4R8YA

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((r)-1-(2-cyclopentylacetyl)pyrrolidin-3-yl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 107
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r8yA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r8yA02
3CIBA 2FIVA 4IVSA 1T7JA 2B8LA 2PSGA 4RZ1A 2NTRA 3QPJA 1AJXA 5KR1A 2PYMA 5P4CA 1EAGA 5P63A 4Y36A 4Y3WA 2ASIA 3ZKXA 3LZVA 3KFRA 4QLHA 5DR1A 3Q4BA 5OYYA 4YCKA 2QNNA 3ZPSA 2QK5A 5JFUA 5HDXA 2F3EA 4ZSQA 5P3TA 3MSKA 4B1DA 3UDPA 2IENA 3AIDA 4I0DA 4OBZB 2WJOA 1BV7A 5P28A 3OXXA 4Y3HA 5P2BA 4YD3A 3R2FA 2OHRA 2NNPA 3OQKA 2AZ9A 1E81E 1EBKC 2O4KA 5ER2E 4CPQA 1LF4A 3PEPA 5P7LA 3SAAA 4ZSMA 5P3VA 5P3SA 4FGXA 1IBQA 2P3DA 3L5BA 3F9QA 4M8XA 4Y4ZA 4B1CA 4N00A 3DV1A 3O9IA 2AODA 2QZXA 3SA5A 1FB7A 3PRSA 2I4DA 5P0DA 2VIZA 1FG6C 4Y3EA 5PEPA 5AH9A 5P0ZA 1MUIA 3UDHA 2G1NA 3INHA 2BPWA 4LXAA 3NWXA 3OAGA 4Y45A 5P6LA 3RU1A 1DPJA 4OC6B 1MT9A 5P07A 3OUAA 4NJTA 4DQHA 4Q1NA 1W5VA 3EM6A 1CPIA 4B05A 2PSVA 3INDA 2IDWA 3Q5HA 5P3QA 1FG8C 8HVPA 2B8VA 4NJUA 4L7GA 1M4HA 1HTGA 5P3FA 3SM1A 4GYEA 2A1EA 3IXJA 2OHNA 4NKKA 3T7QA 4OBHA 1GKTA 2P83A 1ZAPA 2ZJLA 5P0EA 1META 1ODXA 3L38A 3LHGA 5P2IA 4OBGA 3QAAA 4DJOA 4QGIA 4Y3ZA 2QI7A 5P4XA 4A6BA 1W6IA 5P2RA 3IVIA 1FQ8A 3BUGA 2RKGA 5P6QA 3OQDA 2IEOA 5P8CA 4LC7A 1MESA 2V16C 1BDRA 4KB9A 4YD6A 1TSQA 2AVOA 5P5PA 5P3DA 1KJFA 5DR8A 3BXSA 4FM6A 5P5IA 4CPRA 5P24A 2JE4A 4Q1XA 2WHHA 3QIHA 1QBRA 3CYXA 4HDBA 1WBMA 2ZJKA 2J9KA 5P1JA 3UCBA 1BIMA 5P6FA 5OZNA 3OY4A 3PLLA 3UDKA 5P7MA 3EKVA 5P5QA 3L3AA 5OYVA 3OGPA 3VF3A 1MT7A 2BKTA 3EKXA 4Y5LA 3IVHA 4FRSA 1AZ5A 4OBJA 2Q55A 4I0HA 4H3FA 4R8YA 5P4TA 2IGYA 5IVRA 4Y4EA 4LHHA 1QBUA 5P1HA 4A4QA 3TOHA 4B00A 4GJ9A 3TKWA 5I3WA 1W6HA 4ZLSA 3NDUA 1A9MA 4DQEA 2VIYA 4Y54A 3SA3A 2AQUA 4PZXA 2R3WA 3S85A 3PWRA 4ER4E 3PLDA 3A2OA 3NU5A 3WZ7A 1Q9PA 3SABA 4IVTA 4EXHA 1B6JA 3UHLA 3SA4A 4J0TA 3UDYA 5OZFA 3FNSA 5P44A 2HS2A 1MSNA 5TOLA 9HVPA 2F80A 4ZPEA 4RGHA 5OZMA 5P0AA 