4R95A

Bace-1 in complex with 2-(((1r,3s)-3-(((r)-4-(2-cyclohexylethyl)-2-iminio-1-methyl-5-oxoimidazolidin-4-yl)methyl)cyclohexyl)amino)quinolin-1-ium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r95A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r95A02
4ZE6A 4Q1YA 1HTRB 2I4UA 2P4JA 1WBMA 5P8GA 3ZKMA 5P6OA 1B6KA 5TOLA 4Y5PA 2V10C 1ZPAA 4ZIPA 5P05A 4Q1NA 5OZUA 3CKPA 3EKQA 1BV7A 4GMIA 3VYEA 3NXEA 1CPIA 5P2LA 5P7JA 1EBWA 5P40A 2OF0A 5HE7A 4Z22A 4LXAA 5P27A 5P8QA 2P3BA 4NKKA 1KJGA 2O4KA 5P6DA 5P2KA 3O9AA 5P3MA 2EWYA 1BVEA 1ER8E 3NDUA 4CPXA 5KR0A 5P76A 1IVPA 1BBSA 4Y3TA 1K1UA 4I0HA 1BDRA 3MSKA 2QHZA 5JODA 4J0YA 5P50A 3OHFA 4Y4BA 2ZE1A 5P6PA 1T3RA 1SDUA 5P5FA 1W50A 4YD7A 4ZLSA 2VIEA 4WY1A 1AVFA 5OZKA 2PMAA 4Y5CA 4K4RA 5OZ0A 3S56A 4EQ0A 1FLHA 1A8KA 2PYNA 2XYFA 1FFFC 2R9BA 3INEA 5P4UA 8HVPA 2OHPA 5P55A 3OAGA 1NSOA 4Y36A 2PK6A 2CEMA 3QRMA 2FNSA 5P1AA 2PSGA 4QGIA 2PQZA 5P13A 5P51A 3FX5A 5P47A 2VA6A 5P00A 3O99A 2I0AA 5P8NA 2G26A 1HTFA 3UDKA 2BPVA 3VG1A 5P0TA 1GNOA 5P73A 5P43A 2VIYA 4A4QA 1BWAA 5P1MA 2Q3KA 4FRJA 5P5KA 3BUHA 3KMXA 5CLMA 1G6LA 4Y4UA 3SA7A 4D83A 5P5HA 3OUDA 5ER2E 3ECGA 3NXNA 3UQUA 4FAFA 4RYGA 4F73A 5P6YA 4EXHA 4YDFA 5AGZA 4YOAA 1MPPA 5OZ8A 1ZBGA 3PCWA 5P0OA 5P23A 3OK9A 3SLZA 3UQRA 3WSJA 3EM6A 4LAPA 7HVPA 3AIDA 5P66A 5SXNA 2PH6A 4YD5A 4Y5NA 3L59A 5P4DA 4LC7A 2WHHA 4R91A 5P5EA 5P4QA 3EBZA 3UFNA 5P61A 3B7VA 4I8ZA 1T6EX 5DR4A 5P1OA 3EKTA 1AM5A 1MTBA 1Z1HA 4DJWA 1HPXA 5P7FA 1A9MA 5P6NA 5P3UA 4TRYA 5HDVA 3HD8A 4U7VA 5OZ7A 5DQ4A 2ZDZA 3PSYA 3QN8A 2CEJA 1WKRA 4K8SA 4DFGA 5P6IA 2AZCA 3OUAA 5P81A 1FQ4A 3PMYA 1GKTA 3SFCA 3TLHA 1D4IA 4H3IA 4HDPA 2QAKA 1PSOE 4Y50A 1G35A 3NR6A 3BRAA 4K4PA 5P62A 1RQ9A 2H6TA 3ZKXA 4CPSA 5P1WA 5P4BA 5P0QA 1GNNA 2QD7A 