4QJ8A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with p1-p6 substrate variant (p453l)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj8A00
1EBZA 3UFNA 5P1LA 3VV8A 1HEGE 1ODYA 5P5BA 1QRPE 2CENA 2OHNA 1W5WA 5ISJA 2WL0A 4EJLA 5BS4A 4QJ8A 1SGUA 3K5GA 1B5FA 3SM2A 3ZOVA 5OZOA 3PI0A 1KJHA 3NWXA 4Y3SA 1UPJA 2WKZA 3EMYA 5P69A 3UQPA 2HS1A 5P3WA 3HAWA 4HZTA 5P28A 1FQ6A 3NUJA 2WEDA 5P1OA 5P3XA 3UQXA 2RKGA 2RMPA 3AIDA 1MUIA 3JVYA 5P48A 5P3KA 4KB9A 4U7VA 5P7MA 3TNEA 2CEMA 2ER6E 4J0PA 2EWYA 2ER9E 5KOSA 3DJKA 5P72A 2I4DA 4QJ9A 5P17A 1HHPA 4Y5PA 5P1YA 1AXAA 5P6WA 4OBGA 5P0YA 4FRKA 2NR6A 5P7PA 2FNSA 1HVSA 2V00A 5KQFA 5P05A 1IIQA 4IVSA 3EKVA 5P2LA 5ENMA 3IXKA 3GGXA 5P06A 3S7MA 4PEPA 4L1AB 1HTFA 3SQFA 1FLHA 2BQVA 3NU9A 5P2ZA 4EQ0A 4HDPA 5P3AA 1FMXA 3GI4A 5SY3A 4IVTA 2H6TA 5P3RA 4GYEA 4RVJA 2FDDA 4YA8A 5P27A 3PM4A 4RVIA 3RTMA 3O9LB 5JG1A 4AA8A 4I0EA 2XYFA 3SA8A 3EKTA 5P02A 2HB3A 2JXRA 5P2AA 3QRVA 3MSLA 4Y3HA 2UPJA 5P44A 1LF2A 3INDA 3K5CA 3NLSA 4NKKA 2ZE1A 3RSXA 3INFA 2ZHVA 1ZPAA 3HLOA 3O9IA 1IDBA 1FF0C 2OHQA 3L5BA 3KDDA 3OAGB 4TVHA 5P3FA 5P5HA 3C9XA 1K6TA 3SA3A 2FGUA 2G1NA 4GJ7A 1RV7A 4J0TA 4Y3DA 3URLA 4Y3PA 2OHSA 4NJUA 3ZLQA 1FQ8A 1MT7A 1KJFA 3WZ7A 3OXVA 6FIVA 2QI4A 1MPPA 3LNKA 2ZHUA 1A8KA 5P1XA 3OU4B 5UPJA 3GI6A 5P3UA 3VSWA 1D4LA 3HVPA 5P73A 4L1AA 4KUPA 3D1XA 4ACXA 2WF0A 2AZCA 3MSJA 4CPQA 5P7SA 4OBZB 4FAFA 5OYQA 2AZ8A 4ZSPA 5P4BA 4FE6A 5P66A 2VNNA 5OYSA 1MERA 2VNMA 1HIIA 2P3AA 3O9LA 2FIVA 3Q5HA 1QBTA 5DGWA 5P7BA 3CKTA 2QHYA 4J1IA 3EM3A 4YBIA 2QHCA 5P5RA 2F8GA 3O9AA 5HVPA 3L5EA 4D8CA 5BRYA 1W5YA 4EXHA 5P2BA 3OQKA 4L7JA 1KJ7A 5P75A 1G2KA 4Y4UA 1K2CA 5OZQA 3R0WA 4PZXA 1META 4Y3EA 2APRA 1FFFC 5P41A 5P1UA 1EAGA 2FGVA 3OAGA 1HVLA 3O9GA 5P6DA 