4RCEA

Crystal structure of bace1 in complex with aminooxazoline xanthene inhibitor 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
387
structure length
364
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lead Optimization and Modulation of hERG Activity in a Series of Aminooxazoline Xanthene beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 95
structure length 364
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rceA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rceA02
2AZBA 1RL8A 5P5EA 2OHTA 2NTRA 4FRIA 3HZCA 1ZPKA 5P2CA 3L3AA 3OQFA 2OF0A 4B72A 5P2JA 1HVKA 4Y3TA 4Q5MA 3RSXA 2SAMA 3KT5A 4Y4EA 5DGUA 3EL1A 1MUIA 4M8YA 1G0VA 4JOOA 4J5JA 3SA8A 4J1IA 1PPLE 4I0JA 1KZKA 3I7EA 2PYNA 2WEBA 3ZPSA 5OZQA 5P7EA 4F74A 2FNTA 1MT7A 3R1GB 4Y9WA 4WY6A 1HXBA 1W5YA 1LYAA 2VIZA 1G35A 2Z4OA 5P8SA 5P6UA 4OC6A 5P33A 3SAAA 1IDBA 4DJXA 3KA2A 3L5EA 4YBIA 3NU3A 4JECA 4Y4ZA 1C6XA 2BBBA 4GJ8A 1GVXA 5P4HA 4DQFA 5P67A 3EKPA 5IE1A 5OYSA 1ZLFA 3T3CA 2XYEA 4LL3A 1EBYA 5P5KA 3R0YA 5P78A 1YM2A 5P0LA 1BDLA 3JW2A 3SPKA 1NPWA 3O9DA 3PWWA 5I3WA 5P1HA 5P87A 1LYBB 3L5FA 5P3BA 2APRA 1SDTA 3UDPA 2R38A 1FG6C 2V11C 5JODA 2NMZA 4F75A 5P4UA 1HTEA 2Q15A 5P1KA 1YTGA 4DJPA 5KQXA 5P2XA 1FGCC 2FIVA 5HDXA 4Y3DA 5P5DA 1CMSA 3VG1A 3GGXA 1FQ4A 5JG1A 1M0BA 5P1VA 3L38A 3KM4A 1G6LA 3LZYA 5OZ8A 4CPUA 1E80E 5P0CA 4ER1E 1MRWA 2AOCA 3UHLA 3LIVA 4Q1YA 3CKPA 4OBZA 2A4FA 4U8WA 4Y57A 5P1TA 3UQUA 1J71A 3NU6A 4GIDA 4RVIA 1MIQA 1AM5A 4MC1A 5P3TA 3EM4A 2QI1A 1PROA 3Q3TA 4Y3RA 2AVVA 4Y44A 2VA6A 2AOIA 3EL0A 5OZEA 4DVFA 5P1WA 2HB3A 1F7AA 5P0DA 1GKTA 3SLZA 5P7FA 5P1XA 4Y4AA 1HXWA 4NJTA 1MVPA 2QMPA 2HAHA 5P2DA 3U6AA 1VIJA 3PCZA 4H3JA 1SGUA 1TSUA 2ASIA 3OAGA 3PSYA 4OBKA 2QCIA 5P4PA 1MPPA 2QHYA 5P7BA 3NXNA 4EJ8A 1WBKA 3OU4B 4I8ZA 1DPJA 3UDYA 3H0BA 4Y3LA 3IVIA 4FS4A 5P1JA 4DJVA 4HEGA 1B6LA 1ZBGA 2ER0E 3K5GA 5P66A 2RKGA 7UPJA 5P6QA 5AH8A 2B7ZA 4Y3PA 3K5CA 2B7FA 2V00A 1IZHA 1C6ZA 4HA5A 5OZAA 2P8HA 1Z1RA 4D88A 2BQVA 1XN2A 5P1PA 4DJRA 1A8GA 3HVGA 5P23A 4FLGA 