4U7VA

Structure of wild-type hiv protease in complex with degraded photosensitive inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triggering HIV polyprotein processing by light using rapid photodegradation of a tight-binding protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords V-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u7vA00
3BRAA 2O4SA 1SDVA 3S7LA 1LYBB 4DVFA 4PZXA 4RGHA 3SPKA 4CPRA 4TRZA 1YTJA 5P2MA 1HHPA 3VFBA 5P7JA 5P8TA 3EM3A 5P7IA 3BXRA 1ME6A 5PEPA 4Z22A 4GZFA 3OK9A 5P72A 2I4WA 1HVRA 4GYEA 1HTFA 1CPIA 3LZSA 3F9QA 2AOFA 5P2RA 3SA5A 2NMZA 4QJ7A 1BDQA 4Y50A 9HVPA 4GJ7A 1NSOA 2OHNA 4MC2A 5P2CA 2HM1A 3UF3A 5P66A 4YD6A 5J25A 4EP2A 5KQFA 3UDMA 5AHBA 4OBJA 5P8OA 5KR2A 1EPME 2Q55A 5P3RA 3VCMA 4EP3A 4RRSA 2QNNA 5OYUA 3GGAA 6UPJA 2PYNA 1N49A 1AZ5A 1YM4A 2QI5A 1LYBA 3EKTA 3T3CA 5P6HA 2IGYA 3BGCA 5P2TA 3IN4A 1BWAA 4EXGA 1C6YA 5P1KA 2IENA 2FLEA 2Q15A 2QD8A 4KB9A 2QMPA 4MC9A 5P7SA 4Y4EA 4H3JA 5P19A 5P5FA 2BKSA 2ER6E 5P29A 5SXNA 3OXWA 3EMYA 4Y4UA 3KFSA 1A30A 4B00A 5P1ZA 5P32A 1GVTA 3D3TA 5HE7A 5P61A 5P79A 1OEWA 2PH6A 4OBFA 4Y4AA 5P5GA 4ZEAA 2QI7A 5P4KA 5P7RA 1K1TA 2G20A 1FQ8A 2OHRA 3NR6A 3GI5A 4EXHA 4BELA 3DM6A 5P45A 3FX5A 2VIEA 3DOXA 3UFLA 5P7XA 1J71A 1PPLE 3ZKIA 1LV1A 2V13A 4D89A 5IVQA 1LYAB 5P70A 5IE1A 5DR1A 5P2FA 5P78A 1BXOA 4Y5AA 3FNSA 3UDJA 5P2EA 3K5GA 3NWXA 5P2NA 4OBHA 2AZ9A 1TCXA 5KQXA 4QJ8A 2ER7E 3OY4A 4RVXA 3S43B 1FMUA 2VJ9A 4EJKA 4QJAA 5P53A 1DMPA 1JLDA 2Q11A 4I0ZA 3VEUA 3KM4A 3LIZA 4ZPEA 5P6CA 5I3XA 3UHLA 3UFNA 1GVVA 5P68A 2HIZA 5F00A 4F76A 3IVHA 5P5VA 3I8WA 3PSUA 2P3AA 1K6PA 2WJOA 3SA3A 1AM5A 2IL2A 1HIVA 5P8HA 4B72A 2QNQA 3SAAA 4FLGA 2G1RA 3VLBA 1MSMA 3DUYA 5AH9A 4WY1A 2RENA 3DCRA 1QBRA 5P2AA 5P64A 3L59A 4Y44A 4YCKA 7HVPA 3NDUA 1PFZA 5P3WA 3KFPA 5P30A 5P0UA 3HW1A 3RTNA 2OHMA 5P0AA 4M8YA 4LXAA 3PJ6A 