4RVIA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl0519
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRYKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Enhanced antiviral activity by the P2-tris-tetrahydrofuran moiety of GRL-0519, a novel nonpeptidic HIV-1 protease inhibitor (PI), against multi-PI-resistant and highly darunavir-resistant strains of HIV-1
rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rviA00
2OHSA 3O9AA 3QP0A 1C6XA 3Q3TA 1PROA 5P7DA 2G27A 3L59A 1SDUA 5P2EA 1IZHA 3AIDA 2R8NA 5P6BA 1HWRA 5HDZA 4I10A 3QIHA 4D85A 3VUCA 3OUDA 3LZSA 2VIYA 4JOOA 3UFLA 5KQFA 3LZVA 1DMPA 3PSGA 3ZKNA 5P3BA 3R0WA 3IN3A 1GVXA 2WF1A 1HPVA 1MTBA 4R95A 5J25A 3D1YA 5AH6A 2WKZA 4YA8A 1EPRE 2G22A 2PWCA 4DJOA 3NXNA 2HIZA 2I0AA 4FM7A 1BBSA 5P5GA 1HXBA 4Y4DA 5COKA 5P63A 3BXRA 5P3GA 4JPCA 1D4HA 5P7GA 5TOLA 2A4FA 5P1XA 3BGBA 5AHBA 4DJWA 2Z4OA 4Y5NA 4OBJA 2AOJA 5P1JA 4I0EA 1XL2A 1PSAA 2QMGA 2PSUA 3EKWA 3L5FA 3A2OA 3LPKA 5P3FA 1KJ7A 4FSEA 4YBFA 3N4LA 3VF3A 5P2NA 3MXDA 2OHTA 2NNPA 5P7FA 5P47A 1HVSA 5P2KA 5P4HA 1W5VA 5P8OA 2I4DA 4EJLA 1TZSA 4FRSA 4DJXA 5P0MA 3KDBA 1HIHA 5KAOA 4Y3FA 4LXAA 5KOQA 3BC4A 5OZDA 4QJ7A 2BKSA 4HVPA 4L7JA 2NXMA 4RCDA 2ZHTA 4CPTA 1G35A 1AM5A 4R8YA 2ZJIA 5P10A 5P4AA 3TH9A 5SY3A 5P1ZA 2MIPA 3O99A 1A9MA 1YM2A 5P2HA 4A6CA 5IVQA 4MC1A 5P8QA 4Y4JA 4Y5PA 4MC9A 3LZYA 3LIQA 2OHRA 4DUSA 3LITA 2WECA 3TL9A 1PPLE 2O4SA 5DR4A 3JW2A 2VNNA 3I25A 5P2WA 5OYZA 4DQHA 3WZ7A 4Y38A 3PVKA 1HVCA 3IVIA 2ZE1A 2OHKA 4ZPFA 2VS2A 6FIVA 2BPYA 3DM6A 5P5FA 1HVLA 2V00A 4GJ8A 4BELA 3SA9A 5P39A 1M0BA 2WF2A 5P2UA 3R2FA 4Y3SA 5P4FA 4RLDA 5OZXA 4ER4E 5P50A 5AH9A 2ER7E 5P3MA 1FG6C 3CIDA 1FMUA 5P7EA 4Y3WA 5P1TA 5ISJA 1TCXA 1FFFC 4CPSA 5P4XA 3LNKA 1B11A 3PMYA 5PEPA 5P2YA 5P1FA 3GGVA 5P4DA 1QS8A 1F7AA 