4RVIA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl0519
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRYKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Enhanced antiviral activity by the P2-tris-tetrahydrofuran moiety of GRL-0519, a novel nonpeptidic HIV-1 protease inhibitor (PI), against multi-PI-resistant and highly darunavir-resistant strains of HIV-1
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rviA00
4FIVA 3OAGA 2P3CA 1HBVA 5P8JA 3LIZA 5IE1A 3UDPA 5P3GA 4K8SA 4I12A 4Z50A 4GJBA 5AH7A 4GB2A 4LHHA 2QNPA 4Y4BA 4J17A 4FRKA 4J1CA 4JPCA 5C9DA 5AH8A 5P4EA 5DR7A 1ODWA 2IEOA 5BS4A 4J54A 5P2GA 2UPJA 3UCBA 5P16A 2IENA 2B7ZA 4J1KA 4Y4WA 3LIQA 4Y48A 4OBKA 5OZZA 2QMPA 2P83A 2Q54A 5KR2A 1LZQA 1HVHA 5P81A 4EQJA 5P1NA 3EKWA 4GIDA 3OUCA 5P75A 1A8KA 5P3NA 5P80A 5OZ3A 5APRE 5IVTA 1GKTA 3BUHA 5P20A 3MXEA 1BBSA 1AAQA 2BKTA 3R2FA 4F76A 1BIMA 3QAAA 4KUPA 2RKGA 5OYRA 2ZHSA 4D8CA 4U8WA 5P7RA 1NH0A 4B78A 4X2LA 3IXJA 3RTMA 2VA7A 5P7FA 1EC0A 1OD1A 5P85A 3SA4A 4Q1WA 1K2CA 5P3EA 1MESA 1BXQA 1HVRA 5OZPA 4PEPA 2MIPA 3BUGA 3DV1A 9HVPA 2ZDZA 3UDQA 5P2IA 4ZPFA 2JJJA 1MVPA 5P7JA 3QROA 4B00A 4R92A 5P4TA 3UDJA 4YD3A 3UQRA 2QMGA 5P3OA 1BV7A 4CPRA 4XKXA 4I0IA 4XX3A 4YBFA 1APWE 4I0ZA 4BELA 5P8DA 3OGPA 5P0XA 4YDFA 1A9MA 1LYBB 3INFA 5P7WA 5HDZA 3NU5A 1QBTA 2G1RA 3QBFA 3NU6A 2Q15A 4FAFA 5P33A 3LZVA 1B11A 5OZXA 1WBMA 3S7MA 5P4PA 3OY4A 1XS7D 2OHTA 2RENA 3SFCA 5SY2A 1EPNE 5P7EA 3OXVA 2J9JB 2O4KA 1G35A 1E80E 2RMPA 5P5MA 3UFNA 1B6LA 4OBHA 1IZHA 5I3VA 3HVPA 2Q55A 4LXKA 3TKWA 4Y5CA 5OZKA 1EAGA 1C6XA 5P2UA 5P6DA 5OZ6A 5OZ1A 1PSAA 5I3YA 5DQ4A 1UH9A 4DJRA 1MTBA 3NXEA 5J25A 3T11A 3S43A 3FX5A 5I3WA 3DJKA 5P1OA 3O9FA 1BV9A 4ZPGA 4YA8A 4NJTA 2FNTA 3L5FA 5P7BA 3MWSA 3L5DA 4OBDA 4YCKA 5P8NA 4FE6A 4L7GA 2G24A 4RYGA 5P84A 3FNSA 3UTLA 2OHKA 2Z54A 5OZSA 3O9LB 4B70A 2Q64A 1N49A 1EC1A 5HCOA 3LIVA 4LBTA 5P8TA 5BWYA 1ZJ7A 3OQFA 5P01A 5P4LA 2XYEA 1PPKE 1B5FB 1RPIA 1VIJA 3RSXA 3SM1A 5DQ1A 3LZSA 1BDLA 2VJ9A 1SMEA 2PQZA 