4RCDA

Crystal structure of bace1 in complex with a 2-aminooxazoline 4-azaxanthene inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
387
structure length
368
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhibitors of beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE1): Identification of (S)-7-(2-Fluoropyridin-3-yl)-3-((3-methyloxetan-3-yl)ethynyl)-5'H-spiro[chromeno[2,3-b]pyridine-5,4'-oxazol]-2'-amine (AMG-8718).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 368
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rcdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rcdA02
2I4VA 5F01A 4GJ9A 5OYWA 3VYFA 4ER2E 1YT9A 5HD0A 5P4WA 5P88A 3DV1A 5DGUA 5C9DA 5P8TA 5P07A 5P8CA 4BFDA 4CKUA 3TL9A 5C9FA 2R3TA 3APPA 4Y4GA 2ZDZA 1IIQA 1NSOA 4R95A 1HVKA 3JVYA 3BUHA 1G6LA 2XFJA 4Y4EA 5OYQA 4TRWA 5P3AA 3D3TA 1FG6C 3FNSA 4J0PA 5P0PA 5OZIA 2VJ7A 5ISKA 5DQCA 2B60A 4YCKA 5P5SA 5P4AA 2ZJJA 4H3JA 3OUDB 3QN8A 4Y4XA 5P2NA 5P38A 2R43A 5OZ2A 1NPWA 3CYXA 3OQKA 5ENKA 5P25A 3UDMA 1FG8C 5P85A 4YBFA 2OHUA 5OZCA 3ZOVA 5P1TA 1PPLE 4KB9A 3EM3A 4RVIA 1ZPKA 1HRNA 5P6AA 5UPJA 1LV1A 2QZXA 2IQGA 5J25A 2NXLA 5P3UA 4Q1WA 3PMYA 1HEGE 3SKGA 1BDRA 2G22A 5P40A 3BVAA 2AOGA 3EKTA 2R38A 4QJ7A 4EJ8A 1HSHA 3VFAA 5AH9A 2AODA 5P7TA 4LL3A 2QNNA 1OHRA 2V0ZC 2AOIA 2BPVA 1K2BA 5P6FA 5P5CA 2FXDA 2HAHA 5OYYA 1T7IA 1XE6A 2MIPA 2FS4A 5P29A 1QRPE 3S7MA 4HEGA 1HSIA 3VYDA 3B80A 4CPWA 4KE0A 1APUE 3VUCA 3UHLA 5P74A 2PYMA 3ER5E 4GIDA 1ODWA 5AH6A 1SGUA 1EPPE 3OUBA 4EJDA 1G2KA 2A4FA 4Y3QA 5P1BA 1META 4EJKA 4TVHA 2HM1A 3CIBA 5P52A 2P4JA 1ER8E 1QBRA 4DUSA 5P2TA 3MSLA 3ZKXA 3Q5HA 5EZXA 3LIXA 1XL5A 2VA6A 4Y3FA 3NLSA 1HSGA 1YTGA 1K2CA 5OZAA 2ASIA 4RYCA 1W5YA 3FNUA 1LS5A 3U6AA 3BXRA 4APRE 4D83A 4JOOA 5P5QA 1BXOA 1QBUA 4EXGA 3UDNA 1HTEA 5P24A 3EMYA 4YD4A 5P2IA 1ZSFA 