4QJ7A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with p1-p6 substrate variant (r452s)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj7A00
5P5MA 5P46A 2UXZA 2P3AA 3S56A 2IKUA 2Z4OA 5P8MA 2QZLA 4I12A 5P35A 2FGUA 4B00A 4YDFA 3VF5A 4CPRA 4DV9A 3BHEA 3VFAA 5P5AA 3PVKA 5DR0A 3CKPA 2QMGA 5DQCA 5KAOA 4OBGA 4DJUA 5P7XA 5P1FA 1ZSRA 3PMUA 1DW6C 3PWMA 4TRYA 1BBSA 5P0SA 2ZHVA 5P5OA 2HB2A 1BILA 1DIFA 4I0GA 5P4MA 5P6LA 3SM1A 4FS4A 5OZ3A 2G22A 5P4AA 2G69A 1C6YA 3NWQA 5P6AA 4LP9A 3WZ8A 1CPIA 4Y4WA 4ZIPA 2ZJHA 3K5GA 2R38A 5P0AA 4I8WA 3SA9A 2B8LA 5P5KA 1W5VA 2Q3KA 3TKGA 5P45A 5DR7A 2VIJA 1UH9A 2JJJA 1SMEA 1XL2A 2WF0A 2WF2A 5I70A 5CLMA 4Y38A 3K5DA 5P04A 1D4LA 3UDMA 3OADA 1K2BA 5P7UA 3WZ7A 1U8GA 1HRNA 3NLSA 1HPVA 3VYDA 1EPRE 3OK9A 2Q5KA 5P58A 4D83A 1SBGA 1IZHA 4Y4JA 2G1SA 5ER2E 1YTHA 4EQ0A 2VJ7A 4FIVA 2FDDA 2R3WA 1OHRA 5P34A 5P30A 4Y5MA 5P6NA 5P3PA 4AUCA 3K5FA 3S2OA 5I3YA 5B18A 1ODWA 5P62A 4Y3DA 5P0NA 4Y4ZA 1A30A 3GI6A 3EKTA 3UDHA 4YCYA 5P7VA 5P7JA 3VLAA 1QBTA 5OZ4A 3EL1A 1NH0A 5P2EA 3N3IA 2ZDZA 2O4LA 3O9LB 4H3FA 1SDUA 1EC2A 2H6SA 2PWRA 5P5UA 4EJDA 4OBKA 4EXGA 4DI2A 3KMYA 2O4KA 1EEDP 1M4HA 5C9BA 5P4FA 5P1CA 4QJAA 3SABA 2WEBA 1BVGA 4QJ8A 4J1HA 5P4TA 3MWSA 5P5TA 5OZ1A 2NMZA 2NNPA 5P86A 3PBDA 1KJFA 1BDLA 5P1YA 4E43A 4EJ8A 5P03A 3UDYA 2J9KA 4DQBA 4J0VA 3CKRA 3UQXA 2XFJA 3SQFA 2I4QA 3OGPA 1MTRA 5OZEA 3KDDA 4CPTA 5SY2A 3PGIA 1IZIA 5P0WA 4CPWA 5P8QA 1UH8A 1E82E 1IZDA 4DJOA 3UCBA 1LYAB 5EZXA 5P06A 1EBYA 4FAEA 3URLA 4GYEA 4EXHA 4MC6A 5P84A 4BELA 4PPHA 4K4RA 5P8TA 3D3TA 5COKA 5ISKA 4J1FA 5OZCA 5P1VA 2VA6A 4OBZA 5P4OA 4A6BA 4GZFA 3EKWA 4PYVA 3ZPTA 5P61A 2I4XA 3BUFA 1HWRA 4QJ9A 2MIPA 4Y5AA 5HU1A 2WEZA 4Y4XA 5ENMA 2AVMA 4Q5MA 3KT2A 3D20A 5P5CA 3GGXA 3FX5A 5BWYA 3SO9A 3TLHA 5P55A 3G70A 1LYWA 5P6RA 3HAWA 1GNMA 3EKYA 4Y3RA 4YHQA 1MEUA 1IDAA 4HDBA 5P1JA 5IVTA 1QS8A 4ZE6A 4I0ZA 4RZ1A 1ZPAA 2B7ZA 3R0WA 1KJGA 3PSYA 2BPXA 1T7JA 2VJ6A 1XL5A 3QRSA 5OZOA 