4QJ6A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with p1-p6 substrate variant (l449f)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj6A00
4Q1XA 1XE6A 4WY1A 1HTEA 2VS2A 5P1OA 4Q1NA 1D4KA 4YOAA 3VYDA 1MESA 1BXOA 3VLAA 1QBRA 4H3IA 2WECA 5P7NA 3UFNA 5C9FA 1B6KA 1BIMA 5P5IA 4ACUA 5P6YA 2QU3A 5P0UA 5P01A 3S85A 4GJCA 3DOXA 5P6VA 4DPFA 5P2CA 1EBWA 9HVPA 5OYYA 5P7TA 5P7JA 4ZPFA 3TNEA 5P3MA 5P0VA 3UPJA 2QI6A 3PSYA 3HZCA 4DJOA 1KJHA 4LBTA 4RYCA 1W6HA 2ZHTA 1B11A 3KMYA 1DAZC 4YD4A 5P5QA 5P07A 3FIVA 5P5TA 4LL3A 3LIYA 5P36A 2G27A 4DJRA 5P50A 5P6CA 1RL8A 4GJ8A 1ZTZA 3SA6A 2Q64A 2PH6A 3NDXA 4K4RA 3UDKA 4ZE6A 3Q4BA 5P3YA 5P4XA 2VIEA 4DQFA 4PEPA 4L1AB 4Y3MA 3RTMA 4APEA 5P55A 2FDPA 4D83A 4RLDA 4DJPA 2J9JB 5OZ6A 3CKPA 5P83A 4J54A 5OZXA 2IDWA 2HAHA 1HVSA 5P68A 1BAIA 2P3BA 2R5PA 5P5SA 4FRIA 4B77A 1RQ9A 2Q3KA 1MSMA 3TPPA 3EM4A 4PYVA 1HSGA 5P42A 2B7ZA 5OZOA 3UQPA 5P5JA 1GVVA 3OQAA 3TPRA 2G26A 4KE1A 4Y5NA 2NXMA 2HB4A 1EPLE 4A4QA 1MRWA 5DQ5A 5P6TA 1E82E 5P18A 3IVIA 3LPKA 5P4FA 5P09A 1B5FA 2OHKA 5P8NA 5I3VA 1TCWA 3HAWA 3PWWA 3LIZA 5P3JA 4RCEA 4YDFA 4F74A 3SQFA 5P0AA 2NNKA 2HS1A 3R1GB 5P3UA 5P53A 4R91A 5P7EA 3OUCA 3O9LB 5P8GA 2I1AA 3CIBA 4FAFA 2AVSA 3KFPA 3RSVA 5KR8A 4NPTA 3UQRA 3OUDB 4NJUA 4YDGA 5P3SA 1BDLA 1WBMA 4M8XA 4L7GA 3L5CA 3EKWA 2RKFA 2O4NA 3L3AA 4FRJA 1HEGE 4Y4ZA 4CPWA 4Y39A 3CMSA 5P67A 3BXSA 3QBFA 5P2QA 4AZYA 4PZXA 3NDUA 5P5UA 5AH6A 3L5EA 5P8OA 4GYEA 3BUGA 4HDPA 1M0BA 2P3DA 2I0DA 5P2MA 5P7GA 3LINA 5OYUA 1TCXA 3S2OA 3OADA 4FCOA 1T7IA 2QI3A 5P1JA 2APRA 2V00A 5P5XA 5P1VA 2PYNA 4HDFA 3INHA 5P0HA 5P2UA 5P1WA 4Y3XA 1BDQA 3U7SA 4ER4E 5P43A 3EKQA 2WF3A 2PH8A 4EWOA 3UQWA 5OYTA 3R2FA 4AMTA 2FDDA 1E80E 5P7AA 1NPVA 4FM6A 5P8IA 1MT7A 5HDUA 5BRYA 4Y56A 3JVYA 3RTHA 5P5CA 1ODYA 1EBZA 4J1HA 1WBKA 3IXOA 3KF0A 5P80A 1PROA 4Y4EA 4CPSA 5P31A 5F01A 5P52A 1MT9A 2G1OA 4YD6A 3ZOVA 4RCDA 3I6OA 3PMYA 5P4DA 2OHNA 3NWXA 5OZLA 5P27A 3TH9A 1FMUA 4A6BA 1HIVA 