4PYVA

Crystal structure of renin in complex with compound4
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
338
structure length
335
Chain Sequence
LGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSRLYTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSQSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-based design of substituted piperidines as a new class of highly efficacious oral direct Renin inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Renin
total genus 90
structure length 335
sequence length 338
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2014-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pyvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pyvA01
5P3SA 4Q5MA 4R92A 2WKZA 5OZOA 3GGUA 3EC0A 5P0SA 3O9EA 3EKXA 5P2SA 2Q15A 5P1PA 5P4EA 4GYEA 4J5JA 2G22A 3OUDB 3S2OA 1WBMA 4Y41A 1ER8E 2QI6A 4LHHA 4ZLSA 4R5NA 3GW5A 2NMYA 2ER9E 3NU9A 5JG1A 1BWBA 2AODA 5P1AA 1CMSA 1TCXA 4GIDA 3KM4A 2R5PA 2Q5KA 3MSLA 5P11A 1MSNA 3S43A 1NPVA 4FCOA 4Y5GA 6FIVA 4QLHA 2HPEA 3OAGA 1WBKA 4MC9A 2RKGA 2H6TA 5P72A 3QAAA 5P1ZA 2AZ8A 2V0ZC 2AVVA 1E82E 2V00A 2Q3KA 3DOXA 3LINA 1DW6C 4B00A 3EL1A 1T7JA 5OZHA 5P2OA 6APRE 3NXNA 4Y3YA 5P3CA 4JECA 4TVGA 5P7MA 4OC6B 5P4AA 1XL5A 5P56A 3S85A 3OQFA 3ZPTA 5P5MA 3U6AA 4N00A 2G1SA 3UHLA 3OHFA 1IVPA 4EQJA 3OY4A 4H1EA 5OYQA 2OHLA 5I3XA 3IXJA 5P0TA 5OZZA 2AOGA 4K8SA 4OD9A 5P8CA 5P77A 3TOGA 2Q54A 3CKTA 1NH0A 1ODXA 2WEDA 4ER4E 3LPKA 2VJ9A 5SY2A 1BDLA 1IIQA 1TCWA 2CEMA 2ZJIA 3FX5A 5P8UA 4CPTA 4J1HA 4PEPA 4YBFA 4EQ0A 1QS8A 3EBZA 4QJ6A 4YHQA 2QI7A 5P30A 3HD8A 5P83A 5P7TA 5P75A 4EXGA 4U7QA 2MIPA 2VIZA 4GZFA 2FS4A 5KR1A 2VNNA 4YD5A 4GJ5A 4Y53A 1HTGA 5P53A 4Y3TA 3SQFA 1HPXA 2O4KA 2O4PA 1GVVA 5OZNA 4Y3GA 5P4WA 2AOIA 5HU1A 5DQCA 3S56A 4MC2A 1QBTA 1ODWA 4OBGA 5P1EA 1K2BA 5P6DA 3OWNA 4NJSA 5P4JA 1NPAA 2FGVA 4YA8A 4CPSA 5OZ7A 3PBZA 4CKUA 5OZEA 3EM6A 3IGBA 5SZ9A 4CPQA 1YTHA 5P66A 3PEPA 3H5BA 5ISKA 3PI0A 3I6OA 3NUOA 5HVPA 1MVPA 2WJOA 5P6ZA 4GJ9A 4J0YA 5P5YA 5HU0A 3PSGA 3ZL7A 5P04A 3OU1B 4Y4UA 1FQXA 3R0WA 