4Q1XA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTILEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ASPARTYL PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1xA00
5P1OA 5KR2A 3NYGA 4QJ6A 4Y36A 3O9CA 5P72A 2BJUA 4J0VA 2G1SA 1W5YA 4CP7A 5P6AA 5P1KA 5IVSA 4QJ9A 5DPZA 3APPA 5SY2A 4GJ6A 2IL2A 5P5QA 1K1UA 4LBTA 2QP8A 5P4TA 4Y48A 5P6RA 5P1NA 1MIQA 4I0DA 3OQKA 1FB7A 1ODYA 3HD8A 5P6SA 5P26A 3OHFA 5P3FA 3K4VA 2WF0A 1T7JA 3RSXA 3H0BA 4GJAA 4DJOA 5P3LA 4EJDA 3CIDA 1FQ4A 2WEBA 3OUAA 4D89A 1ZAPA 4OC6B 2OHRA 1C6ZA 2UY0A 2B8VA 2AZ9A 5P4HA 4RLDA 4Z2ZA 3PWMA 5P24A 3OXXA 5P6YA 1GVWA 4LXAA 3PMYA 2HAHA 1XDHA 4KE1A 1DAZC 4EP3A 3D1ZA 3GGAA 2R9BA 2OHMA 3QPJA 4OBGA 1SMEA 5P1EA 5I70A 1DIFA 5P0KA 5P66A 4Y5EA 5JODA 3KFSA 3L5CA 4GJ7A 3VSXA 4K9HA 4R95A 5HE4A 4Q1NA 1D4YA 4I0JA 2AOJA 5P2DA 5OYZA 3NDXA 3OU1A 4J0PA 5OZFA 3MSKA 2PYNA 5P2SA 1FLHA 4YDFA 3BUGA 4BEKA 4Y5GA 4GIDA 5P8VA 1FEJC 5P77A 5P1WA 1E80E 4LXKA 2OHLA 2QI0A 3O9LB 3F9QA 4Y3ZA 4N00A 2QK5A 3BC4A 5P79A 3UQWA 4WY6A 1MERA 3URJA 5P8UA 3GGVA 4Y4ZA 5AHAA 1ZSRA 2HB4A 1GNMA 3EL5A 3T7XA 4XX3A 3CIBA 5P2GA 3MSLA 5DR3A 3NXEA 3UDRA 4Y3LA 5COKA 4R93A 1ER8E 1LF2A 1IIQA 1GVUA 3ZKGA 4KE0A 2ZE1A 3HAWA 1ZBGA 5P3TA 3UFLA 5IVQA 1D4IA 4K4PA 5OYVA 3M9FA 3O9AA 5AH7A 2P8HA 5P4UA 3PSUA 5P0GA 4I0HA 3LIQA 3FNUA 2Q64A 2QI7A 5DR0A 5P7QA 3D1YA 5P48A 1B11A 4Y5CA 2AODA 5P0BA 3NUJA 2J9KA 1E82E 5P7AA 5OYTA 1HTRB 4Y3GA 5P8BA 5P82A 3UTLA 1HTFA 4FL8A 3NU4A 3CMSA 2XFIA 4Y3XA 3VFBA 1A94A 3LIXA 5P0HA 1BILA 1G35A 1BVEA 5P3PA 5P5HA 1MVPA 3PBDA 2APRA 3QBHA 3KDDA 3CYWA 2ASIA 3D3TA 2Q63A 5OZTA 5P4YA 2Q15A 3WZ7A 3IA9A 3GI5A 5COOA 4R91A 5P0NA 5P1MA 5OZDA 2VJ9A 4ACUA 2Z4OA 3OU3A 5P17A 3ZL7A 3OUDB 1XL5A 5P56A 1T3RA 3KT2A 5HE7A 1A8KA 