4R91A

Bace-1 in complex with (r)-4-(2-cyclohexylethyl)-4-(((1s,3r)-3-(cyclopentylamino)cyclohexyl)methyl)-1-methyl-5-oxoimidazolidin-2-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r91A02
4RRSA 2JE4A 1OEWA 2WF2A 1RPIA 4RRNA 3PWMA 5P6FA 1D4IA 1IZHA 3EKQA 5HDVA 1AM5A 5P29A 4FL8A 3HW1A 3PLDA 5P1CA 3LIQA 1D4SA 4Q1WA 4K8SA 4XXSA 2I0AA 5P2ZA 3WZ7A 3O9FA 5P4VA 1KZKA 4YCTA 2PYNA 5P4AA 5P2FA 5P8HA 4K4RA 5ISJA 5OZ0A 1E80E 3EL9A 3T11A 3HAWA 4H3IA 5P2OA 5P6ZA 5P78A 5KQZA 1HVHA 3ER5E 2FMBA 3INHA 3FNSA 5P18A 2BPYA 3O9LA 3Q3TA 2F3FA 2WEBA 5P83A 5HCTA 5P52A 1WBKA 5P82A 5P8SA 4GJAA 2XYFA 3KFNA 3CICA 2QCIA 2J9JB 5P3PA 1W6IA 1YX9A 3KFSA 4EXHA 4HEGA 3FX5A 3CIBA 3ZL7A 4JOOA 5P0SA 3GI6A 2VNMA 4Q1YA 5P50A 1NPWA 3WZ6A 3PSYA 3APPA 1CZIE 3OUDB 1QBTA 3GI4A 3O9AA 4FE6A 5P5OA 5P6MA 5OZTA 5P3OA 5P7PA 4IVTA 1HSHA 2R9BA 2OHKA 4DJUA 1BDRA 5P6RA 4ACUA 4Y5EA 4GJBA 5OZUA 3EBZA 5P8EA 3SA3A 1LF3A 5P6NA 1DIFA 5HDZA 1SMRA 2VA5A 2VJ6A 4DPIA 5P3ZA 1PFZA 5P0AA 5I3XA 1WKRA 2WF1A 4Y3FA 4I0ZA 1HTEA 1EEDP 4MC6A 4Y35A 5P0KA 1ZLFA 4OBZB 5P8AA 3QP0A 2RMPA 5P3YA 4AA8A 3QBFA 5P5ZA 5OZ8A 5P2EA 3JVWA 1XS7D 2VA6A 3EL1A 1B5FA 3CKTA 2B8LA 4OBDA 3PWRA 3UQPA 5P34A 1HPOA 2Q54A 5P70A 5KQXA 4RLDA 2V10C 2PH6A 1ZPKA 3WZ8A 5AH9A 4B1EA 4Y5NA 5P6LA 2B7FA 1K6TA 1HHPA 2OHTA 2Q15A 1FIVA 2HAHA 4MC1A 2AVQA 1W5YA 1HXWA 2OHLA 4Y5PA 4FRSA 1E5OE 3D1YA 3SA9A 5P4CA 2BPXA 2AZ9A 5P0IA 1YM4A 3WB4A 5F01A 5P1LA 5P7YA 3OOZA 5P1PA 5I3WA 2O4KA 4ZSRA 1ZPAA 2O40A 1EPPE 3UQXA 2G20A 5E5KA 5P6CA 5P23A 1HSGA 3O9CA 1HIHA 4ER1E 4R91A 4LXAA 1HVSA 4FAFA 1NH0A 5KR1A 3HDKA 3RSXA 3T7XA 4Y3LA 2ZYEA 7HVPA 2OHPA 4Y5BA 5P51A 2NR6A 4PEPA 1ZAPA 5P3GA 1QBUA 4L6BA 4YE3A 1A94A 4J17A 5P20A 3UDQA 3SM1A 5C9BA 2NMZA 3N3IA 3H0BA 1U8GA 3LPKA 4J0ZA 2JXRA 4Y54A 5DGWA 1XL2A 5P61A 4DI2A 1QBRA 1LYWB 4Y4UA 3LIZA 5P5TA 3PWWA 5P8KA 2OAHA 5P4KA 4EPJA 2R8NA 5P1IA 3SA4A 3R0YA 5P4LA 3DOXA 1MTRA 3PGIA 2BKSA 4DQHA 2BKTA 4YBIA 3BUGA 4DFGA 5P59A 5P7MA 