4RVXA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl079
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Enhanced antiviral activity by the P2-tris-tetrahydrofuran moiety of GRL-0519, a novel nonpeptidic HIV-1 protease inhibitor (PI), against multi-PI-resistant and highly darunavir-resistant strains of HIV-1.
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rvxA00
1FMXA 5I3YA 2PYNA 4LXAA 3S7MA 4J1KA 4Y58A 5KQZA 1IVPA 2PYMA 1EPLE 4OBJA 2R3TA 5ISJA 3OXXA 5P4QA 1ODWA 3CKTA 3H0BA 5P5GA 5PEPA 4ZPEA 5I3XA 1IZIA 3KA2A 3MXDA 5P0AA 5P4XA 5P8FA 1NPAA 5P3YA 5P1FA 1FKNA 2QNPA 2VKMA 4EQ0A 4HZTA 2ZJKA 2J9JB 1EC0A 1F34A 4FE6A 4RRNA 1EPOE 5P0NA 3VSXA 4RGHA 3UDRA 5P7CA 3OXCA 4Q1YA 3UQXA 5KOSA 3O9FA 3KMYA 3OAGB 2P3DA 1YTGA 1ENTE 4TVHA 4Y5NA 5P7YA 4J0TA 5P84A 4D89A 1EC2A 5BWYA 5JFPA 4I0DA 5P5AA 3BUHA 1MIQA 5P71A 4H1EA 4Y56A 2PSVA 2HS1A 4EJDA 5P4WA 1HXWA 1M43A 5P47A 7HVPA 2ZHVA 2BPYA 3GGXA 3LZVA 1EBZA 1IIQA 2QI1A 5P0UA 3S85A 5P2AA 4Y5AA 5P2NA 2P3AA 1KJHA 5P2YA 5JODA 1D4YA 1T7IA 4LL3A 3EKVA 1EBKC 3F9QA 1GVUA 5P49A 4JPEA 1ZPKA 3IXOA 5P20A 5P3ZA 3HLOA 2QI0A 3PBZA 4FIVA 1SIPA 3EM3A 3LINA 1APWE 3VF5A 4MC2A 5J25A 3FNTA 2WECA 5ER1E 5P1BA 4RCEA 3K5GA 3BVAA 1A8KA 4TVGA 3EM4A 5P74A 4DJWA 5COKA 1ZSRA 1ME6A 1LYAA 1GVTA 2G94A 5P02A 5P56A 1B11A 4FRSA 1FQ6A 5P1AA 5P2QA 4Z4XA 3CIDA 3BXSA 3LIYA 4J0YA 3D3TA 1D4JA 1XN2A 4RCDA 5P6KA 4MC6A 5P2EA 1HIVA 1XL2A 1EBYA 2NMYA 5HCTA 4MC9A 4H3IA 5P4GA 4L1AA 2HPFA 1MEUA 5OZHA 3SA5A 3SM2A 1SDUA 1IBQA 4DVFA 4PPHA 2ZJIA 5P57A 5P5TA 4A6BA 5P0TA 2F8GA 4F76A 2F3KA 4OD9A 1D4SA 3BC4A 3K5CA 5P2BA 5P68A 3K5FA 3TNEA 5P0EA 4PZXA 5P5UA 3VCMA 5P00A 5P4LA 5P78A 4OC6A 5P5WA 3HBOA 1MTBA 3KYRA 3KDCA 3R2FA 4YCKA 5JG1A 5C9DA 2Q3KA 1SIVA 5P1JA 5P87A 3WZ8A 3KMXA 5P1YA 4Y43A 4YOBA 2Q11A 4OBGA 1SDVA 4GJ9A 4DV9A 4J1CA 3ZPUA 5OYUA 3TKWA 5P3NA 