3IGBA 3I8WA 2WEBA 1DPJA 1DMPA 2BPVA 5P1TA 2PMAA 3K5FA 2V10C 3MSLA 4FM7A 1Z1RA 1YM2A 4I0JA 3HAUA 4J0VA 4EXGA 5P39A 5OZ1A 1D4SA 3K5GA 3UDMA 5P5RA 5OZAA 7UPJA 5P3HA 4Y3DA 2HIZA 4B00A 3Q6YA 4YD5A 2R8NA 5JODA 5P3OA 5P30A 4EJKA 2NPHA 2JJIA 4GJDA 3DCRA 5P19A 2F3EA 4HVPA 3ZPUA 3VEUA 1K6TA 1QRPE 5P0JA 3OXWA 4Y4UA 5P03A 5P56A 2HS2A 5P8LA 1APWE 2FLEA 3GGUA 5OYXA 5OZ2A 5P26A 1XE5A 2QI1A 6APRE 2QK5A 2OF0A 3VG1A 3MWSA 2QHZA 5P7OA 4DFGA 5P69A 5SXNA 1LF3A 5KQYA 2FXEA 3DCKA 4F75A 3H5BA 5P2NA 1UPJA 1T7JA 1ZJ7A 1MRXA 3NSHA 5HDZA 5P2EA 5P1IA 3UDQA 5P4BA 4FS4A 4UPJA 5P0XA 5P63A 3M9FA 4B0QA 2AVQA 2HPFA 3BXRA 3D1YA 5P7WA 1HTFA 4FE6A 1IVPA 3BGCA 3FV3A 5CLMA 5P3ZA 5P4LA 4DJYA 5B18A 5P0LA 1AJVA 4TRYA 1W51A 3KFNA 2ZJHA 1SGZA 2AZ9A 2F8GA 4XKXA 5OZ8A 5P2JA 1SMRA 5P8VA 4YHQA 5P20A 3ZMGA 4HA5A 3MXDA 5HU1A 1HTRB 3HLOA 3R0WA 5P3QA 1HXBA 2H6TA 1PPKE 4RROA 5OZ3A 5OZEA 5P6WA 3R4BA 2AIDA 1GVUA 5HDXA 5P1HA 2NXLA 5OZBA 3WB5A 5P1QA 3ZL7A 2ZJJA 3T3CA 4Y3AA 3UQUA 5P5PA 3EC0A 4TRWA 3EKPA 2BB9A 5P1LA 5P0RA 5P3GA 2FIVA 3PVKA 3PBDA 5P0SA 4IVSA 1YG9A 1EEDP 4H3JA 2AZCA 4QJ9A 3LIQA 4QLHA 4ZSMA 5DR0A 1AXAA 1FQ8A 4XX3A 4YCKA 1EPQE 3QRSA 2I4WA 3R0YA 3U6AA 2QCIA 1HIHA 4DJVA 2PC0A 4Y3HA 5P86A 5P1UA 3QROA 5P0OA 1D4LA 4OBZA 2RSPA 3RU1A 4OC6A 1XS7D 4Y58A 2PSVA 4OD9A 4CMSA 3S56A 5F00A 4DJXA 2VKMA 3PCZA 5SY2A 5P0ZA 2I4XA 5P7MA 3NU6A 5ISJA 4YBFA 2QD8A 1SDTA 3RSXA 2OHTA 4IVTA 4Y3ZA 2JYSA 5P6PA 2QMDA 4EHCA 5P65A 1NSOA 2QNQA 3RVIA 5P6RA 1CMSA 4D8CA 4RYGA 3OU4A 3QAAA 2XYFA 1HOSA 2QZWA 3VV8A 5I70A 1K6CA 2PSUA 2BKTA 3TPJA 5COKA 2P3CA 4Y4JA 5P2VA 4Y3JA 5P8PA 2ZHVA 2FXDA 3OGPA 5OZYA 4I0EA 4NKKA 4U8WA 1XN2A 1E81E 5OZFA 5P8TA 3EMYA 3PLDA 3SKFA 4ZPGA 5P8QA 2IL2A 2V16C 4GZFA 4I0HA 3EXOA 4JOOA 2F80A 2HM1A 5DR7A 5P2XA 2VIYA 4J1KA 3G70A 5OYWA 2AOJA 5P88A 4R8YA 3PB5A 5P64A 5P7CA 3ZPSA 2Z4OA 4K4PA 3SA5A 4ZSRA 1MIQA 5P2IA 1YM4A 5P87A 2ER9E 2PK6A 5P28A 2FMBA 2NMZA 1EPME 2QZKA 3NUOA 3DUYA 5P2HA 2OHQA 4NJTA 