4QJ9A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (r452s)
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj9A00
5SY3A 1SGUA 4FE6A 2O4PA 3PWWA 4YDFA 1GNOA 5HE5A 5P68A 3OOZA 5P1KA 4R91A 4COEA 4DI2A 2VA7A 5P0WA 1HVRA 3QPJA 5IE1A 1B5FB 1W5VA 4Z2ZA 1K6CA 1WBMA 5P8NA 3LZSA 3VYFA 3ER5E 2F80A 4CPTA 1VIKA 3R4BA 5J25A 3SA4A 2J9JA 5P1AA 5P2JA 5P1SA 5P0MA 5I70A 2Q55A 3HW1A 4TRYA 2O4SA 3ZPUA 5OZZA 2OHPA 2CEMA 2AOJA 4YOAA 5P1NA 1BDLA 4Y54A 1HXBA 3RSXA 1WBKA 6UPJA 5P4DA 2AODA 3AUPA 3ZL7A 4U7VA 1FQ7A 5P19A 1XL2A 2PSGA 2ZHTA 3IGBA 4B70A 2Q54A 4IVTA 5DR8A 1SGZA 3NXEA 5OYWA 3ZLQA 5P60A 3WZ6A 5P0ZA 3NU3A 1T3RA 4GJAA 5P0JA 1JLDA 3PHVA 4Y3SA 3GI4A 3DV1A 4FSEA 2IGXA 4S1GA 1UH7A 2HPEA 4NJSA 4ZSMA 4GYEA 4BELA 4DJPA 1MT9A 4KUPA 4L7GA 4DQGA 1LF2A 1BV7A 2IKUA 1LYAA 1DW6C 2IL2A 1Z8CA 3L59A 4MC2A 1HVSA 3QVIA 5OZHA 5EZXA 2F8GA 5P7VA 5DQ1A 3JVYA 5P2TA 3KN0A 2OHNA 2PC0A 1HEGE 3BUHA 5P0FA 3I8WA 5AHCA 3OK9A 5P42A 2JXRA 4RVJA 3RU1A 4WY6A 3TPLA 4B00A 1MRWA 5P69A 1FKNA 5HD0A 3EKXA 5P4LA 3LPKA 5P4TA 5P77A 2WL0A 2I1AA 2OHLA 1E82E 1TCWA 3K5FA 1OEWA 4BFBA 1QDMA 5P1HA 1T6EX 3CYWA 2HC0A 1LYWB 2BPVA 1FFFC 5AH7A 3GI5A 4X2LA 4RLDA 3PWRA 3NR6A 1EPPE 1HTGA 4Y3XA 4I0IA 2WF3A 2B8LA 3NXNA 3CKTA 4FRKA 3IXJA 4L7JA 3NU6A 3UDQA 2JJJA 1HTFA 3K5DA 5P1PA 3QVCA 3S2OA 1B6KA 5P89A 4YDGA 3OU4A 5P1OA 4FRSA 3JW2A 2RMPA 4DQFA 5P7FA 1AIDA 4EJDA 5HU0A 3PCWA 4Y5CA 2Q15A 4Y3GA 1TW7A 4Y5LA 2HAHA 1TQFA 2WECA 4FIVA 5P5IA 5P3OA 4ACXA 2V11C 4Y3PA 2V0ZC 5P17A 1LV1A 3VUCA 2RENA 1HWRA 4Y41A 3PRSA 5P4IA 5P5CA 1HVLA 2B7FA 5P12A 1SBGA 2PK5A 3QN8A 5P3ZA 5P39A 2V16C 5P4GA 3SPKA 5AH9A 3SA9A 2FDEA 1HSGA 4D8CA 1U8GA 3KDBA 4YCYA 2P3BB 1D4LA 1LZQA 3VV8A 3OQFA 4WY1A 4QJ8A 5P2CA 1ZAPA 4J1IA 4HEGA 2XYFA 4Y58A 4KE1A 3DM6A 2QD7A 4EXHA 3LZVA 3TTPA 5OZCA 4CPSA 1APTE 2HB4A 4Y5KA 5P6LA 3EXOA 5P2KA 4Y3RA 2QMGA 3NU4A 1BIMA 3KFNA 4K8SA 2AVQA 1BWBA 4CPRA 4AUCA 5P8JA 3EKWA 2UPJA 5DR1A 5P8PA 4DQBA 5P2NA 3TH9A 5OZ2A 2BKTA 