 3EKVA 5P76A 3VF7A 4DJWA 2AVSA 3OU3A 1FMBA 5P68A 4YD6A 4DUSA 3VSXA 4YCYA 1RNEA 5P74A 4I0DA 1SDUA 3L3AA 2CEMA 5P6UA 2FNSA 3QP0A 5P4NA 4YOAA 4Y5NA 2QHCA 4Y3LA 5P1MA 4GZFA 5OZ0A 1META 2FNTA 5P3SA 3UQWA 1TCWA 3EBZA 3INFA 4YDFA 1B6LA 5P10A 3NDUA 4ZPGA 5P88A 3PCWA 1KJFA 5P0IA 1EBKC 1LYAB 5P8PA 4KE1A 5AH6A 5P23A 4CPTA 4D8CA 4NJSA 5P60A 1DAZC 5P0VA 4Y4XA 2G94A 5P8NA 5P8RA 4B00A 4J55A 1ZP8A 1HXWA 5P1AA 1TZSA 4IVSA 1K1UA 5P14A 2HPFA 5P59A 5P6VA 4CMSA 4FM8A 5P1JA 2ER6E 5DR1A 2AZBA 5P7QA 3VLAA 3DOXA 3EKPA 3WB4A 2G1NA 4Y53A 1N49A 5COOA 4HLAA 3VV6A 3ZKNA 5P71A 4HE9A 4Y3RA 1WKRA 5P5RA 5P45A 4Y5AA 5OZOA 3O9GA 5BWYA 3CIDA 3I6OA 4OBDA 4Y57A 3L5BA 2AOHA 5SY2A 4Q5MA 2G1YA 5P4KA 5B18A 2AOJA 5P4CA 5ENMA 5IE1A 4MC9A 5P4FA 5P11A 1FF0C 5P1CA 5P4JA 4CPQA 1RV7A 2I4VA 2WEZA 1HIVA 2H6TA 4Y38A 2H6SA 5P1BA 3U6AA 1SDTA 3HW1A 5KQFA 5P7YA 5IVTA 3ZKQA 4F74A 3SABA 1XDHA 2OHLA 5P3QA 2HS1A 5P0EA 5P08A 3GGUA 4Y4TA 5P62A 5P87A 3K1WA 1MSMA 3VFAA 3OQKA 1K6PA 3L5DA 5P6GA 4MC2A 4Y4UA 1TW7A 3LIXA 4OD9B 3MSJA 1XE6A 3ZKXA 4YD7A 5P0TA 4Y4BA 3RTMA 5P7SA 1MEUA 1HBVA 3LPKA 3EKTA 4HA5A 5HDVA 3L5FA 5P2HA 2ZJNA 4EQJA 5P66A 1D4YA 3OY4A 1BILA 5P6FA 1FQ4A 1MERA 2IEOA 3TNEA 1ZAPA 5AH8A 5P30A 2I0AA 4Q1YA 1TQFA 3DV1A 5P3NA 4Y5CA 4Y43A 3BUGA 5P3OA 1B5FB 4FRKA 4YCKA 2VIZA 3ZLQA 3G72A 3BHEA 3NDWA 3HLOA 1MT9A 2OF0A 1ENTE 2RSPA 4M8YA 4ER2E 3APRE 4EXHA 3O9BA 1YM4A 4CKUA 4DJUA 3IAWA 2F8GA 1AJXA 5ISJA 5P8HA 5P3TA 1VIKA 3NU5A 2AODA 5P54A 2WJOA 4ZSRA 5P0PA 3VLBA 5OYQA 4OBKA 5P5XA 5P25A 3B7VA 3VFBA 2AVOA 5OZMA 5P79A 4Y3ZA 4AUCA 2A4FA 2ZHTA 3IVHA 3EM6A 2VNMA 5P8VA 2HC0A 3G6ZA 2FXDA 3KDBA 1GVTA 5P1IA 5P69A 2IGYA 1EC2A 5T4SA 5P1FA 2IKOA 1M43A 2ANLA 2I4UA 4Y3DA 5P02A 4Y3FA 4TRYA 3EKWA 3WZ7A 4DH6A 2IQGA 3ZPSA 1Q9PA 5P6RA 2R3TA 5P0QA 1KJ4A 4OBGA 5P5NA 5JFPA 4I0FA 2G20A 4EWOA 5P19A 1FB7A 1ZSRA 2OHKA 5OZCA 3UFLA 1C6XA 5P32A 5P3DA 1SP5A 3BGCA 2G27A 3IN4A 2G21A 3SFCA 2V10C 5P0CA 4OBZB 2R5QA 1W5WA 1HTEA 3UCBA 4L7HA 2CENA 3OUCA 3AUPA 1LYBA 3O9LA 4Y3XA 5P5VA 4DJQA 1W6HA 4RYCA 2P83A 5P8JA 5I3WA 3EXOA 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NDT A;  2BPX A;  5P4X A;  3O9C A;  2PK5 A;  3K5G A;  5P7G A;  5OZS A;  2HB2 A;  