5P4YA 5P0IA 5P4PA 2CEMA 3VLBA 1D4YA 5P5AA 5IE1A 3ZKGA 3LPKA 4TRWA 3WZ6A 2AVVA 1MRWA 3BHEA 4D83A 3VCMA 2HS1A 3RTHA 4AMTA 5P01A 3H5BA 3OTYA 5COKA 2SAMA 1MT8A 5P35A 3OADB 5OZYA 2ER7E 1ODWA 5P36A 1ZTZA 1ZSFA 1YX9A 2ZJIA 3OU4A 4TVHA 3KF0A 1MTBA 5AH6A 5P83A 3EC0A 1ZBGA 4Y3RA 1HSIA 3IAWA 4Y3MA 3JVYA 1BILA 3LIQA 5P68A 5P7OA 3SFCA 4EJKA 3HVGA 3T11A 3DCRA 5P04A 5P00A 3SACA 2BJUA 3CIDA 4L7JA 4GJ6A 5P1RA 3JW2A 4BEKA 2V10C 3G72A 2AOGA 5P75A 2I4QA 3VUCA 2VA5A 2ZJJA 3EL1A 2FLEA 5P14A 1MSMA 4DV9A 4HDPA 1D4JA 5I3VA 2BPXA 3O9HA 5P02A 1W5YA 5P1VA 1EBWA 3OUBA 5P0NA 3L5FA 5P0WA 4H3IA 1IDAA 3IA9A 1NSOA 3GI0A 5P20A 5P87A 5P1PA 3U71A 1G0VA 3D20A 4ZSPA 3WB5A 5P66A 1MIQA 5P0CA 5HU1A 5ISJA 1YTGA 3MSJA 1APUE 2I0AA 5P7BA 4RROA 2G27A 4DQGA 1EPPE 2WF2A 4PYVA 5P0GA 1SDTA 3OU4B 5P2FA 1HVSA 1QDMA 4FSEA 5OZPA 2OHKA 3LZYA 3N3IA 3ZKSA 3HLOA 4PHVA 3IXKA 1HHPA 3UQRA 5OZ4A 2VJ9A 1ZPKA 5P2OA 4Y9WA 4D85A 4Y4BA 5EZZA 5P1TA 3VG1A 3UFNA 1FQ4A 1HVCA 4FRJA 5P1DA 5P0MA 5OYRA 4Y5PA 4QJ9A 5P7YA 3HBOA 2R5PA 3ZKNA 2PH8A 4FL8A 3OTSA 2ZJHA 5P0VA 2P3BB 5P3LA 1DW6C 4I0EA 5DQ4A 5P73A 5P1OA 5P7QA 4LAPA 4QJ7A 3NUJA 5P5JA 1J71A 3L5EA 3SA8A 4GIDA 3LPJA 1HSGA 3FNUA 5P6PA 5P4MA 1SDUA 2Z4OA 4DPFA 3UTLA 3S7MA 5P5OA 1HXBA 3RVIA 4GMIA 1TCWA 1HPXA 5P5EA 3NDWA 5P58A 5P1XA 1DAZC 4YOAA 5DPZA 4FE6A 5I70A 5P8PA 2OHPA 2NMZA 4Y5KA 3N4LA 5HCOA 3KN0A 1HVRA 3NU9A 5AHAA 2IKOA 5E5JA 3PBZA 5P5XA 1XL2A 3RTMA 1AIDA 2HB3A 5AHBA 5P64A 5P6TA 5P0RA 4YOBA 4Z50A 4YE3A 3D1ZA 3KM4A 5P06A 1HPOA 1DP5A 1W50A 4J1FA 2QMFA 4ZSRA 3TPLA 2FGVA 3NSHA 1FIVA 3EL0A 5F00A 5P4KA 3G6ZA 4R95A 4Y50A 4I0JA 3NU4A 5OYSA 3FV3A 5P0FA 1LYWA 5P3HA 3SO9A 3C9XA 2AZ8A 5P7NA 3QI1A 3OGQA 4EQ0A 5P5KA 4CP7A 2H6SA 5OZ7A 2FXEA 3EKTA 2O40A 2OHQA 4GJBA 3IN4A 5P3UA 3UDNA 4YD5A 5P6NA 4J0VA 5COPA 1TQFA 3URLA 1XDHA 3UQXA 4J0ZA 3GI6A 4EPJA 1GVXA 2Q54A 3EKYA 1BDLA 5P8BA 1IZHA 5KQXA 3HZCA 3VSWA 2NPHA 4HLAA 3Q6YA 5P0HA 5P6YA 4J55A 3CKRA 1EC0A 2ER0E 5P42A 3I25A 1BVEA 5OZRA 4HEGA 4A6CA 