1SMEA 1FGCC 1FG6C 4Y47A 1K6PA 4MC9A 5P0DA 4J5JA 3SLZA 5OZYA 5P1JA 5AHBA 1DP5A 1C6YA 4RGHA 2I1AA 3OU3A 4RCDA 3SABA 4OC6B 2RENA 5OZGA 2B7ZA 1YTIA 4DQGA 4CPRA 3KYRA 4D83A 1RPIA 4I10A 3GI0A 3QS1A 1KJGA 3URIA 3I25A 5HE5A 2AVSA 4BFBA 1XL2A 3OU4A 3BVBA 3URJA 3T6IA 2PWCA 1N49A 5P7NA 2IKUA 1LYWB 1K6VA 2RKFA 5P8NA 2WEBA 4OBZA 3UQWA 5P7IA 4Y39A 3K5FA 2BKTA 1Q9PA 3LHGA 5P82A 3HAUA 3G6ZA 3JW2A 2BPWA 1APVE 2PK6A 5P0WA 5P6SA 3LIYA 1SMRA 2QNQA 3FNTA 5P7RA 5P65A 2V10C 5P8FA 1EC0A 5P7EA 1M0BA 2Q64A 1EPLE 1MIQA 4CPTA 4OBKA 3TOGA 5P18A 4XX3A 3PCZA 2VJ7A 1T6EX 2P3CA 1HPVA 2WF3A 3EKWA 3T11A 5P62A 5P2VA 4Y45A 4DI2A 3NDTA 5F01A 3UDHA 5P3IA 5P1WA 5P45A 1NH0A 4OBDA 2PSVA 3PSGA 3FIVA 4YOBA 5P24A 5P4OA 2O4KA 5P5LA 1MTBA 1TCWA 4YE3A 1ER8E 5DQ4A 3F9QA 4FSLA 5OZ7A 1HTRB 5P8KA 2G21A 5P5DA 5P5GA 4RCEA 3WB5A 4GJ8A 5P58A 1ZBGA 3LZUA 3LPIA 5P7JA 4OC6A 1PSNA 3TOFA 1ZLFA 1UH9A 2HPFA 5JODA 4GJAA 4Y38A 4ZEAA 2BPXA 1T6GA 2SAMA 5HCTA 5HE7A 1XL5A 1K2BA 5P2HA 5OZ3A 1LYWA 5AGZA 1KJ4A 1G6LA 5P71A 5P4MA 5P6PA 3RSVA 1TSUA 4Q1NA 5P5MA 3O9BA 3LINA 3T7XA 3L59A 3CICA 5DQ5A 3SM1A 2J9JA 4CPSA 5P07A 2G69A 5P1KA 1BV9A 3HVGA 2G1SA 1FQXA 1HPXA 5P7AA 4YCYA 1SDUA 4Y5GA 3SA9A 4EJKA 2VIZA 3OUBA 3KMYA 1DAZC 5P2OA 3KFNA 1OEXA 1GVTA 5P7YA 2VIYA 2PH6A 5P6EA 5OYWA 1XDHA 2BPZA 5P7LA 4DJOA 1HWRA 3ZPTA 1E81E 5P37A 1T7JA 4Z22A 1EBWA 2VJ9A 5P0HA 5P5CA 5P79A 5P2SA 3EKQA 5P4EA 1HVJA 4RLDA 3D3TA 6UPJA 1FG8C 5P67A 3EKXA 5P3EA 5P0NA 3R1GB 3S54A 3VFBA 1HBVA 3CYXA 5P0ZA 3S43B 5P6FA 2XFIA 5P31A 1QBUA 5P2GA 5P4NA 3PHVA 1PPME 2I4UA 4PHVA 3O9CA 2QMDA 2PSGA 5P42A 1W5XA 2HM1A 4J0YA 4ZLSA 4Y4GA 5P4HA 4DJQA 5P25A 2OF0A 2AVOA 1W50A 5P29A 5P0XA 5P8MA 3EXOA 4Q1YA 5P0RA 5P88A 4I0FA 1T7IA 5P8LA 5SZ9A 3ST5A 3S45A 1EC1A 