4PZXA

Synthesis, characterization and pk/pd studies of a series of spirocyclic pyranochromene bace1 inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
403
structure length
400
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis, characterization, and PK/PD studies of a series of spirocyclic pyranochromene BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 107
structure length 400
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA02
1HWRA 5P1FA 2AZBA 1LV1A 2WF2A 4HLAA 1SDTA 5P2OA 2ZJNA 4EHCA 5P32A 2WEDA 5P8MA 1FG6C 4RYCA 3NUJA 5P8EA 5P8RA 5P4KA 1C6YA 5P7AA 4YE3A 3IGBA 1W5WA 1PFZA 5DR8A 4Y41A 4I0IA 2AOGA 1LF2A 3MSKA 5IVSA 3QRMA 3O9HA 3OUCA 5P5JA 3Q3TA 3PI0A 3CKTA 1T7KA 3CYXA 5C9FA 2PWRA 2VS2A 3SM1A 3QBHA 1HIHA 5CONA 4GIDA 2PSGA 2Z4OA 4Y4UA 2QD8A 2OHSA 5OZ9A 4S1GA 5P2IA 1HBVA 2VJ6A 4HDPA 5P7EA 4K4RA 3C9XA 3CYWA 5P4CA 3I2LA 1ZLFA 1EPPE 1YTJA 2QCIA 2J9JA 3TOGA 3CMSA 2IGXA 3BXRA 5OZFA 3SA8A 4I0HA 2QI7A 3PHVA 1YTGA 5P12A 1YTIA 5P1NA 1MSNA 3L5EA 1BDLA 2QZXA 5COPA 1QBTA 3S53A 2I0DA 4PEPA 2QZKA 1TCXA 1EBYA 3HBOA 4Y3GA 4B77A 5PEPA 5P8TA 2Q55A 5P0SA 3O9GA 5P5QA 3A2OA 3ZKXA 2HPFA 4EPJA 5P27A 1ZAPA 5P6BA 2VA6A 3S43A 1DIFA 2UY0A 1N49A 2OHTA 4RGHA 2AIDA 2QI1A 4U7VA 4TVHA 3U6AA 5HU1A 5IVQA 5P8HA 3TNEA 4A6CA 1F7AA 3BVAA 5P7WA 3HLOA 3OXXA 2I4DA 5P46A 1HOSA 1B6MA 2NXLA 4FSEA 3UDYA 2J9KA 1ZSRA 1BWAA 3LIQA 5P4VA 3O9DA 4R92A 4D8CA 5P0AA 3ER5E 5C9BA 3VF3A 3S56A 1RQ9A 5P1PA 5ER1E 3DK1A 4J5JA 4XX3A 3AUPA 2OHPA 5APRE 1W5YA 5P0TA 1T3RA 3GGAA 4OBZA 3VEUA 3UQXA 3OXCA 1EBWA 5P8BA 1PSNA 2RENA 5P4RA 5P2YA 1T7JA 1QBRA 2F80A 2I4WA 2HM1A 3K5CA 1BVEA 5COKA 2XYFA 2FXEA 5P57A 4GYEA 4Z22A 3H5BA 3D91A 5P2DA 5P7KA 4A4QA 4Y4DA 1EBKC 5EZZA 3S2OA 5P6HA 4Y5NA 3EMYA 4I10A 2FS4A 5OZOA 5P4QA 5TOLA 5B18A 4J17A 3WZ6A 