1B6JA 5P6QA 4D8CA 1G2KA 4Y4WA 2QZXA 2WF2A 2RSPA 5P6GA 2OHQA 3L5BA 3TPRA 5P60A 4J1EA 2ZHSA 4EJLA 4EP3A 5P5BA 1TW7A 2HAHA 3O9AA 1SGZA 5OZCA 5DQCA 5P38A 1HEFE 3TKGA 2G1RA 5P1EA 4TRZA 5P3CA 3S7LA 3O9BA 5I70A 4B1DA 2ER7E 2ER6E 4Y3WA 1W6HA 3T6IA 2NTRA 4I0IA 5P5NA 3OU4B 2BBBA 4FL8A 4ZPGA 5OZBA 5P4JA 3HVPA 4GYEA 4Y3PA 5P23A 5P7UA 2ZHUA 3ZMGA 2OHUA 3SFCA 1FG6C 5DR0A 5P3TA 5KQFA 5P6NA 3NWXA 4IVSA 2BKTA 5P2ZA 1Z1RA 7UPJA 4QGIA 3QVIA 5P48A 3T7XA 4Y5MA 1EPPE 2PSUA 2VA6A 3OK9A 3IXJA 4B00A 4DJUA 2V00A 8HVPA 5DQ2A 2NXDA 1FQXA 3TPPA 4U7VA 1HTFA 1APTE 5P11A 1B5FB 5OZGA 3QRVA 5HD0A 3ECGA 4K4RA 4Y3ZA 2AVSA 2FXDA 5P0BA 4YBIA 5DR8A 2RENA 3LPJA 5P7XA 4APEA 5DGWA 4FM7A 4R8YA 4HEGA 5P42A 4U7QA 4Y3LA 1K2BA 5P5PA 5P2HA 3D1ZA 3BVBA 2I0DA 4I11A 4I8ZA 4EJ8A 4NJVA 3NWQA 3SPKA 1RV7A 2I4UA 2WEAA 5SY3A 5P4FA 3EL4A 5P55A 5P77A 3UDKA 4Y3RA 5P8IA 4KE1A 2UPJA 5P8OA 4GJBA 3WZ6A 4ZSRA 5P1TA 3TOFA 4A6CA 4ZLSA 1FMBA 3EL5A 5P53A 3VV6A 1PPKE 5P27A 5P0XA 1EPQE 3ZKMA 2QI5A 4Q1WA 5P2XA 1BWAA 5P4EA 4Y3QA 5P0DA 5P4SA 3TTPA 5P73A 1SGUA 6APRE 5OZ8A 4DJVA 3K4VA 4GIDA 2WHHA 3Q4BA 3WZ7A 2FDDA 5P7SA 3Q5HA 1MVPA 3UDNA 5P5YA 3PI0A 2ZGAA 2ZJJA 1K6VA 5OZJA 3FV3A 1MT9A 4PEPA 5P8UA 5OZAA 5P03A 1XE5A 5OYZA 5P61A 5P3IA 5HDXA 3NUOA 1DP5A 3DJKA 1AM5A 5P25A 3NU6A 5OZUA 5P0HA 4Y44A 4ZSMA 3G70A 4DJPA 1PROA 2Q5KA 2O40A 3KDBA 5P3VA 4APRE 3GI5A 4CPQA 3L5DA 3QRMA 3ZKSA 1FIVA 5P5RA 1GVWA 3URLA 5OYQA 3GGVA 2RMPA 1EPRE 4Y53A 2G24A 1FMUA 2G1YA 1APUE 1MERA 4RLDA 4YE3A 4AA9A 5P6IA 2FLEA 2AIDA 1FQ4A 5P6AA 2IRZA 3PRSA 1DIFA 5P7GA 5P46A 1C70A 2HIZA 1EC1A 1XDHA 3SKGA 5AH9A 4EXHA 3INDA 3M9FA 1MRWA 5P6EA 4J1HA 5HE5A 1MSNA 5P2JA 4B70A 5P4MA 2H6SA 3NDTA 2AZCA 3NXNA 4PHVA 3NUJA 4CMSA 2HM1A 4NPTA 2IDWA 1HPSA 5P12A 1KJ7A 3PB5A 5I3VA 5F00A 5IE1A 4RVXA 3LIVA 5C9BA 2AVVA 4Y3SA 4DFGA 4EPJA 4J17A 3QBFA 3R4BA 5SY2A 2HC0A 5OZKA 