4QJ9A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (r452s)
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
molecule keywords Protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj9A00
5P28A 2WEAA 3S2OA 2AVMA 5I3XA 1FFIC 1IBQA 3OTYA 4FSEA 3OHHA 1RPIA 4EP2A 2G69A 5P8CA 5P1KA 1HHPA 3OQAA 5P3YA 5F00A 1MT8A 5P2LA 4TRWA 2QI7A 2HB3A 2XFJA 2QMGA 4OD9A 1TW7A 3CKPA 5P75A 5P73A 5HDXA 1ZPAA 1FG6C 2F8GA 2IS0A 3SA6A 2QI5A 2AZ8A 4Y54A 5P2SA 2V0ZC 3HVGA 4H3GA 3KT2A 4WTUA 3ER3E 3HW1A 5KQYA 1YTJA 1RV7A 4Z2ZA 3L5FA 4QJ9A 2A4FA 3KFPA 2B8LA 3C9XA 4RYCA 1C6YA 2QMPA 3LIQA 5ENMA 5P34A 5P5IA 1W5XA 4OBHA 4B1EA 1MT9A 2G1RA 4J1EA 3OAGB 3DV1A 1WBMA 3LIYA 4EXGA 4GJBA 5P84A 3SQFA 1MVPA 1ME6A 2V00A 3EM3A 3KA2A 2OHTA 4ZPEA 3D3TA 1JLDA 4Y3LA 1D4JA 2ZHTA 3Q5HA 3TOHA 2NNPA 3QRVA 2RKGA 3HZCA 3PI0A 5P3SA 2IENA 4FLGA 2HAHA 1EPLE 1FQ5A 1BAIA 3WZ8A 1A30A 1A8KA 1D4HA 3O99A 5P8UA 3S43B 3VLBA 4IVTA 3H0BA 4GB2A 1SDUA 4Y58A 2G1SA 1HXWA 5ER1E 4WY6A 5P5GA 5T4SA 5COOA 5P05A 4Y4WA 5P5SA 5UPJA 3NU4A 4Y45A 1CMSA 2Q55A 3EKVA 1PFZA 2R5PA 4EPJA 4Y4UA 2AOJA 5P8GA 1MTRA 5P77A 5OZKA 1META 3SFCA 5P69A 1XL5A 4M8XA 4Y35A 5P0IA 5P50A 1W6HA 1FGCC 5P0GA 5P0HA 5P8NA 2OHMA 2B7FA 1M43A 5P7HA 3D1XA 5P4LA 1WBKA 5P5BA 5P5VA 5DQCA 4J0TA 4D8CA 5KQXA 2P4JA 4QLHA 4D83A 1F34A 2VA7A 2QP8A 3EM4A 3OXXA 2V13A 5P2WA 5OYUA 1BDLA 5P5QA 2IL2A 5P6GA 4YD6A 4NPUA 5BS4A 5AHAA 4D89A 5P70A 1GNNA 4RCDA 1SMRA 1BDQA 5P3TA 2HS2A 4RCFA 3GGXA 4J1KA 5P76A 3K5DA 3VUCA 5BWYA 5P1XA 3PSUA 5P47A 5JFPA 3VYFA 1HTGA 4Y5PA 2ZDZA 5P0EA 2JYSA 4JPCA 3WB4A 1C6ZA 4JECA 1QDMA 2WF2A 4RZ1A 1FQXA 5P5TA 1HIIA 1HTEA 2BQVA 2FDEA 4OBFA 4KE0A 4Y3GA 5P4ZA 1BDRA 3S53A 4DH6A 5P1ZA 4DJXA 5P5FA 5P8DA 3VCMA 2F3FA 5P41A 3TTPA 3NDUA 4I0GA 4YBFA 