3GGAA 4Y4UA 3TTPA 3OAGB 5P4NA 5HE5A 5P3NA 5P23A 2G26A 3I8WA 1FFFC 5P6KA 5P6FA 1F34A 1HVLA 4KUPA 5OZRA 5P8VA 5KOQA 3S7LA 5P5GA 1ZTZA 5P25A 2QI0A 4K4QA 5P10A 5P5ZA 1FMUA 1HTFA 4KE0A 5P8RA 5P83A 3PWWA 1B6MA 2QHZA 2J9JA 5OZ0A 5P17A 4F74A 3QROA 1TSQA 5HCOA 2RSPA 2H6TA 5OZTA 4Y6MA 4Q1YA 2ZHSA 3OUAA 3UDRA 2PH6A 1KJ7A 5P76A 1APWE 3K1WA 3OQDA 2F81A 2ZHTA 1IVQA 3DUYA 5P48A 1FKNA 4XX3A 3D1YA 2RKFA 2HC0A 4CPXA 5OZQA 4Y50A 6FIVA 4FM6A 3OOZA 3QP0A 1M43A 5P0FA 5P3CA 4EP3A 5OYZA 5P2TA 3SACA 5KQZA 3VV8A 3K5CA 2HM1A 4LXMA 5P1XA 2AVOA 3OQAA 2BKTA 1SMRA 1GVWA 3TPJA 5OZMA 5P5HA 2ER6E 1AVFA 2G24A 4J1EA 4Y5NA 3O9HA 3Q5HA 5P3GA 3K4VC 5P5YA 3PM4A 2AOIA 1XE5A 4DQGA 2P3DA 1LYBA 4DJXA 1IZEA 5P8IA 3VFBA 1HPOA 3EL4A 4LL3A 4Y3GA 4DQHA 5KR1A 5P3WA 5P37A 3NU6A 1EPLE 5P3AA 2FIVA 5P72A 1B6LA 5P4GA 1IBQA 3VF3A 5P26A 3O9EA 1FQ7A 5P4LA 5P8FA 5P19A 3NU9A 1W51A 5P2JA 5P28A 3DM6A 2AIDA 1E80E 3OU1A 3PBZA 4Y3LA 3HVGA 1FEJC 3TOFA 4GJ7A 1HVIA 3PSUA 3BGBA 1DP5A 4NKKA 3LPKA 4GJ6A 3T11A 2ZJMA 3HZCA 3L59A 5P02A 5P7DA 3L5BA 3OQ7A 2ZJIA 5P71A 4CPQA 3KM4A 4ACXA 1APUE 2CEJA 2G1RA 3KFNA 3TOGA 1MRXA 4J0TA 4NJTA 1XS7D 5P39A 3CMSA 2BJUA 2WECA 3LNKA 3PSGA 5P4WA 4K9HA 2G1OA 4AZYA 5C9DA 2PWCA 4H3IA 4Y3JA 5P09A 5P67A 2P3BB 5AHCA 1K6CA 1LF4A 3EMYA 5P31A 1EPOE 4LXKA 3LPIA 2VS2A 2HAHA 5P1UA 4NJVA 5P2SA 1T6GA 5OYVA 2O4PA 3BXRA 4DJYA 4Z4XA 1ODYA 1IVPA 1SIPA 2BQVA 3PI5A 4HLAA 5OZJA 4OD9A 5P6IA 3NSHA 4FCOA 4R92A 5P8KA 3ER3E 4ZSMA 5OZ5A 5DQ2A 2OHSA 2HPFA 4NPTA 5P79A 4HVPA 5P42A 9HVPA 1EBWA 5P2DA 5P7TA 3FNTA 4NPUA 4OBFA 4GB2A 3VYFA 5SY3A 2F80A 5P2OA 5JFUA 3BVBA 2Z54A 5APRE 1YX9A 1LF2A 3DK1A 4IVTA 3UDQA 4RVJA 3MXEA 4LXAA 4YDGA 1Z1HA 2WHHA 1FQ8A 2NNKA 1BV9A 1AM5A 5P1AA 3OQFA 1VIJA 3D1ZA 5P32A 5I3XA 3OUDA 5P0EA 5P6PA 4HE9A 5P7QA 5COPA 4GMIA 2BPVA 3HAUA 3QRMA 1K6TA 1IDBA 3QBFA 4FRSA 4RROA 5P2MA 3MSKA 5OZ8A 2AODA 2V16C 1K1UA 3KA2A 2QMFA 5P5DA 2F3FA 3FNUA 3EM4A 3HLOA 2Q64A 4APEA 4RCDA 2FDEA 2WF4A 3L5CA 