5P37A 5P4KA 4E43A 2OHPA 1K6CA 5P0ZA 3S85A 2RENA 1M43A 4CPSA 5OZ5A 3SA6A 1GNMA 2QNNA 4Z50A 3NDTA 5OZ1A 5P5HA 5P7KA 4QJ7A 4Y5NA 2XYFA 4GZFA 2B60A 5HCOA 1FB7A 1KJHA 5P6OA 4HZTA 5KQZA 2ER6E 5IVTA 5P3UA 5P0XA 4Y53A 3EKTA 3U7SA 5P2QA 5P8CA 5FIVA 2Q54A 1MTBA 4PHVA 4I8WA 5P7QA 3BC4A 5P01A 3R0WA 4Y5LA 3B7VA 3PB5A 4ZSPA 5ENKA 1GVWA 4HDPA 2CEMA 4Y3JA 2BJUA 5P16A 4TRZA 5P88A 2QD6A 5P5IA 2G1YA 2G1OA 5OZLA 3VEUA 3EL5A 1SMRA 5P6RA 3WB5A 3IN4A 1W5XA 5AHAA 2PC0A 2Q5KA 2PH8A 3PLDA 4CPXA 5AH6A 5J25A 4X7IA 5P7VA 2R43A 4GB2A 2ZDZA 5P4CA 4Y3SA 2ZHVA 2PWCA 5OZCA 2ZHTA 1XE6A 1KJ4A 3SQFA 4Y36A 2AOGA 1EEDP 3NWXA 5P68A 4Y4UA 5HE7A 5P2HA 1HVSA 1YTIA 1Z1HA 1HPVA 5P7CA 2G69A 4YCKA 3OQ7A 5OZGA 5P73A 4DH6A 1LS5A 5P2MA 1QDMA 5P7TA 6APRE 1AIDA 3EKVA 3DUYA 3K4VC 4Y3FA 2QZXA 2R9BA 1BIMA 2IENA 3JVYA 3O99A 3DM6A 4HVPA 1KJGA 3UQXA 2AIDA 3ZL7A 4I11A 1YG9A 5P48A 2FDDA 5P4JA 4X2LA 2VIJA 5P0WA 3K4VA 3URIA 5P81A 3B80A 3ECGA 3SM2A 5P4TA 5COOA 2I0DA 3UTLA 4J55A 3TTPA 3L5CA 3ZKXA 5P41A 3VUCA 4Y3GA 2NMYA 3QN8A 4GMIA 4R91A 3HDKA 4Y3AA 5IVQA 1HSHA 4YOBA 5T4SA 1EC3A 4J0VA 4GJ5A 5DR3A 2NXLA 1TW7A 3LIXA 3UPJA 1BVGA 4I0ZA 4A4QA 5P4QA 1HTGA 5P2FA 5P2NA 2BPWA 4I12A 4Y43A 5OYRA 3QPJA 3OXCA 3GW5A 1LYBA 1K6PA 2QMDA 4YDGA 4QJ8A 2PSVA 5P6PA 5P2IA 4GJ9A 4NKKA 1ODWA 5P8VA 2XFIA 4DJYA 1HOSA 4QJ2A 1YT9A 5OZXA 1EPNE 5P5NA 5HU1A 5P76A 3TOGA 3DJKA 3K1WA 3EL4A 3S45A 3WZ7A 3SABA 4B1CA 4Y54A 5P3NA 1PSNA 1XN3A 1HTFA 3ZPTA 3L58A 3MSJA 2FNSA 1LEEA 1Q9PA 4R5NA 1HBVA 1XL2A 5I70A 1HVLA 5DGWA 3VV7A 5P5VA 4Y4DA 5P62A 2WKZA 4FRSA 4AA9A 2FDPA 1HPXA 4WTUA 5P5MA 1D4SA 5BWYA 1FKNA 1IBQA 2F81A 5P7AA 4J1HA 1HPOA 5AHBA 2I4UA 5DR1A 4XXSA 5P74A 5P7IA 5F00A 5P3HA 3OADB 3UFNA 2AOHA 3KDCA 5P0NA 4F76A 3UDQA 5P6AA 3I8WA 5P8PA 3OU3A 5P0OA 4EJDA 1OEWA 3DCKA 1EPOE 3D1YA 4YCYA 3S56A 2QHZA 3OUAA 1PPME 1TZSA 5P5ZA 5P1EA 2I4VA 2XFKA 5P3OA 5HU0A 3OU4A 2QU3A 3O9CA 1LYWB 3NSHA 3R2FA 5P8NA 3DV1A 5KR0A 2F3KA 5P47A 4ZSMA 4Y56A 5OZRA 3NYGA 3T7PA 4B70A 3LZVA 3ST5A 2QI0A 2I4QA 1EBZA 1SDUA 3HAUA 4Y5MA 3LITA 5P3AA 