4QJ6A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with p1-p6 substrate variant (l449f)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj6A00
3OOZA 4EQ0A 2PC0A 2NMZA 1F7AA 2BPXA 2G27A 3O9AA 1OEXA 2R8NA 3FNUA 4S1GA 5P7SA 4Y51A 2R38A 5P7AA 2OHMA 2V16C 3G6ZA 2HPFA 4HDFA 2PWCA 1FQ4A 4NJSA 2A4FA 5P2KA 2AZBA 3GGUA 4FCOA 5P8PA 3IN3A 5P0EA 2V11C 5P00A 2QI1A 5P8GA 4Y3WA 4DQBA 3KDDA 1F34A 3TTPA 2HB2A 4Y58A 5ER1E 5ISKA 5OZVA 5HDVA 4J0VA 5P73A 4RROA 2JJIA 3KDCA 1DAZC 5E5JA 4ZE6A 1YTIA 1D4JA 3BGBA 3UDYA 2G21A 4PZXA 5P22A 5P4RA 2CEMA 5P49A 5P72A 3D91A 3B80A 5P0AA 2BPWA 4NJVA 4ACXA 1EBWA 1M43A 1ZPKA 1A8GA 1E5OE 5P3TA 3PRSA 3L5CA 4AMTA 1LYBA 5JG1A 3K4VA 2V12C 4QJAA 1M0BA 4ZPEA 4H3IA 4Y4GA 1MESA 3GGAA 4LAPA 4RYGA 5P3NA 5P0QA 5P5RA 5P8IA 5P2WA 5DR4A 2QP8A 4Y50A 5ENKA 1BDRA 1GNMA 3ER5E 5P2EA 5OZCA 4Y3YA 3VF3A 3UDNA 2ZHSA 4LL3A 3AIDA 3RSVA 1FEJC 5P1RA 5OYQA 5P6KA 2OHSA 4L7JA 5P2HA 4ER2E 5P88A 1DP5A 2B8LA 3EL0A 1BDLA 2NXDA 5P2YA 5P4FA 5P05A 5P6OA 2VIYA 1HVJA 3KT5A 5P2CA 3ZMGA 3OY4A 3MXDA 2J9JB 5P01A 3NDWA 1KZKA 3VYDA 5BRYA 4Y5LA 4Y54A 5P6ZA 5P1TA 3OQKA 1EPOE 4H3FA 3PI5A 4Y3NA 1W5VA 5KQZA 2RKGA 4EPJA 3VV8A 2O4PA 4J1FA 2ZJNA 5HE7A 5P2BA 1ER8E 4Q1YA 4B72A 5P89A 5C9DA 3FNSA 4R5NA 4Z22A 5P16A 5P50A 1A94A 2Q55A 5P3JA 4M8XA 1GKTA 3SA7A 1SMEA 1HVKA 5P1KA 5P30A 5P4PA 3UPJA 4RCDA 4J1CA 4B1EA 3PBZA 5P2OA 2ER7E 5AH8A 3R1GB 7UPJA 3CYXA 5OZJA 3H0BA 1LYWA 3KFNA 2AZ8A 4J0ZA 3BVAA 4Y4XA 2F80A 5P1WA 5P5PA 1FFIC 2WF3A 1BIMA 1GVUA 4I8WA 2IKOA 4OBZA 5P14A 1HIVA 4CPTA 4ER1E 3S54A 4DJOA 4YDFA 1EAGA 3OHHA 2FLEA 4MC1A 1CMSA 4QJ9A 4CPSA 3L58A 3LINA 3OTSA 4OBKA 4YDGA 1B6LA 5P8UA 1NPAA 4NKKA 1B6PA 2ZHTA 1LYAB 3GI5A 2AOGA 3I25A 3RTNA 4QJ8A 5COOA 4I1CA 2IGXA 5P33A 5P74A 