3UPJA 5P7IA 4Y48A 1DMPA 1HVKA 2HPEA 5OZZA 3GW5A 4DJRA 3R0YA 3O9DA 4F75A 3HBOA 5P0BA 4ZLSA 2B42A 3EKXA 5P57A 1TZSA 3UQUA 5P5LA 3IGBA 4L7JA 5HE7A 2HB4A 5P2FA 5P4IA 4EJLA 4R93A 4Q1WA 1TCWA 2CENA 2JXRA 4J1IA 1HXBA 2PK6A 3ZPSA 2PSVA 2RKGA 3I7EA 2A1EA 1QRPE 2ZE1A 5SXNA 1HVRA 5P5NA 3OHFA 3VCMA 1GVUA 1AXAA 4Z50A 5P8EA 3L38A 4Y37A 5FIVA 5P5FA 2WEAA 4ACUA 5HD0A 5P14A 4F73A 4Y56A 2I0DA 5KR2A 2PYMA 2R43A 3TL9A 2I4WA 4Y36A 3LIXA 8HVPA 2IGYA 1D4KA 4Y3WA 3CICA 4ZPEA 4B72A 3QVIA 4JP9A 4ZSRA 5P7NA 5P3UA 1NPVA 5P1KA 1SP5A 5P6UA 3CYWA 5ISJA 3MSJA 2OHKA 3FKTA 3PI0A 3KMXA 4B70A 4KB9A 3MSLA 1B6KA 5P89A 4ZPFA 3VEUA 2QI5A 5P1NA 3R1GB 1HPXA 3IA9A 3S8IA 5OZAA 4I11A 3UDNA 4B77A 5IE1A 5P05A 4X7IA 4Y3YA 1A8KA 3KDCA 2HS2A 5P68A 1C70A 1ZSFA 5DR4A 5P6GA 1B5FB 3FNSA 4U7QA 3TPRA 2XYFA 4L1AB 5HTZA 2RMPA 4HDPA 5P7CA 4Y41A 5P73A 1FQ4A 5P65A 5JODA 4J17A 2ER0E 5OZSA 1QBSA 4Y5BA 1D4JA 5P2XA 4NJUA 4AMTA 2QI1A 3PLDA 4DJQA 5P8HA 3URIA 3R2FA 2IDWA 5I3WA 2PH8A 1GNNA 5P6XA 4DJVA 1BXOA 1DPJA 5KQXA 4D89A 5P3VA 5P1LA 1GNOA 1ME6A 3PRSA 4YD3A 5P6TA 3OXWA 1XDHA 5P2AA 4Y9WA 1HPSA 3IXJA 1HSIA 4HDFA 4RRSA 5P3FA 5P2IA 1RPIA 3OU4A 4Y4DA 3NDTA 4Q1NA 1FG6C 3BVAA 2AOCA 2R8NA 2OHRA 4JPCA 5P78A 5P5IA 4GJ5A 3OU3A 1ZP8A 2G94A 1G0VA 3ZLQA 1FLHA 3IN4A 2FDPA 2NXLA 3QN8A 5OYUA 3HVPA 3GGVA 3TPLA 3KYRA 2IKOA 5P2RA 4Y3MA 3AUPA 2QI4A 3PMYA 5IVSA 5P15A 1TSUA 4Y4BA 4QJ6A 3CIBA 3G72A 5P8PA 2WL0A 2XYEA 5P38A 3EL9A 5P4RA 2OAHA 5P6BA 5P3QA 2QD7A 2AVQA 5OZ6A 5P2QA 1KJHA 3I2LA 5P1HA 1LS5A 4Y5LA 5HDVA 5P0OA 5P27A 1PROA 2IRZA 1EPME 5P0XA 4Y3NA 2AVVA 4YD7A 3OTSA 4TRWA 2IEOA 4K8SA 4B05A 3QVCA 3UFLA 5P44A 3OXVA 4D8CA 3NU4A 1WBKA 4FGXA 2G1NA 4J0YA 4LC7A 5P1ZA 2BBBA 5AHAA 4Y3ZA 4I1CA 5P6YA 2PQZA 4BFBA 3NDXA 5P20A 1MVPA 2O4NA 2V0ZC 5P36A 2FXDA 5AH7A 2IGXA 4L7GA 3S54A 4U7VA 4F76A 1Z8CA 5DQ4A 3UQRA 4WY1A 4U8WA 1W5XA 1D4SA 4Y3QA 1A9MA 1BWBA 4YA8A 4ER1E 4ER4E 1W5YA 2AQUA 1GVXA 4HZTA 3WSJA 2VJ9A 4J0ZA 5P0HA 2FNSA 