4RCFA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline 4-fluoroxanthene inhibitor 49
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
388
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lead Optimization and Modulation of hERG Activity in a Series of Aminooxazoline Xanthene beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 101
structure length 370
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rcfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rcfA02
1SMRA 2I4XA 5P15A 3OU3A 2QI1A 5P48A 5P7MA 3O9CA 2OHMA 4J0PA 2QZLA 4FLGA 2ZHVA 1FFFC 5P24A 3O9BA 1D4YA 3OAGB 2OHPA 2I0DA 1EC0A 4R5NA 3OOTA 2IS0A 4U7QA 2WF1A 4J1CA 5P71A 4GMIA 4YD7A 3Q3TA 3NDWA 4Y4UA 5HDZA 2Q15A 3SA9A 4DPFA 5B18A 4Y5AA 5P8PA 1PSAA 3OQ7A 2NMZA 4F73A 1HVSA 4ER1E 3ER3E 5P8LA 4CKUA 3H5BA 5P0SA 5P5RA 4B72A 6FIVA 4FE6A 1ZPKA 5P2AA 5P07A 5P3MA 5P3ZA 5P1WA 2AVSA 5KAOA 4Y4XA 3ZKIA 5P49A 1TSUA 1D4IA 2WHHA 7HVPA 5P23A 1RV7A 5HE5A 3PM4A 5P2JA 1GNMA 3KMXA 4CPTA 1LYBB 4QJ2A 1K6PA 2G1NA 5P55A 2BKSA 4RVJA 1IDBA 3ZKSA 4EXHA 4OBZA 5P0MA 2ER0E 2ZJNA 3NDXA 2Z54A 5OZZA 5P5XA 3UDKA 2OHNA 2PH8A 5P4KA 3CMSA 3KFNA 5P8EA 3OQKA 1G35A 5P6RA 1EBWA 1XL2A 5P1FA 4Z2ZA 1ZAPA 2OHQA 5OYQA 5P36A 5P3KA 5P6UA 2P3AA 4FL8A 2BQVA 2F3FA 1GVTA 1FFIC 5P5AA 1AJVA 4OBGA 3S54A 4FIVA 5P54A 5P58A 3WB4A 1BWAA 2Q55A 3CKTA 5P0PA 3K4VC 3IN4A 1AZ5A 5OZNA 3U71A 1EEDP 3EL1A 4EP3A 5HTZA 5P3WA 5JODA 3EM6A 2R5PA 5P80A 2NXMA 1DMPA 5P05A 1QDMA 3SA7A 1K2CA 3LIQA 5P6FA 3PLLA 3RSVA 5ER1E 4DUSA 4Y53A 1HTFA 3ZPTA 1BWBA 1ZLFA 4L6BA 1APWE 1NPVA 1J71A 5P5NA 1FQ8A 2H6SA 5ENKA 5P2RA 3O9LB 4OD9B 5P44A 5P84A 4DQHA 3FV3A 5P1VA 2I4DA 4B00A 5P6TA 3SA5A 3EKQA 3TKGA 4LAPA 1HOSA 4Y37A 1MSMA 3G72A 5EZZA 1MT9A 2JYSA 1RNEA 3OK9A 5P66A 4NJUA 2FS4A 4U7VA 5P1NA 2BPVA 4PPHA 1QRPE 5P38A 