5P5Y A;  4COE A;  3NXN A;  2ZHR A;  4RVJ A;  3URJ A;  1B6J A;  5P4A A;  5P5P A;  4NKK A;  1XE5 A;  3QBF A;  3T7X A;  5ER2 E;  5IVR A;  4J54 A;  2FDE A;  5P06 A;  3LIQ A;  3KYR A;  2XFI A;  5P53 A;  3O9I A;  4AZY A;  2QMG A;  3BVB A;  5P5I A;  4R93 A;  2WF4 A;  3BXS A;  1EBW A;  2G1R A;  2ZJH A;  5OZK A;  5P18 A;  2OHS A;  4RRO A;  5P8I A;  1K2C A;  4TVH A;  4Y4E A;  2IKU A;  3SA5 A;  5P7M A;  5P8L A;  3OOT A;  2NTR A;  1W6I A;  4S1G A;  5P3K A;  3SO9 A;  1LF3 A;  4DJX A;  2RKF A;  5P57 A;  2Q64 A;  5P6N A;  4DQG A;  2FMB A;  2B7Z A;  3S2O A;  3ZOV A;  4QLH A;  4DQC A;  2I4X A;  4XKX A;  3UDQ A;  5P1W A;  5P6Y A;  5P46 A;  3KM4 A;  4U7Q A;  2JJI A;  3ER5 E;  3T7Q A;  3EC0 A;  3VUC A;  1MPP A;  1KJH A;  1FFI C;  3AID A;  1SH9 A;  3PSU A;  5P65 A;  3URI A;  2QP8 A;  4RCF A;  3KFP A;  4Y39 A;  5P0U A;  4DPF A;  5OZU A;  1MES A;  1G2K A;  3PBZ A;  5P0W A;  2NR6 A;  5P3X A;  5CON A;  5P5J A;  3LIN A;  4I10 A;  3OQ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1APT E;  3QVI A;  5P8S A;  3T11 A;  5P0A A;  5P2M A;  3VF3 A;  1FQ6 A;  4TRW A;  5SXN A;  3FIV A;  1TSQ A;  2V0Z C;  3S54 A;  4Y9W A;  1YM2 A;  2QD8 A;  1QBT A;  2HB3 A;  2QNQ A;  5P2L A;  5OZP A;  1DP5 A;  3HVG A;  3DV5 A;  2AVM A;  4HDB A;  4Y45 A;  2XFJ A;  5P51 A;  3UDY A;  2PSU A;  3OAG A;  4YBI A;  3K4V A;  5P2W A;  4J5J A;  4B70 A;  2R3W A;  3R1G B;  5P6I A;  5P5Q A;  4DFG A;  1G35 A;  3PCZ A;  5P2X A;  1EBZ A;  5P73 A;  2F3K A;  1HVJ A;  2O4P A;  4QJ6 A;  1LV1 A;  4DI2 A;  4QJ9 A;  4RRS A;  5OZ4 A;  5P8Q A;  3UQX A;  5KR2 A;  3CKR A;  1BXQ A;  4ZE6 A;  4OBF A;  2V13 A;  1MRX A;  3TKW A;  4B1C A;  2Q3K A;  4XX3 A;  1HEG E;  4ZSM A;  1AJV A;  5P5K A;  3S43 A;  1XN3 A;  3LZU A;  3SM1 A;  3ECG A;  5P0B A;  3PRS A;  3QRS A;  4GMI A;  4FS4 A;  5DR7 A;  2P3D A;  4H3J A;  5P2I A;  3R0W A;  3ZKS A;  4I12 A;  5KR0 A;  1HVL A;  3LIZ A;  1HEF E;  5DQ4 A;  5P7L A;  3VEU A;  5P6D A;  3H5B A;  3IXJ A;  3R4B A;  2BQV A;  1D4J A;  5P7F A;  5HE4 A;  4GJ5 A;  4J0V A;  1G0V A;  1QS8 A;  5P37 A;  1AID A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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