4TVHA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with tl-3 in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvhA00
1LS5A 4K4RA 5P2AA 1OEXA 3KMXA 5P3ZA 4A6CA 1YTIA 2ZE1A 4Y44A 5P8GA 1FMUA 1AJXA 5P8HA 1OD1A 2PC0A 1ZBGA 3VYDA 2B7ZA 3I7EA 4ACUA 1FF0C 4DJUA 5P0KA 3KFPA 3OQKA 3U6AA 4KE0A 5DR0A 2QP8A 1LYBA 2QAKA 2PWRA 1MT9A 2ZJIA 5P4CA 4R93A 5P43A 5P0HA 4FSEA 4LC7A 4MC2A 2PSUA 2VJ6A 4D88A 3OXXA 2AVSA 3DV1A 4FIVA 5P3SA 2HAHA 5P2HA 3SA6A 5P68A 4B0QA 4EJ8A 4PYVA 1XN2A 3CMSA 5P64A 2NNKA 1HTFA 3PEPA 5P1PA 4Y4UA 1LZQA 2PSGA 4DV9A 4RVXA 4A6BA 4FE6A 2VJ7A 4JP9A 5P47A 3CIDA 3VF3A 2QD7A 5JODA 1QS8A 4YDFA 1M0BA 1LYAA 5P5EA 3L5FA 1MPPA 5P1GA 3LIVA 5P6PA 5P5FA 1LF2A 2B42A 1TSUA 1LF3A 2VA6A 4NJVA 1LYWA 5KQXA 3RTNA 1SMRA 4NPTA 4L7HA 5P7MA 3QIHA 3NU6A 1AAQA 4ZPFA 3NDUA 3R2FA 6UPJA 5P7OA 3EKWA 5HE4A 1DAZC 3UQPA 1HSIA 3QP0A 4GB2A 4ZEAA 1KJHA 3VV7A 1QBUA 3OGQA 1FIVA 4FRIA 6FIVA 4Q1YA 4X7IA 3RTMA 3ZMGA 4I8ZA 2OHSA 3S54A 5OZ0A 5P3GA 5KR0A 5P7FA 1F7AA 9HVPA 5OZ6A 3VYEA 5P2KA 3HDKA 2ZJLA 5P6FA 3PMYA 5P0ZA 5P4RA 5P0OA 2ER0E 1EEDP 2AVOA 3OQFA 5P30A 1LYBB 5P84A 2Q54A 5SY3A 5P3HA 5AHAA 2AVVA 5P3DA 1MIQA 1KJ4A 4XX4A 4RZ1A 5P7BA 5EZZA 3PCWA 3LZVA 4AA8A 5I3YA 3EL5A 5P8SA 1CPIA 3IVIA 1PSOE 3L5CA 3L38A 2ZJJA 1T7IA 2QCIA 3I25A 5P1NA 2JE4A 3TPJA 4GJ5A 2ER6E 4N00A 4HE9A 2NMYA 2FGUA 3PMUA 2PH6A 2I1AA 1GVUA 4DQFA 2G20A 3ZPUA 4FM6A 5P31A 1BXQA 3FSMA 1LYAB 1BV7A 3G6ZA 2B8LA 2G21A 3PSUA 4DQCA 5HVPA 3EL4A 5P12A 2Q3KA 3TH9A 1XL5A 5P14A 3KDCA 5P8MA 4I0FA 4FGXA 1BWBA 1IDAA 2OHKA 3T7PA 3K5FA 5P0CA 4HDBA 4Y3FA 2WEDA 5P00A 1IZHA 4NJTA 5P4YA 1ZSRA 2VJ9A 3PB5A 4FL8A 4Y3AA 5P6GA 2UXZA 3OU3A 2FMBA 5P09A 1B5FB 5P15A 1AXAA 2PK5A 3ZOVA 4Q1XA 4YD7A 3VV6A 2AOIA 3OWNA 2QMPA 