2G69A 2IS0A 3SA4A 5P3MA 1BWBA 4ZSRA 1TSQA 5P55A 1T6GA 1K6VA 1HTEA 5P60A 2VIJA 2ZJKA 5P0XA 5P8AA 1K6CA 1ZTZA 5P3ZA 2VJ7A 2F81A 1PROA 2AIDA 5P6SA 1HSIA 5P48A 1C70A 1UPJA 1WBMA 2VS2A 4KB9A 5P52A 5C9FA 3D3TA 1MEUA 3NLSA 5P2VA 2IRZA 3VLAA 3EL1A 2Q5KA 1PFZA 2Q15A 6FIVA 4HA5A 4L7HA 4YD5A 1ODWA 5P6XA 3VSXA 4CPRA 3UQPA 2I4UA 5CLMA 1D4SA 2QU2A 3PB5A 3FNTA 3PCZA 5KAOA 1SGZA 2PYNA 5P82A 1K2BA 4YD7A 5AH9A 3CIDA 1AAQA 5IVQA 1EPQE 2ZJHA 3KFRA 2O4KA 3JVWA 4I0GA 5BWYA 5P2LA 4EWOA 3O9LA 1GVTA 5JFUA 4DJUA 3SA3A 5P3LA 3KFPA 5P70A 3GI0A 5P85A 4Y48A 1HEFE 2WECA 5DR8A 4DQFA 4QJ6A 5P7YA 1BWAA 4RCFA 2HS1A 5P6PA 3NYGA 2QI3A 2AZCA 4Q1NA 1HTFA 5DR1A 1EC3A 5P5WA 3DM6A 5DR7A 2O4NA 1KJ4A 3LHGA 1T6EX 3SACA 2R3WA 4JP9A 2PK5A 2VIEA 1D4KA 5P04A 1SGUA 2H6SA 2BPVA 4FGXA 4BFDA 5P7JA 4YCKA 5P2SA 5KOSA 1C6YA 4BEKA 2QI6A 3APRE 3SFCA 2IGYA 5P3IA 4GJAA 1ZP8A 2HB3A 2WF0A 1CZIE 5P53A 5P8LA 3PCWA 2FDDA 4Y53A 1D4YA 1UH9A 2ER6E 3IN4A 2QD7A 2ZJLA 5P1CA 3NU9A 3QVCA 1EBZA 3OQFA 5P4TA 4QLHA 3HDKA 4J17A 1PPME 4GMIA 5OZ6A 5P23A 5KQFA 4NJTA 5FIVA 5OZDA 5P1GA 2BPYA 5DPZA 1E80E 2OHLA 4BELA 4EXHA 3QVIA 3R0WA 1TW7A 5OZHA 1FFFC 5P6RA 3NDXA 3S85A 5P13A 2B7FA 5E5KA 3I7EA 5P6HA 3UFNA 5P62A 3OAGB 2QNPA 3OTYA 3DCKA 4LXAA 1RNEA 5P0RA 4AUCA 4Y36A 1HPOA 5OZ1A 3OXWA 3OUBA 2WF4A 3SO9A 5OYSA 3OXXA 4K4QA 1BXQA 2P3BB 4PZWA 5P5GA 3PWRA 5KR2A 5P03A 2BBBA 3I8WA 2HPEA 3VUCA 3ZKXA 2G24A 5I70A 5P7DA 4Y5BA 1YTHA 2G1RA 4Y3XA 2QZXA 1IDAA 3KMYA 1DMPA 5P0SA 5OZEA 5P3VA 2J9JA 3OUDB 4HVPA 5P86A 1MVPA 7HVPA 1NSOA 2HAHA 4HDPA 3DV5A 4Y3DA 3SA8A 5I3WA 4L6BA 5OZZA 4J1EA 4CPUA 3R4BA 4LHHA 5P35A 4DPIA 1HBVA 5P66A 5P6LA 3EKWA 3PI0A 1W6HA 3NDTA 5P8VA 5P4WA 5P19A 5P37A 3OXVA 3HW1A 4B1DA 3O9IA 4R95A 2QMPA 4FM7A 3INEA 5DGUA 