5P6GA 3ZL7A 5AHCA 2QNPA 1IZIA 4RYGA 5UPJA 4ACUA 4Y5GA 1SDTA 5DR7A 5P8DA 1W5WA 5OZVA 3M9FA 2WHHA 1KJGA 3ST5A 4RRSA 2FMBA 5P7BA 3UPJA 3ER5E 3PM4A 2NMZA 1EPQE 1ZPKA 5P89A 4RCFA 4FSLA 5P6VA 4NJVA 2HS2A 5P0GA 5I3VA 3NDTA 5JG1A 5P6PA 4OBFA 4XKXA 4Y3JA 3D91A 1EC3A 5P87A 1YTJA 1QBUA 3T7XA 4Y3XA 3U7SA 3H0BA 5P4ZA 4QJ2A 1EC0A 2ZDZA 3S85A 4Y53A 5OYWA 1EBKC 3HD8A 1FB7A 5P17A 4S1GA 4I8WA 3PB5A 2AZ8A 4J55A 1K6VA 1HPXA 1AZ5A 5P48A 2QI0A 2ZJJA 4Q1YA 4Y47A 3FKTA 3FV3A 4Y51A 5P11A 1T3RA 1LZQA 2Q54A 5P2GA 4CPRA 5OZGA 3I8WA 1HIVA 3UCBA 2HC0A 4Y9WA 5P7KA 5OZ9A 5OZ8A 4FRKA 5OZ0A 1E80E 3PSUA 5P0QA 1K1UA 5OZMA 2VA5A 5P3RA 1XE6A 3IGBA 2Q3KA 4TRWA 1HBVA 1GVWA 1YT9A 3R1GB 4RCEA 5OZTA 3KF0A 2XFJA 1SGZA 1BAIA 2XFIA 5P4JA 2OHLA 3INDA 4F76A 5P8EA 4Z4XA 3SA4A 5P16A 3Q70A 1XE5A 2O4PA 4L1AA 5P00A 5P5QA 5P4BA 4KE1A 3I6OA 5P3TA 2I4UA 4LXKA 5KR0A 3TOFA 2V0ZC 3S54A 2FDEA 4I0DA 3OY4A 1PPKE 4WY1A 2PH8A 5P27A 2R43A 5I3YA 1OEXA 3UDMA 1MSMA 4GB2A 3OUAA 1FQ8A 3K5GA 1G2KA 5P24A 1SBGA 4PZWA 5SY2A 3ZKMA 4Y4TA 5P86A 1G6LA 2WEAA 3LIYA 3HLOA 3VFAA 2WJOA 5P5WA 2PYMA 1RL8A 3K4VC 4U7QA 2AVVA 2HB3A 3VSWA 4GJDA 2ZHSA 4K8SA 5P0TA 4X7IA 4PEPA 5P0KA 5HCOA 5P83A 2O40A 1B5FB 2HB2A 5P7AA 4ZE6A 3D3TA 5P65A 1IVPA 4Y36A 1HRNA 3QS1A 1ZTZA 4OD9A 4Z22A 4ZPEA 5P66A 2PQZA 4A6BA 3EKYA 3VF5A 4ZEAA 2QNNA 5P6MA 3EL9A 5P1SA 5E5KA 5P84A 1T6EX 5P4OA 5P6FA 3OGPA 4HDBA 3O9HA 4YOAA 4Y3AA 3QAAA 3G72A 4TVGA 5P05A 5OZQA 3UHLA 5OZ1A 2NXDA 1MRWA 1BV7A 2FDDA 1K6CA 4R93A 4HZTA 3EKQA 5P14A 2QMFA 5P7VA 1D4KA 4YCKA 3OUCA 1AJXA 4ZSRA 5P0NA 3HBOA 2PC0A 5P7WA 4HE9A 4Y37A 2NTRA 5P4YA 4FRJA 6UPJA 3EL0A 1T6GA 5P61A 4M8YA 1FKNA 5P09A 2FIVA 1JLDA 1EPOE 1LYBB 2ER9E 3DV5A 2WEBA 5P5UA 4I0ZA 3UQRA 5P3PA 3VLBA 4DPFA 5P2JA 3SA6A 2V16C 3ZKSA 1T7KA 2RENA 3TOHA 3VG1A 4LL3A 5P31A 5P64A 1Z8CA 