3KFPA 5P4NA 3JVYA 2ZJJA 3Q70A 1LYBA 5P5KA 4Q1WA 5CLMA 3GGXA 4R5NA 1LYWB 2RMPA 3GW5A 4HE9A 4I0DA 3KFSA 4I1CA 5P3IA 1EC1A 5DGUA 5P36A 5P8OA 5P6MA 5P3OA 3EKVA 4M8XA 1SMEA 1DPJA 3HW1A 1XE5A 3VFBA 2QI4A 3L58A 4AMTA 1K1TA 4JPEA 1FGCC 1T6GA 3TLHA 4Y3WA 4Y5CA 5P4HA 2CEJA 4BFDA 4Y3MA 2ER0E 4QLHA 3VYFA 2R43A 3R0YA 4LBTA 5P4UA 1TCWA 2XFKA 1FEJC 5P6NA 4OBHA 1LYAB 3LHGA 4J1EA 5P48A 3R0WA 1YTHA 5P61A 4Y4EA 5P1LA 1PPME 5P6JA 1NSOA 5P62A 1FQ6A 5IE1A 2QZLA 5P26A 5P1UA 2ZHVA 2OHNA 4B0QA 2VJ9A 3NDUA 5KQFA 4Y3QA 5P84A 1ZTZA 3O9AA 4R91A 5P5PA 4F74A 3OU1A 2HB3A 2FNTA 2BBBA 4DQCA 4Y3YA 2P3BA 4GJ7A 3QPJA 3OQKA 4Y3AA 3KDBA 4XKXA 2ZHRA 3ZKMA 3ECGA 5DR7A 5P0JA 1B6PA 1ZBGA 4QJ2A 3VV6A 5P4SA 2AOIA 5P7GA 5OYTA 3PSGA 1SBGA 1B6LA 1K2BA 5P3PA 3VF5A 2HS1A 4Y58A 2WECA 3PWWA 1D4YA 5P4FA 1D4IA 4LAPA 5P1JA 5P3TA 3HDKA 4J1CA 5E5JA 4NJUA 4B05A 1SGUA 3FIVA 4YCYA 4L7JA 5OYVA 4HDFA 5DQ1A 3TL9A 5P1YA 4ER1E 5P4GA 3VF7A 4I8ZA 5DQ5A 4PZWA 3K5FA 4ZPGA 4ACXA 2F3FA 5OZ8A 5P6FA 3VSXA 1KJ4A 2WHHA 4Y5GA 5P2BA 3ZPTA 1HIIA 5P2JA 3VCMA 2O4PA 2NPHA 5P2QA 1FQ5A 3LPIA 5P0MA 1D4HA 4X7IA 5P3ZA 5P54A 2BPVA 2AVQA 5P5LA 2AVOA 5P2CA 4DH6A 2WF1A 5P8KA 4RVXA 3OQFA 3K1WA 1A8KA 3KT2A 4APRE 1C70A 3NDWA 3INHA 3BUGA 2BB9A 2ZJHA 6FIVA 3URJA 5P4BA 3UFNA 4Y4GA 4B1CA 3SM2A 2B7FA 2V10C 3O9LA 4NJSA 5AGZA 4Y3ZA 4QJ9A 1YM2A 4XX4A 5P0BA 3LZYA 5P4XA 1GVTA 3OADB 2I4VA 3ER3E 3UDHA 2QNPA 1UPJA 2VIYA 3LZSA 2VNNA 2JJJA 5I3VA 4CMSA 4TVGA 2O40A 4B1DA 5P4TA 4D85A 5OZZA 4Y51A 4DJQA 3VSWA 3KM4A 5P0GA 5P5IA 2PH6A 4FM7A 1BVGA 3EL4A 2VA5A 5P3GA 5P73A 5OZBA 5ENKA 5P2AA 4DVFA 5P5VA 4J0PA 2HC0A 5KR8A 5P7LA 5P3VA 5P7CA 5P3YA 3VLAA 5P6WA 3EL0A 5JODA 1FQ8A 3TKGA 5P7RA 3TOHA 1G2KA 5P2UA 2F81A 4DJXA 2NXMA 3RSVA 1ER8E 1IZIA 5P2GA 4Y9WA 2HB4A 5P8CA 5OZYA 2WL0A 5P20A 5P1ZA 3F9QA 4Y4TA 3RSXA 3OTSA 