1FMXA 5P16A 5P2VA 1LV1A 2BPYA 2EWYA 5P4PA 5P82A 1FB7A 2R9BA 5P54A 2NPHA 3ZKQA 1FFIC 5P0DA 5P8AA 4I0FA 1G6LA 5OZUA 2Q54A 3QRVA 1T7IA 4FSEA 1LZQA 1FMBA 1K6PA 1N49A 1QBRA 4DJWA 1RL8A 5ER1E 5IS4A 1LF3A 3OADB 1WKRA 5OZLA 4PZWA 5P5WA 5P1PA 2IQGA 5P7LA 4ZPGA 4Y44A 1HIIA 3ST5A 3LIVA 1PPME 5P8UA 5P7KA 4JOOA 2R5QA 5P0CA 2WEDA 2BKSA 3A2OA 1F7AA 2QD6A 2QNNA 1YTGA 4TRZA 3UF3A 5P2KA 4Q1XA 2I1AA 5P6DA 3CIDA 2OHPA 4RVIA 3OOTA 1GVVA 3UQPA 1E81E 1Q9PA 4GJAA 5P7PA 1AJVA 2ZJJA 3JVWA 4Y3AA 4Y4TA 4I0HA 4L7HA 2QU3A 1META 3ZMGA 5P24A 4R8YA 1HIVA 1CZIE 3U7SA 3N4LA 3DCRA 5P85A 4Y3SA 4Y5KA 3TH9A 2WJOA 5P0IA 1MERA 1PPLE 4FRKA 4DJPA 3FSMA 2ZHUA 5P1IA 2APRA 3NDWA 3RTHA 5HU0A 2PYNA 5TOLA 4DVFA 2ZYEA 5P4KA 5OZFA 2AZCA 5P5BA 5P56A 3RTMA 3EM3A 4QGIA 5P3JA 3VUCA 3VYEA 4YD4A 1ZAPA 2Q15A 3ZPUA 4Y53A 5OYQA 4RVXA 2WF1A 3EM6A 1T6EX 5P3TA 3NR6A 3C9XA 5P4UA 1HOSA 2JJIA 3LZUA 4A4QA 1EC3A 1HVJA 4TVGA 5P6HA 3MXDA 2V12C 3PJ6A 5P5XA 5P2BA 3LIYA 2O40A 2B8VA 3S53A 5P7WA 4BFDA 4Y3PA 3SA4A 4BEKA 2I4VA 5COOA 5P3YA 7HVPA 1HTGA 2AOHA 5P0YA 5HDUA 1HVHA 5OZBA 5P5QA 4APRE 4TVHA 2ER9E 2F3EA 3LIZA 3SFCA 3ZOVA 3Q70A 2AOJA 5J25A 3L58A 5P0LA 3QBHA 1HTRB 1Z1RA 1FQ6A 4LBTA 3R4BA 1J71A 4H1EA 2FNTA 1PFZA 5P22A 1LYWB 4NJSA 4XX4A 5P47A 5P4HA 3T7QA 5P43A 5P1MA 2FMBA 1C6XA 2QHYA 3O9IA 1TQFA 2PMAA 2PK5A 1W6IA 5P60A 1A8GA 2I0AA 3PWRA 1W6HA 2OHTA 2JE4A 4I0JA 5OZ2A 3KT5A 1K6VA 1YM4A 5OZHA 5P77A 2VA5A 5P1TA 3O9LA 4QJ7A 1QDMA 5P4QA 1SH9A 4M8XA 2B7FA 4FE6A 2AZ9A 5F00A 1EPNE 1B11A 3QIHA 3OGQA 1VIKA 5P29A 5DPZA 3WB4A 5P7MA 5HE4A 3GI4A 5P0GA 1D4YA 5E5KA 4XXSA 4YE3A 2G27A 3U6AA 3EL5A 4J5JA 2VA7A 3D91A 1MRWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5M A;  5P46 A;  2UXZ A;  2P3A A;  3S56 A;  2IKU A;  2Z4O A;  5P8M A;  2QZL A;  4I12 A;  5P35 A;  2FGU A;  4B00 A;  4YDF A;  3VF5 A;  4CPR A;  4DV9 A;  3BHE A;  3VFA A;  5P5A A;  3PVK A;  5DR0 A;  3CKP A;  2QMG A;  5DQC A;  5KAO A;  4OBG A;  4DJU A;  5P7X