1IVPA 2AZ9A 5P5WA 3RTNA 5P3JA 4I8ZA 5JFUA 1G0VA 1K1UA 1EC2A 1FQ8A 3RSXA 3FIVA 3LIXA 6UPJA 3S7LA 5P2ZA 5P37A 2CENA 1FMBA 7UPJA 5P4CA 5P31A 5P2GA 2XYEA 4K4PA 5OZIA 1HTRB 5OYXA 1UPJA 5P7RA 4LC7A 1XN3A 3UDRA 3SA8A 2QZWA 3GI6A 5P45A 5P6PA 3DCRA 4JOOA 4DI2A 3VFAA 3HVPA 3K4VC 4E43A 2AQUA 1LEEA 3K1WA 5ISKA 3H5BA 2FXDA 5P1TA 2B8VA 3UHLA 3B7VA 4FAEA 4UPJA 5FIVA 1HVLA 5P12A 2ZJMA 3BRAA 5OZ2A 1MIQA 1HSHA 5P0PA 2IGXA 4HA5A 4DJOA 3LIZA 4I0HA 5P7KA 3K5FA 4I10A 3EL0A 3S8IA 3SKFA 2P3DA 3KFRA 1TQFA 4CPRA 2XYFA 1EBZA 2IKOA 4EP3A 3HBOA 5SY2A 2BJUA 3FNUA 4GJDA 2I0AA 3NDXA 1IDAA 2G1YA 5P7AA 2ZHSA 4Q1NA 2ZE1A 5P4WA 4NJUA 3OGPA 5P6BA 5P1WA 3ST5A 3PBZA 2P8HA 5P7TA 2WJOA 3WSJA 2Q54A 2G26A 2QZKA 2PYMA 5P1AA 3SM2A 3ZL7A 3UDNA 2AOCA 1W6IA 5P0KA 4DQCA 1HVJA 4FGXA 2AOIA 5P1QA 3IN3A 5OZYA 1XL2A 3OAGA 5P6WA 5P3IA 5P3OA 3KN0A 3KFSA 3MXDA 5P71A 5P8TA 2FLEA 3INHA 3UDJA 5P49A 4NJVA 2FDPA 5P3NA 2PK5A 5P0RA 2OHLA 5P6VA 1B6KA 5P8QA 5P2RA 4J1FA 3DUYA 5P0CA 2IEOA 1LYBA 5P7CA 5IVRA 4FRJA 4EJDA 2HS1A 4HEGA 3OUDB 2ZHVA 2R3WA 5P6LA 5P4YA 4Y4ZA 4FL8A 5P57A 1SH9A 4Y37A 1FMUA 2VIYA 5P26A 5HVPA 5P6OA 1T7IA 1IDBA 4BELA 3NWQA 5P3UA 5DR4A 3L38A 1Z8CA 5P0FA 4DV9A 3UQRA 5OZRA 4B77A 2QCIA 4FM6A 4AUCA 3K5GA 2NPHA 2WKZA 4A4QA 5COKA 2RMPA 5IVTA 5P38A 1IVQA 4DJVA 3CIBA 4I12A 5P4EA 5OYYA 1W51A 3QRMA 3QI1A 5P6KA 4Y47A 3BUGA 3KT5A 4NPTA 2PWCA 2I4WA 2ZJLA 5P3LA 4R95A 4PEPA 5P06A 1Z1RA 3LIVA 5P6ZA 1K6PA 4LL3A 3O9FA 1AAQA 3ECGA 3NU9A 5P0YA 3D1ZA 3L5DA 1EC3A 2G24A 3CIDA 5P4AA 2H6SA 5IE1A 3QN8A 5P6TA 3URJA 5P10A 5P2YA 3PJ6A 1LYWB 2EWYA 3VF5A 2BB9A 5P3CA 1YTIA 4J55A 4YBIA 5P74A 2HB2A 2JE4A 2QNNA 3IXJA 6FIVA 3KDDA 5P72A 3SA9A 5P7XA 2QMFA 1NH0A 5HDUA 2BPZA 3ER5E 3LZUA 1OEXA 1ZBGA 2QHCA 3G70A 1ZSFA 4MC6A 5P2AA 