3I2LA 2PC0A 2PWRA 2FNTA 5P1NA 3GI4A 2RKGA 2NPHA 1TCWA 2QZKA 1LF2A 4Y3EA 2ZHTA 3OUDB 1AVFA 1QBUA 5P5LA 2V13A 1SMEA 5P70A 3EM6A 5P8GA 2A4FA 1VIJA 5P8SA 2BQVA 2F81A 3ER5E 2PH6A 5BRYA 3DV5A 5P45A 2UY0A 2QMGA 1UH7A 3RVIA 5OZ3A 2UXZA 3KFNA 4J55A 5P5MA 1LYBA 5P4RA 2QK5A 3OOZA 1K6TA 1NH0A 3VFBA 1LYWA 4LC7A 3PEPA 5DGUA 3WB5A 2BJUA 3ST5A 1CZIE 5P5QA 2B7FA 4WTUA 5P7IA 3OGQA 3UDQA 4GB2A 1QS8A 2QI3A 3BUFA 1W6IA 5P5OA 2IL2A 5KR0A 4GMIA 5P0WA 6FIVA 4KB9A 5P6VA 5P3DA 3LITA 3LIZA 4Z2ZA 3ZOVA 2P3BB 4Y6MA 5P04A 5P30A 3CICA 3KT5A 5P7BA 1HBVA 5F01A 1ZLFA 5HE4A 3CKRA 5P39A 3PLLA 1KJFA 1META 3EKXA 3OHFA 4Y5PA 5P3UA 4FM6A 1ZTZA 3OQDA 3EL9A 1E82E 5P3OA 4Y57A 1PSAA 3GGAA 5OYVA 2VA5A 2R8NA 2Z4OA 4CPXA 2WJOA 2JJIA 4FGXA 4Y38A 4Y3JA 4CPWA 2JYSA 4BEKA 1A9MA 3LHGA 1PSOE 5P4NA 1BBSA 3GW5A 4NJTA 3INHA 3TOGA 1Q9PA 1HTRB 3GI6A 3OAGA 4NJSA 4OBKA 1JLDA 5P85A 1BDQA 1T7JA 5P09A 5P54A 3QROA 5P0YA 3N4LA 1W50A 5P5SA 3OADB 3BHEA 2QP8A 2R3WA 2G1OA 1HSHA 2XFKA 4E43A 5P8JA 5E5JA 4Y5KA 2QU2A 5DQ5A 5P0LA 5P14A 5DR1A 4Y3DA 1DMPA 2NR6A 3SM1A 3OOTA 3PSUA 5P01A 2QHZA 2HB3A 2HB4A 1D4LA 5P7ZA 4I10A 5P3XA 2A1EA 5P6YA 3NYGA 4R92A 4I8WA 5OYTA 5P0MA 5P2WA 3D20A 3Q70A 4Y51A 1G35A 1XL5A 4Y35A 1HSIA 5AHBA 2V16C 1GNOA 1HRNA 3O9GA 3QAAA 4H3GA 4DQCA 2OAHA 3L38A 3PSGA 3PGIA 2ZJMA 3CYWA 5OZ6A 5P2OA 5TOLA 4RVJA 5P5FA 2IGXA 5I3WA 4ER1E 5P58A 3UPJA 3QRSA 3U71A 2VJ9A 1E81E 4YDFA 3LZYA 5P5HA 3CYXA 2ZYEA 5OYSA 5OZYA 1W5VA 2WEBA 5P2TA 2WF0A 1SBGA 3LNKA 5P3BA 5P3LA 5P8NA 1ZP8A 3SA4A 4NJUA 5P8DA 4L7JA 4FSEA 3VG1A 3B7VA 4LBTA 4H3FA 1GVXA 1W5XA 2G69A 3OTYA 4AZYA 3PWRA 3PMYA 4WY1A 1OHRA 3AIDA 2VA7A 4Y4DA 5P4KA 4I1CA 2R5QA 2RKFA 1OEWA 1B6KA 1NPVA 4GJ8A 3S56A 4J1FA 2IGYA 5DQ1A 4B72A 5P0VA 5KQXA 3NDWA 5P7AA 4J0PA 5P1SA 3QS1A 4K9HA 1AZ5A 5HU1A 4QJAA 2VJ6A 4Y3XA 5DQ4A 5P32A 4M8XA 2QD6A 3APRE 4DJQA 4IVTA 3RTMA 5P2UA 