5OZAA 4ZPEA 4JP9A 2CEMA 1EAGA 3OXVA 4Y3TA 5P07A 2PK5A 2IEOA 4Z4XA 1FIVA 2AZCA 1META 4OBGA 4Y39A 3O9BA 2AOFA 2B60A 5HU0A 2FLEA 2HPEA 5P6AA 3MSLA 4ZSRA 4APEA 2F3KA 2R38A 5KR2A 2F8GA 5P0PA 4CP7A 1ODWA 3QIHA 5OZPA 5P1RA 4B1EA 4ZIPA 2EWYA 3MXDA 2HS2A 3NXNA 3OK9A 1MPPA 3G6ZA 4EJKA 5P65A 4AA8A 3EM4A 5P71A 5P3CA 1NPVA 2QMGA 2BPXA 4I0GA 4COEA 4Q5MA 5HE7A 3IVIA 3FKTA 5P17A 1EEDP 5P0KA 1BILA 2P4JA 5P5GA 2PYNA 4EXHA 4UPJA 5P19A 3GI6A 3PLLA 4Q1NA 5P23A 1AVFA 2AZ9A 4RYGA 5DGWA 1TW7A 4YCTA 5P0YA 2JE4A 3OOZA 1HPOA 3ZKGA 1T7IA 1C6ZA 1BV7A 3PMUA 3T7QA 3Q6YA 2HIZA 2ZJIA 1E80E 4J1HA 1RNEA 3CKRA 4Y50A 2JYSA 1B5FA 3L38A 1EPRE 1M4HA 3UDPA 4CPWA 3KN0A 2V00A 3NXEA 2BPWA 4RROA 3NWXA 3SQFA 5P6QA 5DQ2A 5P81A 1BDQA 5P5RA 1BV9A 3SA7A 4LXAA 4YD7A 1G35A 3I7EA 3UDRA 1HPVA 5HVPA 2WEZA 2RSPA 1AXAA 4I12A 4Y3PA 3HD8A 2J9JB 5AH6A 2O4NA 4GJAA 1T6EX 1W5VA 1MEUA 5P40A 5P5ZA 5P4EA 1B6KA 2VIEA 2AOHA 4Y6MA 4LL3A 1HVCA 4KUPA 5P22A 2NMYA 4Y5EA 5OZTA 4OBFA 2BKTA 5P8SA 1MRWA 4Y3DA 2ANLA 5P3WA 3SA3A 3URIA 3VV8A 5P1GA 3LIYA 3IXKA 5P4IA 3NLSA 2QHZA 3S43B 2PWCA 5P3DA 1GVUA 1MT7A 1XN2A 5OZNA 2Z54A 2WF0A 2VNMA 5P7OA 5P0RA 3L5BA 2VJ7A 4RRSA 1ZP8A 1W6IA 1HVIA 5OZ3A 5P6GA 4JOOA 2AVVA 5P6DA 5P2EA 4LXKA 1SIPA 3M9FA 1MT9A 5P3QA 5P2WA 4FE6A 5P0QA 4RLDA 3IN4A 3DUYA 2G24A 4YOAA 4OBZB 5T4SA 4HVPA 5P88A 1KJHA 2ZYEA 4JPCA 5P3NA 1K2CA 3WZ7A 3G72A 3CKPA 3K5GA 4I0EA 5P0IA 4D89A 3DV1A 2XFIA 1FG8C 3EM6A 4QJAA 3BC4A 3OUDA 3PSYA 1QBSA 2ZJLA 1EC3A 1FKNA 1SH9A 2G27A 5COOA 1HSGA 1J71A 5P6SA 5P55A 3OWNA 4EQJA 2Q54A 5P6XA 4YDGA 3L5FA 2OHMA 4RCFA 3EBZA 2BJUA 1A9MA 5P00A 1FMXA 5P14A 5OZCA 3EXOA 3LIZA 2AODA 4JECA 3OU4B 3MWSA 2V16C 4RCDA 5P6YA 1GVVA 1AZ5A 1IIQA 1IDBA 1SDVA 4J1FA 4Y3FA 5P1SA 2QAKA 2QHYA 5F00A 5OZLA 1LF3A 2ER7E 2IKUA 3PCWA 4DI2A 4YOBA 5P1BA 3KFNA 2O4SA 