4Q1WA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ASPARTYL PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1wA00
1W5XA 5P7SA 5P4TA 4FAFA 1FLHA 3O9FA 4B1EA 5HU0A 2VNMA 4RROA 4DJPA 3UTLA 4DJVA 1JLDA 4FRIA 5AH8A 3ZKGA 5P82A 5P8IA 2NR6A 3NLSA 1YG9A 3ECGA 2QK5A 5P05A 3D1ZA 3EKTA 3RSVA 5P2QA 3NU5A 4RRNA 1YM2A 4DV9A 4Z2ZA 5IVSA 2FGVA 5P4VA 3LIVA 1WKRA 5P55A 1APVE 3TOGA 5P8PA 1MPPA 3VV7A 3NXEA 2O4SA 1SDVA 4RCEA 1EPQE 2WF3A 2BJUA 3QP0A 5JODA 4FSLA 2PQZA 5OYZA 3OQDA 1XDHA 3OXXA 2FNTA 3LHGA 5P1DA 4Z4XA 1ZJ7A 5P5EA 5P7BA 3QI1A 4APEA 3QBHA 4I8ZA 4PEPA 4LXKA 2QI1A 5P4ZA 4FL8A 5DPZA 2WF4A 5P8AA 3CMSA 5P41A 1EEDP 5OYYA 2ANLA 4B1CA 2AOJA 1B11A 5P2YA 1N49A 2Q11A 1LEEA 4J5JA 4ZIPA 1BDLA 3INHA 4CMSA 5P6TA 1HVIA 1QBSA 3FNTA 1SMEA 3OU1A 6UPJA 3UDHA 2R9BA 5P3GA 3VLAA 3ZMGA 1G35A 3OUBA 1M4HA 5P89A 3EKQA 4I0ZA 4OBDA 5P3YA 5KR2A 5P07A 2G20A 4LBTA 2ZE1A 4M8XA 3UDYA 1IVPA 5P2XA 1MRXA 5P1WA 5OYUA 1BXOA 1ZP8A 1MTRA 5OZ0A 5P1IA 1E81E 3EL9A 5P27A 5P5NA 4PHVA 5DQCA 5P3BA 4OBKA 5P67A 2QZXA 4Y5AA 4Y51A 1K6TA 3GGAA 2AQUA 2QHZA 1HRNA 5P1XA 2VJ6A 1PROA 5OZXA 5P6DA 3OGPA 3PM4A 2WEDA 5P8RA 1FMUA 5AGZA 3PCZA 5P8DA 4Q5MA 2O4PA 5P6WA 4UPJA 3OQFA 5P0DA 1HVHA 4GYEA 1FIVA 2WHHA 4LXAA 1B6PA 4E43A 6APRE 5P6BA 5P1CA 4LAPA 5ISKA 3DK1A 5P2OA 5P1YA 5P09A 5P8CA 2IDWA 5P7ZA 5P4DA 3OTSA 1YTHA 3GW5A 3L58A 4GJ6A 1PSNA 1BWAA 1HSGA 1T7IA 3LPJA 4Y4DA 4Y3MA 5P0RA 2AZCA 3OXVA 3LZSA 4B77A 5DQ5A 4R93A 4JP9A 2HPEA 3G6ZA 5P0SA 5OZBA 5IS4A 3CYXA 4RZ1A 4KB9A 3PVKA 3QRVA 3S43A 5P3XA 3EKVA 1B6LA 1KJHA 4GJDA 5BWYA 5P7KA 1E80E 1FB7A 1EAGA 4ZSPA 3WB4A 1SIVA 2ASIA 5P0VA 3TNEA 4D83A 3S54A 1PPLE 1HTEA 3WZ7A 3DCRA 4RGHA 3ST5A 1ZLFA 2WF0A 3IAWA 1YM4A 1GVVA 4Y3EA 2BKSA 4L1AB 2B7FA 4J0VA 