4LXKA 5P8RA 1MEUA 3S45A 4OD9A 1FMUA 3O9CA 5P6CA 5OZIA 4RCDA 3G72A 5P1LA 3LPKA 3CIBA 1TQFA 1YM2A 2B7FA 1SIPA 5P3BA 1K2BA 2IKUA 4A6CA 1SGUA 3NWQA 1META 3QBFA 5P65A 5P2TA 4Y53A 5P7TA 5P5PA 5OZZA 4TVGA 4Y48A 4DJVA 4I0EA 5P24A 3PHVA 5P6LA 2QMGA 2ER7E 2JE4A 2O4SA 5P0SA 2OHLA 3KMYA 1EPPE 4QJ6A 1GNMA 3OQAA 3ZLQA 3I25A 5HE4A 4ZSPA 4Y44A 5OZPA 3OU4B 4R8YA 5HCOA 5P33A 1SDTA 3PRSA 5P5DA 3VV8A 3T7PA 4B72A 1K2CA 4GJ5A 4PZWA 4KUPA 5P5RA 5EZXA 3MXEA 3RTNA 3SABA 2V00A 4GB2A 5KR2A 4I12A 1YT9A 3OXCA 4YD4A 2IQGA 5P57A 1IZEA 2AOFA 4Y5EA 4RVXA 1B6LA 2F81A 1GVWA 2WECA 3SM2A 4Y4TA 2FNTA 2JJJA 2ASIA 3ER3E 1TSQA 2B8VA 1OEXA 4JPCA 3K1WA 1EPRE 5FIVA 3D20A 5P4AA 2Q63A 2WEDA 2QD8A 3SO9A 1XDHA 5OZAA 3JW2A 3IN3A 4B1EA 2F3EA 2QHCA 3NUJA 5P45A 5OZ5A 1HEFE 5P8DA 4YA8A 5P2ZA 3C9XA 3SAAA 2BBBA 5HDZA 2Z4OA 5P0HA 1IDAA 3ZKGA 4FSEA 3F9QA 4FRIA 5P0KA 2G20A 5P1UA 3LPJA 5P2OA 3UQXA 2QI6A 3HLOA 2WJOA 3SA6A 5P01A 4Y3LA 5P7ZA 3INDA 2OHKA 4L7HA 5P0NA 5P2GA 4J0TA 3JVWA 4NJTA 5P7RA 2HIZA 3INHA 3NLSA 3I8WA 4RGHA 4Y4EA 5P1JA 3S43B 2QMFA 4BFBA 2AOIA 3DV1A 4L1AB 4U7QA 5COPA 3OUBA 3S8IA 1DAZC 1D4SA 1QBTA 5P7SA 3TPLA 4Y3RA 2IRZA 3QI1A 2G1SA 5P4ZA 5P0ZA 2IDWA 1BDLA 6APRE 3CKRA 3VF3A 5PEPA 1C70A 1VIKA 2NXDA 5P26A 5P88A 3QIHA 5IVSA 4FS4A 3PB5A 3UDPA 3DOXA 1BVGA 5P2FA 3UDNA 4CP7A 2UY0A 5HU0A 3VFBA 3KN0A 1SBGA 5OYSA 3AUPA 3EM3A 2ANLA 3R2FA 3U71A 1EEDP 1CZIE 5P1BA 3TOFA 1G0VA 1IZHA 3PWRA 3RTHA 2P83A 1KJ4A 4APRE 5P1SA 2B7ZA 2NPHA 4OBDA 5P4FA 1M43A 5OZVA 4Y4GA 3NDWA 4OBJA 4FGXA 1D4KA 5DR0A 5P58A 5P8CA 5AHAA 4B70A 1HVKA 1A8GA 1BAIA 3DCKA 4YD6A 3PWWA 5P6AA 3Q3TA 2ZJNA 1TCWA 1K6PA 1EPOE 2ZHRA 5P0LA 3FNSA 4I0DA 1K6CA 1W5WA 2AVMA 3OADB 5P3KA 3OHHA 1HBVA 3S85A 4NPTA 4NPUA 5HDXA 2OHUA 3LZUA 2F80A 4RRSA 3OQDA 5P4RA 5P5NA 