4Y41A 4J0PA 1SMRA 3MXEA 4Y3GA 5P3UA 3S56A 1AXAA 3PLLA 2R9BA 1MUIA 1Q9PA 5P0RA 4Y48A 5P5VA 3RTNA 5HDUA 4PZXA 3Q4BA 4K4PA 4LBTA 2B8VA 4DQEA 4AZYA 5DR3A 4Y4WA 5OZIA 2ER6E 2PMAA 5P51A 3KDCA 3KT2A 4EJDA 1MT8A 3BUHA 5P44A 2FLEA 5OZ3A 3L5BA 4DQGA 1TQFA 2FS4A 4DJYA 4GMIA 3ZPUA 3AUPA 2OHUA 4QGIA 2HPEA 4RVJA 3O9IA 4OD9B 1DW6C 1W5YA 2FXEA 1C70A 2PK6A 4RZ1A 3EL5A 1D4SA 5P6LA 5P7TA 2QAKA 3O9DA 3SKFA 3SACA 2B8LA 4Y6MA 5SZ9A 3ZPSA 3MSLA 3PBDA 5P1LA 3SQFA 2AVQA 3EM3A 5P6IA 1HVIA 2JYSA 4YCYA 3OXCA 3LPIA 1HSHA 5P74A 3SA8A 3LPJA 4Y3YA 2P3BB 1PPME 5AHAA 2G1SA 3QN8A 1META 5P6KA 5P4TA 4B77A 5P41A 2HB4A 2ZHUA 3EKXA 3KMYA 5HE5A 4CMSA 2SAMA 5P08A 4EYRA 4L7HA 5P04A 4EWOA 5FIVA 5HCTA 5EZZA 5P5KA 5P8BA 1ZAPA 2ZHRA 5P82A 3OQAA 3GI5A 4DH6A 3IXOA 5P85A 4ER2E 3HDKA 2WF4A 5P75A 5OZRA 1APTE 4Y3DA 1PSOE 2Z54A 1GNMA 2ER0E 1FQ7A 3NDWA 2HAHA 5IVSA 1LV1A 5P30A 1LF2A 4OBHA 2B42A 1MEUA 3IXJA 5P20A 4J54A 3VF7A 3IXKA 3Q6YA 2AQUA 4YD6A 3I7EA 5I3XA 1N49A 2I4VA 3KYRA 5P36A 5OYSA 5OZWA 2G1RA 3JVWA 1E82E 3VV6A 2G24A 3VYEA 3QRVA 2HM1A 5OZOA 4EJ8A 2IRZA 1OEWA 2BQVA 2AOGA 5P0UA 4MC2A 2QU3A 3BVBA 5P15A 5P1VA 5P3HA 5P88A 5P1WA 3OQDA 1YTIA 5DR0A 4FAFA 5KQYA 1TSQA 3FIVA 2BPWA 3IAWA 1RQ9A 2QI4A 4Q5MA 3NDUA 4AMTA 5P42A 3CKTA 4ZPGA 4Y50A 4B0QA 5CLMA 1UPJA 2UY0A 3PI5A 4NPUA 1C6ZA 3CICA 5P5YA 3BHEA 2AZ9A 4Y5EA 5OZAA 1IIQA 2BB9A 4GJCA 3PWRA 2IQGA 3OWNA 5P25A 1W6HA 1GNNA 4OC6B 1M4HA 5C9BA 2AZBA 3K5DA 1LS5A 5JODA 1K6TA 4GJ7A 2VIEA 4IVSA 3K4VA 1IVQA 1F34A 5P79A 1BVGA 4YDFA 4JPEA 3O9CA 5OZBA 1VIJA 2IKUA 5P1QA 5OZNA 4J1HA 1HPOA 3UDHA 4AA8A 3NWQA 2QD8A 1APWE 5P0JA 5P1CA 3B80A 5P6UA 3CYWA 2V13A 3CYXA 3K5FA 5P5EA 5P8FA 1NPVA 3L58A 3S7MA 5P7CA 4CPQA 3UDPA 5P8GA 1NPAA 3ZKXA 3VEUA 4Y5BA 1GVTA 3G6ZA 4Y58A 1IDBA 3PCWA 1IDAA 1YM4A 5P3SA 4B05A 4DJUA 4LHHA 4U8WA 