1LYAB 4YE3A 3S7MA 2SAMA 3URJA 2WL0A 4GJ5A 3IVHA 3WZ7A 5HE4A 5P37A 4HEGA 2WKZA 1HVKA 5P8UA 2QMFA 1SIPA 1BVEA 3TPLA 2AVOA 1SIVA 4I8ZA 4E43A 4J0ZA 5P1MA 5P81A 4I0GA 4B1EA 5P4SA 2BQVA 4Y3RA 1META 4CPUA 3LIXA 2VNNA 4XXSA 5P8AA 5P7VA 3HBOA 1PSNA 3KN0A 4RRSA 4GJBA 3UFLA 3F9QA 3OUAA 3VV6A 5P17A 3URLA 3OTYA 1BV7A 4CP7A 2FNSA 4R93A 1FB7A 3LHGA 3PM4A 2WEDA 4Y4AA 5P6FA 2G21A 2P4JA 5P4RA 3ZKNA 3PI0A 2QMPA 5DQ4A 3RTNA 2CENA 3O9CA 3O9FA 5P4IA 3FKTA 1HBVA 4DVFA 2VJ9A 4M8YA 1MUIA 3WZ6A 5P5NA 1IZDA 2Q11A 4Q5MA 1HSIA 5P60A 1IZIA 5P2ZA 2MIPA 1HXWA 4APRE 5P2KA 2WEZA 3IXJA 5BWYA 5DR3A 2AOHA 1NPAA 5P6HA 4JECA 1ER8E 2QP8A 2R38A 3SABA 4DQHA 1F7AA 5DGWA 3NWQA 5P5VA 3URIA 3G6ZA 4RZ1A 4JPCA 1Q9PA 3LITA 3BVAA 3QVIA 1FFIC 4R5NA 4YOBA 3UDRA 4Y5BA 2VA5A 5P1ZA 3PI5A 3HVGA 1IZEA 2NNPA 2HC0A 1ZAPA 5P76A 4BFDA 4L1AA 3EL1A 5IVSA 5P46A 4Q1WA 2BPWA 5IVRA 5P4MA 4JP9A 2ANLA 3OOZA 1U8GA 2J9JA 3PMUA 5OZMA 4J17A 3AIDA 5P2DA 1MVPA 2I4VA 2I4DA 3I7EA 1DP5A 2QD6A 1TQFA 1QDMA 4J1FA 1BWAA 3S8IA 4AA9A 2A1EA 1FF0C 1APUE 5P00A 2O4SA 4Y5AA 4FSLA 2FGVA 4ZSPA 5HTZA 3VF3A 3GW5A 3O9EA 3WZ8A 2PQZA 5FIVA 5P6GA 5P2RA 1B6PA 5P7LA 4X7IA 4B1CA 4D88A 5P6LA 5P8RA 5OZ7A 1A8KA 2NMYA 5OZQA 3OQFA 5OZKA 5P24A 1KZKA 2G24A 5KOQA 1AVFA 3PBZA 4Y51A 6FIVA 3ZLQA 5P33A 1M43A 2QU2A 4CPXA 4Y4XA 5OZ4A 5HCTA 4Z4XA 1ZSFA 4Y5EA 2IQGA 3GI5A 4RRNA 5P0PA 4Y57A 3LZYA 1GNMA 1MTBA 3SM2A 5HE5A 2IKUA 3VFBA 4Y3EA 3GI6A 2G1RA 3O9LA 5P8KA 3UF3A 1BILA 3OQ7A 1LYWA 2PK5A 4R92A 1GNNA 5P02A 3OUDA 5P5OA 2H6SA 3INEA 3PWMA 3S7LA 3PJ6A 1EBKC 7HVPA 3KT5A 1HVJA 3UDPA 2B60A 1E5OE 1EC1A 3S43B 5P6EA 3TKWA 2G20A 3OADB 1HVCA 5P4UA 1APVE 3PSUA 4BFBA 3PGIA 5ER1E 3GI0A 5P14A 3D1XA 3H0BA 5P3BA 1SH9A 3T6IA 2CEJA 3PHVA 3O9GA 4JPEA 3AUPA 5P1XA 5P5ZA 5DQ2A 1ZLFA 3TTPA 5P3PA 2ZHUA 1AZ5A 2O4KA 4H3GA 5AHBA 2XFKA 5P4OA 1GVWA 2G1YA 4PZWA 1TZSA 8HVPA 3L5BA 4Y48A 4Z22A 2PYMA 5P3IA 1HRNA 3OAGA 4Y5GA 3SACA 3N3IA 4HE9A 1FFFC 2VNMA 2I4UA 3LZVA 2XYEA 1SP5A 