4U7VA

Structure of wild-type hiv protease in complex with degraded photosensitive inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Triggering HIV polyprotein processing by light using rapid photodegradation of a tight-binding protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u7vA00
5P5PA 4CPTA 1BV7A 5P8DA 3OGQA 3TNEA 3BVAA 4J0VA 2UY0A 4YHQA 1QDMA 1YTJA 1DAZC 3IVIA 5P6ZA 3U71A 3VV6A 4D88A 5P09A 5P3SA 1LF4A 1PPKE 1W5YA 2Q11A 3D1ZA 4FE6A 4Y53A 3GI6A 1HPSA 2J9KA 3NLSA 4TRWA 1AZ5A 5AH6A 2G21A 2QK5A 5ENKA 2ZJNA 3I7EA 4Q1XA 2OHPA 5P42A 4Z50A 4I8WA 1A9MA 1MUIA 3L5BA 2I4UA 3JVYA 4D8CA 4EP3A 1FB7A 1GNOA 3UHLA 4DQFA 2XYEA 3R1GB 3A2OA 4AA8A 3O9BA 5P08A 3CYWA 1ODYA 5IVTA 5P0RA 4H3IA 5P8UA 5AH7A 2B7ZA 4Y38A 5P66A 1EC0A 1ODXA 7UPJA 5P23A 4A6CA 3DUYA 3CKTA 4FLGA 3EL9A 3OADB 3PGIA 1HWRA 5P2BA 3INEA 3ZKQA 5P2QA 4HDBA 1RPIA 1YM4A 4I0ZA 5AH8A 1BV9A 2PH8A 2QHZA 2AOHA 3IVHA 4I12A 5P4KA 4QJ8A 1MEUA 4Y3RA 4Y9WA 3ZL7A 3SAAA 5P3CA 5P8EA 4LL3A 2FS4A 2BPXA 3EC0A 3NU9A 5P78A 1W51A 4GMIA 4Y5KA 5P1DA 5P5GA 4J0PA 3ZKMA 4HZTA 5P7DA 3QPJA 2FGVA 3SA4A 5P54A 4ZPEA 5P7PA 5COOA 1HIIA 5P2XA 1TZSA 5P5NA 5P2OA 5TOLA 4KE0A 3D20A 5P85A 2WECA 3OADA 5P63A 5P5KA 4J1IA 3OU3A 5AHCA 5KR1A 3PI0A 1A94A 2O4PA 2V10C 4QGIA 5P8PA 4Q5MA 4Y47A 5P4CA 5P0JA 3TPJA 3EKXA 2AVQA 6UPJA 4CPRA 2IDWA 5P2JA 3VFBA 4H3FA 4R5NA 2I0AA 1ODWA 5P69A 4Y50A 5OZOA 5P5FA 1FFIC 1HTGA 2VNMA 5P88A 2RKFA 4DJWA 5P1KA 1HVHA 2XFKA 1E80E 3PHVA 8HVPA 2ZJIA 5CLMA 3EL5A 5P5CA 3SKFA 3L5DA 5DQ5A 5P30A 5C9FA 2QNNA 2V00A 4Y5PA 2BPWA 4A4QA 3SO9A 4ZLSA 3G6ZA 2HAHA 1EBKC 4CPUA 4J1HA 4YOAA 2P3CA 4Y4AA 3NWQA 4JP9A 3CICA 1GVUA 4JOOA 3IN3A 3PCZA 5P6VA 1SMRA 2NTRA 1FQ5A 1FQ8A 2RSPA 1UH7A 5P2UA 1XN3A 2QD7A 4Y3TA 4ZPGA 1IZEA 5P6OA 1EPRE 4Y5NA 