4DFGA 3N4LA 1SH9A 3SKFA 3QVIA 3NWXA 5OYQA 2WEBA 4WY6A 1IZDA 3OAGA 5P5VA 1HWRA 4QGIA 5P2MA 5P1RA 3L38A 5P46A 1D4SA 1YT9A 5P4EA 5AHAA 3LIYA 2AOGA 4S1GA 5OZYA 1B6KA 4HDPA 3D91A 2I4UA 3NDWA 1C6ZA 5P5SA 1LF4A 5P16A 2OHQA 1M43A 4DJXA 3PRSA 2BPVA 1CMSA 2EWYA 1K6PA 3U7SA 4GMIA 1QRPE 2F80A 1T7KA 3ER5E 3QRMA 1SBGA 2ZJJA 3PGIA 4Y37A 2IKOA 4QJ6A 2BPXA 3UQPA 1Q9PA 5P50A 4B70A 3PB5A 3CIDA 2J9KA 1OHRA 4OBZA 3K4VA 3PWRA 2ZGAA 1FFIC 2IEOA 1KJ7A 2WF1A 3H0BA 5P44A 5P4FA 4K4RA 5P66A 1GNNA 3OXCA 5P1HA 3ZKSA 5P6GA 2QD6A 1LV1A 4BELA 2P3CA 2PK5A 3HDKA 5OYRA 3TLHA 3OGQA 4YD5A 1SDUA 4YE3A 5P5OA 5P39A 2PSVA 4Y4EA 3A2OA 5HD0A 5P4UA 4OD9A 5P52A 4CPTA 5P76A 3KA2A 1A8KA 3BRAA 1G0VA 4Z22A 4ER4E 2FLEA 5P8LA 5PEPA 1FG8C 1FKNA 4DQCA 2G22A 3SA5A 3IGBA 1IDBA 1QS8A 5DQ1A 5P7OA 3EBZA 1AZ5A 3PLLA 5P5DA 5P51A 5COPA 3JVWA 3BGCA 5P78A 2V00A 1ODYA 1TCWA 2AZ8A 1KJFA 1SGZA 2ZHRA 1MIQA 3T3CA 3PLDA 3OU1B 3LNKA 2PH8A 4APRE 2R38A 3HD8A 3O9DA 5KQZA 3K5FA 5KQXA 5JFPA 1GNMA 3EM3A 1TSQA 4EJKA 2OHUA 1Z1RA 5P6AA 1PSAA 3LZVA 2QD7A 5P08A 5P1KA 3UFLA 3ZKNA 5P0EA 4YBFA 2QU3A 1SMRA 5P28A 4LHHA 2QMFA 5KR8A 3PJ6A 5P6XA 5IVTA 5P8SA 5P19A 5P3HA 4RLDA 5P57A 3OUDB 5OZVA 1EPLE 5P7RA 3S7MA 3NDUA 3VUCA 2OAHA 5P8MA 3WSJA 5P6EA 2QCIA 1F7AA 1KJGA 4Y5MA 1BWBA 3PBDA 4I8WA 3PHVA 4A6CA 2OHSA 2IKUA 5OZUA 3RVIA 3SPKA 2V11C 4I0HA 4K4PA 3EL5A 3ZL7A 2I0AA 3VLBA 5COKA 3IXKA 5OZPA 2XFIA 1YTIA 4Y5CA 3F9QA 1U8GA 3LPKA 1MT7A 4Y3NA 2I0DA 3WB5A 3QN8A 3IVIA 3OTYA 1ZBGA 4YDGA 3VF7A 3FNUA 1DP5A 3S8IA 5OZIA 2HS2A 2B8LA 2HC0A 4GJ8A 5P0LA 3NYGA 2BPYA 4FM8A 2ER9E 3EM4A 4RYCA 2QZKA 5OYWA 1W6IA 1TQFA 4Y54A 1PSOE 2UPJA 3FIVA 1MSMA 3UDKA 4RVIA 3EC0A 2FXEA 5P8GA 3EKYA 5P11A 2B60A 5P26A 1HSIA 4WTUA 1BXQA 3Q6YA 2ZHUA 3SLZA 