1D4LA 5P7VA 2XYEA 4Y4BA 5P1EA 4GJBA 3INEA 5OZVA 4DJYA 1U8GA 2NNKA 3D1XA 2VIZA 1HTEA 5P1VA 4HZTA 4Y54A 4RVIA 1HEFE 2R9BA 2CENA 3VUCA 1YG9A 4AZYA 4Z2ZA 4KB9A 5AHAA 4FGXA 3L3AA 4GZFA 5OZRA 2I4QA 5OZ5A 1AM5A 2Q63A 5P1OA 2ER6E 3KMYA 4FCOA 4K4QA 2AZ8A 3PLDA 3KYRA 5P5MA 3OU1B 3O9EA 2MIPA 5P1IA 1FQXA 4NPUA 5P3JA 2P3BB 3PJ6A 1HRNA 2Q11A 1K6CA 4DPIA 4DQHA 5P7IA 4DPFA 5P86A 4GJCA 4IVSA 2FDPA 2R3WA 4IVTA 4Y4JA 3OUBA 2XFJA 3GGVA 4LXMA 3BUFA 3D20A 4DJUA 2NTRA 1K1UA 1OEWA 2ZE1A 5I3WA 2QZWA 5OYQA 1UH8A 5P72A 4YBIA 4DJOA 3UDKA 5OZKA 1HXBA 3G70A 5JFPA 3LPKA 1RPIA 1F34A 3HAUA 3HZCA 3S7LA 3O9CA 3U71A 5OZWA 3UFLA 2WJOA 1MRXA 1HVKA 3WSJA 4Y3NA 3KT5A 2H6TA 2PQZA 2QU2A 1IZEA 3DOXA 3SPKA 1RV7A 5P1CA 5P2TA 4LC7A 4L1AB 5P70A 4OBKA 4Y3JA 5AH7A 1ODYA 5P5CA 1E82E 1MVPA 5ISJA 4L6BA 3NU6A 4Y3XA 2OHRA 3UPJA 1DMPA 1OD1A 3O9LB 5P3KA 3RU1A 4CPSA 5P41A 2PK6A 3EKYA 1CMSA 2IRZA 3LINA 3PBZA 1GNNA 3TH9A 4OBJA 4PYVA 5OZ0A 5P0LA 5P7QA 4GJ5A 2RKGA 1G0VA 2QI3A 2QI5A 3WB4A 4XXSA 5P7BA 1HIVA 3S8IA 3NDXA 4I0JA 5OZGA 4I8WA 4CPRA 2V0ZC 1OEXA 5P6VA 4H1EA 5P6KA 1ODXA 4B00A 5P4MA 5P52A 5P56A 3ZPSA 3N4LA 4HA5A 5OYYA 3I8WA 3T11A 3SA5A 5DQCA 2WEBA 1BIMA 1FLHA 5P2MA 3APRE 3NYGA 4AA9A 4FM8A 1HSHA 1AIDA 1EPQE 4Y5BA 3UTLA 3ZL7A 3UCBA 4OC6A 4Y53A 5UPJA 4Y3SA 4DV9A 5P24A 5P8LA 3ZKSA 2B8LA 2PYMA 2ZJMA 5P8GA 1E5OE 2IL2A 2FGVA 4I0FA 1BXQA 5P7HA 4KE1A 3T3CA 1EC0A 3GI4A 2AVMA 1MUIA 2QD6A 4EP3A 4YD5A 1FB7A 2P3CA 5P15A 4BELA 3FV3A 3OHFA 3TKWA 3FNUA 4B70A 3OQAA 5P83A 2I4UA 1TZSA 3HVGA 3Q4BA 3DCKA 2I4XA 2UXZA 5P0UA 3IXOA 5HD0A 3IAWA 3OGQA 5P1XA 2FMBA 3KF0A 2G94A 2G21A 1Q9PA 4Y35A 1BWBA 5P7PA 5P06A 3NU5A 4ZSQA 1TQFA 3CIDA 1W51A 3EKWA 4Y44A 4CPTA 4MC6A 5FIVA 3KFRA 4Y43A 1ENTE 5SY3A 1A8GA 5P82A 3DJKA 3FNSA 4YBFA 3UHLA 1CPIA 3EKTA 4Y4AA 3TTPA 3VYDA 4GMIA 3OGPA 