1EPME 4HA5A 5P6DA 2QZXA 3SABA 5I3WA 2NNPA 4IVSA 3QVIA 5P3AA 4L1AB 5P51A 3TOHA 4Y57A 2Q54A 1T6GA 3C9XA 4YA8A 4J0YA 1D4HA 3UDKA 4DQEA 3S8IA 2FXDA 5DR4A 3TPLA 5P7IA 2UXZA 3KT5A 1QBRA 3U6AA 1HEGE 1AJVA 3DV5A 1AIDA 2QI7A 1RQ9A 3EL1A 2PYNA 4LBTA 3OXWA 4EJKA 5OZ6A 5KR8A 2O4LA 5P8NA 1EPNE 4QJ7A 5OZ7A 4FM6A 4DJXA 4QJ2A 5OZCA 4KB9A 5C9BA 5JODA 3PWWA 2JYSA 2IGXA 5HDVA 1CZIE 3OQFA 5P7MA 5P4VA 4Y3MA 2BPVA 3S45A 1BBSA 1D4IA 5P1MA 1KJHA 4L1AA 2VNNA 3TH9A 1ZBGA 5P5IA 3IA9A 5P25A 4RROA 4QJ6A 5F01A 4NJTA 5P3WA 5ER1E 2QU2A 2P3BA 5P0YA 3FNTA 5DPZA 3MWSA 5P4FA 5P0LA 1W6IA 1B6MA 3OK9A 3PRSA 4RCEA 5OZSA 4YD5A 1AAQA 4J1KA 2RENA 5KAOA 5P2IA 1ZJ7A 5OYUA 5P0BA 2PC0A 3LINA 1M43A 5KR0A 5P6RA 4Y3PA 5P6AA 3O9HA 3TKWA 5P4AA 5P6XA 3ZKXA 1UH9A 1SH9A 4N00A 1D4YA 3L5EA 4Y3QA 4EPJA 2QHYA 4K4QA 4OBJA 1NSOA 2BPYA 4NPUA 4YDFA 2H6SA 4HLAA 3VG1A 3OXCA 4I1CA 1EPOE 4BFBA 3VV8A 5DR8A 3PI5A 5P07A 2V13A 5P15A 5APRE 3DCKA 4M8YA 3D3TA 2Z54A 1F34A 2R9BA 5P4UA 4Y5BA 3OWNA 5P61A 1SDUA 1OD1A 3ZKGA 5P83A 4FRSA 3R4BA 3Q70A 4Y3ZA 3VFAA 4F74A 2OHUA 2VIJA 1T3RA 5P0VA 5P3JA 3WZ7A 4RVIA 3PLLA 3DK1A 1WKRA 2AVOA 4F73A 4ACXA 3OQ7A 5COPA 3PWRA 4KE1A 5P7EA 4PYVA 5P1JA 5BWYA 5P0UA 3FX5A 6APRE 2G26A 4FRKA 3MXDA 4Y4TA 1ENTE 5OYWA 3ST5A 2G1OA 1BIMA 3BUFA 3N4LA 5P2VA 2G1YA 2BB9A 3PSUA 2NNKA 4D89A 5P58A 5P6LA 4KUPA 5P75A 5P34A 5IVRA 3T7PA 1M4HA 5DQ4A 4BEKA 2BKTA 1BDQA 5P4OA 5PEPA 5P3OA 3EL0A 1BWBA 5P7LA 5OZYA 1HIHA 4L6BA 3Q3TA 4J55A 4I10A 4DJUA 1IIQA 5P1PA 2HS1A 5P3RA 3EM3A 4Y58A 2P8HA 5BS4A 5P38A 3S2OA 3OU1A 5OZ8A 1XE6A 5P5HA 5P02A 5OYZA 1LYWB 3BC4A 5P3QA 3NU5A 1HPXA 3AIDA 3S56A 5P33A 1PFZA 1GVWA 3KMXA 2FDPA 5P5JA 5P4YA 3UPJA 4XXSA 3QI1A 1DIFA 5DR7A 3QS1A 2I4QA 1ZSFA 4Y4JA 5P14A 5P4TA 2NMYA 5P39A 3VF5A 1EBZA 5P06A 5P4MA 1CMSA 