3QRVA 3KT2A 4GZFA 5P6DA 1AZ5A 5P18A 1B6KA 1NSOA 2QI0A 3HAWA 5P6AA 4ER2E 4D83A 2QU2A 3FX5A 3RTHA 3EM3A 2R43A 5P3FA 1NH0A 5OZBA 4Y3SA 2WL0A 2FXDA 3IAWA 5P4DA 3DCKA 4FRSA 3LHGA 2G1OA 2ZJMA 5OZVA 2OHLA 3EC0A 1VIKA 5DQCA 3PBZA 5P55A 1G6LA 5C9FA 3CYXA 3NU5A 2G1RA 4Y5MA 4Y35A 5P4QA 5P2OA 5P3PA 1MTRA 5P2QA 1CZIE 2J9JB 2AZ8A 5HTZA 1PPKE 2ASIA 4IVSA 4JPEA 1EPLE 5HCTA 3PBDA 1SIPA 4Y4WA 4Y3RA 3OUBA 2F3FA 3BUHA 1B6JA 5OZEA 2R5QA 4BFDA 3D1ZA 5COKA 3PSYA 3D20A 1FG8C 5P5TA 5P56A 1HVHA 3DK1A 2I4UA 3IGBA 4LXMA 1TW7A 5P7VA 3IN3A 1VIJA 2ZYEA 5P62A 4FAFA 2QMGA 5P3EA 1ZAPA 5I3WA 1YT9A 2AOGA 5KAOA 4I11A 1HVJA 3EMYA 2UPJA 2NNPA 3UDHA 2UY0A 4J17A 1D4YA 2F3KA 2WKZA 4J1FA 1YM2A 3RSVA 5P2EA 5P53A 3TOGA 2QZKA 1SDTA 5P2GA 5OZHA 3KFRA 3NSHA 3EKVA 1HIIA 5JFUA 1HOSA 5OZZA 1A9MA 5IS4A 5P19A 3SACA 5P3YA 4BFBA 4Y4AA 2G22A 3S43A 1MVPA 3R1GB 4JPCA 5P2NA 3KFNA 2ANLA 2BPXA 4GIDA 5P78A 1PROA 5P2BA 3MSKA 5P8CA 5P5SA 5P5UA 3O9AA 3SAAA 3OU4A 4Y43A 1C70A 4Y3NA 4I0IA 2XYFA 3S2OA 1BXOA 4WY6A 3I6OA 4Y3EA 3OY4A 5OZGA 5OYWA 1W5WA 1EC0A 5P37A 4RYGA 5FIVA 5P4HA 2FGVA 3BVAA 4Z50A 3R0WA 3EKPA 5P6QA 4EHCA 1MRWA 4RCEA 1YG9A 2QD6A 1WBMA 4R8YA 4Y4GA 2PK6A 5J25A 2CEJA 5P2TA 3PRSA 5P2YA 2EWYA 3K4VA 3Q5HA 3UPJA 4OBGA 2OHPA 4DJXA 4PZWA 1HWRA 5P1CA 2OHTA 1EBKC 5JG1A 4QJAA 4Y5NA 5P70A 5P7QA 1A30A 1NPAA 4LL3A 2P3CA 3T3CA 4YD3A 4CPQA 3OTYA 5P75A 5P13A 3OXWA 2IEOA 5P5KA 1MUIA 5P5NA 5P2SA 3UDQA 3ZKXA 3INEA 1B11A 3OXVA 3K1WA 3LINA 5P7WA 5P0MA 2RKGA 5TOLA 1UH8A 3O9DA 4RLDA 3S43B 5P58A 2F81A 5OYSA 3EKXA 5OZ3A 5P5JA 4Y3MA 2WEAA 5P4WA 3U71A 4MC9A 3UQXA 3IXOA 3PM4A 3OU4B 4EJDA 3N4LA 2QMDA 1BAIA 5P5BA 2H6TA 4H3IA 3ER3E 4GJ6A 5P0SA 3ZKSA 4OC6A 2BPYA 3WSJA 5P27A 4Y3ZA 4I0ZA 2ZHVA 2VA7A 2Q15A 1FQ8A 