5P4KA 2Q63A 5P8FA 3OQ7A 1FQ7A 4B00A 3K5CA 4Y3QA 4FM8A 2OHUA 4EHCA 5PEPA 3WZ8A 5HTZA 4I8ZA 3T7XA 1G2KA 1B11A 1PSAA 5P0VA 2I4WA 1SBGA 3OOTA 1W51A 2QI7A 5P2RA 1HVLA 1Z1RA 3RSXA 3G72A 5OZ8A 1FMXA 1XE6A 4CMSA 5P5TA 4Z4XA 2R43A 4Y35A 4FRJA 1QDMA 3EKPA 2UY0A 4Y38A 1LYAA 3GGVA 5P7NA 2Q3KA 5P45A 3Q6YA 1MSNA 4ACUA 2P83A 2G94A 3SA9A 4Q5MA 3ST5A 1T7KA 5P5CA 4DJRA 4GJ7A 4GIDA 2NXMA 3D1YA 4FRSA 1HWRA 3PMUA 4MC6A 1IZIA 5P84A 4Y9WA 3HZCA 1ZJ7A 1PSNA 5P3DA 1T7IA 5DQ5A 3IVHA 1HVCA 2OHQA 2QD8A 5P83A 1K6TA 1A30A 2I4QA 4APRE 5OZRA 3CYWA 3PWWA 3UDQA 3QN8A 5P8QA 3TOHA 1HOSA 3I6OA 2BKSA 5P1DA 5P67A 4EXGA 2V0ZC 3ZL7A 1MPPA 2WF1A 5OZWA 5EZXA 4DQCA 5KQYA 4WY1A 1XL2A 5HU1A 1QBTA 5HD0A 3EBZA 2BPZA 3DV1A 4I0JA 4B77A 5P2DA 3S56A 3GI4A 3S43B 2VJ9A 5P2AA 3Q4BA 2WEZA 1FMBA 2VA7A 5P57A 4HE9A 4D8CA 3PLLA 4KE0A 5P7LA 4FL8A 5DQCA 3SA6A 2QU3A 5IVTA 3OADB 5P2JA 2QI5A 5P80A 5P2IA 1SDUA 1TCXA 2HS2A 5P8SA 5KR8A 5P0NA 3H5BA 4J1HA 4JOOA 5P15A 5OYTA 3AUPA 5P1ZA 3URLA 3EKTA 5P54A 5P7TA 2FGUA 1FIVA 1BXOA 3EC0A 4DJWA 4JECA 3EKXA 5P51A 3VF5A 2BJUA 5P11A 4ZIPA 2I4XA 5OYRA 3PBDA 1XE5A 4DFGA 3QRSA 5KR0A 3BGCA 5AHAA 4XXSA 1VIJA 5IVSA 3NR6A 1AJXA 4TVHA 3ZKGA 5P3YA 3ZKQA 5P56A 2Z54A 4CP7A 1FKNA 2AVSA 5COPA 4Y3SA 3LZUA 3QS1A 3TPPA 1DIFA 4Y4ZA 1N49A 2Q64A 4YCTA 2VNMA 3D1ZA 5P4VA 5P5MA 5P44A 3F9QA 3INHA 3PEPA 4NPTA 2QMGA 3PLDA 5P8OA 5P3AA 5P34A 3EXOA 3BC4A 3O9DA 1YM4A 3OU4A 2G1NA 3NU3A 5P43A 3LIVA 5P1JA 5P0GA 3L3AA 3EM3A 2P3DA 1FMUA 2Q11A 3IXKA 1BV9A 1EPRE 3O9HA 4EP3A 4I0IA 1LF4A 5P1UA 2AQUA 4Y3TA 3R0YA 3O9CA 4LC7A 2F3EA 2RKFA 5P4QA 5OZPA 2I0DA 4FSLA 5AH6A 3UQUA 3OAGA 5OZQA 5DR3A 3I2LA 4U7VA 2O4LA 4EJLA 4CPXA 4FE6A 2P3BA 3L5DA 1TSUA 3OQDA 1HVRA 5P4CA 4GJCA 5P5YA 2AVQA 4Y57A 4IVSA 5P6YA 