4QLHA

Crystal structure of drug resistant v82s/v1082s hiv-1 protease
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease, linker, Protease
publication title Crystal structure of drug resistant V82S/V1082S HIV-1 Protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA02
5HDZA 3Q70A 1QS8A 3LIVA 5P2EA 3JVYA 3IGBA 3PHVA 4I12A 2QU3A 1GNOA 4H3JA 4Y3QA 5P8CA 4DQGA 4Y3SA 3MWSA 4B70A 3O9LA 5P28A 3LZYA 1M43A 2WF3A 4I11A 4DI2A 2Q15A 1T6GA 3WZ8A 3UDHA 3O9DA 3O9CA 4K8SA 3NDWA 3QP0A 2G26A 5P6WA 4H3GA 3K4VA 3EKTA 4ZE6A 5P8LA 2ZJIA 5P5FA 3ECGA 1HEFE 2FXEA 1HIIA 2IKUA 1ZTZA 2PH6A 2VIJA 5P50A 5P6GA 4DJUA 2QP8A 3L58A 2F80A 5OZUA 4I0FA 4AA9A 3BUHA 3G70A 5P1TA 4ACUA 3OU4B 4J1KA 3UQWA 4Y3YA 5P57A 2ZJJA 4Y4ZA 5P64A 2VJ9A 3KFPA 4Y35A 2AVSA 4Y5EA 1SP5A 3OOTA 3ZOVA 3VF3A 4B05A 2ER9E 5EZXA 5OZJA 1HWRA 5OYUA 1ZPAA 5P39A 5P48A 3S7MA 2WKZA 5ISJA 1PROA 1APTE 4I8WA 3OUDB 3OTSA 1KJHA 4EP3A 3OHFA 1GVWA 5OZPA 5P1ZA 5P1GA 5P3QA 5P15A 5OZ5A 2G1YA 4BFDA 3BUGA 1META 2QAKA 5P4RA 4Y3MA 4CPSA 4J0ZA 4KE0A 4CMSA 2XYFA 2P3BA 4CKUA 1AIDA 2AQUA 5AHCA 2WHHA 1BWBA 3KYRA 5KQXA 1LYWB 5OZWA 4APRE 3N4LA 4LHHA 5P7SA 2I4VA 1EBZA 3GI6A 2ER7E 3UF3A 2FNTA 5KQFA 4Y3AA 4RRSA 1PSAA 1PPKE 3IAWA 5P6CA 3L5DA 3O9AA 5P31A 2RMPA 5P6XA 5P70A 5BWYA 5P0TA 5ENKA 4Y5CA 3LPIA 3I25A 3VLAA 5P2DA 1FQ6A 5P0YA 2O4SA 5P6DA 3EMYA 5P2FA 1G0VA 2Q63A 5P3AA 2ZHVA 1NPVA 2OHPA 2IS0A 2Q64A 3O9IA 5P23A 4F73A 3APPA 3CIDA 5P18A 4CPTA 1LYAB 2BQVA 5P3JA 1LF4A 3ZPTA 1IIQA 3GGXA 1E80E 2NR6A 4Y4DA 5P1IA 3VG1A 1QRPE 2ZHUA 3RTNA 5P7MA 2G94A 4YD5A 2FDPA 3VFAA 4Y4EA 5P08A 5P6QA 2WF0A 5P5OA 3Q5HA 2FDDA 2OHLA 4YD4A 2QI3A 1W6IA 2V13A 4LAPA 1ZPKA 4DJQA 4ZPEA 5P0IA 3A2OA 3SO9A 1MPPA 3I2LA 5P30A 3K4VC 4OD9B 2ZJLA 3SKGA 2CEMA 1K6CA 5P4NA 2PWCA 3R4BA 5P5GA 3NDTA 5P0HA 1D4YA 2QZKA 2BPYA 3UDNA 3OQKA 4K9HA 5P7FA 5CONA 4FLGA 3QBFA 1GVUA 2NPHA 5OZGA 1AZ5A 5P8PA 3RTHA 5P2OA 5P5UA 4GMIA 5OZDA 2QZWA 3RVIA 2B8VA 3LPKA 4ER4E 3FNSA 2VIZA 2A1EA 5FIVA 2WEZA 