1MESA 4HDFA 3IVHA 4D88A 5P3QA 1SH9A 1ZAPA 2FGUA 3OQ7A 5IS4A 5OZRA 5P1MA 1LYAB 2Q64A 2QI4A 2QCIA 5P6TA 3TPJA 5P31A 5OZ0A 2ANLA 1K6PA 3K1WA 5P5DA 4DJOA 4YA8A 5P72A 5P6UA 3L59A 4Y3MA 1Z1HA 5P75A 4RVIA 3VLBA 1FQ7A 1TQFA 2V0ZC 5P3EA 2Q15A 4RCFA 4L1AB 2O4SA 3C9XA 3Q6YA 5OZ2A 5ENMA 4Y48A 4Q1NA 5P34A 4HVPA 3VSWA 3SABA 5P6BA 5P7MA 2V12C 1HPVA 4EP2A 5EZXA 5DPZA 3SKFA 1A30A 3B80A 3PHVA 3SQFA 1YTHA 4JPCA 2AOEA 3R0YA 5P28A 3S45A 4EJKA 3D91A 2XYEA 1XN3A 5P6LA 3NU4A 4YD4A 1EBWA 2FGVA 1B5FA 1QBTA 5P3SA 5P36A 5IVTA 5COOA 1UH9A 3SA7A 3OUCA 2OHPA 4Y4BA 2ZJNA 4JP9A 4XXSA 4PYVA 1IZHA 3O9CA 5P24A 5AHAA 1WKRA 4LAPA 3GI0A 2AZBA 2QMDA 2AOHA 3JW2A 9HVPA 1A94A 3FSMA 5P8VA 1NPWA 2OHMA 1QBSA 2PWCA 4Y5EA 3ZKIA 4GZFA 2JXRA 1MRXA 5P0JA 3GGUA 2AOJA 2B42A 4DQEA 2XFJA 5P3FA 4YD6A 5P1ZA 2XFIA 3UQWA 4Y50A 4RYGA 5P51A 5P8HA 3R1GB 3SA6A 4Y3TA 5P8MA 1IZDA 3WB4A 2QMFA 2CENA 3PVKA 4YCYA 3BRAA 1IVQA 3EXOA 3EKYA 5OZXA 1DAZC 5OZDA 2IENA 4J54A 4JOOA 4B05A 4ZEAA 1T7KA 1FEJC 4COEA 5P89A 5C9FA 2VNMA 5OZ7A 2QD8A 4I0GA 5P3KA 3S8IA 3LZUA 3G72A 1GVVA 1C6ZA 5AH7A 2F3FA 3T11A 3DOXA 1VIKA 5P81A 4Y37A 1LV1A 3BGCA 4FM8A 5P8RA 5CLMA 2FNSA 4ZSPA 5P6JA 3SLZA 2BPZA 3NU5A 2I4DA 4OBFA 5P6FA 3L5CA 2IS0A 3KFRA 1EPME 3CMSA 1FGCC 5P5VA 2NMZA 5ER2E 1FFIC 5P08A 3SA3A 2P8HA 3EKQA 3HD8A 1KJ4A 4U8WA 4LXMA 4DPFA 3DV1A 4Y5BA 5P13A 1E80E 5P8CA 4S1GA 5HU0A 5P2VA 4EWOA 5P1QA 5P7QA 3A2OA 1B6MA 5IVSA 3U7SA 3UTLA 3PLDA 3FNSA 4F75A 4CPSA 5HDUA 1KZKA 4EYRA 3OU3A 1FF0C 4R93A 3HAUA 5P1GA 5P7KA 1EAGA 5P6WA 1W5YA 1HWRA 5P6CA 3UDPA 5P5CA 1PPME 5P3WA 5P0CA 3S53A 1BDLA 3DM6A 3G6ZA 3S2OA 4LXKA 5P2LA 2G26A 5P4OA 2OHRA 2OHLA 2AOIA 3N3IA 3RSVA 5COPA 5P26A 5P3JA 3UDHA 2WKZA 4YD5A 2QNNA 5P2IA 4DH6A 1BDRA 5P64A 3OUDA 1OD1A 4FSLA 3NU3A 2OF0A 3O9LB 5UPJA 3QP0A 1BXOA 2FMBA 3VLAA 2QD7A 5KR2A 2I1AA 3L58A 5P4CA 4CP7A 3EKWA 1YT9A 1FB7A 