4QJAA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (p453l)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qjaA00
5P1QA 4DJQA 1HVJA 5P1DA 4QJ2A 1GVTA 4XX3A 1K6PA 1TCWA 4LP9A 1EPQE 5P7HA 4GIDA 1LF2A 2OHQA 3CYXA 4LXAA 4A6BA 2P3CA 2PWRA 2RMPA 4TRZA 1EC1A 3UDQA 1G2KA 4HLAA 4DQBA 5P03A 4YHQA 3S8IA 5P66A 2V10C 3ZMGA 3R2FA 5P8TA 3NU9A 4R8YA 5P5HA 1TSUA 5P8OA 1FQXA 3UQPA 4OBJA 2HPEA 2VKMA 5IVRA 1TCXA 5ER1E 1JLDA 2QD8A 3ZL7A 4ZEAA 3ZPSA 1BAIA 2XFJA 3T7QA 1OEWA 4BFDA 5OZNA 4CPXA 5P0AA 4I0DA 5P17A 4YA8A 4HEGA 1RNEA 4FCOA 3CIBA 5DR4A 5P14A 2QHZA 5OZDA 1D4LA 1TZSA 3GGUA 5P70A 4FM6A 3NYGA 5P11A 4Y57A 1XL5A 4Y3PA 1AZ5A 1FG6C 5OZEA 1Z1RA 5P3ZA 3B80A 1PSOE 3PRSA 1PROA 3PBZA 5P3HA 3RTMA 5KR2A 3BRAA 5DR1A 4NJUA 1APWE 3OGPA 5P1WA 4JOOA 4H1EA 4DJRA 4RYGA 2FLEA 5P46A 2OHMA 3S53A 3L5EA 5P5BA 2G94A 3SA3A 3S56A 1A94A 4ER4E 1FQ6A 5P1CA 3RTNA 2QHCA 4DI2A 1HTFA 1T7IA 1EC3A 1ZPKA 5P4ZA 2JJIA 2G26A 5P62A 4FSLA 4Y5KA 5P89A 5OZTA 2ZJJA 5KQYA 3BVAA 1EBWA 3QRSA 4CPRA 5P54A 4FIVA 1HVKA 3I7EA 5OYVA 1QBTA 1IVQA 5P0IA 1HBVA 2ZYEA 2BPXA 1D4IA 2Q3KA 4K4RA 4YD7A 3LNKA 4DV9A 4R91A 3Q6YA 1M43A 2G69A 3UQRA 3SO9A 5P05A 4CPQA 4Z22A 5P24A 3M9FA 4Y3NA 2FXDA 4QGIA 3VYDA 1FQ4A 2AOCA 2UXZA 5P00A 3L58A 4OC6B 4M8YA 4HE9A 4H3IA 4APRE 5DR0A 5OZ4A 1MESA 5P7NA 4EJDA 1ENTE 1EPOE 2NMYA 5P0CA 5SZ9A 2QAKA 5P7CA 1SIPA 1B6MA 5OZIA 3G72A 2G20A 5P84A 2PSGA 2AODA 5P1PA 2G1SA 4J0YA 4FRJA 4NJVA 4Y9WA 1IDBA 2I4WA 5P5DA 2G24A 5P2CA 4YCTA 4Y5CA 3IVHA 3JVWA 3NU3A 4QJAA 1HHPA 4GJAA 3SAAA 2ZJMA 3HAUA 5DQCA 5P0SA 5P3DA 4RGHA 3H5BA 5HVPA 3HW1A 2PSUA 3SA7A 3VV8A 2PYNA 4OBDA 5P8HA 1MUIA 5HTZA 5OZBA 4KE0A 2I4XA 1BVGA 4J0TA 1MSMA 3PBDA 2G1OA 1HIVA 4GJ9A 4R92A 2HM1A 2AZ9A 5P0KA 2ASIA 5P22A 4LXMA 1W51A 5P7KA 3NXNA 5P57A 2G1NA 2QD7A 3EKVA 2QD6A 5P7RA 3NU4A 5P2ZA 