4Q1YA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTIFEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords aspartyl protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1yA00
1FF0C 5OZ2A 5P2XA 5EZXA 2UY0A 3EKWA 4M8YA 1SIPA 2QHCA 4E43A 1ZP8A 3PLLA 3KT2A 3H0BA 2ZJHA 8HVPA 4D8CA 5P0QA 3L58A 5P5YA 3LZUA 1D4HA 4K4RA 5P4EA 4AA8A 2ZJJA 5OZLA 5P19A 4H3FA 4B05A 5OZAA 2VJ6A 5P4JA 3MSJA 5P4MA 2QI6A 1T6GA 1PFZA 4Y4UA 4Y3XA 2OHQA 2B42A 5P6WA 2VNMA 2BPXA 3OXWA 4L6BA 3G72A 5HCTA 4N00A 4D83A 5BRYA 4HDFA 5P65A 3DUYA 3K5CA 7HVPA 1B6MA 5P23A 3KFPA 5P3XA 4FSLA 4B00A 1NH0A 2QMFA 1MPPA 1B5FB 5P46A 5OZ9A 2O4SA 1EC3A 2P8HA 5P1DA 4DQGA 2BPZA 5P84A 1YTHA 3B80A 1ODXA 1T7IA 4EHCA 1HTFA 5P7KA 5P44A 5OZUA 5P06A 1SGZA 5ENMA 5P18A 4EPJA 5P0HA 4Q1NA 4RGHA 1XL5A 2FXDA 4I8WA 4DJYA 1WKRA 2HM1A 3EKVA 1ZJ7A 1EPLE 5P3PA 5P77A 5P4VA 2QNNA 1XS7D 4L7HA 4Y43A 5P33A 5JODA 5COKA 2NMYA 4Y57A 2APRA 3ZPUA 5I3WA 3OQ7A 4QJAA 3DJKA 3AUPA 1GVUA 5P39A 1MRWA 2AVMA 1SDUA 2G27A 2QNPA 4QGIA 1HXWA 4LAPA 2EWYA 5OYRA 2BB9A 3R2FA 3TKWA 2J9JB 5BS4A 4A4QA 4QJ8A 5P4BA 1ZLFA 5P3AA 1EPOE 5P55A 4QJ2A 1DIFA 2BKTA 1Q9PA 4QJ6A 2VIJA 3PSUA 2UPJA 1YTGA 1EPME 5J25A 4EWOA 1PSOE 3ZMGA 5P56A 2WECA 1ENTE 4FRIA 1ER8E 3OU4B 5OZZA 5P2UA 2FNTA 4DQHA 5P5IA 3ZKIA 2F3KA 5P5OA 5P57A 5P3OA 1KJ4A 5P2HA 1D4IA 5P1WA 4Y3HA 5P2LA 5P0DA 5P6EA 5P0CA 3QRMA 3RTMA 4Y3DA 1GNOA 1A8GA 3IXKA 4D85A 1Z8CA 3PBZA 4Y5EA 3EKQA 3WB5A 1IDBA 2NR6A 3LIQA 4GJ9A 3PMUA 2NXLA 2P3BB 3VF3A 5P4FA 3LIVA 3NXEA 1QBSA 2PYNA 2ZJLA 5DGWA 4F76A 4J1IA 5AHCA 1ZPKA 5P1BA 2NXDA 2AVSA 1KJHA 5HE4A 5P8FA 4Y41A 3G70A 5PEPA 4ZPGA 1KZKA 2ZHVA 4LL3A 5OZTA 1HHPA 4Y3YA 1BVGA 3G6ZA 3O9BA 2QU3A 3K5DA 2XFKA 4YHQA 5P4SA 4APRE 1G0VA 3PI0A 5IVQA 1EBYA 5OZ8A 1HVKA 3R4BA 4Y9WA 3O9LB 5P1TA 1CMSA 3O9DA 5OZIA 4EP3A 2V11C 3LNKA 3TOFA 3HAWA 3OADB 3PVKA 2J9KA 2G20A 5P3GA 4GJ5A 4HZTA 1HSIA 4COEA 4U7VA 4K4QA 3I6OA 3IGBA 5P6BA 1AZ5A 3SA8A 2Z54A 1TCXA 3KDDA 4GMIA 2PYMA 