5P0ZA 5P1ZA 5AHAA 3TPPA 4GJ7A 4Y54A 1HVRA 4CPXA 3D1YA 2WJOA 4ZSMA 2G20A 4HDPA 3FIVA 5P4HA 5P27A 5P0OA 5UPJA 4Z2ZA 1HPOA 1ME6A 2QZLA 1K6CA 3PBDA 1LYWA 3AUPA 5P2HA 3D91A 1SP5A 3PVKA 1TCWA 1GVTA 4YD6A 3K5GA 2QMGA 5DQ1A 5OYVA 5OZ3A 5P3KA 5P7WA 5OZEA 4ZSPA 2R43A 4RRNA 1SBGA 5P1HA 2PK5A 1EBYA 5P8JA 1ZAPA 3KFRA 5P12A 5DGUA 4B0QA 5P1AA 1IZDA 3FV3A 1BWAA 3G70A 1BDLA 5P2RA 1T7JA 2WEZA 3INFA 2HB3A 2F8GA 1FG8C 1ZTZA 1M0BA 1HBVA 2ZJHA 3NXNA 3RVIA 3NDTA 2AOIA 1RNEA 4HDFA 5OZ9A 5P3YA 3TKGA 4PZWA 3BUHA 4EYRA 4H1EA 5P1YA 5P7RA 5P5RA 4Y4EA 3LIVA 2G27A 3I8WA 4GJBA 4DQHA 3LIZA 4BELA 5P5EA 5P5TA 1B11A 5JG1A 1D4KA 2F3KA 1HIVA 3APRE 2QD6A 1E81E 2PSVA 2FXEA 3UFLA 1JLDA 1BILA 5P6EA 4GZFA 4GYEA 4Y3SA 1TQFA 4R93A 1APUE 4RVXA 3EMYA 2NXMA 3M9FA 3Q4BA 3HD8A 5I70A 2PH6A 4Y3YA 3O9GA 1XDHA 3KDDA 1LS5A 1ZPKA 5OZTA 3OQDA 5P4ZA 3TOFA 3I6OA 5P1RA 1B6LA 1YT9A 1IVPA 2F3EA 1XS7D 2XFIA 4Q1NA 4Y4UA 5P64A 2PWCA 1W6HA 2CEMA 5AGZA 1VIJA 1B6KA 3K5FA 4J17A 5P7OA 1ZLFA 2ER0E 2PK6A 3GGXA 4RRSA 5COKA 5P19A 3TOGA 3H5BA 5P00A 5P5DA 1SIPA 6FIVA 4OBFA 4JPEA 1FMUA 1W5XA 2AVMA 3Q6YA 2AOGA 2I0DA 1QBSA 2OF0A 2WHHA 3RTHA 3BHEA 3UCBA 5P8GA 2JXRA 1AVFA 5OYXA 5P0NA 5OZUA 5P71A 1Q9PA 1W50A 3QRMA 4Y4ZA 4RYCA 5P7UA 4FL8A 5P0CA 2O40A 5P26A 2ANLA 1WBKA 3WB5A 5P56A 5OZPA 1XE5A 4NKKA 4DJPA 5P1CA 4AA9A 3NDUA 1EC2A 5OZMA 2EWYA 2ZHUA 3KDBA 5SY3A 2HM1A 1EAGA 3RTNA 3SPKA 3VF7A 3B80A 4Y4DA 4Y45A 5P4QA 5P48A 1SDVA 4GJCA 4Y5EA 1C6XA 1J71A 4U8WA 3O9CA 1MT9A 3BUGA 2IGYA 5P44A 5KQZA 3NU3A 3KN0A 3OOTA 5P3HA 3NUOA 1EPLE 1U8GA 3PJ6A 1SGZA 4JECA 2VIYA 3UDYA 4ER1E 4I0EA 5P3DA 2FGUA 3QP0A 3LPKA 3PMYA 2HB4A 4Y39A 4Y44A 3OXVA 4B1EA 3BRAA 4HE9A 4Y51A 3O9DA 2OHLA 5P45A 4Q1YA 1D4JA 5P8HA 5P4LA 2P3AA 4K4PA 2OHKA 3QBFA 3WZ6A 2F3FA 5P0WA 4ZEAA 5OZJA 