4NKKA 5P1VA 2PH8A 3OXCA 4YE3A 1KZKA 2G1NA 5P7RA 5P46A 1TSQA 5OZMA 5P54A 1PSAA 3NWXA 4OD9A 4BELA 2WF2A 2OHUA 1SIVA 4A4QA 1BILA 3H5BA 4RROA 3HD8A 4ZPEA 1TZSA 3FNSA 1TQFA 5P8JA 5P6VA 4L1AA 5P5MA 4CPUA 2FXEA 2PYNA 3S85A 5IVQA 1APWE 3S8IA 5DR7A 2VS2A 4GJ8A 1EC2A 1GVWA 2I0AA 5P3UA 3OU1A 4YD6A 5P1DA 1HVIA 4OBFA 5P3MA 4DFGA 4LXKA 3OOTA 4QJ9A 4Y5CA 1BDQA 4H3GA 2AOEA 2VNNA 4CPRA 4YHQA 5JFPA 4OBKA 4FLGA 3EL9A 5P6NA 3Q4BA 5P7LA 2PMAA 3L5DA 4RCFA 2I4QA 3TTPA 4RRSA 2Q5KA 1E5OE 4EJLA 5P7NA 3K4VC 5P6YA 4B78A 2QNPA 1FMBA 3D3TA 1PSNA 4CP7A 1KJFA 5ER2E 2OF0A 5P79A 4PEPA 3HVGA 3ST5A 2RSPA 5P0EA 1ODYA 4OC6B 5APRE 2AQUA 5P76A 5P4OA 1FQXA 4Y45A 5P38A 3L5BA 4QGIA 3NDTA 5P7GA 2J9KA 3TKWA 3EBZA 5AH9A 1IBQA 5P07A 4FRJA 5P5PA 5AH8A 4H3JA 4OD9B 5P71A 3I2LA 4PZXA 5P0YA 3OHFA 3LPJA 4Y5PA 3NDXA 4Y48A 5P6ZA 5P7KA 3VSXA 2O4PA 2ER9E 5OZXA 2OHRA 1B6LA 4L1AB 1AIDA 5C9BA 2P8HA 1W5XA 5P4IA 5B18A 4CPTA 1FQ5A 4FAEA 3L3AA 5P6HA 2IS0A 5E5KA 1IZIA 4ACXA 1K6VA 4FCOA 5P8IA 2NR6A 5OZQA 5DQ5A 3KT5A 3OU1B 5DGWA 5P4NA 2QI7A 5BS4A 3BHEA 3APRE 5P65A 3DCRA 3BGBA 4TVGA 3CIBA 2PQZA 5OZ8A 5P8EA 2ZHSA 2QI4A 4FM7A 3SKFA 1EC1A 5P4AA 2QHZA 4OBZB 5OZ7A 1XL2A 4B77A 3VCMA 2QNQA 1XE5A 3BGCA 5P04A 4YCTA 4R91A 1XDHA 2I0DA 5OZCA 2OAHA 4J55A 5P1MA 3GI5A 3JVYA 1HVKA 1HIHA 5P5RA 3QVIA 4B00A 4XX3A 2OHNA 5P1LA 5P82A 5P20A 4COEA 1YTJA 2FNTA 5OYYA 3S56A 2HC0A 1J71A 2AOFA 1B5FA 4FSLA 3TOHA 3WZ8A 5P8FA 5P73A 1U8GA 5SXNA 1MSNA 3PJ6A 2HB4A 2O40A 1K6PA 3UDKA 4JECA 5P50A 5DQ2A 4RYCA 4Y3LA 4KE1A 1LV1A 5P6RA 2AZ9A 1FB7A 5P2VA 4Y5KA 5PEPA 2B8VA 2PYMA 2G94A 5P45A 3UDNA 5P29A 1HPOA 3MWSA 1HSGA 1QBTA 3O9LA 4F76A 4RGHA 2V13A 4B1EA 3APPA 2WECA 3GGXA 5P36A 3PCZA 4Y5LA 3VYFA 4ER4E 3DM6A 3G70A 2J9JA 5SY2A 3VLAA 