3UPJA 1AIDA 4PPHA 4GYEA 1YG9A 1IZIA 3VFAA 5I3WA 4NJVA 4U7QA 5P41A 4GJCA 3I8WA 1BIMA 3WB5A 4XXSA 1XN2A 3FNTA 4GB2A 1W6HA 4GMIA 3NWQA 4PZXA 5P16A 5P1TA 5P75A 3S53A 4EP2A 2ZHRA 4I8WA 5OZAA 5AH9A 5P6LA 2I4UA 3KF0A 5AHBA 3OUBA 3EL9A 3NSHA 2V10C 4TRYA 3PLDA 5P4AA 4ER1E 5P63A 5P6JA 3O9IA 4LP9A 5P40A 4Y5LA 4L7JA 3UF3A 1G2KA 3OK9A 1EC1A 1OD1A 3KFRA 3PBZA 5P1XA 1HBVA 3VV7A 4APEA 3PB5A 2IEOA 5P7LA 3EL0A 5P34A 2CENA 1BVGA 5P43A 1UH7A 1TW7A 1CMSA 2I4QA 1T7IA 5P5FA 7HVPA 1EEDP 4Y35A 2R5QA 2HS1A 5P0OA 5P00A 4IVTA 2UPJA 2P3BA 2G22A 5P89A 5HDUA 4CPQA 5P3HA 1EBWA 4NPUA 5P6UA 1GVXA 4HEGA 4RRSA 5DR7A 2ZGAA 3TOHA 5P6FA 1JLDA 1QBTA 4FM6A 4Z50A 1U8GA 2V16C 3S8IA 1ZJ7A 4EQJA 5P5OA 4E43A 4YE3A 3H5BA 1YX9A 2QMFA 2ZJJA 3B80A 4RGHA 4Y5PA 2QI1A 3T7QA 5P6XA 5P4OA 5C9DA 3ST5A 5P1IA 5P5DA 2R3WA 5P4ZA 2J9JA 1BV9A 5P39A 2G26A 5P15A 1SMRA 4APRE 5P4QA 2NNPA 2QHZA 1EBKC 2HB2A 5P3DA 5P4FA 5P1YA 4FRJA 3CYXA 4JOOA 3QI1A 1YT9A 4DQCA 3OXWA 3UDKA 2Q54A 4HDBA 1A8GA 3KT5A 4B78A 1HSIA 5P4EA 4Y4UA 4I11A 4F75A 5P78A 5P3QA 1KJHA 6FIVA 5P5LA 5P1VA 1D4LA 2FIVA 1YTIA 3QRVA 2BPZA 2HPFA 1FIVA 3SA5A 1SH9A 2WEDA 5CLMA 3S54A 3K5GA 4RCDA 5P7VA 3QVIA 2IGYA 3T3CA 2P4JA 2QZLA 2ZJLA 3PVKA 2PWRA 3L5BA 3DV5A 5P0EA 3GI6A 2QCIA 5P3KA 3LZUA 5P1CA 1T6EX 1PPLE 4Y51A 1RV7A 1HPOA 3TH9A 3IXOA 2OHPA 4FLGA 1D4JA 3G72A 3TLHA 2O4NA 4J0TA 5P2UA 5P7PA 3DCKA 1W6IA 4FSLA 3OOTA 5P7TA 5HVPA 5P0AA 3EC0A 4YD4A 3ZOVA 3LIZA 4TRZA 2JYSA 1ZTZA 4WTUA 2AZBA 5P25A 2NXMA 3BXRA 5P5PA 4Y3DA 3NLSA 5P3SA 1HSHA 1BV7A 1W5WA 2QMGA 1HVHA 4DJWA 4H3GA 5OZSA 2XFKA 2IRZA 5P01A 1OEXA 3IXJA 5C9BA 5P6DA 5P37A 4BELA 2BB9A 4GZFA 2BKTA 3UDMA 3TTPA 2AZCA 5P7OA 3RSVA 2PC0A 2P3AA 3BRAA 1LF4A 5OZGA 5P7XA 1AVFA 3VF7A 3INDA 2QI5A 1M4HA 5KOSA 1MSMA 5OZCA 