3PGIA 3O9CA 3KFSA 1AM5A 5OZ0A 4I0IA 2QU2A 2R43A 2JXRA 5P0JA 4HA5A 5ISKA 3T11A 3FNSA 4Y3WA 2QP8A 1HVLA 2HAHA 2QD7A 2NXMA 5P7AA 4CPQA 2R5QA 3CIDA 5P83A 2Q11A 1MSNA 3TTPA 2BBBA 1FQ5A 4Y3SA 4PPHA 2ANLA 4GJ7A 4B72A 1DW6C 4J1FA 5KQXA 3OOZA 3SAAA 5P2ZA 4LXKA 3QRVA 2FS4A 5P2GA 3NXNA 1FGCC 1ZBGA 3INHA 4XX4A 5P6UA 5AH6A 1SBGA 4DFGA 4YOAA 4ZSMA 3ZPTA 4Y5LA 3EKYA 4OBFA 5P1ZA 4Y4DA 4NJUA 3VEUA 4PZXA 3INEA 5P37A 5P0XA 1XN2A 5P82A 1EPPE 2V00A 4RLDA 2A4FA 5P14A 4U8WA 1D4SA 3JVYA 4Y53A 5P6RA 5KOSA 3URIA 5AH7A 5DR0A 4YCKA 3IN4A 3INDA 5P1VA 3EKPA 3KDBA 5OYYA 4PZWA 1HPXA 5P36A 5P27A 3UDKA 2Q15A 1GVXA 3UDYA 3OXVA 5P41A 5P4KA 4HDBA 2NNPA 4Y38A 5P7DA 1HTGA 3BXRA 3L5FA 4J0VA 3LPKA 5P1JA 3APRE 2HB2A 1YM2A 3DV1A 3UHLA 1FMXA 3OADA 2JJIA 3SA9A 2VKMA 3OUDB 4GJCA 5P05A 5P2JA 2BJUA 5P63A 4ACUA 4HE9A 1F34A 5P3HA 4Y3FA 5P6JA 5DR4A 5P0FA 5IVSA 1XL2A 3FKTA 4KE0A 3U6AA 4J1HA 5P8LA 5HTZA 2VNNA 3SKFA 2ER9E 3TKGA 1FEJC 2AODA 4LXMA 2OHSA 3EL1A 5P1YA 4ZEAA 5P4ZA 4Y3EA 1W5WA 4YCTA 5T4SA 5P4PA 3GGXA 5P03A 4OBGA 4RCDA 4Y3AA 5P3UA 4R95A 3SFCA 3DOXA 1LV1A 2CEMA 4Y3TA 5P8VA 4Y35A 5P8TA 1QBRA 2P83A 2G24A 4L1AB 5P88A 4L7GA 3O9IA 5P5WA 1KJGA 4BFDA 2FLEA 1SDTA 5P5GA 3KMXA 2QI1A 4J1EA 1LYWA 5P4AA 5P70A 4YD3A 5P5QA 5P7SA 4XXSA 3L5BA 3GW5A 5P4DA 1EAGA 4XKXA 3S85A 3D1YA 3K4VC 4I1CA 1T6EX 1Z1HA 4NJTA 1LEEA 4RRNA 4DQCA 1T3RA 1GNMA 1KJ7A 2HB4A 5C9DA 5P5NA 2IENA 4Z50A 1DPJA 5P1PA 7UPJA 4WTUA 2I4WA 5AH8A 4Z22A 3NU6A 3NYGA 3MWSA 3PJ6A 5OYWA 5OYZA 3L59A 4XX3A 5P2OA 3M9FA 5HDUA 2VA6A 5P1QA 5P5HA 1G2KA 3CKTA 3QN8A 5ER2E 3DCKA 4D88A 4LXAA 5P6YA 4J0TA 3NU4A 4RVIA 2F80A 4K4PA 4ZE6A 3HAUA 4RVJA 1E5OE 3S53A 5P0VA 5P68A 1MUIA 5KQYA 1LZQA 4FRSA 3K5GA 2WF0A 3D3TA 3VCMA 2AOEA 4AZYA 3PSGA 5ENKA 1MESA 4EJKA 4Y4EA 5P7QA 3UDRA 4DJOA 3OGQA 5P0WA 3OK9A 1EC0A 5P3WA 3I8WA 2VJ7A 5P32A 3T6IA 4CMSA 3SPKA 1TSQA 2OHUA 2PK5A 5P0IA 3IAWA 2A1EA 3RU1A 5P0LA 5P13A 3DCRA 1EBWA 3WSJA 2QZLA 3ST5A 1APUE 5P3ZA 2FGUA 3IXOA 4B78A 