3I2LA 4I11A 5HVPA 3UDPA 4PHVA 4RVJA 2NXDA 3EKQA 5P7VA 1A30A 5P7HA 5P87A 5P7AA 2WEDA 1IZHA 3VV7A 1AXAA 4ACUA 4EJLA 3KM4A 2FDDA 5ISKA 5OZVA 3OUAA 4YD4A 4Y5MA 3BXRA 2AZBA 4YD3A 3ZPUA 3FNUA 1NPAA 4S1GA 3ER5E 3APPA 5P5UA 1HEFE 5P7ZA 3HAUA 2FIVA 3TLHA 4EQ0A 3HW1A 1LZQA 1TSUA 4YDGA 3OUBA 5P2DA 5P1WA 5P37A 5P16A 3ZPSA 4J0TA 5JFPA 1LF2A 5B18A 4FRIA 1MERA 5HDXA 1HTFA 3GGUA 2R3WA 3DM6A 2R3TA 5P8VA 1FMXA 5P4EA 4A6BA 2B7FA 5P6PA 1APTE 4MC2A 3OOZA 1EPQE 3NDWA 5JFUA 1A8GA 4TRYA 5P7FA 5P79A 5P1BA 5HCOA 3MSKA 2JJIA 3L58A 4TVGA 1PSOE 1PROA 2P3BB 2P3DA 1CPIA 5P8OA 4DJQA 1SIVA 5P6CA 5I3YA 5P36A 2I4WA 5OZRA 4Y3XA 1IVQA 1EEDP 1W5VA 1QS8A 5OZBA 5OYRA 4AUCA 1MESA 1EBWA 4B05A 5P6UA 3WZ8A 4J1FA 1YM2A 3R0WA 3ZOVA 2R38A 5T4SA 5P6FA 5OYTA 1B6JA 1FQXA 4Y3JA 3LIQA 2I4VA 4Y3LA 2J9JB 3LZYA 3VSWA 2QD8A 4J1CA 5P7CA 5P3NA 5HDZA 1FMBA 4EJ8A 1KJ7A 4H3JA 3QN8A 1LV1A 4DJYA 2IEOA 1LYAB 3DCRA 4PEPA 4Y3EA 3ECGA 3IN4A 4K8SA 1TW7A 4MC1A 5P67A 4GB2A 4CPQA 2WEBA 3QRSA 3HDKA 5P6KA 4RCFA 3I25A 1MPPA 4ZE6A 4R91A 3VSXA 2VKMA 5P6QA 5P3GA 4H3GA 3EKYA 2RMPA 2VJ6A 3QROA 3SM1A 5P82A 5HE7A 5DR3A 4L7HA 4XKXA 5P5AA 5P5LA 5P41A 2J9JA 1YG9A 1ZP8A 5ER2E 4DUSA 3ER3E 4DV9A 3EKWA 1LYBB 1SDTA 4APEA 3Q5HA 4I0FA 1ZSRA 3RTMA 1APWE 4LXMA 3LZSA 4YCTA 4AZYA 3JVWA 2OHQA 3OAGB 2PQZA 3T7XA 1LYAA 3OTSA 4EQJA 1HVCA 1DW6C 3EKVA 3OQKA 3PLDA 2ZJMA 1IZIA 5P32A 1APVE 1FG6C 2ER7E 5DR1A 2ZHVA 3UDQA 2HS2A 3CYXA 2IS0A 3HVGA 4I0JA 1FQ6A 3OY4A 4FAFA 3NU4A 3QBHA 4D83A 4UPJA 2Q55A 5HE5A 5P5VA 5P2TA 3VUCA 5P1FA 5P1EA 2I4DA 5P57A 1MRXA 4DVFA 2PWRA 3UQXA 3SA9A 2HPFA 3O9LB 2G1NA 4FM8A 3URJA 4L7GA 2BJUA 4DQGA 5P0KA 4DI2A 5P55A 1RL8A 4Y5LA 5P3UA 1LYBA 4IVTA 3MSJA 1KJ4A 3OUCA 5IVSA 5P3EA 3OU1B 5P6JA 3OAGA 5P7QA 1HSIA 5IVQA 1IBQA 2CEJA 3TPRA 2OHRA 5P0HA 