3G70A 1ZAPA 5P5IA 3OOTA 2FMBA 2QCIA 2ZDZA 3PRSA 5OZTA 4EP3A 3LPKA 2AODA 2ZJHA 1HRNA 4AA9A 5OZBA 1PSAA 4TRYA 2VKMA 3QRMA 2HB2A 3PBZA 3CMSA 4FRIA 4NJSA 4J1FA 4Y5EA 5P0EA 5P19A 3UDNA 3ZKMA 4CMSA 5P23A 1BILA 2RSPA 4LAPA 5P3ZA 5P6AA 1FIVA 3HBOA 4Y56A 3UDRA 5P0VA 5HDVA 4Y5NA 2FDPA 1HTGA 5P3QA 3RU1A 2QI3A 5C9BA 4Y3TA 1SIPA 4EJ8A 5OZAA 1TZSA 1YX9A 3SA6A 2R5QA 2QK5A 3VYDA 1MTRA 4PZWA 5OZ5A 3TPRA 5P4PA 3ZKGA 5P1GA 1AJXA 3VFAA 4L6BA 5I3XA 3S43A 1ENTE 3EC0A 4Y58A 2QU3A 5P4TA 3NDWA 3NSHA 2G27A 1BXQA 2ER7E 3NUOA 4GB2A 3U7SA 5OYUA 5P8IA 2B8VA 5OZLA 4UPJA 2F81A 2FLEA 4Y5CA 5P7XA 3ZPSA 5P89A 2PYNA 4QLHA 1HVCA 3MSKA 4WY6A 4F74A 4K4PA 1YT9A 5B18A 3U6AA 2B42A 5P2CA 1GVWA 4B72A 2V13A 3H5BA 3NU6A 3PLDA 1EC3A 3S8IA 3HDKA 3NU3A 5P0AA 3UTLA 3KFRA 4B1CA 4LBTA 4WY1A 5OZ2A 2O4LA 5P1MA 5OZVA 5DR3A 2AVQA 3KFPA 1GVXA 5P7FA 1HXWA 3TKGA 4LHHA 5HDXA 4DJRA 1FMBA 5P0LA 2WECA 4GJCA 2JJJA 5P1VA 5KQYA 1MRXA 4GMIA 4EYRA 3NR6A 2PWRA 4LXAA 4RVXA 4A6BA 3TPLA 5P12A 1IZHA 4HE9A 2PK5A 5OZ9A 2BPYA 5CONA 3LIXA 4I1CA 5P87A 4RCFA 4RZ1A 4EHCA 5HU0A 4LXKA 5P1CA 3ZKIA 2AOHA 2IQGA 2O40A 3NYGA 5P49A 2UXZA 4GZFA 5P54A 5OZKA 5P8UA 2QNPA 3GGVA 2PSUA 4RYCA 3U71A 5P60A 4AMTA 1MRWA 3VCMA 2P83A 3NDXA 4Q1XA 5P8QA 4Y3XA 4FL8A 5P5FA 1MSNA 4H3IA 2F3EA 1F7AA 4DQCA 4EPJA 2V0ZC 5APRE 5P0SA 1IVPA 1A8GA 3FKTA 1A30A 1D4IA 1MT9A 5P1AA 1D4JA 3CKPA 5P8PA 5P20A 3Q6YA 3S56A 4Y3LA 1HIHA 5P7UA 5OYVA 1KZKA 1YM2A 5P3PA 4J0ZA 4LC7A 8HVPA 2A4FA 3QPJA 1D4YA 3L38A 5P5AA 5P1RA 2NNKA 4JOOA 2V11C 4MC2A 2NXMA 5P6NA 3OXXA 2FXEA 2ZJJA 5KR2A 4JPCA 4R8YA 2IL2A 4CKUA 1YTGA 2NTRA 3R0YA 3WZ8A 5P5QA 5P6HA 5P4FA 2Q15A 3H0BA 3CIDA 2I0DA 2F3KA 3LIVA 4Y4DA 4LP9A 2AOCA 3FNSA 4J0VA 1W51A 4Y3FA 4D89A 2WJOA 2B7FA 1FFIC 3L5DA 1APWE 