4L6BA 1HOSA 1QS8A 4GJCA 5P7XA 3RSXA 3VCMA 2PWCA 4Y51A 4RCFA 1B6KA 1G6LA 3O9LA 4RROA 5P0RA 5P7PA 1W5WA 3UDMA 4DPFA 1FF0C 3EL1A 1FG8C 4DFGA 5P4JA 1HTEA 2QI6A 5IE1A 5P27A 5JFPA 2IEOA 1AXAA 5COPA 5DQ1A 3S85A 2ZJKA 3L5FA 4B00A 4EP3A 3BC4A 2QHYA 4YE3A 3UFLA 5P6HA 1MERA 5OZPA 5P6TA 2AOIA 3DM6A 3BVBA 3Q70A 4J54A 1A8GA 1D4YA 5P2KA 5P04A 2I0DA 2JJJA 1E81E 1K2BA 4OBFA 4B1DA 3OTYA 4WY1A 4AUCA 1APUE 5OZ3A 5P5KA 3BUFA 1FFIC 5P6OA 1XL2A 4EXHA 1PPLE 3T6IA 5P3BA 1KJ7A 1YTGA 4B77A 2WJOA 4ZPFA 1LZQA 2WF3A 3L5DA 1ZSRA 4MC9A 3ECGA 2O4NA 5HE4A 2AVOA 4RYCA 3QPJA 4Y3MA 1BIMA 5P4PA 1C6XA 5OZOA 1E82E 4WTUA 2A1EA 3O9CA 1MEUA 2QMFA 5P3GA 3GGXA 1XE5A 4AMTA 5P0YA 3NLSA 4ZE6A 4J1EA 3DCKA 4DJYA 2BB9A 3LZYA 1HVHA 5SY2A 1SDTA 1LYBB 3KT2A 4AA9A 1NH0A 5P5VA 5P1RA 4ZLSA 5OZKA 2G27A 2BPYA 1SH9A 1PFZA 5BRYA 2O4LA 4B72A 2I4QA 5P6JA 4Y3GA 3K4VC 1BDLA 1U8GA 3VLBA 4TRYA 2QMGA 3BUGA 4GJ7A 4YD5A 5OYUA 4Y39A 1W50A 3PCWA 1BXOA 3HLOA 4DQFA 5P4FA 1IZEA 5P7SA 1NPVA 5OZLA 1EC0A 1HVRA 1BDRA 2IRZA 4Y47A 4Y4EA 5C9BA 4BEKA 3WB4A 4I8WA 4L1AB 5P8EA 5P4IA 1HEGE 3L38A 5P88A 3Q4BA 5P0FA 1XE6A 4IVTA 5P5TA 3TOGA 3BHEA 2ZJLA 5JFUA 1EPLE 4YOBA 4JECA 3APPA 1A9MA 2ZJIA 3SA8A 3NWXA 5P34A 5P58A 4Q1WA 1UH9A 2V12C 4AZYA 1MT9A 3WSJA 3INDA 5P6XA 5P2OA 3IA9A 3IXKA 5P3LA 1A30A 2OHPA 3FIVA 5P5PA 1N49A 4Y3ZA 2VIYA 5P5EA 1LEEA 5OZQA 2HC0A 5P38A 5OZ0A 3MXEA 1B5FB 4LC7A 1HTRB 5F00A 3HDKA 1T7JA 3U6AA 1HTGA 5UPJA 4OBZB 5P5QA 3VUCA 2RENA 2VIJA 3SA5A 5P5ZA 5P39A 5P1FA 1LYAB 3I25A 3VEUA 1HSHA 3MSKA 3PHVA 3UHLA 5P6UA 3SA4A 3EC0A 3L59A 5P4CA 1XDHA 5HCOA 2IENA 3LPKA 1C6ZA 3LIYA 2P3AA 3TPRA 2J9JA 4XXSA 3QP0A 3PLDA 2I4UA 4FM7A 5P4DA 5DR8A 1IVPA 3TNEA 5P6IA 1LV1A 3UDRA 5OZVA 4MC2A 3VF5A 1EPRE 5P7LA 3R4BA 1PPKE 1TSQA 5CLMA 5KQFA 2PH8A 4I1CA 3UPJA 2B8VA 5P3JA 3S45A 3I2LA 5P33A 3PVKA 