4QJ2A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with wt p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj2A00
1ENTE 5P4VA 1W50A 5P2QA 5OYUA 3WZ7A 5P44A 4APRE 2I0DA 1EPLE 1EPNE 2F3FA 1MVPA 4QGIA 1MT9A 2WHHA 4EWOA 2QI5A 1ZAPA 1ODWA 5P4GA 1HVRA 5P41A 1MTBA 1FMUA 3GI5A 5P1DA 2FGUA 5P4OA 5P4TA 1CPIA 5OZ0A 5DGWA 3VSXA 3OUBA 5P6UA 4FE6A 2G1SA 5P66A 3VV8A 3KT5A 4B1DA 2PK5A 2IL2A 4EQJA 3DOXA 2IKUA 3LIQA 4LXAA 2HPEA 5P8EA 5DR0A 4Y3ZA 1YG9A 4I0JA 1MESA 4ZPGA 4E43A 4Y56A 1FMBA 3S85A 5TOLA 2ZHUA 1FQ8A 3PEPA 3NDXA 5P6JA 1AZ5A 3G70A 5OZFA 3O9LB 3O9AA 4L1AA 1F34A 5P1GA 2VNMA 4XX3A 1FG6C 3R0YA 5P84A 4QJ2A 3RSXA 1HTRB 1K6CA 2G69A 4ER4E 2ZJNA 4ACXA 5P09A 3HDKA 5P4EA 5P8AA 4WY6A 5P3AA 3HBOA 5P20A 2ZDZA 1IZIA 1FQ4A 3NYGA 2JXRA 3KDBA 1SH9A 2OAHA 2HIZA 3LIXA 5P5SA 1UH7A 2V13A 3PWWA 4FCOA 5HE5A 2BPXA 3OOTA 4X2LA 3OUDA 4Y4ZA 5P0WA 4K4RA 1W6IA 4Z4XA 4HZTA 5KR2A 5P1PA 1ODXA 4MC9A 1OHRA 3SA9A 5HU0A 5P0OA 2PSVA 1W5XA 3O99A 5P7XA 3KT2A 1FLHA 5P0TA 4Y3TA 4TRZA 4J1CA 4DJYA 5ER1E 1FB7A 4OBGA 5CLMA 5P75A 5OZNA 3CICA 3PLDA 5P5AA 5P7NA 3PRSA 2WEBA 3UDYA 3EKYA 2R3TA 5P6MA 3PI0A 4UPJA 4ACUA 5P5HA 5P65A 4N00A 3U7SA 2RMPA 1HSIA 2AVSA 5OZZA 5P12A 1TCXA 5P18A 1CZIE 2QZXA 5P51A 1MPPA 2BKSA 3BVAA 1N49A 3ECGA 3TH9A 2I0AA 3PM4A 5HDZA 5P5ZA 1RV7A 4FM6A 2NXLA 4Y3RA 2OHTA 4Q1WA 1FGCC 1WBKA 3DM6A 4U7VA 5P1YA 3LPIA 5P0AA 5P3YA 4CPRA 3R4BA 4Y48A 1K1UA 4Y5AA 2BKTA 5P5NA 5DQ2A 5P2WA 3NSHA 2VJ9A 3ZKSA 2QK5A 3SKFA 4YOBA 2F80A 2VKMA 3VCMA 5P88A 2B7ZA 5P1EA 3ZLQA 5KQXA 3UQWA 1K6PA 4RZ1A 3SM2A 3VG1A 5IS4A 5P7HA 4QJ7A 5AH8A 2G1OA 2PK6A 2P3BB 3S54A 4QJ8A 5P4SA 2AOHA 3DUYA 3FKTA 1G6LA 2P8HA 5P61A 5T4SA 4BELA 3TPJA 1PROA 4RRNA 4RGHA 2WF1A 5P19A 2Z54A 4Y5BA 1APWE 1T7IA 