5OYTA 1EPOE 4DJXA 3OTYA 1C6YA 2JJJA 3NU6A 1T6EX 4DJOA 3O9IA 4FGXA 3SA6A 1BDLA 1SIVA 1RQ9A 2WEAA 4QJAA 5DQ2A 2ZYEA 3FNTA 5P52A 4DQBA 4EJKA 4RRNA 2O4KA 3F9QA 5OZ2A 1MPPA 5P1YA 3VEUA 4MC2A 4XXSA 2BPYA 4PEPA 5P6XA 5P7JA 4Y4BA 3UDQA 5OZMA 3AUPA 5T4SA 5OZOA 5PEPA 1ZTZA 4Y5CA 3O9AA 3HW1A 5P8AA 3HAUA 5IVQA 1PSNA 5P4EA 5HCTA 1EPPE 3JVYA 5P0LA 5P08A 5AHCA 2JE4A 1FG6C 5HDVA 5OZ7A 3QRSA 2PSUA 3FKTA 3INHA 4DQCA 2AOJA 3UDJA 3OGQA 5P2EA 4D83A 3PCWA 2OHTA 4LXAA 3VUCA 5P5FA 1YM2A 5P65A 5P8CA 3TPLA 3ZPSA 4YBIA 5P8TA 4ZPGA 5P4WA 1HTRB 3CYXA 2QHCA 5IVRA 4YCTA 2Q3KA 1IVQA 4Y3WA 4Y47A 4L7JA 4D88A 1ME6A 2QCIA 3TOGA 2B60A 2F81A 4Y44A 3ZKGA 5P68A 3GW5A 3LNKA 1ODYA 3SA8A 2B42A 4DJUA 5DR4A 5P5ZA 3VFBA 3BXSA 3QIHA 4K4RA 4L1AA 5P3XA 4QJ8A 2HS2A 2ZE1A 5FIVA 3NUOA 4J0ZA 4OC6A 1K6VA 3NWQA 5P6GA 3G70A 5P16A 3K4VA 5P7TA 3L38A 1HVIA 5P3FA 5P2QA 3PJ6A 2VIZA 5SZ9A 3UPJA 5OYUA 4JOOA 4GJCA 5JFPA 1FQ6A 3LIXA 3VSWA 3APRE 3PWWA 4GJ5A 5ENMA 4ER4E 1XS7D 1LYWA 2ASIA 2A4FA 2UY0A 5P3IA 1HBVA 4J1EA 5P7RA 5TOLA 4GJ7A 4GJ9A 4OBKA 5P22A 3PMUA 4I11A 1G6LA 2RKFA 5P4SA 3PSUA 1XE6A 3S45A 3UQRA 1HHPA 5P1KA 5P7GA 2NPHA 4Y4DA 5F00A 1SBGA 2H6TA 2PSGA 4Y5LA 3S85A 3OUCA 3PBDA 4FAFA 3LINA 3UF3A 3OU4A 2ER9E 2PK5A 3ZKMA 5P5DA 2OHSA 4Y5GA 2BPZA 5P63A 5P6EA 1XN3A 1T6GA 4EJ8A 3UQWA 5P01A 5I3YA 4Y4TA 5OZAA 5I3WA 1T7JA 3SFCA 3CIDA 5KQFA 4U8WA 3PI0A 3VV8A 1W51A 1CPIA 3S7LA 5P18A 1EAGA 1W5XA 5OZSA 2WF3A 4Y58A 1YTHA 5P2HA 3C9XA 1M0BA 2AZCA 3MSJA 8HVPA 4TRZA 2P3BA 2WF0A 3UQXA 1HSHA 1QBRA 2F80A 1M43A 2FDPA 5P37A 4HA5A 1PFZA 4MC1A 5P4OA 2AZBA 1B6JA 2WEBA 2ZJLA 3NUJA 5P8MA 4Y39A 2PQZA 1GVWA 5P20A 5P4ZA 5OZ8A 2AOFA 3EKXA 5P4DA 1G0VA 2VJ9A 5P1EA 3S43A 3LHGA 2ZHSA 5P73A 3I2LA 5P1UA 1A8KA 5P2GA 3QBHA 5P42A 4BEKA 4Y4GA 1GKTA 1IIQA 4J55A 3TPRA 4EP2A 3OHFA 5P87A 1MT7A 2G1OA 