2G94A 3WB4A 5HVPA 1LF3A 1SDUA 4K4RA 4LP9A 2JJIA 4Z4XA 4I0EA 2V10C 2G22A 4R92A 3VFAA 4J0YA 4D89A 2VIEA 3UHLA 1KJ7A 5DGWA 5P3EA 2QI5A 1DP5A 4YE3A 2ER6E 3IA9A 4ZIPA 1XS7D 1ZTZA 5P3MA 3IXOA 3SAAA 3BVBA 5P0SA 1C6XA 1K1UA 4F76A 3GGXA 4EJLA 4Y3NA 4Y39A 5P1UA 5P7IA 1KZKA 2VNMA 3N3IA 1TSUA 5P0HA 2RKFA 4I8ZA 4J1KA 5P16A 3PLDA 4M8YA 5HDUA 5P8TA 3MSLA 5P7PA 3MXDA 2P3CA 2Q5KA 3LITA 3O9AA 2AOCA 4BEKA 3TOHA 4D83A 1HVCA 3Q4BA 4Q1XA 3GI6A 1FIVA 4B72A 1AZ5A 1W50A 4CKUA 4I0GA 4HE9A 1IZDA 2NXMA 1EC2A 5P3VA 5P8KA 5P5MA 4OBZB 3UDMA 5P59A 2OF0A 3ZPSA 3ZKMA 5OYSA 1G35A 2QD6A 5P54A 1C6YA 4Y4AA 1BXOA 5P8GA 5IS4A 1LYWA 5P6XA 1PROA 4XXSA 4J55A 3KFRA 3RTMA 2WF1A 1BDRA 1HIHA 4OBGA 5P7RA 1KJGA 5ENMA 2G24A 5P2XA 3VYDA 2O4LA 5P56A 3G70A 3UFLA 4RROA 1C6ZA 3OUBA 2ZGAA 2ZHRA 3HD8A 2AZCA 1PSOE 4J1EA 5P2WA 2FXDA 3L58A 3N4LA 3H0BA 2O4NA 2IENA 3M9FA 3Q3TA 5P2AA 4Y5BA 3ECGA 2HIZA 5P7SA 1MSMA 2WEBA 2QI1A 5P80A 3HAUA 1MT8A 4HLAA 1PSNA 1K6TA 1NPAA 2HS1A 5P3KA 4B1DA 3QRSA 1MERA 5P5LA 4FRJA 2FGVA 3I7EA 2AOIA 5P7BA 1HVHA 2QMDA 1KJFA 5SY2A 5P2HA 4MC1A 5DR7A 3URJA 3UCBA 1A9MA 5HE7A 1NSOA 2NXLA 4FM6A 1G6LA 3HBOA 2EWYA 3OUAA 5P8OA 4Y5GA 4FLGA 4RCDA 5P4SA 3UDNA 3OADA 3QAAA 4Y44A 3LIZA 1WKRA 5EZZA 4EQ0A 4J1CA 4K4PA 4H1EA 4AA8A 2XFKA 4Y6MA 3LIQA 5P4FA 3B7VA 4ZSRA 2H6TA 3O9LB 4A6CA 1D4JA 4NJTA 1W5XA 1EC0A 5HTZA 2AIDA 1YX9A 5HCTA 4FRIA 4I0JA 2ZHVA 2ZYEA 4OD9A 5P4YA 5OZRA 1AM5A 5P7TA 5TOLA 4EQJA 3CIBA 5OZKA 2F3KA 3O9HA 1AAQA 4R93A 3ZKQA 5P5FA 1TCXA 1EPRE 3OUDA 3MSKA 1DPJA 5P88A 3VV6A 3CIDA 5P3DA 5P7LA 1DMPA 3DOXA 4QJ6A 3VV7A 1FQ4A 2VS2A 4QJ2A 3UQRA 4GZFA 4Y3LA 5C9BA 2A1EA 4QLHA 4YCKA 5P3SA 5P3WA 4Y4DA 5JODA 3RVIA 3EL5A 1EPNE 5P6QA 1XL5A 2WEZA 4GJCA 1W6IA 5P8QA 5P7JA 2FNTA 4GB2A 4L1AB 5P13A 3SA8A 2WEDA 3DCKA 4OBDA 4GJ5A 3QRMA 5CLMA 5UPJA 1FQ6A 4Y38A 3OAGB 5P6PA 5OZWA 5P7NA 3BUFA 1EC1A 3U71A 2QI3A 5F01A 5P4NA 4RRSA 5P3JA 4Y4TA 4B05A 1EPOE 1G2KA 5OZTA 2AOGA 3ZKIA 3TPRA 4QJAA 4LL3A 5P5EA 