5P0QA 5P5KA 3LZVA 3MXEA 5P60A 4RYGA 1OHRA 1FQ7A 5P5JA 4L7GA 2ZHTA 2NMZA 3L5EA 2QNPA 5DQ2A 3ER3E 5OZ8A 1SDTA 4XKXA 2VA7A 5P4MA 3Q3TA 3WZ6A 4Y54A 5P0SA 1LYBA 2RKGA 4JECA 5P4IA 5P84A 3QP0A 4H3FA 3KFNA 3OWNA 1EPNE 3N3IA 5P5XA 5P4JA 1IZHA 1T6GA 3KN0A 5T4SA 3TPPA 2OHTA 4DJXA 4OD9A 1LYWB 3EKPA 1SIVA 2FDDA 5P58A 3NU9A 1K2CA 3OAGB 2ZJNA 3LINA 5P2BA 1APUE 5P13A 5P5BA 3URIA 3MXDA 5OZ2A 4I0FA 2AOHA 2QHYA 3QBFA 5P0WA 3K1WA 4R8YA 3RTHA 5P88A 5P27A 3O99A 5P5UA 2AOGA 5OZYA 4NJUA 4OBDA 4R5NA 1J71A 2BQVA 4RYCA 5P8PA 3LIVA 2AVMA 1K6TA 5P59A 4DJPA 5AH8A 4I1CA 3GI4A 3DCRA 2ZHVA 2VJ7A 2O4LA 5E5KA 4Y53A 5P8JA 1WBKA 1FG6C 1D4SA 5P74A 3RTMA 4NJSA 1XS7D 1IDBA 5P8CA 2PYMA 3QIHA 5P32A 5P52A 5P1UA 3LPKA 3O9GA 2AVVA 1Z8CA 5P67A 3ZLQA 1HXBA 2I1AA 4Y57A 5P86A 1B6JA 4A6CA 5P42A 5OZBA 4Y4EA 2A1EA 4RVXA 4OBZA 1HPVA 5AHCA 4FGXA 5P6ZA 5P31A 3VYFA 3L3AA 1K2BA 4LC7A 3SA4A 3O9FA 5P73A 5P2LA 5P6WA 2WF1A 5P3WA 1LS5A 1K1TA 1A30A 5P36A 4J1KA 4Y3RA 5P1SA 5KR8A 5ER1E 1RNEA 2B42A 5P2AA 1SIPA 5P7FA 5OZ4A 4HVPA 4I0EA 3CKPA 4KB9A 2AOIA 4L1AB 2OHSA 5P2JA 2I4VA 1AAQA 1FMXA 5P5IA 2Q55A 4Y56A 3FSMA 2QD6A 2G20A 3SA6A 5DGUA 4B00A 1WBMA 3BUHA 3I25A 1T7KA 9HVPA 1AM5A 5OZPA 2I4DA 2OHNA 1PFZA 5JFUA 2VA5A 2AVOA 4ZEAA 5P6BA 5EZZA 3ZKNA 1FGCC 3Q5HA 5P46A 3I2LA 5P4GA 2G24A 2V12C 3T7PA 4KUPA 5OZRA 4CPSA 1LYAB 3URLA 5DQCA 4Y4DA 1FQ6A 4CPRA 4TVHA 5P09A 4FCOA 3JVWA 5OYQA 2CEJA 4Y4XA 2QNQA 5P0DA 5P8LA 5OZ7A 5ENMA 4D8CA 5ISKA 3UDQA 1HVLA 1XE5A 4YOAA 3EM4A 2QMDA 3C9XA 2ZJHA 4D88A 3LPIA 5P1JA 5P5SA 5OZQA 2R3TA 5P18A 5P1QA 4GJ9A 1E5OE 5P6PA 5P1ZA 3EL4A 5P69A 5P8IA 1HVSA 2P3DA 5P2KA 5P2VA 5P1AA 5P06A 3TKGA 1EAGA 4RVJA 5HCTA 1PSNA 1F7AA 3PJ6A 5KOQA 5P1DA 3VEUA 2H6SA 2VA6A 4Y3NA 3S43A 3ER5E 4LAPA 3Q70A 3INHA 