5OYQA 3EL4A 1DAZC 3O9CA 5P4PA 2FXDA 2FS4A 1EPLE 5P24A 3APPA 4XKXA 5P7OA 5OZ3A 5P7KA 4R5NA 2QU2A 4B0QA 5P3CA 1HIIA 1HPXA 4DFGA 4Y3NA 4Y3DA 3IGBA 3OAGB 5P5DA 5P3OA 4X7IA 3OGPA 3NDXA 1ZTZA 3AIDA 4QJ6A 3ZLQA 3C9XA 5P14A 3SA7A 5P5WA 5OZ2A 3D1ZA 3L3AA 5P8MA 2NTRA 1K6VA 4Y3HA 4FRSA 4Y57A 5JFPA 1MIQA 5HDUA 3ECGA 2V12C 3OQAA 1PPKE 4RYCA 5P8IA 1LYWB 5P1BA 5P2SA 1FG6C 3T7QA 1HVHA 5P6VA 2AVMA 5P1GA 1HXWA 3TPPA 4B1CA 2CENA 5P1PA 5P2WA 1GKTA 4Y3AA 1XL5A 2VKMA 5P3BA 3KDCA 4U7QA 5P3NA 1DPJA 3ZKXA 1FG8C 2EWYA 1T7IA 4Q1YA 5P4JA 4UPJA 5P0OA 3PSGA 5P6AA 4GJ5A 3NLSA 3NSHA 3OAGA 3RVIA 5AGZA 1BVGA 2F80A 4H1EA 3NU4A 4F74A 2G94A 5P6BA 1XDHA 2P4JA 2BPXA 2QHCA 4CPUA 1NPVA 2XYEA 3FIVA 3CYWA 5P5XA 5P67A 4DJRA 2BPYA 1ZBGA 1MUIA 5HCOA 1XL2A 5P87A 1T6EX 1EBYA 3D1XA 2QK5A 5P7ZA 1EPRE 5P54A 2AVQA 4YBFA 1LYWA 1QRPE 1LZQA 3OHFA 5P0PA 2NNKA 2WF1A 3D91A 3LIYA 4ZSPA 5P5ZA 3HLOA 4J0PA 1HVSA 3OU3A 5P5KA 3PB5A 5P4QA 3R2FA 2R3TA 4CPWA 3LIVA 2FNSA 1BBSA 4RCEA 2R8NA 2PSUA 5P5HA 4Y3SA 4Y3YA 2VIZA 5P0YA 4A6CA 3RTHA 5OZUA 2V0ZC 2PMAA 5P5MA 5P6XA 2QP8A 3O9AA 4L6BA 3K4VA 3BUHA 1W5XA 4DQBA 4CKUA 2HS2A 1SGZA 2OHQA 3EXOA 5P5NA 4DQEA 3QIHA 2NXDA 3RSVA 3BUFA 5JG1A 5DR4A 1TQFA 5P4VA 1EEDP 3VF7A 4LL3A 5OZMA 2NMYA 5P7FA 3N4LA 5P17A 5P1MA 1W5VA 5OZLA 1YX9A 3GW5A 4B78A 2XFJA 2CEJA 4NJUA 5APRE 5HDZA 3QVCA 4H3IA 2ZGAA 2VIYA 1EC0A 4KE1A 4Y5GA 1G35A 5COKA 3IAWA 1XE5A 2I1AA 2FGUA 5P2BA 5P4SA 4GJ8A 5HTZA 4YCYA 4I1CA 2R5PA 4FAEA 2WHHA 5P42A 4Y3GA 3Q4BA 5P5BA 3HBOA 3S85A 3HAUA 3TLHA 3OTYA 3SA9A 1C6XA 3PEPA 4ZE6A 3JVYA 2V11C 1GVXA 3QRVA 3GI4A 5P76A 5P58A 1BDRA 1E81E 3OUDB 2J9JB 3PVKA 3U6AA 1TCWA 5P3YA 5P4AA 5P7VA 5P03A 2QZWA 5C9DA 1EBKC 2VNNA 5P07A 3UDKA 1BV9A 5P2QA 4OC6B 5P8CA 5P6GA 5P7BA 4ACXA 5P7QA 4COEA 2J9KA 5P1NA 5CLMA 1MERA 4OBZA 5P0LA 1HEGE 4Y4TA 3O9HA 5P1RA 4Y51A 3M9FA 4AA9A 3TOGA 4I0FA 