5KR1A 4RYCA 2R9BA 2AZ9A 2PK5A 2IKUA 3KFSA 2QI6A 3UDJA 4AMTA 4Q1XA 4ZE6A 2F80A 3L5EA 1K6CA 4L7GA 1B6LA 2Q54A 4Y4JA 2BB9A 2FDEA 5OYWA 1G0VA 1IDBA 2AVQA 1ODYA 5P63A 5P6PA 4Y5CA 1WBKA 2PMAA 1HVHA 2AQUA 2JJJA 2AOFA 1ZJ7A 2P3BA 5OZ5A 3OU1B 4GJ5A 3FIVA 1TZSA 1TCXA 4QJ8A 4J1IA 2OHKA 5IVRA 5P1LA 5OZVA 2HB2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FMX A;  5I3Y A;  2PYN A;  4LXA A;  3S7M A;  4J1K A;  4Y58 A;  5KQZ A;  1IVP A;  2PYM A;  1EPL E;  4OBJ A;  2R3T A;  5ISJ A;  3OXX A;  5P4Q A;  1ODW A;  3CKT A;  3H0B A;  5P5G A;  5PEP A;  4ZPE A;  5I3X A;  1IZI A;  3KA2 A;  3MXD A;  5P0A A;  5P4X A;  5P8F A;  1NPA A;  5P3Y A;  5P1F A;  1FKN A;  2QNP A;  2VKM A;  4EQ0 A;  4HZT A;  2ZJK A;  2J9J B;  1EC0 A;  1F34 A;  4FE6 A;  4RRN A;  1EPO E;  5P0N A;  3VSX A;  4RGH A;  3UDR A;  5P7C A;  3OXC A;  4Q1Y A;  3UQX A;  5KOS A;  3O9F A;  3KMY A;  3OAG B;  2P3D A;  1YTG A;  1ENT E;  4TVH A;  4Y5N A;  5P7Y A;  4J0T A;  5P84 A;  4D89 A;  1EC2 A;  5BWY A;  5JFP A;  4I0D A;  5P5A A;  3BUH A;  1MIQ A;  5P71 A;  4H1E A;  4Y56 A;  2PSV A;  2HS1 A;  4EJD A;  5P4W A;  1HXW A;  1M43 A;  5P47 A;  7HVP A;  2ZHV A;  2BPY A;  3GGX A;  3LZV A;  1EBZ A;  1IIQ A;  2QI1 A;  5P0U A;  3S85 A;  5P2A A;  4Y5A A;  5P2N A;  2P3A A;  1KJH A;  5P2Y A;  5JOD A;  1D4Y A;  1T7I A;  4LL3 A;  3EKV A;  1EBK C;  3F9Q A;  1GVU A;  5P49 A;  4JPE A;  1ZPK A;  3IXO A;  5P20 A;  5P3Z A;  3HLO A;  2QI0 A;  3PBZ A;  4FIV A;  1SIP A;  3EM3 A;  3LIN A;  1APW E;  3VF5 A;  4MC2 A;  5J25 A;  3FNT A;  2WEC A;  5ER1 E;  5P1B A;  4RCE A;  3K5G A;  3BVA A;  1A8K A;  4TVG A;  3EM4 A;  5P74 A;  4DJW A;  5COK A;  1ZSR A;  1ME6 A;  1LYA A;  1GVT A;  2G94 A;  5P02 A;  5P56 A;  1B11 A;  4FRS A;  1FQ6 A;  5P1A A;  5P2Q A;  4Z4X A;  3CID A;  3BXS A;  3LIY A;  4J0Y A;  3D3T A;  1D4J A;  1XN2 A;  4RCD A;  