1OD1A 5AHCA 3SPKA 2O40A 4ZPFA 1B5FB 5OZXA 3UDQA 1ZJ7A 5AH9A 3SA8A 1SGZA 3O9FA 6FIVA 3EKXA 2AVSA 3Q4BA 5P8JA 1W6HA 4Z50A 4GJBA 1LYAB 1ZSRA 1EBKC 1XE6A 5P8MA 3Q5HA 3BC4A 4B77A 3OY4A 5P1FA 3KYRA 3OU4A 3UQWA 3KDDA 2XFJA 1APTE 3S7LA 3BUFA 5P7LA 2OHRA 2WF2A 5P3ZA 1LEEA 3KT5A 5P2SA 5P8VA 1VIJA 4Y3EA 2UPJA 3ZMGA 3HW1A 2OHNA 5P4TA 3VYDA 2V11C 3VLBA 3OXXA 1B6JA 3EMYA 5P0BA 5P3XA 3LZYA 2I4QA 1LV1A 5P8AA 3L58A 1YG9A 3GI0A 4Y4XA 3HZCA 3LITA 4H1EA 2RSPA 3TL9A 1C6XA 2Q5KA 4B00A 2G24A 3NDXA 3IN4A 5P0VA 5P67A 4AZYA 3QPJA 4I0JA 1IZIA 5P7VA 3NU3A 5OZSA 5OZTA 5I3VA 3EKVA 5P52A 3IVHA 4B0QA 1LYBB 1E5OE 5P5IA 1SMEA 4DJOA 5IVQA 4XX4A 4GYEA 4Y56A 4Q5MA 5OYWA 1XN3A 4J0VA 3ER5E 4HZTA 2HS1A 1W5XA 2BB9A 2IKOA 4D8CA 4JPEA 3KFRA 4N00A 4Y54A 2AODA 4QJ9A 1NPWA 4HDFA 5P6HA 5P3RA 3S43A 1KJFA 5KAOA 5OZEA 1FQXA 5P0RA 4L1AA 5P8PA 5OYVA 1AZ5A 1MVPA 1NPVA 1TSUA 1FQ6A 3KT2A 3VCMA 3SA9A 3LZSA 4S1GA 5ISJA 3CKTA 5DQ2A 3IA9A 4NJSA 4Y3AA 5P5MA 5SZ9A 1QBSA 4TRZA 5OZ6A 2QHYA 1LS5A 2VIZA 4B78A 4Y4WA 2WF1A 2FDPA 4Y3GA 5HE5A 2NXLA 1EBZA 3D1YA 1AJVA 1RPIA 5P38A 4GJ9A 4BELA 5P1CA 2Q15A 2P3CA 3NYGA 5P46A 5P4CA 5KQFA 4KB9A 2QI1A 4CPTA 1EC1A 5DR1A 3R0WA 2QZXA 2JJIA 2R8NA 1G2KA 2WEBA 4EJDA 5C9DA 2P8HA 2WF4A 4GZFA 3NU6A 2VJ7A 2R3WA 1HVIA 3S2OA 1HXWA 4H3JA 5P07A 3HAWA 5P79A 3VEUA 3NU5A 1GVXA 4Y6MA 1A94A 2HAHA 5P74A 4ER1E 1ZAPA 4DJXA 3LNKA 1IZDA 4DH6A 5P5ZA 1JLDA 5IVRA 3FKTA 3OADA 3QS1A 4BEKA 5UPJA 5P83A 3R0YA 3RSVA 2J9KA 2ZHSA 2B42A 4Y9WA 3OTYA 5OYXA 2ZHVA 2HC0A 5ISKA 3UFLA 3S54A 5OYUA 1FQ7A 1B5FA 5P22A 5P7YA 5P1GA 4GJCA 3OTSA 1F7AA 1MERA 2A1EA 3HBOA 2QNQA 2WKZA 2O4NA 4AMTA 1MT8A 1D4HA 1XS7D 2G1NA 4YHQA 3MWSA 4QJ2A 4NJUA 3VF7A 5P5JA 1LYAA 4J54A 4JECA 4YDGA 3K5GA 4Y38A 2ER6E 4CKUA 3EL9A 1E81E 3PVKA 2BPXA 1HPSA 