2G1NA 5P5XA 1GKTA 4KB9A 1BVGA 5P7AA 5P5JA 4FIVA 3LIZA 5P4UA 1T7KA 5P08A 5P06A 1NSOA 4HA5A 5OZ0A 5P4IA 1IZHA 2IENA 1ZLFA 4Y3LA 5P2RA 4EWOA 5SY3A 3VFBA 1K6TA 5E5JA 3KYRA 5CONA 4D83A 2QZXA 3LZUA 4ER2E 4GJ6A 3EM3A 1C70A 3UDYA 5AHAA 2ZHSA 5P86A 3KFRA 5OZPA 1CZIE 3GGVA 2FDPA 2QCIA 3PSYA 2VIEA 4I8WA 4YDFA 4F75A 4OBDA 1G35A 5P5VA 4DJVA 5P8QA 1HVHA 5P1BA 2R8NA 4AUCA 3PCWA 5I3VA 4IVSA 5P5IA 5OZLA 5P1QA 2R3TA 2VA7A 5P3AA 5P5SA 1ZBGA 3OTYA 4B0QA 4Y45A 5P6TA 4HDPA 4I0FA 4MC1A 5P8IA 4RZ1A 2OHQA 1BIMA 4U8WA 2BKTA 5P1GA 1IDAA 4Y4DA 3K1WA 5P1DA 2OHPA 1APWE 3EKYA 4L6BA 3LNKA 2B60A 5P29A 5P8DA 2ASIA 3I2LA 3NUJA 4KUPA 1D4SA 1MRXA 5OZ3A 1YM4A 1AVFA 4FSLA 4Y3ZA 3UTLA 5P45A 5P1TA 1MT9A 3L5CA 5P5FA 5P5GA 5P8SA 3UQRA 2PSVA 1W6IA 5B18A 3Q4BA 5OZ9A 2XFKA 1HVCA 5FIVA 4RYGA 5P3XA 3WB4A 3WSJA 4Y44A 3WB5A 2QI0A 5P12A 5P69A 4DQHA 5P1YA 4Y38A 5P22A 4J0TA 3EXOA 3U7SA 3HZCA 2CEJA 3S54A 5P82A 2I4WA 3PGIA 3T6IA 2O4NA 4Z22A 3VUCA 2HS1A 3GGXA 5HDVA 3L5FA 2NXLA 3K5CA 2IKOA 4Y35A 3URLA 2PH6A 3KFSA 3FNUA 4Y5PA 4J0PA 3LIVA 1MRWA 2ZDZA 5P6CA 1G0VA 3T11A 3OUCA 1FEJC 3BUGA 4Y9WA 5P2WA 5P54A 3EKQA 5P16A 5P1WA 5P1KA 5P0GA 2NNKA 3DK1A 5F00A 3OU4B 3IXOA 2QP8A 3I25A 3VEUA 3K5GA 3BUFA 4RVXA 4LXAA 1XDHA 1YTJA 5C9FA 3UDKA 1RQ9A 1K2CA 4J1EA 3R1GB 1SGUA 5HD0A 4Y5LA 5P6YA 3SKFA 3MSJA 4XX3A 5P7EA 3CIBA 4HDBA 2IQGA 4B1CA 4DPIA 1PSOE 5P5LA 3VFAA 1EC0A 4I1CA 2F3KA 2QNPA 2R9BA 4A4QA 1XN2A 1D4KA 4QJ8A 5AGZA 1EPNE 4B72A 4UPJA 5OYRA 5OZGA 1Z1HA 1WKRA 3INEA 1E5OE 3RTHA 1B6JA 5P3RA 4Y5MA 3NU4A 5P10A 4Y4GA 3CMSA 3B7VA 4Q1YA 1SDVA 5COKA 4WTUA 5OZ6A 2G1OA 1W51A 5P8TA 1FF0C 1HVJA 5P13A 3BRAA 1EC3A 2G94A 2IGYA 5HE4A 2ZHVA 4Y6MA 2P8HA 4JPEA 5P6FA 5P4LA 5P3ZA 4Y36A 1W5XA 2QZLA 5P27A 5DGUA 4J55A 5P6AA 3OADA 5P15A 5P2ZA 4TVHA 4Q1WA 3SA6A 5HDUA 5P6XA 3PWWA 5DR0A 5P4FA 5P4OA 5DGWA 3IA9A 5P6WA 4YD7A 5E5KA 5P1MA 4GJBA 4TRZA 5IS4A 4L1AA 5P18A 1EPME 3TH9A 5P1JA 5P0FA 2WF0A 3LIXA 2VJ7A 3FKTA 1KZKA 3SKGA 1FLHA 2HPFA 5P7CA 5DQ1A 5OZ2A 3N4LA 4Y3SA 2FMBA 3QRVA 1VIKA 3OU3A 5P2FA 4J1CA 1DIFA 4QJ2A 5P23A 1U8GA 3ZKGA 3ER3E 