1APWE 3QAAA 1YM4A 5P3RA 2HPEA 4CKUA 1HIHA 3PCWA 2PWCA 5P00A 2RKFA 2WL0A 5P58A 4Y47A 3QI1A 5P7XA 2G1SA 4RYGA 3VLBA 1K2BA 4FRJA 5P02A 4DJWA 3EM4A 3LPIA 3SKGA 3OU1A 4RRSA 5AHAA 2Q3KA 3EM3A 5P4LA 5P5MA 2AOHA 2AOFA 4YD4A 1EBZA 2G22A 5P76A 4EXGA 4EXHA 5P1HA 1OEXA 2QZKA 3GI0A 4UPJA 4DPIA 4FRKA 1ZPAA 1HXBA 3NDUA 5P45A 5APRE 1AJXA 4X2LA 2QCIA 2FNSA 3IA9A 4I0FA 5P0OA 5P48A 5P0AA 5P0NA 3BC4A 4KUPA 2FIVA 5OYSA 4I0GA 1FQXA 3NDTA 3N3IA 2VA5A 3SLZA 3BRAA 1B6LA 1G6LA 5P54A 4YDGA 5P6CA 5P5VA 3R0WA 2AOCA 3QVIA 5SY2A 2B7ZA 4Y4ZA 5P2NA 5P4XA 1TQFA 2I4VA 3ECGA 3EL9A 1ZSRA 5P3QA 4Y3JA 5OZXA 1SIVA 4CPSA 1MTRA 5P20A 5P4YA 2XYEA 5P61A 3EL0A 4R92A 2IQGA 2PH8A 4ZPFA 5P5JA 4Y3GA 3T7QA 4YA8A 3WZ7A 3UDPA 3HDKA 5P6KA 5P8BA 3NUJA 3OXXA 1MRXA 3URJA 2HS1A 5P75A 5OYVA 2PQZA 2FGVA 4EJ8A 5P3CA 5P1EA 1F7AA 1KJFA 2G1YA 2ZJIA 1HVIA 2ZJMA 4FM7A 3HVGA 2MIPA 2R38A 5P2CA 3NDWA 5P2AA 3PWMA 3NU5A 3SO9A 3ZL7A 4AMTA 3KA2A 4HDPA 4PEPA 1CZIE 2AOIA 3QBHA 1APTE 1SMEA 3RVIA 3O9FA 2OHRA 5AH9A 3VYEA 5P6VA 3ZKSA 5JFPA 2PH6A 2AZ8A 5P8DA 2VA7A 5P8JA 3NU3A 2R8NA 5JFUA 4Y48A 1MEUA 3SA5A 4Y4TA 5DR3A 3WB4A 2QI3A 1UH7A 3NUOA 4TRZA 5P04A 5P72A 1HPOA 2CENA 3UDJA 4GYEA 2OHMA 3URLA 2G26A 4NJVA 5P40A 4DUSA 3OGPA 5P69A 3RSVA 3HW1A 3UQPA 5P8SA 3DV5A 1FFFC 4OBJA 4QLHA 3B7VA 1PPKE 3LZVA 3N4LA 1W5VA 2AZ9A 2RKGA 5OZ5A 5P4HA 4RCFA 3L5CA 3TH9A 4J1CA 4FSEA 1BDQA 5OZDA 3OQFA 2IRZA 5KR0A 2HC0A 3VF5A 2WF2A 3FX5A 1XN3A 2ER7E 1WBMA 3PEPA 5P87A 4Y45A 3UDNA 3SM1A 4DQBA 5P1GA 5KAOA 1FMBA 5P12A 2I0AA 2Q5KA 3K1WA 1T7KA 3LITA 2OHKA 1E82E 2ASIA 4WY6A 5CLMA 2Q55A 1XE6A 2JYSA 3PI5A 4OD9A 4FLGA 2QMGA 3H5BA 1B6KA 2F81A 5P09A 2Q54A 5P22A 1FQ4A 2RENA 5P85A 2O4NA 3UCBA 3PCZA 5P8RA 4CPRA 2WEBA 4LHHA 3PLDA 2QD6A 4ER1E 4CPUA 4F75A 4MC9A 1A9MA 3RTNA 1SP5A 4ZLSA 3UQRA 3Q70A 4GJ6A 5OZSA 3VFBA 3QRSA 4J54A 2AIDA 4FCOA 3Q5HA 5P7JA 5P6TA 5P29A 4RZ1A 3VV8A 1K2CA 5KOQA 4FAEA 3GI6A 3ZPSA 5AHBA 4Y50A 4Y51A 5P1OA 4Y3QA 5P2SA 3VFAA 1YX9A 1IDAA 