1HPOA 4L6BA 5OZPA 1BXOA 4RCEA 3DV5A 3UTLA 3NWXA 4FSLA 1AM5A 2FIVA 2UXZA 1OD1A 5P1LA 2QD8A 3D91A 5P1IA 2O4LA 1K1TA 4KB9A 2HPEA 5P4VA 5P0UA 3UDMA 4YA8A 3UDQA 5I3YA 4N00A 5P68A 1FQ4A 5P0BA 3TKWA 1IZIA 4Y36A 1WKRA 4H1EA 4Y5NA 5P04A 3BHEA 3BVAA 2RKFA 5DR8A 5P1VA 5P2CA 1BV9A 3KDBA 3ZPSA 2O4KA 4L7HA 2NR6A 5OZ4A 4HVPA 3NDWA 5P2VA 2ER9E 4F74A 5P5EA 5P30A 3TL9A 4YE3A 1EEDP 1EPME 3IVHA 4BEKA 4EWOA 3EKXA 3S56A 5ISJA 5P6FA 1GVWA 5P60A 1LYAB 1ZAPA 3OOTA 4D88A 4YD7A 1SDVA 3AIDA 4CPTA 5P14A 4I0IA 4Z22A 5P32A 1HVSA 5P4QA 3UCBA 4QJAA 4IVSA 1SBGA 2ZJIA 4K4RA 5P0LA 1APTE 5P64A 4EJKA 5P0VA 2BKSA 3GW5A 1MUIA 2P3BA 5P3DA 3UQPA 4R8YA 4KUPA 2Q11A 5OZLA 5P0DA 3MXEA 3UPJA 2IDWA 4HDBA 4B1CA 5P8IA 4CMSA 4GJCA 3DOXA 3IXKA 5HCTA 1HWRA 2I4XA 4Y3PA 1MRXA 5COPA 4I1CA 3BVBA 4YD5A 1T7KA 2PMAA 2ZJJA 1KJFA 5P3ZA 3BUHA 4ER2E 3QVCA 1EBKC 2ZJHA 3QPJA 4Y4DA 5OZ7A 4U7VA 1PSAA 3PHVA 5P80A 2G1OA 2HB4A 5P5LA 5HD0A 4HE9A 4I0ZA 3EKTA 1NPAA 4M8YA 1FQ7A 3K5CA 3NXEA 2WF3A 4R93A 9HVPA 2XFKA 1BIMA 3IAWA 5P1FA 5OYWA 4RRSA 4Y50A 2V10C 5P88A 1EPQE 3NU3A 4J0PA 5P2XA 5P3BA 3EL5A 5I70A 2ER7E 1XDHA 1FB7A 1RNEA 2WF4A 1ZLFA 2VNNA 1QBTA 1SGZA 5P8FA 3R0YA 3JVYA 2OHKA 4DQHA 3L58A 5P40A 4APRE 4EQ0A 1Z1HA 3GI5A 1HEFE 4RVJA 4Y3EA 2B7ZA 3R4BA 3QIHA 4Y3HA 3ZKQA 5OYQA 2H6TA 2Z4OA 1AVFA 4Y5KA 1YTHA 4DUSA 4J5JA 1EBYA 3DCKA 4Y5MA 4GIDA 3ZLQA 1ZSRA 4Q5MA 5ER2E 5P5CA 1T3RA 3ZOVA 1QS8A 1DW6C 5P1NA 3LHGA 5OYZA 3RU1A 5P5YA 4GJ8A 5OZVA 2B42A 3VEUA 5P61A 1D4IA 3G72A 3Q6YA 4Y4TA 2AODA 3FNSA 3PM4A 4GMIA 2QMDA 3LNKA 3HD8A 4B05A 1APUE 2P3AA 4GJ7A 4Q1WA 4PHVA 4Y5EA 3ZKXA 1LF2A 2PSVA 4Y53A 2P3CA 1E80E 5P58A 2VA5A 2RENA 4XXSA 4ZEAA 1MTBA 3NU6A 5DQ5A 1PROA 5P4HA 5P2FA 2NXMA 1PSNA 3ZKIA 3ZKMA 1IZEA 1HEGE 2BPYA 4Y3AA 3QRSA 4CPUA 