4EPJA 3L38A 4YHQA 1WBKA 5P0RA 4RCFA 2MIPA 2OF0A 4J1EA 5KR0A 1TW7A 5KR8A 4M8XA 2R5QA 4DQHA 5P80A 3EL0A 3PWMA 1XE6A 5P5IA 4RROA 2WEAA 5P8LA 4DJOA 3Q5HA 1HTEA 4FM8A 4Y38A 2F3EA 2V00A 2AVVA 3OUDA 3UTLA 2HAHA 4RLDA 1SIPA 3SA8A 5P1VA 4Y3MA 3BHEA 3NU3A 3S56A 3HDKA 1MPPA 3WB5A 4PEPA 2JYSA 4YD4A 1F7AA 1MESA 4L7JA 1UPJA 2QAKA 5P1TA 1IIQA 2P3CA 3MWSA 4K4RA 2OHTA 5DGWA 3TTPA 1Z8CA 5OZWA 1A8GA 4FL8A 3UDNA 5OZHA 4EQJA 1EBWA 4DJQA 5P4FA 1FQ4A 4EWOA 3OHHA 3TOHA 5I70A 5HCTA 4PZWA 4DH6A 2FDDA 3NUJA 3QAAA 2AODA 1KJGA 2ZJLA 5KQZA 5ENKA 5P0XA 3TKWA 3UQXA 5P02A 4B70A 3OU4B 1HPOA 2QZKA 4HEGA 3I7EA 5KQYA 2IEOA 5P1LA 5SY2A 1HVLA 5C9FA 2O4KA 4R95A 2FNTA 1B5FB 5F01A 4BEKA 1LF2A 3OQDA 4X2LA 3KF0A 1DIFA 2I4XA 1FKNA 3SA4A 3FNUA 1LS5A 2QZLA 3UDYA 1BWBA 5C9BA 5P3XA 2OHSA 5P8KA 1SMEA 3Q6YA 2B8VA 5OZQA 1HPSA 3S45A 3KT5A 5P44A 2PWCA 5OZRA 4H3GA 4YDFA 1FQ7A 5KAOA 4Y5LA 1HWRA 2HB3A 1B6PA 3SA6A 1BXQA 3OUAA 1QBUA 5P50A 1B6LA 5P4NA 4D85A 4NJVA 3TNEA 1Q9PA 4MC6A 1FQXA 4L7GA 3QVIA 4Y4ZA 5P7CA 5E5JA 5P23A 5ISJA 3LITA 5COPA 5P3QA 4Y37A 4A6BA 2AOCA 1EPOE 1IZEA 3FNTA 3QROA 5P4ZA 3ZMGA 3CYXA 2F3FA 2VIJA 5P09A 2NNPA 1SP5A 3I2LA 4YOBA 2I4DA 4I10A 2ZHRA 2F3KA 1PPME 5OZ7A 2NR6A 1ZP8A 4CPXA 1B6KA 4ZIPA 4BFBA 3NWQA 3BC4A 1EBZA 5P25A 1BDLA 5P8GA 1K6TA 2PK6A 4FM6A 5P1DA 1XN2A 1B6MA 1HSGA 5IS4A 2G69A 1NH0A 4LAPA 2P3BB 4J55A 4GB2A 1HIHA 4NPUA 5P0HA 4ZLSA 5P01A 1ZLFA 2JJIA 3DV1A 4APEA 2IS0A 3TPLA 1GNMA 4PPHA 2NXLA 3WZ7A 5P39A 3CKRA 4Q1WA 1GNNA 5T4SA 5P20A 2AZCA 2I0AA 3VLAA 3D20A 3PGIA 2QU3A 4DQFA 1FEJC 4ZPGA 5P8BA 1D4IA 5OZ8A 3VV7A 2QCIA 2QI4A 1MT9A 3LIQA 4IVSA 5P4CA 5P6YA 3FV3A 3INEA 3SM2A 3IXOA 3PLLA 1MRWA 2G1YA 5P7DA 1UH9A 5COOA 5BRYA 3PBDA 5P86A 5P6IA 2BBBA 2PSVA 3LZUA 1SH9A 1FLHA 1MT7A 4HDFA 1TZSA 5AHCA 2Q5KA 5OZYA 3JVWA 5DQ2A 3O9GA 5P4YA 3GI0A 3O9LB 5P48A 1UH8A 1EC2A 4Y3FA 1LYAA 