5DQ5A 3SA9A 5P8JA 2APRA 4I0ZA 5P5YA 2Z54A 1AAQA 5P6MA 4Y5PA 5JODA 2WF0A 5P5GA 4I10A 1VIJA 3VV6A 5P48A 4J5JA 2OHLA 2QZKA 2ZHVA 1A8KA 4UPJA 5DPZA 1ODWA 5P1ZA 3F9QA 4YD6A 1FKNA 4Y5AA 2F8GA 3KDBA 3OU4A 1GKTA 4R5NA 4OBHA 5P3QA 4U8WA 3OU1B 5P8NA 5P3CA 4I11A 5I3XA 3EL0A 5P8GA 4GZFA 3LIQA 5P8SA 3N3IA 1EBKC 5P1NA 1MRXA 5JG1A 5HE7A 4OBGA 5P26A 5P8PA 5P01A 1GVXA 5P0UA 5P0MA 2VJ7A 5P6ZA 5B18A 3ZKNA 5PEPA 5OYTA 1K6CA 5P2BA 1GVWA 3TTPA 5P3FA 2IL2A 1EPPE 3D1XA 5P78A 3OADA 1FMUA 5OYYA 3OUDA 1QRPE 5P15A 3HVPA 3SM1A 4EJLA 5P1SA 5P4SA 4I0IA 4CPSA 5P8VA 2VA7A 5P85A 4Y4BA 2UPJA 4PEPA 5OZUA 1EPNE 5OZJA 1B6JA 5P2LA 2P3BA 5P8IA 4Y36A 2PQZA 3UQUA 3ZKGA 3SPKA 5P2FA 5OZ5A 4Y3DA 4D8CA 3DV5A 1BWAA 4FAFA 3VSXA 1HPVA 2IGYA 4K8SA 4YBFA 5P5XA 4NJSA 5P4GA 3IVIA 5P5FA 2I1AA 1RPIA 4LHHA 3QBFA 2B42A 4DJXA 4Y4AA 2RKFA 1UPJA 3Q5HA 1F34A 3NSHA 2IKUA 2HB3A 3ER5E 4GJ6A 2F81A 5P44A 5P8FA 4I0FA 5OYXA 2R38A 5P37A 5P5OA 3VF7A 1W5YA 5P56A 3NUOA 3TPJA 2CENA 1ZLFA 2G1YA 4HDFA 5KR0A 2R5QA 2JXRA 4RZ1A 4LAPA 3PSYA 4DPIA 4ER2E 5P3RA 5P6WA 3ZKSA 3VLAA 5P6PA 1HRNA 4YDFA 5P42A 5P31A 3SM2A 3U7SA 2HB4A 5P73A 5P5UA 3PI0A 2AQUA 3VV7A 3GW5A 4IVSA 3VFBA 3KFSA 1ZBGA 2QNPA 2VA6A 1M4HA 2FNSA 2R3TA 2AOEA 4Y4XA 5P2YA 4I0GA 4QJ9A 5P4OA 5P12A 1IZDA 4KE1A 3QVCA 4PHVA 5P3WA 5P7QA 5SXNA 4CPWA 3LIZA 3O9AA 4ACXA 5P7GA 3FNTA 3OGQA 3OXVA 5P60A 3CYWA 5P5AA 3EKYA 2Q64A 4D88A 3UTLA 5AHAA 5P4EA 4B1CA 5P6CA 4D83A 3ZOVA 4F73A 5P7JA 4FLGA 3K5GA 3S7MA 5P80A 2AIDA 5P7EA 3INHA 2WEAA 2QU2A 2QZLA 3RSVA 3NU6A 5P7MA 1LYWA 1T7KA 4I0EA 3QN8A 5P0OA 4Y5GA 5P50A 3PEPA 2V13A 3EM3A 4Y3AA 5P8UA 3TPLA 5P40A 5P8BA 2ZHSA 5BWYA 3ZPUA 3K5FA 1AM5A 1Z8CA 4Z2ZA 3D3TA 2QNQA 2CEMA 5P2DA 4KB9A 5P3VA 4TVGA 2F80A 5AHBA 4Y5MA 2ZE1A 3TOFA 5P2UA 2JYSA 5P47A 4DJUA 4X7IA 4EQ0A 4Y43A 5ISKA 2B60A 2QMPA 