4AUCA 4ZIPA 5P8MA 2QI0A 3D1YA 3G6ZA 1HPOA 2PYMA 5P70A 3ZPUA 2QI1A 3QBHA 4Y51A 3TKWA 4Y5KA 5P3DA 3VYDA 3IN4A 1QBRA 5P80A 3NWQA 3Q5HA 4YDGA 4ZSMA 4NJVA 5P7ZA 3UQXA 2ZJJA 2I4QA 4Y4XA 5P2RA 1YTHA 3K1WA 1APVE 3URIA 2IDWA 2V0ZC 6APRE 3KF0A 4AA9A 2IGXA 5AHBA 1K6TA 3NXNA 5P82A 2JYSA 3PVKA 5P1HA 1TZSA 3Q4BA 2IEOA 4Y5NA 1AM5A 3S2OA 3T7XA 4FRIA 5P8KA 3Q70A 5P7OA 3O9GA 4J0VA 2APRA 5AH9A 2PWRA 4HDFA 2RSPA 4Y47A 1SDTA 3MXEA 4YCTA 1KJ4A 1EBKC 3OQFA 4CP7A 2Q5KA 2WF3A 5P5LA 1HTGA 2QAKA 3WB4A 3ZKXA 2OHQA 4Y3YA 5P3JA 5JFPA 5P74A 1W51A 5P1BA 2AOCA 2H6TA 2WEAA 3WZ6A 2R5QA 4H3IA 3SO9A 5P0LA 5P2GA 2ER9E 1QBSA 1QBTA 5COOA 2AOFA 4Y3XA 3UDPA 1DAZC 1D4LA 5P0CA 4NPUA 2FS4A 1ZP8A 2G27A 3EM6A 1K2BA 5P6GA 5P73A 4I0EA 5OZYA 2BPZA 1LEEA 5P2NA 4OBFA 3VLAA 1BXQA 4EJKA 1OEXA 5P0MA 2ZJLA 4Y4EA 3LZVA 2FXEA 3H5BA 5KQYA 5EZXA 4GYEA 5P1WA 4J0TA 3L5CA 5F01A 5OZHA 2XFJA 3VF3A 4ZE6A 2WF2A 4RCFA 3EM3A 1K6VA 3KFRA 3EL9A 5UPJA 3B80A 2PC0A 2QMDA 1AAQA 2H6SA 2J9JA 5KR1A 3NU4A 4F73A 1G2KA 5HDUA 5OYYA 5OZSA 5P5QA 5DR8A 4Y4DA 3K5FA 5OZEA 5OZDA 1GKTA 3R2FA 1C6XA 4TRYA 2AOGA 2R5PA 1LF2A 5P4MA 4FRJA 1EBYA 1LF3A 4F75A 5P72A 3BXSA 1D4KA 4L6BA 1MRWA 1RPIA 1IBQA 3EL5A 5P45A 4XKXA 4YHQA 4FGXA 5P52A 5P47A 5E5JA 3DK1A 3RTMA 2QZWA 5P2BA 3IXKA 3QROA 2G24A 4HLAA 1MSMA 1BWAA 4FS4A 4X7IA 4HVPA 3MWSA 5OYQA 2O4SA 3EKVA 5P49A 1A9MA 5P5IA 1D4SA 5CONA 2ZHTA 1XL2A 1NPVA 3DV5A 3LZSA 5P8CA 3PCWA 5P01A 4ER2E 3BUHA 5P11A 2BQVA 4DJQA 4YA8A 4YE3A 2IKOA 4MC6A 1C6YA 1BV9A 5P1IA 5P26A 3ZMGA 4Y5MA 2OHLA 2FGVA 5P6YA 3IXJA 1EAGA 4FIVA 4YDFA 3OK9A 4FM8A 3PMYA 5P8FA 5P8UA 1YTJA 4JP9A 5P63A 1JLDA 2AZ8A 4OBHA 4IVSA 2Q63A 1LV1A 1HIVA 2J9JB 4R91A 1T7JA 5P05A 4J55A 1PPKE 2I4VA 3SFCA 3OU1B 3Q3TA 3ST5A 5P17A 5ENKA 