1DIFA 3PHVA 1AJXA 2ER7E 5P2KA 2WF2A 5P02A 4D85A 4KE0A 2HC0A 2QU2A 3HLOA 1W50A 2AOHA 2IKUA 2V11C 3U6AA 1XDHA 1W5WA 4YD6A 5P7UA 5P4MA 5AHAA 3VF5A 1CZIE 5HE5A 5P5QA 5P2ZA 1FG6C 2HB2A 1T3RA 5P6SA 4PZWA 4Y41A 5P6EA 4RZ1A 5OZ2A 1B5FA 3HZCA 5P8MA 4LL3A 2NXMA 5P56A 3KT2A 5JFPA 1WBKA 2FDEA 5P0DA 2ASIA 3ZPTA 4AMTA 2IRZA 5KQXA 5P39A 5P29A 3SPKA 5KQZA 3B7VA 3VLAA 4CMSA 5OYTA 4CKUA 5P67A 5P1JA 3UQWA 1K2BA 5P0YA 5B18A 2ANLA 4Y37A 5P4FA 4R95A 4LP9A 3SA3A 3KF0A 3UDNA 2BPWA 3VV8A 4EP3A 3L58A 3OXCA 5P28A 1MSNA 5P8AA 6UPJA 5IVRA 5P05A 3PGIA 5DQCA 5OZ5A 4Y5BA 5OZBA 2UY0A 1IVPA 2Q3KA 5OZRA 5P4QA 2QD7A 4I10A 4ZLSA 2CEJA 4Y36A 4Y3XA 1HVIA 3BVBA 3K1WA 4YD4A 3VF3A 4OBZB 1MEUA 5P23A 2WF3A 4FSLA 5P6MA 5OZ9A 3QRVA 5P8FA 2F80A 5DR4A 5P3SA 5P42A 1LEEA 5KQYA 4HE9A 4R93A 5P6OA 4Y3LA 3QN8A 2VA6A 2AZCA 4MC6A 3KDBA 3EKTA 5P4UA 4J0TA 5P2AA 4X7IA 4DJUA 3RTHA 4TVGA 1HSGA 3GI4A 5P2LA 4OBZA 1MSMA 1SDVA 4J1IA 3PVKA 4I0EA 3O9AA 1YT9A 1D4KA 4PPHA 2FLEA 5P3YA 2APRA 1HTFA 3GI0A 2AVSA 4DV9A 2AOFA 5P1GA 5P2MA 5P6PA 5COOA 1GVTA 3ST5A 4Y3WA 1XE5A 2NR6A 3SA9A 6FIVA 1FG8C 1K6CA 1SDUA 1KJ4A 5OZHA 1HPSA 5P7TA 4FRJA 5P46A 5OZDA 5P78A 3GGVA 2QMDA 5P0VA 4XX4A 1IDBA 4HLAA 5P8UA 1HSIA 5P5BA 5P3ZA 3KM4A 1LYAA 2P8HA 2AQUA 5P0GA 5P0TA 2QMFA 5P8VA 4HA5A 3DM6A 3VUCA 4Y58A 3HVGA 3UQPA 1W5YA 1NPWA 1HTEA 1GVUA 3N4LA 2R5QA 4JECA 5P57A 1BDRA 3EKQA 3GI5A 5P00A 4I0JA 3SKGA 4F75A 2NTRA 2OHLA 1QRPE 3INDA 2F81A 2QZXA 3BRAA 3EM4A 1TSQA 1HPOA 5P7IA 5P51A 5P1BA 3A2OA 5OYSA 1KJ7A 1HTGA 4Q1NA 4RVJA 5P3VA 2P3BA 5DGWA 2OAHA 4WY6A 4Y4GA 5P8LA 2BPYA 3URJA 4GYEA 4GJ6A 3URIA 4NJSA 2VIYA 5AGZA 4EPJA 5C9BA 2O4SA 3OXWA 5I70A 2V00A 5P30A 1SH9A 3QPJA 5P15A 3TOHA 4YBIA 3OU4B 3NSHA 3R4BA 1MRXA 3NR6A 3T7XA 3L5CA 3CICA 1QDMA 1EBZA 3INEA 4GJDA 5OZIA 2I4QA 1IZDA 2O4PA 2QD6A 3FIVA 3TPJA 1W5VA 3BUFA 2V13A 3PRSA 4WTUA 1E81E 1FB7A 4FM8A 3PWWA 5SY3A 4Y35A 2QCIA 1ZAPA 3TNEA 2WECA 4DJQA 4PHVA 5OZEA 2QI4A 5P2QA 5P8IA 4AZYA 5IS4A 3PSYA 5OZ8A 5T4SA 5KR0A 2WHHA 2QZKA 4UPJA 4TRWA 4Y4XA 