A;  5P1F A;  1ZSR A;  3PMU A;  1DW6 C;  3PWM A;  4TRY A;  1BBS A;  5P0S A;  2ZHV A;  5P5O A;  2HB2 A;  1BIL A;  1DIF A;  4I0G A;  5P4M A;  5P6L A;  3SM1 A;  4FS4 A;  5OZ3 A;  2G22 A;  5P4A A;  2G69 A;  1C6Y A;  3NWQ A;  5P6A A;  4LP9 A;  3WZ8 A;  1CPI A;  4Y4W A;  4ZIP A;  2ZJH A;  3K5G A;  2R38 A;  5P0A A;  4I8W A;  3SA9 A;  2B8L A;  5P5K A;  1W5V A;  2Q3K A;  3TKG A;  5P45 A;  5DR7 A;  2VIJ A;  1UH9 A;  2JJJ A;  1SME A;  1XL2 A;  2WF0 A;  2WF2 A;  5I70 A;  5CLM A;  4Y38 A;  3K5D A;  5P04 A;  1D4L A;  3UDM A;  3OAD A;  1K2B A;  5P7U A;  3WZ7 A;  1U8G A;  1HRN A;  3NLS A;  1HPV A;  3VYD A;  1EPR E;  3OK9 A;  2Q5K A;  5P58 A;  4D83 A;  1SBG A;  1IZH A;  4Y4J A;  2G1S A;  5ER2 E;  1YTH A;  4EQ0 A;  2VJ7 A;  4FIV A;  2FDD A;  2R3W A;  1OHR A;  5P34 A;  5P30 A;  4Y5M A;  5P6N A;  5P3P A;  4AUC A;  3K5F A;  3S2O A;  5I3Y A;  5B18 A;  1ODW A;  5P62 A;  4Y3D A;  5P0N A;  4Y4Z A;  1A30 A;  3GI6 A;  3EKT A;  3UDH A;  4YCY A;  5P7V A;  5P7J A;  3VLA A;  1QBT A;  5OZ4 A;  3EL1 A;  1NH0 A;  5P2E A;  3N3I A;  2ZDZ A;  2O4L A;  3O9L B;  4H3F A;  1SDU A;  1EC2 A;  2H6S A;  2PWR A;  5P5U A;  4EJD A;  4OBK A;  4EXG A;  4DI2 A;  3KMY A;  2O4K A;  1EED P;  1M4H A;  5C9B A;  5P4F A;  5P1C A;  4QJA A;  3SAB A;  2WEB A;  1BVG A;  4QJ8 A;  4J1H A;  5P4T A;  3MWS A;  5P5T A;  5OZ1 A;  2NMZ A;  2NNP A;  5P86 A;  3PBD A;  1KJF A;  1BDL A;  5P1Y A;  4E43 A;  4EJ8 A;  5P03 A;  3UDY A;  2J9K A;  4DQB A;  4J0V A;  3CKR A;  3UQX A;  2XFJ A;  3SQF A;  2I4Q A;  3OGP A;  1MTR A;  5OZE A;  3KDD A;  4CPT A;  5SY2 A;  3PGI A;  1IZI A;  5P0W A;  4CPW A;  5P8Q A;  1UH8 A;  1E82 E;  1IZD A;  4DJO A;  3UCB A;  1LYA B;  5EZX A;  5P06 A;  1EBY A;  4FAE A;  3URL A;  4GYE A;  4EXH A;  4MC6 A;  5P84 A;  4BEL A;  4PPH A;  4K4R A;  5P8T A;  3D3T A;  5COK A;  5ISK A;  4J1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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