5P6K A;  4MC6 A;  5P2E A;  1HIV A;  1XL2 A;  1EBY A;  2NMY A;  5HCT A;  4MC9 A;  4H3I A;  5P4G A;  4L1A A;  2HPF A;  1MEU A;  5OZH A;  3SA5 A;  3SM2 A;  1SDU A;  1IBQ A;  4DVF A;  4PPH A;  2ZJI A;  5P57 A;  5P5T A;  4A6B A;  5P0T A;  2F8G A;  4F76 A;  2F3K A;  4OD9 A;  1D4S A;  3BC4 A;  3K5C A;  5P2B A;  5P68 A;  3K5F A;  3TNE A;  5P0E A;  4PZX A;  5P5U A;  3VCM A;  5P00 A;  5P4L A;  5P78 A;  4OC6 A;  5P5W A;  3HBO A;  1MTB A;  3KYR A;  3KDC A;  3R2F A;  4YCK A;  5JG1 A;  5C9D A;  2Q3K A;  1SIV A;  5P1J A;  5P87 A;  3WZ8 A;  3KMX A;  5P1Y A;  4Y43 A;  4YOB A;  2Q11 A;  4OBG A;  1SDV A;  4GJ9 A; 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 5OZ3 A;  2UXZ A;  3KFN A;  4J55 A;  5P5M A;  1LYB A;  5P4R A;  2QK5 A;  3OOZ A;  1K6T A;  1NH0 A;  3VFB A;  1LYW A;  4LC7 A;  3PEP A;  5DGU A;  3WB5 A;  2BJU A;  3ST5 A;  1CZI E;  5P5Q A;  2B7F A;  4WTU A;  5P7I A;  3OGQ A;  3UDQ A;  4GB2 A;  1QS8 A;  2QI3 A;  3BUF A;  1W6I A;  5P5O A;  2IL2 A;  5KR0 A;  4GMI A;  5P0W A;  6FIV A;  4KB9 A;  5P6V A;  5P3D A;  3LIT A;  3LIZ A;  4Z2Z A;  3ZOV A;  2P3B B;  4Y6M A;  5P04 A;  5P30 A;  3CIC A;  3KT5 A;  5P7B A;  1HBV A;  5F01 A;  1ZLF A;  5HE4 A;  3CKR A;  5P39 A;  3PLL A;  1KJF A;  1MET A;  3EKX A;  3OHF A;  4Y5P A;  5P3U A;  4FM6 A;  1ZTZ A;  3OQD A;  3EL9 A;  1E82 E;  5P3O A;  4Y57 A;  1PSA A;  3GGA A;  5OYV A;  2VA5 A;  2R8N A;  2Z4O A;  4CPX A;  2WJO A;  2JJI A;  4FGX A;  4Y38 A;  4Y3J A;  4CPW A;  2JYS A;  4BEK A;  1A9M A;  3LHG A;  1PSO E;  5P4N A;  1BBS A;  3GW5 A;  4NJT A;  3INH A;  3TOG A;  1Q9P A;  1HTR B;  3GI6 A;  3OAG A;  4NJS A;  4OBK A;  1JLD A;  5P85 A;  1BDQ A;  1T7J A;  5P09 A;  5P54 A;  3QRO A;  5P0Y A;  3N4L A;  1W50 A;  5P5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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