5P62A 4Y47A 5AH6A 5P06A 5P4IA 1LV1A 1SGZA 4I0DA 1ODYA 3NWXA 4Y3JA 5P3FA 1HIIA 1ZSRA 5P24A 3OU1A 3Q3TA 5P7KA 4Y3AA 2I4WA 1DW6C 5P4AA 4Z22A 4Y56A 4Y3EA 1MRWA 2XYFA 5P1KA 5P3WA 5P7HA 1EBKC 2HM1A 3PLDA 5P6YA 3OAGB 1EBWA 4Y38A 1AVFA 4HDFA 3D91A 4FL8A 1Z1RA 1DP5A 2AOCA 5P8GA 3ER5E 4PZXA 3IVHA 4GJ8A 1HRNA 3OWNA 1B6PA 2BBBA 1SMRA 4Q1YA 5P59A 3Q6YA 5OYWA 3NDTA 4RCEA 3IN3A 1ZSFA 4GJCA 2VIZA 2B8LA 1EC3A 1ENTE 5P5ZA 3DUYA 4Y57A 5P54A 5ISJA 4CP7A 1BILA 4B05A 4HZTA 3ECGA 5P3HA 3K5DA 1K1TA 2ZE1A 3G70A 2PYMA 4IVSA 2EWYA 4EYRA 4GJAA 3WZ8A 2G21A 4Y4AA 4ZSPA 5P07A 5OZOA 1BWBA 5P8PA 5P1ZA 3WZ7A 4AA8A 4ZIPA 4DVFA 2CENA 4Y5LA 1EBYA 2PWCA 5P63A 1XN2A 4Y5AA 5P34A 1YTHA 4Y44A 1RV7A 3UF3A 5ISKA 5P09A 5P7YA 5OZYA 2ZYEA 5P52A 2F3KA 2QI0A 5P3XA 5DR3A 1K1UA 5P5RA 3PB5A 3L38A 5P73A 4I8ZA 5P4NA 3Q5HA 1FFIC 2B8VA 5PEPA 4A6CA 2PC0A 5P44A 4FCOA 1MIQA 4Y4EA 5OZWA 3EKVA 1OHRA 5P79A 1FMUA 1C70A 5P3TA 4J55A 5P69A 4L7JA 3VF7A 5P71A 3IVIA 4Y4ZA 1FF0C 5KOQA 1D4SA 5P58A 3VFBA 3T3CA 5P0PA 1YM4A 3FSMA 3LHGA 3OADA 5P7DA 1XL2A 3S54A 4J1EA 2I0DA 1YTIA 3SO9A 1YX9A 5F00A 3PM4A 2IGXA 3OUAA 5P50A 3LZYA 1EPQE 3VYDA 5P17A 5HU1A 4TVHA 2F8GA 4ACXA 3BHEA 5P5HA 3TPPA 1M4HA 2IS0A 3KA2A 5P70A 1META 1ZP8A 4ZSQA 3LIXA 1ZLFA 1APTE 1ZPKA 3S43B 5P5NA 2QNNA 1T6EX 4J0VA 3R0YA 3GI6A 5P1PA 4OBGA 5P82A 1HPVA 4IVTA 3O9BA 4L6BA 4DQFA 5P88A 2WKZA 5P3IA 4ACUA 3CKTA 2Q11A 4EWOA 5HCTA 2V12C 3IA9A 2NMYA 2IGYA 4R8YA 2Q5KA 1EPOE 3QVCA 4GJ7A 2B60A 5P2OA 2VJ6A 4OBFA 4RLDA 5EZZA 1PSNA 2VNNA 3CKPA 3OOZA 4QJ6A 2A4FA 2QD8A 1G6LA 5P1TA 1MPPA 3O9HA 3FNTA 4DH6A 5P3QA 5P76A 3KMYA 2ZJNA 1EPLE 2G20A 3GW5A 5P5OA 3EL5A 4FS4A 2JJIA 4DJXA 1BVGA 1K6PA 2PSGA 2V0ZC 1W6IA 1ER8E 4Y5MA 1EPME 5ENMA 2WJOA 4OBJA 2VKMA 2PK6A 3I2LA 5OZVA 5P6RA 5P1AA 2WEBA 5CLMA 1MUIA 4AUCA 5P0FA 5P3DA 2AZBA 4ER4E 5P7LA 5P03A 1EEDP 3S45A 5P7AA 3HAWA 3NWQA 1BXOA 2J9KA 5OYXA 4ER1E 5P6TA 2G1NA 2NXLA 1SDTA 3BC4A 4EJ8A 4B0QA 3DCRA 1RL8A 1GNOA 1BWAA 4I8WA 4DQHA 1C6ZA 5OYYA 1T7KA 3KMXA 2R5PA 4Y3GA 5P0KA 5HDXA 4U7VA 