3VSWA 5E5JA 1IBQA 3S45A 2PSUA 1AVFA 4NKKA 5P2YA 2AVVA 2ZHRA 1W50A 2NPHA 2I4XA 3KT5A 3NDXA 2B8VA 4DPFA 3BGCA 3L3AA 5P7WA 1B11A 4H1EA 5P8EA 3OAGA 2P3AA 1QS8A 3T7XA 3TPPA 1HVHA 4NJSA 5P49A 1LYWB 4Y4GA 4YD6A 2AZCA 3A2OA 5P6IA 1OEWA 1APVE 1BVEA 5P3KA 5P5AA 1FMUA 2ER6E 2F3EA 4I0HA 2B60A 4TVGA 5I70A 2FDEA 5P7FA 3K4VA 3HBOA 4AUCA 4Y3PA 5HDXA 2QI7A 5OZYA 5P2MA 4QJ7A 5P5UA 1PROA 5OYQA 2BPVA 1MSMA 1C6YA 2ZJNA 2WF1A 5OZ4A 4R91A 1LYAA 1M0BA 1HSGA 5OZGA 2NMZA 5P7GA 5P2QA 1SH9A 2HPFA 5DPZA 2O4KA 2WEDA 3O9EA 3QP0A 3PSYA 1K6CA 5P4NA 3JVWA 5P6SA 1AAQA 1NPWA 5C9BA 5I3YA 1W5XA 5P4QA 3ZKQA 5B18A 5P3LA 2F8GA 2AZBA 1FB7A 1MIQA 3T3CA 1ODWA 5HDZA 3LZSA 2R5PA 5P1CA 3DM6A 5P0KA 5P5TA 5P1LA 1HOSA 3BVAA 2HS2A 4MC1A 5P01A 3HLOA 4ZSQA 3TLHA 5KR8A 1K6TA 1MT7A 1JLDA 2IDWA 4J1KA 1HIVA 3S2OA 2G1NA 2ZYEA 1CPIA 5P6DA 4GJBA 2ZDZA 1HSHA 2I4QA 1N49A 4DI2A 3UTLA 5P74A 1DAZC 1BDLA 4B0QA 3SM2A 4EQ0A 5P0ZA 5SXNA 1FQ6A 1ME6A 4GJDA 5P3MA 3CIBA 5KR1A 3UQXA 1HTEA 3TPRA 2Q63A 5P47A 1B6JA 1BWAA 1TSUA 5P10A 2AOJA 1T7JA 4TRYA 5P80A 5P2FA 2CEJA 2H6SA 2G1RA 4FS4A 4OBZA 3TL9A 3VV6A 2OF0A 2WEAA 3UDHA 1HIIA 2P4JA 5P2VA 5P28A 3OU1B 5P8CA 4Y5MA 1FFIC 4BELA 5P5FA 4EYRA 3MXEA 4J0ZA 3OTSA 2AQUA 3BXSA 3NU9A 2QHZA 3C9XA 2PK6A 5P16A 4GIDA 4JOOA 2AVQA 3D1ZA 3KDCA 5E5KA 3VG1A 3DK1A 2JE4A 2IEOA 4YCYA 2O4LA 5P4UA 4I11A 1W6IA 3OY4A 4B1EA 2PMAA 3Q4BA 4RVXA 3S7MA 2QMPA 2V13A 3QROA 3TNEA 5P4WA 5F01A 3Q3TA 3BHEA 5P8HA 3S43A 1U8GA 3PWWA 4I0EA 4MC2A 3O9HA 2G94A 2R3TA 3PMYA 3QVCA 3BUGA 4CPTA 3LPJA 5P50A 3EL4A 5P0GA 3FV3A 4OBHA 4WY1A 2QK5A 4H3JA 2I0DA 3S8IA 2B7FA 4A6BA 4DQFA 4LP9A 3CMSA 5P0SA 5ER1E 5P2BA 1UH9A 2IGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FF0 C;  5OZ2 A;  5P2X A;  5EZX A;  2UY0 A;  3EKW A;  4M8Y A;  1SIP A;  2QHC A;  4E43 A;  1ZP8 A;  3PLL A;  3KT2 A;  3H0B A;  2ZJH A;  8HVP A;  4D8C A;  5P0Q A;  3L58 A;  5P5Y A;  3LZU A;  1D4H A;  4K4R A;  5P4E A;  4AA8 A;  2ZJJ A;  5OZL A;  5P19 A;  