3PWWA 4HZTA 2AVMA 4HA5A 2WKZA 5P5FA 5TOLA 1NPVA 2FDPA 5P5PA 5OZGA 3ZKMA 2WJOA 1RL8A 3UDJA 5OZQA 5P3EA 1XN2A 5P17A 3NDXA 3VFAA 3OAGB 1EC2A 1XL5A 4Y4XA 1VIKA 3VYDA 2QMDA 2OHKA 3CYWA 5P7MA 4DPFA 1E5OE 2P3AA 2G1OA 4B1DA 1FMXA 4U7QA 4F74A 5P3RA 4J1EA 5P88A 5P0BA 5P1QA 1EC1A 2O4KA 3OU3A 5P31A 4Y5BA 4Q1NA 5P5YA 5P3DA 5P8HA 4FIVA 4AMTA 3L5BA 1FQ5A 5P3SA 4EP2A 4R92A 3VSXA 5P2ZA 4LC7A 4Y50A 4F73A 2FDEA 4OBZB 1A9MA 5P2SA 2BPWA 3ZKQA 5P6LA 3VV8A 1HVSA 4L7GA 3PBZA 1PFZA 3INFA 8HVPA 3IN4A 4Y38A 4D85A 3SKGA 5P69A 5OZLA 5P4CA 5P35A 5P8NA 3KT5A 1NSOA 1W51A 4Y4WA 3R2FA 3GGVA 5DGUA 1NH0A 3OXWA 5P8KA 5P7JA 2A1EA 5OZ1A 5P60A 3ZPTA 4B05A 2P83A 1FQ6A 1D4YA 5P06A 3ZPSA 2VJ7A 4KUPA 5IVRA 2PWCA 5I3WA 5P0WA 3SABA 2WECA 5KAOA 4OD9B 4ZE6A 5P6VA 4LL3A 1BBSA 3QPJA 2QAKA 2QNNA 2NTRA 3EMYA 3SA9A 1LF2A 3INEA 5HTZA 7HVPA 1TSUA 4J1CA 6FIVA 3NU3A 3LZYA 1META 4I0IA 2JYSA 5P1OA 5P86A 4K8SA 5OZ3A 3PMYA 5P5LA 3O9LA 3IXOA 2XYFA 5P6KA 5P32A 5P1EA 3SO9A 3B80A 3KYRA 5P1LA 4MC2A 4GJAA 5P0IA 2BPZA 4DJWA 1W6HA 4YOBA 3NWQA 1MSNA 5P7CA 4DJYA 2HS1A 5P0XA 4Y4GA 2QP8A 3FNSA 3SM1A 5P7WA 4Y48A 1TZSA 2NNKA 4FAEA 1MVPA 2IGYA 3OUCA 3R0WA 3OK9A 2BKTA 1GVTA 5P7NA 5T4SA 1D4HA 4GB2A 5C9FA 1SP5A 3D1XA 4OC6A 3INDA 1G2KA 2P3BB 1HEGE 5P87A 1BDRA 4CPUA 3O9CA 5P3TA 2PSUA 3EKPA 1OEWA 1EPOE 3UQWA 5P4QA 4Q1XA 3U6AA 2JE4A 5OZAA 1EBYA 3KFNA 4Y4BA 4H3FA 3OHFA 4NKKA 5P1MA 3QROA 3MWSA 4DJOA 5DQ2A 4Y4TA 5P5IA 3OUDA 1CPIA 2JJJA 1FQ4A 1W5VA 4OBGA 5P7LA 5P2BA 5DR0A 2HIZA 1QDMA 3SA6A 2QD8A 1IDAA 4ER2E 3PEPA 1ME6A 2HB3A 4ZSRA 1W5YA 3TH9A 4ACXA 4H1EA 5ER2E 3I7EA 5P0YA 4Y41A 5P4JA 3IVHA 5KR0A 4KE1A 5P5CA 2VA7A 3BUGA 3C9XA 3GI4A 3TPJA 4L7HA 3DJKA 4DUSA 4FS4A 5OZ5A 1CZIE 5P15A 5P84A 3SFCA 3OUAA 3ZOVA 3PCWA 3FX5A 