3OU1A 3TKGA 3WSJA 2UPJA 4ZLSA 4TVHA 4DUSA 1MERA 1GNOA 5P70A 1EPPE 5HVPA 3QVCA 3PRSA 2QI5A 2P3AA 5P54A 3DJKA 2QI0A 1LYBB 1SBGA 5P0DA 5P7PA 2IKOA 2O4PA 5P2GA 3EKTA 1LEEA 3LIVA 1FMBA 3ZKGA 4I10A 1IDBA 5P5DA 4I12A 5P5HA 4Y4BA 1FQ5A 3CYXA 5P2SA 2RKGA 5P2FA 1ZP8A 2QHYA 2ZJMA 1HVLA 3L5DA 3SA9A 1FG6C 5OYQA 3OUBA 4YBIA 3NLSA 5KR0A 5HU0A 1ODWA 4CPTA 3SA8A 1CZIE 4BEKA 1BWBA 1SMEA 1A94A 5P8SA 1K2BA 4J55A 3LPJA 3L58A 5P2LA 2ZDZA 5AH7A 5P7BA 3OXVA 5P1PA 1BVGA 3BC4A 5P77A 1FEJC 5P1BA 4PHVA 3LNKA 1W5VA 3KM4A 4K4QA 5C9DA 4BELA 5IS4A 4CPQA 5P4AA 3VV7A 2NXDA 4MC9A 5SY3A 5P04A 1AJXA 2VIZA 3SKGA 5P51A 1EC3A 3JW2A 3INDA 4YA8A 2HB3A 3O9AA 4GJ7A 4FAEA 1XL2A 4I11A 5P3TA 3TLHA 1AAQA 4I0FA 5P0FA 5OZSA 1K1UA 4EXHA 3UQXA 3QIHA 3NU3A 4Y5MA 4ZIPA 2AVVA 4RVXA 5OZZA 5P1NA 1YTIA 5IVQA 3DV1A 3K4VC 2G22A 1LF2A 2PWRA 5P4WA 5P49A 5P89A 1IDAA 5OZRA 5OZCA 5P3VA 5DR8A 3TOGA 4Y4DA 2VA6A 3EKYA 2IGXA 3KDBA 5P5MA 1C6XA 5P34A 1HVRA 4B78A 4KB9A 1FKNA 3NU9A 1BDRA 5P6UA 3KYRA 4OBHA 1HVHA 1T6EX 3MXEA 5P22A 4OBZB 5P32A 1LZQA 2QI4A 4Y3LA 4XX4A 1UH7A 3BRAA 4EQJA 2HB2A 1B6LA 2ZJLA 1BV9A 5OZWA 5P0YA 1RPIA 3T7XA 4DQCA 4WTUA 1D4YA 4Y3FA 4Y47A 3LZSA 2ZHRA 1TSQA 3SM1A 3S54A 1FG8C 4D89A 4DPIA 5P58A 2B8LA 2UXZA 2ZE1A 4YCTA 1ZPKA 4F76A 2ZGAA 3L38A 5P5EA 2R43A 3OTSA 5P79A 3T11A 3BGBA 5P3NA 4L6BA 2AZ8A 1M4HA 5KR1A 3K1WA 1A8GA 3O99A 4OBKA 4EJ8A 4MC1A 5EZZA 3WB4A 2ZJKA 1EAGA 2OHSA 5SZ9A 4EYRA 1HVIA 4YD3A 3KFSA 4Y3NA 4Y44A 5P2TA 2JXRA 5P5YA 3D20A 2WF0A 1TW7A 4U7QA 5P47A 1EC2A 3K5DA 4Y5PA 5OZDA 4Y38A 3FNTA 5P8EA 4J1CA 1YX9A 3JVWA 1YTHA 3ZKQA 4Y9WA 1MEUA 4J1EA 3FNSA 5P5FA 4FM8A 4Z50A 1WKRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1X A;  1XE6 A;  4WY1 A;  1HTE A;  2VS2 A;  5P1O A;  4Q1N A;  1D4K A;  4YOA A;  3VYD A;  1MES A;  1BXO A;  3VLA A;  1QBR A;  4H3I A;  2WEC A;  5P7N A;  3UFN A;  5C9F A;  1B6K A;  1BIM A;  5P5I A;  4ACU A;  5P6Y A;  2QU3 A;  5P0U A;  5P01 A;  3S85 A;  4GJC