4HDPA 1EBWA 4NJVA 2HB2A 5P7UA 3RSXA 1B6JA 5P4PA 2VNMA 2QI0A 3VFBA 4FSEA 2IKOA 3SPKA 5P67A 1GVXA 2OHKA 1HPSA 1F34A 3VUCA 5P65A 3EKQA 3SA7A 3DOXA 3IXKA 4GJCA 1BXQA 4EPJA 1KJ7A 5AHBA 2QMGA 4R95A 1D4KA 2FGVA 4J0TA 1LF3A 3S2OA 5P2TA 1QBTA 2ZDZA 3DJKA 4F75A 2HAHA 2NMYA 2G1SA 5P83A 3UDRA 4Y3GA 3BVAA 5P61A 4Q1YA 4DQFA 4QJAA 3UDPA 5HD0A 3UDJA 3LIZA 3ZKXA 5P3BA 4B0QA 5KAOA 5P2ZA 2RKFA 2JXRA 5DR7A 4Y41A 5P1OA 1OEXA 3MSJA 4OBDA 5P12A 5P3MA 4FS4A 3WSJA 2RKGA 2PQZA 4DFGA 3HAWA 8HVPA 4L1AA 5P3LA 5P6AA 3URLA 1WBMA 3PSGA 2IENA 4EXHA 4LXKA 3CMSA 4Y4JA 2R5QA 3LIXA 4OBZB 5P3EA 1EPRE 3LZVA 5P1FA 5AGZA 3RTMA 4Y48A 1SH9A 1ER8E 2BPVA 2IDWA 4GJ5A 1QBSA 5OZIA 5OZ4A 3TH9A 5P35A 4RROA 4WY6A 2SAMA 3S85A 4KUPA 3BUFA 4NJUA 5P8GA 4FL8A 3NDXA 1BV7A 3QRSA 3EBZA 5P8OA 5P5LA 3OQFA 5P7BA 2CENA 3PBZA 3KFSA 3WZ7A 5P82A 5P1PA 1HTEA 5P3KA 2RSPA 4PEPA 5DQ4A 4FRSA 5P8SA 4B78A 2AVMA 2P3BB 4K4QA 3QBHA 1MEUA 3BXRA 5P8IA 4JOOA 1APVE 2QI6A 4KE1A 3OUBA 1PSNA 4FSLA 3SQFA 5P88A 4Q1WA 4Y5PA 1HIVA 5P19A 3SA6A 3ZKMA 5P5BA 3AUPA 5P4BA 4K4RA 3LHGA 4DJXA 2NXLA 4YCKA 5P66A 2IGYA 5P0DA 2O40A 3INHA 2Q11A 5P0EA 5P8TA 3S53A 1RL8A 5P1JA 1B6PA 3SACA 1EBKC 1B6LA 5HCTA 3SM2A 4HDBA 3TKWA 1YTHA 4TRWA 3ZKGA 4QGIA 2AOGA 4Y3XA 5P7EA 5P6LA 2QMPA 4RZ1A 3KM4A 4M8XA 2AIDA 4OBKA 3JW2A 5P76A 1VIJA 3L3AA 4YBFA 4FGXA 2I0DA 5P78A 4PZXA 2QNNA 5P0WA 5P5QA 5P47A 1A9MA 3TPRA 5P7KA 4CPQA 2JE4A 3SM1A 3S8IA 1WKRA 3IN3A 2Z54A 1HVKA 3H0BA 1HSIA 4RCFA 2OHTA 4Y5KA 3NU4A 5P0OA 3RU1A 4A6CA 5DQCA 4XXSA 3UDKA 5P09A 2AOEA 1K2BA 3UDYA 2QD6A 5OZ9A 1LF2A 5P5DA 5P16A 5KOSA 5P4LA 3NR6A 2BPXA 2AOCA 4LXAA 5P5TA 5P2QA 3OY4A 4DVFA 3K5GA 2R43A 2Z4OA 1ZLFA 5P0VA 5P1RA 2BKSA 5P2HA 4YBIA 5KR1A 3DM6A 3O99A 1MRXA 3OQAA 5IE1A 2NXMA 5P80A 4GJDA 5CLMA 5DGUA 4Y5AA 5P7PA 1W51A 4YDGA 5P2WA 1ZBGA 3FKTA 3IN4A 4Y58A 9HVPA 2J9JA 5E5JA 1B11A 2HPFA 1D4IA 2PSGA 4L7GA 1B5FA 3GI5A 3UQUA 5P0GA 2VJ7A 5OYWA 5P4OA 3EL4A 3L5BA 7UPJA 5P7IA 1ENTE 2F3EA 4ER1E 3U6AA 4DUSA 1YG9A 5P0RA 