5P5UA 5P4PA 3VF7A 5P8JA 1IBQA 4CKUA 3PBDA 2G22A 5P3LA 2WKZA 3SACA 5P2QA 2BJUA 5KQFA 2I4VA 3O9BA 3PCWA 4K9HA 3KMXA 3HZCA 3SM2A 5P4RA 3EKYA 5OZ4A 4R93A 2G1OA 4LAPA 5P2HA 5JFUA 5P85A 4FM6A 3S43A 4OBKA 4PHVA 5P6OA 2MIPA 4J1FA 2QP8A 1T6EX 3QVCA 5OZ1A 5OYVA 3VSXA 4Y53A 3BUFA 1EPNE 5P7HA 5OYYA 1IVPA 3PMYA 3DK1A 4Y5MA 2G24A 3K5DA 4JPEA 1AJVA 4GYEA 5P4MA 5P68A 1MT9A 4OBGA 1GNMA 1W6HA 2OHQA 4I0EA 2HB4A 2QZWA 3L5FA 1KJHA 1K6CA 3ZKIA 4F76A 2O4PA 1Z1HA 2WEZA 1MTBA 4FAEA 2V11C 4YCYA 2PC0A 3KFPA 4GIDA 5P0ZA 3QROA 1ZJ7A 3SPKA 5P10A 1FQXA 2IL2A 2VIJA 2R5PA 4L1AA 4OD9B 3SA6A 2Q5KA 5P7AA 1D4KA 3PI0A 3OADB 3O9GA 1HPVA 4I0HA 2AOFA 3OUCA 4Y4JA 5OYXA 4D85A 2I4XA 1G6LA 4Y44A 2WL0A 3GI0A 5P2KA 1SGUA 1FQ5A 4QJ2A 1BWBA 5P1JA 3EM4A 3TPLA 1LZQA 2CENA 4Y5AA 5P80A 4DJPA 2R3WA 3SA8A 2QI3A 2I4QA 3OHHA 1TSUA 2VIEA 1F7AA 4GJ5A 4Y3SA 4I12A 5AH7A 5P0PA 2OHMA 2ZDZA 4Y38A 5P0JA 4J1HA 3OOTA 5OYWA 4GJ6A 4LBTA 2QNPA 5JFPA 4HZTA 1PPME 3K4VC 4DQEA 4HLAA 2ZE1A 4PZWA 4DVFA 5OZRA 4DJXA 1D4LA 4YOBA 3SA7A 5P3HA 5P4EA 4BELA 4Y47A 2QU2A 3T7PA 2IS0A 4YHQA 3URJA 4K4PA 5P8PA 2QZKA 3DM6A 4WY6A 5OZGA 5P74A 2QMDA 4D88A 2FDEA 4U7VA 1APUE 3BRAA 1HEFE 5P5NA 5P32A 4GZFA 2WJOA 3FIVA 5P0XA 2F80A 3OU3A 2RKFA 1UPJA 2P3DA 3TPRA 3NDTA 1SBGA 4J54A 4CPWA 4Q1XA 5UPJA 1TSQA 2VS2A 4CP7A 3BXSA 1MEUA 3CKPA 4ZSPA 4Y6MA 1HPXA 1MIQA 3S2OA 3FV3A 4Y4EA 3S54A 1FFIC 3G72A 3LINA 2NXDA 4J0TA 5P5PA 2AVMA 1HXBA 5OYTA 3A2OA 4LXKA 4J5JA 1N49A 3LZUA 4XX3A 5P7DA 3TOGA 1BAIA 3OGPA 3KFRA 2VIYA 5P58A 4J1KA 4CPQA 5BRYA 1XL5A 2BPWA 3CIDA 5P09A 4YD3A 5P5EA 4Y3PA 5DQ2A 5P77A 1HVRA 5OYZA 4EP3A 4DJVA 1GVUA 1YT9A 1MT7A 4FLGA 1MRWA 1BXOA 4MC9A 4Y4BA 2HB3A 5P2NA 5OZAA 2FNSA 1MESA 4YDGA 5P4DA 3KN0A 4DQFA 5P5DA 3Q4BA 3SKGA 4CPTA 3QS1A 3IXJA 2IGXA 3FSMA 1FMBA 3L3AA 4ZPEA 3OUBA 5P5HA 1E82E 5P0MA 1QBSA 2WEAA 4J55A 1FQ7A 3UQRA 5COOA 1T7IA 4I0GA 1EAGA 2NMYA 1TZSA 3OK9A 3IA9A 3U71A 4H1EA 3H5BA 2PSUA 2QI4A 3MXDA 3EM6A 3VYFA 1HVCA 3OXXA 1QRPE 4B70A 