4ZPGA 7HVPA 1EPQE 1QBSA 2O4NA 5JFUA 5P1BA 3FNSA 3VV8A 4R95A 2JXRA 5P5CA 3VSXA 5P3KA 1HEFE 2QU2A 5OZYA 1FMBA 5OYTA 3FSMA 5ISJA 4I0IA 5P77A 2RMPA 2ZJIA 4DUSA 5UPJA 3FNUA 5P3GA 5OZDA 2G22A 4Q1WA 3NLSA 4Q1NA 2O4SA 3ER3E 4N00A 5OZUA 5P4WA 3INHA 1T7JA 3IAWA 1FLHA 3VSWA 3EKQA 5P27A 3RSVA 2QMGA 1CPIA 4D83A 4CPRA 1HEGE 2I4XA 5P59A 3O9HA 5P17A 3OQDA 3EBZA 4RVJA 5OZHA 2G21A 2QNPA 5P00A 1HVIA 3S7MA 2WL0A 5KQFA 3NU9A 5P3DA 3LINA 5DQ2A 2I0AA 4ZSQA 2P3CA 1EBWA 5P38A 2QI6A 5OYUA 3EKXA 4FCOA 3EM6A 3IXKA 1BWAA 4DI2A 1SDVA 2EWYA 3LZUA 3TLHA 1QS8A 3D20A 4Z2ZA 2AZ9A 2F80A 4BFBA 3AIDA 5OZFA 5P6BA 1HTRB 5P8FA 2OHMA 2QI3A 2FGUA 3OUDB 2VNMA 5P2OA 1CZIE 1BWBA 3C9XA 2JJIA 5P8GA 3SM1A 1D4LA 4AUCA 5P3XA 5P6TA 4Q1XA 4DJWA 5P7SA 4FGXA 4CMSA 4DFGA 4COEA 3NUJA 5P0BA 3BXSA 5P52A 4J0YA 5P2YA 5DR0A 2HM1A 3OXXA 1RPIA 5P7PA 5P03A 1A8KA 3NDXA 5OYWA 3CIDA 1ZJ7A 4D8CA 4EWOA 3PBDA 4ZLSA 5F01A 3UCBA 3G72A 1FIVA 3FV3A 5KOSA 5P15A 5P4IA 3KFSA 3LIQA 5P5FA 3NWQA 2B8LA 4RCEA 4EJKA 5P3JA 4KE1A 5DPZA 3TL9A 3GI4A 3BGBA 3URJA 4Y3MA 5AH9A 5P06A 1FQ6A 5P6MA 5P0HA 3R4BA 1FEJC 5APRE 1D4YA 4I1CA 5P07A 3S8IA 5P6XA 5ISKA 4XKXA 5DQ5A 2RKFA 5P2UA 2FMBA 4DQCA 4I0FA 3VYDA 3U71A 3TH9A 2AODA 4I0DA 3FX5A 3QIHA 2NPHA 3VLBA 1B6KA 5P6SA 5IVRA 2HB4A 2CENA 4XX4A 1QBRA 2RSPA 2XFJA 5P6CA 4F73A 2BPZA 5P31A 1JLDA 3IN3A 5P2KA 4TVHA 1YX9A 1K1TA 2Q63A 3RU1A 2ZJLA 3KN0A 2IKUA 3FKTA 5OZ3A 2O4LA 2R3WA 2V0ZC 4Y3EA 5P3VA 1BXQA 1ENTE 2VA7A 2VJ6A 3DK1A 5AHCA 5P56A 3PBZA 1UH9A 5P34A 5DR8A 4Z22A 4XX3A 1FMXA 1AXAA 1IDAA 3QI1A 2R3TA 3OTSA 3ZOVA 5P4FA 4KE0A 2PSUA 5OYVA 5P29A 3OOZA 5P7HA 1B6MA 5BS4A 1K1UA 5EZXA 2NNKA 2ZHRA 3QBHA 3UDRA 2ZGAA 3ER5E 5P3WA 1SBGA 3VV6A 4EQ0A 5P5SA 1HSIA 3INFA 2AOFA 3PEPA 4MC2A 1FFFC 5P0TA 4J1FA 5P7UA 2FS4A 4OBFA 5P40A 1HVHA 1OHRA 4DJQA 1UH8A 5P8DA 4B77A 1KJ7A 2AVQA 3ZLQA 1N49A 2VA5A 4PPHA 5OZJA 3SA5A 3VYEA 3SA4A 1GVVA 2B8VA 2V13A 5P54A 4R92A 1D4IA 3S43B 4YD3A 1EC1A 3PMYA 4H3FA 2QZWA 3LPJA 5OZIA 5P13A 4ACUA 3URLA 5P6GA 3CYXA 4J54A 5P5JA 3VYFA 2FLEA 5HD0A 1E82E 6UPJA 