3CKTA 5P11A 4WY1A 1T6GA 2AVVA 5P48A 5P7FA 1BV7A 5OZ5A 3GGVA 1HTFA 5AGZA 5KR8A 5P8BA 1U8GA 3OY4A 3ZPTA 1FQ6A 3GI4A 4YHQA 4TVGA 3OUAA 4LXMA 5AH7A 3EC0A 1FIVA 3O9DA 5P2IA 5P4TA 1LYWA 5P3AA 3EBZA 2AOHA 4YCTA 3S7MA 5P1EA 4QJ8A 1D4LA 5P55A 4CPXA 3GI0A 5OZCA 4Y3RA 1K2CA 5P0MA 5P1HA 1DAZC 5P8MA 3TOFA 1AZ5A 4FIVA 1GVTA 4ACXA 5IS4A 3KM4A 2IQGA 3OU4B 5P6QA 4DVFA 1APVE 2QD6A 4PZXA 5P5RA 5J25A 2ER6E 4FRKA 1UH9A 4OBZA 3OU1B 3OU3A 4XX3A 1A9MA 1LV1A 4B72A 3S45A 4RGHA 5OZQA 3HAUA 2QZLA 2WEDA 1SDTA 4I0DA 1ZJ7A 3QBHA 3SA3A 4Y51A 1G2KA 1AJXA 1PPLE 3R0WA 2NNKA 2BPXA 4Z4XA 3OUCA 3O9LB 5OZEA 3U71A 5HDVA 2HPFA 3VV6A 2AVQA 5OZTA 5P8EA 3O9HA 4L1AB 5P82A 5OZWA 4I0JA 4Y4GA 3LPIA 4Y3JA 3ZMGA 3ZPUA 3GGUA 2WL0A 3O9BA 3IA9A 1SP5A 5P8JA 2Z54A 3VSXA 1B5FA 5P09A 4J1CA 4Y3MA 7HVPA 5P2KA 4COEA 4ZIPA 4JPEA 3IVIA 2UPJA 3FSMA 5P1UA 5P4RA 5F01A 2BBBA 5P7BA 1E5OE 4OD9B 2WECA 5OYVA 5DR3A 5P5NA 5P27A 5P8PA 5P1SA 5HU0A 3B80A 3VYDA 3KF0A 2QHYA 2XFIA 3PBDA 4DJPA 3DJKA 3OQFA 3PCWA 5OYTA 5P3VA 3QVIA 5P3XA 3VF7A 4LBTA 3OQKA 5P23A 1K2BA 1HSIA 2VA6A 3R2FA 4R5NA 4ZE6A 4Y3XA 3PCZA 4LP9A 5P46A 5OZ1A 1AIDA 5P5KA 1EAGA 1MRWA 2IGYA 3OQDA 5P62A 2J9JB 3KYRA 3L5BA 2NTRA 3OUBA 3KMYA 5AH8A 2QI0A 3O9CA 3LZVA 1XN2A 5I3VA 1GNOA 1FEJC 3OXWA 2R38A 1HSGA 1KJ4A 5P56A 1EPOE 3TNEA 4A6BA 5P8AA 1LF4A 1BVGA 1ODWA 5HE5A 5P1YA 2IKUA 5P43A 5P6AA 4Y4BA 5P79A 5KOQA 5P8SA 1OHRA 3S43A 4NKKA 5P20A 1IZDA 4BFBA 2VIZA 1TCXA 1ENTE 1MEUA 2QHZA 1YX9A 5P5PA 4J0VA 1HBVA 4AZYA 5HU1A 2VIJA 3UFNA 4RYGA 5P02A 3TH9A 5P8LA 1RL8A 3RTMA 2BPVA 3OGQA 3QS1A 4FM7A 3O9GA 3FKTA 2BKTA 2PC0A 3PMYA 1K6TA 4ZPGA 5P5JA 1T6EX 5P7OA 1KZKA 5DQ1A 2PYNA 2VIEA 4DQGA 5P4XA 1ZP8A 2PSUA 5P25A 5OZ9A 3EKPA 5DR7A 5P3HA 5P6SA 5P4PA 4J17A 4K8SA 5P4DA 5HCOA 4CPWA 