5BRYA 3QS1A 5P4VA 4DQGA 1BWAA 2G1YA 3SAAA 2PQZA 3DV5A 4DJUA 5P7DA 3RTMA 2CENA 3TOHA 3FNSA 4Y3XA 3DV1A 5P2UA 5P79A 3VV6A 1RPIA 3PBDA 4APEA 5P5KA 3NU5A 4IVTA 2PYMA 5P4ZA 2PK5A 1FFIC 4DQFA 1PSAA 4EPJA 3HW1A 5ENKA 4HVPA 1F7AA 4J0VA 4DH6A 3TLHA 5P8RA 4TRWA 1SDUA 5P09A 1META 1KJHA 4S1GA 2QZKA 3FV3A 5P7ZA 4R95A 2ZE1A 2V16C 5P2LA 4Y5EA 5P7KA 2HAHA 1PSNA 5P1UA 3U71A 1LYWB 3LZYA 5P57A 3APPA 1OD1A 1LYAB 3TKGA 2VNMA 4B05A 3OUDA 1HPVA 5P3VA 5P3UA 1LV1A 4EJ8A 9HVPA 2AVSA 5P1NA 4Y3JA 5P05A 4B70A 5P85A 5ISJA 3QI1A 2AVMA 5P4YA 5P63A 1D4IA 5P17A 1C6XA 5F01A 1C6YA 2AOJA 5P34A 2R5QA 4EHCA 4U7VA 4I0GA 2PSGA 5P7PA 4CPWA 4HLAA 1IVQA 1N49A 1T6GA 2NMZA 4OBKA 2IEOA 2R3WA 2VJ6A 3GI0A 5OYTA 4LAPA 3KDDA 1FB7A 4R91A 1IZDA 4FRJA 3VF7A 3K5FA 3CKRA 5P5TA 3FIVA 2NNPA 4OC6A 4Y3FA 5OYSA 2ZHRA 4DPFA 3OQAA 4DV9A 2QHCA 5P0XA 1BILA 4Y51A 3PSUA 2BB9A 3PMYA 3O9CA 4Q1XA 4HZTA 1FGCC 4EJKA 1APUE 5P4RA 1TZSA 1ZSFA 5P3YA 1UH7A 4X2LA 4YD6A 3VV8A 4ZSQA 5P68A 2WHHA 4I10A 4I12A 1LF3A 1ZTZA 4WY6A 4I0DA 5OZ5A 4ZPEA 1LYBB 1HEFE 5P7YA 4K4QA 2AZCA 3GI6A 2A4FA 2H6SA 3EL4A 5P5RA 2G20A 5P37A 3QP0A 1EPRE 4RRSA 3QBFA 3ST5A 5P6QA 3ZOVA 1M0BA 5OZUA 3KDCA 1NPWA 3T7XA 4Y50A 1EC2A 4DJRA 5UPJA 5P3GA 2ZJKA 5P1CA 4GJDA 5P26A 1HTFA 3VF3A 2P3BB 4Y54A 5HDXA 2FNSA 2ZJHA 4YOAA 2I4VA 4JP9A 3PHVA 2Q63A 1EEDP 1MTRA 4AZYA 1MT7A 3MXDA 1YM2A 1IBQA 5P3PA 5P76A 3KF0A 3DCRA 1A30A 5P4QA 1SMRA 3LHGA 3OXCA 1KJFA 3O9DA 5P1FA 3ZPSA 5P0OA 4LP9A 5P1XA 1HIIA 3R2FA 1KJ7A 4Y5CA 5P28A 2HC0A 3OU1A 5P35A 5OZJA 5P7RA 5P3OA 2QNQA 3HBOA 3L59A 4NJVA 2B8LA 5OZIA 8HVPA 5HE5A 1M43A 4Y3MA 3CYWA 2O40A 5P6PA 2F3FA 1QBSA 3EKWA 3LZSA 1BDRA 5KOQA 5P0UA 4LC7A 5P0NA 2NXMA 4J17A 3GGAA 4Y3WA 5P4BA 5PEPA 3O99A 5P4SA 5P7NA 4LXMA 2ZJNA 3R0YA 3D1ZA 2VIJA 3KN0A 3L5BA 2Q11A 3Q5HA 4Z4XA 2PMAA 4FM8A 2RMPA 3K4VA 1XE6A 1ZPKA 3ZMGA 5P6IA 5P5AA 4Y3RA 7UPJA 2WF1A 5P44A 2WL0A 4XX4A 2IGXA 4D88A 1EPOE 2ZJJA 3B80A 5P2HA 5AH6A 1HSGA 5KAOA 3DM6A 3IVHA 4J1KA 3INDA 4CPRA 5AH9A 1K6VA 3SA8A 2G27A 3NDUA 2G69A 3JVWA 3K4VC 1T7IA 4YCYA 1BDQA 5P49A 3TKWA 3MSKA 5P1RA 4YBIA 