3EBZA 5OYWA 4GJAA 2QNPA 3Q4BA 5P8RA 4YDGA 5OYYA 1LV1A 5P4FA 3LZVA 5P5WA 4DJYA 2Q54A 3EM3A 2WEZA 1HSIA 5P4QA 5DPZA 3APPA 5P10A 3INDA 3KDCA 3URIA 1WBKA 3DV5A 5J25A 4D8CA 3GI6A 3WB5A 1LYAA 3SA4A 2I1AA 2VKMA 1B6MA 2ZHUA 5P4CA 5P3RA 2G94A 2AOHA 4H1EA 5P00A 2QHYA 5C9BA 5KQZA 4GZFA 1BIMA 3EL4A 3NDTA 5P4GA 2RKGA 3OTSA 4M8YA 2A1EA 5P2YA 4GYEA 4H3JA 2SAMA 4I0FA 3UDRA 1M4HA 5P3HA 3KN0A 4J1HA 5P89A 2HB2A 2R43A 4LXMA 3TNEA 3GI0A 2VJ7A 1FIVA 4YD5A 1HVHA 4YD4A 3K5FA 1MRXA 1MERA 5P40A 5OZ4A 4Y38A 4B77A 1F34A 3NLSA 1SDVA 5P2TA 5OZJA 2NR6A 5KQXA 5P25A 4APEA 3QI1A 5P7BA 3NU4A 1MUIA 2NTRA 2PMAA 2AQUA 5P7QA 1SIPA 4J54A 4J1FA 4ACUA 3EKPA 5P3NA 1E82E 2R9BA 1A94A 3IVIA 4AZYA 5P3VA 4CPUA 4Y5BA 4Y51A 5P1RA 5P50A 2FXEA 1IZIA 4X7IA 3TOHA 3NU9A 4Y3QA 1AJXA 5P8IA 5OZ1A 4ZSQA 4J0VA 5P1TA 4D89A 4RGHA 5E5JA 1IZEA 5SXNA 5DR7A 3L5CA 2ZJKA 3IAWA 5P2NA 5JFUA 4Y9WA 5P77A 5P7IA 3K5CA 4JECA 4NJVA 1ODWA 3PLDA 4R95A 5P6OA 4ZSPA 3WZ8A 3SKFA 1HVCA 1A8GA 4Y3SA 1BBSA 1FG8C 4I8WA 2FDDA 5P6VA 4ZIPA 3WZ7A 2MIPA 4HDBA 1F7AA 1D4SA 4OBZB 5P1BA 4XX4A 2OAHA 2UXZA 4ER2E 2VNMA 5P5MA 5BS4A 2WF4A 2HC0A 2XFKA 2QK5A 1HTEA 1SGZA 4ZSRA 4XKXA 5P4IA 2VA5A 2WECA 3QS1A 5P5CA 1NSOA 3VLBA 5P8BA 3EL5A 5P7PA 5COOA 3ZLQA 3N3IA 4Y4EA 4RCFA 1FMUA 3URLA 5AGZA 3HVPA 4B78A 2PK6A 4EYRA 2I4UA 4QLHA 4A6CA 5P3TA 4YHQA 3R0WA 2XYFA 5P2CA 1CMSA 3LIYA 1Q9PA 1FEJC 5ISKA 5P47A 5OZVA 5P4HA 5P2XA 5P31A 3HZCA 4GIDA 5P6KA 5DGUA 5P2SA 4Y3FA 2R3WA 4IVSA 5P6AA 4X2LA 1GVXA 3ZL7A 4GB2A 5P3UA 4A6BA 4Y5EA 4AA9A 4ZSMA 5P8GA 1BXOA 4DQGA 1DW6C 3OQAA 3IA9A 4CPWA 5P3EA 4GJ6A 3S2OA 5P1PA 5P14A 2WF2A 3BUHA 3UQUA 2V13A 5P3DA 3QP0A 2RMPA 3EKYA 4YD3A 5OZFA 3EM4A 3ZMGA 4QGIA 4BFDA 5P0DA 4K8SA 4DQFA 1B6PA 3OUBA 1ER8E 3MWSA 1HIIA 2OHLA 3OXVA 3TLHA 5P3BA 5P1HA 2AOCA 4Y3HA 1UH8A 1KZKA 1DIFA 2RENA 4KB9A 