A;  3DOX A;  5P6V A;  4DPF A;  5P2C A;  1EBW A;  9HVP A;  5OYY A;  5P7T A;  5P7J A;  4ZPF A;  3TNE A;  5P3M A;  5P0V A;  3UPJ A;  2QI6 A;  3PSY A;  3HZC A;  4DJO A;  1KJH A;  4LBT A;  4RYC A;  1W6H A;  2ZHT A;  1B11 A;  3KMY A;  1DAZ C;  4YD4 A;  5P5Q A;  5P07 A;  3FIV A;  5P5T A;  4LL3 A;  3LIY A;  5P36 A;  2G27 A;  4DJR A;  5P50 A;  5P6C A;  1RL8 A;  4GJ8 A;  1ZTZ A;  3SA6 A;  2Q64 A;  2PH6 A;  3NDX A;  4K4R A;  3UDK A;  4ZE6 A;  3Q4B A;  5P3Y A;  5P4X A;  2VIE A;  4DQF A;  4PEP A;  4L1A B;  4Y3M A;  3RTM A;  4APE A;  5P55 A;  2FDP A;  4D83 A;  4RLD A;  4DJP A;  2J9J B;  5OZ6 A;  3CKP A;  5P83 A;  4J54 A;  5OZX A;  2IDW A;  2HAH A;  1HVS A;  5P68 A;  1BAI A;  2P3B A;  2R5P A;  5P5S A;  4FRI A;  4B77 A;  1RQ9 A;  2Q3K A;  1MSM A;  3TPP A;  3EM4 A;  4PYV A;  1HSG A;  5P42 A;  2B7Z A;  5OZO A;  3UQP A;  5P5J A;  1GVV A;  3OQA A;  3TPR A;  2G26 A;  4KE1 A;  4Y5N A;  2NXM A;  2HB4 A;  1EPL E;  4A4Q A;  1MRW A;  5DQ5 A;  5P6T A;  1E82 E;  5P18 A;  3IVI A;  3LPK A;  5P4F A;  5P09 A;  1B5F A;  2OHK A;  5P8N A;  5I3V A;  1TCW A;  3HAW A;  3PWW A;  3LIZ A;  5P3J A;  4RCE A;  4YDF A;  4F74 A;  3SQF A;  5P0A A;  2NNK A;  2HS1 A;  3R1G B;  5P3U A;  5P53 A;  4R91 A;  5P7E A;  3OUC A;  3O9L B;  5P8G A;  2I1A A;  3CIB A;  4FAF A;  2AVS A;  3KFP A;  3RSV A;  5KR8 A;  4NPT A;  3UQR A;  3OUD B;  4NJU A;  4YDG A;  5P3S A;  1BDL A;  1WBM A;  4M8X A;  4L7G A;  3L5C A;  3EKW A;  2RKF A;  2O4N A;  3L3A A;  4FRJ A;  1HEG E;  4Y4Z A;  4CPW A;  4Y39 A;  3CMS A;  5P67 A;  3BXS A;  3QBF A;  5P2Q A;  4AZY A;  4PZX A;  3NDU A;  5P5U A;  5AH6 A;  3L5E A;  5P8O A;  4GYE A;  3BUG A;  4HDP A;  1M0B A;  2P3D A;  2I0D A;  5P2M A;  5P7G A;  3LIN A;  5OYU A;  1TCX A;  3S2O A;  3OAD A;  4FCO A;  1T7I A;  2QI3 A;  5P1J A;  2APR A;  2V00 A;  5P5X A;  5P1V A;  2PYN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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