3TPRA 3S7MA 1Z1RA 3D20A 5P0LA 3SA7A 5P5HA 4B1EA 3UDHA 2XFJA 4Y3HA 5IE1A 4LXKA 2QMDA 3FNTA 2JJIA 5P2TA 3EKTA 4J0ZA 1HEGE 4PYVA 1B6PA 4EJLA 5P3WA 1DAZC 2OF0A 3OXXA 5P0DA 3UQWA 3QVCA 5KQYA 3OQDA 4Y43A 5P2KA 4GB2A 1HSIA 2Q55A 5AH8A 2PYNA 2OHSA 3NYGA 5HE7A 4H3IA 3QBHA 5P88A 5DQ5A 5P4TA 3IN3A 2UPJA 5P8EA 3LPJA 3TTPA 4AA8A 2FDDA 4RVJA 2BPZA 1SIVA 5P0BA 1ZP8A 2QAKA 2VA6A 3D1YA 5HCOA 3ZKNA 2ZJLA 5P7XA 3PJ6A 3QRMA 3OU4A 1B6LA 5P8MA 3SO9A 2WEBA 1FFFC 2WF2A 4I0ZA 4Y47A 4YDGA 2IRZA 4E43A 4H3GA 3DCKA 1BBSA 4DJXA 2Z4OA 1BAIA 4CMSA 2VKMA 5DR7A 1B5FB 5P62A 3WZ6A 2QI5A 1BV9A 4FRSA 4FRIA 5P0QA 3SPKA 1RV7A 3M9FA 2JXRA 3PI5A 3OGPA 5AH7A 5DR3A 1A94A 1XL2A 3QPJA 4JPCA 2QNNA 4B78A 4PZWA 1LEEA 2OHKA 1IZIA 5KR0A 3ER5E 3PWMA 3O9AA 4Y3DA 2I4DA 4DJOA 5COPA 1SP5A 2IKUA 1EBZA 3AUPA 3T7PA 1UH8A 1MUIA 4PPHA 1HPSA 1FMXA 5OZXA 3UFLA 3L3AA 5P19A 1SH9A 3NSHA 3RSXA 1YTGA 4Y57A 4L7GA 4COEA 1C6ZA 2XYEA 5CLMA 2P3CA 3L38A 1W5VA 4J1IA 3OK9A 5P7VA 1TSUA 5P0MA 2FDEA 5P1OA 2BJUA 3I8WA 5P3IA 1B6KA 5P7FA 5P80A 5P4CA 1AIDA 2J9JB 3BXRA 2QD8A 4Y56A 5OZ8A 1UPJA 4I0HA 5DR4A 2NXDA 1PPKE 3O9HA 4EYRA 1HHPA 4DQCA 5P0CA 5P48A 1DMPA 5OZDA 5P74A 2VIYA 5P6RA 5P8LA 3TNEA 3BXSA 2FLEA 5OZQA 2QHYA 4DJQA 3NDWA 3URJA 4I0EA 3NLSA 4APRE 3OHHA 3L5DA 2I1AA 1AAQA 1AZ5A 4YCKA 2QZWA 4RROA 5P2IA 3OUAA 3S53A 4DQBA 5P38A 1GVTA 3KFPA 3QN8A 3EKPA 3S8IA 1MSMA 1ZAPA 1D4HA 5P71A 5OZBA 3QVIA 5P7GA 3D3TA 5T4SA 2R43A 2O4LA 2RSPA 4I8ZA 4I0JA 5P2YA 5P3BA 3ZPUA 5P8AA 3D91A 2WEAA 1E81E 5P3DA 5HTZA 1SIPA 1HTEA 3URIA 3LIQA 3SABA 5P36A 2QHZA 3BVBA 1HRNA 5P61A 5P2AA 5DQ2A 2WF3A 3VSXA 1LYWA 2XFIA 4LBTA 3QROA 5P3HA 3KA2A 5P4XA 1LYAA 5P33A 2AOCA 2ZJMA 5I3YA 5P14A 4XKXA 5P87A 2APRA 4GJ8A 5OZWA 5JODA 3MXEA 2P3AA 4I11A 5P5QA 4H3FA 5P02A 5P2XA 2ER7E 3INHA 1HWRA 4ZSPA 3VLAA 4Y5BA 2HIZA 5P1IA 4FRKA 4OBFA 5SXNA 2F81A 2AQUA 5P2GA 1QBRA 5OZ1A 3VYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3S A;  4Q5M A;  4R92 A;  2WKZ A;  5OZO A;  3GGU A;  3EC0 A;  5P0S A;  3O9E A;  3EKX A;  5P2S A;  2Q15 A;  5P1P A;  5P4E A;  4GYE A;  4J5J A;  