5OZLA 2QZXA 5P2IA 3KA2A 4MC9A 4NPTA 2G21A 2FS4A 3SAAA 2V13A 2WHHA 2IDWA 1LZQA 4PZWA 3S56A 3KMXA 5P3VA 5P5NA 5P5CA 5OZWA 3SA7A 3QN8A 3GGXA 3UFNA 5OYXA 3BXSA 5OZXA 2ER0E 2OF0A 1GNOA 3RVIA 2PWCA 2G1NA 1SDVA 3SM2A 4ZSPA 1HPXA 1BDQA 4YD6A 1BDRA 3LHGA 1C70A 1MSNA 5B18A 4RCEA 3NU3A 1KJ4A 5P5ZA 5P2ZA 1SBGA 5P1HA 3K5DA 3NU6A 5P0FA 2SAMA 4B1EA 3TNEA 1EC3A 4R92A 5P3AA 2VJ6A 4HZTA 3LZSA 2QHCA 4DFGA 1TZSA 5OZUA 5P3RA 5P3ZA 5P4BA 6UPJA 2WECA 2WEZA 2OHQA 3KDBA 1F34A 4U7VA 2RMPA 1BBSA 3BGBA 2R5PA 4M8XA 5P8OA 1Z1RA 3UDNA 2V0ZC 4HA5A 1QS8A 3KFPA 3Q6YA 5P8TA 1LF3A 5P3XA 5P2XA 3VSWA 4ZSMA 2WKZA 4ZPFA 2I0AA 3EL1A 3LZYA 4BFBA 2RENA 5P85A 4GJ5A 3SFCA 4YD7A 5P8EA 5P4KA 3B7VA 2ZDZA 3EKVA 2B60A 3TOFA 4QJ8A 1BXOA 4ER4E 3PHVA 4Y38A 3EKXA 5P0YA 4Q1XA 2PSGA 3ZKQA 3FKTA 3D1XA 5OYYA 3VF5A 4B1DA 2PH8A 3T11A 2HB3A 4RCFA 3U71A 4CMSA 3I6OA 3K4VC 1D4KA 3OGQA 5OZZA 5ER2E 5P14A 5P1GA 1B5FB 2VKMA 2WEAA 4FSEA 3ZKIA 5P5RA 1EPRE 3N4LA 1W50A 1AJVA 4OBHA 5DQ4A 3KDCA 1CPIA 1NPWA 1IVQA 1YTJA 5P6GA 5P7UA 5DQ5A 1LEEA 3NWXA 1FF0C 5P7SA 1A9MA 4B05A 2ER9E 1IVPA 5P8QA 5KQZA 2HPEA 5KQYA 4DQGA 2AOCA 1ZSFA 5P2FA 5P1PA 2VNMA 3EMYA 5OZ1A 2JJIA 1FQ5A 2ZHSA 3EM6A 4J54A 5P7BA 1UH9A 3WB4A 4L1AA 3NU5A 2F3EA 3OADB 1GNNA 2PSUA 4DPFA 1VIKA 3LITA 5P1RA 4EJKA 3NDTA 5KAOA 1K6VA 5ENKA 1MT9A 5IVRA 1QRPE 2AOFA 5P7RA 4OC6A 3CICA 4Y3YA 4Q5MA 3RU1A 1IZDA 2HM1A 3NDWA 1WKRA 2BPXA 3PLLA 5OZ0A 1UH8A 2FMBA 2HC0A 5P81A 5P50A 5P65A 1ENTE 1ODXA 5HCOA 1AJXA 1GKTA 3EKWA 4D83A 2PH6A 1M43A 4FIVA 5P4RA 3HZCA 1QBRA 4DQFA 3U6AA 2FDEA 5P3JA 3NUOA 3UDHA 2AQUA 3DK1A 5P6OA 4Y4WA 1MT8A 5P4VA 3R0YA 4Y3MA 2BBBA 2QAKA 5P2HA 5SZ9A 5OZ6A 3OHHA 4Y4AA 2PQZA 2XFJA 4Y3TA 2B8LA 5P8MA 1NSOA 5P07A 3UQPA 3EKTA 2JE4A 3O9LA 3O9BA 3ZPTA 3TL9A 