4ZLSA 2NXLA 2HC0A 2A4FA 3GGXA 1GNOA 5P3XA 2Q55A 3QN8A 5P2GA 5P0VA 5P2LA 3INFA 1K2CA 5P36A 2ZHRA 2P3BB 5AGZA 4FGXA 1SDTA 5P01A 5P0RA 4YD4A 3O9LB 5OZVA 5P2YA 3KM4A 4HDBA 4Y3GA 2IENA 1YM2A 3ER3E 4N00A 3G70A 3EXOA 2R3TA 2PK6A 2FDPA 3PEPA 3DCKA 4CPUA 3SLZA 3NUJA 1AAQA 5B18A 2UPJA 2P3CA 4I0FA 3OAGB 3HBOA 1MRXA 4EJDA 1EBKC 1XE5A 5P4FA 3AIDA 5P55A 5P64A 2G1RA 2FNTA 1LS5A 1HBVA 5P7VA 4Y3EA 6APRE 3LZVA 5P0HA 5P4ZA 2PK5A 1BV7A 1YTGA 1APVE 1GKTA 4CPRA 2F8GA 5P1EA 5TOLA 1HVJA 3QI1A 1MSNA 5P84A 5P66A 2V00A 3OTYA 1YTJA 1G0VA 5P24A 2P3BA 4EJLA 3PJ6A 3JW2A 5KR0A 5P2XA 3I8WA 3SKFA 4Y3AA 2FXDA 5P1OA 1K2BA 1W51A 5OZLA 3PSGA 3OQ7A 2IQGA 3S7MA 3VLAA 3L5CA 2QHYA 2QI1A 4K4QA 3SO9A 3OAGA 3CYXA 5P7JA 3UDKA 5P4GA 3KF0A 5AHCA 2VIZA 2AOGA 2ANLA 5P3IA 1EBZA 2Q3KA 4YD6A 3EL4A 5P5AA 3KDCA 3LIVA 3Q5HA 4YCKA 3IAWA 3GI5A 1B5FB 5P4JA 1PSNA 1MVPA 1AZ5A 1JLDA 1ZP8A 5P3WA 2QI5A 2PQZA 3S8IA 5DR3A 4Y3HA 4FRIA 2RSPA 5APRE 5P30A 4GJ7A 3TLHA 3K1WA 2I1AA 4YOAA 2VJ7A 5P4BA 3ZKSA 3UQWA 5P0LA 2CEMA 4RYCA 3ZPSA 2AZCA 4B00A 4EYRA 1C6YA 3BVAA 5P4TA 4R8YA 4Y3DA 2ZHUA 5P7LA 4D8CA 3OHFA 3O9IA 4L7GA 4DH6A 5P1ZA 5P6VA 3TPJA 5P5CA 5DQ4A 4OBFA 3IVHA 5COKA 2P83A 5EZXA 3LHGA 2V0ZC 5DQ5A 2FDDA 3I7EA 2NXMA 3NU5A 3VCMA 3PI5A 4Y3NA 5KAOA 5P35A 1W5XA 4ZE6A 4YBFA 1XDHA 5P6IA 5SZ9A 4TRZA 4Y43A 5P7KA 5P05A 3T3CA 4OBHA 3OQDA 4PZXA 1AIDA 1OD1A 2ZHSA 3NUOA 4OC6B 5P43A 5P00A 1RV7A 3O9EA 3R2FA 5P89A 5P3TA 2QNQA 4XKXA 3OQAA 3IVIA 2PWRA 5P2RA 2IEOA 5P8QA 3KT5A 3KA2A 5P7SA 3S56A 4BEKA 5P6JA 3NDWA 4EJKA 3NXNA 1APTE 4H3JA 1D4JA 2H6TA 4HE9A 2ZJIA 5P3RA 5P8TA 5F00A 3UFLA 4Y5LA 4X2LA 2BBBA 1T3RA 5I3VA 4F73A 5P3VA 3JVYA 4QLHA 5P0BA 2QHZA 3PRSA 2ZJMA 5P26A 5P5IA 4AZYA 1HIIA 3C9XA 3VV6A 5P7UA 4OC6A 5E5JA 5HDUA 1SP5A 1XN3A 1UH9A 1HPSA 5P73A 5KR2A 4ZSMA 4Y3QA 5P6DA 3S43B 4B1DA 1LF4A 2ASIA 1SGZA 3QBHA 5P28A 3TOHA 3S85A 2ER7E 3LNKA 3NDUA 5P53A 3OXVA 5P31A 4GJ8A 3LPJA 3OUAA 3QVIA 4RYGA 1W5VA 1FLHA 4DQCA 4FSLA 5DR8A 1FQ4A 