3NXNA 5CONA 2P3BA 4PHVA 5P2OA 5P4BA 3WB4A 5P3VA 4S1GA 4K9HA 1UH7A 5FIVA 3ZKQA 1BILA 3S7MA 3TH9A 2G26A 3S43A 3JW2A 5P63A 4FGXA 1HSHA 4Y56A 2ER9E 3R0WA 3ZPTA 5P5RA 2XFIA 2VJ7A 4FM7A 5P0JA 2WF2A 3LIXA 2WEBA 2F8GA 4Y5NA 5P5QA 1FFFC 3U71A 2QMFA 4EHCA 1IDAA 4EJDA 1EPQE 5P47A 5P3AA 1D4HA 5P55A 4Y58A 4K4PA 4Y5KA 5P1CA 2AOEA 5P5OA 5P1SA 4I8ZA 1KZKA 5P1FA 1TSQA 5P2ZA 5HE5A 4APRE 3FSMA 3Q70A 5P27A 5P6SA 5AH8A 3O9LA 4MC1A 4J0TA 4Y3RA 1W5YA 2Z54A 3CIBA 4GJAA 3EM4A 3G72A 4TRYA 4RRNA 5P0CA 5OZIA 1EPPE 5UPJA 1VIKA 1FGCC 2RKGA 2ZE1A 3IXJA 1ZSRA 1KJFA 4F75A 3ZKSA 4Y4DA 3CIDA 2Q3KA 5P7PA 2QI6A 2PSGA 4PYVA 5DPZA 1ER8E 3B7VA 3LHGA 5P60A 1MTRA 3KMYA 5P3PA 1MSNA 1FIVA 4GMIA 5P85A 3KMXA 3HVGA 2NXMA 4J1HA 1W6HA 1A8KA 1WBMA 2OHKA 4Z2ZA 5OZAA 5OZKA 4ZPFA 1NPWA 4OBGA 4JPCA 3KA2A 1MVPA 2R43A 3EM6A 1IBQA 2JXRA 3L5FA 5P4MA 3PSYA 4OBKA 3IA9A 2QMGA 1SDUA 5P3TA 1IZDA 5OZ6A 3UCBA 2APRA 2B7ZA 4Y5EA 2QI0A 3NDWA 4QLHA 1QBTA 3L5DA 3VFAA 3GGVA 5OYTA 5P05A 2QI1A 4I11A 4K4QA 2WEDA 3SQFA 5DGUA 4J0VA 5P7TA 5P4RA 3UPJA 3MXEA 4OBDA 3VYDA 5P13A 5P38A 1LF4A 5P10A 4Q1XA 3LINA 5P6KA 5OYYA 3ZKGA 3VYEA 3SKGA 5P1UA 5P6MA 3UQUA 2ZJIA 2Q54A 3VSXA 4FRIA 5P3LA 2BQVA 1EAGA 5P06A 3TPJA 4Y3QA 1ZAPA 1PROA 1ZSFA 3VYFA 5OZGA 5P1QA 2AZ8A 3DV5A 1HEFE 3EKWA 4HA5A 4NKKA 4Y3XA 4TVGA 5B18A 5P41A 4CPQA 1AIDA 1G0VA 3R4BA 3LPJA 3TKGA 1M4HA 3NYGA 5ER2E 5SY3A 5P5AA 2ZDZA 3LZYA 4ER4E 2VJ6A 5P81A 4JP9A 2FDPA 3ER3E 2Q63A 5P6ZA 1QS8A 1HXBA 2ANLA 5HD0A 5HU0A 1RQ9A 2A1EA 5P0TA 5P6LA 3K5DA 4XXSA 1C6ZA 5P08A 4Y3TA 4JPEA 4LBTA 3EL5A 3PMUA 2B60A 4LXMA 2PQZA 5P75A 4FS4A 4Y47A 4FRJA 5P31A 4AMTA 3WSJA 5P35A 5P8AA 1FF0C 2BPWA 2R38A 5P7NA 5ISKA 3L58A 6APRE 5HE4A 1FQ5A 2QD6A 4DJWA 5P15A 4D8CA 2AZBA 2UXZA 5P3HA 3A2OA 3KFNA 5OYZA 7UPJA 1W5WA 4U7VA 4L1AB 2RKFA 1AJVA 2AQUA 2AVSA 4Y48A 2OHLA 1CZIE 1ODWA 2PC0A 4CPTA 1SMRA 