3UDRA 4Y5GA 5B18A 5P49A 3NR6A 1C70A 4QJAA 1EBZA 2OHRA 3NU9A 5P85A 3VG1A 4Y4JA 2QZWA 1C6YA 2P4JA 4Z50A 2XFJA 5P38A 5P8OA 3AUPA 1J71A 5OZMA 5P12A 2V12C 3GI6A 5P6PA 5P1NA 2I4XA 4FRKA 3S7LA 2QZLA 4J1KA 4R91A 5SY3A 3OQ7A 5P25A 4H3IA 1EPPE 3EL4A 1XE6A 2G1NA 3UQRA 3L5EA 4FLGA 4NPTA 5P6YA 4I0FA 4F76A 2I1AA 2G26A 4ZEAA 1YTGA 5P37A 2ZHTA 5P6OA 1MESA 3OQAA 3QIHA 4HEGA 4B0QA 4LXMA 5P2VA 1FG6C 1BILA 4FRSA 2FS4A 4GJ5A 3PSGA 5P4PA 2JJIA 4Y3XA 1FQXA 4K9HA 4QJ2A 5P6IA 3KMYA 1AM5A 5P5KA 5P0OA 5P70A 2NXMA 4TRZA 4LP9A 3RSXA 4EPJA 3UQXA 3PSUA 5P5HA 5P2WA 1K1UA 3Q5HA 1HBVA 5P4XA 4DH6A 3K5GA 3MSLA 3KF0A 4RRSA 4ER1E 4NJSA 1M0BA 2PYNA 1GVWA 3BC4A 5P2JA 3BXRA 3OADA 1MT9A 7UPJA 2VKMA 5P2EA 3KDDA 4Y57A 5P3VA 3APRE 2ZJIA 5OZEA 2BBBA 4Y4ZA 5F00A 5OZJA 4NJTA 5P8FA 1EPRE 3RTNA 4EJDA 4DJUA 4MC6A 4Y3HA 5P1TA 5P7VA 1APTE 5DQ4A 5P5QA 5DR1A 3S2OA 1A94A 5C9DA 5P0HA 3O9LB 3URLA 4AUCA 2IGXA 3K4VC 2Q3KA 1FF0C 3BUFA 1D4IA 3CIBA 5OZCA 4YCTA 3T7QA 2IL2A 4GZFA 5P4HA 3SAAA 5P0AA 1DIFA 2FGUA 3TTPA 4DQEA 1FFFC 4J0ZA 5P4GA 4J0PA 5P04A 4NPUA 2ZHVA 4OBFA 5OZTA 1UPJA 4DQBA 5P6ZA 5AH7A 4U7VA 4Y3YA 5P1VA 4OC6B 3KFPA 5P2NA 2ZJKA 5OYTA 2RKFA 5P7EA 1K6VA 1LYWA 2ER7E 5P7XA 5P3CA 5P62A 5E5JA 5P4WA 1ZPAA 1HEFE 3UQUA 2G21A 3DOXA 3S45A 1GVXA 2SAMA 4XXSA 2PC0A 1HVLA 5BS4A 4ZPGA 1EPME 5HDZA 5ENMA 1A30A 5P2CA 2G1RA 3DUYA 4ZSMA 2G69A 4JOOA 2P3BA 3VYFA 2CEMA 4DJQA 5P2DA 4GJBA 3JVYA 4J55A 4J1IA 3FKTA 5P3MA 1KJ4A 2HAHA 3GI5A 5OZ6A 3U71A 3NDTA 2NMYA 2BB9A 5P3QA 5AH6A 4M8YA 2NPHA 3HAWA 1A8GA 2OHTA 1GVUA 4OBHA 4Y3RA 4IVSA 5P7GA 1PPME 3L5DA 5P0UA 3O9EA 4Y3ZA 4D8CA 3DM6A 1HSHA 5P1GA 3EKWA 5P13A 2FIVA 2WL0A 2IENA 3M9FA 3HVGA 5P4KA 4I11A 2B7ZA 1XE5A 5P4LA 1ZSRA 2R3WA 5KOQA 4EWOA 4YHQA 3IN3A 4I1CA 