5P5LA 1OHRA 5KQYA 2F81A 3RSVA 5P0UA 2OAHA 5P3WA 5P8OA 1EC2A 5P2MA 4Y3XA 1D4SA 5P10A 5P4GA 1HBVA 5P1UA 4Y56A 5P67A 3SKFA 5P7XA 4U7QA 2F3FA 3GI5A 4FRIA 2QD6A 2QHCA 2WEAA 2WEDA 1UH8A 3KA2A 3DUYA 4Y3NA 2Q15A 4NPTA 3ZPUA 2APRA 2Q5KA 2V00A 3FNTA 5P0BA 3URIA 4Y58A 1ZJ7A 3EBZA 2WF4A 4CPUA 2B60A 2CEJA 3SM2A 1HVIA 1PPLE 3NR6A 2P3CA 2Q11A 5P71A 5P2XA 1KZKA 5P81A 3WB4A 2ZE1A 2I4UA 2VS2A 1G2KA 5OZBA 2PSUA 5P1BA 3NDTA 4Y47A 4RCFA 5P0QA 1BVGA 2Q63A 3PCZA 3GGVA 3OUDA 5JG1A 2JYSA 2QAKA 3INFA 4Y5GA 2AOCA 1QRPE 1FFIC 5P5SA 1D4LA 3TH9A 1HIIA 2G1SA 4J54A 5OZ9A 3KT5A 3ECGA 2PK5A 4Y5BA 3T7PA 4FAEA 1D4HA 2NXDA 1YT9A 5P88A 3O9FA 4ZIPA 1EPQE 2QI1A 2O4SA 3S54A 2MIPA 1BXOA 4Y4WA 5P2YA 4COEA 5P29A 5P1ZA 3I2LA 1EPNE 3DJKA 2HC0A 5C9DA 5OZ1A 4R91A 1UH9A 4Y57A 5P55A 1MPPA 3OHHA 2OHUA 5P6KA 2ZDZA 5P76A 5P16A 2QI3A 5P45A 4RRNA 3B7VA 2UPJA 4DPIA 2PWCA 5P4NA 3BVBA 2IRZA 1B6LA 1LS5A 5BRYA 5P27A 3RSXA 1SIVA 5IS4A 5ER1E 3AUPA 3K4VC 1EEDP 2VA6A 3PI5A 1K2BA 5P7GA 4DJQA 4Y3DA 4L7HA 2BPZA 1MTRA 4HVPA 3D1XA 1BBSA 5DR3A 2QCIA 5P5YA 4E43A 5P4QA 5P41A 5P8GA 3VF5A 2PQZA 1FQ7A 5CLMA 3DK1A 3ZKIA 6FIVA 3PGIA 4Y3GA 5C9BA 1APWE 3LZUA 4PPHA 2OHSA 3LITA 5OZVA 2ZJMA 3NWQA 3TPJA 7UPJA 4FCOA 4K4RA 5HDZA 4B78A 3CKTA 2QZLA 1QBSA 5P7UA 3MSLA 4ZEAA 1YTIA 4DJWA 5P1WA 4GJCA 5JFPA 5P77A 1YTHA 3MXEA 3VV6A 4Y4AA 3TPPA 1XS7D 1YTJA 3CMSA 5DGUA 1HTEA 4UPJA 1GVUA 5P7EA 3KMYA 1G35A 1GNMA 3UDQA 3VV8A 4B72A 3S53A 4I8ZA 1FMUA 3S8IA 2ZHVA 3OAGB 5P5MA 6UPJA 4EHCA 2B7ZA 5P3AA 5P8DA 3S2OA 4RVJA 4U8WA 3HAWA 3GGXA 3R0YA 1A30A 3ZL7A 3LIVA 5P08A 4DQCA 1GVTA 3U7SA 5P0OA 4Y35A 5DQ5A 1RV7A 3OU1A 3ZMGA 5P61A 5P56A 5P4EA 3PCWA 3BGCA 2O4NA 3PSUA 1C70A 5P46A 1E5OE 3UQPA 2WF1A 3EKWA 2ER9E 1A8GA 2VA7A 1YG9A 3UQWA 4DJVA 5P2LA 4I1CA 2R5QA 5APRE 4Y5MA 2H6TA 4Q1WA 1DMPA 4RVXA 4R92A 3LPIA 4I10A 3KYRA 5P4DA 5P43A 4Y51A 4GJDA 3KDBA 5HTZA 4J17A 5P4IA 2FNTA 1FKNA 4J1KA 3VFAA 3SA9A 4Z4XA 3LIZA 4CPSA 3UDRA 4YDFA 5P3OA 5P4FA 5P0KA 2IGXA 2AVMA 3ER3E 5P5CA 