2AZCA 3R4BA 4Y9WA 4YOAA 4D88A 5IE1A 2ZJKA 2ZHRA 2ZJIA 4J0YA 4WTUA 1HTGA 3NU5A 4B0QA 4J0ZA 3IA9A 5P60A 4B1EA 3PCWA 3OUCA 4B1DA 3UDRA 2FMBA 2Z4OA 4HDBA 4TRYA 1OEWA 3Q4BA 2AOJA 3OU4A 1ZSRA 3S53A 4RLDA 4Y5MA 4Y3YA 4LAPA 5OZDA 4J5JA 3ZPTA 4EQJA 1EC3A 5DR3A 2FIVA 2Q63A 5P0LA 5C9BA 4R92A 5P5ZA 4YA8A 3WZ6A 5P6DA 4DJVA 5P7PA 3PLDA 3LZYA 2BPZA 5JFPA 4GJBA 2V12C 5P6TA 3KFPA 4LXMA 1LYWB 2I0AA 3HAWA 3WB4A 5P3KA 4Y48A 3PVKA 1UH7A 1MT9A 4Y3AA 2ER6E 4OBDA 5CLMA 3JVWA 5OZNA 4RYGA 5P4JA 1IDBA 3S43A 3SPKA 3TPRA 4EPJA 3MSKA 4Y4UA 1K6TA 4B05A 1QDMA 4FSEA 1NH0A 3KFSA 4PYVA 5P2AA 5KQZA 3K1WA 3MWSA 1IZIA 3CKPA 3WZ7A 5P6QA 5IVTA 1E81E 3L58A 4K4PA 5P49A 1XS7D 5P6JA 5P0ZA 1PSNA 2OHNA 3PWRA 4QLHA 1BV7A 2QZKA 5APRE 4GJ8A 4QJAA 3SLZA 1HIIA 4DQGA 1B6JA 1WKRA 3OQ7A 4J0TA 5P4MA 1K6CA 5P8KA 1E82E 5P83A 5DQ1A 2V16C 1FLHA 3RSVA 5P3OA 8HVPA 5P1ZA 5P11A 1SDUA 3K5FA 1B6LA 5AHCA 2ZJLA 1MIQA 4R93A 1HVLA 5P4NA 5P8JA 2ZHTA 5P3ZA 3SA8A 5P3NA 5HCOA 3U7SA 3OOTA 5P2UA 4X7IA 1J71A 2F81A 5P4LA 2A1EA 5P7QA 3AIDA 2J9JA 1MEUA 5P4UA 3SA3A 4DQCA 4OBHA 1HPOA 4APEA 3F9QA 2Q5KA 3ZKGA 3GI4A 4AUCA 3OU4B 5P0OA 5P7HA 3EKQA 3INEA 4DJOA 2AVVA 2NXMA 1D4IA 3O9GA 5P0MA 5P0WA 4DQFA 3QAAA 2R3WA 3PI0A 1F7AA 2I4WA 1ZLFA 5OZFA 4IVTA 2PWCA 2AQUA 5P8SA 4Y3RA 2IGYA 5I3WA 4DPIA 4Y51A 3EL4A 5OZ4A 5P2QA 5P7VA 4OC6A 4FGXA 1SIPA 3KDCA 4EWOA 1BXQA 3UQUA 1EBZA 5P5LA 1IBQA 2J9KA 5P6BA 5P4RA 5P6YA 3UDQA 3Q3TA 5P2EA 5I70A 5DR1A 3BC4A 1D4JA 2JJIA 2I4UA 5TOLA 1K6PA 5OZYA 1BV9A 5P3FA 4AA9A 4TVGA 1T6EX 1GNOA 1T6GA 2ANLA 3IVIA 1A94A 2QZWA 1RPIA 5P7EA 1W5XA 6APRE 4LXKA 5P3PA 3L3AA 2QI7A 3S43B 1TW7A 4DI2A 2V11C 2WKZA 5P3BA 4Z50A 5P4QA 2HB2A 4A6CA 4DJUA 4E43A 3VF7A 5P19A 2QMFA 4J1CA 1D4HA 3LZUA 5SY2A 3VFBA 4F76A 4EP2A 1B11A 4A6BA 1HVRA 3RSXA 5P79A 4TRZA 3QRVA 2WF0A 5OZ6A 3D91A 3EKPA 3PRSA 1WBMA 1MUIA 2IENA 