4YD6A 3VFBA 1HXBA 3FSMA 3NUJA 2ER6E 2VIYA 5ER1E 2I4VA 4PZWA 4I0GA 1XN3A 3PI5A 1RNEA 5HDVA 3CKTA 4RCFA 5KOSA 3KN0A 4EP3A 1LS5A 4NJUA 2PYMA 1HTGA 4EQ0A 5P4MA 3BGBA 1FQ8A 1EPNE 5P4IA 1Z1HA 2IS0A 3KM4A 4IVTA 2AVVA 3HLOA 4Y5KA 5P3AA 3OOTA 1DAZC 5OZ4A 5P4OA 2F3EA 5BRYA 1B6JA 4J1FA 3K1WA 1DMPA 2AVOA 3PSYA 3OQKA 4HDBA 5ENKA 1OEXA 1HXWA 2AZBA 2F8GA 2Q63A 1KZKA 1C6XA 5SZ9A 3HVPA 4J0YA 3ER3E 1QBUA 3VSWA 1K2BA 3LITA 3T7XA 3KDCA 4YD7A 3L5FA 5P3NA 4Y3SA 3LPIA 5P5UA 4H3JA 5P71A 1AXAA 5P1PA 1IIQA 1Z8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5X A;  5P7S A;  5P4T A;  4FAF A;  1FLH A;  3O9F A;  4B1E A;  5HU0 A;  2VNM A;  4RRO A;  4DJP A;  3UTL A;  4DJV A;  1JLD A;  4FRI A;  5AH8 A;  3ZKG A;  5P82 A;  5P8I A;  2NR6 A;  3NLS A;  1YG9 A;  3ECG A;  2QK5 A;  5P05 A;  3D1Z A;  3EKT A;  3RSV A;  5P2Q A;  3NU5 A;  4RRN A;  1YM2 A;  4DV9 A;  4Z2Z A;  5IVS A;  2FGV A;  5P4V A;  3LIV A;  1WKR A;  5P55 A;  1APV E;  3TOG A;  5P8P A;  1MPP A;  3VV7 A;  3NXE A;  2O4S A;  1SDV A;  4RCE A;  1EPQ E;  2WF3 A;  2BJU A;  3QP0 A;  5JOD A;  4FSL A;  2PQZ A;  5OYZ A;  3OQD A;  1XDH A;  3OXX A;  2FNT A;  3LHG A;  5P1D A;  4Z4X A;  1ZJ7 A;  5P5E A;  5P7B A;  3QI1 A;  4APE A;  3QBH A;  4I8Z A;  4PEP A;  4LXK A;  2QI1 A;  5P4Z A;  4FL8 A;  5DPZ A;  2WF4 A;  5P8A A;  3CMS A;  5P41 A;  1EED P;  5OYY A;  2ANL A;  4B1C A;  2AOJ A;  1B11 A;  5P2Y A;  1N49 A;  2Q11 A;  1LEE A;  4J5J A;  4ZIP A;  1BDL A;  3INH A;  4CMS A;  5P6T A;  1HVI A;  1QBS A;  3FNT A;  1SME A;  3OU1 A;  6UPJ A;  3UDH A;  2R9B A;  5P3G A;  3VLA A;  3ZMG A;  1G35 A;  3OUB A;  1M4H A;  5P89 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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