4ZPFA 5P5JA 5P7JA 4J0PA 1SMEA 3DV1A 3VSWA 1DPJA 1ZSRA 1EPLE 5P1EA 5P6KA 2B8LA 5OZQA 5P0LA 4TRYA 5P3FA 5OZKA 5P89A 1A8GA 5P5EA 5EZZA 4R8YA 4GB2A 4D88A 5P4UA 4J17A 2AVQA 3SA3A 5P62A 2NNKA 5P6UA 5HE5A 4FRIA 2WJOA 3OXVA 3Q3TA 4L7HA 3S56A 1IDBA 4U7QA 1GNMA 3TOGA 3ZPSA 3QN8A 3VF7A 5P27A 5P54A 3EM4A 2NMZA 2HS1A 1HPVA 5P8RA 4YCYA 2AOJA 3D20A 3NWQA 5P6OA 4EYRA 5HU0A 4Y50A 3PRSA 3T7PA 5OZMA 2FXDA 5I70A 5P00A 2V12C 3PWRA 4J54A 5OZRA 3TPJA 4I0DA 1ZJ7A 5P0KA 4EHCA 3R2FA 5IVTA 5SXNA 4HDFA 4RLDA 4Y51A 1HHPA 4F76A 5P0NA 2OHUA 3MSKA 3KDBA 5P3TA 3OGQA 5OZ7A 3EL5A 2ZE1A 5P8JA 2UPJA 4DPIA 2PH8A 1W5XA 3GW5A 5ISKA 1QDMA 5KQYA 5P1QA 5P6HA 5OZTA 3QVCA 2B42A 1G35A 4RYGA 5OZVA 5P33A 3LPJA 5P2VA 1EBYA 2PK6A 3HD8A 4OC6A 1VIKA 3FNUA 1ZSFA 5P1VA 5P5CA 4ZSRA 2ER6E 5I3VA 5P7YA 5P2GA 2BBBA 6APRE 5P0XA 3OUAA 1IZDA 5P2AA 5P2IA 4J1IA 2H6TA 3U71A 2XFIA 5P07A 1FG8C 2AVOA 4PPHA 5I3YA 1IZHA 5OYTA 1HTGA 4NJSA 2HC0A 4WY1A 3MSLA 2G27A 4I1CA 3UDQA 3EM6A 2A4FA 3ZKSA 5C9DA 3UHLA 1XE6A 3UDMA 2P83A 1K1UA 3L59A 4JPEA 1K6PA 3QRVA 3EXOA 3IXJA 4CP7A 4K4PA 5OZLA 1FMBA 5OZFA 4Y37A 1TQFA 5OZOA 1XE5A 3NXNA 1HSGA 5P6JA 3D3TA 3HBOA 4Y3PA 4Y9WA 5OZNA 1DAZC 3LINA 5F01A 3QPJA 3O9BA 1MERA 3KFNA 2BPZA 2FDEA 5P11A 2QK5A 4D83A 1FF0C 5P6MA 1BBSA 1BDLA 3D91A 4Y44A 4TRZA 1EPNE 4LC7A 3NDUA 3APRE 1MESA 1HVLA 5HDVA 3INEA 5AH7A 2ER0E 4EP2A 5P81A 3DCKA 5P8VA 2IL2A 3TLHA 5IS4A 5P6TA 2AOHA 4QJ8A 3T7QA 1OD1A 2VIEA 4J1FA 2JYSA 2P8HA 4QLHA 1MSMA 4Z22A 4DQEA 4AZYA 1DIFA 2B7ZA 4Y56A 2RENA 3ER5E 5P7ZA 3TTPA 4B1DA 2QD7A 4Y5BA 4J0VA 2WL0A 3QAAA 1HVSA 3PSUA 2ZJHA 5P55A 4RGHA 3CYWA 3KA2A 4YE3A 4CPXA 5DR8A 5P3CA 1T6EX 5P7RA 2QI5A 5TOLA 4Q1NA 5AH6A 2PMAA 1EPQE 1YT9A 2PC0A 3VLBA 5OZ1A 4Y53A 4Y38A 1JLDA 3FIVA 2J9JB 3FNTA 3MXEA 4APEA 3LNKA 1ZAPA 2WEAA 5P1NA 3KN0A 1B6MA 1B5FB 3HVPA 2AOIA 2WECA 1E81E 1YM4A 5P0FA 2B60A 5P53A 3D1ZA 1GNNA 1C6XA 3OTYA 5P2UA 5P68A 3KT2A 5P45A 5JFPA 3QRMA 5P4VA 4RCEA 4TVHA 5P52A 3HVGA 3GGVA 1FEJC 4WTUA 4FIVA 3PWMA 