2IGXA 3UDJA 4AA9A 2PYNA 3PRSA 4RRNA 5P46A 5HD0A 2QI1A 5HTZA 5P1EA 3NU3A 3G70A 3EBZA 4D88A 1YTGA 1BILA 1FFIC 5P6WA 1FF0C 2XYFA 1FGCC 1EEDP 3EMYA 5KR1A 1KJHA 1ODWA 3PGIA 3QVCA 2Q11A 5P0PA 5COOA 5P4RA 5P0VA 1ZP8A 3SO9A 4DJVA 5IS4A 4LP9A 1UH7A 2CENA 5P7UA 1LYAB 1XS7D 5P7YA 4I8ZA 2QMPA 3O9LA 4FS4A 5P1AA 1A94A 4FIVA 2ZYEA 3EXOA 3NUOA 2P3CA 4Y4AA 4H3JA 3ZOVA 4Y44A 4XX3A 4WTUA 4B00A 3TTPA 1BDLA 3ZMGA 1EPPE 2ZJNA 5P5DA 5P03A 1APUE 2NNKA 4R91A 3WZ8A 5OZUA 1HTGA 2FGUA 1LYWA 2QK5A 5P3AA 3ZKIA 1MPPA 2G21A 2AVMA 5P76A 2V11C 4EQ0A 7HVPA 3NU9A 1FLHA 5KOSA 1SP5A 4FE6A 1HIIA 5P01A 1B5FA 2OHQA 3OU3A 2BPXA 2F81A 5P3LA 4KE0A 2I0DA 4DJPA 1D4JA 5P5IA 1VIKA 3FNUA 4H3GA 5BRYA 3FNSA 5P8KA 3OXVA 5P7IA 1FQ6A 4FM6A 5P5SA 3EM6A 4J1FA 2RMPA 3PI0A 2QI5A 1AVFA 2AOFA 1APVE 2JXRA 1MESA 2H6SA 3N3IA 1W6IA 3CIBA 4J1CA 3RSVA 5P73A 3OU1A 5OZEA 4NJUA 1HEGE 3UQWA 3MWSA 3KDDA 4RYCA 3NU5A 4B72A 5B18A 4YDGA 4B1DA 3LIZA 4Y3MA 3U71A 1BXOA 2G1YA 4Y39A 4I11A 4OBZB 2IKOA 1XN3A 5P6JA 1HVHA 2QI6A 3PCZA 4YD5A 4R92A 2I1AA 3R4BA 5P0EA 3D20A 5P5HA 3UDNA 2RSPA 3OQ7A 1FG8C 2NR6A 5HE7A 4R5NA 4E43A 3OADB 4Y3EA 5P4WA 2PK5A 3SKGA 3GGAA 3L38A 4CP7A 1LYBA 3O9EA 4Y5KA 2B7FA 3HVGA 2WEDA 1Z1RA 3S43B 1W5XA 3O9LB 5P2ZA 3HZCA 2Q63A 4J1KA 5HE4A 1CPIA 4XX4A 5P81A 3NSHA 1XDHA 3CKPA 2R3WA 5P4NA 3FSMA 4DFGA 1HXWA 4B70A 4MC6A 5ENMA 1ZBGA 5P3YA 4RROA 5P80A 1LYWB 1C6YA 5IE1A 3R0YA 4D83A 4J0TA 3OU4B 3WB5A 1QDMA 4YHQA 5P0DA 5P4VA 2VIJA 4QLHA 3K5CA 5P38A 4YCTA 2UPJA 1TW7A 5DQ5A 2JE4A 3NXEA 3NU4A 2R5PA 3L5EA 5P34A 5P2BA 3ZPTA 1IZEA 3KM4A 4I1CA 3S2OA 5P7HA 4QJ6A 5P5AA 3RSXA 5P7JA 5OZSA 3CMSA 2VJ6A 3LIVA 5P28A 5P6XA 5P0SA 3OU1B 2HPFA 2G1OA 5P2MA 5P0OA 3INFA 3TPPA 4Q1NA 3LHGA 3PWMA 4Y4BA 5DPZA 5P29A 4DJRA 3S7LA 3BVAA 2P3BA 5P2RA 3K1WA 4FLGA 4ZSPA 5P4QA 5P5JA 3BUGA 