5HCOA 5P39A 1EC3A 1TW7A 5DR8A 3UHLA 3M9FA 3OADA 3VYEA 1PPKE 3ZOVA 4EXGA 1B5FA 5JG1A 1HEGE 3UTLA 4A4QA 3R1GB 1IDAA 5P72A 2FMBA 5P5OA 3DUYA 3NDUA 2AODA 2I0AA 3PWRA 2BJUA 2JXRA 2QU3A 2QI4A 5OZ6A 5P2BA 1T3RA 5P64A 3Q70A 4I0HA 5P2KA 3VYFA 5IS4A 1META 3SACA 5OZHA 3BXRA 3R0YA 4RLDA 5P56A 1VIKA 2O4LA 2P4JA 3FNUA 2HM1A 3BVAA 4RCEA 5HDUA 2QD8A 4DQEA 2PWRA 1ODXA 4I1CA 3HLOA 1K1UA 3K5DA 5P5YA 4HDPA 4DVFA 3NSHA 2NNKA 4H3FA 3CYWA 4DV9A 5DQ1A 4Y5PA 3L59A 2BPXA 6APRE 5BWYA 1K2BA 5P7HA 1KJHA 1SP5A 2FLEA 1MTRA 1W5VA 1HXWA 5P85A 5P8NA 1W5YA 4RROA 3I7EA 1E80E 5P6QA 4L1AB 1T7KA 3GGAA 4TVHA 3TTPA 4FCOA 1U8GA 4I10A 1SH9A 3LIVA 5OZBA 2IDWA 4OC6B 4Y41A 2ZGAA 5I3XA 3QN8A 2VS2A 5P8HA 2R5QA 2QMPA 4YE3A 4UPJA 5OZ0A 4TRWA 3O9EA 1EBYA 1BAIA 6UPJA 1K1TA 2Q64A 4NKKA 2V12C 5P7NA 1QS8A 1UH9A 2G20A 5P5VA 3EMYA 1LYWB 2B8VA 3KDBA 5P4NA 2WL0A 3ECGA 1W6HA 4QJ9A 5P27A 4BELA 1KJ7A 3OXXA 4RZ1A 5P7EA 5E5KA 4I8ZA 2ZDZA 3KT2A 1B6KA 1JLDA 1SGUA 5ISJA 1OEXA 4OBHA 3BUGA 5AHAA 1GNNA 1LF4A 2QI7A 2AVQA 3H0BA 4CMSA 5P81A 2FGVA 4Y3GA 1AM5A 5EZXA 2HS1A 4I0JA 2V16C 4B1DA 2ER7E 5P2IA 3BGCA 3OU4B 4H3IA 3HD8A 2QU2A 2V0ZC 3QROA 3QRVA 4CP7A 3SA3A 5P60A 4FM6A 2AOGA 3VSXA 3BGBA 5P7WA 5P6HA 5P7OA 2G22A 3S8IA 2J9KA 3ER5E 3PCZA 5OYRA 3L3AA 1B11A 2I4VA 5P45A 5P6CA 1W50A 2VA6A 2PH6A 4LP9A 5P1GA 3QVIA 5P86A 1PPME 5OZYA 5P4JA 2HPFA 3VF7A 4Q1NA 1FMBA 3TOFA 4Y45A 4TRYA 5P75A 5P82A 4S1GA 1EPNE 1RPIA 3EKVA 4TVGA 5P3CA 3KMYA 4YBFA 2QNQA 3PBZA 3QPJA 1NPAA 1RL8A 4FM8A 5P5HA 5P5JA 5P4LA 2P3BB 2G1SA 5P0FA 2F3KA 3I25A 2AOEA 5P09A 2AVOA 1OHRA 3GGXA 5P8JA 2EWYA 5DQ4A 2OF0A 5P4AA 2QNNA 5P03A 3PSGA 4DFGA 3PWMA 5P6BA 3S43B 5P7AA 1XL5A 2IQGA 3EKWA 5SY2A 3DJKA 3RTNA 5P17A 5P0HA 3G6ZA 5KOQA 1TZSA 5P46A 3D1XA 4N00A 3VLAA 4EQJA 1EC1A 5KR1A 2PC0A 2FGUA 2G1RA 4WY6A 1D4JA 5P57A 2XFIA 3VYDA 