4H3F A;  4B05 A;  5OZA A;  2VJ6 A;  5P4J A;  3MSJ A;  5P4M A;  2QI6 A;  1T6G A;  1PFZ A;  4Y4U A;  4Y3X A;  2OHQ A;  2B42 A;  5P6W A;  2VNM A;  2BPX A;  3OXW A;  4L6B A;  3G72 A;  5HCT A;  4N00 A;  4D83 A;  5BRY A;  4HDF A;  5P65 A;  3DUY A;  3K5C A;  7HVP A;  1B6M A;  5P23 A;  3KFP A;  5P3X A;  4FSL A;  4B00 A;  1NH0 A;  2QMF A;  1MPP A;  1B5F B;  5P46 A;  5OZ9 A;  2O4S A;  1EC3 A;  2P8H A;  5P1D A;  4DQG A;  2BPZ A;  5P84 A;  1YTH A;  3B80 A;  1ODX A;  1T7I A;  4EHC A;  1HTF A;  5P7K A;  5P44 A;  5OZU A;  5P06 A;  1SGZ A;  5ENM A;  5P18 A;  4EPJ A;  5P0H A;  4Q1N A;  4RGH A;  1XL5 A;  2FXD A;  4I8W A;  4DJY A;  1WKR A;  2HM1 A;  3EKV A;  1ZJ7 A;  1EPL E;  5P3P A;  5P77 A;  5P4V A;  2QNN A;  1XS7 D;  4L7H A;  4Y43 A;  5P33 A;  5JOD A;  5COK A;  2NMY A;  4Y57 A;  2APR A;  3ZPU A;  5I3W A;  3OQ7 A;  4QJA A;  3DJK A;  3AUP A;  1GVU A;  5P39 A;  1MRW A;  2AVM A;  1SDU A;  2G27 A;  2QNP A;  4QGI A;  1HXW A;  4LAP A;  2EWY A;  5OYR A;  2BB9 A;  3R2F A;  3TKW A;  2J9J B;  5BS4 A;  4A4Q A;  4QJ8 A;  5P4B A;  1ZLF A;  5P3A A;  1EPO E;  5P55 A;  4QJ2 A;  1DIF A;  2BKT A;  1Q9P A;  4QJ6 A;  2VIJ A;  3PSU A;  2UPJ A;  1YTG A;  1EPM E;  5J25 A;  4EWO A;  1PSO E;  3ZMG A;  5P56 A;  2WEC A;  1ENT E;  4FRI A;  1ER8 E;  3OU4 B;  5OZZ A;  5P2U A;  2FNT A;  4DQH A;  5P5I A;  3ZKI A;  2F3K A;  5P5O A;  5P57 A;  5P3O A;  1KJ4 A;  5P2H A;  1D4I A;  5P1W A;  4Y3H A;  5P2L A;  5P0D A;  5P6E A;  5P0C A;  3QRM A;  3RTM A;  4Y3D A;  1GNO A;  1A8G A;  3IXK A;  4D85 A;  1Z8C A;  3PBZ A;  4Y5E A;  3EKQ A;  3WB5 A;  1IDB A;  2NR6 A;  3LIQ A;  4GJ9 A;  3PMU A;  2NXL A;  2P3B B;  3VF3 A;  5P4F A;  3LIV A;  3NXE A;  1QBS A;  2PYN A;  2ZJL A;  5DGW A;  4F76 A;  4J1I A;  5AHC A;  1ZPK A;  5P1B A;  2NXD A;  2AVS A;  1KJH A;  5HE4 A;  5P8F A;  4Y41 A;  3G70 A;  5PEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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