2G22 A;  3OUD B;  3S2O A;  1WBM A;  4Y41 A;  1ER8 E;  2QI6 A;  4LHH A;  4ZLS A;  4R5N A;  3GW5 A;  2NMY A;  2ER9 E;  3NU9 A;  5JG1 A;  1BWB A;  2AOD A;  5P1A A;  1CMS A;  1TCX A;  4GID A;  3KM4 A;  2R5P A;  2Q5K A;  3MSL A;  5P11 A;  1MSN A;  3S43 A;  1NPV A;  4FCO A;  4Y5G A;  6FIV A;  4QLH A;  2HPE A;  3OAG A;  1WBK A;  4MC9 A;  2RKG A;  2H6T A;  5P72 A;  3QAA A;  5P1Z A;  2AZ8 A;  2V0Z C;  2AVV A;  1E82 E;  2V00 A;  2Q3K A;  3DOX A;  3LIN A;  1DW6 C;  4B00 A;  3EL1 A;  1T7J A;  5OZH A;  5P2O A;  6APR E;  3NXN A;  4Y3Y A;  5P3C A;  4JEC A;  4TVG A;  5P7M A;  4OC6 B;  5P4A A;  1XL5 A;  5P56 A;  3S85 A;  3OQF A;  3ZPT A;  5P5M A;  3U6A A;  4N00 A;  2G1S A;  3UHL A;  3OHF A;  1IVP A;  4EQJ A;  3OY4 A;  4H1E A;  5OYQ A;  2OHL A;  5I3X A;  3IXJ A;  5P0T A;  5OZZ A;  2AOG A;  4K8S A;  4OD9 A;  5P8C A;  5P77 A;  3TOG A;  2Q54 A;  3CKT A;  1NH0 A;  1ODX A;  2WED A;  4ER4 E;  3LPK A;  2VJ9 A;  5SY2 A;  1BDL A;  1IIQ A;  1TCW A;  2CEM A;  2ZJI A;  3FX5 A;  5P8U A;  4CPT A;  4J1H A;  4PEP A;  4YBF A;  4EQ0 A;  1QS8 A;  3EBZ A;  4QJ6 A;  4YHQ A;  2QI7 A;  5P30 A;  3HD8 A;  5P83 A;  5P7T A;  5P75 A;  4EXG A;  4U7Q A;  2MIP A;  2VIZ A;  4GZF A;  2FS4 A;  5KR1 A;  2VNN A;  4YD5 A;  4GJ5 A;  4Y53 A;  1HTG A;  5P53 A;  4Y3T A;  3SQF A;  1HPX A;  2O4K A;  2O4P A;  1GVV A;  5OZN A;  4Y3G A;  5P4W A;  2AOI A;  5HU1 A;  5DQC A;  3S56 A;  4MC2 A;  1QBT A;  1ODW A;  4OBG A;  5P1E A;  1K2B A;  5P6D A;  3OWN A;  4NJS A;  5P4J A;  1NPA A;  2FGV A;  4YA8 A;  4CPS A;  5OZ7 A;  3PBZ A;  4CKU A;  5OZE A;  3EM6 A;  3IGB A;  5SZ9 A;  4CPQ A;  1YTH A;  5P66 A;  3PEP A;  3H5B A;  5ISK A;  3PI0 A;  3I6O A;  3NUO A;  5HVP A;  1MVP A;  2WJO A;  5P6Z A;  4GJ9 A;  4J0Y A;  5P5Y A;  5HU0 A;  3PSG A;  3ZL7 A;  5P04 A;  3OU1 B;  4Y4U A;  1FQX A;  3R0W A;  2G1N A;  5P5X A;  1GKT A;  4KB9 A;  1BVG A;  5P7A A;  5P5J A;  4FIV A;  3LIZ A;  5P4U A;  1T7K A;  5P08 A;  5P06 A;  1NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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