2HB2A 2HPEA 2HB4A 5DQ1A 4N00A 4TRWA 4I8WA 2WF4A 1HVIA 2VA5A 2CEMA 5P26A 3INFA 4HVPA 2IKOA 4Y5PA 3T11A 4ZSRA 4Y5CA 2AOJA 5OZJA 4Y43A 4Z4XA 3MSLA 2IRZA 3VUCA 1FMBA 4F73A 3BVBA 5HU1A 4HE9A 3MSKA 5P7LA 5OZBA 1D4KA 5P2GA 3QBHA 5P3DA 5P8SA 4RZ1A 3U7SA 5OYWA 1B11A 5OZNA 5P5JA 5P7EA 1MT8A 3OXVA 5P5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BRA A;  2O4S A;  1SDV A;  3S7L A;  1LYB B;  4DVF A;  4PZX A;  4RGH A;  3SPK A;  4CPR A;  4TRZ A;  1YTJ A;  5P2M A;  1HHP A;  3VFB A;  5P7J A;  5P8T A;  3EM3 A;  5P7I A;  3BXR A;  1ME6 A;  5PEP A;  4Z22 A;  4GZF A;  3OK9 A;  5P72 A;  2I4W A;  1HVR A;  4GYE A;  1HTF A;  1CPI A;  3LZS A;  3F9Q A;  2AOF A;  5P2R A;  3SA5 A;  2NMZ A;  4QJ7 A;  1BDQ A;  4Y50 A;  9HVP A;  4GJ7 A;  1NSO A;  2OHN A;  4MC2 A;  5P2C A;  2HM1 A;  3UF3 A;  5P66 A;  4YD6 A;  5J25 A;  4EP2 A;  5KQF A;  3UDM A;  5AHB A;  4OBJ A;  5P8O A;  5KR2 A;  1EPM E;  2Q55 A;  5P3R A;  3VCM A;  4EP3 A;  4RRS A;  2QNN A;  5OYU A;  3GGA A;  6UPJ A;  2PYN A;  1N49 A;  1AZ5 A;  1YM4 A;  2QI5 A;  1LYB A;  3EKT A;  3T3C A;  5P6H A;  2IGY A;  3BGC A;  5P2T A;  3IN4 A;  1BWA A;  4EXG A;  1C6Y A;  5P1K A;  2IEN A;  2FLE A;  2Q15 A;  2QD8 A;  4KB9 A;  2QMP A;  4MC9 A;  5P7S A;  4Y4E A;  4H3J A;  5P19 A;  5P5F A;  2BKS A;  2ER6 E;  5P29 A;  5SXN A;  3OXW A;  3EMY A;  4Y4U A;  3KFS A;  1A30 A;  4B00 A;  5P1Z A;  5P32 A;  1GVT A;  3D3T A;  5HE7 A;  5P61 A;  5P79 A;  1OEW A;  2PH6 A;  4OBF A;  4Y4A A;  5P5G A;  4ZEA A;  2QI7 A;  5P4K A;  5P7R A;  1K1T A;  2G20 A;  1FQ8 A;  2OHR A;  3NR6 A;  3GI5 A;  4EXH A;  4BEL A;  3DM6 A;  5P45 A;  3FX5 A;  2VIE A;  3DOX A;  3UFL A;  5P7X A;  1J71 A;  1PPL E;  3ZKI A;  1LV1 A;  2V13 A;  4D89 A;  5IVQ A;  1LYA B;  5P70 A;  5IE1 A;  5DR1 A;  5P2F A;  5P78 A;  1BXO A;  4Y5A A;  3FNS A;  3UDJ A;  5P2E A;  3K5G A;  3NWX