5P1XA 4AA8A 5COKA 4GJBA 1EBZA 5P51A 5KR8A 3T7XA 3O9HA 1K1UA 4TRWA 3VFAA 4Y3XA 3KMXA 4JPEA 1AJXA 3QAAA 4A6CA 1IDAA 3DCRA 2OHNA 3LITA 3MWSA 2WF4A 3PGIA 2AZ8A 4FGXA 5P3NA 5P0VA 2WL0A 4J0PA 5P76A 4Q1XA 5P2JA 2XYEA 1HXWA 5P1LA 3PB5A 4R93A 4CPTA 4NPUA 5P08A 1UH8A 3KN0A 1FIVA 5P83A 3QRVA 1FQ5A 4J1KA 2B7FA 3R0WA 2Q15A 1AIDA 3URIA 4RRNA 1FEJC 4Y44A 1Q9PA 4K4QA 5P6BA 4YDGA 5P32A 2VS2A 3UDKA 3OQFA 1TQFA 4RVXA 5HDVA 4JPCA 4E43A 2NXMA 5P67A 4CMSA 1GNNA 2ZHRA 4RCEA 1XN2A 4Y4WA 2SAMA 2P4JA 4Y5EA 2BQVA 1FFFC 1ZP8A 1BDQA 5OZ9A 5P6SA 3ZKMA 4LXKA 4ZPGA 2AOJA 5P02A 4J17A 4FRKA 2BPZA 4ER1E 4QJ8A 2OHKA 3O9FA 5P29A 1META 3TPPA 1GNMA 2XFKA 2FDDA 3OUAA 4EJKA 5P87A 3HAWA 5OYRA 5P0XA 2ZHTA 5E5KA 3QROA 3T3CA 4J1HA 2FXEA 1MRWA 3FV3A 3HD8A 3PMUA 5CONA 5P53A 2WEZA 5P1HA 2RSPA 2WF1A 2PH6A 3KFRA 4N00A 5P6FA 3KM4A 1LF3A 4HA5A 5HDXA 5P7IA 4QJ7A 3S54A 1Z1HA 2OHUA 5HU1A 1TW7A 5P1AA 5P6QA 2IS0A 3OQDA 1HPOA 1APVE 5P7YA 3NDTA 2WHHA 3OK9A 2R8NA 4F74A 2B8LA 5DGWA 1ZJ7A 3EKXA 2QZXA 2I4VA 4DQCA 4YBIA 4X2LA 2BPWA 3WZ6A 3EKPA 2F3EA 1YTIA 2RKGA 5ER2E 5P5LA 1ME6A 5P6VA 1KZKA 3A2OA 2B7ZA 4HZTA 5P0PA 3SKFA 2V16C 1KJFA 5P19A 5P45A 3OXWA 4CKUA 1QBSA 4MC1A 3JW2A 5P55A 2AVQA 4HDPA 1YX9A 4EHCA 2BPVA 4DJVA 5P5MA 5P25A 4TVHA 3RTHA 3QS1A 3AIDA 3O99A 5P2TA 2HS1A 5ISJA 3FNSA 1HIIA 3GI4A 4ZSPA 1APTE 4RCDA 3SLZA 2NR6A 3IN4A 1F7AA 4Y5LA 2G22A 4HVPA 4H3JA 3OQAA 3KF0A 3KYRA 3KDDA 4QLHA 4GB2A 3MSLA 4Y38A 4DJPA 5P4TA 5KQZA 5P49A 5P3UA 1YTHA 4L7HA 2NNPA 5P0TA 5P2QA 1RV7A 3KMYA 5OZWA 4PZXA 6FIVA 3L5BA 3LZVA 1OD1A 3QBHA 5P20A 4RLDA 3DOXA 5P7UA 1DP5A 5IVTA 5P81A 3TKGA 2AVVA 5P4LA 4DJOA 3TH9A 3IN3A 5DR7A 1W5XA 5P8AA 2PMAA 2J9JB 2QU3A 3EKWA 1XS7D 5P1UA 4Z50A 1HIHA 2ER7E 5P7DA 4COEA 3ST5A 4Y3EA 3OWNA 2H6SA 3PJ6A 1B6PA 5HD0A 1FMXA 5P59A 5P69A 2HIZA 1BV7A 1GNOA 3VF3A 