4Y5MA 3KN0A 1HVHA 4FCOA 1PROA 1XE5A 4HVPA 5OZHA 4L7GA 3BUGA 1YTJA 4GIDA 3VG1A 3PEPA 1SDTA 4Y3QA 2QZKA 3DUYA 1HEFE 4LL3A 4I0JA 4H1EA 5DPZA 5P63A 4Y3YA 4J54A 5OYZA 1GVVA 3OUCA 3MXEA 5P1IA 3DM6A 5P5SA 4YDGA 5OZEA 4YCTA 5IVQA 2ZHTA 4YD6A 5IE1A 3GGUA 3DCKA 5SY2A 5P50A 1E82E 4Y4TA 4XXSA 4B77A 2P3DA 3O9EA 3OWNA 4WTUA 5P3LA 4RRSA 5COKA 1MEUA 5P34A 3TL9A 3SACA 5P3VA 1Z1HA 1EEDP 3GI5A 4DJYA 4NJTA 5P4UA 4DQBA 1D4HA 5P6IA 1DPJA 1AM5A 1IVQA 1AVFA 4DFGA 5P0GA 2QAKA 4GJDA 5P80A 5OYYA 4NPUA 5P85A 1TCXA 5P1HA 5P57A 5KR1A 4ZPFA 2G26A 4Y4BA 2FS4A 2AOIA 5EZXA 2G20A 3D1ZA 5P3CA 4I0GA 3BRAA 3OQFA 5P5VA 1BIMA 4ZPEA 4F76A 2WF1A 4KE1A 4DPFA 1NPWA 1OHRA 5OZNA 4AUCA 2J9JB 5P6LA 1CMSA 4GJ5A 5P2XA 1M4HA 4ER1E 3QIHA 3PJ6A 3ZKQA 2VA7A 4QJ7A 2VA5A 1W6HA 5P2DA 5P7CA 1BDLA 2Z54A 4DJXA 2OHMA 2IRZA 2QI0A 2AVMA 3B80A 1FEJC 1XN2A 2QI7A 3UDJA 4KE0A 1RL8A 1YM4A 3D91A 2OHPA 5P6ZA 4Y3WA 4NPTA 3EL9A 1BWBA 5HDZA 1FQ5A 1RQ9A 2ANLA 2QU2A 3DV1A 5P1TA 5T4SA 1FQ7A 4FSEA 5AH7A 1W6IA 1IZDA 1GNMA 2AQUA 2Z4OA 1AZ5A 3OGQA 2ZHSA 3BC4A 3UCBA 3LITA 2OHRA 1NPAA 2HPEA 5PEPA 5P01A 4Y3NA 3K4VC 1CZIE 4H3GA 1ZPKA 1F34A 4PYVA 1BDRA 1CPIA 5TOLA 3OHHA 2AOJA 3TLHA 5P56A 3N3IA 1OEWA 1EPOE 1PSOE 2WEAA 1EPNE 5P3BA 3OTYA 2G1OA 4Y4JA 3DV5A 3IXOA 1ZTZA 4DPIA 3QVCA 5DR1A 5P0OA 5I3VA 4Y41A 5P6VA 5OZPA 4APRE 1WBMA 5F00A 5AH8A 5IVTA 3VV6A 3FSMA 4HA5A 3DCRA 5P7VA 2IGXA 5OZCA 1BV7A 3S2OA 4FIVA 4K8SA 3PMUA 5AHCA 3NXEA 5P8HA 4Y4WA 5AH6A 4QJ6A 4YCKA 3L58A 4I8ZA 4D85A 1TW7A 5HDUA 2J9KA 3LPJA 5P22A 3TKWA 2F3FA 1MT8A 5P7QA 5OZIA 1XS7D 4Y43A 3O9FA 1SH9A 5P76A 4MC6A 4B78A 1C70A 2XYEA 5P4IA 3QBHA 4GJ9A 5P8JA 3SA5A 3UQUA 3ZPUA 1K6CA 2QZWA 3IXJA 3FV3A 3NWQA 5OZ8A 2Q5KA 2VIJA 4I0DA 5P7KA 3VF5A 2I0AA 1NPVA 5P1NA 5IS4A 