5P2LA 1T7KA 5P4IA 5P86A 1FMUA 5P8DA 5P1SA 3UPJA 4PZWA 5P58A 3SABA 1BILA 3G6ZA 1HVJA 1IDAA 2NTRA 1T3RA 3F9QA 3K1WA 3SKFA 1E82E 3O9LB 5OZHA 5P14A 3TOHA 5P0PA 5DPZA 2VJ6A 3OOZA 4N00A 2F8GA 5P2XA 5P3VA 3EKPA 5DR1A 1FMXA 4NPUA 5HVPA 5P7QA 4Y39A 3O9FA 6FIVA 3T3CA 3INDA 3EKXA 1SDTA 1UH9A 5SY3A 2OF0A 4Y4TA 2I4DA 2PK5A 5P5PA 3OQDA 3GGUA 7HVPA 5ER1E 3BRAA 5P7NA 3TOFA 5ER2E 4FCOA 1XN2A 5P5VA 5P0ZA 1A8KA 4B77A 3NU6A 2I4QA 5F00A 1TCXA 2QMFA 5P51A 3BXSA 4OC6B 4BEKA 3VYFA 1UH8A 5HDUA 5P5MA 3ER3E 5HTZA 4QJ9A 4RCDA 1CZIE 4B00A 1LYBA 3OXXA 5P4QA 5P4WA 1SDUA 1YTGA 3L5CA 5OZ2A 1DW6C 5AH9A 1FQ4A 4A4QA 1NSOA 5OYXA 4DJWA 5P7LA 4Y5GA 4DJOA 1BXOA 3WZ6A 5P63A 2VA6A 2XFKA 4A6BA 4LP9A 3DV5A 5P3DA 4DJYA 3PBDA 4I0ZA 3FV3A 4GJ6A 4I0IA 1W5VA 5P2BA 3DK1A 5APRE 1YX9A 4YHQA 1PSOE 5OYVA 4I8ZA 4JECA 4Y5NA 3B7VA 3EM3A 1XL2A 2AODA 3ZKIA 5P4KA 5C9FA 2OHQA 5P49A 2I4XA 4J1HA 1T7IA 1FFIC 4MC9A 2G69A 5P56A 4RRNA 5COKA 5PEPA 4PHVA 1ODWA 1SGUA 5DR3A 4ZLSA 3CIBA 1BVEA 5SZ9A 4AA8A 3LIQA 3PGIA 3IXOA 4DJPA 5P3YA 4Y3ZA 5P4MA 3PMYA 5P8FA 3EL9A 3CKRA 1UPJA 5P3XA 4EJKA 4UPJA 2IGXA 4AMTA 1K1TA 3IVHA 3URIA 2WF4A 4YOAA 5DQ5A 1OHRA 5HU1A 3NSHA 5P5NA 3M9FA 6UPJA 5P37A 5DGWA 5P2JA 3ZKQA 4XX3A 1FQ5A 1EC0A 2VA7A 4HVPA 4FAEA 4COEA 1WBKA 4OBFA 5P05A 4ZSPA 4FM7A 5P75A 5P6VA 3B80A 3QROA 4J0YA 4Y3WA 2O4NA 3OAGA 5P0UA 1APUE 2QI7A 4J5JA 5P5SA 1LYAA 1M0BA 1LS5A 4MC2A 4QJ7A 1HBVA 4I10A 4S1GA 1FLHA 5P24A 4RVJA 5P3NA 5P5ZA 5OZZA 2QU2A 4Y5LA 5P1HA 3WB4A 3PSYA 4NPTA 5P73A 5P6FA 4OBJA 2OHMA 3PCZA 2WF2A 5P01A 3ZMGA 1HPXA 5P0MA 3ZKNA 4LXMA 3VEUA 5P84A 3ZPUA 2Q5KA 2JJIA 3BVBA 2Q54A 1BVGA 5P10A 3VV8A 1ZP8A 2UXZA 3NLSA 5HCOA 1Z8CA 2FLEA 2WEBA 5OYQA 2WEDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HDZ A;  3Q70 A;  1QS8 A;  3LIV A;  5P2E A;  3JVY A;  3IGB A;  3PHV A;  4I12 A;  2QU3 A;  1GNO A;  4H3J A;  4Y3Q A;  5P8C A;  4DQG A;  4Y3S A;  3MWS A;  4B70 A;  3O9L A;  5P28 A;  3LZY A;  1M43 A;  2WF3 A;  4I11 A;  4DI2 A;  2Q15 A;  