5DPZA 3R4BA 5JG1A 5P0EA 2QD8A 2FLEA 5OZFA 5OZPA 1GVTA 2BPZA 2PYMA 5P0CA 2ZJNA 1K1UA 1QS8A 1A8KA 4Z22A 5P2WA 1HVIA 4YA8A 1FF0C 3EC0A 3VF5A 4Y4ZA 5P3JA 2B7ZA 3PMUA 1D4YA 3VLBA 3LIYA 2F3KA 3R0WA 5ENKA 5P7ZA 2WF0A 5CONA 5P49A 1VIJA 5P44A 4L1AB 5OZJA 4APEA 5I70A 1RNEA 3I6OA 5P79A 1IZIA 3QPJA 3RSVA 2OF0A 2QZXA 4Y4WA 1M43A 4I0DA 1FQ6A 5P7NA 3PLLA 5P7GA 1FFFC 1T6GA 5OYRA 3I2LA 3NDXA 3K5CA 1RL8A 1BDQA 5P1MA 3IGBA 3ECGA 1HTRB 4BFDA 1B6KA 1T7JA 3DV5A 3MXEA 1YTHA 4DQBA 3U7SA 5P6SA 1EC0A 1W50A 1BWAA 4Y48A 5P3SA 2JJJA 2P4JA 4GJDA 3VG1A 3M9FA 5AHBA 5P62A 3KT2A 2IDWA 1TQFA 5P4YA 3LZYA 5P19A 1Z8CA 3OU4B 5OZIA 5P14A 5P48A 2V13A 5EZZA 4RCDA 1DW6C 4Y3MA 3SQFA 5P6TA 2HIZA 3OXWA 5OZDA 5P3AA 5P6BA 3AUPA 5P1NA 5P6HA 5P08A 2G1YA 5ER1E 2B8VA 4PYVA 4B1CA 2BQVA 2IKUA 4HDFA 1HVLA 1EPLE 5OZ7A 3CKRA 4QGIA 2QD6A 3IN4A 1GVXA 2UXZA 4FM8A 2QK5A 4E43A 4Y4AA 4NJSA 4R95A 1OHRA 1K1TA 1HIVA 2IRZA 4QJ8A 4ZIPA 4Y4DA 5P6EA 4DPFA 4WY1A 4Y5KA 2ZJJA 3UHLA 3I25A 1DPJA 1SDVA 5P60A 3EKXA 2AZBA 4I0JA 5P2UA 5HVPA 2IGYA 4TVHA 1J71A 1GNNA 3DV1A 2QZLA 3PM4A 1XE6A 2QI6A 4FIVA 3CYWA 5OZ5A 3OU4A 1FMUA 5IVSA 2A1EA 5P86A 1FKNA 4B77A 2FXEA 3RU1A 1FG6C 3ZPUA 9HVPA 2PMAA 1QDMA 5P2SA 4YD7A 1LYBA 2PWCA 3LITA 5P4SA 4Y5CA 5I3YA 2I0DA 5P45A 1LYAB 4EQJA 1MUIA 5P67A 2G26A 5P3BA 3QRVA 2WEDA 4J1EA 2I4WA 1APWE 2OHNA 1EBYA 4A6BA 5HD0A 4CPSA 4NJUA 5P3KA 3CMSA 3G6ZA 3LIXA 3PVKA 5KQYA 4I10A 2V12C 4Z50A 1ODYA 2AOHA 3VV8A 1AVFA 3ZLQA 3EL5A 3UDRA 4LL3A 2ZJKA 4Y3JA 2AZ8A 1C6XA 3NU3A 5P1SA 2O4NA 4FSEA 1LYAA 4EWOA 3DUYA 5OZZA 1IDBA 3EMYA 4Y9WA 4Y3TA 5P5JA 1RQ9A 3Q70A 4TRWA 2G1SA 1FMXA 2G1NA 5P3QA 4M8YA 5P38A 5P1XA 1MSMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RRS A;  2JE4 A;  1OEW A;  2WF2 A;  1RPI A;  4RRN A;  3PWM A;  5P6F A;  1D4I A;  1IZH A;  3EKQ A;  5HDV A;  1AM5 A;  5P29 A;  4FL8 A;  3HW1 A;  3PLD A;  5P1C A;  3LIQ A;  1D4S A;  4Q1W A;  4K8S A;  4XXS A;  2I0A A;  5P2Z A;  3WZ7 A;  3O9F A;  5P4V