2P8HA 4D88A 3OAGB 1FFIC 4CPUA 4ZE6A 2P83A 5P4LA 2QI6A 5P5UA 1HHPA 2PH8A 3VYEA 2ZDZA 2V12C 3R4BA 1IBQA 4OD9A 3EL1A 5P38A 3S54A 3PEPA 4Y45A 4DJWA 5P34A 4E43A 4GJ8A 5OZHA 1YM4A 4FS4A 3ZLQA 1WKRA 5P63A 3BGBA 3EKPA 3QRSA 5P8NA 5F01A 5J25A 5P2HA 1EPME 3TPJA 3PWRA 5OZ2A 1AJXA 5P3RA 4YD6A 4Z50A 2OHLA 3PBDA 3EC0A 2BKSA 4FAFA 5P6TA 4YD3A 5P8IA 3R2FA 4ZSMA 4PHVA 4Y56A 4EYRA 4KE0A 5P1HA 2UPJA 3MSJA 1XS7D 5KQXA 2Q15A 1D4KA 1QS8A 5KQZA 3MXEA 1GVWA 4K4PA 3KMXA 4Y4WA 5IVRA 5P45A 5P39A 4R95A 1K6VA 3PB5A 4ER2E 5P64A 2QNQA 5P69A 3WB5A 1WBKA 5P3EA 1MSMA 2OHUA 2OAHA 5P4YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HWR A;  5P1F A;  2AZB A;  1LV1 A;  2WF2 A;  4HLA A;  1SDT A;  5P2O A;  2ZJN A;  4EHC A;  5P32 A;  2WED A;  5P8M A;  1FG6 C;  4RYC A;  3NUJ A;  5P8E A;  5P8R A;  5P4K A;  1C6Y A;  5P7A A;  4YE3 A;  3IGB A;  1W5W A;  1PFZ A;  5DR8 A;  4Y41 A;  4I0I A;  2AOG A;  1LF2 A;  3MSK A;  5IVS A;  3QRM A;  3O9H A;  3OUC A;  5P5J A;  3Q3T A;  3PI0 A;  3CKT A;  1T7K A;  3CYX A;  5C9F A;  2PWR A;  2VS2 A;  3SM1 A;  3QBH A;  1HIH A;  5CON A;  4GID A;  2PSG A;  2Z4O A;  4Y4U A;  2QD8 A;  2OHS A;  5OZ9 A;  4S1G A;  5P2I A;  1HBV A;  2VJ6 A;  4HDP A;  5P7E A;  4K4R A;  3C9X A;  3CYW A;  5P4C A;  3I2L A;  1ZLF A;  1EPP E;  1YTJ A;  2QCI A;  2J9J A;  3TOG A;  3CMS A;  2IGX A;  3BXR A;  5OZF A;  3SA8 A;  4I0H A;  2QI7 A;  3PHV A;  1YTG A;  5P12 A;  1YTI A;  5P1N A;  1MSN A;  3L5E A;  1BDL A;  2QZX A;  5COP A;  1QBT A;  3S53 A;  2I0D A;  4PEP A;  2QZK A;  1TCX A;  1EBY A;  3HBO A;  4Y3G A;  4B77 A;  5PEP A;  5P8T A;  2Q55 A;  5P0S A;  3O9G A;  5P5Q A;  3A2O A;  3ZKX A;  2HPF A;  4EPJ A;  5P27 A;  1ZAP A;  5P6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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