1DMPA 4YD5A 3M9FA 5F01A 1YTGA 5P1JA 3PI5A 3PI0A 3UQRA 3UDMA 1Z8CA 5OZOA 1BV9A 2AODA 2R3TA 1BDRA 5OYTA 3IVHA 3BXSA 4Q1WA 1M43A 2AOHA 1APUE 5P2FA 5P4UA 2V16C 5P4MA 4HLAA 2P3BB 3LZYA 5P8TA 4K8SA 4J1IA 5KQZA 1GKTA 2Q11A 5P2XA 7UPJA 2BJUA 5OZAA 4DQEA 5OZUA 5ENKA 5P2CA 5P5IA 3NR6A 3UDYA 1HPVA 5P0IA 1SDVA 3NXEA 2FDPA 4J0ZA 3WB4A 1RPIA 4Z22A 5P02A 5BRYA 2IRZA 1GVVA 3EM6A 5OZTA 2V11C 3LPKA 4B05A 5OZ2A 2F80A 2OHMA 5P1BA 3LNKA 3KF0A 4L7JA 2IKOA 4GJAA 4GJDA 4DJPA 3QAAA 3VUCA 1BVEA 1SGZA 5P1TA 1EBZA 1OEWA 3PWMA 5HE7A 2ZJNA 4EQJA 3O9EA 4D8CA 1W50A 5P3NA 2I4XA 2AOJA 2AOCA 5P83A 5P4GA 5P88A 4Z4XA 3OHHA 2PWCA 2G69A 2I4DA 4U7VA 1DPJA 5IE1A 3BVBA 4ZSPA 5AHBA 5DR4A 5P74A 2NMZA 3F9QA 4QLHA 3URJA 3KN0A 3O9LB 2P4JA 5P8AA 3URIA 3VF5A 1OHRA 1D4IA 2Z4OA 3BRAA 5P67A 5P7DA 5P85A 5P1UA 4CPXA 3HVPA 4QJ7A 5P2LA 5P1AA 2QU3A 3T7XA 3VSWA 5P0NA 1GNOA 1BIMA 5DR3A 4CKUA 1GVTA 2F3EA 5P8DA 4EWOA 5P3JA 2H6SA 4Y3WA 1IZEA 1LF4A 1E81E 4Y58A 3D91A 4I0EA 1W5VA 4EXGA 2VKMA 5P52A 1GNMA 4QJ2A 5P0AA 4DH6A 4RVJA 4Y3XA 2HS2A 1T6EX 5P49A 1TCWA 5OZ5A 3WZ7A 4GJCA 3CYWA 1K1TA 3EL1A 5P6UA 5P5WA 4Y51A 5OZIA 5P8BA 3SABA 3ZKGA 5HDUA 5OZ1A 5P1IA 2QMFA 5P66A 2RKFA 3KA2A 5P5QA 1HTEA 3OADA 3O9CA 3NXNA 3PGIA 2SAMA 3SA7A 4GJ7A 2CEMA 4XKXA 1K2BA 5P4PA 4ZIPA 5P8OA 3Q70A 1IIQA 5P8RA 3PWWA 4AMTA 3UFNA 5P0DA 1HVSA 2HS1A 5P5GA 2A4FA 1EPQE 2Q55A 5DGUA 5P81A 2I4WA 3TPRA 1QBRA 3U7SA 1W5YA 5P2IA 2R8NA 3OOZA 2O4KA 2VA5A 1EPOE 1IZDA 2R38A 5ISKA 5P6CA 1IDBA 1MRXA 3ECGA 3SA8A 5C9DA 5OYXA 2ZHTA 3QRSA 5P4KA 3NU9A 2JJJA 5P11A 1SBGA 4XXSA 4Y4EA 1MEUA 1AM5A 1RQ9A 5P1EA 4KB9A 2G24A 5P4ZA 3TNEA 3O9GA 3NYGA 5P51A 1ENTE 3BXRA 1EPNE 1QDMA 4ZE6A 1K6TA 3RVIA 1SH9A 4DJYA 2BPZA 2ZHRA 5P3TA 5P8VA 5P3OA 1HXWA 1FKNA 3B7VA 