4YD5A 2XFKA 3INEA 4B0QA 5OZXA 1EPME 3QBFA 5P8OA 1FQ4A 3S53A 2R9BA 1TQFA 2QZXA 2AVVA 1T7KA 3L5CA 3BUHA 4DVFA 4M8YA 3IN3A 5J25A 2G24A 2P8HA 5P6GA 3EKPA 2HIZA 2IDWA 2O4SA 5P14A 5AH9A 2OAHA 3BVAA 3EL1A 3VSXA 1ZSFA 1BXOA 3Q4BA 3TPJA 2BPVA 5OZFA 3VF3A 4Y6MA 4I0HA 5P5PA 5P5UA 3Q70A 4TRZA 5KAOA 5P7WA 1MSMA 3BUFA 2IENA 4R5NA 1WBKA 2O4NA 3OOZA 1HPSA 3L5FA 3UF3A 4DQEA 4FM8A 4DH6A 5P3SA 3OXWA 3MXDA 5P4YA 4APEA 5P4RA 4I11A 1BVEA 2PC0A 1Z8CA 4ZSRA 3KA2A 2AZ9A 2QZLA 5P3OA 5OYRA 5P8DA 5P5JA 5JFUA 4I0ZA 3L3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EBZ A;  3UFN A;  5P1L A;  3VV8 A;  1HEG E;  1ODY A;  5P5B A;  1QRP E;  2CEN A;  2OHN A;  1W5W A;  5ISJ A;  2WL0 A;  4EJL A;  5BS4 A;  4QJ8 A;  1SGU A;  3K5G A;  1B5F A;  3SM2 A;  3ZOV A;  5OZO A;  3PI0 A;  1KJH A;  3NWX A;  4Y3S A;  1UPJ A;  2WKZ A;  3EMY A;  5P69 A;  3UQP A;  2HS1 A;  5P3W A;  3HAW A;  4HZT A;  5P28 A;  1FQ6 A;  3NUJ A;  2WED A;  5P1O A;  5P3X A;  3UQX A;  2RKG A;  2RMP A;  3AID A;  1MUI A;  3JVY A;  5P48 A;  5P3K A;  4KB9 A;  4U7V A;  5P7M A;  3TNE A;  2CEM A;  2ER6 E;  4J0P A;  2EWY A;  2ER9 E;  5KOS A;  3DJK A;  5P72 A;  2I4D A;  4QJ9 A;  5P17 A;  1HHP A;  4Y5P A;  5P1Y A;  1AXA A;  5P6W A;  4OBG A;  5P0Y A;  4FRK A;  2NR6 A;  5P7P A;  2FNS A;  1HVS A;  2V00 A;  5KQF A;  5P05 A;  1IIQ A;  4IVS A;  3EKV A;  5P2L A;  5ENM A;  3IXK A;  3GGX A;  5P06 A;  3S7M A;  4PEP A;  4L1A B;  1HTF A;  3SQF A;  1FLH A;  2BQV A;  3NU9 A;  5P2Z A;  4EQ0 A;  4HDP A;  5P3A A;  1FMX A;  3GI4 A;  5SY3 A;  4IVT A;  2H6T A;  5P3R A;  4GYE A;  4RVJ A;  2FDD A;  4YA8 A;  5P27 A;  3PM4 A;  4RVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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