3KT5A 2IEOA 4Y4ZA 2F3FA 1YX9A 5P3JA 2P8HA 5AH8A 4YD7A 4DPIA 4OBDA 5OZJA 5OYQA 2VIZA 5P3DA 4XXSA 3OGQA 5P6NA 2V10C 4YD3A 4L7GA 5KQZA 3HW1A 5P2DA 4PPHA 3TOGA 1DIFA 3UDRA 1T7JA 5IVRA 3BXSA 4APRE 3TPRA 1EPLE 1HTRB 2QP8A 5ER1E 2FGVA 2BKTA 1TSUA 2AOCA 3HAUA 1IZDA 4Y5LA 5P0XA 2G20A 4Q1WA 3FX5A 5P4GA 4DQBA 3KFNA 2QZKA 3NLSA 3IN4A 3PJ6A 4Y43A 2QD7A 2VJ9A 4UPJA 4DQFA 5P1MA 3BRAA 4DI2A 5P40A 4IVTA 2AVSA 4Y3HA 3H5BA 3KN0A 5I3WA 1B6KA 1ER8E 5P8AA 2R38A 5P3ZA 1ODXA 2ZGAA 5HU0A 5P06A 5ER2E 2R3TA 5OYUA 4I12A 2IDWA 2ZHVA 5P8HA 3KFSA 2P3AA 2OHPA 3DV1A 3NU6A 4JP9A 5AGZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHS A;  3O9A A;  3QP0 A;  1C6X A;  3Q3T A;  1PRO A;  5P7D A;  2G27 A;  3L59 A;  1SDU A;  5P2E A;  1IZH A;  3AID A;  2R8N A;  5P6B A;  1HWR A;  5HDZ A;  4I10 A;  3QIH A;  4D85 A;  3VUC A;  3OUD A;  3LZS A;  2VIY A;  4JOO A;  3UFL A;  5KQF A;  3LZV A;  1DMP A;  3PSG A;  3ZKN A;  5P3B A;  3R0W A;  3IN3 A;  1GVX A;  2WF1 A;  1HPV A;  1MTB A;  4R95 A;  5J25 A;  3D1Y A;  5AH6 A;  2WKZ A;  4YA8 A;  1EPR E;  2G22 A;  2PWC A;  4DJO A;  3NXN A;  2HIZ A;  2I0A A;  4FM7 A;  1BBS A;  5P5G A;  1HXB A;  4Y4D A;  5COK A;  5P63 A;  3BXR A;  5P3G A;  4JPC A;  1D4H A;  5P7G A;  5TOL A;  2A4F A;  5P1X A;  3BGB A;  5AHB A;  4DJW A;  2Z4O A;  4Y5N A;  4OBJ A;  2AOJ A;  5P1J A;  4I0E A;  1XL2 A;  1PSA A;  2QMG A;  2PSU A;  3EKW A;  3L5F A;  3A2O A;  3LPK A;  5P3F A;  1KJ7 A;  4FSE A;  4YBF A;  3N4L A;  3VF3 A;  5P2N A;  3MXD A;  2OHT A;  2NNP A;  5P7F A;  5P47 A;  1HVS A;  5P2K A;  5P4H A;  1W5V A;  5P8O A;  2I4D A;  4EJL A;  1TZS A;  4FRS A;  4DJX A;  5P0M A;  3KDB A;  1HIH A;  5KAO A;  4Y3F A;  4LXA A;  5KOQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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