5KQFA 3QIHA 4K8SA 3UFLA 5HD0A 2Q64A 3MXDA 2UXZA 3EL4A 5OZ9A 5P0NA 3URJA 5OYXA 5P3PA 5ISJA 4NPTA 3R0WA 3BVBA 3FIVA 1QDMA 3GI0A 1GVWA 3ER3E 4DUSA 5P8RA 4EYRA 1FMXA 2Q54A 4I8WA 2FNSA 4PHVA 2ZGAA 4ER1E 3D3TA 5P5MA 3SABA 1HVLA 2HAHA 3OXVA 3WZ8A 4K9HA 2P4JA 2PSGA 3QAAA 5P8OA 4LC7A 5OZ5A 5OZPA 4R8YA 4GJ9A 1IZEA 5P0PA 5OZBA 4Q5MA 3S56A 5KR0A 2R8NA 3ZPSA 2HS2A 3NUJA 5P0DA 5AH6A 1NH0A 3A2OA 3MSLA 3OOZA 5P54A 4YD6A 3D91A 5P06A 5OZ2A 4ZSRA 3VV7A 2ER6E 3UHLA 4GJBA 5OZ6A 2OF0A 1B6PA 5HE7A 4B05A 1B6LA 3HW1A 4J1EA 3VUCA 1XN2A 3I25A 5KR8A 1A8GA 4YD7A 1MT8A 5P8LA 4DFGA 4H3GA 4B72A 5BWYA 4I0ZA 5P7EA 3BRAA 5P7GA 7UPJA 4CPQA 5P37A 4XXSA 4YBIA 5P4ZA 3AUPA 4B1EA 5P25A 3ZKMA 3OY4A 1B5FA 1BIMA 4EJ8A 1ER8E 5JFUA 3FNTA 5OZOA 1Z8CA 5BRYA 2NTRA 3NU3A 4L7HA 5OZQA 1ZTZA 3OHHA 4I0IA 3O9CA 1HVJA 5P7KA 3OQKA 5P2LA 2OHUA 4FM7A 5HCTA 5OZJA 5P14A 1TCWA 4Y4GA 4COEA 2HS1A 3S43A 4D85A 3APRE 5OYWA 3T11A 5HCOA 3RVIA 1BBSA 1EPQE 2UPJA 5P4CA 2QNQA 5DR4A 5P3WA 5P87A 5P23A 4JPCA 5P0GA 3CKRA 5P3NA 4J0PA 2FMBA 4FRKA 5APRE 3OU3A 3UDRA 4LL3A 3CYXA 1PFZA 1GNNA 5P8NA 4GJ8A 3FNUA 5OZIA 5P4PA 3L5FA 5P4HA 5P5XA 2XYEA 5P46A 3K5DA 4RYGA 3EKXA 4A4QA 4HDBA 3VF5A 2NMYA 2IQGA 4Q1XA 4Y3MA 5P2JA 1HHPA 4HDPA 2AIDA 3OQ7A 2HB3A 1AIDA 3QVCA 2JJJA 5P7VA 1E5OE 4RVJA 5P3XA 5P6QA 1BAIA 3LZUA 4YD4A 4DQGA 5P08A 5P40A 3UDHA 2QI4A 4DVFA 5P0BA 3HZCA 3M9FA 1GVXA 5P7TA 5P0XA 1FIVA 5P6SA 2P3BA 3APPA 4YOAA 1HVKA 1B5FB 5P6HA 4CMSA 1QBUA 5DR7A 1AJXA 2AZ9A 2AOEA 4Y3AA 4F74A 2R9BA 5P2AA 2I4WA 3K5CA 2AOIA 4D83A 4EXGA 3TL9A 3EKQA 3O9EA 5SY3A 4Y4AA 2WEZA 5OZAA 4DJPA 3EL0A 5P6RA 5P5CA 3CMSA 3S43B 4QLHA 1U8GA 2R38A 1E80E 3TOGA 3ZL7A 2NR6A 1OEWA 4Y5CA 2OHNA 2PMAA 5OZGA 3INHA 3ZKGA 2QZKA 2FDPA 5C9DA 4NJTA 5OZKA 2UY0A 