5APRE 5KAOA 5P3IA 4D85A 5P1JA 5J25A 3EL5A 5P0BA 5P77A 2FDEA 3PCZA 3GGVA 5OZ8A 5P2SA 5OZZA 5I3YA 1T3RA 5C9FA 5P1VA 5P1GA 1HSIA 2Q11A 4DJWA 1ODXA 3CKRA 5P4KA 5P0JA 1HVSA 3MXDA 3WZ8A 4EJ8A 1HVCA 4ZPEA 1BVEA 4J1FA 1MT8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1Q A;  4DJQ A;  1HVJ A;  5P1D A;  4QJ2 A;  1GVT A;  4XX3 A;  1K6P A;  1TCW A;  4LP9 A;  1EPQ E;  5P7H A;  4GID A;  1LF2 A;  2OHQ A;  3CYX A;  4LXA A;  4A6B A;  2P3C A;  2PWR A;  2RMP A;  4TRZ A;  1EC1 A;  3UDQ A;  1G2K A;  4HLA A;  4DQB A;  5P03 A;  4YHQ A;  3S8I A;  5P66 A;  2V10 C;  3ZMG A;  3R2F A;  5P8T A;  3NU9 A;  4R8Y A;  5P5H A;  1TSU A;  5P8O A;  1FQX A;  3UQP A;  4OBJ A;  2HPE A;  2VKM A;  5IVR A;  1TCX A;  5ER1 E;  1JLD A;  2QD8 A;  3ZL7 A;  4ZEA A;  3ZPS A;  1BAI A;  2XFJ A;  3T7Q A;  1OEW A;  4BFD A;  5OZN A;  4CPX A;  5P0A A;  4I0D A;  5P17 A;  4YA8 A;  4HEG A;  1RNE A;  4FCO A;  3CIB A;  5DR4 A;  5P14 A;  2QHZ A;  5OZD A;  1D4L A;  1TZS A;  3GGU A;  5P70 A;  4FM6 A;  3NYG A;  5P11 A;  4Y57 A;  1XL5 A;  4Y3P A;  1AZ5 A;  1FG6 C;  5OZE A;  1Z1R A;  5P3Z A;  3B80 A;  1PSO E;  3PRS A;  1PRO A;  3PBZ A;  5P3H A;  3RTM A;  5KR2 A;  3BRA A;  5DR1 A;  4NJU A;  1APW E;  3OGP A;  5P1W A;  4JOO A;  4H1E A;  4DJR A;  4RYG A;  2FLE A;  5P46 A;  2OHM A;  3S53 A;  3L5E A;  5P5B A;  2G94 A;  3SA3 A;  3S56 A;  1A94 A;  4ER4 E;  1FQ6 A;  5P1C A;  3RTN A;  2QHC A;  4DI2 A;  1HTF A;  1T7I A;  1EC3 A;  1ZPK A;  5P4Z A;  2JJI A;  2G26 A;  5P62 A;  4FSL A;  4Y5K A;  5P89 A;  5OZT A;  2ZJJ A;  5KQY A;  3BVA A;  1EBW A;  3QRS A;  4CPR A;  5P54 A;  4FIV A;  1HVK A;  3I7E A;  5OYV A;  1QBT A;  1IVQ A;  5P0I A;  1HBV A;  2ZYE A;  2BPX A;  1D4I A;  2Q3K A;  4K4R A;  4YD7 A;  3LNK A;  4DV9 A;  4R91 A;  3Q6Y A;  1M43 A;  2G69 A;  3UQR A;  3SO9 A;  