2VIYA 4QLHA 1LYWA 5P10A 4Y3HA 5P0PA 1BXOA 5P7MA 2VNNA 1A30A 2G24A 2WEZA 1SGZA 5P61A 5OZOA 3EKWA 4Y5PA 5P1YA 4GJAA 5P2SA 3INEA 1K6TA 1YTJA 4M8XA 5P4AA 4Y3WA 3I2LA 3KF0A 2ZJHA 3CYWA 3BGCA 2IDWA 3KDBA 1EBKC 4DPFA 4YE3A 5P46A 4J17A 3INDA 5P8HA 4FRKA 5P4BA 4Y4XA 3LPIA 4U7VA 2BPYA 5P85A 4H3GA 5TOLA 5P5YA 1MTRA 1OD1A 5P5XA 3GGVA 3TKWA 1W5WA 1HIVA 5DQCA 1DIFA 4RCDA 5P1AA 3MXDA 2PYMA 5C9BA 2F8GA 4APEA 5P5UA 3GI5A 1BVEA 4PZWA 5P70A 4L6BA 1XL5A 5P3FA 3IGBA 4PYVA 5OZTA 5P0GA 3CIBA 1IIQA 1ZSRA 2ZJKA 5OZSA 3TKGA 4YCTA 4OBJA 2WF2A 2I4WA 5P58A 3A2OA 3ZKNA 3ZKSA 1W6IA 1YM4A 2MIPA 2ER9E 2ANLA 3OUDA 3BVBA 2UPJA 4LHHA 3PRSA 4HDFA 5P0UA 3SO9A 4YHQA 3EMYA 1M4HA 5P14A 3O9FA 3TPRA 4B78A 3SA9A 4H1EA 3D1XA 3OXVA 4FM8A 3EXOA 4Y3ZA 5P4VA 3UQRA 5P3QA 4Y5BA 4QJ6A 1KJFA 4ZPFA 2R5PA 3RVIA 4K4RA 4J1KA 5CONA 1W50A 5OZKA 5CLMA 2WJOA 5P3LA 1EPPE 1SIPA 5P4XA 3DV5A 4FM6A 3OOTA 3O9LB 1D4HA 2ZJMA 2IL2A 5P6IA 4I0GA 2P3BB 4LBTA 3KMYA 4EHCA 3D3TA 4Y4BA 3UDJA 3N3IA 1FQ8A 3EL9A 2HB2A 2PK5A 5OZ9A 3H5BA 5P6VA 5OZ7A 4Z4XA 1Z8CA 3S53A 5E5KA 4ER2E 2NXDA 4EP2A 1FQ7A 2BPXA 4H3IA 3N4LA 5P0FA 1SH9A 5P3SA 1LF2A 3VFAA 3VF5A 3T6IA 5OZ4A 5P7GA 3SA3A 2OHSA 3TOFA 2WF3A 4DQEA 5HTZA 2Z54A 3ZMGA 1HVJA 4EXGA 5P60A 5P6WA 2V16C 4MC9A 2AZCA 5P5GA 3WZ6A 1QBUA 4DJOA 1APTE 1BDQA 1VIKA 3BHEA 3UF3A 2VJ9A 1XDHA 3VFBA 3VF7A 4CPWA 5KR1A 1PFZA 4D89A 5P1GA 2J9JB 2QI4A 4IVSA 4AZYA 3HVPA 1TCWA 3UQPA 5P2TA 5P0YA 5P8UA 1ODXA 3ZKIA 4Y47A 2P83A 3PLLA 2F3EA 3GGAA 1HSGA 3DCRA 3GGUA 2PH6A 3RTNA 3BVAA 5P84A 2OHRA 5P79A 5P5QA 5C9DA 1A9MA 5E5JA 4FIVA 3EKYA 1HRNA 4HLAA 2Q55A 1XE5A 2WF4A 4Y5KA 2IGYA 1AJVA 4J1EA 5OYYA 4ZE6A 3HW1A 3D91A 5DQ4A 3QVCA 1T7KA 5P4ZA 1G2KA 3LIZA 3QROA 1AZ5A 5P1IA 6FIVA 1HVRA 1BBSA 4Y5CA 5ER2E 5P1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZB A;  1RL8 A;  5P5E A;  2OHT A;  2NTR A;  4FRI A;  3HZC A;  1ZPK A;  5P2C A;  3L3A A;  3OQF A;  2OF0 A;  4B72 A;  5P2J A;  1HVK A;  4Y3T A;  4Q5M A;  3RSX A;  2SAM A;  3KT5 A;  4Y4E A;  5DGU A;  3EL1 A;  1MUI A;  4M8Y A;  1G0V