2G26A 5OZ3A 5AGZA 4AZYA 5AHAA 3UQXA 1DIFA 4ER4E 2AZ9A 3QBFA 1J71A 3FNSA 1HIVA 2QP8A 4KE0A 1OHRA 5P6MA 4Y51A 3O9IA 2R43A 2ZE1A 4Q1YA 5P47A 1PSAA 4DVFA 3B80A 2BPZA 2P83A 1FG8C 5OZ8A 4MC6A 5P6WA 3CYXA 3Q6YA 2IS0A 1A94A 2ZJNA 4K9HA 1GVXA 1ZBGA 4GJBA 1GVVA 3DJKA 4RRNA 5COOA 5DPZA 3OWNA 1D4KA 4Y4WA 4N00A 2P3AA 1MVPA 5P09A 3BXSA 3DUYA 5P1XA 3OQ7A 5P8AA 3JVWA 1HPSA 5P4XA 5P72A 3T11A 4Y3JA 5P76A 5P83A 2VJ6A 1META 2ZJJA 1BDQA 2ZJMA 4EHCA 2HB3A 4GJ7A 1F7AA 4EYRA 2NXDA 5P5GA 4OC6B 4J54A 4Y4BA 4Y4EA 5IVTA 5P2GA 2NTRA 3S45A 2B7ZA 3LPIA 4Y3MA 5P2UA 4HDPA 3GGVA 7HVPA 2RSPA 1T7IA 5P3HA 3D1YA 5P0RA 1ZPKA 4H3GA 2OHTA 4XKXA 4IVSA 4RGHA 5SXNA 5BRYA 3ER3E 4CMSA 4Y5NA 3CKPA 5P1QA 1B6LA 5P78A 1HEFE 1UH9A 5B18A 1BV9A 4DPIA 3O9CA 1NH0A 5P7GA 1IDBA 5KR1A 1MIQA 4H3FA 5P1WA 3ZKGA 2AVSA 2QNNA 1TZSA 1XN3A 3OU1B 5P66A 1SP5A 5DR0A 5P8RA 3NDXA 4EPJA 1PFZA 3K4VA 3UDHA 4PHVA 5P5YA 1RV7A 4TVGA 3I2LA 3KA2A 5P11A 4AMTA 1IVPA 5P3IA 5P75A 3LZUA 5IVRA 2FLEA 5OYQA 3VLAA 1FMBA 3WZ8A 5I3WA 5P27A 4FAEA 1EAGA 5I3VA 5OYZA 3VG1A 2BKSA 4HA5A 4MC9A 4Y3DA 5OZBA 2G69A 3DV5A 2V12C 9HVPA 2R5QA 3VF7A 2QK5A 5P0UA 2PYNA 4Z50A 3OXVA 5C9DA 3KDDA 2OHSA 3CICA 3HZCA 1SMRA 1EC3A 5P0KA 5P29A 3D20A 1QBUA 1VIJA 2NR6A 3QI1A 3ZPTA 4L1AA 1T6GA 5P0OA 1CPIA 1QBRA 3L5BA 3TOGA 3IN4A 4DJYA 5HCOA 5P1FA 3AIDA 4DJXA 5P0PA 3ZOVA 2ER9E 5OZMA 3TKWA 1W5WA 1EEDP 5P0YA 5OZ1A 3F9QA 5P6RA 3OGQA 5P1VA 2Q3KA 2Q64A 1ODWA 4PYVA 3GGAA 3UTLA 5P6AA 4GJ8A 4A6BA 4FGXA 2PSVA 4ZPGA 5P18A 1LYBA 4Y3TA 5KOQA 4DPFA 4I1CA 4Y35A 1RL8A 5P82A 5P4ZA 3T7QA 1CZIE 1FF0C 5P2IA 1AJVA 5P8SA 5P71A 3S53A 3GGUA 3BGBA 2AZBA 5P2MA 1APVE 3SFCA 4I0HA 5P23A 2JE4A 4RZ1A 5P7EA 3INDA 1B5FA 1YM2A 4Y4ZA 2Q11A 3TPPA 4APEA 2VIZA 5P1IA 4CPQA 2QZKA 2BPXA 3HDKA 2ZJKA 3R2FA 1Z1RA 4I0FA 3PI0A 1TSQA 5P45A 2PSUA 2NMYA 2QMPA 4NPUA 3VSWA 1FMUA 3Q70A 5P6YA 5DQ5A 1HIIA 3O9DA 5OZ9A 3TKGA 2IRZA 2F3EA 1HPOA 4DUSA 4CPUA 2BPYA 1OEXA 2AVOA 5AHBA 1ZSRA 2XYEA 2HB2A 4HVPA 3DCRA 