4U8WA 2FLEA 3DUYA 4Y47A 1W51A 3LIQA 5P2ZA 5KR8A 5KR2A 2FDEA 2VIZA 3ZKNA 3IXJA 5P0QA 1BWAA 4X2LA 2QHYA 4Q1NA 4Q5MA 5P4BA 4YOAA 3OAGB 5P7CA 5P0RA 1APTE 3QBHA 2JXRA 4HEGA 1FFFC 3QN8A 5P2DA 2ZJKA 2G27A 3C9XA 5P42A 1CMSA 4TRWA 1SP5A 3UDRA 4GJBA 5P4VA 4Y4XA 5AH7A 5P03A 4ZSRA 5P5LA 4Y6MA 4R95A 3DOXA 3NUJA 2VNMA 5P8PA 3UTLA 3OADB 2IL2A 4Y57A 1MTBA 5KQFA 2G1YA 1Z1HA 4S1GA 4GMIA 5DR1A 4LBTA 5P3QA 1E80E 4J1HA 4L6BA 1XS7D 1DW6C 3VG1A 4NJUA 4Y36A 4K4PA 5P1ZA 4Y4BA 3OUCA 5P86A 3SA5A 4ZLSA 3INHA 5P8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LS5 A;  4K4R A;  5P2A A;  1OEX A;  3KMX A;  5P3Z A;  4A6C A;  1YTI A;  2ZE1 A;  4Y44 A;  5P8G A;  1FMU A;  1AJX A;  5P8H A;  1OD1 A;  2PC0 A;  1ZBG A;  3VYD A;  2B7Z A;  3I7E A;  4ACU A;  1FF0 C;  4DJU A;  5P0K A;  3KFP A;  3OQK A;  3U6A A;  4KE0 A;  5DR0 A;  2QP8 A;  1LYB A;  2QAK A;  2PWR A;  1MT9 A;  2ZJI A;  5P4C A;  4R93 A;  5P43 A;  5P0H A;  4FSE A;  4LC7 A;  4MC2 A;  2PSU A;  2VJ6 A;  4D88 A;  3OXX A;  2AVS A;  3DV1 A;  4FIV A;  5P3S A;  2HAH A;  5P2H A;  3SA6 A;  5P68 A;  4B0Q A;  4EJ8 A;  4PYV A;  1XN2 A;  3CMS A;  5P64 A;  2NNK A;  1HTF A;  3PEP A;  5P1P A;  4Y4U A;  1LZQ A;  2PSG A;  4DV9 A;  4RVX A;  4A6B A;  4FE6 A;  2VJ7 A;  4JP9 A;  5P47 A;  3CID A;  3VF3 A;  2QD7 A;  5JOD A;  1QS8 A;  4YDF A;  1M0B A;  1LYA A;  5P5E A;  3L5F A;  1MPP A;  5P1G A;  3LIV A;  5P6P A;  5P5F A;  1LF2 A;  2B42 A;  1TSU A;  1LF3 A;  2VA6 A;  4NJV A;  1LYW A;  5KQX A;  3RTN A;  1SMR A;  4NPT A;  4L7H A;  5P7M A;  3QIH A;  3NU6 A;  1AAQ A;  4ZPF A;  3NDU A;  3R2F A;  6UPJ A;  5P7O A;  3EKW A;  5HE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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