2CEJA 1MSMA 2NMZA 4Y47A 5P7JA 1BVGA 5P5IA 3BHEA 5P7LA 3O9LA 2CEMA 3ST5A 3OWNA 5P54A 1UH9A 4CPQA 3TNEA 3KFNA 3OXCA 2JXRA 4F75A 3OXWA 1YTJA 1ZBGA 1M43A 4Y4WA 5P0VA 4MC1A 2PH6A 2Q64A 1KJ4A 3QIHA 3NYGA 5IVSA 3TOFA 3PLLA 2UY0A 2PMAA 3OTSA 3K5GA 3NU6A 4K8SA 4YCTA 2VIJA 1KJGA 4XKXA 3PB5A 4YDFA 2VIZA 1DPJA 3BUGA 5ENMA 1TCWA 2QNQA 4FM6A 1IVPA 2F8GA 2VKMA 1QBSA 3C9XA 2AIDA 1TSQA 1SIVA 4EYRA 3ZKQA 5DQ4A 2IDWA 4S1GA 1VIJA 1PSOE 3EM4A 4Y56A 2AZ8A 2VA7A 3OAGB 2PH8A 4Y4DA 5OYSA 3IAWA 5P0CA 3URLA 1LF2A 3KMXA 4GJ6A 4DVFA 1AJXA 5P2LA 5P81A 3VEUA 4Y3LA 1SH9A 2ZJNA 5P4OA 5P8PA 5P4PA 3SA5A 5P4HA 3T11A 5AHAA 5P76A 2G94A 1ZAPA 3ZPSA 3DOXA 3ZKIA 1SMEA 3OHFA 1EC1A 2PC0A 5OZ8A 4CMSA 2I1AA 3EBZA 5P2VA 4QGIA 1FQ4A 4B1CA 5P1CA 5P86A 1EAGA 3BUFA 3VV8A 2HPEA 1GVXA 2AVQA 2I4DA 2HC0A 3SABA 5OZHA 2PK5A 1GVWA 4D89A 4RCFA 5P05A 1FFFC 2BBBA 3S56A 4OBZA 5P3LA 4WY6A 1DAZC 4I0GA 5P17A 1ZJ7A 4I10A 5P23A 3PBDA 5P4DA 4RROA 3QROA 4Y5EA 4Y5BA 5P8VA 2FXEA 5JG1A 4ZPFA 2QU3A 2AVOA 3UDYA 5P3YA 2QI4A 3NUJA 4LHHA 5P43A 2VNMA 5P6HA 4Y35A 3K5CA 5ER1E 2ER7E 4GYEA 3LITA 3O9LB 2I4XA 3UQXA 3ZKSA 2NTRA 2G1YA 4ZSMA 4B78A 5P56A 1PPKE 3TKGA 3KN0A 5P8UA 1A9MA 1FQ6A 1FEJC 3MSJA 4L7JA 4Y5NA 5KQYA 5P04A 3O9DA 4RVXA 5OYXA 1T3RA 5P5NA 5P1HA 1K1TA 3CMSA 5P4XA 4BELA 1HVSA 2PK6A 3VSWA 4I0HA 2ZJHA 1EPLE 1HVIA 5P8FA 4AMTA 2HS1A 4M8XA 1LEEA 1ZP8A 5B18A 1APTE 1EBYA 1AXAA 7HVPA 5OZEA 2V10C 5P33A 5I3VA 5P2JA 4H3IA 1EBKC 4K9HA 5P1DA 1HIVA 3G70A 1EPME 5P66A 4ZPEA 2BJUA 5OZUA 3VLAA 5FIVA 5P5UA 5P62A 3KM4A 4FIVA 4Y3XA 4ZSQA 5P14A 5P1JA 5P4SA 5P28A 4I1CA 4R91A 4QJ9A 4QJ2A 3TPLA 3NXEA 1MTBA 3PI5A 5PEPA 3RVIA 3LZVA 3EL5A 4HVPA 4YD3A 4CPUA 2FGUA 5P0NA 2IEOA 4OBJA 5P1OA 5P7NA 4JPEA 5P27A 3S2OA 3OOZA 2OHQA 4J55A 5DR0A 1B5FA 5P5WA 5P3CA 4I8WA 2I0DA 5P3GA 3QS1A 2FDPA 5P8NA 5P0YA 5P78A 5KOSA 1Z1RA 7UPJA 