5OYSA 4TRWA 5P35A 5I3XA 2VS2A 1WBMA 2G1NA 3BGBA 3RU1A 4A6CA 5HU1A 2AQUA 3PBZA 4IVTA 3CKTA 5OZ8A 4Y3PA 3TPPA 4GJCA 1XL5A 3N4LA 4D88A 4Y3WA 5P7WA 3OTYA 5P4YA 4LBTA 1HSGA 1LZQA 5P1TA 5IVRA 4CPXA 4Y3SA 3ZKQA 2CEJA 2AZBA 5P43A 5P2SA 4Y5EA 1MRXA 4MC2A 5P13A 1QS8A 1FQ5A 3BUGA 2QHYA 3UCBA 4CKUA 5OZLA 5P0QA 3L5EA 4PYVA 5P02A 1EC0A 4I10A 3RSVA 5IE1A 2O4KA 3HD8A 1MT7A 3KA2A 5P71A 1W5YA 1FQ6A 5OZ3A 5P1XA 5P7FA 5OZMA 5P0VA 4WY1A 4EQ0A 5P3KA 3JW2A 5P0ZA 4ZPEA 3QRSA 2JJIA 1C6ZA 3UDJA 5P1CA 1HRNA 1FG8C 2A1EA 3PSYA 5HE4A 4ZPFA 3D20A 4Y54A 3S7MA 5P6ZA 5DQCA 3I2LA 3QPJA 3JVYA 2AVOA 2AVVA 3FV3A 3SPKA 1D4HA 4B0QA 1LYAB 1APTE 3KMXA 3HVPA 4I0DA 3EMYA 5P0YA 3GW5A 2MIPA 4YCKA 1BWBA 1FFIC 5P0IA 2Q11A 5SZ9A 4DJWA 1BDRA 3OUCA 4OBJA 2ANLA 5P2UA 2G1RA 4Y3HA 3PCZA 4Z50A 5P28A 5P8TA 3OTSA 3LNKA 3CYWA 5P68A 3SLZA 3O9HA 4FL8A 5P0HA 3L3AA 3C9XA 4Y45A 1DW6C 1UH9A 1IDBA 4KUPA 3VF7A 5P5EA 4B78A 2F8GA 1SIPA 5P79A 3KDCA 1BILA 1BVGA 2B42A 3PWMA 5I70A 4AA8A 1YX9A 3VV6A 4YD3A 5P1MA 5AHCA 1TSUA 5AGZA 2ASIA 3EC0A 4RYCA 1M43A 5P6CA 1MUIA 4KE1A 2WECA 4I12A 5P6XA 3HAWA 5P5FA 5P8PA 5P15A 1ZPKA 3I7EA 4OD9A 5OZWA 3S53A 3SA4A 3EXOA 2V16C 4LXMA 1YTGA 5OZXA 4JOOA 4HA5A 4HEGA 5P8JA 1HBVA 4ZEAA 2ZJKA 2QZLA 4Y44A 4GIDA 3QRVA 1G0VA 1A30A 3GGVA 5SXNA 1FQ7A 5P7MA 1XE5A 3LPJA 1Z1HA 3GGAA 4TVGA 3UQRA 1E82E 4Y37A 5P5DA 5P4WA 3D1XA 1T6GA 5P34A 5P6OA 5P5KA 4FSEA 1DMPA 1UPJA 1VIKA 5P30A 2I4XA 2WEDA 1HTFA 2V12C 3ZKNA 4GJDA 2VNNA 5OYZA 2NPHA 4DPFA 3EKTA 4KB9A 5P3UA 4FRSA 4JPEA 5P29A 4Y3EA 3OU1A 5P85A 4PZXA 3SA5A 5P2OA 4GMIA 2QNNA 1ZSRA 2BJUA 3PSUA 4DJVA 3PI5A 3HAUA 5P2VA 3S8IA 1XE6A 2PH8A 4GJAA 3NXEA 4I0FA 1T6EX 4Y38A 5P1RA 4OBKA 1DP5A 5P5WA 2VJ6A 3DCRA 3TNEA 1SGUA 3N3IA 1OD1A 5P81A 4Y3NA 