A;  4JOO A;  4J5J A;  3SA8 A;  4J1I A;  1PPL E;  4I0J A;  1KZK A;  3I7E A;  2PYN A;  2WEB A;  3ZPS A;  5OZQ A;  5P7E A;  4F74 A;  2FNT A;  1MT7 A;  3R1G B;  4Y9W A;  4WY6 A;  1HXB A;  1W5Y A;  1LYA A;  2VIZ A;  1G35 A;  2Z4O A;  5P8S A;  5P6U A;  4OC6 A;  5P33 A;  3SAA A;  1IDB A;  4DJX A;  3KA2 A;  3L5E A;  4YBI A;  3NU3 A;  4JEC A;  4Y4Z A;  1C6X A;  2BBB A;  4GJ8 A;  1GVX A;  5P4H A;  4DQF A;  5P67 A;  3EKP A;  5IE1 A;  5OYS A;  1ZLF A;  3T3C A;  2XYE A;  4LL3 A;  1EBY A;  5P5K A;  3R0Y A;  5P78 A;  1YM2 A;  5P0L A;  1BDL A;  3JW2 A;  3SPK A;  1NPW A;  3O9D A;  3PWW A;  5I3W A;  5P1H A;  5P87 A;  1LYB B;  3L5F A;  5P3B A;  2APR A;  1SDT A;  3UDP A;  2R38 A;  1FG6 C;  2V11 C;  5JOD A;  2NMZ A;  4F75 A;  5P4U A;  1HTE A;  2Q15 A;  5P1K A;  1YTG A;  4DJP A;  5KQX A; 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 3LIT A;  5P3A A;  4ZPG A;  7HVP A;  1EPQ E;  1QBS A;  2O4N A;  5JFU A;  5P1B A;  3FNS A;  3VV8 A;  4R95 A;  2JXR A;  5P5C A;  3VSX A;  5P3K A;  1HEF E;  2QU2 A;  5OZY A;  1FMB A;  5OYT A;  3FSM A;  5ISJ A;  4I0I A;  5P77 A;  2RMP A;  2ZJI A;  4DUS A;  5UPJ A;  3FNU A;  5P3G A;  5OZD A;  2G22 A;  4Q1W A;  3NLS A;  4Q1N A;  2O4S A;  3ER3 E;  4N00 A;  5OZU A;  5P4W A;  3INH A;  1T7J A;  3IAW A;  1FLH A;  3VSW A;  3EKQ A;  5P27 A;  3RSV A;  2QMG A;  1CPI A;  4D83 A;  4CPR A;  1HEG E;  2I4X A;  5P59 A;  3O9H A;  5P17 A;  3OQD A;  3EBZ A;  4RVJ A;  5OZH A;  2G21 A;  2QNP A;  5P00 A;  1HVI A;  3S7M A;  2WL0 A;  5KQF A;  3NU9 A;  5P3D A;  3LIN A;  5DQ2 A;  2I0A A;  4ZSQ A;  2P3C A;  1EBW A;  5P38 A;  2QI6 A;  5OYU A;  3EKX A;  4FCO A;  3EM6 A;  3IXK A;  1BWA A;  4DI2 A;  1SDV A;  2EWY A;  3LZU A;  3TLH A;  1QS8 A;  3D20 A;  4Z2Z A;  2AZ9 A;  2F80 A;  4BFB A;  3AID A;  5OZF A;  5P6B A;  1HTR B;  5P8F A;  2OHM A;  2QI3 A;  2FGU A;  3OUD B;  2VNM A;  5P2O A;  1CZI E;  1BWB A;  3C9X A;  2JJI A;  5P8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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