3KDCA 5P53A 3UFNA 5J25A 2QMDA 4XX3A 2V12C 5E5JA 4NPTA 3SKGA 2ZJKA 3SLZA 2V16C 4LC7A 5KOQA 4B72A 3UQUA 1HRNA 2WF4A 5P11A 5HU0A 3UDMA 5P01A 3O9LA 5OZWA 5P4RA 3INHA 3NR6A 5P6IA 5DQCA 1K6VA 5P47A 4R8YA 2V11C 3NUJA 4Y3DA 5P6SA 5HTZA 5P0MA 5OZLA 5P49A 4GJ6A 5P7KA 3KA2A 5P8QA 5P46A 2ZJLA 4MC9A 5P74A 3GW5A 3RSVA 1BDRA 3O9EA 3SM2A 3LNKA 1HTRB 3IXOA 2FLEA 2ZYEA 5AH9A 5OZIA 2NPHA 4Y35A 5OZGA 5P1NA 3R0YA 4Y6MA 5P0DA 5P2FA 3L3AA 2Z4OA 1YTIA 1MVPA 3O9FA 5KQYA 2IKOA 4RYGA 4COEA 4Y43A 4U7VA 3O9IA 3UDRA 5P4XA 2G1RA 5P2GA 2BQVA 3T3CA 5ISJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5P A;  4CPT A;  1BV7 A;  5P8D A;  3OGQ A;  3TNE A;  3BVA A;  4J0V A;  2UY0 A;  4YHQ A;  1QDM A;  1YTJ A;  1DAZ C;  3IVI A;  5P6Z A;  3U71 A;  3VV6 A;  4D88 A;  5P09 A;  5P3S A;  1LF4 A;  1PPK E;  1W5Y A;  2Q11 A;  3D1Z A;  4FE6 A;  4Y53 A;  3GI6 A;  1HPS A;  2J9K A;  3NLS A;  4TRW A;  1AZ5 A;  5AH6 A;  2G21 A;  2QK5 A;  5ENK A;  2ZJN A;  3I7E A;  4Q1X A;  2OHP A;  5P42 A;  4Z50 A;  4I8W A;  1A9M A;  1MUI A;  3L5B A;  2I4U A;  3JVY A;  4D8C A;  4EP3 A;  1FB7 A;  1GNO A;  3UHL A;  4DQF A;  2XYE A;  3R1G B;  3A2O A;  4AA8 A;  3O9B A;  5P08 A;  3CYW A;  1ODY A;  5IVT A;  5P0R A;  4H3I A;  5P8U A;  5AH7 A;  2B7Z A;  4Y38 A;  5P66 A;  1EC0 A;  1ODX A;  7UPJ A;  5P23 A;  4A6C A;  3DUY A;  3CKT A;  4FLG A;  3EL9 A;  3OAD B;  3PGI A;  1HWR A;  5P2B A;  3INE A;  3ZKQ A;  5P2Q A;  4HDB A;  1RPI A;  1YM4 A;  4I0Z A;  5AH8 A;  1BV9 A;  2PH8 A;  2QHZ A;  2AOH A;  3IVH A;  4I12 A;  5P4K A;  4QJ8 A;  1MEU A;  4Y3R A;  4Y9W A;  3ZL7 A;  3SAA A;  5P3C A;  5P8E A;  4LL3 A;  2FS4 A;  2BPX A;  3EC0 A;  3NU9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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