2G20A 4Y41A 1FF0C 5P3TA 5P55A 5P07A 4GJ5A 4Y43A 5P3HA 3B7VA 4OD9B 1HPVA 2PQZA 1AXAA 3FX5A 1EC2A 4DPIA 5OZ7A 4EHCA 2SAMA 5P5YA 5KOQA 2ER0E 4Y39A 3KFPA 1EPOE 4DQHA 3L58A 1MIQA 3OWNA 5P24A 1EBWA 1D4YA 5P3VA 3INFA 2ZYEA 5P5BA 2WKZA 1G35A 3L59A 2ZHRA 4U8WA 3PWRA 6FIVA 4CPTA 5P3OA 5P8VA 1CMSA 5P22A 1GVVA 4NJSA 4I8ZA 5P69A 5P38A 3OXXA 5P8SA 5P4DA 1DPJA 4RVIA 4JECA 3BXRA 3OQAA 5P6IA 1HVSA 3ZKIA 5DPZA 2FLEA 4FAEA 2VIYA 5P3GA 5PEPA 3DV1A 1D4IA 2OHPA 3NR6A 1NPWA 4GJ7A 2B8LA 5P6TA 5P1SA 4J5JA 1C70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ENT E;  5P4V A;  1W50 A;  5P2Q A;  5OYU A;  3WZ7 A;  5P44 A;  4APR E;  2I0D A;  1EPL E;  1EPN E;  2F3F A;  1MVP A;  4QGI A;  1MT9 A;  2WHH A;  4EWO A;  2QI5 A;  1ZAP A;  1ODW A;  5P4G A;  1HVR A;  5P41 A;  1MTB A;  1FMU A;  3GI5 A;  5P1D A;  2FGU A;  5P4O A;  5P4T A;  1CPI A;  5OZ0 A;  5DGW A;  3VSX A;  3OUB A;  5P6U A;  4FE6 A;  2G1S A;  5P66 A;  3VV8 A;  3KT5 A;  4B1D A;  2PK5 A;  2IL2 A;  4EQJ A;  3DOX A;  2IKU A;  3LIQ A;  4LXA A;  2HPE A;  5P8E A;  5DR0 A;  4Y3Z A;  1YG9 A;  4I0J A;  1MES A;  4ZPG A;  4E43 A;  4Y56 A;  1FMB A;  3S85 A;  5TOL A;  2ZHU A;  1FQ8 A;  3PEP A;  3NDX A;  5P6J A;  1AZ5 A;  3G70 A;  5OZF A;  3O9L B;  3O9A A;  4L1A A;  1F34 A;  5P1G A;  2VNM A;  4XX3 A;  1FG6 C;  3R0Y A;  5P84 A;  4QJ2 A;  3RSX A;  1HTR B;  1K6C A;  2G69 A;  4ER4 E;  2ZJN A;  4ACX A;  5P09 A;  3HDK A;  5P4E A;  5P8A A;  4WY6 A;  5P3A A;  3HBO A;  5P20 A;  2ZDZ A;  1IZI A;  1FQ4 A;  3NYG A;  2JXR A;  3KDB A;  1SH9 A;  2OAH A;  2HIZ A;  3LIX A;  5P5S A;  1UH7 A;  2V13 A;  3PWW A;  4FCO A;  5HE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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