5OZLA 5P35A 2QMGA 4RYGA 3ZPUA 1HIVA 4Y3LA 2P3DA 3VV7A 2AVMA 2F8GA 3KDDA 4Y6MA 4WTUA 3RU1A 1FKNA 5P2OA 1D4HA 1ENTE 4HLAA 3R4BA 4FSLA 3SQFA 3B80A 4L7GA 4H3GA 1HPVA 4KUPA 3RSXA 1KJ4A 1LYAB 3FX5A 5C9FA 4L7HA 3Q6YA 5P61A 3KA2A 2QI5A 3UDPA 2FXDA 2G1YA 1TCXA 2V10C 4CPXA 5P0BA 4NJSA 4KE0A 3UDYA 5P8KA 3PI5A 2P83A 1HVLA 5P6WA 3D3TA 3UQPA 3OXWA 1QBUA 2QZKA 1Z1RA 5P4BA 3I6OA 2PYMA 5HD0A 5P3YA 3ZKXA 4ZPEA 1YTJA 3DCRA 5P28A 2J9JA 1W5WA 4NJTA 4Y3YA 5P0QA 2G27A 4J17A 5P2DA 1HPSA 1VIJA 1HWRA 5P0NA 2NXDA 2IGXA 2OHKA 2I4WA 5DR3A 3L58A 5P3JA 4R91A 2CENA 5P1XA 3K5GA 4YCKA 5P29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMR A;  2I4X A;  5P15 A;  3OU3 A;  2QI1 A;  5P48 A;  5P7M A;  3O9C A;  2OHM A;  4J0P A;  2QZL A;  4FLG A;  2ZHV A;  1FFF C;  5P24 A;  3O9B A;  1D4Y A;  3OAG B;  2OHP A;  2I0D A;  1EC0 A;  4R5N A;  3OOT A;  2IS0 A;  4U7Q A;  2WF1 A;  4J1C A;  5P71 A;  4GMI A;  4YD7 A;  3Q3T A;  3NDW A;  4Y4U A;  5HDZ A;  2Q15 A;  3SA9 A;  4DPF A;  5B18 A;  4Y5A A;  5P8P A;  1PSA A;  3OQ7 A;  2NMZ A;  4F73 A;  1HVS A;  4ER1 E;  3ER3 E;  5P8L A;  4CKU A;  3H5B A;  5P0S A;  5P5R A;  4B72 A;  6FIV A;  4FE6 A;  1ZPK A;  5P2A A;  5P07 A;  5P3M A;  5P3Z A;  5P1W A;  2AVS A;  5KAO A;  4Y4X A;  3ZKI A;  5P49 A;  1TSU A;  1D4I A;  2WHH A;  7HVP A;  5P23 A;  1RV7 A;  5HE5 A;  3PM4 A;  5P2J A;  1GNM A;  3KMX A;  4CPT A;  1LYB B;  4QJ2 A;  1K6P A;  2G1N A;  5P55 A;  2BKS A;  4RVJ A;  1IDB A;  3ZKS A;  4EXH A;  4OBZ A;  5P0M A;  2ER0 E;  2ZJN A;  3NDX A;  2Z54 A;  5OZZ A;  5P5X A;  3UDK A;  2OHN A;  2PH8 A;  5P4K A;  3CMS A;  3KFN A;  5P8E A;  3OQK A;  1G35 A;  5P6R A;  1EBW A;  1XL2 A;  5P1F A;  4Z2Z A;  1ZAP A;  2OHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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