4DJYA 3T7PA 4YCYA 1D4KA 1APWE 5CONA 5P7YA 2PWRA 3PSYA 3UQXA 3S54A 1HOSA 3LZSA 2ASIA 3PWMA 4F75A 3BXRA 1D4SA 5P7EA 4I8WA 4EHCA 4FRIA 4R91A 3T7XA 2AVOA 5KQZA 3EL9A 1Q9PA 1BXQA 4DPFA 5SY3A 1HRNA 4B78A 3NXNA 3OADB 5AH9A 5P0JA 4YDGA 5P8OA 4F76A 4Y5GA 4HLAA 4OC6B 4ZLSA 4J54A 5P7ZA 4ZSPA 1A8GA 2J9KA 3UQWA 3AUPA 1PSOE 5P1BA 5EZZA 4Y3TA 1HVCA 1GKTA 5P00A 3GGAA 4Y4JA 2UY0A 3L5EA 5P52A 1DIFA 4QGIA 5DQ4A 2VNMA 5P6MA 4F73A 4I11A 5OZGA 1C6XA 3PEPA 4Y4EA 3MWSA 5KR1A 1HVIA 3I6OA 3APRE 4AA9A 1FLHA 5AHCA 4EJ8A 4OBJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P28 A;  2WEA A;  3S2O A;  2AVM A;  5I3X A;  1FFI C;  1IBQ A;  3OTY A;  4FSE A;  3OHH A;  1RPI A;  4EP2 A;  2G69 A;  5P8C A;  5P1K A;  1HHP A;  3OQA A;  5P3Y A;  5F00 A;  1MT8 A;  5P2L A;  4TRW A;  2QI7 A;  2HB3 A;  2XFJ A;  2QMG A;  4OD9 A;  1TW7 A;  3CKP A;  5P75 A;  5P73 A;  5HDX A;  1ZPA A;  1FG6 C;  2F8G A;  2IS0 A;  3SA6 A;  2QI5 A;  2AZ8 A;  4Y54 A;  5P2S A;  2V0Z C;  3HVG A;  4H3G A;  3KT2 A;  4WTU A;  3ER3 E;  3HW1 A;  5KQY A;  1YTJ A;  1RV7 A;  4Z2Z A;  3L5F A;  4QJ9 A;  2A4F A;  3KFP A;  2B8L A;  3C9X A;  4RYC A;  1C6Y A;  2QMP A;  3LIQ A;  5ENM A;  5P34 A;  5P5I A;  1W5X A;  4OBH A;  4B1E A;  1MT9 A;  2G1R A;  4J1E A;  3OAG B;  3DV1 A;  1WBM A;  3LIY A;  4EXG A;  4GJB A;  5P84 A;  3SQF A;  1MVP A;  1ME6 A;  2V00 A;  3EM3 A;  3KA2 A;  2OHT A;  4ZPE A;  3D3T A;  1JLD A;  4Y3L A;  1D4J A;  2ZHT A;  3Q5H A;  3TOH A;  2NNP A;  3QRV A;  2RKG A;  3HZC A;  3PI0 A;  5P3S A;  2IEN A;  4FLG A;  2HAH A;  1EPL E;  1FQ5 A;  1BAI A;  3WZ8 A;  1A30 A;  1A8K A;  1D4H A;  3O99 A;  5P8U A;  3S43 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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