8HVPA 5T4SA 3PSUA 4OBDA 1HVHA 1HIHA 2FXDA 4Z2ZA 2OHKA 3KFSA 3KM4A 3QRMA 4Y5NA 5P76A 5P0WA 5P5VA 3UDPA 1D4IA 1B5FB 2VIZA 3ZLQA 4A4QA 3OUDA 3NWQA 1FQ5A 2F3KA 5JODA 2J9KA 5P4UA 4J0PA 1EBKC 5P3QA 4Y5GA 3TPRA 1QS8A 2NNKA 3D20A 2PK6A 3OU1B 5P81A 5OZOA 4Q1XA 5P1AA 5P0JA 2JJJA 1MRXA 3SKGA 5P7HA 2SAMA 4I10A 4RGHA 2R9BA 2B60A 2G20A 3BUFA 5P0TA 1FGCC 5P3WA 5C9BA 3PSGA 2MIPA 4FM6A 5OZ0A 5P7PA 5P58A 3FSMA 5P3KA 4Q1WA 5P0ZA 1HXWA 1TZSA 4EJDA 5AGZA 5P4GA 1EPPE 5I3VA 3IAWA 5OYWA 5P6IA 3EKQA 1HHPA 1LV1A 4K4PA 5P4BA 3DOXA 5P59A 1KJHA 1FQ6A 3T3CA 4J0TA 3UHLA 4FRIA 4I0EA 5OZ2A 4EQJA 4OD9B 4X2LA 5P8EA 2QMDA 3FV3A 5P40A 3CIBA 2NXLA 4CPQA 3UCBA 2HB4A 5P5NA 4I0FA 4GJ5A 5P7WA 3S53A 3BXSA 1W5YA 3RU1A 3OHFA 2AOIA 4GJBA 2NMYA 4GZFA 1XN3A 3SQFA 2PWRA 1PPLE 3K1WA 5OZFA 5P7BA 4ZEAA 5SY2A 1Z8CA 1UH8A 1META 3ZKNA 3ECGA 5IS4A 2ZHRA 2OAHA 5P4SA 4DI2A 5OYXA 5P6MA 5P63A 5P3RA 5P1PA 2FS4A 5HE5A 1IZDA 1TQFA 2AVVA 3DCRA 1APUE 5OZUA 1LF3A 5P1LA 4RYCA 3LITA 1IDBA 3MSKA 5OYVA 1SMRA 4YCYA 4Y39A 5P5ZA 2VA6A 5P7KA 3INDA 4YOBA 3L59A 2RMPA 1VIKA 2NR6A 1EC1A 2VNNA 4TRZA 5P4IA 3UDJA 4Z50A 1OEWA 5IE1A 5P5HA 2PSVA 2ZJJA 1OD1A 5P5JA 5HDXA 1ENTE 4Y3PA 2AOFA 1G35A 2ER9E 1AIDA 2HM1A 4OBHA 1XL5A 5JFPA 3ZKMA 5P1IA 2R3TA 2ZYEA 5P38A 4KUPA 1YX9A 2CENA 2QZWA 3TKWA 2IQGA 5I3XA 4U7QA 4B1CA 5P2ZA 1GVWA 3S43A 3EL9A 3HBOA 1APVE 4L7GA 4PHVA 1RQ9A 5SY3A 3VG1A 3S7MA 2A1EA 5P61A 1HPSA 3A2OA 5P4OA 2XFJA 1FLHA 3OADA 1J71A 4Y4JA 4YD4A 5IVRA 4H3JA 1BVGA 4NJUA 5P6FA 2NTRA 3QI1A 5HCTA 3SM1A 3TLHA 3BXRA 3ZPUA 2B42A 3WZ7A 2V13A 3QIHA 1W5XA 1NPVA 5P1FA 1AVFA 3SLZA 5P8CA 4EJKA 3ZOVA 4ZSQA 1XS7D 3EM4A 1KJFA 4DQGA 4YOAA 3OK9A 3BUGA 1MSMA 2I1AA 3NUOA 4HDBA 5P6AA 3UDRA 5P0KA 1ODYA 5P1YA 4YD6A 4B0QA 3APPA 3PHVA 