5OZGA 3SM1A 4Y4BA 5DQ5A 5P1FA 2NMYA 4I0EA 3NXNA 1MERA 5P7FA 5OYZA 3EL0A 5CONA 2B7FA 3QBHA 4RGHA 4ZSRA 5DR4A 5P34A 4LP9A 2BQVA 5P2WA 2QZLA 2WF1A 4J1FA 1IDAA 5P1MA 2IL2A 3HD8A 3JW2A 1MRWA 2FDDA 5P39A 3KDBA 2OHMA 3O9IA 2VNNA 4Y57A 5P2OA 4FLGA 2O4SA 4Y3WA 5P5AA 1B6KA 4YD5A 5P0FA 5P31A 2G21A 4J0VA 3LNKA 1GNNA 5P4TA 3HVGA 1W5WA 1SGZA 3O9AA 5P72A 5P3VA 3SM2A 4PZWA 2QI0A 5P0XA 4OBGA 5P36A 1CMSA 4ZPGA 1HVCA 3PHVA 4Y3NA 5KAOA 3VYEA 2ZJMA 2AOFA 3SQFA 5P2FA 5P70A 1HBVA 4YDGA 5P8IA 5BS4A 1SP5A 3OHHA 5P6MA 3UF3A 1M0BA 5P09A 5P5GA 4NJUA 1LZQA 5P6ZA 3OQFA 3KYRA 3VG1A 1FQXA 1PROA 3GGXA 5P32A 5P5DA 1PSAA 1NPVA 5DPZA 4NPTA 2IRZA 2P3BA 6UPJA 1VIKA 2QMDA 1XN3A 3DM6A 5P5TA 5OZLA 4DJRA 2F3KA 5P6VA 5IVQA 3KF0A 2SAMA 2V00A 3EL9A 3GI5A 3T7XA 4DJYA 5P02A 3UDJA 3KMYA 3OGPA 4I0JA 5HE5A 4Y45A 5IS4A 3HLOA 4F73A 2QMGA 4QJ8A 2AVSA 2FDEA 1T7JA 2B8VA 4EJLA 2B7ZA 2WEZA 2Q3KA 5P4IA 3DCKA 2OHKA 1F34A 4RCEA 5OZBA 1M4HA 3HAUA 1DMPA 3ER3E 3NU4A 5P35A 4Y3EA 1HHPA 5P7UA 5OZXA 4Y3PA 3RTMA 3HDKA 3LPIA 5OZZA 5P4CA 4Y6MA 1YTHA 5P8EA 4I8ZA 5P47A 1B5FB 1MT8A 5P1NA 3AUPA 4DQEA 1D4KA 5P6NA 2Q15A 3R2FA 2QK5A 3PWMA 4KE1A 5HDUA 4GJAA 5P7BA 3KT5A 3PJ6A 3OU3A 1TQFA 2HB3A 1LYAA 4GJDA 3OQDA 5KR8A 5DR8A 2BPXA 3NSHA 4YHQA 4FRKA 1PFZA 4GMIA 3WZ8A 4K4QA 5OZTA 1W6HA 3IN4A 4Q1NA 2RENA 4CP7A 3UTLA 3CYWA 3LHGA 5P5HA 3K5DA 1EC2A 3O99A 5P6OA 3PMUA 1E5OE 3QRMA 3O9FA 4J1IA 5HU1A 4H1EA 5P1VA 5P3XA 5P51A 3QP0A 2R9BA 3TPJA 3I6OA 4YOBA 5P26A 3UDHA 5P8MA 2OHLA 1HPXA 4OBKA 5I3YA 4J1HA 5HE4A 5P67A 2ZHVA 4Q1YA 4Z4XA 5SZ9A 1HPSA 4ER1E 1ODXA 3N4LA 4JPCA 2G26A 2WHHA 3R0WA 2WF4A 4EP3A 5P5YA 5P13A 3U71A 3IXKA 5P5OA 2G1OA 1TSUA 5P7KA 2APRA 5P8BA 1HXWA 1AVFA 2HB4A 3QI1A 4LXAA 1MRXA 5P82A 5DGWA 2WF2A 1WBKA 1FMUA 3TPPA 3I25A 2QAKA 4ACUA 2PQZA 3APRE 5P0JA 1G35A 4JP9A 4NPUA 4DJPA 1OEXA 5P50A 1XL2A 1EPNE 