3UHLA 1FEJC 4Y3WA 3APPA 5COOA 5P6RA 1W5VA 3UPJA 2AZ9A 1QRPE 5P06A 1HSIA 3SA5A 3CMSA 1MIQA 3HVPA 4ZEAA 4AA9A 1EC2A 2FGUA 2PWRA 4RVIA 3Q6YA 5P68A 1HTEA 4JP9A 1MSNA 2QU2A 2XFIA 2Q11A 2B60A 5P3CA 2OHQA 3EL4A 5DR8A 5P2YA 1BILA 4Y3XA 4FSLA 5P8HA 5OZBA 5P0PA 3EKYA 2FIVA 5KQYA 5P6QA 4FCOA 2WF3A 3LIVA 5JG1A 5P0DA 2J9JB 3MXDA 4FIVA 2BJUA 3D1XA 4YE3A 3O9LB 3PLLA 4DQCA 3G6ZA 2IL2A 2AVQA 2CENA 2G22A 3EM4A 3IGBA 5P77A 5P1RA 3ZL7A 5P4SA 1LYBA 3HAUA 3L5FA 3TPPA 5SY3A 1FB7A 5KQZA 4L7JA 3NUOA 1MRWA 2QZLA 3BVBA 2WEAA 5P03A 5OZWA 1F34A 4J17A 4QJ8A 5E5KA 4B05A 4DUSA 5HTZA 5HDUA 4WY6A 5P17A 4EJ8A 1IBQA 5P8UA 5P3OA 3OOTA 3S7MA 2VJ9A 5P3NA 1EC0A 4GJ8A 5P02A 1C6YA 3D3TA 1LF3A 1W51A 3PBZA 2ZJIA 5P6MA 1HOSA 5AH8A 4DPFA 5P0IA 4ZSRA 2G1RA 5P0YA 5P5VA 4YBFA 4RVJA 4EHCA 5KR8A 5P6ZA 4Y5KA 4RLDA 2HPEA 5P7MA 2V12C 4J1FA 1FFIC 2FDDA 5P2XA 4I10A 3TH9A 2P3DA 2AOJA 4FM6A 3ZKQA 4D85A 3QROA 2QI5A 3CIDA 4ZSQA 1QBUA 3QVCA 5P4HA 3DV5A 5P10A 5DQCA 4J1IA 4DQFA 5P32A 4FM7A 1AIDA 1TZSA 5P6TA 3ZKSA 4Y3NA 1RNEA 3SKGA 1HSGA 5P20A 4EYRA 5P44A 5BRYA 5APRE 2HS2A 2WF0A 5DQ5A 3SACA 1OHRA 1UH7A 3GW5A 4XXSA 5P0MA 5OZCA 4J1EA 3K5FA 2IS0A 5P25A 5ENKA 2V16C 5OZYA 2FLEA 2PK5A 3K5CA 3NWXA 4Q1WA 5P6VA 2AVVA 4F74A 4IVTA 5P4LA 2OHSA 5P3AA 2ER0E 4M8YA 5P4JA 3BVAA 4EP3A 4YBIA 4MC1A 3OXWA 3KDBA 4J55A 3EKWA 1HVJA 2HM1A 2R5PA 2PH8A 1FIVA 3PWMA 4OC6B 5P7WA 5P2HA 3DUYA 1FG6C 3CICA 3O9DA 5P37A 1SP5A 3EL5A 5ER1E 1TW7A 4GJDA 4Y3DA 1EAGA 1ME6A 2NTRA 1HIVA 3HDKA 1HTGA 2P3AA 1ODYA 5I3XA 1W6IA 2BPWA 4YCTA 5E5JA 4TVHA 4I1CA 1N49A 1HIIA 3A2OA 3OU1B 4LBTA 5P6JA 2NXMA 2V0ZC 3VYFA 3QAAA 4Y4AA 5J25A 5P5QA 5OZJA 1AXAA 3OQKA 4H3FA 4YCKA 1YTJA 4DJQA 5AHBA 1FF0C 4CPRA 3NDTA 3VSWA 1RV7A 5BS4A 4PYVA 3MSJA 1EPME 5P2RA 5P7DA 2I1AA 2G1YA 3PLDA 