2V16C 5P6HA 4Y5KA 3QRSA 4FM7A 4QJAA 3NUJA 5KQFA 3MSLA 2FGUA 5P5IA 1SGUA 3KFPA 4YHQA 4APEA 3EKPA 5P0OA 5P2CA 7UPJA 3SA7A 1NSOA 4Y4DA 4RRNA 1W51A 1HHPA 5P3UA 2IQGA 2AVOA 2R9BA 3CKRA 3I8WA 3D3TA 4DQBA 5P7VA 4DJPA 3ZKQA 2QI1A 3OXXA 1HSHA 4F73A 5P10A 1NPAA 3LNKA 5P5GA 3B80A 1EC2A 4FRIA 3PEPA 4YCTA 3NDXA 2ZJIA 2O4LA 1PPLE 1QBSA 4D89A 4JP9A 1FQ8A 3RTNA 5P6XA 3IN4A 3Q4BA 2AODA 4I11A 5P0BA 1TW7A 2VS2A 5HTZA 1IZIA 3CIBA 2OHQA 5P4KA 1GVVA 5P45A 2ZJKA 5P0MA 5P1EA 5P4RA 1FMBA 1Z1HA 4EJDA 2FDDA 5P2DA 2PWRA 4OC6B 8HVPA 4J0ZA 1B6KA 3T7QA 2WF1A 2RSPA 5P2XA 5P8CA 1AJVA 5P6UA 2BQVA 3OUDA 4RRSA 5P6JA 2G94A 4R91A 5P0HA 4K4RA 5OZLA 4N00A 2O40A 3OGQA 5IVSA 5P1WA 4OD9A 1SBGA 3UDKA 1LYAB 3KDDA 3EBZA 3PBDA 5P31A 1M43A 1HIHA 5DR8A 1B6MA 4CPTA 1Q9PA 5P1QA 4I0GA 1EPPE 1FQ4A 4OC6A 4J5JA 1IDAA 4EJLA 4Y4UA 2FDPA 5COKA 4H3JA 4LC7A 5OZUA 3QI1A 1T7IA 5DGUA 3LITA 2HB3A 5OZCA 1D4YA 1T7JA 2FMBA 2WEDA 3NUOA 4H1EA 5P7GA 2BKSA 2CEMA 4RCFA 4Y50A 5P2YA 4EP2A 5P2VA 2P3BB 3VSXA 5P7PA 3ZKIA 3BXSA 1T6GA 5UPJA 1QBRA 3TOFA 4TRYA 2WF0A 5ER1E 5P87A 3OTYA 1IZEA 3HDKA 1QS8A 2G22A 3WSJA 2A1EA 2PK5A 1VIKA 4Y45A 5P68A 5P2TA 5TOLA 1PROA 1JLDA 5P6FA 4LAPA 5P6AA 3HBOA 5P5SA 2P4JA 3WB4A 4Z4XA 4Y5EA 5KOSA 4DQGA 3KFSA 4J0PA 1W6HA 4Y9WA 3IGBA 1LF3A 3VG1A 2V10C 1LS5A 5P35A 5P5UA 5HD0A 2AOGA 3FV3A 4KE1A 5OZQA 3PSGA 2OHMA 5P53A 4DJVA 5P47A 3DOXA 2PH6A 1HEGE 2R3WA 3RVIA 3VYFA 5P7NA 3TOGA 5P8SA 3VV6A 4DJWA 2R3TA 4YOBA 3EL9A 3KFNA 2NNKA 3SKFA 4EXGA 1CMSA 5P4CA 5P3AA 5P4YA 3DCKA 3AUPA 5P3RA 3PCZA 4BFBA 3C9XA 1APUE 2ZHTA 1XE6A 3I25A 5P40A 1D4LA 5I3XA 4FRSA 3EM3A 5P37A 3EXOA 5OZGA 5OZNA 4RVXA 3BXRA 1G0VA 3OU1B 3PI0A 5P0EA 4H3FA 3R0WA 2B42A 2JYSA 4J1FA 4E43A 3OUBA 3NDUA 3NLSA 1QBUA 2FGVA 1LF4A 1FQ6A 5JODA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FIV A;  3OAG A;  2P3C A;  1HBV A;  5P8J A;  3LIZ A;  5IE1 A;  3UDP A;  5P3G A;  4K8S A;  4I12 A;  4Z50 A;  4GJB A;  5AH7 A;  4GB2 A;  4LHH A;  2QNP A;  4Y4B A;  4J17 A;  4FRK A;  4J1C A;  4JPC A;  5C9D