A;  1KZK A;  4YCT A;  2PYN A;  5P4A A;  5P2F A;  5P8H A;  4K4R A;  5ISJ A;  5OZ0 A;  1E80 E;  3EL9 A;  3T11 A;  3HAW A;  4H3I A;  5P2O A;  5P6Z A;  5P78 A;  5KQZ A;  1HVH A;  3ER5 E;  2FMB A;  3INH A;  3FNS A;  5P18 A;  2BPY A;  3O9L A;  3Q3T A;  2F3F A;  2WEB A;  5P83 A;  5HCT A;  5P52 A;  1WBK A;  5P82 A;  5P8S A;  4GJA A;  2XYF A;  3KFN A;  3CIC A;  2QCI A;  2J9J B;  5P3P A;  1W6I A;  1YX9 A;  3KFS A;  4EXH A;  4HEG A;  3FX5 A;  3CIB A;  3ZL7 A;  4JOO A;  5P0S A;  3GI6 A;  2VNM A;  4Q1Y A;  5P50 A;  1NPW A;  3WZ6 A;  3PSY A;  3APP A;  1CZI E;  3OUD B;  1QBT A;  3GI4 A;  3O9A A;  4FE6 A;  5P5O A;  5P6M A;  5OZT A;  5P3O A;  5P7P A;  4IVT A;  1HSH A;  2R9B A;  2OHK A;  4DJU A;  1BDR A;  5P6R A;  4ACU A;  4Y5E A;  4GJB A;  5OZU A;  3EBZ A;  5P8E A;  3SA3 A;  1LF3 A;  5P6N A;  1DIF A;  5HDZ A;  1SMR A;  2VA5 A;  2VJ6 A;  4DPI A;  5P3Z A;  1PFZ A;  5P0A A;  5I3X A;  1WKR A;  2WF1 A;  4Y3F A;  4I0Z A;  1HTE A;  1EED P;  4MC6 A;  4Y35 A;  5P0K A;  1ZLF A;  4OBZ B;  5P8A A;  3QP0 A;  2RMP A;  5P3Y A;  4AA8 A;  3QBF A;  5P5Z A;  5OZ8 A;  5P2E A;  3JVW A;  1XS7 D;  2VA6 A;  3EL1 A;  1B5F A;  3CKT A;  2B8L A;  4OBD A;  3PWR A;  3UQP A;  5P34 A;  1HPO A;  2Q54 A;  5P70 A;  5KQX A;  4RLD A;  2V10 C;  2PH6 A;  1ZPK A;  3WZ8 A;  5AH9 A;  4B1E A;  4Y5N A;  5P6L A;  2B7F A;  1K6T A;  1HHP A;  2OHT A;  2Q15 A;  1FIV A;  2HAH A;  4MC1 A;  2AVQ A;  1W5Y A;  1HXW A;  2OHL A;  4Y5P A;  4FRS A;  1E5O E;  3D1Y A;  3SA9 A;  5P4C A;  2BPX A;  2AZ9 A;  5P0I A;  1YM4 A;  3WB4 A;  5F01 A;  5P1L A;  5P7Y A;  3OOZ A;  5P1P A;  5I3W A;  2O4K A;  4ZSR A;  1ZPA A;  2O40 A;  1EPP E;  3UQX A;  2G20 A;  5E5K A;  5P6C A;  5P23 A;  1HSG A;  3O9C A;  1HIH A;  4ER1 E;  4R91 A;  4LXA A;  1HVS A;  4FAF A;  1NH0 A;  5KR1 A;  3HDK A;  3RSX A;  3T7X A;  4Y3L A;  2ZYE A;  7HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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