3O9BA 3K4VC 4GYEA 1K1UA 2AOCA 2OHPA 5P17A 1A9MA 3T11A 5OZTA 4XKXA 5UPJA 3QBHA 1HRNA 5P4NA 4OBJA 3Q3TA 5P77A 2VJ6A 5P1SA 5OZLA 3KF0A 4B70A 1BV7A 1EPLE 4OBZB 3U7SA 3TOFA 4A6CA 5OZNA 4DJPA 1QBRA 4NPUA 2QNQA 5AH7A 3BUHA 3TOGA 1HPXA 5P2MA 3SM2A 5KOQA 1MT9A 4J1IA 1T3RA 4Y3RA 5P1NA 5P5LA 1XN2A 2XYFA 4XX3A 3Q5HA 1G0VA 3VEUA 4F74A 1IZHA 4RLDA 5P5BA 3NU5A 4LXKA 4DQEA 3TPLA 5P3HA 5P5UA 2WEBA 4DPFA 4FAFA 3DK1A 3URJA 5P2QA 5P31A 3O9GA 4Y5MA 5P5KA 3SKFA 6UPJA 5I3YA 3RVIA 1MERA 2WJOA 3UQXA 1BILA 1MIQA 3PWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OOZ A;  4EQ0 A;  2PC0 A;  2NMZ A;  1F7A A;  2BPX A;  2G27 A;  3O9A A;  1OEX A;  2R8N A;  3FNU A;  4S1G A;  5P7S A;  4Y51 A;  2R38 A;  5P7A A;  2OHM A;  2V16 C;  3G6Z A;  2HPF A;  4HDF A;  2PWC A;  1FQ4 A;  4NJS A;  2A4F A;  5P2K A;  2AZB A;  3GGU A;  4FCO A;  5P8P A;  3IN3 A;  5P0E A;  2V11 C;  5P00 A;  2QI1 A;  5P8G A;  4Y3W A;  4DQB A;  3KDD A;  1F34 A;  3TTP A;  2HB2 A;  4Y58 A;  5ER1 E;  5ISK A;  5OZV A;  5HDV A;  4J0V A;  5P73 A;  4RRO A;  2JJI A;  3KDC A;  1DAZ C;  5E5J A;  4ZE6 A;  1YTI A;  1D4J A;  3BGB A;  3UDY A;  2G21 A;  4PZX A;  5P22 A;  5P4R A;  2CEM A;  5P49 A;  5P72 A;  3D91 A;  3B80 A;  5P0A A;  2BPW A;  4NJV A;  4ACX A;  1EBW A;  1M43 A;  1ZPK A;  1A8G A;  1E5O E;  5P3T A;  3PRS A;  3L5C A;  4AMT A;  1LYB A;  5JG1 A;  3K4V A;  2V12 C;  4QJA A;  1M0B A;  4ZPE A;  4H3I A;  4Y4G A;  1MES A;  3GGA A;  4LAP A;  4RYG A;  5P3N A;  5P0Q A;  5P5R A;  5P8I A;  5P2W A;  5DR4 A;  2QP8 A;  4Y50 A;  5ENK A;  1BDR A;  1GNM A;  3ER5 E;  5P2E A;  5OZC A;  4Y3Y A;  3VF3 A;  3UDN A;  2ZHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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