1EPOE 4GZFA 1IZEA 4QJ6A 5KOQA 2QI4A 5OZEA 3D3TA 3I6OA 2V12C 1FFFC 5P6UA 3TOGA 2R38A 3O9DA 5P34A 2AZCA 1FQXA 3IN3A 1BWBA 5OZLA 3KDCA 3HAUA 3DM6A 4B77A 5OZAA 4Y3QA 5P6ZA 2ZJNA 5I3XA 4DJUA 1AM5A 2FXDA 2VIJA 4F74A 2ZHTA 2UY0A 2OHTA 1FMBA 3L58A 2WF3A 5KQFA 2PMAA 1SGUA 5P4VA 1XL5A 3HVPA 1T7IA 1TW7A 5P3NA 1ENTE 5P6IA 5P4ZA 4MC6A 1HVKA 5P8SA 3K4VA 4QJ8A 5P5RA 5P60A 3ZLQA 2QHYA 1HPVA 2AZBA 3KFNA 4EJLA 1T6GA 2G26A 4CKUA 5P8KA 2ER6E 4U7VA 3IXOA 3OQAA 2QP8A 5P8IA 4L1AA 2NMYA 1HTFA 4Y3PA 3UF3A 4FIVA 5P7AA 3TKGA 5OZ2A 3PHVA 5P4LA 4NJVA 5P7IA 3L5CA 5P3ZA 4TRYA 5P7DA 4Y53A 3QVCA 1EBZA 1IZIA 4Y5NA 5P2QA 2I1AA 5AH8A 2G1OA 5P2SA 5HD0A 5P8HA 2OHMA 2HB2A 3SPKA 5P03A 5KAOA 5P57A 3PI0A 1QBTA 1G6LA 5KQZA 3QP0A 3BC4A 3O9GA 5P33A 3SQFA 3WZ8A 1PPME 4Y3LA 2J9JA 2QI6A 2HIZA 1F34A 5P2AA 2VNNA 2G21A 3TLHA 4AA9A 5P8UA 3O9LA 1AAQA 4D8CA 2PWRA 3S43A 5P37A 5P4SA 4AUCA 2XFKA 4EYRA 5OZGA 5P2GA 5EZXA 5F01A 3NU6A 2F8GA 2QZWA 4YA8A 4DFGA 4JECA 1T3RA 2FNSA 3QN8A 5P47A 1E82E 1SBGA 1Z1RA 2QD7A 5OZSA 1XE6A 3TOFA 2P4JA 5J25A 5HE7A 3MXDA 1ZPAA 3INEA 1OD1A 4LXKA 4ZE6A 5KR0A 5OZ0A 3QROA 3ER5E 1GVVA 2FGUA 4APEA 4WTUA 4WY6A 1W51A 2AOEA 4Q5MA 3UPJA 1DIFA 1FLHA 2JXRA 1K6CA 1HSHA 3G70A 5P6EA 1LF2A 4DQFA 1HTRB 4I8WA 4Q1YA 2WEBA 5P85A 5P7JA 2BQVA 3LINA 5P5FA 3VSXA 5P3PA 2HB4A 5P6WA 4AZYA 5CONA 2JJIA 5P3RA 5P1AA 4F75A 2IL2A 3K5GA 5SY2A 4OBDA 5OZ5A 4I0FA 2FDEA 3H0BA 1Z8CA 3FIVA 1IVQA 1LYAA 2R3TA 5P2WA 4APRE 1B5FA 3NUOA 1NPVA 4RVIA 1VIKA 1HEGE 1LYBA 2AIDA 4CPTA 3HDKA 5P1GA 3RTNA 4GB2A 5P5DA 5P2KA 3O9CA 5OZQA 1NPWA 2V13A 5AGZA 1F7AA 1PROA 1PPKE 4HE9A 2XFJA 1M43A 4Y3FA 4M8YA 1EBYA 5P2ZA 3SLZA 2PK6A 5P6VA 3T3CA 2Q3KA 4FM7A 3QS1A 5SZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CIB A;  2FIV A;  4IVS A;  1T7J A;  2B8L A;  2PSG A;  4RZ1 A;  2NTR A;  3QPJ A;  1AJX A;  5KR1 A;  2PYM A;  5P4C A;  1EAG A;  5P63 A;  4Y36 A;  4Y3W A;  2ASI A;  3ZKX A;  3LZV A;  3KFR A;  4QLH A;  5DR1 A;  3Q4B A;  5OYY A;  4YCK A;  