3GW5A 5P4BA 5P81A 3QS1A 3HVGA 3RTNA 2QZLA 4HDFA 5P7MA 4Y3YA 3LIXA 3LZYA 4U8WA 5P7QA 5P4VA 4X7IA 5P64A 4DJWA 1BVEA 3K4VC 5P1MA 2P3DA 5HE4A 5P40A 4D88A 5P55A 1FQXA 1DAZC 3I25A 5P8FA 3OXXA 3SM1A 3NWXA 5JFUA 3EKYA 1D4IA 5OZQA 1FMXA 5P48A 3D1XA 4EJKA 2V00A 5P0AA 5JG1A 5OZFA 3EMYA 4JPCA 2UY0A 5P63A 4Y5AA 1ZJ7A 4QJ9A 4EP2A 5P8EA 3R0WA 3ST5A 3FX5A 3VSXA 3BXRA 1B11A 3BUGA 3PEPA 5P6EA 4TRWA 1ER8E 3ZKSA 3VCMA 1OD1A 1HTRB 2WF0A 1EPME 4I11A 4Y3QA 2I4DA 1FLHA 1FEJC 5P51A 2H6SA 5P41A 5OZ6A 2Z54A 5P3RA 3S7MA 1ZP8A 5P8MA 2F3FA 3UQWA 3RTHA 1A8GA 3RSVA 3KFSA 5P14A 3TPJA 5P8IA 5KR8A 3NDUA 3EKVA 1EBWA 5P3XA 1MSNA 3KM4A 4ER2E 5P7AA 1AXAA 3FSMA 3LNKA 3PMYA 2BJUA 5P4UA 3IVIA 1CMSA 4JOOA 4Y5MA 2VKMA 5P5JA 3O9FA 1YT9A 3EM4A 2IKOA 1F34A 2G27A 5P7HA 3VF5A 2ASIA 1GVUA 2O4KA 3PSYA 5P37A 5P3NA 2PH8A 4DH6A 3NSHA 1MRXA 4R5NA 4FSLA 4RCEA 3UDKA 3D1ZA 4JECA 5P0GA 4NKKA 1IZEA 4U7QA 4FM8A 2ZHSA 1IVQA 2QNPA 2R5PA 2QI7A 1QS8A 5P26A 4LAPA 2HPFA 1MT7A 1EPLE 4YBFA 1T7KA 3K1WA 5P7OA 3PSUA 4LHHA 3WB5A 3T6IA 5P6ZA 1APUE 1SIPA 2ER7E 3PLLA 1MTBA 1YTGA 2G21A 3EKQA 3NDWA 2G1YA 4ZSPA 3PCZA 5P3GA 2P3BA 5CONA 5P67A 1HRNA 3OHFA 5P0QA 5P7UA 5KQXA 1LEEA 3OTYA 1QRPE 5P10A 5KAOA 2P4JA 6FIVA 1LYAB 1AJXA 4FM7A 3APRE 3Q5HA 2FGUA 2I4UA 5FIVA 4Q1WA 1RQ9A 3FNUA 5HDXA 5P3PA 5P6IA 5P20A 1K2CA 4Y3WA 5P8BA 5I3XA 4YCTA 4Y3AA 1EBZA 2AOEA 3QBHA 2G1OA 1K6PA 5IVQA 4RYGA 1HBVA 1HSHA 5P6KA 2VNNA 4NPTA 3OQKA 5P6HA 5P01A 3BC4A 3KFPA 4FL8A 2IEOA 3T7PA 2WJOA 1HPVA 5ER2E 2I4XA 2FNSA 2FDPA 5P2RA 5P15A 2BPWA 5P6BA 5OZ7A 3G6ZA 2ZJHA 1APWE 1MUIA 3BRAA 2AOHA 4F73A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY3 A;  1SGU A;  4FE6 A;  2O4P A;  3PWW A;  4YDF A;  1GNO A;  5HE5 A;  5P68 A;  3OOZ A;  5P1K A;  4R91 A;  4COE A;  4DI2 A;  2VA7 A;  5P0W A;  1HVR A;  3QPJ A;  5IE1 A;  1B5F B;  1W5V A;  4Z2Z A;  1K6C A;  1WBM A;  5P8N A;  3LZS A;  3VYF A;  3ER5 E;  2F80 A;  4CPT A;  1VIK A;  3R4B A;  5J25 A;  3SA4 A;  