5P05 A;  4CPQ A;  4Z22 A;  5P24 A;  3M9F A;  4Y3N A;  2FXD A;  4QGI A;  3VYD A;  1FQ4 A;  2AOC A;  2UXZ A;  5P00 A;  3L58 A;  4OC6 B;  4M8Y A;  4HE9 A;  4H3I A;  4APR E;  5DR0 A;  5OZ4 A;  1MES A;  5P7N A;  4EJD A;  1ENT E;  1EPO E;  2NMY A;  5P0C A;  5SZ9 A;  2QAK A;  5P7C A;  1SIP A;  1B6M A;  5OZI A;  3G72 A;  2G20 A;  5P84 A;  2PSG A;  2AOD A;  5P1P A;  2G1S A;  4J0Y A;  4FRJ A;  4NJV A;  4Y9W A;  1IDB A;  2I4W A;  5P5D A;  2G24 A;  5P2C A;  4YCT A;  4Y5C A;  3IVH A;  3JVW A;  3NU3 A;  4QJA A;  1HHP A;  4GJA A;  3SAA A;  2ZJM A;  3HAU A;  5DQC A; 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 4YOB A;  4JEC A;  3APP A;  1A9M A;  2ZJI A;  3SA8 A;  3NWX A;  5P34 A;  5P58 A;  4Q1W A;  1UH9 A;  2V12 C;  4AZY A;  1MT9 A;  3WSJ A;  3IND A;  5P6X A;  5P2O A;  3IA9 A;  3IXK A;  5P3L A;  1A30 A;  2OHP A;  3FIV A;  5P5P A;  1N49 A;  4Y3Z A;  2VIY A;  5P5E A;  1LEE A;  5OZQ A;  2HC0 A;  5P38 A;  5OZ0 A;  3MXE A;  1B5F B;  4LC7 A;  1HTR B;  5F00 A;  3HDK A;  1T7J A;  3U6A A;  1HTG A;  5UPJ A;  4OBZ B;  5P5Q A;  3VUC A;  2REN A;  2VIJ A;  3SA5 A;  5P5Z A;  5P39 A;  5P1F A;  1LYA B;  3I25 A;  3VEU A;  1HSH A;  3MSK A;  3PHV A;  3UHL A;  5P6U A;  3SA4 A;  3EC0 A;  3L59 A;  5P4C A;  1XDH A;  5HCO A;  2IEN A;  3LPK A;  1C6Z A;  3LIY A;  2P3A A;  3TPR A;  2J9J A;  4XXS A;  3QP0 A;  3PLD A;  2I4U A;  4FM7 A;  5P4D A;  5DR8 A;  1IVP A;  3TNE A;  5P6I A;  1LV1 A;  3UDR A;  5OZV A;  4MC2 A;  3VF5 A;  1EPR E;  5P7L A;  3R4B A;  1PPK E;  1TSQ A;  5CLM A;  5KQF A;  2PH8 A;  4I1C A;  3UPJ A;  2B8V A;  5P3J A;  3S45 A;  3I2L A;  5P33 A;  3PVK A;  5DQ5 A;  3SA9 A;  5P8J A;  2APR A;  4I0Z A;  5P5Y A;  2Z54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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