1T6G A;  3WZ8 A;  3UDH A;  3O9D A;  3O9C A;  4K8S A;  3NDW A;  3QP0 A;  2G26 A;  5P6W A;  4H3G A;  3K4V A;  3EKT A;  4ZE6 A;  5P8L A;  2ZJI A;  5P5F A;  3ECG A;  1HEF E;  2FXE A;  1HII A;  2IKU A;  1ZTZ A;  2PH6 A;  2VIJ A;  5P50 A;  5P6G A;  4DJU A;  2QP8 A;  3L58 A;  2F80 A;  5OZU A;  4I0F A;  4AA9 A;  3BUH A;  3G70 A;  5P1T A;  4ACU A;  3OU4 B;  4J1K A;  3UQW A;  4Y3Y A;  5P57 A;  2ZJJ A;  4Y4Z A;  5P64 A;  2VJ9 A;  3KFP A;  4Y35 A;  2AVS A;  4Y5E A;  1SP5 A;  3OOT A;  3ZOV A;  3VF3 A;  4B05 A;  2ER9 E;  5EZX A;  5OZJ A;  1HWR A;  5OYU A;  1ZPA A;  5P39 A;  5P48 A;  3S7M A;  2WKZ A;  5ISJ A;  1PRO A;  1APT E;  4I8W A;  3OUD B;  3OTS A;  1KJH A;  4EP3 A;  3OHF A;  1GVW A;  5OZP A;  5P1Z A;  5P1G A;  5P3Q A;  5P15 A;  5OZ5 A;  2G1Y A;  4BFD A;  3BUG A;  1MET A;  2QAK A;  5P4R A;  4Y3M A;  4CPS A;  4J0Z A;  4KE0 A;  4CMS A;  2XYF A;  2P3B A;  4CKU A;  1AID A;  2AQU A;  5AHC A;  2WHH A;  1BWB A;  3KYR A;  5KQX A;  1LYW B;  5OZW A;  4APR E;  3N4L A;  4LHH A;  5P7S A;  2I4V A;  1EBZ A;  3GI6 A;  2ER7 E;  3UF3 A;  2FNT A;  5KQF A;  4Y3A A;  4RRS A;  1PSA A;  1PPK E;  3IAW A;  5P6C A;  3L5D A;  3O9A A;  5P31 A;  2RMP A;  5P6X A;  5P70 A;  5BWY A;  5P0T A;  5ENK A;  4Y5C A;  3LPI A;  3I25 A;  3VLA A;  5P2D A;  1FQ6 A;  5P0Y A;  2O4S A;  5P6D A;  3EMY A;  5P2F A;  1G0V A;  2Q63 A;  5P3A A;  2ZHV A;  1NPV A;  2OHP A;  2IS0 A;  2Q64 A;  3O9I A;  5P23 A;  4F73 A;  3APP A;  3CID A;  5P18 A;  4CPT A;  1LYA B;  2BQV A;  5P3J A;  1LF4 A;  3ZPT A;  1IIQ A;  3GGX A;  1E80 E;  2NR6 A;  4Y4D A;  5P1I A;  3VG1 A;  1QRP E;  2ZHU A;  3RTN A;  5P7M A;  2G94 A;  4YD5 A;  2FDP A;  3VFA A;  4Y4E A;  5P08 A;  5P6Q A;  2WF0 A;  5P5O A;  3Q5H A;  2FDD A;  2OHL A;  4YD4 A;  2QI3 A;  1W6I A;  2V13 A;  4LAP A;  1ZPK A;  4DJQ A;  4ZPE A;  5P0I A;  3A2O A;  3SO9 A;  1MPP A;  3I2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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