3PWRA 1TCWA 5P0PA 2P83A 3O9HA 2P3CA 5P54A 5P3YA 4HDPA 3FV3A 3PI5A 5P28A 3VV8A 4QJ2A 1ODWA 5P6VA 4J1EA 5P44A 3PWWA 1XN3A 2PK5A 5P7CA 5OZOA 5P2NA 4M8YA 5P7JA 4ZIPA 1PROA 4FRSA 1OEWA 5P0UA 4CPXA 4ACXA 4EJLA 1SP5A 5P7GA 2R8NA 1EPQE 5P70A 1HHPA 2Q3KA 3IVHA 4TVGA 3SABA 4YCKA 4Y3SA 5P6KA 4AA9A 1C6YA 1KJ7A 1MTBA 4EYRA 5P62A 1VIJA 3G70A 1PPKE 4JPEA 3HAUA 2QI4A 3KMYA 5P3EA 3K5CA 3R4BA 1FFIC 4YCYA 3KM4A 2IS0A 3EKQA 3APRE 1W5XA 3IN3A 4Y3JA 2ER7E 2ZYEA 3GI0A 1MTRA 1TSUA 4FS4A 5OZKA 4GJDA 5P61A 3L38A 3OQ7A 5TOLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1O A;  5KR2 A;  3NYG A;  4QJ6 A;  4Y36 A;  3O9C A;  5P72 A;  2BJU A;  4J0V A;  2G1S A;  1W5Y A;  4CP7 A;  5P6A A;  5P1K A;  5IVS A;  4QJ9 A;  5DPZ A;  3APP A;  5SY2 A;  4GJ6 A;  2IL2 A;  5P5Q A;  1K1U A;  4LBT A;  2QP8 A;  5P4T A;  4Y48 A;  5P6R A;  5P1N A;  1MIQ A;  4I0D A;  3OQK A;  1FB7 A;  1ODY A;  3HD8 A;  5P6S A;  5P26 A;  3OHF A;  5P3F A;  3K4V A;  2WF0 A;  1T7J A;  3RSX A;  3H0B A;  4GJA A;  4DJO A;  5P3L A;  4EJD A;  3CID A;  1FQ4 A;  2WEB A;  3OUA A;  4D89 A;  1ZAP A;  4OC6 B;  2OHR A;  1C6Z A;  2UY0 A;  2B8V A;  2AZ9 A;  5P4H A;  4RLD A;  4Z2Z A;  3PWM A;  5P24 A;  3OXX A;  5P6Y A;  1GVW A;  4LXA A;  3PMY A;  2HAH A;  1XDH A;  4KE1 A;  1DAZ C;  4EP3 A;  3D1Z A;  3GGA A;  2R9B A;  2OHM A;  3QPJ A;  4OBG A;  1SME A;  5P1E A;  5I70 A;  1DIF A;  5P0K A;  5P66 A;  4Y5E A;  5JOD A;  3KFS A;  3L5C A;  4GJ7 A;  3VSX A;  4K9H A;  4R95 A;  5HE4 A;  4Q1N A;  1D4Y A;  4I0J A;  2AOJ A;  5P2D A;  5OYZ A;  3NDX A;  3OU1 A;  4J0P A;  5OZF A;  3MSK A;  2PYN A;  5P2S A;  1FLH A;  4YDF A;  3BUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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