2QNN A;  3ZPS A;  2QK5 A;  5JFU A;  5HDX A;  2F3E A;  4ZSQ A;  5P3T A;  3MSK A;  4B1D A;  3UDP A;  2IEN A;  3AID A;  4I0D A;  4OBZ B;  2WJO A;  1BV7 A;  5P28 A;  3OXX A;  4Y3H A;  5P2B A;  4YD3 A;  3R2F A;  2OHR A;  2NNP A;  3OQK A;  2AZ9 A;  1E81 E;  1EBK C;  2O4K A;  5ER2 E;  4CPQ A;  1LF4 A;  3PEP A;  5P7L A;  3SAA A;  4ZSM A;  5P3V A;  5P3S A;  4FGX A;  1IBQ A;  2P3D A;  3L5B A;  3F9Q A;  4M8X A;  4Y4Z A;  4B1C A;  4N00 A;  3DV1 A;  3O9I A;  2AOD A;  2QZX A;  3SA5 A;  1FB7 A;  3PRS A;  2I4D A;  5P0D A;  2VIZ A;  1FG6 C;  4Y3E A;  5PEP A;  5AH9 A;  5P0Z A;  1MUI A;  3UDH A;  2G1N A;  3INH A;  2BPW A;  4LXA A;  3NWX A;  3OAG A;  4Y45 A;  5P6L A;  3RU1 A;  1DPJ A;  4OC6 B;  1MT9 A;  5P07 A;  3OUA A;  4NJT A;  4DQH A;  4Q1N A;  1W5V A;  3EM6 A;  1CPI A;  4B05 A;  2PSV A;  3IND A;  2IDW A;  3Q5H A;  5P3Q A;  1FG8 C;  8HVP A;  2B8V A;  4NJU A;  4L7G A;  1M4H A;  1HTG A;  5P3F A;  3SM1 A;  4GYE A;  2A1E A;  3IXJ A;  2OHN A;  4NKK A;  3T7Q A;  4OBH A;  1GKT A;  2P83 A;  1ZAP A;  2ZJL A;  5P0E A;  1MET A;  1ODX A;  3L38 A;  3LHG A;  5P2I A;  4OBG A;  3QAA A;  4DJO A;  4QGI A;  4Y3Z A;  2QI7 A;  5P4X A;  4A6B A;  1W6I A;  5P2R A;  3IVI A;  1FQ8 A;  3BUG A;  2RKG A;  5P6Q A;  3OQD A;  2IEO A;  5P8C A;  4LC7 A;  1MES A;  2V16 C;  1BDR A;  4KB9 A;  4YD6 A;  1TSQ A;  2AVO A;  5P5P A;  5P3D A;  1KJF A;  5DR8 A;  3BXS A;  4FM6 A;  5P5I A;  4CPR A;  5P24 A;  2JE4 A;  4Q1X A;  2WHH A;  3QIH A;  1QBR A;  3CYX A;  4HDB A;  1WBM A;  2ZJK A;  2J9K A;  5P1J A;  3UCB A;  1BIM A;  5P6F A;  5OZN A;  3OY4 A;  3PLL A;  3UDK A;  5P7M A;  3EKV A;  5P5Q A;  3L3A A;  5OYV A;  3OGP A;  3VF3 A;  1MT7 A;  2BKT A;  3EKX A;  4Y5L A;  3IVH A;  4FRS A;  1AZ5 A;  4OBJ A;  2Q55 A;  4I0H A;  4H3F A;  4R8Y A;  5P4T A;  2IGY A;  5IVR A;  4Y4E A;  4LHH A;  1QBU A;  5P1H A;  4A4Q A;  3TOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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