1PPKE 5P4WA 2IEOA 5P0AA 3L5BA 4ER2E 4HVPA 3L5CA 2FDEA 3ZKNA 5OYZA 3UDJA 5HVPA 3KA2A 4RROA 5P7QA 3KFNA 3FNUA 5P4MA 5P0FA 4EJKA 5P2UA 1M0BA 5P29A 1DP5A 4COEA 4Z2ZA 4B1DA 1FG8C 1FKNA 1HVSA 2PSUA 5P7NA 3ZPUA 3OGQA 4EWOA 3EL0A 3TKGA 5P5CA 4DJYA 3PMUA 2J9JA 1DIFA 3O9LA 4DI2A 5P08A 2WL0A 3IVIA 3SKFA 1SH9A 4Y4DA 4GIDA 5P14A 4FAEA 5P54A 5P4PA 2VA7A 3T6IA 2AOEA 2RKGA 1SDVA 1ZTZA 1MT7A 4BFDA 4Y57A 5P5LA 5BWYA 1UPJA 5P1PA 5OYTA 2QD6A 3T11A 1ENTE 4LXMA 1BWBA 5P30A 5P3YA 3LIQA 5P28A 3OU3A 4Y3ZA 4R5NA 2FS4A 4OBGA 1D4LA 3IAWA 3NU4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZE6 A;  4Q1Y A;  1HTR B;  2I4U A;  2P4J A;  1WBM A;  5P8G A;  3ZKM A;  5P6O A;  1B6K A;  5TOL A;  4Y5P A;  2V10 C;  1ZPA A;  4ZIP A;  5P05 A;  4Q1N A;  5OZU A;  3CKP A;  3EKQ A;  1BV7 A;  4GMI A;  3VYE A;  3NXE A;  1CPI A;  5P2L A;  5P7J A;  1EBW A;  5P40 A;  2OF0 A;  5HE7 A;  4Z22 A;  4LXA A;  5P27 A;  5P8Q A;  2P3B A;  4NKK A;  1KJG A;  2O4K A;  5P6D A;  5P2K A;  3O9A A;  5P3M A;  2EWY A;  1BVE A;  1ER8 E;  3NDU A;  4CPX A;  5KR0 A;  5P76 A;  1IVP A;  1BBS A;  4Y3T A;  1K1U A;  4I0H A;  1BDR A;  3MSK A;  2QHZ A;  5JOD A;  4J0Y A;  5P50 A;  3OHF A;  4Y4B A;  2ZE1 A;  5P6P A;  1T3R A;  1SDU A;  5P5F A;  1W50 A;  4YD7 A;  4ZLS A;  2VIE A;  4WY1 A;  1AVF A;  5OZK A;  2PMA A;  4Y5C A;  4K4R A;  5OZ0 A;  3S56 A;  4EQ0 A;  1FLH A;  1A8K A;  2PYN A;  2XYF A;  1FFF C;  2R9B A;  3INE A;  5P4U A;  8HVP A;  2OHP A;  5P55 A;  3OAG A;  1NSO A;  4Y36 A;  2PK6 A;  2CEM A;  3QRM A;  2FNS A;  5P1A A;  2PSG A;  4QGI A;  2PQZ A;  5P13 A;  5P51 A;  3FX5 A;  5P47 A;  2VA6 A;  5P00 A;  3O99 A;  2I0A A;  5P8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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