5OZRA 1XN2A 1LYBA 3NUOA 3ZLQA 5AGZA 4RRSA 5AH8A 1Z8CA 1MESA 4L6BA 3T7PA 2VA5A 5P0TA 3INFA 3I7EA 5COPA 4Y5GA 2WJOA 5KQXA 5P59A 1FB7A 4DPFA 1ENTE 3D1ZA 5P0RA 4CPXA 4NJVA 1W51A 5P0QA 3EL1A 5P53A 2IKOA 4LC7A 5P2DA 1E80E 3K4VC 2OF0A 2VJ9A 5P4BA 2RMPA 5P12A 1SBGA 4J1EA 4Y53A 5OZJA 4H3GA 5P15A 3UDKA 3QRSA 1SDTA 3B7VA 1RNEA 5OZWA 5P6EA 5P45A 1KJHA 1W50A 1YM4A 2BKSA 5P7MA 1MTRA 2P8HA 3ECGA 1C6XA 5ISJA 5KR2A 2O4NA 3BXSA 2IS0A 2J9JB 4GJ5A 4L7HA 3S7LA 4MC2A 3GW5A 4CPSA 4Z2ZA 2BPYA 4ACXA 3T7QA 2JJJA 3FIVA 1W5VA 3FKTA 5OZ0A 2VIYA 4HDFA 3EKYA 5P5KA 2QI5A 1A8KA 3LINA 2JYSA 2ER9E 1APWE 3G72A 3OY4A 4UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4V A;  5F01 A;  4GJ9 A;  5OYW A;  3VYF A;  4ER2 E;  1YT9 A;  5HD0 A;  5P4W A;  5P88 A;  3DV1 A;  5DGU A;  5C9D A;  5P8T A;  5P07 A;  5P8C A;  4BFD A;  4CKU A;  3TL9 A;  5C9F A;  2R3T A;  3APP A;  4Y4G A;  2ZDZ A;  1IIQ A;  1NSO A;  4R95 A;  1HVK A;  3JVY A;  3BUH A;  1G6L A;  2XFJ A;  4Y4E A;  5OYQ A;  4TRW A;  5P3A A;  3D3T A;  1FG6 C;  3FNS A;  4J0P A;  5P0P A;  5OZI A;  2VJ7 A;  5ISK A;  5DQC A;  2B60 A;  4YCK A;  5P5S A;  5P4A A;  2ZJJ A;  4H3J A;  3OUD B;  3QN8 A;  4Y4X A;  5P2N A;  5P38 A;  2R43 A;  5OZ2 A;  1NPW A;  3CYX A;  3OQK A;  5ENK A;  5P25 A;  3UDM A;  1FG8 C;  5P85 A;  4YBF A;  2OHU A;  5OZC A;  3ZOV A;  5P1T A;  1PPL E;  4KB9 A;  3EM3 A;  4RVI A;  1ZPK A;  1HRN A;  5P6A A;  5UPJ A;  1LV1 A;  2QZX A;  2IQG A;  5J25 A;  2NXL A;  5P3U A;  4Q1W A;  3PMY A;  1HEG E;  3SKG A;  1BDR A;  2G22 A;  5P40 A;  3BVA A;  2AOG A;  3EKT A;  2R38 A;  4QJ7 A;  4EJ8 A;  1HSH A;  3VFA A;  5AH9 A;  2AOD A;  5P7T A;  4LL3 A;  2QNN A;  1OHR A;  2V0Z C;  2AOI A;  2BPV A;  1K2B A;  5P6F A;  5P5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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