2J9J A;  5P1A A;  5P2J A;  5P1S A;  5P0M A;  5I70 A;  2Q55 A;  3HW1 A;  4TRY A;  2O4S A;  3ZPU A;  5OZZ A;  2OHP A;  2CEM A;  2AOJ A;  4YOA A;  5P1N A;  1BDL A;  4Y54 A;  1HXB A;  3RSX A;  1WBK A;  6UPJ A;  5P4D A;  2AOD A;  3AUP A;  3ZL7 A;  4U7V A;  1FQ7 A;  5P19 A;  1XL2 A;  2PSG A;  2ZHT A;  3IGB A;  4B70 A;  2Q54 A;  4IVT A;  5DR8 A;  1SGZ A;  3NXE A;  5OYW A;  3ZLQ A;  5P60 A;  3WZ6 A;  5P0Z A;  3NU3 A;  1T3R A;  4GJA A;  5P0J A;  1JLD A;  3PHV A;  4Y3S A;  3GI4 A;  3DV1 A;  4FSE A;  2IGX A;  4S1G A;  1UH7 A;  2HPE A;  4NJS A;  4ZSM A;  4GYE A;  4BEL A;  4DJP A;  1MT9 A;  4KUP A;  4L7G A;  4DQG A;  1LF2 A;  1BV7 A;  2IKU A;  1LYA A;  1DW6 C;  2IL2 A;  1Z8C A;  3L59 A;  4MC2 A;  1HVS A; 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 4Y3H A;  3SAC A;  5OYU A;  4GJ9 A;  2IQG A;  4APR E;  1BWA A;  3T7X A;  2RKG A;  5P6F A;  3NDT A;  4Y57 A;  3S8I A;  3MWS A;  2PYM A;  4PZX A;  5P1G A;  5OYR A;  5HDZ A;  4ER1 E;  1KJH A;  5OZJ A;  3KF0 A;  4LXK A;  5P0B A;  5P22 A;  3ZMG A;  5P08 A;  5P7X A;  3HLO A;  5P8D A;  2ZJL A;  3NU5 A;  3UQP A;  5DR3 A;  1FG6 C;  5COK A;  3NUO A;  1ME6 A;  2PMA A;  3SA3 A;  5P2O A;  2O40 A;  3IAW A;  3I6O A;  2I4Q A;  3FV3 A;  3SAB A;  5KQZ A;  1IIQ A;  3O9G A;  4DV9 A;  3PVK A;  4AA9 A;  3PB5 A;  1UH8 A;  5P2Q A;  5P31 A;  4Y4J A;  3INE A;  5OZS A;  1RPI A;  6APR E;  3IN3 A;  3SLZ A;  3OU3 A;  5P25 A;  1HVJ A;  5P0C A;  5P44 A;  3O9B A;  2BQV A;  5P1L A;  1D4S A;  5P5H A;  5DR4 A;  5P85 A;  3UDJ A;  2B60 A;  4Y9W A;  4Y3F A;  4J0P A;  3HAW A;  5PEP A;  4YA8 A;  2FXE A;  3D91 A;  5P0L A;  4NJU A;  3S7L A;  1QBT A;  4Y48 A;  4F75 A;  2HM1 A;  3INH A;  5P0T A;  5P0E A;  4FAF A;  5OZI A;  1MTR A;  5P2F A;  5OZU A;  3O9L A;  1HSI A;  2WHH A;  1W6H A;  1PPL E;  5P4Q A;  4GJD A;  2VA5 A;  5P86 A;  4I0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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