A;  5P2N A;  4OBH A;  2AZ9 A;  1TCX A;  5KQX A;  4QJ8 A;  2ER7 E;  3OY4 A;  4RVX A;  3S43 B;  1FMU A;  2VJ9 A;  4EJK A;  4QJA A;  5P53 A;  1DMP A;  1JLD A;  2Q11 A;  4I0Z A;  3VEU A;  3KM4 A;  3LIZ A;  4ZPE A;  5P6C A;  5I3X A;  3UHL A;  3UFN A;  1GVV A;  5P68 A;  2HIZ A;  5F00 A;  4F76 A;  3IVH A;  5P5V A;  3I8W A;  3PSU A;  2P3A A;  1K6P A;  2WJO A;  3SA3 A;  1AM5 A;  2IL2 A;  1HIV A;  5P8H A;  4B72 A;  2QNQ A;  3SAA A;  4FLG A;  2G1R A;  3VLB A;  1MSM A;  3DUY A;  5AH9 A;  4WY1 A;  2REN A;  3DCR A;  1QBR A;  5P2A A;  5P64 A;  3L59 A;  4Y44 A;  4YCK A;  7HVP A;  3NDU A;  1PFZ A;  5P3W A; 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 1EC0 A;  4KE1 A;  4Y5G A;  1G35 A;  5COK A;  3IAW A;  1XE5 A;  2I1A A;  2FGU A;  5P2B A;  5P4S A;  4GJ8 A;  5HTZ A;  4YCY A;  4I1C A;  2R5P A;  4FAE A;  2WHH A;  5P42 A;  4Y3G A;  3Q4B A;  5P5B A;  3HBO A;  3S85 A;  3HAU A;  3TLH A;  3OTY A;  3SA9 A;  1C6X A;  3PEP A;  4ZE6 A;  3JVY A;  2V11 C;  1GVX A;  3QRV A;  3GI4 A;  5P76 A;  5P58 A;  1BDR A;  1E81 E;  3OUD B;  2J9J B;  3PVK A;  3U6A A;  1TCW A;  5P3Y A;  5P4A A;  5P7V A;  5P03 A;  2QZW A;  5C9D A;  1EBK C;  2VNN A;  5P07 A;  3UDK A;  1BV9 A;  5P2Q A;  4OC6 B;  5P8C A;  5P6G A;  5P7B A;  4ACX A;  5P7Q A;  4COE A;  2J9K A;  5P1N A;  5CLM A;  1MER A;  4OBZ A;  5P0L A;  1HEG E;  4Y4T A;  3O9H A;  5P1R A;  4Y51 A;  3M9F A;  4AA9 A;  3TOG A;  4I0F A;  4EPJ A;  3L38 A;  4YHQ A;  1WBK A;  5P0R A;  4RCF A;  2MIP A;  2OF0 A;  4J1E A;  5KR0 A;  1TW7 A;  5KR8 A;  4M8X A;  2R5Q A;  4DQH A;  5P80 A;  3EL0 A;  3PWM A;  1XE6 A;  5P5I A;  4RRO A;  2WEA A;  5P8L A;  4DJO A;  3Q5H A;  1HTE A;  4FM8 A;  4Y38 A;  2F3E A;  2V00 A;  2AVV A;  3OUD A;  3UTL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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