A;  5AH8 A;  5P4E A;  5DR7 A;  1ODW A;  2IEO A;  5BS4 A;  4J54 A;  5P2G A;  2UPJ A;  3UCB A;  5P16 A;  2IEN A;  2B7Z A;  4J1K A;  4Y4W A;  3LIQ A;  4Y48 A;  4OBK A;  5OZZ A;  2QMP A;  2P83 A;  2Q54 A;  5KR2 A;  1LZQ A;  1HVH A;  5P81 A;  4EQJ A;  5P1N A;  3EKW A;  4GID A;  3OUC A;  5P75 A;  1A8K A;  5P3N A;  5P80 A;  5OZ3 A;  5APR E;  5IVT A;  1GKT A;  3BUH A;  5P20 A;  3MXE A;  1BBS A;  1AAQ A;  2BKT A;  3R2F A;  4F76 A;  1BIM A;  3QAA A;  4KUP A;  2RKG A;  5OYR A;  2ZHS A;  4D8C A;  4U8W A;  5P7R A;  1NH0 A;  4B78 A;  4X2L A;  3IXJ A;  3RTM A;  2VA7 A;  5P7F A;  1EC0 A;  1OD1 A;  5P85 A;  3SA4 A;  4Q1W A;  1K2C A;  5P3E A;  1MES A;  1BXQ A;  1HVR A;  5OZP A;  4PEP A;  2MIP A;  3BUG A;  3DV1 A;  9HVP A;  2ZDZ A;  3UDQ A;  5P2I A;  4ZPF A;  2JJJ A;  1MVP A;  5P7J A;  3QRO A;  4B00 A;  4R92 A;  5P4T A;  3UDJ A;  4YD3 A;  3UQR A;  2QMG A;  5P3O A;  1BV7 A;  4CPR A;  4XKX A;  4I0I A;  4XX3 A;  4YBF A;  1APW E;  4I0Z A;  4BEL A;  5P8D A;  3OGP A;  5P0X A;  4YDF A;  1A9M A;  1LYB B;  3INF A;  5P7W A;  5HDZ A;  3NU5 A;  1QBT A;  2G1R A;  3QBF A;  3NU6 A;  2Q15 A;  4FAF A;  5P33 A;  3LZV A;  1B11 A;  5OZX A;  1WBM A;  3S7M A;  5P4P A;  3OY4 A;  1XS7 D;  2OHT A;  2REN A;  3SFC A;  5SY2 A;  1EPN E;  5P7E A;  3OXV A;  2J9J B;  2O4K A;  1G35 A;  1E80 E;  2RMP A;  5P5M A;  3UFN A;  1B6L A;  4OBH A;  1IZH A;  5I3V A;  3HVP A;  2Q55 A;  4LXK A;  3TKW A;  4Y5C A;  5OZK A;  1EAG A;  1C6X A;  5P2U A;  5P6D A;  5OZ6 A;  5OZ1 A;  1PSA A;  5I3Y A;  5DQ4 A;  1UH9 A;  4DJR A;  1MTB A;  3NXE A;  5J25 A;  3T11 A;  3S43 A;  3FX5 A;  5I3W A;  3DJK A;  5P1O A;  3O9F A;  1BV9 A;  4ZPG A;  4YA8 A;  4NJT A;  2FNT A;  3L5F A;  5P7B A;  3MWS A;  3L5D A;  4OBD A;  4YCK A;  5P8N A;  4FE6 A;  4L7G A;  2G24 A;  4RYG A;  5P84 A;  3FNS A;  3UTL A;  2OHK A;  2Z54 A;  5OZS A;  3O9L B;  4B70 A;  2Q64 A;  1N49 A;  1EC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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